实时定量PCR技术应用
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克隆法Cloning 杂交法Northern Blot Ribonuclease Protection-based PAGE电泳法 基因芯片法Microarray-based miRNA profiling 上列各种方法均未被证实是有效,准确并且是高度重 现的:不少小RNA间只有一个碱基的不同
TaqMan MicroRNA 分析方法 发夹状引物的反转录荧光定量PCR
应用TaqMan荧光定量PCR技术 进行药物代谢相关基因的基因分型
药物代谢相关基因的TaqMan基因分型试剂盒
New Product Release Summer 2005
2005年7月31日正式推出,现在接受订货 产品部件号: 4362691,465 美圆/ 个, 11月1日前,优惠价 233 美圆
为什么miRNAs非常重要 ?
MicroRNAs 是一类新的基因调控因子 某些miRNAs控制了动植物的发育 理解miRNA 的功能将帮助现在流行的siRNA 实验结果:RNA干扰/基因沉默 MicroRNAs 有可能成为新型的疾病标志物 MicroRNAs 可能具有重要临床应用价值
现有的miRNA检测方法
card)
5. TaqMan 管家基因内对照分析样本 6. 代客合成TaqMan 基因表达分析试剂盒 7. 代客合成 TaqMan 荧光探针
TaqMan microRNA定量 分析试剂盒
用实时荧光定量PCR方法和 TaqMan试剂盒来定量分析 成熟的小RNA: microRNAs
*Mature miRNAs are the biologically active form miRNA
药物代谢相关基因 总数约在220个左右 Company Confidential. Not for external distribution.
药物代谢相关基因 TaqMan基因分型试剂盒 Phase I, Phase II 药物代谢酶和药物转运蛋白基因
细胞色素 P450
CYP1A1 CYP1A2 CYP2A1 CYP2A6 CYP2A7 CYP2B6 CYP2C8 CYP2C9 CYP2C19 CYP2D6 CYP2E1 CYP3A4 CYP3A5 CYP3A7 CYP4B1 CYP5A1 (TBXAS1) CYP8A1 (PTGIS) CYP21
Averaged standard deviation: 0.1
miR-20
let-7a
CV: 0.6% for 4 miRNAs × 16 replicates × 2 operators
miR-324-5
MicroRNA 的应用
实时定量分析miRNAs miRNA 表达谱分析:疾病/正常的比较分析 发现疾病的miRNA 标志物 or疾病相关的基 因表达标签 通过同时并行比较基因和miRNA表达类型 ,发现新的miRNA 靶基因 细胞分化研究 转录后基因调控研究 生物标志物的发现
Fluorescence signal (Rn)
A
Threshold Cycle (CT)
B
70M copies
7 copies
Slope = -3.4 R2 = 0.9991
No. PCR cycles
No. copies
Stem-loop RT-PCR miRNA assays 高度的重现性
miR-16
Precursor
什么是 miRNAs
MicroRNAs 是一种内源性长度在22个碱基左右 的RNA分子,它在动植物中具有重要的基因调控作 用,它们通过与 mRNAs结合抑制翻译或造成 mRNAs 被酶解切割而起作用 目前在各种生命体中发现的miRNAs类型共有约 700种以上,通过实验验证或经数据库和软件推测 其中人源的约有200种 高丰度存在:平均每个细胞中约有50,000个拷贝
TaqMan药物代谢基因分型试剂盒组成
每一个TaqMan 基因分型试剂盒包括:
2 条引物/2 条MGB 荧光标记谈针 试剂组成与已有的TaqMan SNP 基因分型市集盒相同: 小规模(可做750个样本 5 L体积 ), 库存试剂盒
重点分析220个药物代谢基因, (>2,000 种 试剂) 全部试剂盒均经过实验验证:
>2,000 Leabharlann BaiduNPs,220 条人药物代谢相关基因
第一批推出约1600 个试剂盒 将陆续推出更多的试剂盒,总量将在2000-2500个试剂盒
经过验证的试剂盒
全部试剂盒已经在4种人群中得到测试验证
一个位点一种试剂盒
方便选择,根据实验设计从自由挑选组合 可以与已有的各种方法试剂一起应用 Company Confidential. Not for external distribution.
