测试软件使用-PREMIER
Premier软件操作使用资料重点
三、工程的制作及图例修改
开时才出现。
地图窗口显示内容设置 选择在当前地图窗口显示的基站和地图 显示/关闭图例窗口 室内测试鼠标定位按钮 重新刷新
Байду номын сангаас
二、操作界面
自定义标注地图文件 把当前地图窗口保存为BMP文件 打开/关闭测试数据编辑工具条 地图窗口放大和缩小 切换成功位置显示 切换失败位置显示 掉话位置显示 显示小区重选位置 测试数据居中显示 设置并显示用户标签
Windows 主要是新建各窗口
1.2、工具条
新建工程
打开一个已存在工程
保存当前工程进行的修改
关闭当前工程
打开一个新的Map窗口
打开一个新的Graph窗口
二、操作界面
打开新的Status窗口所属相关子窗口 打开一个新的Message窗口 打开一个新的Chart窗口
指定在当前窗口显示的测试数据文件 其中按钮在有Map窗口、Graph窗口、Status窗口、Message窗口或Chart窗口打
显示/隐藏工程窗口
在工程窗口的除工程名称外的其它任意单击鼠标右键,并选择Stay on Top: 工程窗口将总显示在Premier所有窗口的最前面,而 不会被其他窗口覆盖。 在窗口中四个按钮的对应功能:(如下图)
增加基站 增加测试数据
增加小区 增加地图
二、操作界面
是表示按顺序回放 是表示倒序回放 Speed是表示回放速度 Position是表示数据的位置 设备已连接上 断开设备连接 开始/停止数据测试 暂停/恢复数据测试 显示/隐藏测试控制窗口 以折线选择编辑区域 以矩形选择编辑区域 以圆选择编辑区域 移动被选中的测试数据 删除被选中的测试数据 提交对测试数据的编辑 取消对测试数据的编辑
利用Primer Premier5.0来验证引物
利用Primer Premier5.0来验证引物
我们做实验,有时会用到别人已经用过的引物,但如何才能知道这个引物是否正确呢?可利用Primer Premier5.0来验证引物。
下面以常用内参GAPDH为例将验证过程介绍如下:
GAPDH的引物序列来自一片外文文献:
上游:AATGCATCCTGCACCACCAA
下游:GTAGCCATATTCATTGTCATA
所得片断为516bps。
首先在NCBI中查到GAPDH的mRNA序列。
然后打开Primer Premier5.0,点File→New→DNA Sequence,将上面的mRNA 序列复制到NewSequence 框内,注意选择as is。
先加上游引物:点Primer→点左上角s(sense)→点Edit Primers, 将上游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择as is→点Analyze→点Prime,即可见输入的上游引物与模板匹配上了→点Ok。
再加下游引物:点左上角A(antisense)→点Edit Primers, 将下游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择reversed→点Analyze→点Prime,即可见输入的下游引物与模板匹配上了→点Ok。
此时即可看到上游和下游引物的相关参数。
注:在Primer Premier5.0中,上游引物的显示方向为5'→3',下游引物为3'→5',均为从左往右看。
primer5和oligo使用技巧概况
一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif查找。
“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。
此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochon drion、支原体(Mycoplasma、植物线粒体(Plant Mitochondrion、原生动物线粒体(P rotozoan Mitochondrion、一般标准(Standard、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondr ion和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion。
2. 使用步骤及技巧“Premier”软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等,按确定即可。
常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。
你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。
Premimre从入门到精通全套教程
Premimre从入门到精通全套教程(PR各版本均适用)P1创建序列一、创建方法1.方法1:点击文件下拉菜单中的新建、序列创建2.方法2:点击鼠标右键新建项目、序列创建3.方法3:点击项目面板右下脚新建图标、新建创建4.方法4:快捷键Ctrl+N 弹出对话框创建二、如何科学创建各种类别的序列(一)类别1常规序列逐行扫描(P)25帧率1.如何创建标清序列选择DV-PAL 如果要创建4:3的选择标准48KHz点击确定如果要创建16:9的宽高序列选择标准宽屏48KHz 点击确定2.如何创建高清序列逐行扫描字母P 隔行扫描的自摸i选择AVCHD文件夹普通高清720p25 点击确定3.创建超高清序列选择AVCHD文件夹选择1080p25点击确定4.创建4K和2K序列在DNVHD文件夹中展开创建方法同上(二)类别2非常规序列非逐行扫描非25帧率非正常宽高比网上下载的好多视频不是类别1序列,解决方法:1.方法1没有建立序列点击视频查看信息假如不匹配直接把素材往时间轴上拖软件就会自动的建立一个和此素材匹配的序列出来如果选择“更改序列设置”之前所建的序列就会迁就素材而发生改变2.已经建好了16:9的序列直接把视频拖到时间轴上来(不要点击“剪辑不匹配警告”对话框)点击鼠标右键点击缩放为帧大小视频就会根据我们已经建好的序列发生改变(首选这个方法)P2导出文件的要领要领一、导出命令1.方法1:文件下拉菜单中导出、媒体就会弹出导出设置的对话框2.方法2:快捷键Ctrl+M就会弹出导出设置的对话框要领二、导出格式的设置1.导出设置对话框通常输出格式为MP4 选择H.264在预设里有很多参数直接选中匹配源·高比特率点击导出就可以导出了(1920*1080)P3导入各类别素材一、导入素材的6种命令1.文件下拉菜单导入就弹出导入素材的对话框2.快捷键Ctrl+I 就弹出导入素材的对话框3.双击项目面板空白处就弹出导入素材的对话框(推荐)4.在项目面板空白处单击鼠标右键导入5.在媒体浏览器面板选择本地素材直接拖到时间轴上面6.在外部文件夹找到我们所需要的素材直接拖向软件的项目面板二、导入不同类别的各类素材(一)类别1普通视/音频文件双击项目面板在目标文件夹选中我们所需的目标素材拖到时间轴就可以进行剪辑(不匹配点击缩放为帧大小)(二)类别2静帧图片文件操作同上(不匹配点击缩放为帧大小)(三)类别3图像序列素材如关于化妆品的几十张序列图片(一序列数字的形式连接在一起的如0001、0002、0002....)同上操作就是一个静帧的图片选择一个隐藏的功能:选中任意一张图片在选项里面勾选图像序列点击导入原本是图像的素材就以视频的形式运动起了(四)类别4图层文件(PSD、AI等)图层文件导入时会有几个导入类别选项默认为合并所有图层此时以一个完整的形式导入进来了;默认为合并的图层可以勾选我们所需要的图层此时导入进来就是我们所需的其中的图层;默认为各个图层会默认生成一个文件夹文件夹里分别显示各自独立的图层;默认为序列三个图层独立存在多了一个3c的序列双击3c的序列就可以看到三个图层纵向并排堆在时间轴上面(图层文件为3层)P4 五分钟学会PR剪辑素材最常用的4种方法方法1.剃刀工具(快捷键C)选择需要剪辑的地方比如2-8秒的视频不要用剃刀工具的左键单击2秒这个时间轴再定位到第5秒切一下在切换到选择工具选择它Delete取消点右键删除波纹方法2.选择工具(快捷键V)这里有两段素材按上下键让指针跳转到两段素材的接点时间指针指到5秒08帧的位置想要删除01素材的后2秒定位到3秒08帧的地方鼠标变形从5秒08帧的地方向前拖动到3秒08帧的地方放下鼠标01尾巴上的素材就被剪掉了点击右键删除右边空余的波纹方法3.波纹编辑工具(快捷键B)想截掉01素材定位好时间直接拖到想要的地方就可以直接截掉(推荐)方法4.打入点、出点在源监视器视频上选择我们所需要的片段如2-5秒中间的视频在2秒处打入点在5秒处打出点然后直接将2-5中间的这段视频直接拖到时间轴就可以了(如果要视频音频一起剪辑就直接从源监视器把视频拖到时间轴也可选择只拖音频或者视频到时间轴)P5两种更改PR剪辑速度的方法方法1 “速度/持续时间”的命令在时间轴素材上点击鼠标右键点击速度持续时间可以调整速度百分比如这里调成400 速度就变成了原速度的4倍如调成50 速度就变成了原速度的一半视频倒放在时间轴素材上点击鼠标右键速度调成20 勾选倒放速度视频将以2倍的速度出现倒放效果方法2 比率拉伸工具(R键)在工具栏用鼠标长按波纹编辑工具图标点击里面的比率拉伸工具鼠标键会变成比率拉伸工具把鼠标放在视频的头或者尾的时候鼠标会发生形变左键单击尾巴向左拖动时间轴滑块时间轴变短视频播放速度变快了向右拖动时间轴滑块时间轴变长视频播放速度变慢(和方法1相比无法实现倒放)P6 三种PR画面定格效果把视频拖放到时间轴,让画面运动到第1秒的地方让画面定格2秒钟方法1“帧定格”截断画面复制粘贴用剃刀工具在第1秒报素材切开在第3秒也做一个定位把素材切开切换到选择工具选中素材时间指针在切点的位置保持不变Ctrl+C复制素材编辑下拉菜单点击粘贴插入(Ctrl+V更方便)相当于同样的素材用了2遍选中第1段素材点击鼠标右键点击锁定格选项在帧定格选项中定格位置勾选为入点点击确定就完成了方法2 “时重置:速度”关键帧单击视频前的“fx”选择时间重映射中的速度选中工具栏中的钢笔工具在关键帧线上单击一下(此时素材以虚线为界已成2左右2段)按住键盘上的Ctrl+Alt键鼠标左键选中右边的素材拖到第3秒的位置放下鼠标就可以了方法3 插入帧定格分段用剃刀工具在第1秒钟切开素材鼠标右键单击后面一段素材选中拓展菜单中的插入帧定格分段系统会自动添加2秒钟的帧定格分段进来(在已经完成定格2秒操作的基础上如只需要定格1秒:指针直接跳转到第2秒选中波纹工具将定格片段的尾部拖到第2秒处定格就只有1秒钟了;如果需要定格3秒那就要从第1秒算起让指针跳转到第4秒同样用波纹工具将定格片段的尾部拖到第4秒)P7 转场效果1:PR视频转场的几个要领转场全部在效果的的视频过渡里面,包括3D运动、划像、溶解、滑动等效果,每一种效果里面又有很多效果。
鼎立路测软件操作介绍
6、点击上图中的< 全部>按钮,软件 安装过程完毕
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设备连接图
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GPRS测试的手机安装
做GPRS测试时,需要采用手机自带的另一种串口转接装置,该装置 可以为手机提供两个物理上的串口,一个作为GPRS的Modem用,一个作为 手机自身的连接用。因此,其安装方法不同于其他测试。具体方法如下:
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测试时的参数显示
Chart窗口
显示 receiver测试 数据的最大/ 最小/平均 显示BCCH 信道的BSIC 显示相同 BCCH的手 机以及 Receiver的 BSIC解码信 息 以不同的 颜色显示发 生同频 BCCH干扰 的信道
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按扭开始测试并同 步记录测试数据。 Pilot Premier将打 开“Remote Control”窗口。
在Remote Control窗口,用户可以设置自动拨号方式、拨叫的号码,同 时也可以进行强制切换等操作,且测试时拨叫号码会自动保存,下次测试时 可自动调用。
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手机UEB口驱动安装
4、继续安装程序 ,选择‘自动安装 软件’
5、点击<仍然继 续>,安装完成。
注:这里应该有两个安装,一个是USB-serial的硬件。一个是USB-serial controller的硬件,两者的安装方法是一样的。根据提示,分别进行安装。
premier软件介绍
基本介绍PR历史上的经典版本:6.5(历史性的飞跃,真正意义上的非编软件,实时预览),2.0(全套专业的解决方案),CS(是Creat ive Suite的缩写)AdobePremie re Pro CS3 作为高效的视频生产全程解决方案, 目前包括 AdobeEncore® CS3 和 AdobeOnLoca tion? CS3 软件* (仅用于 Window s)。
