引物设计教程
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Preimer Premier 启动界面
Original swk.baidu.comquence
Sequence name
Choose a function
Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a
pcDNA3.1 GFP
GFP
BamHI(GGATCC)
SP
NR1-1a
pcDNA 3.1
NR1的编码序列(~4000bp)
121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag
BamHI: ggatcc
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （ GC:60%,Tm：64）
Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （ GC:57%,Tm：66） Primer1: 5’ ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA
NR1序列：
atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcg cc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg aGcaFcPg序gc列tct tggaagatac 5’aAgTGcGtcTGaAaGcCgAcAcGaGcGtCtGcAtgGGtcAGaCc…cc…a…c…aaTCgTcCGcGcCaAaTcGgGAcCcGaAtGCTGTACAAGTAA 3’ acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
红色为信号肽, 蓝色为BamHI酶切位点, 下划线标出酶切位点的阅读框
CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC
GFPC序GG列CG(A~G7G00GbCpG)AGGGCGATG CCACCTACGG
CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC
But …
Edit primer here
Analysis the edit result
Accept the edit result Return to the main window
举例说明
任务
用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1
Plasmid 1:
BamHI
SP
NR
1
Plasmid 2
241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
Primer2: 5’ ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC
第四步：阅读框
NR1序列： atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct….. Primer1: 5’ ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer1: 5’ ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA………….. Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64） Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）
3’引物位置范 围
产物大小范 围
引物长度
28对引物
引物分值 100分为满分
每对引物的信 息
双击选中一对 引物
回到主窗口 引物及产物信息
是否出现 hairpin,dimer,false priming and cross
dimer
一对理想的引物应当不存在任何一种上述结 构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有
protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好
First you can design the primer manually
Sense strand or anti-sense strand
Useful information of the primer
引物类型
搜索模式
5’引物位置范 围
protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好
First you can design the primer manually
Sense strand or anti-sense strand
Useful information of the primer
引物类型
搜索模式
5’引物位置范 围
But …
Edit primer here
Analysis the edit result
Accept the edit result Return to the main window
Per 25-mer
Per 25-mer
Per 5-mer
Open sequence file
∆G Internal Stability
第一步：扩增GFP基本序列
GFP序列
5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC …………TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3’ 3’ TACCACTCGTTCCCGCTCCTCG……………AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’
变性, 引物复性
插入GFP后的组合序列
cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC ………………………… …TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAG ??ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件 中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。
上游引物
下游引物 只是示意图
Key information of primer Dimer and cross Dimer Hairpin GC%
Total PCR information
Search primer
Preimer Premier 启动界面
Original sequence
Sequence name
Choose a function
Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a
5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC …………TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3’ ………..AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’ Primer2
Primer1: 5’ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………… 3’ TACCACTCGTTCCCGCTCCTCG……………CGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’
481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg cttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc caggaaccaa
3’引物位置范 围
产物大小范 围
引物长度
28对引物
引物分值 100分为满分
每对引物的信 息
双击选中一对 引物
回到主窗口 引物及产物信息
是否出现 hairpin,dimer,false priming and cross
dimer
一对理想的引物应当不存在任何一种上述结 构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有
Primer2: 5’ ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC Primer2: 5’ gg atc cct CTTGTACAGCTCGTCCATGCC
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………….. Primer2: 5’ TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………….. Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….
Original swk.baidu.comquence
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pcDNA3.1 GFP
GFP
BamHI(GGATCC)
SP
NR1-1a
pcDNA 3.1
NR1的编码序列(~4000bp)
121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag
BamHI: ggatcc
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （ GC:60%,Tm：64）
Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （ GC:57%,Tm：66） Primer1: 5’ ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA
NR1序列：
atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcg cc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg aGcaFcPg序gc列tct tggaagatac 5’aAgTGcGtcTGaAaGcCgAcAcGaGcGtCtGcAtgGGtcAGaCc…cc…a…c…aaTCgTcCGcGcCaAaTcGgGAcCcGaAtGCTGTACAAGTAA 3’ acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
红色为信号肽, 蓝色为BamHI酶切位点, 下划线标出酶切位点的阅读框
CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC
GFPC序GG列CG(A~G7G00GbCpG)AGGGCGATG CCACCTACGG
CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC
But …
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举例说明
任务
用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1
Plasmid 1:
BamHI
SP
NR
1
Plasmid 2
241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
Primer2: 5’ ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC
第四步：阅读框
NR1序列： atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct….. Primer1: 5’ ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer1: 5’ ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA………….. Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64） Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）
3’引物位置范 围
产物大小范 围
引物长度
28对引物
引物分值 100分为满分
每对引物的信 息
双击选中一对 引物
回到主窗口 引物及产物信息
是否出现 hairpin,dimer,false priming and cross
dimer
一对理想的引物应当不存在任何一种上述结 构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有
protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好
First you can design the primer manually
Sense strand or anti-sense strand
Useful information of the primer
引物类型
搜索模式
5’引物位置范 围
protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好
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Useful information of the primer
引物类型
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5’引物位置范 围
But …
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Per 25-mer
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Per 5-mer
Open sequence file
∆G Internal Stability
第一步：扩增GFP基本序列
GFP序列
5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC …………TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3’ 3’ TACCACTCGTTCCCGCTCCTCG……………AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’
变性, 引物复性
插入GFP后的组合序列
cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC ………………………… …TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAG ??ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct
Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件 中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。
上游引物
下游引物 只是示意图
Key information of primer Dimer and cross Dimer Hairpin GC%
Total PCR information
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Original sequence
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5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC …………TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3’ ………..AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’ Primer2
Primer1: 5’ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………… 3’ TACCACTCGTTCCCGCTCCTCG……………CGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5’
481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg cttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc caggaaccaa
3’引物位置范 围
产物大小范 围
引物长度
28对引物
引物分值 100分为满分
每对引物的信 息
双击选中一对 引物
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是否出现 hairpin,dimer,false priming and cross
dimer
一对理想的引物应当不存在任何一种上述结 构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有
Primer2: 5’ ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC Primer2: 5’ gg atc cct CTTGTACAGCTCGTCCATGCC
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………….. Primer2: 5’ TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….
Primer1: 5’ ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC………….. Primer2: 5’ CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….