重测序技术一本通-第二章
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2.5 参考文献
［１］Ｔａｋａｇｉ Ｈ， Ｔａｍｉｒｕ Ｍ， Ａｂｅ Ａ， ｅｔ ａｌ ． ＭｕｔＭａｐ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｓ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｏｆ ａ ｓａｌｔ－ｔｏｌｅｒａｎｔ ｒｉｃｅ ｃｕｌｔｉｖａｒ ［Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１５， ３３（５）： ４４５－４４９． ［２］Ｄａｓ Ｓ， Ｕｐａｄｈｙａｙａ Ｈ Ｄ， Ｂａｊａｊ Ｄ， ｅｔ ａｌ ． Ｄｅｐｌｏｙｉｎｇ ＱＴＬ－ｓｅｑ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ｄｅｌｉｎｅａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅ ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ ｍａｊｏｒ ｔｒａｉｔ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ＱＴＬ ｉｎ ｃｈｉｃｋｐｅａ ［Ｊ］． ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ： ａｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｆｏｒ Ｒａｐｉｄ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｐｏｒｔｓ ｏｎ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅｓ， ２０１５， ２２（３）： １９３－２０３． ［３］Ｉｌｌａ－Ｂｅｒｅｎｇｕｅｒ Ｅ， Ｈｏｕｔｅｎ Ｊ Ｖ， Ｈｕａｎｇ Ｚ， ｅｔ ａｌ． Ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｒｅｌｉａｂｌｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ｆｒｕｉｔ ｗｅｉｇｈｔ ａｎｄ ｌｏｃｕｌｅ ｎｕｍｂｅｒ ｌｏｃｉ ｂｙ ＱＴＬ－ｓｅｑ ［Ｊ］． Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ＆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ２０１５，１３２９－４２． ［４］Ｌｕ Ｈ， Ｔａｏ Ｌ， Ｋｌｅｉｎ Ｊ， ｅｔ ａｌ ． ＱＴＬ－ｓｅｑ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａｎ ｅａｒｌｙ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ＱＴＬ ｌｏｃａｔｅｄ ｎｅａｒ Ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ Ｌｏｃｕｓ Ｔ ｉｎ ｃｕｃｕｍｂｅｒ ［Ｊ］． Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ＆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ２０１４， １２７（７）： １４９１－１４９９． ［５］Ｐｒｕｎｉｅｒ Ｊ， Ｐｅｌｇａｓ Ｂ， Ｇａｇｎｏｎ Ｆ， ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ ａｎｄ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ａｄａｐｔｉｖｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｓ ｕｓｉｎｇ ａ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ＳＮＰ ａｐｐｒｏａｃｈ ｉｎ ｂｏｒｅａｌ ｂｌａｃｋ ｓｐｒｕｃｅ．［Ｊ］． ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ２０１３， １４（３）： １－１６． ［６］Ｊａｇａｄｅｅｓａｎ Ｒ， Ｆｏｔｈｅｒｉｎｇｈａｍ Ａ， Ｅｂｅｒｔ Ｐ Ｒ， ｅｔ ａｌ ． Ｒａｐｉｄ ｇｅｎｏｍｅ ｗｉｄｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｐｈｏｓｐｈｉｎｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｌｏｃｉ ｂｙ ａ ｓｉｍｐｌｅ ｒｅｇｉｏｎａｌ ａｖｅｒａｇｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｄ ｆｌｏｕｒ ｂｅｅｔｌｅ， Ｔｒｉｂｏｌｉｕｍ ｃａｓｔａｎｅｕｍ ［Ｊ］． ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ２０１３， １４（２）： １－１２． ［７］Ｇａｌｖ００ｏ Ｖ Ｃ， Ｎｏｒｄｓｔｒ０２ｍ Ｋ Ｊ Ｖ， Ｌａｎｚ Ｃ， ｅｔ ａｌ ． Ｓｙｎｔｅｎｙ－ｂａｓｅｄ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｅｎａｂｌｅｄ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１２， ７１（３）： ５１７－２６． ［８］Ｊａｍｅｓ Ｇ Ｖ， Ｐａｔｅｌ Ｖ， Ｎｏｒｄｓｔｒｏｍ Ｋ Ｊ， ｅｔ ａｌ ． Ｕｓｅｒ ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｉｎ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ［Ｊ］． Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， １４（６）： ５７１－５７９． ［９］Ｓｃｈｎｅｅｂｅｒｇｅｒ Ｋ． Ｕｓｉｎｇ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｏ ｉｓｏｌａｔｅ ｍｕｔａｎｔ ｇｅｎｅｓ ｆｒｏｍ ｆｏｒｗａｒｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｃｒｅｅｎｓ．［Ｊ］． Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ， ２０１４， １５（１０）： ６６２－６７６． ［１０］Ｈｅｎｋｅ Ｋ， Ｂｏｗｅｎ Ｍ Ｅ， Ｈａｒｒｉｓ Ｍ Ｐ． Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｚｅｂｒａｆｉｓｈ： ｍａｋｉｎｇ ｕｓｅ ｏｆ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｆｏｒｗａｒｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ［Ｊ］． Ｍｅｔｈｏｄｓ， ２０１３， ６２（３）：１８５－１９６． ［１１］Ｔａｋａｇｉ Ｈ， Ａｂｅ Ａ， Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ， ｅｔ ａｌ ． ＱＴＬ－ｓｅｑ： Ｒａｐｉｄ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｉ ｉｎ ｒｉｃｅ ｂｙ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ＤＮＡ ｆｒｏｍ ｔｗｏ ｂｕｌｋｅｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１３， ７４（１）： １７４－ １８３． ［１２］Ｌｅｓｈｃｈｉｎｅｒ Ｉ， Ａｌｅｘａ Ｋ， Ｋｅｌｓｅｙ Ｐ， ｅｔ ａｌ ． Ｍｕｔａｔｉｏｎ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｂｙ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ［Ｊ］． Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１２， ２２（８）： １５４１－１５４８． ［１３］Ａｂｅ Ａ， Ｋｏｓｕｇｉ Ｓ， Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ， ｅｔ ａｌ ． Ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｒｅｖｅａｌｓ ａｇｒｏｎｏｍｉｃａｌｌｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｌｏｃｉ ｉｎ ｒｉｃｅ ｕｓｉｎｇ ＭｕｔＭａｐ ［Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１２， ３０（２）： １７４－８． ［１４］Ｂｅｎｊａｍｉｎ， Ｈａｒｔｗｉｇ， Ｇｅｏ Ｖｅｌｉｋｋａｋａｍ， ｅｔ ａｌ ． Ｆａｓｔ ｉｓｏｇｅｎｉｃ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｅｔｈｙｌ ｍｅｔｈａｎｅｓｕｌｆｏｎａｔｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｕｔａｎｔ ｂｕｌｋｓ．［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ， ２０１２， １６０（２）： ５９１－６００． ［１５］Ｖｏｚ Ｍ Ｌ， Ｗｏｕｔｅｒ Ｃ， Ｉｓａｂｅｌｌｅ Ｍ， ｅｔ ａｌ ． Ｆａｓｔ ｈｏｍｏｚｙｇｏｓｉｔｙ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｚｅｂｒａｆｉｓｈ ＥＮＵ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｂｙ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．［Ｊ］． Ｐｌｏｓ Ｏｎｅ， ２０１２， ７（４）： ｅ３４６７１．
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2.5 参考文献
［１］Ｔａｋａｇｉ Ｈ， Ｔａｍｉｒｕ Ｍ， Ａｂｅ Ａ， ｅｔ ａｌ ． ＭｕｔＭａｐ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｓ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｏｆ ａ ｓａｌｔ－ｔｏｌｅｒａｎｔ ｒｉｃｅ ｃｕｌｔｉｖａｒ ［Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１５， ３３（５）： ４４５－４４９． ［２］Ｄａｓ Ｓ， Ｕｐａｄｈｙａｙａ Ｈ Ｄ， Ｂａｊａｊ Ｄ， ｅｔ ａｌ ． Ｄｅｐｌｏｙｉｎｇ ＱＴＬ－ｓｅｑ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ｄｅｌｉｎｅａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅ ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ ｍａｊｏｒ ｔｒａｉｔ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ＱＴＬ ｉｎ ｃｈｉｃｋｐｅａ ［Ｊ］． ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ： ａｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｆｏｒ Ｒａｐｉｄ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｐｏｒｔｓ ｏｎ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅｓ， ２０１５， ２２（３）： １９３－２０３． ［３］Ｉｌｌａ－Ｂｅｒｅｎｇｕｅｒ Ｅ， Ｈｏｕｔｅｎ Ｊ Ｖ， Ｈｕａｎｇ Ｚ， ｅｔ ａｌ． Ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｒｅｌｉａｂｌｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ｆｒｕｉｔ ｗｅｉｇｈｔ ａｎｄ ｌｏｃｕｌｅ ｎｕｍｂｅｒ ｌｏｃｉ ｂｙ ＱＴＬ－ｓｅｑ ［Ｊ］． Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ＆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ２０１５，１３２９－４２． ［４］Ｌｕ Ｈ， Ｔａｏ Ｌ， Ｋｌｅｉｎ Ｊ， ｅｔ ａｌ ． ＱＴＬ－ｓｅｑ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａｎ ｅａｒｌｙ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ＱＴＬ ｌｏｃａｔｅｄ ｎｅａｒ Ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ Ｌｏｃｕｓ Ｔ ｉｎ ｃｕｃｕｍｂｅｒ ［Ｊ］． Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ＆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ２０１４， １２７（７）： １４９１－１４９９． ［５］Ｐｒｕｎｉｅｒ Ｊ， Ｐｅｌｇａｓ Ｂ， Ｇａｇｎｏｎ Ｆ， ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ ａｎｄ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ａｄａｐｔｉｖｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｓ ｕｓｉｎｇ ａ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ＳＮＰ ａｐｐｒｏａｃｈ ｉｎ ｂｏｒｅａｌ ｂｌａｃｋ ｓｐｒｕｃｅ．［Ｊ］． ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ２０１３， １４（３）： １－１６． ［６］Ｊａｇａｄｅｅｓａｎ Ｒ， Ｆｏｔｈｅｒｉｎｇｈａｍ Ａ， Ｅｂｅｒｔ Ｐ Ｒ， ｅｔ ａｌ ． Ｒａｐｉｄ ｇｅｎｏｍｅ ｗｉｄｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｐｈｏｓｐｈｉｎｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｌｏｃｉ ｂｙ ａ ｓｉｍｐｌｅ ｒｅｇｉｏｎａｌ ａｖｅｒａｇｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｄ ｆｌｏｕｒ ｂｅｅｔｌｅ， Ｔｒｉｂｏｌｉｕｍ ｃａｓｔａｎｅｕｍ ［Ｊ］． ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ２０１３， １４（２）： １－１２． ［７］Ｇａｌｖ００ｏ Ｖ Ｃ， Ｎｏｒｄｓｔｒ０２ｍ Ｋ Ｊ Ｖ， Ｌａｎｚ Ｃ， ｅｔ ａｌ ． Ｓｙｎｔｅｎｙ－ｂａｓｅｄ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｅｎａｂｌｅｄ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１２， ７１（３）： ５１７－２６． ［８］Ｊａｍｅｓ Ｇ Ｖ， Ｐａｔｅｌ Ｖ， Ｎｏｒｄｓｔｒｏｍ Ｋ Ｊ， ｅｔ ａｌ ． Ｕｓｅｒ ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｉｎ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ［Ｊ］． Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， １４（６）： ５７１－５７９． ［９］Ｓｃｈｎｅｅｂｅｒｇｅｒ Ｋ． Ｕｓｉｎｇ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｏ ｉｓｏｌａｔｅ ｍｕｔａｎｔ ｇｅｎｅｓ ｆｒｏｍ ｆｏｒｗａｒｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｃｒｅｅｎｓ．［Ｊ］． Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ， ２０１４， １５（１０）： ６６２－６７６． ［１０］Ｈｅｎｋｅ Ｋ， Ｂｏｗｅｎ Ｍ Ｅ， Ｈａｒｒｉｓ Ｍ Ｐ． Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｚｅｂｒａｆｉｓｈ： ｍａｋｉｎｇ ｕｓｅ ｏｆ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｆｏｒｗａｒｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ［Ｊ］． Ｍｅｔｈｏｄｓ， ２０１３， ６２（３）：１８５－１９６． ［１１］Ｔａｋａｇｉ Ｈ， Ａｂｅ Ａ， Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ， ｅｔ ａｌ ． ＱＴＬ－ｓｅｑ： Ｒａｐｉｄ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｉ ｉｎ ｒｉｃｅ ｂｙ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ＤＮＡ ｆｒｏｍ ｔｗｏ ｂｕｌｋｅｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１３， ７４（１）： １７４－ １８３． ［１２］Ｌｅｓｈｃｈｉｎｅｒ Ｉ， Ａｌｅｘａ Ｋ， Ｋｅｌｓｅｙ Ｐ， ｅｔ ａｌ ． Ｍｕｔａｔｉｏｎ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｂｙ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ［Ｊ］． Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１２， ２２（８）： １５４１－１５４８． ［１３］Ａｂｅ Ａ， Ｋｏｓｕｇｉ Ｓ， Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ， ｅｔ ａｌ ． Ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｒｅｖｅａｌｓ ａｇｒｏｎｏｍｉｃａｌｌｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｌｏｃｉ ｉｎ ｒｉｃｅ ｕｓｉｎｇ ＭｕｔＭａｐ ［Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１２， ３０（２）： １７４－８． ［１４］Ｂｅｎｊａｍｉｎ， Ｈａｒｔｗｉｇ， Ｇｅｏ Ｖｅｌｉｋｋａｋａｍ， ｅｔ ａｌ ． Ｆａｓｔ ｉｓｏｇｅｎｉｃ ｍａｐｐｉｎｇ－ｂｙ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｅｔｈｙｌ ｍｅｔｈａｎｅｓｕｌｆｏｎａｔｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｕｔａｎｔ ｂｕｌｋｓ．［Ｊ］． Ｐｌａｎｔ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ， ２０１２， １６０（２）： ５９１－６００． ［１５］Ｖｏｚ Ｍ Ｌ， Ｗｏｕｔｅｒ Ｃ， Ｉｓａｂｅｌｌｅ Ｍ， ｅｔ ａｌ ． Ｆａｓｔ ｈｏｍｏｚｙｇｏｓｉｔｙ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｚｅｂｒａｆｉｓｈ ＥＮＵ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｂｙ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．［Ｊ］． Ｐｌｏｓ Ｏｎｅ， ２０１２， ７（４）： ｅ３４６７１．