从开始捕捉直到输出, 使用 AdobeOnLoca tion都能节省您的时间。
通过与 AdobeAfterEffect s; CS3 Profes siona l 和 Photos hop; CS3 软件的集成,可扩大您的创意选择空间。
您还可以将内容传输到DVD、蓝光光盘、Web 和移动设备。
系统要求Window sIntelPentiu m 4 (DV 需要 2GHz 处理器; HDV 需要 3.4GHz 处理器) 、Inadobepremie re使用界面tel Centri no、IntelXeon (HD 需要 2.8GHz 双核处理器)或 IntelCore? Duo (或兼容) 处理器; AMD 系统需要支持 SSE2 的处理器Micros oft Window s XP Profes siona l 或 Home Editio n Servic e Pack 2 或 Window s Vista? Home Premiu m、Busine ss、Ultima te 或 Enterp rise(已经过认证,支持 32 位版本) DV 制作需要 1GB 内存; HDV 和HD 制作需要 2GB 内存10GB 可用硬盘空间(在安装过程中需要额外的可用空间)DV 和HDV 编辑需要专用的7,200 RPM 硬盘; HD 需要条带化的磁盘阵列存储空间(RAID 0); 最好是SCSI 磁盘子系统1,280x1,024 显示器分辨率, 32 位视频卡; Adobe建议使用支持 GPU 加速回放的图形卡Micros oft Direct X 或 ASIO 兼容声卡对于SD/HD 工作流程, 需要经 Adobe认证的卡来捕捉并导出到磁带DVD-ROM驱动器制作蓝光光盘需要蓝光刻录机制作DVD 需要DVD+/-R 刻录机如果DV 和 HDV 要捕捉、导出到磁带,并传输到 DV 设备上, 则需要 OHCI 兼容的IEEE 1394 端口使用 QuickT ime 功能需要 QuickT ime 7 软件产品激活需要 Intern et 或电话连接AdobeStockPhotos* 和其它服务需要宽带 Intern et 连接Macint oshIntel多核处理器(AdobeOnLoca tionCS3 是 Window s 应用程序, 可与运行于Window s 上的Boot Camp 一起使用, 将单独销售)Mac OS X v10.4.9-10.5 (Leopar d)DV 制作需要 1GB 内存; HDV 和HD 制作需要 2GB 内存10GB 可用硬盘空间(在安装过程中需要额外的可用空间)DV 和HDV 编辑需要专用的7,200 RPM 硬盘; HD 需要条带化的磁盘阵列存储空间(RAID 0); 最好是SCSI 磁盘子系统1,280x960 显示器分辨率, 32 位视频卡; Adobe建议使用支持 GPU 加速回放的图形卡Core Audio兼容声卡DVD-ROM 驱动器制作蓝光光盘需要蓝光刻录机DVD 刻录需要 SuperD rive使用 QuickT ime 功能需要 QuickT ime 7产品激活需要 Intern et 或电话连接AdobeStockPhotos* 和其它服务需要宽带 Intern et 连接**联机服务 (包括但不限于Adobe StockPhotos和 Acroba t Connec t) 可能并非适用所有国家/地区、语言和币种。
Premier V5 新增功能
测试功能
同时连接两个测试手机 手机波特率设置为19200 系统会自动打开各关联 窗口并进行数据覆盖 拨号号码会自动保存, 下次测试时可自动调用
Map窗口
允许数据转换功能:
Map窗口
新增工具条:Map Setting工具条用于对 当前地图窗口范围进行保存或删除操作
Map窗口
新增测试数据显示功能:同时显示针对 一个测试数据的两个不同测试参数,两 者之间有一定错开即选择Coverage下一 参数后,可再选择Second Field下一参 数进行同时显示 ,进行对比显示。且可 显示Receiver的一个频点数据
基站数据库维护
其它窗口(一)
Graph窗口:增加参数BCCHRxlevel显示
其它窗口(二)
Message窗口:原码与解码同时显示
其它窗口(三)
Message窗口:右键新增功能
其它窗口(四)
Chart窗口:
其它窗口(五)
Chart窗口:黄色柱条表示并标有数字的 表示当前解出BSIC的信道及其BSIC值, 其中以红色为底色数字显示Receiver测得 的BSIC,无底色数字表示手机测到的 BSIC;蓝色柱条表示手机与Receiver两 者测得的BSIC不同,红色柱条则表示没 有解出的BSIC
Map窗口
当显示方式选择为Relief Shading时子菜 单中会增加相应功能对高度图相应项进 行重新设置
Map窗口
Relief Shading Setting表示阴影模式颜色 设置
Status窗口
根据测试信息内容分类显示至四个不同 的窗口类型中
统计报表输出
统计结果快速显示,点击insert才启动 word并插入文档中,双击图像可以编辑
Map窗口
视频测量工具 在Adobe Premiere Pro中进行精准计量
视频测量工具:在Adobe Premiere Pro中进行精准计量在日常的视频编辑工作中,我们经常需要对视频素材进行精确的测量和计算。
Adobe Premiere Pro作为一款专业的视频编辑软件,提供了一系列强大的工具和功能,包括视频测量工具,可以帮助我们快速而准确地进行视频测量。
在本文中,我们将重点介绍如何在Adobe Premiere Pro中使用视频测量工具进行精准计量。
首先,在打开你的项目并将视频素材导入到Adobe Premiere Pro中后,我们可以按下“Ctrl+Shift+M”快捷键,或者在菜单栏中选择“窗口(W)”->“测量器(M)”来打开“测量器”面板。
在面板中,你可以看到三个不同的测量选项:水平线、垂直线和网格。
水平线工具是最基本的测量工具之一。
你可以通过选择水平线工具并点击并拖动视频画面中的水平线,从而测量两个点之间的水平距离。
该工具可以帮助你确保视频画面中的水平线是水平的,或者测量不同元素之间的距离。
垂直线工具与水平线工具类似,但是它可以帮助你测量两个点之间的垂直距离。
同样地,你可以通过选择垂直线工具并点击并拖动视频画面中的垂直线来使用该工具。
网格工具是一个非常有用的测量工具,它可以帮助你快速确定视频画面中的元素的位置和平均间距。
在测量器面板中选择网格工具后,你可以通过调整网格参数来自定义网格的大小和颜色。
然后,你只需在视频画面中拖动鼠标来放置网格,从而快速测量视频元素的位置和间距。
除了以上的测量工具,Adobe Premiere Pro还提供了一些其他的测量技巧和功能来辅助你进行计量。
例如,你可以使用“时间码”面板来显示视频素材的时间码,并帮助你准确地测量视频的时长和时间跨度。
另外,你也可以使用“标记”工具来标记视频素材中的关键点或特定时刻,方便后续的测量和编辑。
最后,我们还可以利用Adobe Premiere Pro强大的效果和调整功能来进行更高级的视频测量。
premiere使用手册
Premiere 是Adobe 公司推出的一款视频编辑软件,提供了全面的视频编辑工具和功能。
以下是一些基本的Premiere 使用手册:
导入媒体:在Premiere 中,可以导入各种视频、音频和图像文件。
在项目面板中,点击“导入”按钮或使用快捷键Ctrl+I,选择要导入的文件。
创建序列:在导入媒体后,可以创建一个序列来组织和编辑视频。
在项目面板中右键点击媒体文件,选择“新建序列”或使用快捷键Ctrl+N。
编辑视频:将媒体文件拖放到时间轴上,可以对视频进行剪辑、裁剪、调整速度、添加转场等操作。
使用编辑工具和效果控制面板来调整视频的属性。
添加音频:除了视频,还可以添加音频文件到时间轴上。
可以对音频进行剪辑、调整音量、添加音效等操作。
导出视频:完成编辑后,可以将视频导出为各种格式。
在菜单中选择“文件”>“导出”,选择所需的导出格式和设置,然后点击“导出”按钮。
Primer Premier 5.0 的使用技巧简介
1.功能"Premier"的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif)查找。
"Premier"还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。
此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列"朗读"、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种)的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
"Premier"可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mito-chondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。
2. 使用步骤及技巧"Premier"软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述)。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按确定即可。
Premiere 6.0 使用教程
Premiere 6.0 使用教程百科名片Premiere 是Adobe 公司出品的一款音乐编辑软件,是一种基于非线性编辑设备的视音频编辑软件,可以在各种平台下和硬件配合使用,被广泛的应用于电视台、广告制作、电影剪辑等领域,成为PC和MAC平台上应用最为广泛的视频编辑软件。
它是一款相当专业的DV (Desktop Video)编辑软件,专业人员结合专业的系统的配合可以制作出广播级的视频作品。
在普通的微机上,配以比较廉价的压缩卡或输出卡也可制作出专业级的视频作品和MPEG 压缩影视作品。
简介在Premiere 6.0 之前,Adobe 公司相继推出 4.0, 4.2, 5.0, 5.1 和 5.5。
其中,5.0以后的版本都同时支持Windows95/98、WindowsNT及其升级版本Windows 2000.Premiere6.0为视频节目的创建和编辑提供了更加强大的支持,在进行视频编辑、节目预览、视频捕获以及节目输出等操作时,可以在兼顾效果和播放速度的同时,实现更佳的影音效果。
另外在Premiere 6.0中,首次加入关键帧的概念,用户可以在轨道中添加、移动、删除和编辑关键帧,对于控制高级的二维动画游刃有余。
Premiere6.0提供了兼容于QuickTi me系统和其他系统的第三方插件,使用这些插件可以实现视频(滤镜)效果和过渡效果。
由于提供了光盘刻录插件,可以轻松的制作出适合光驱播放的影片。
自Premiere 6.0之后,Adobe 公司又相继推出了Premiere 6.5,Premiere pro 1.0(7.0),1. 5,2.0 和Premiere Pro CS3,Premiere Pro CS4。
由于功能完整,稳定最好,Premiere 6.5 成为Premiere 最为经典的软件截至目前为止,Premiere 从 6.5 以后的版本又以Premiere Pro 统称,其1.0版也可以称为7.0版。
primer_5.0使用方法 使用说明(实用)文档
primer_5.0使用方法使用说明(文档可以直接使用,也可根据实际需要修改使用,可编辑欢迎下载)Primer5.0中文使用说明key 5685Primer Premier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。
其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。
这里我们主要介绍其引物设计功能,其他功能的介绍请参看Plasmid Premier2.02。
打开程序首先进入的是序列编辑参看,与Plasmid Premier相比,其多了一个语音校正的功能,即在输入序列的时候,程序自动将碱基读出,以便用户进行校正,保证输入的正确和快速。
点击该界面的按钮即可进入到程序的引物设计窗口。
该界面共分为四层,最上面一层左面是5个控制按钮,用于实现引物设计中的各种功能,包括引物自动寻找,寻找结果查看和引物编辑;右边是观察两个引物在模板上结合位置的直观图以及对正链还是负链引物进行选择;第二层是显示模板和引物序列及二者间的配对情况的显示;第三层是显示两个引物的各种参数,包括给引物的打分,引物以及产物的起始位置、长度、Tm值、GC%消光系数、简并性;最后一层是给出的有关于引物的二聚体结构、发卡结构、错配情况和引物间二聚体结构的预测,左边是显示是否存在以上各种对PCR扩增有影响的结构,右边显示的是这些结构的位置,结构细节和稳定能,利用这些参数可以对引物作出可靠的评价。