药物代谢相关基因种类
挑选出的药物代谢相关基因 包括
Phase I 药物代谢酶类 Ex. cytochromes P450, 乙醇脱氢酶 Phase II药物代谢酶类 Ex. UDP-glucuronosyltransferases, sulfotransferases 药物转运蛋白基因Transporters Ex. MDR1 (ABCB1, p-glycoprotein), MXR1 (ABCG2) 其他相关基因
miRNA
Oligos required per miRNA Step 1: Stem-loop RT
1. 2. 3. 4. Specific RT primer Specific forward primer Specific reverse primer Specific TaqMan probe
ADH1A ADH1B ADH1C ADH4 ADH5 ADH6 ADH7 MXR1
为什么选择TaqMan 荧光定量PCR对 药物代谢酶相关基因进行基因分型?
特异性 使用方便 灵活性
可以根据研究项目的需要调整分析的位点
重复性和快速得到实验结果 可以检测各种类型的基因多态性 基因剂量检测
Company Confidential. Not for external distribution.
NAT1 and NAT2 Transporters Constitutive Androstane MDR1 Receptor (CAR; NR1I3) MRP1 Pregnane X receptor (PXR) MRP2 Alcohol Dehydrogenases oATP-C (SLC21A6) Epoxide hydrolases Carboxylesterases Flavin monooxygenases Monoamine oxidases FMO1 FMO3 Paraoxonases FMO4 FMO5 Glutathione S-transferases COMT GSTM1 TMPT GSTT1 TYMS Sulfotransferases UDP-glucuronosylCompany Confidential. Not for external distribution. tranferases
3 ng gDNA样本量 对4组人群分析(白人, 黑人, 华人和日本人) 已经过HWE分析 信号强度和等位基因分离度测试
Company Confidential. Not for external distribution.
Thank you !!
�
TaqMan 试剂盒大家族
Everything you need for quantitative gene expression measurement
1. 新TaqMan microRNA 试剂盒系列
2005年秋季正式推出
2. Taqman 药物代谢相关基因SNP分型试剂 盒 3. TaqMan 基因表达分析试剂盒 4. TaqMan 低密度基因芯片 (micro fluidic
Enzymes required Step 2: Real-time PCR
1. 2. Reverse transcriptase AmpliTaq Gold DNA Polymerase
Q
F
MicroRNA 定量方法
Estimated synthetic miRNA input (lin-4) in RT based on OD: 707-71 copies 已经实验证明可达7个数量级的线性范围
TaqMan MicroRNA 分析方法 发夹状引物的反转录荧光定量PCR
应用TaqMan荧光定量PCR技术 进行药物代谢相关基因的基因分型
药物代谢相关基因的TaqMan基因分型试剂盒
New Product Release Summer 2005
2005年7月31日正式推出,现在接受订货 产品部件号: 4362691,465 美圆/ 个, 11月1日前,优惠价 233 美圆
为什么miRNAs非常重要 ?
MicroRNAs 是一类新的基因调控因子 某些miRNAs控制了动植物的发育 理解miRNA 的功能将帮助现在流行的siRNA 实验结果:RNA干扰/基因沉默 MicroRNAs 有可能成为新型的疾病标志物 MicroRNAs 可能具有重要临床应用价值
现有的miRNA检测方法
card)
5. TaqMan 管家基因内对照分析样本 6. 代客合成TaqMan 基因表达分析试剂盒 7. 代客合成 TaqMan 荧光探针
TaqMan microRNA定量 分析试剂盒
用实时荧光定量PCR方法和 TaqMan试剂盒来定量分析 成熟的小RNA: microRNAs
*Mature miRNAs are the biologically active form miRNA
药物代谢相关基因 总数约在220个左右 Company Confidential. Not for external distribution.
