酚氯仿抽提法
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求助】PBS-酚/氯仿抽提法提取的DNA方法
大家能介绍一下PBS-酚/氯仿抽提法提取DNA的方法吗, 我们实验室没有钱买试剂盒, 还
得自己配试剂, 谢谢!!
你是提取细胞的还是血液的?
PBS是洗涤样品的作用吧,我用酚/氯仿抽提法提过DNA,与试剂盒比较起来,总体感觉是浓度大但是纯度不是很纯,但是做PCR的话是能购满足条件得,如果说要做酶切等操作
的话,最好还是用试剂盒抽提
以下方法可供你参考,祝你好运
细胞DNA的提取
PBS洗涤离心2次,弃上清,加入400 μL裂解液(100mg· L-1蛋白酶K,10mmol·L-1 Tris-HCI,15 mmol·L-1 NaCl,10mmol·L-1 EDTA,4g·L-1SDS pH8.0),重悬细胞,37℃保温12~24h。加450μL平衡酚,混匀,5000 g离心10min.转移上层水相,重复酚抽提1次.转移上层水相,加入450μL氯仿:异戊醇(24:1),混匀,5000g 离心10min。转移上层水相,加入1/10体积3mol·L-1乙酸钠(pH 5.2)和2.5倍体积无水乙醇,混匀.置—20℃1h后,IO000g离心15min。以700mL·L-1乙醇洗涤2次,晾干后,加入50μLTE,-20℃保存备用.
血液提DNA
①300ul抗凝全血加1000ul PBS,充分混匀,8000rpm离心5min。
②去上清液,加1000ul PBS,充分混匀,8000rpm离心5min。
③去上清液,加500ul消化Buffer(100mg· L-1蛋白酶K,10mmol·L-1 Tris-HCI,
15 mmol·L-1 NaCl,10mmol·L-1 EDTA,4g·L-1SDS pH8.0),充分混匀,56℃
水浴5h以上。
④加500ul 25:24的酚氯仿,混匀,13000rpm离心10min。
⑤取上清液,加等量的25:24的酚氯仿,混匀,13000rpm离心10min。
⑥取上清液,加2倍体积的无水乙醇,轻摇混匀,直到出现絮状沉淀。(未见沉淀提示
DNA量不多)
⑦15000rpm离心3min。
⑧去上清液,加500ul 70%的乙醇,充分混匀,15000rpm离心3min。
⑨去上清液,晾干,加50ul TE完全溶解备用。
我觉得酚/氯仿抽提法提取DNA还是可以的,除了开始做的少数几个标本,我一般提取的纯度没有低于1.8,甚至一些超过了2.0。不过,我们也不要完全相信仪器的数值,它只能
提供一个参考。
我做的方法是:
1 DNA提取(血液)
(1)加入等体积的PBS磷酸盐缓冲液,充分混匀后12000rpm离心5min,弃上清;加400μlSTE,10%SDS 40μl,蛋白酶-K 10μl(10mg/ml)
(2)56度水如2小时,也可以37度消化过夜;不过后者我做的较少;
(3)等体积饱和酚,倒转摇匀。12000rpm 5分钟,离心,吸上层入另一1.5ml离心管;
小心一点,不要吸入蛋白层;
(4)上清液加等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),倒转混匀。12000rpm 5分
钟,离心,吸上层入另一1.5ml离心管;
(5)上清液加等体积氯仿:异戊醇(24:1),倒转混匀10分钟,12000rpm5分钟,
取上清入另一管;
(6)加1/12体积3M 醋酸钠,混匀后再加3倍体积的4℃冰箱冷却后的无水乙醇,轻柔
振摇;然后你会看到白色絮状物(DNA)。
(7)-20℃放置20~30分钟,12000rpm 低温(4℃)离心10分钟,沉淀DNA,去上
清;可以直接倒掉;
(8)加1ml 70%乙醇洗涤,12000rpm 低温(4℃)离心10分钟,去上清,重复1
次;
(9)自然干燥后,用pH8.0TE溶解,保存在-20℃备用。
我觉得,在提取的时候,吸取上清要根据实际情况,不要有的上清不是很多而偏要定个统一的标准,只要提取的与加入的试剂成一定比例就可以了。否则,会影响实验结果的。不过,看到一个战友说“加入酚的液体分层抽吸上层液时,在避免吸入蛋白的前提下,要尽量把上层液吸多点,因为很多DNA就在两层中间;加入醋酸钠和预冷无水乙醇后,放置在-20度冰箱,时间长一点,2小时,以充分沉淀DNA。”
最好一次不要做得太多,容易出错。
2 DNA浓度的测定
取3ul DNA 标本加72μl 双蒸水,充分混匀后,用紫外分光光度计测定,计算浓度和比值,
判断DNA的浓度和纯度。
若DAN纯度<1.6, 表明有残存酚或蛋白含量太高,用氯仿抽提纯化就可以了。