下面是根据模板序列寻找引物的界面,在该界面中可以设定所要搜索的引物的类型,包括PCR引物,测序引物和杂交探针以及引物所在的链;另外也能设定搜索引物的范围,以及最终PCR产物的长度和引物的长度等。
并通过来点击按钮来设置一些搜寻参数:这些参数包括引物的Tm值,GC比,有简并性碱基,3’端稳定性,引物的稳定性,重复序列,二聚体/发卡结构和与模板及可能的杂质DNA(需要从另外的序列文件中读入)之间的错配情况,这些参数的设定可以根据要求变化,程序本身根据一定的标准分成从极高严谨性到极低严谨性5个档次。
Primer Premier使用手册中文版--教你如何使用软件设计引物
PrimerPREMIERVersion 5.0 for Windows and PowerMacintosh使用说明书PREMIERBiosoft International3786 Corina way,Palo Alto, CA 94303-4504电话650 856-2703传真650 843-1250电子邮件************************目录目录 (2)版权声明 (5)简介 (6)新版更新 (6)基础指南 (6)GENETANK 序列编辑 (7)GeneTank Window 序列编辑窗口 (7)查看序列 (7)打开已有序列 (7)创建新序列 (7)保存序列 (8)编辑序列 (8)查找 (8)查看不同链 (8)语音校读 (8)编辑序列比较结果 (9)序列粘贴窗口 (9)参数设置 (9)Rating Parameters 评分参数 (10)序列比较 (10)Alignment Parameters 序列比较参数设置 (10)序列翻译 (12)Edit Codon Table 窗口 (12)PRIMER 引物设计 (14)Primer Premier 引物设计窗口 (14)Direct Select 即点即选框 (14)在序列比较中应用即点即选功能 (14)性状列表 (15)二级结构. . . . . . .. . . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. . . . . .. . .. .. . . . . .. . . . . (15)Edit Primer 引物编辑窗口 (16)Search Criteria 搜索标准窗口 (16)Search Parameter 搜索参数窗口 (17)Automatic Search 自动搜索 (17)Manual Search 手动搜索及引物设计原理 (18)Search Results 搜索结果窗口 (20)Multiplex/Nested Primer 复式及巢式PCR反应引物窗口 (21)Database 引物数据库窗口 (21)Reports 分析报告 (22)Synthesis Order Form 合成订单 (22)Optical Activity 比吸光度 (22)Degeneracy 多义性 (23)Graphs 图表 (23)Restriction Enzyme Analysis 限制性内切酶分析 (24)Restriction Enzyme Analysis 限制性内切酶分析窗口 (24)Restriction Sites 酶切位点窗口 (24)Edit Enzyme 限制内切酶编辑窗口 (24)Filter 特征筛选窗口 (25)Motif Analysis 基序分析 (26)Motif Analysis 基序分析窗口 (26)Motif Sites 基序位点窗口 (26)Edit Motif 基序编辑窗口 (26)Menu Commands 菜单命令 (27)GeneTank 主菜单 (27)File (27)Edit (27)View (27)Search (27)Function (27)Translate (28)Window (28)Help (28)Primer 主菜单 (28)File.....................................................................................................Edit .................................………………........................................... Function.......................…………………..................................................... Report.................……………................................................................................ Graph..............………….................................................................................. Window...........……………….....................................................................................Help ...........………….......................................................................................Enzyme Results Menu 主菜单..........………………..................................... File...........................…………........................................................................... Function..............……………................................................................................ Window.........................…………….....................................................................Help ............................…………........................................................................Motif Menu 主菜单.................................................................................. File...........................……………........................................................................... Function..................………………......................................................................... Window.....................……………….........................................................................Help ........................................………………..........................................................附录 (30)附录A 公式法则…………….…………………………………………..........附录B 多义碱基表.………………..…………………………......................附录C 氨基酸缩写代码……….….………………………………..................附录D 软件上限...…………….…………………………….......................附录E 参考文献 (36)附录F 系统要求 (37)务与技术支持.............…………………………….............................................他信息...................…………………….....................................................者后记...................……………………….....................................................版权声明Copyright © 2000 by PREMIER Biosoft International. All rights reserved.Information in this manual may change without notice and does not represent a commitment on the part of PREMIER Biosoft International.The software described in this manual is provided by PREMIER Biosoft International under a License Agreement. The software may be used only in accordance with the terms of the agreement.PREMIER Biosoft International "Premier" claims copyright to this program and documentation as an unpublished work. Claim of copyright does not imply waiver of Premier's other rights.This program and documentation are confidential and the property of Premier. Use, examination, reproduction, copying, decompilation, transfer, and/or disclosure to others are strictly prohibited except by express written agreement with Premier.PREMIER Biosoft International 简称Premier 版权所有本说明书中的内容可以由Premier单方面更改而无需另行通知本说明中涉及的软件由Premier提供并应有书面授权软件的使用必须在授权范围之内该软件及相关文档作为一项未公开发表的工作其版权归Premier所有对版权的声明并非意味放弃其他权利该软件及相关文档是Premier的机密与财产除非有Premier的书面授权任何的使用检查再生产复制分割传递或/和解密行为均被禁止以上版权声明仅是原英文声明的翻译如有歧义应以原英文声明为准译者声明本软件说明书著作权归PREMIER Biosoft International 所有译者则保留中文翻译的相关版权并授权生物软件网 共享发布该说明书的中文翻译本中文翻译仅限于软件使用者参考其内容如有歧义应以原英文说明书为准译者及生物软件网不承担由翻译打印网页等错误带来的直接和间接损失译者Wenkelly电子邮件*******************简介PRIMER PREMIER 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列该软件主要由一下四个主要功能板块组成GeneTank 序列编辑Primer 引物设计Align 序列比较Enzyme 酶切分析Motif 基序分析新版更新种间交叉引物设计利用来自多个物种的序列设计扩增引物病理检测引物设计可用来在高保守区域设计引物等位基因特效引物设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物基础指南这段指南并非详细的说明仅为使用者对PRIMER PREMIER的菜单选项有一个直观的了解四个功能板块都有各自的窗口和菜单正在使用中的窗口就是您所见到的窗口以下列出了各功能板块的主要菜单选项GeneTank File, Edit, View, Search, Function, Translate, Window,Help.Primer File, Edit, Function, Report, Graph, Window, Help.Enzyme File, Function, Window, Help.Motif File, Function, Window, Help.