细菌重测序

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[2] Brown S D, Nagaraju S, Utturkar S, et al. Comparison of single-molecule sequencing and hybrid approaches for finishing the genome of Clostridium autoethanogenum and analysis of CRISPR systems in industrial relevant Clostridia [J]. Biotechnol. Biofuels, 2014, 7: 40.
细菌重测序
基因组DNA
300 bp文库 100X
HiSeq PE150

重测序变异分析 SNP检测及注释 Indel检测及注释 SV检测及注释
30个自然日
进化分析
系统发育树 Ka/Ks分析
案例解析
[案例一] 重测序追踪纽约金黄色葡萄球菌产生、多样性和传播[1]
在过去的20年,区域范围的甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)菌株有巨大的变 化,美国流行菌株以基因型ST8、表现型USA300为主,同时金黄色葡萄球菌的感染增加了 全球传染性疾病预防负担。本研究使用Illumina HiSeq 2000对387株ST8隔离菌株进行全 基因组重测序,探索其短期进化和传播模式,在测序菌株中发现了一些噬菌体基因信息, 导致USA300耐药株的出现。通过进化分析及贝叶斯模型推论,找到了病原祖先菌株,并 推测得到一些隔离菌传播事件及其发生时间。
Morrisania Central Bronx Bronx Park Riverdale
Outer circle: Isolate type
clinical colonizer enviromental
图1 致病菌株进化规律及其wenku.baidu.com域属性
[案例二] 不同测序平台在合成气发酵梭菌完成图构建中的比较[2]
在本研究中,分别应用Pacbio RS II、454 GS FLX 和 Illumina MiSeq平台对合成气发酵 梭菌Clostridium auto- ethanogenum进行全基因组测序研究。Pacbio 测序平台结果中6 核糖体rDNA区域组装效果明显优于其它平台。文献揭示了合成气发酵梭菌的生物合成代 谢通路,同时探讨了CRISPR结构与细菌抗逆基因的关联性,发现具有CRISPR结构的菌株 具有更强的噬菌体侵染抵抗力。
Middle circle: Neighborhood
Inwood Fort George Washington Heights Hamilton Heights Harlem
East Harlem Hunts point, mott haven Houston, Texas San Diego, California San Francisco, California
参考文献
图2 各平台对合成气发酵梭菌基因组装结果比较
[1] Uhlemann A C, Dordel J, Knox J R, et al. Molecular tracing of the emergence, diversification, and transmission of S. aureus sequence type 8 in a New York community [J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, 111(18): 6738-6743.
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细菌重测序,是基于高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、
InDel、SV等一系列变异信息,从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析,或作为标记进行大规模的进化分析。
技术参数
样品要求 文库类型 测序策略 数据量类型 分析内容 项目周期
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