药物代谢相关基因 TaqMan基因分型试剂盒 Phase I, Phase II 药物代谢酶和药物转运蛋白基因
细胞色素 P450
CYP1A1 CYP1A2 CYP2A1 CYP2A6 CYP2A7 CYP2B6 CYP2C8 CYP2C9 CYP2C19 CYP2D6 CYP2E1 CYP3A4 CYP3A5 CYP3A7 CYP4B1 CYP5A1 (TBXAS1) CYP8A1 (PTGIS) CYP21
Averaged standard deviation: 0.1
miR-20
let-7a
CV: 0.6% for 4 miRNAs × 16 replicates × 2 operators
miR-324-5
MicroRNA 的应用
实时定量分析miRNAs miRNA 表达谱分析:疾病/正常的比较分析 发现疾病的miRNA 标志物 or疾病相关的基 因表达标签 通过同时并行比较基因和miRNA表达类型 ,发现新的miRNA 靶基因 细胞分化研究 转录后基因调控研究 生物标志物的发现
Fluorescence signal (Rn)
A
Threshold Cycle (CT)
B
70M copies
7 copies
Slope = -3.4 R2 = 0.9991
No. PCR cycles
No. copies
Stem-loop RT-PCR miRNA assays 高度的重现性
miR-16
Precursor
什么是 miRNAs
MicroRNAs 是一种内源性长度在22个碱基左右 的RNA分子,它在动植物中具有重要的基因调控作 用,它们通过与 mRNAs结合抑制翻译或造成 mRNAs 被酶解切割而起作用 目前在各种生命体中发现的miRNAs类型共有约 700种以上,通过实验验证或经数据库和软件推测 其中人源的约有200种 高丰度存在:平均每个细胞中约有50,000个拷贝
TaqMan药物代谢基因分型试剂盒组成
每一个TaqMan 基因分型试剂盒包括:
2 条引物/2 条MGB 荧光标记谈针 试剂组成与已有的TaqMan SNP 基因分型市集盒相同: 小规模(可做750个样本 5 L体积 ), 库存试剂盒
重点分析220个药物代谢基因, (>2,000 种 试剂) 全部试剂盒均经过实验验证:
>2,000 Leabharlann BaiduNPs,220 条人药物代谢相关基因
第一批推出约1600 个试剂盒 将陆续推出更多的试剂盒,总量将在2000-2500个试剂盒
经过验证的试剂盒
全部试剂盒已经在4种人群中得到测试验证
一个位点一种试剂盒
方便选择,根据实验设计从自由挑选组合 可以与已有的各种方法试剂一起应用 Company Confidential. Not for external distribution.
药物代谢相关基因种类
挑选出的药物代谢相关基因 包括
Phase I 药物代谢酶类 Ex. cytochromes P450, 乙醇脱氢酶 Phase II药物代谢酶类 Ex. UDP-glucuronosyltransferases, sulfotransferases 药物转运蛋白基因Transporters Ex. MDR1 (ABCB1, p-glycoprotein), MXR1 (ABCG2) 其他相关基因
miRNA
Oligos required per miRNA Step 1: Stem-loop RT
1. 2. 3. 4. Specific RT primer Specific forward primer Specific reverse primer Specific TaqMan probe
ADH1A ADH1B ADH1C ADH4 ADH5 ADH6 ADH7 MXR1
为什么选择TaqMan 荧光定量PCR对 药物代谢酶相关基因进行基因分型?
特异性 使用方便 灵活性
可以根据研究项目的需要调整分析的位点
重复性和快速得到实验结果 可以检测各种类型的基因多态性 基因剂量检测
Company Confidential. Not for external distribution.
NAT1 and NAT2 Transporters Constitutive Androstane MDR1 Receptor (CAR; NR1I3) MRP1 Pregnane X receptor (PXR) MRP2 Alcohol Dehydrogenases oATP-C (SLC21A6) Epoxide hydrolases Carboxylesterases Flavin monooxygenases Monoamine oxidases FMO1 FMO3 Paraoxonases FMO4 FMO5 Glutathione S-transferases COMT GSTM1 TMPT GSTT1 TYMS Sulfotransferases UDP-glucuronosylCompany Confidential. Not for external distribution. tranferases
3 ng gDNA样本量 对4组人群分析(白人, 黑人, 华人和日本人) 已经过HWE分析 信号强度和等位基因分离度测试
Company Confidential. Not for external distribution.
Thank you !!
�
TaqMan 试剂盒大家族
Everything you need for quantitative gene expression measurement
1. 新TaqMan microRNA 试剂盒系列
2005年秋季正式推出
2. Taqman 药物代谢相关基因SNP分型试剂 盒 3. TaqMan 基因表达分析试剂盒 4. TaqMan 低密度基因芯片 (micro fluidic
Enzymes required Step 2: Real-time PCR
1. 2. Reverse transcriptase AmpliTaq Gold DNA Polymerase
Q
F
MicroRNA 定量方法
Estimated synthetic miRNA input (lin-4) in RT based on OD: 707-71 copies 已经实验证明可达7个数量级的线性范围