使用功能菜单时该菜单所属的窗口就会被激活利用各菜单中的window选项记录的所有打开的窗口可以方便的在各个窗口之间进行切换所有的列表都有复选功能对于windows或Power Mac系统而言在点击同时按住CTRL键即可将当前的选择加入选单按住SHIFT键同时点击可以选择两次点击之间范围内的所有选项GeneTank利用GeneTank您可以打开DNA或者蛋白质序列也可以选择不同的阅读框架共三种将DNA翻译成蛋白质或利用蛋白序列反推出DNA序列为方便使用软件已经提供了普通密码子列表和几种线粒体密码子列表您也可以输入您自己的其他线粒体密码子列表序列编辑器提供了包括多媒体语言校读在内的完整的序列编辑功能这一功能板块包括以下部分GeneTank 打开浏览编辑及翻译序列Translation 将打开的序列翻译或反推成其他序列Edit Codon Table 编辑翻译所依据的密码子列表GeneTank窗口GeneTank的窗口用来显示序列及其文件题头信息序列可以3碱基10碱基一组显示您可以将打开的序列翻译或反推成其他序列您也可以使用通常的拷贝剪切和粘贴命令编辑当前序列GeneTank的窗口上也有启用Primer Align Enzyme Motif功能板块的快捷键查看序列点击相应按钮或从View菜单中选择您可以查看文件题头改变5 末端序列起始位置选择3碱基或10碱基一组的显示方式文件题头是指存在于序列文件中位于序列信息上游的文字内容点击header按钮或从View菜单中选择可以显示文件题头信息改变5 末端序列起始位置默认为1 序列将从您指定的5 位置开始显示序列可选操作View >Show HeaderView >GroupingView > 5’ Seq No 某些版本没有这一项打开已有序列使用菜单File >Open 可以激活文件选择对话框用来打开您希望处理的包含特定序列的文件如果序列文件是GenBank的标准格式PRIMER PREMIER会自动识别打开文件中的序列起始位置或是您曾经使用本软件菜单中File > Save命令以PRIMER PREMIER默认格式保存过该文件序列将自动打开如果打开其他格式的序列文件将出现一个可卷动的Import Sequence 窗口并显示全部序列在序列第一行的起始处双击则双击处以前的所有信息将被认为是文件题头然后PRIMER PREMIER会自动剔除非序列字符并将序列在GeneTank里打开创建新序列该项功能可以让您手动键入一个新的序列您可以键入任何DNA或蛋白序列并存在您指定的文件夹内并可以象其他如GenBank格式的文件一样进行操作Windows用户请注意默认设置的DNA序列文件后缀为SEQ 蛋白序列文件后缀为PRO 当然您可以使用其它的任何序列文件类型使用提醒如果您选错文件发现并没有您所希望的序列只需要关闭Import Sequence 窗口重来一次即可保存序列使用本软件保存的序列可以被软件自动识别而无需让您指出序列起始位置建议您在诸如以下情况保存序列您需要经常使用同样的序列您已经编辑完一段序列并希望保存结果您已经输入一段新序列编辑序列只需在GeneTank窗口内您就可以方便的编辑DNA或蛋白质序列而编辑翻译或原始序列十分方便在任一序列上的改变将会正确的反应到与之相关的其他序列例如如果你在一段蛋白序列上无论该序列是被翻译的或是用来反推DNA的原始序列删除一个氨基酸残基在相应DNA上的对应三位密码子将同时被删除但如果您改变一段翻译出的序列这一改变将仅仅在另一段由此翻译出的序列而不会出现在原始序列上编辑序列可以使用直接键入或利用剪贴板通常的剪切拷贝粘贴同样可以方便的在此使用其快捷键分别是CTRL-X, CTRL-C和CTRL-V软件提供三碱基一组的显示方式以利于蛋白相关的工作在键入DNA序列时可以使用A C G T或者附录B所列出的多义碱基在键入蛋白序列时可以使用附录C中所列出的氨基酸单字母记号可以从任何文本编辑器如记事本中的剪贴板中拷贝一段序列并将其粘贴进来当您完成编辑后请注意保存序列查找利用GeneTank窗口上的Find 按钮您可以从指针起始位置开始查找序列中一段特定字符查找到第一个后您也可以使用Find Next 按钮在余下的序列中继续查找使用Search 菜单选择Go To Position可以将指针移到您指定的位点可选操作某些版本在Edit菜单下Search >FindSearch >Find NextSearch >Go To Position查看不同链要查看该序列的互补链您只需要点击GeneTank窗口上的A按钮就会显示该序列的互补链此时互补而点击S按钮就能恢复成原来的序列您亦可点击dsDNA按钮以双链形式显示可选操作View > Sense StrandView > Anti-sense StrandView > ds DNA语音校读在GeneTank打开一段序列后您可以按下语言按钮启用语音校读功能序列将从指针所在的位置开始被依次朗读序列再次按下语音按钮将停止朗读按下键入朗读键将在键入的同时朗读输入的序列再次按下该按钮可以停止键入朗读可选操作Function > Speaker编辑序列比较结果当一项多序列比较完成后比较结果可以通过编辑来获得更准确的配对通常ClustalW法则能够给出一个准确的比较结果因而手工编辑并非必要但对于个别情况或出于特殊要求可能有这种需要所以本软件也提供这一功能将点击指针指向的碱基可以实施改动按下空格键可以插入一个空隙按下Delete键则可以删除一个空隙一旦比较结果被改动最大和最小同源性参数也会自动改变粘贴序列窗口这一窗口使得一段核酸序列通过选择以四种不同的方式粘贴上去9分别为正向As is 反向reversed 互补complemented 以及反向互补reverse complemented 这样便于从其他程序中粘贴序列而无需考虑其序列保存的方向参数设置Preferences 参数设置窗口可以改变本软件所使用的多种默认参数也可以允许您查看及更改引物评分参数设定二级结构在引物评分中所占的权重系数默认引物长度默认值为25默认引物长度在Primer Premier窗口使用即点即选功能时得到的引物长度该项参数也是Primer Premier窗口启动时的初始默认值这项数值可以设定为1到70个碱基引物对搜索最大值默认值为100在自动搜索引物时得到的结果数量可以很多由于该软件按照引物评分来衡量引物效率有些引物虽然合乎标准但评分较低可能没有全部列出的必要尽管我们设置了100对引物这一较大的数值您仍然可以改变该项参数为10到1000之间的任意值核酸浓度默认值为250 pM根据文献7 Freier等提供的计算公式这是没有自身配对时退火的寡聚核苷酸的总浓度它即不是引物浓度也不是起始模板浓度而是PCR产物的浓度由于在PCR过程模板的浓度变化很大很难确定具体数值根据文献11的建议Rychlik等一般经验公式在普通PCR 反应中将其当作250 pM 这项数值被用来计算引物的退火温度10单价离子浓度默认值为50 mM这项数值是指反应混合液中所有单价离子的总浓度游离Mg2+离子浓度默认值为1.5 mM这项数值是指反应混合液中充当辅基的Mg2+离子浓度总Na+当量这项数值是根据单价离子浓度和游离Mg2+离子浓度计算得来计算公式如下Sprt即取平方根总Na+当量单价离子浓度4 Sqrt 游离Mg2+离子浓度1000这项数值用来计算引物的退火温度自由能计算设置温度默认值为25 °C这项数值用来计算自由能G 自由能计算公式为G= H T S.评分参数Rating parameters 评分参数窗口是用来设定二级结构在引物评分中的权重系数二级结构越稳定引物评分就会越低相对于在引物中间形成的二级结构来说3 末端的二级结构对PCR扩增的影响会更大为了将这一效应计算在内软件将3 末端的二级结构的自由能数值G减去1 这一修正会使3 末端的二级结构显得更加稳定这一修正值是根据未公开实验结果制定的您可以根据自己的需要来更改软件只标注是引物二级结构中最稳定的一个自由能数值G 如果没有检测到二级结构则该数值为0序列比较这一部分仅在Primer Premier的Windows版本中使用对于Macintosh系统序列比较是提交到网上完成并下载比较结果在Primer的教程中有关于这方面的完整信息Align 序列比较窗口让您将已经打开的序列进行比较序列选择框显示所有将要比较的序列使用Add 和Delete 按钮可以增加一个序列或移除一个序列使用Options 按钮可以打开序列比较的参数设置窗口序列比较参数设置您可以利用Alignment Parameters 序列比较参数设置窗口来修正ClustalW法则用来优化比较结果的各项参数序列比较可以用两种模式完成一种准确但较慢slow/accurate一种快速但较粗略fast/approximate 选择不同的模式将会得到不同的结果SLOW/ACCURATE模式的序列比较参数这些参数无法改变序列比较的运行速度它们被用来对序列比较评分然后换算为百分比数值即最后显示的百分数并转化为进化树上的进化距离1 Gap Open Penalty 比较结果中一个空隙的罚分2 Gap extension penalty 比较结果中一个空隙每延长一碱基的罚分3 Protein weight matrix 这是描述氨基酸之间的相似性的评分标准4 DNA weight matrix 为核酸配对制定的评分标准包括IUB多义密码子11FAST/APPROXIMATE模式的序列比较参数这种同源性评分是由一种快速粗略的通用比较方法计算得来的它包括4项参数有两种方法用以快速获得序列比较结果1 只计算准确配对的部分k-tuples2 只计算最佳配对的情况K-TUPLE SIZE 这是默认的准确配对的片段长度增加这一数值可以提高运行速度对于蛋白序列最大值为2 对于DNA最大值为4 减少这一数值则可以增加灵敏度对于较长的序列例如大于1000字符您可能需要增加默认值GAP PENALTY 这是快速比较种每个空隙的罚分若非设定成很大的值对比较的速度影响不大TOP DIAGONALS 在一个虚拟的点划分分析法中需要计算的在每个对角线上使用的ktuple 配对数量在比较中只有最佳配对的情况才会被使用由这项参数指定其数量增加这一数值可以提高运行速度减少这一数值则可以增加灵敏度多序列比较参数这些参数控制最终的多序列比较每个多序列比较包括多个双序列比较的过程按照预定顺序依次进行相应的基本控制参数有两种空隙罚分gap penalty 以及位置同源或替代的权重系数scores for various identical/nonidentical residues1 和2 GAP PENALTY由菜单选项1和2控制它们设定空隙以及空隙长度造成的罚分增加空隙罚分可以减少比较结果中空隙的数量增加空隙长度的罚分可以使空隙更短末端的空隙不会被罚分3 DELAY DIVERGENT SEQUENCES 打开这一选项将会先比较同源性高的序列后比较同源性较低的序列该项数值即将特定同源性百分数设定为阀值低于该同源性的序列将会推迟比较4 The TRANSITION WEIGHT 为碱基转换A< >G或C < >T即嘌呤之间和嘧啶之间的替换设定从0到1的权重系数系数0意味将碱基转换看作一个完全的错配系数1意味将其看作一个完全的配对对于远源序列建议将其设置为0 而对于同源性较高的序列将这一系数适当增加会有好处5 PROTEIN WEIGHT MATRIX 该选项可以打开一个让你选择权重矩阵weightmatrices 的菜单对于蛋白质分析默认的矩阵是由Jorja和Steven Henikoff 创建的BLOSUM 系列矩阵请注意是使用一系列矩阵因为到底使用哪一个矩阵取决于序列之间的同源程度进化差异不同所使用的矩阵也不同6 DNA WEIGHT MATRIX 该选项打开一个菜单选择一个而不像蛋白分析那样是一系列核酸权重矩阵默认的一个是BESTFIT用来比较核酸序列的矩阵7 在权重矩阵中如果您愿意可以使用正值也可以使用负值如果不使用NEGATIVE MATRIX 负值权重矩阵选项系统将默认使用正值8 PROTEIN GAP PARAMETERS 蛋白序列空隙参数选项可以打开一个菜单让您可以设置蛋白序列比较结果的空隙罚分参数该选项仅在蛋白序列比较中可用更多信息如果您想得到关于设置参数和ClustalW法则的更多信息请从以下网址获取由原作者提供的完整文件www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/clustalw.html序列翻译激活序列在GeneTank窗口的一个列表框内显示了原始序列以及由它翻译出的其他序列12产生翻译序列的机制如下Translated