R软件计算生物多样性指数

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R软件计算生物多样性指数

R软件中有众多的程序包可以进行生物多样性指数的计算,这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法:

将R软件安装好后,输入以下命令,即可计算出常用的生物多样性指数。




#第一步

#是矩阵的整理,建议在Excel中整理成如下格式,再用R整理成物种矩阵,注意:列的名字要完全一致,包括大小写。

plotname species abundance

plot1 sp1 3

plot1 sp2 6

plot1 sp3 1

plot1 sp4 2

plot1 sp5 1

plot2 sp1 8

plot2 sp3 30

plot3 sp4 2

plot3 sp2 1

plot3 sp6 1

plot3 sp7 3

.....

#在Excel中,另存为csv格式,如存名称为 herbplots.csv。



#第二步 读取文件

herb.data<- read.csv("D:/herb/herbplots.csv", header=T)



#第三步 转换为 矩阵



#导入spaa程序包,如果没有安装的话,需要用install.packages('spaa')安装



library(spaa)

herb.mat<- data2mat(herb.data)



#此时生成的矩阵,形式如下:

plots sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7

plot1 3 6 1 2 1 0 0

plot2 8 0 30 0 0 0 0

plot3 0 1 0 2 0 1 3



#导入vegan ,如果没有安装的话,需要先安装vegan程序包 install.packages("vegan")



library(vegan)



#计算Shannon-Wiener指数

Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index = "shannon")

#计算Simpson指数

Simpson <- diversity(herb.mat, index = "simpson")



#计算Inverse Simpson指数

Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index = "inv")



#计算物种累计数

S <- specnumber(herb.mat)



plot(S)

#计算Pielou均匀度指数

J <- Shannon.Wiener/log(S)



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