P53基因在血细胞中的表达

框中，条件已经设定好，其Tm值为
57-63℃之间
得到的引物序列
上一步中得到的引物 序列提供了10个待选
择，可以看出给了碱
基序列、长度Tm值、 GC%等数据供参考
设计工具所给的前4个引物序列对比
引物设计原则
• 1、长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超 过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。 • 2、G十c含量：应在40%一60%之间，PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度。 引物长度小于20时，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。 • 3、碱基分布的随机性：应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或 C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。 • 4、引物自身：不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。 • 5、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的 互补重叠。 • 6、上下游引物的互补性：一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。 • 7、引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
果复性温度太低，引物将产生非特异性复性，源自文库而导致非特异性的DNA片段的扩增。复性通常在比理论计算的
引物和模板的溶解温度低3—5℃的条件下进行。 • PCR扩增所需的循环数目决定于反应体系中起始的模板拷贝数以及引物延伸和扩增的效率。一旦PCR反应进入几 何级数的增长期，反应会一直持续下去，直至某一成分成为限制因素。从这一点上来说，扩增产物中绝大多数应 该是特异性的扩增产物，而非特异性的扩增产物应该低到难以检测到的程度。用TaqDNA聚合酶（效率为0.7） 在一个含有10的5次方个拷贝的靶序列的反应体系中进行30个循环后往往可以做到上述的理想情况。
成分 PBS Trizol
磷酸缓冲 盐溶液
RNA抽提 试剂
• 6、弃掉上清，加入冰冷的75%乙醇漂洗两次，用移液器将液 体吸干，室温干燥10-20分钟，待产物呈半透明状，加入 20ul DEPC处理过的水溶解RNA
RT-PCR反应
反应条件及试剂
RT第一步
• RNA 抽提物 5μ l
RT第二步
• RNA sin 0.5μ l
序列有8个外显子
选择的是3和7两个外显子，上
面数字指这个外显子，该选择
只是为了使其特异性更高，便 于提高实验准确度。
该基因全部碱基序列
这是p53基因的全部碱基序列，
找到3号和7号所对应的序列， 复制其序列，然后打开genbank 所提供的引物设计工具
引物设计步骤
将3号和7号外显子序列复制到右图
94℃ 2分钟，55℃ 1分钟，72℃ 2分钟 为第一个步1个循环
94℃ 45秒，55℃ 40秒，72℃ 1分钟 为第二步30个循环
94℃ 2分钟，55℃ 1分钟，72℃ 2分钟 为第一个步1个循环
94℃ 45秒，50℃ 40秒，72℃ 1分钟 为第二步40个循环
电泳
1. 配0.5×TBE电泳缓冲液300 ml 2. 胶浓度1.7%（40ml 0.5×TBE加0.68g胶） 3. 微波炉中火2分钟溶解胶 4. 冷却至60℃加入溴乙锭2μl（10mg/ml的终浓度 0.5μg/ml） 5. 放入梳子，浇板，待凝固 6. 加8μl PCR反应产物+2μl溴酚兰 7. 电泳50-80V（每㎝ 5V）
P53基因在血细胞中的表达
RT-PCR的应用
技术介绍：RT-PCR
• RT- PCR（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction）即 逆转录PCR
• RT- PCR首先经反转录酶的作用以RNA合成 cDNA，再以cDNA为模 板，扩增合成目的片段。
• RT-PCR技术灵敏而且用途广泛，可用于检测细胞中基因表达水平、细 胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列。
实验原理
• 在血细胞里面提取RNA，以其mRNA为模板，然后逆转录为cDNA，再通过
pcr技术进行扩增，进行20-30次，达一定量后进行电泳分析，根据其浓度即可
判断该基因在血细胞中是否表达以及表达的程度。
结果分析
用相应的5-8ul DNA Marker,2%琼 脂糖凝胶电泳，电压110-120V， 30-45分钟。 于紫外透视仪下观察有无特异性扩增 带，并照相记录。 β -actin扩增产物大小540bp，340 bp。 GAPDH扩增产物大小142bp。
注意事项
• 双链DNA的变性温度是由双链中C+G的含量决定的，C+G含量越高，模板DNA的溶解温度就越高。在选择的 变性温度下，模板链越长变性所需时间就越长。如果变性温度过低或变性时间过短，会使仅仅富含A+T区域变性。 当模板DNA的G+C含量超过55%的时需要更高的变性温度。 • 复性过程采用的温度至关重要如果复性温度太高，寡核苷酸引物不能与模板很好的复性，扩增效率将会降低。如
最佳引物
根据上述引物设计原则，选择第一个引物序列， 其Tm值符合条件，GC%在合理范围内
血细胞RNA提取
• 1、冰冷的PBS液 5-10ml洗涤细胞两次，加入Trizol 1ml， 混匀，室温静置15min • ２、小滴管吹打，使细胞完全裂解，然后完全转移至1.5ml EP管内 • 3、加入0.2ml的氯仿，剧烈震荡混匀30s。室温静置10min， 上层水相，下层为酚相 • 4、4度离心，15000rpm，15min • 5、将上层水相移至另一EP管内，400-500ul，切勿吸到蛋白， 加入等量的异丙醇，充分混匀，室温静置10min。然后4度， 15000rpm，离心10min
谢谢
25mM MgCl2 10×PCR 缓冲液 10mM dNTP 上下游引物10pmol/μl CDNA模板 ddH2O Taq酶 轻质石蜡油 3μl 5μl 1μl 2.5μl×2 5μl 30μl 1μl 50μl 100μl
PCR第二步
25mM MgCl2 10×PCR 缓冲液 10mM dNTP 上下游引物10pmol/μl CDNA模板 ddH2O Taq酶 轻质石蜡油 2μl 5μl 1μl 2.5μl×2 2.5μl 34μl 0.5μl 50μl 100μl
p53基因序列的获取
• 在Genbank上搜索AF136270.1得到p53基因的序列，显示有8个外显子，为了
提高特异性，选择包含2个外显子的序列，选择外显子3和7，复制其对应的序
列拼接在一起，在genbank的设计引物工具里面获取引物序列。详细步骤如下：
获取基因序列
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美 国国立生物技术信息 中心。 NCBI的任务 是发展新的信息学技 术来帮助对那些控制 健康和疾病的基本分 子和遗传过程的理解。
• 引物 2μ l
• RNA sin 0.5μ l • 65℃ 15分钟 • 立即放入冰浴
• 10mM dNTP 1μ l
• 5×RT 缓冲液 4μ l • 25mM MgCl2 4μ l • AMV 逆转录酶 3μ l • 37℃ 1.5小时
• 94℃ 5-10分钟
• 进行PCR
反应条件及试剂
PCR第一步