DNA 从原始的蛋白序列推导DNA序列或由原始DNA翻译出蛋白序列再由蛋白序列反推出的DNA序列Translated Protein 从原始DNA翻译而成蛋白序列或原始蛋白序列翻译出DNA序列再由DNA序列反推出蛋白序列推导DNA按钮当前序列为原始或推导DNA时该按钮不可用当前序列为蛋白序列时点击该按钮将会激活一个Codon Table Selection窗口您可以选择密码子列表和阅读框架翻译结果中的多义碱基请参照说明书的附录可选操作Translate > To DNA翻译蛋白质按钮当前序列为原始或推导蛋白序列时该按钮不可用当前序列为DNA序列时点击该按钮同样将会激活Codon Table Selection窗口您可以选择密码子列表和阅读框架如果原序列中存在的多义碱基使密码子无法翻译成为蛋白残基该残基位点会用*号代替可选操作Translate > To ProteinEdit Codon Table窗口使用这一窗口您可以创造新的密码子列表删除或编辑已有的密码子列表但PRIMER PREMIER 提供的标准密码子列表是不能编辑的使用ADD 按钮创建新的密码子列表会使用标准列表并初始命名为<New Organism 某一数字> 使用Edit Codon Table Name对注意如果您多次翻译一段序列只有最后一次的翻译结果才能被保留而以前的翻译结果将被忽略13话框可以编辑列表名称使用DELETE 按钮则删除当前列表要改变某一密码子对应的氨基酸只需要用鼠标将其拖放到相应位置就可以点击密码子时鼠标指针会发生变化提示您正对其操作任何拖放操作会改变两行内容一行即某种氨基酸得到一个密码子的同时另一行失去这个密码子14Primer 引物设计Primer功能板块包括了设计引物的搜索引擎软件包含了强大的自动搜索法则只需要简单的操作就可以得到合适的引物PRIMER PREMIER也提供了人工控制搜索引擎的方法便于根据您的特殊要求制定标准输出的引物通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和二级结构关键参数如T m值GC含量和自由能G还能以图形显示还有另一个窗口来显示引物的比吸光度activity 单位nmoles/OD和ug/OD 及引物的分子量还可以将当前引物输入数据库打印或填写引物合成定购单为设计用于定点突变的引物该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的引物编辑工具您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物为分析多对反应引物如在复式及巢式PCR中使用function菜单下Multiplex/Nested选项您可以分析所有想用到的引物可以选择事先搜索的引物或手动添加引物软件提供将引物储存到数据库的功能也提供填写引物合成定购单的功能定购单上会自动填入引物序列和其他重要信息该项功能板块由以下部分组成Preferences 参数设置窗口Primer Premier 引物设计窗口Edit Primer 引物编辑窗口Search Criteria 搜索标准窗口Search Parameter 搜索参数窗口Search Results 搜索结果窗口Multiplex/Nested Primer 复式及巢式PCR引物设计窗口Database 引物数据库窗口Synthesis Order Form 生成引物合成订单Reports 结果报告Graphs 图表Primer Premier 引物设计窗口Primer Premier 引物设计窗口是分析引物的关键该窗口包括以下功能即点即选Direct Select 引物性状列表和二级结构显示具体介绍如下Direct Select 即点即选框当您将鼠标指针移至该框中指针将变为铅笔型点击框中任何一处会产生一条起始位置最接近点选位置并与原序列互补的引物所有引物性状将即时更新引物5 和3 末端也会标记上以区分引物的扩增方向如果点选一组序列比较结果引物序列将依据保守序列来确定这使得您很容易知道引物与某一特定序列有哪些错配位点在序列比较中应用即点即选功能在利用高保守序列区域设计引物时Primer Premier会在引物窗口显示序列比较这样您很容易知道引物与每一特定序列有哪些错配位点点击序列任一地方将根据保守序列产生一条引物并加以分析引物也可以被编辑以便同某一特定序列匹配这些可以用来设计针对等位基因的引物通过View 菜单选项可以切换显示多数倾向和少数分歧碱基Majority or Minority Consensus 切换到显示少数分歧碱基可以看出哪些核苷酸不能很好的与所有序列匹配性状列表这一列表显示了当前引物对的各种性状您可以通过以下三种方式选择一对引物作为当前引物对Direct Select框根据上述使用Direct Select的方法选择一条引物切换到另一条互补链选择反向引物得到一对引物对在Search Results 搜索结果窗口里选择一对引物对使用输出命令在数据库窗口里选择一对引物对.性状列表能自动更新正反引物的长度起始位置融链温度T m GC含量GC% 多义性比吸光度Optical Activity 单位ug/OD 对于引物对来说长度条显示了PCR产物的长度而T a Opt项显示了PCR反应适宜的退火温度各种引物性状计算公式请参阅附录A二级结构PRIMER PREMIER能即时分析引物二级结构在左下的两排按钮可以想您显示发现了哪些二级结构而按下的按钮表明相邻的图框里显示的是何种二级结构除了二级结构图框里也显示二级结构的自由能数值G 单位kcal/mol在PRIMER PREMIER窗口内的图框里显示的是最稳定的二级结构连续碱基配对用实线显示而不连续碱基配对用虚线显示按下按钮All 就会给出当前二级结构的报告您选择正向引物的发卡结构并点击All 就会显示以下内容注意如果您想使用上述方法选择一条例如如正向引物而不是一对引物您需要手动回复原来的反向引物来和新引物配对注意如果有至少连续三个碱基配对就会被认为能形成发卡二聚体或错配之类的二级结构15可能出现的二级结构按照稳定性大小自动排序最稳定的一种排在最前使用卷动条可以看到未显示的部分除了上述功能这一板块还具有激活以下功能的快捷按钮Search Criteria 搜索参数窗口Search Results 搜索结果如果已经实施过搜索窗口以及Edit Primer 引物编辑窗口点击按钮可以使相应部分伴随引物对以图形显示16Edit Primer 引物编辑窗口Edit Primer 引物编辑窗口可以用来设计用于定点突变的引物或分析一条已有引物序列在windows系统或Power Mac的Command-X Command-C 及Command-V系统中您可以使用CTRL-X CTRL-C和CTRL-V快捷键来实施剪切拷贝和粘贴删除当前引物序列并从剪贴板上粘贴是分析一条已有引物的好方法进行粘贴时Paste 粘贴窗口会激活用以将引物序列转化为反向互补或反向互补形式您也可以手工键入引物序列一旦引物被编辑发生变化Analyze 按钮就可以使用点击Analyze 按钮即可分析编辑后的引物您可以修改实际序列或是翻译后的氨基酸残基如果您修改氨基酸残基相应位置可能出现多义密码子除了上述的引物性状和二级结构资料具体参阅PRIMER PREMIER窗口的章节该窗口也提供了限制性酶分析功能您可以通过点击Enzyme 按钮通过手动或软件提供的筛选方案来选择一组限制性酶您可以使用Prime 按钮来将引物移动到更合适的结合位点通常这项功能可以让您确认是否有其它比当前位点更稳定更适合的结合位点存在其他信息如果您希望改变阅读框或使用其它密码子列表请关闭本窗口从主菜单上选择Function >GeneTank激活GeneTank窗口再选择Translate > Change Parameters打开Select Codon Table窗口来改变阅读框或选择其它密码子列表然后重新打开本窗口可选操作Function > Edit PrimerSearch Criteria 搜索标准窗口以下是基本搜索标准的详细信息根据PCR引物测序引物或杂交探针的不同要求选择不同的搜索标准是很有必要的。
Primer Premier 5.0 使用技巧
引物分析
Dimer and cross Dimer Hairpin
GC%
Total PCR information
Final PCR information
Search for primer using Oligo 6.44 Search primer
选中引物
上游引物
下游引物 只是示意图
引物分析
首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的 可能性。 二项检查是发夹结构(hairpin);与二聚体 相同,发夹结构的能值越低越好。 第三项检查为GC 含量,以45-55%为宜。 第四False priming 检查
Key information of primer
Accept the edit result Return to the main window
酶切位点分析
Oligo 6.44 使用说明
主要功能:专门的引物设计软件
Oligo 6.44 启动界面
Open sequence file
3个弹出窗口
Melting temperature
∆G Internal Stability
引物编辑
可对引物进行增加或减少碱基
用键盘输入了5个碱基
改动后引物的信息
引物的信息
重新回到双引物的界面
输出引物序列
“Edit”-“Copy”-“Sense Primer”
5' CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA 3'
Edit primer here 引物编辑
Analysis the edit result
Primer Premier 5.0 的使用技巧简介
PCR引物设计软件primerPremier5.0应用简介
4. 引物所对应模板序列的Tm值
• 最好在72℃左右
5. ΔG值(自由能) ,
反映了引物与模板结合的 强弱程度。一般情况下,引物 的ΔG值最好呈正弦曲线形状, 即5’端和中间ΔG值较高,而3’ 端ΔG值相对较低
1. 引物的长度
一般为15-30bp,常用的是1827bp,但不能大于38,因为过长会 导致其延伸温度大于74℃,即Taq 酶的最适温度
2. 引物3’端的序列
引物3’端的碱基一般不用A, 因为A在错误引发位点的引发效 率相对比较高
引物间3’端的互补、二聚体 或发夹结构也可能导致PCR反应 失败
3. 引物的GC含量
一. 引物设计的基本原则
• 引物长度(primer length) • 产物长度(product length) • 序列Tm值 (melting temperature) • ΔG值(internal stabilformation and hairpin) • 错误引发位点(false priming site) • 引物及产物GC含量(composition)
Premier 的主要功能分四大块,其中有三 种功能较常用,即引物设计( ),限 制酶切点分析( ),基元查找( )。 另个功能是同源性分析( ),并非 Premier 的特长,在此略过。该软件还有 别的一些功能,如序列”朗读”,DNA 与蛋白序列的互换( )
6. 引物二聚体及发夹结构的能量
一般不要超过4.5,否则 容易产生引物二聚体带而且 会降低引物浓度从而导致 PCR正常反应不能进行
二. Primer Premier 5.0 引物设计软件简介
Primer Premier 5.0用途:
Primer_5基本使用
Primer 5.0使用方法Primer Premier 5.0软件用途Primer Premier是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件,利用它的高级引物搜索引物数据库,巢式引物设计,引物编辑和分析等功能,可以设计出有高效扩增能力的理想引物,也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。
其主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析,DNA基元(motif)查找和同源性分析功能。
Primer 5.0软件基础指南一. Primer 引物设计Primer功能板块包括了设计引物的搜索引擎软件,包含了强大的自动搜索法则只需要简单的操作就可以得到合适的引物。
Primer Premier也提供了人工控制搜索引擎的方法便于根据您的特殊要求制定标准输出的引物,通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和二级结构关键参数,如Tm值GC含量和自由能G,还能以图形显示。
为设计用于定点突变的引物,该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的引物编辑工具,您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物。
