R软件计算生物多样性指数
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
R软件计算生物多样性指数
R软件中有众多的程序包可以进行生物多样性指数的计算,这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法:
将R软件安装好后,输入以下命令,即可计算出常用的生物多样性指数。
#第一步
#是矩阵的整理,建议在Excel中整理成如下格式,再用R整理成物种矩阵,注意:列的名字要完全一致,包括大小写。
plotname species abundance
plot1 sp1 3
plot1 sp2 6
plot1 sp3 1
plot1 sp4 2
plot1 sp5 1
plot2 sp1 8
plot2 sp3 30
plot3 sp4 2
plot3 sp2 1
plot3 sp6 1
plot3 sp7 3
.....
#在Excel中,另存为csv格式,如存名称为 herbplots.csv。
#第二步 读取文件
herb.data<- read.csv("D:/herb/herbplots.csv", header=T)
#第三步 转换为 矩阵
#导入spaa程序包,如果没有安装的话,需要用install.packages('spaa')安装
library(spaa)
herb.mat<- data2mat(herb.data)
#此时生成的矩阵,形式如下:
plots sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7
plot1 3 6 1 2 1 0 0
plot2 8 0 30 0 0 0 0
plot3 0 1 0 2 0 1 3
#导入vegan ,如果没有安装的话,需要先安装vegan程序包 install.packages("vegan")
library(vegan)
#计算Shannon-Wiener指数
Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index = "shannon")
#计算Simpson指数
Simpson <- diversity(herb.mat, index = "simpson")
#计算Inverse Simpson指数
Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index = "inv")
#计算物种累计数
S <- specnumber(herb.mat)
plot(S)
#计算Pielou均匀度指数
J <- Shannon.Wiener/log(S)