您可以分析所有想用到的引物,可以选择事先搜索的引物,或手动添加引物软件。
二. Manual Search 手动搜索及引物设计原理如下:在过去十年中,为获得高效扩增PCR方法得到的很大发展,我们对引物稳定性二级结构和适宜长度的了解,使得我们在保证引物特异性的前体下,大大提高了引物的扩增效率而Primer Premier 软件的搜索法则很好的维持了高效性和特异性之间的平衡。
1.引物长度引物的长度控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温度,对多数实验适宜引物长度为18到24个碱基,等于或少于15碱基的短引物有时用于简单的基因作图或特殊的文库构建。
library protocol 28到35碱基的长引物对于从一系列高度相关的分子中扩增序列和特殊样本的克隆能起到重要作用,长PCR引物能给扩增带来更好的特异性长引物,也允许您通过降退火温度来能提高反应的灵敏度,不过长引物通常更易于形成包括发卡结构,二聚体自身互补等二级结构。
Primer_Premier_5.0中文使用说明书
PrimerPREMIER Version 5.0 for Windows and PowerMacintosh使用说明书PREMIERBiosoft International3786 Corina way,Palo Alto, CA 94303-4504电话650 856-2703传真650 843-1250电子邮件sales@目录目录 (2)版权声明 (5)简介 (6)新版更新 (6)基础指南 (6)z GENETANK序列编辑 (7)GeneTank Window序列编辑窗口 (7)查看序列 (7)打开已有序列 (7)创建新序列 (7)保存序列 (8)编辑序列 (8)查找 (8)查看不同链 (8)语音校读 (8)编辑序列比较结果 (9)序列粘贴窗口 (9)参数设置 (9)Rating Parameters评分参数 (10)序列比较 (10)Alignment Parameters序列比较参数设置 (10)序列翻译 (12)Edit Codon Table 窗口 (12)z PRIMER引物设计 (14)Primer Premier引物设计窗口 (14)Direct Select即点即选框 (14)在序列比较中应用即点即选功能 (14)性状列表 (15)二级结构 (15)Edit Primer引物编辑窗口 (16)Search Criteria搜索标准窗口 (16)Search Parameter搜索参数窗口 (17)Automatic Search自动搜索 (17)Manual Search手动搜索及引物设计原理 (18)Search Results搜索结果窗口 (20)Multiplex/Nested Primer复式及巢式PCR反应引物窗口 (21)Database引物数据库窗口 (21)Reports分析报告 (22)Synthesis Order Form合成订单 (22)Optical Activity比吸光度 (22)Degeneracy多义性 (23)Graphs图表 (23)z Restriction Enzyme Analysis限制性内切酶分析 (24)Restriction Enzyme Analysis限制性内切酶分析窗口 (24)Restriction Sites酶切位点窗口 (24)Edit Enzyme限制内切酶编辑窗口 (24)Filter特征筛选窗口 (25)z Motif Analysis基序分析 (26)Motif Analysis基序分析窗口 (26)Motif Sites基序位点窗口 (26)Edit Motif基序编辑窗口 (26)Menu Commands菜单命令 (27)GeneTank 主菜单 (27)File (27)Edit (27)View (27)Search (27)Function (27)Translate (28)Window (28)Help (28)Primer 主菜单 (28)File (28)Edit (28)Function (28)Report (28)Graph (28)Window (29)Help (29)Enzyme Results Menu 主菜单 (29)File (29)Function (29)Window (29)Help (29)Motif Menu 主菜单 (29)File (29)Function (29)Window (29)Help (29)附录 (30)附录A公式法则 (31)附录B多义碱基表 (33)附录C氨基酸缩写代码 (34)附录D软件上限 (35)附录E参考文献 (36)附录F系统要求 (37)服务与技术支持 (38)其他信息 (38)译者后记 (38)版权声明Copyright © 2000 by PREMIER Biosoft International. All rights reserved.Information in this manual may change without notice and does not represent a commitment on the part of PREMIER Biosoft International.The software described in this manual is provided by PREMIER Biosoft International under a License Agreement. The software may be used only in accordance with the terms of the agreement.PREMIER Biosoft International"Premier" claims copyright to this program anddocumentation as an unpublished work. Claim of copyright does not imply waiver of Premier's other rights.This program and documentation are confidential and the property of Premier. Use, examination, reproduction, copying, decompilation, transfer, and/or disclosure to others are strictly prohibited except by express written agreement with Premier.PREMIER Biosoft International 简称Premier版权所有本说明书中的内容可以由Premier单方面更改而无需另行通知本说明中涉及的软件由Premier提供并应有书面授权软件的使用必须在授权范围之内该软件及相关文档作为一项未公开发表的工作其版权归Premier所有对版权的声明并非意味放弃其他权利该软件及相关文档是Premier的机密与财产除非有Premier的书面授权任何的使用检查再生产复制分割传递或/和解密行为均被禁止以上版权声明仅是原英文声明的翻译如有歧义应以原英文声明为准译者声明本软件说明书著作权归PREMIER Biosoft International 所有译者则保留中文翻译的相关版权并授权生物软件网共享发布该说明书的中文翻译本中文翻译仅限于软件使用者参考其内容如有歧义应以原英文说明书为准译者及生物软件网不承担由翻译打印网页等错误带来的直接和间接损失译者Wenkelly电子邮件wenkelly163@简介PRIMER PREMIER 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列该软件主要由一下四个主要功能板块组成GeneTank序列编辑Primer引物设计Align序列比较Enzyme酶切分析Motif基序分析新版更新种间交叉引物设计利用来自多个物种的序列设计扩增引物病理检测引物设计可用来在高保守区域设计引物等位基因特效引物设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物基础指南这段指南并非详细的说明仅为使用者对PRIMER PREMIER的菜单选项有一个直观的了解四个功能板块都有各自的窗口和菜单正在使用中的窗口就是您所见到的窗口以下列出了各功能板块的主要菜单选项GeneTank File, Edit, View, Search, Function, Translate, Window,Help.Primer File, Edit, Function, Report, Graph, Window, Help.Enzyme File, Function, Window, Help.Motif File, Function, Window, Help.使用功能菜单时该菜单所属的窗口就会被激活利用各菜单中的window选项记录的所有打开的窗口可以方便的在各个窗口之间进行切换所有的列表都有复选功能对于windows或Power Mac系统而言在点击同时按住CTRL键即可将当前的选择加入选单按住SHIFT键同时点击可以选择两次点击之间范围内的所有选项z GeneTank利用GeneTank 您可以打开DNA或者蛋白质序列也可以选择不同的阅读框架共三种将DNA 翻译成蛋白质或利用蛋白序列反推出DNA 序列为方便使用软件已经提供了普通密码子列表和几种线粒体密码子列表您也可以输入您自己的其他线粒体密码子列表序列编辑器提供了包括多媒体语言校读在内的完整的序列编辑功能这一功能板块包括以下部分GeneTank 打开浏览编辑及翻译序列Translation 将打开的序列翻译或反推成其他序列Edit Codon Table 编辑翻译所依据的密码子列表GeneTank 窗口GeneTank 的窗口用来显示序列及其文件题头信息序列可以3碱基10碱基一组显示您可以将打开的序列翻译或反推成其他序列您也可以使用通常的拷贝剪切和粘贴命令编辑当前序列GeneTank 的窗口上也有启用Primer Align Enzyme Motif 功能板块的快捷键查看序列点击相应按钮或从View菜单中选择您可以查看文件题头改变5末端序列起始位置选择3碱基或10碱基一组的显示方式文件题头是指存在于序列文件中位于序列信息上游的文字内容点击header 按钮或从View 菜单中选择可以显示文件题头信息改变5末端序列起始位置默认为1序列将从您指定的5位置开始显示序列可选操作View >Show HeaderView >Grouping View > 5’ Seq No 某些版本没有这一项打开已有序列使用菜单File >Open 可以激活文件选择对话框用来打开您希望处理的包含特定序列的文件如果序列文件是GenBank 的标准格式PRIMER PREMIER 会自动识别打开文件中的序列起始位置或是您曾经使用本软件菜单中File > Save 命令以PRIMER PREMIER 默认格式保存过该文件序列将自动打开如果打开其他格式的序列文件将出现一个可卷动的Import Sequence窗口并显示全部序列在序列第一行的起始处双击则双击处以前的所有信息将被认为是文件题头然后PRIMER PREMIER 会自动剔除非序列字符并将序列在GeneTank 里打开创建新序列该项功能可以让您手动键入一个新的序列您可以键入任何DNA 或蛋白序列并存在您指定的文件夹内并可以象其他如GenBank 格式的文件一样进行操作用户请注意默认设置的SEQ蛋白序列文件后缀为PRO 当然您可以使用其它的任何序列文件类型使用提醒如果您选错文件发现并没有您所希望的序列只需要关闭重来一次即可保存序列使用本软件保存的序列可以被软件自动识别而无需让您指出序列起始位置建议您在诸如以下情况保存序列您需要经常使用同样的序列您已经编辑完一段序列并希望保存结果您已经输入一段新序列编辑序列只需在GeneTank窗口内您就可以方便的编辑DNA或蛋白质序列而编辑翻译或原始序列十分方便在任一序列上的改变将会正确的反应到与之相关的其他序列例如如果你在一段蛋白序列上无论该序列是被翻译的或是用来反推DNA的原始序列删除一个氨基酸残基在相应DNA上的对应三位密码子将同时被删除但如果您改变一段翻译出的序列这一改变将仅仅在另一段由此翻译出的序列而不会出现在原始序列上编辑序列可以使用直接键入或利用剪贴板通常的剪切拷贝粘贴同样可以方便的在此使用其快捷键分别是CTRL-X, CTRL-C和CTRL-V软件提供三碱基一组的显示方式以利于蛋白相关的工作在键入DNA序列时可以使用A C G T或者附录B所列出的多义碱基在键入蛋白序列时可以使用附录C中所列出的氨基酸单字母记号可以从任何文本编辑器如记事本中的剪贴板中拷贝一段序列并将其粘贴进来当您完成编辑后请注意保存序列查找利用GeneTank窗口上的Find按钮您可以从指针起始位置开始查找序列中一段特定字符查找到第一个后您也可以使用Find Next按钮在余下的序列中继续查找使用Search 菜单选择Go To Position可以将指针移到您指定的位点可选操作某些版本在Edit菜单下Search >FindSearch >Find NextSearch >Go To Position查看不同链要查看该序列的互补链您只需要点击GeneTank窗口上的A按钮就会显示该序列的互补链此时互补而点击S按钮就能恢复成原来的序列您亦可点击dsDNA按钮以双链形式显示可选操作View > Sense StrandView > Anti-sense StrandView > ds DNA语音校读在GeneTank打开一段序列后您可以按下语言按钮启用语音校读功能序列将从指针所在的位置开始被依次朗读序列再次按下语音按钮将停止朗读按下键入朗读键将在键入的同时朗读输入的序列再次按下该按钮可以停止键入朗读可选操作Function > Speaker编辑序列比较结果当一项多序列比较完成后比较结果可以通过编辑来获得更准确的配对通常ClustalW法则能够给出一个准确的比较结果因而手工编辑并非必要但对于个别情况或出于特殊要求可能有这种需要所以本软件也提供这一功能将点击指针指向的碱基可以实施改动按下空格键可以插入一个空隙按下Delete键则可以删除一个空隙一旦比较结果被改动最大和最小同源性参数也会自动改变粘贴序列窗口这一窗口使得一段核酸序列通过选择以四种不同的方式粘贴上去分别为正向As is反向reversed互补complemented以及反向互补reversecomplemented这样便于从其他程序中粘贴序列而无需考虑其序列保存的方向参数设置Preferences参数设置窗口可以改变本软件所使用的多种默认参数也可以允许您查看及更改引物评分参数设定二级结构在引物评分中所占的权重系数默认引物长度默认值为25默认引物长度在Primer Premier窗口使用即点即选功能时得到的引物长度该项参数也是Primer Premier窗口启动时的初始默认值这项数值可以设定为1到70个碱基引物对搜索最大值默认值为100在自动搜索引物时得到的结果数量可以很多由于该软件按照引物评分来衡量引物效率有些引物虽然合乎标准但评分较低可能没有全部列出的必要尽管我们设置了100对引物这一较大的数值您仍然可以改变该项参数为10到1000之间的任意值核酸浓度默认值为250 pM根据文献7Freier等提供的计算公式这是没有自身配对时退火的寡聚核苷酸的总浓度它即不是引物浓度也不是起始模板浓度而是PCR产物的浓度由于在PCR过程模板的浓度变化很大很难确定具体数值根据文献11的建议Rychlik等一般经验公式在普通PCR 反应中将其当作250 pM这项数值被用来计算引物的退火温度单价离子浓度默认值为50 mM这项数值是指反应混合液中所有单价离子的总浓度游离Mg2+离子浓度默认值为1.5 mM这项数值是指反应混合液中充当辅基的Mg2+离子浓度总Na+当量这项数值是根据单价离子浓度和游离Mg2+离子浓度计算得来计算公式如下Sprt即取平方根总Na+当量单价离子浓度4Sqrt游离Mg2+离子浓度1000这项数值用来计算引物的退火温度自由能计算设置温度默认值为25 °C这项数值用来计算自由能G自由能计算公式为G=H T S.评分参数Rating parameters评分参数窗口是用来设定二级结构在引物评分中的权重系数二级结构越稳定引物评分就会越低相对于在引物中间形成的二级结构来说3末端的二级结构对PCR扩增的影响会更大为了将这一效应计算在内软件将3末端的二级结构的自由能数值G减去1这一修正会使3末端的二级结构显得更加稳定这一修正值是根据未公开实验结果制定的您可以根据自己的需要来更改软件只标注是引物二级结构中最稳定的一个自由能数值G如果没有检测到二级结构则该数值为0序列比较这一部分仅在Primer Premier的Windows版本中使用对于Macintosh系统序列比较是提交到网上完成并下载比较结果在Primer的教程中有关于这方面的完整信息Align序列比较窗口让您将已经打开的序列进行比较序列选择框显示所有将要比较的序列使用Add和Delete按钮可以增加一个序列或移除一个序列使用Options按钮可以打开序列比较的参数设置窗口序列比较参数设置您可以利用Alignment Parameters序列比较参数设置窗口来修正ClustalW法则用来优化比较结果的各项参数序列比较可以用两种模式完成一种准确但较慢slow/accurate一种快速但较粗略fast/approximate选择不同的模式将会得到不同的结果SLOW/ACCURATE模式的序列比较参数这些参数无法改变序列比较的运行速度它们被用来对序列比较评分然后换算为百分比数值即最后显示的百分数并转化为进化树上的进化距离1Gap Open Penalty比较结果中一个空隙的罚分2Gap extension penalty比较结果中一个空隙每延长一碱基的罚分3Protein weight matrix这是描述氨基酸之间的相似性的评分标准4DNA weight matrix为核酸配对制定的评分标准包括IUB多义密码子FAST/APPROXIMATE模式的序列比较参数这种同源性评分是由一种快速粗略的通用比较方法计算得来的它包括4项参数有两种方法用以快速获得序列比较结果1只计算准确配对的部分k-tuples2只计算最佳配对的情况K-TUPLE SIZE这是默认的准确配对的片段长度增加这一数值可以提高运行速度对于蛋白序列最大值为2对于DNA最大值为4减少这一数值则可以增加灵敏度对于较长的序列例如大于1000字符您可能需要增加默认值GAP PENALTY这是快速比较种每个空隙的罚分若非设定成很大的值对比较的速度影响不大TOP DIAGONALS在一个虚拟的点划分分析法中需要计算的在每个对角线上使用的k-tuple配对数量在比较中只有最佳配对的情况才会被使用由这项参数指定其数量增加这一数值可以提高运行速度减少这一数值则可以增加灵敏度多序列比较参数这些参数控制最终的多序列比较每个多序列比较包括多个双序列比较的过程按照预定顺序依次进行相应的基本控制参数有两种空隙罚分gap penalty以及位置同源或替代的权重系数scores for various identical/nonidentical residues1和2GAP PENALTY由菜单选项1和2控制它们设定空隙以及空隙长度造成的罚分增加空隙罚分可以减少比较结果中空隙的数量增加空隙长度的罚分可以使空隙更短末端的空隙不会被罚分3DELAY DIVERGENT SEQUENCES打开这一选项将会先比较同源性高的序列后比较同源性较低的序列该项数值即将特定同源性百分数设定为阀值低于该同源性的序列将会推迟比较4The TRANSITION WEIGHT为碱基转换A<>G或C <>T即嘌呤之间和嘧啶之间的替换设定从0到1的权重系数系数0意味将碱基转换看作一个完全的错配系数1意味将其看作一个完全的配对对于远源序列建议将其设置为0而对于同源性较高的序列将这一系数适当增加会有好处5PROTEIN WEIGHT MATRIX该选项可以打开一个让你选择权重矩阵weightmatrices的菜单对于蛋白质分析默认的矩阵是由Jorja和Steven Henikoff 创建的BLOSUM系列矩阵请注意是使用一系列矩阵因为到底使用哪一个矩阵取决于序列之间的同源程度进化差异不同所使用的矩阵也不同6DNA WEIGHT MATRIX该选项打开一个菜单选择一个而不像蛋白分析那样是一系列核酸权重矩阵默认的一个是BESTFIT用来比较核酸序列的矩阵7在权重矩阵中如果您愿意可以使用正值也可以使用负值如果不使用NEGATIVEMATRIX负值权重矩阵选项系统将默认使用正值8PROTEIN GAP PARAMETERS蛋白序列空隙参数选项可以打开一个菜单让您可以设置蛋白序列比较结果的空隙罚分参数该选项仅在蛋白序列比较中可用更多信息如果您想得到关于设置参数和ClustalW 法则的更多信息请从以下网址获取由原作者提供的完整文件www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/clustalw.html序列翻译激活序列在GeneTank 窗口的一个列表框内显示了原始序列以及由它翻译出的其他序列产生翻译序列的机制如下Translated DNA 从原始的蛋白序列推导DNA序列或由原始DNA翻译出蛋白序列再由蛋白序列反推出的DNA 序列Translated Protein 从原始DNA 翻译而成蛋白序列或原始蛋白序列翻译出DNA序列再由DNA 序列反推出蛋白序列推导DNA 按钮当前序列为原始或推导DNA 时该按钮不可用当前序列为蛋白序列时点击该按钮将会激活一个Codon Table Selection 窗口您可以选择密码子列表和阅读框架翻译结果中的多义碱基请参照说明书的附录可选操作Translate > To DNA翻译蛋白质按钮当前序列为原始或推导蛋白序列时该按钮不可用当前序列为DNA 序列时点击该按钮同样将会激活Codon Table Selection 窗口您可以选择密码子列表和阅读框架如果原序列中存在的多义碱基使密码子无法翻译成为蛋白残基该残基位点会用*号代替可选操作Translate > To ProteinEdit Codon Table 窗口使用这一窗口您可以创造新的密码子列表删除或编辑已有的密码子列表但PRIMER PREMIER 提供的标准密码子列表是不能编辑的使用ADD 按钮创建新的密码子列表会使用标准列表并初始命名为<New Organism 某一数字>使用Edit Codon Table Name 对注意如果您多次翻译一段序列只有最后一次的翻译结果才能被保留而以前的翻译结果将被忽略话框可以编辑列表名称使用DELETE按钮则删除当前列表要改变某一密码子对应的氨基酸只需要用鼠标将其拖放到相应位置就可以点击密码子时鼠标指针会发生变化提示您正对其操作任何拖放操作会改变两行内容一行即某种氨基酸得到一个密码子的同时另一行失去这个密码子z Primer引物设计Primer功能板块包括了设计引物的搜索引擎软件包含了强大的自动搜索法则只需要简单的操作就可以得到合适的引物PRIMER PREMIER也提供了人工控制搜索引擎的方法便于根据您的特殊要求制定标准输出的引物通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和二级结构关键参数如Tm值GC含量和自由能G还能以图形显示还有另一个窗口来显示引物的比吸光度activity单位nmoles/OD和ug/OD及引物的分子量还可以将当前引物输入数据库打印或填写引物合成定购单为设计用于定点突变的引物该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的引物编辑工具您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物为分析多对反应引物如在复式及巢式PCR中使用function菜单下Multiplex/Nested选项您可以分析所有想用到的引物可以选择事先搜索的引物或手动添加引物软件提供将引物储存到数据库的功能也提供填写引物合成定购单的功能定购单上会自动填入引物序列和其他重要信息该项功能板块由以下部分组成Preferences参数设置窗口Primer Premier引物设计窗口Edit Primer引物编辑窗口Search Criteria搜索标准窗口Search Parameter搜索参数窗口Search Results搜索结果窗口Multiplex/Nested Primer复式及巢式PCR引物设计窗口Database引物数据库窗口Synthesis Order Form生成引物合成订单Reports结果报告Graphs图表Primer Premier引物设计窗口Primer Premier引物设计窗口是分析引物的关键该窗口包括以下功能即点即选Direct Select引物性状列表和二级结构显示具体介绍如下Direct Select即点即选框当您将鼠标指针移至该框中指针将变为铅笔型点击框中任何一处会产生一条起始位置最接近点选位置并与原序列互补的引物所有引物性状将即时更新引物5和3末端也会标记上以区分引物的扩增方向如果点选一组序列比较结果引物序列将依据保守序列来确定这使得您很容易知道引物与某一特定序列有哪些错配位点在序列比较中应用即点即选功能在利用高保守序列区域设计引物时Primer Premier会在引物窗口显示序列比较这样您很容易知道引物与每一特定序列有哪些错配位点点击序列任一地方将根据保守序列产生一条引物并加以分析引物也可以被编辑以便同某一特定序列匹配这些可以用来设计针对等位基因的引物通过View菜单选项可以切换显示多数倾向和少数分歧碱基Majority or Minority Consensus切换到显示少数分歧碱基可以看出哪些核苷酸不能很好的与所有序列匹配性状列表这一列表显示了当前引物对的各种性状您可以通过以下三种方式选择一对引物作为当前引物对Direct Select框根据上述使用Direct Select的方法选择一条引物切换到另一条互补链选择反向引物得到一对引物对在Search Results 搜索结果窗口里选择一对引物对使用输出命令在数据库窗口里选择一对引物对.性状列表能自动更新正反引物的长度起始位置融链温度TmGC 含量GC%多义性比吸光度Optical Activity 单位ug/OD 对于引物对来说长度条显示了PCR 产物的长度而T a Opt 项显示了PCR 反应适宜的退火温度各种引物性状计算公式请参阅附录A 二级结构PRIMER PREMIER 能即时分析引物二级结构在左下的两排按钮可以想您显示发现了哪些二级结构而按下的按钮表明相邻的图框里显示的是何种二级结构除了二级结构图框里也显示二级结构的自由能数值G 单位kcal/mol在PRIMER PREMIER窗口内的图框里显示的是最稳定的二级结构连续碱基配对用实线显示而不连续碱基配对用虚线显示按下按钮All 就会给出当前二级结构的报告您选择正向引物的发卡结构并点击All就会显示以下内容可能出现的二级结构按照稳定性大小自动排序最稳定的一种排在最前使用卷动条可以看到未显示的部分除了上述功能这一板块还具有激活以下功能的快捷按钮 Search Criteria搜索参数窗口Search Results 搜索结果如果已经实施过搜索窗口以及Edit Primer 引物编辑窗口点击按钮可以使相应部分伴随引物对以图形显示注意如果您想使用上述方法选择一条例如如正向引物而不是一对引物您需要手动回复原来的反向引物来和新引物配对注意如果有至少连续三个碱基配对就会被认为能形成发卡二聚体或错配之类的二级结构Edit Primer引物编辑窗口Edit Primer引物编辑窗口可以用来设计用于定点突变的引物或分析一条已有引物序列在windows系统或Power Mac的Command-X Command-C及Command-V系统中您可以使用CTRL-X CTRL-C和CTRL-V快捷键来实施剪切拷贝和粘贴删除当前引物序列并从剪贴板上粘贴是分析一条已有引物的好方法进行粘贴时Paste粘贴窗口会激活用以将引物序列转化为反向互补或反向互补形式您也可以手工键入引物序列一旦引物被编辑发生变化Analyze按钮就可以使用点击Analyze按钮即可分析编辑后的引物您可以修改实际序列或是翻译后的氨基酸残基如果您修改氨基酸残基相应位置可能出现多义密码子除了上述的引物性状和二级结构资料具体参阅PRIMER PREMIER窗口的章节该窗口也提供了限制性酶分析功能您可以通过点击Enzyme按钮通过手动或软件提供的筛选方案来选择一组限制性酶您可以使用Prime按钮来将引物移动到更合适的结合位点通常这项功能可以让您确认是否有其它比当前位点更稳定更适合的结合位点存在其他信息如果您希望改变阅读框或使用其它密码子列表请关闭本窗口从主菜单上选择Function >GeneTank激活GeneTank窗口再选择Translate > Change Parameters打开Select Codon Table窗口来改变阅读框或选择其它密码子列表然后重新打开本窗口可选操作Function > Edit PrimerSearch Criteria搜索标准窗口以下是基本搜索标准的详细信息根据PCR引物测序引物或杂交探针的不同要求选择不同的搜索标准是很有必要的PRIMER PREMIER 会根据您的选择来调整自动搜索的标准某些用以优化引物扩增能力的标准不一定也适合测序引物或杂交探针的设计这两者需要的是较高的退火温度因此当您选择不同的搜索标准PRIMER PREMIER将对相关标准作出调整以适应不同的要求搜索公式中使用的具体参数请参看后面的Automatic Search Parameter自动搜索参数章节Search Type搜索类型框将指定您要搜索的是单个引物两条单独引物引物对或为当前引物找寻合适的反向引物默认设置下Search Range搜索范围是当前序列的全长默认PCR产物长度为100 bp 到500 bp如果您是搜索单个引物该数值将不会起作用您也可以为搜索设定Primer Length 引物长度您将会在下一章节了解该项设定的具体作用最后您可以设定Search Mode搜索模式为自动或手动除非您有很特殊的要求或想完全控制特定的搜索参数建议您使用自动搜索利用PRIMER PREMIER找到多条引物再从中通过详细分析来挑选合适的使用可选操作Function > Search。
《2024年利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》范文
《利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的研究》篇一一、引言PCR(聚合酶链式反应)是分子生物学和遗传学中常用的一种实验技术,它对于特定基因序列的克隆、分析、鉴定和扩增具有重要意义。
在PCR技术中,引物设计是一个关键的步骤,其成功与否直接影响着PCR反应的效果和准确度。
随着生物信息学的发展,引物设计软件为研究人员提供了更加方便快捷的途径。
本篇文章旨在研究并阐述如何利用软件PrimerPremier5.0进行PCR引物设计。
二、PrimerPremier5.0简介PrimerPremier5.0是一款专门用于设计PCR引物的软件,具有友好的界面和强大的功能。
它可以针对特定基因序列进行引物设计,同时还可以根据用户的需求进行参数调整,如引物的长度、GC含量、退火温度等。
此外,该软件还具有自动筛选和优化引物的功能,大大提高了引物设计的效率和准确性。
三、利用PrimerPremier5.0进行PCR引物设计的步骤1. 打开PrimerPremier5.0软件,输入需要设计的基因序列。
2. 根据实验需求设置引物设计的参数,如引物长度、GC含量、退火温度等。
3. 软件将自动分析基因序列,并在可能的位置设计引物。
用户可以根据需要调整引物的位置和参数。
4. 软件将给出所有可能的引物组合,用户可以根据引物的质量、特异性等指标进行筛选。
5. 对筛选出的引物进行优化,如调整引物的长度、GC含量等,以提高PCR反应的效率和准确性。
6. 保存并导出设计的引物序列,用于后续的PCR实验。
四、注意事项1. 在进行引物设计时,应尽量选择特异性较高的区域进行设计,以避免非特异性扩增。
2. 引物的长度和GC含量应适中,以保证PCR反应的效率和准确性。
3. 退火温度是PCR反应中一个重要的参数,应根据引物的具体情况进行调整。
4. 在使用PrimerPremier5.0进行引物设计时,应遵循软件的操作指南,以保证设计的准确性和效率。
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软件介绍
File
New Project Open Project Save Project Save Project As Close Project Printer Setup Print Exit
主菜单
新建工程 打开工程 保存工程 工程另存 关闭工程 打印机设置 打印Map窗口 退出Premier
软件安装
三、要求用户选择安装类型。选择相应类型后按“下一 步”按钮继续安装,或按“前一步”按钮返回到上一 个安装步骤。如果希望取消本次安装,按“取消”按 钮。
软件安装
四、要求用户指示Pilot Premier的安装路径。系统将指定 缺省的安装路径,用户也可以输入并修改新的安装路 径。在确认安装路径正确后,按“下一步”按钮继续 安装,按“前一步”按钮可以返回到上一个安装步骤。 如果希望取消本次安装,则按“取消”按钮。
软件安装
六、在完成以上所有设置后,安装程序将把Pilot Premier的所有 文件到拷贝硬盘,并进行相关参数的自动设置。
软件安装
七、在拷贝完成后,安装程序提示已经成功地进行了Pilot Premier的安装。按“完成”按钮完成安装。
三、软件以及设备介绍
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软件介绍
主菜单
每个主菜单项都包含各自的子菜单,部分子菜单在不 能执行时呈灰色。
Neighbour Check
邻小区检查
New Site
新建基站
Edit
基站数据编辑
Delete
删除当前基站数据
软件介绍
Map New Map Edit Delete
Testdata New Testdata Edit Delete Merge
主菜单
新建地图 地图数据编辑 删除当前地图数据
打开/关闭回放数据 开始(停止)回放 调整当前回放方向(向前/向后)
软件介绍
主菜单
Analysis
Logging Tag Connect (Disconnect) Start (Stop) Pause (Resume)
Sites&Maps Coverage Statistics
By Data By Map
软件介绍
Data
Configure Device Coverage Graph Map Diagnosis
主菜单
设备参数设置 覆盖参数设置 Graph窗口显示设置 Map窗口显示设置 诊断参数设置
软件介绍
主菜单
Site
Cell
New Cell
新建小区
Edit
小区数据编辑
Delete 删除当前小区数据
加用户标签 连接(断开)测试设备 开始(停止)测试 暂停(恢复)测试 在当前地图窗口显示基站和地图 在当前地图窗口覆盖测试数据
指定测试数据统计 指定Map窗口范围统计
软件介绍
主菜单
Diagnosis
Co- Channel Interference
BCCH
同频BCCH干扰诊断
TCH
同频TCH干扰诊断
Zoom In Zoom Out Centre View Legend Redraw Save Map
主菜单
切换点显示 掉话点显示
Map窗口放大
Map窗口缩小 测试数据居中显示 图例颜色含义显示 Map窗口重画 保存当前Map窗口
软件介绍
Toolbar Standard Replay Logging
二、软件安装
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软件安装
Pilot Premier的安装通过一个自动安装向导 进行,该向导将帮助用户一步一步地选 择安装设置。在安装过程中,自动中文 提示界面。进行在安装前,应通过以下 步骤激活安装程序:
1、把安装光盘插入光盘驱动器中; 2、浏览安装光盘Premier目录并双击
Setup.exe文件图标即开始安装
软件安装
五、要求用户指定安装完成后Pilot Premier的程序组名称,缺省 名为“Pilot Premier”,用户也可以修改为自己定义的名称。 在安装完成后,该程序组名称将自动加载到Program程序列表 中。确认程序组名正确后,按“下一步”按钮继续安装,按 “前一步”按钮可以返回到上一个安装步骤。如果希望取消 本次安装,则按“取消”按钮。
Ad- Channel Interference
Pilot Premier
——GSM无线网络优化评估系统
目录
一、产品介绍 二、软件安装 三、软件以及设备介绍 四、测试业务介绍 五、指标统计 六、出图
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一、产品介绍
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产品介绍
Pilot Premier是一个基于PC和 Windows9X/NT/2000/XP的网络优化评估系统。 用于对无线网络进行测试、分析和评估,并自 动提出诊断报告。
新建测试数据 测试数据编辑 删除当前测试数据 数据合并
软件介绍
Import Project Maps External Map Sites
Export Sites Testdata
主菜单
引入工程 引入地图 引入外部地图 引入基站数据
输出基站数据 输入测试数据
软件介绍
View
Handover Dropped Zoom
软件安装
一、建议用户关闭所有正在运行的程序以避免在安装过 程中产生问题。同时包括有关软件版权的说明。如果 确保已经退出了其他运行程序并阅读了版权保护内容, 按“下一步”按钮继续安装。要取消本次安装,按 “取消”按钮
软件安装
二、显示Pilot Premier的软件协议书内容,如果用户希望 安装Pilot Premieement,则按“下一步”按钮继续安装, 也可以按“前一步”按钮退回到上一个安装步骤。如 果不接受此Agreement,则按“取消”按钮退出安装。
Events Filters Project Window Logging Window
主菜单
标准工具条显示 回放工具条显示 测试工具条显示 事件定义和编辑 过滤条件编辑 工程窗口显示/关闭 测试窗口显示/关闭
软件介绍
主菜单
Analysis
Replay Open (Close) Start (Stop) Forward (Backward)