高性能计算系统设计方案

高性能计算系统

方案设计

第1章需求分析

1.1 高性能计算的和大规模数据处理的应用

高性能计算作为一种先进的科研手段，在国内的应用发展很快，得到了普遍的重视，近年来国家投入逐年加大。

高性能计算的应用条件已经成熟，表现在：

◆价格相对低廉的高性能机群系统为高性能计算应用提供了物质基础；

◆高性能计算应用的技术门槛逐渐降低；

◆国家鼓励相关单位做高性能计算的研究，相关投入不断加大；

◆很多高校的科研人员使用高性能计算手段，取得了很好的成果。

1.1.1 计算机架构

由于各学科高性能计算应用软件种类繁多，各种软件的应用特点也各不相同，对计算资源的需求存在差别，方案的设计需要充分考虑到实际应用的特点。

作为高性能计算基础设施的核心，现代高性能计算机的发展从20世纪70年代的向量计算机开始，也已经有了30年的发展历程。先后出现了向量机、多处理器并行向量机、MPP 大规模并行处理机、SMP对称多处理机、DSM分布式共享存储计算机、Constellation星群系统、Cluster集群系统、混和系统等多种主体的架构，并分别在不同的时期占据着应用的主流。

开放的Cluster集群系统具有较多的优势，已经占据了目前高性能计算机的主流位置，在TOP500中占据了约80%的份额，在中小规模的高性能计算系统中更是占据统治地位。

1.1.2 软件的并行特点

按照应用程序是否为并行程序，可以分为如下几类：

◆串行程序

程序运行中只有一个进程或线程。串行程序不能利用高性能计算机多个处理器的并行特点，但可以同时运行程序的多个任务或算例。

◆共享内存并行程序

程序运行中可以有多个进程或多个线程，可以使用多个处理器进行并行计算。但这种并行程序不能在分布式内存的机群系统上运行。

◆消息传递并行程序

消息传递式并行程序可以在所有架构的计算机上运行，可以同时使用数目很多的处理器，以加速程序的运行。

在高性能集群系统上，各种程序都可以运行，可以使用集群系统的一个CPU，一个节点或多个节点。

1.1.3 互连网络

高性能计算系统的互连网络包括计算网络，数据IO网络，管理监控网络等。

对于并行程序来说，进程之间的通信量也有着显著差别。对于进程间通信量较小的程序来说，使用高性价比的千兆以太网就可以满足需求。

对于通信密集型的并行程序，多个进程之间数据交换频繁，对互连网络的性能要求很高，要求具有较高的带宽和很低的延迟，千兆以太网就不能很好满足要求，需要使用高速网络，如Infiniband，其单向带宽达到20Gb，延迟小于2微秒。

从2010 TOP500 排行榜中我们可以看到，千兆以太网和Infiniband网成为高性能计算机网络互联的主流，尤其从性能份额上来说，Infiniband网更是占据了绝大部分的份额，所以在国际主流的较大系统中，Infiniband计算网逐渐成为主流。

高性能网络的基本性能如下

我们可以看到，对于千兆以太网，带宽达到112MB/s，延时非常高，达到47.57us。而使用万兆以太网，虽然带宽和延时均有显著提高，但是与Infiniband网相比，还是有较大差距。万兆以太网使用TCP/IP协议，带宽达到770MB，延时约为12us，使用Iwarp的RDMA 协议，性能有一定提升，带宽达到1046MB/s,延时达到7.68us。

对于Infiniband网，DDR和QDR的带宽有较大差距，但是延时比较接近，分别为1.6us 和1.3us。值得注意的是，QDR的IP over IB的性能有了大幅的提升。

1.1.4 操作系统

高性能计算的操作系统由最初的Unix操作系统为主，目前随着集群架构的逐渐广泛和Linux操作系统的逐渐成熟，Linux操作系统逐渐成为高性能计算机的主流，占到80%以上的市场份额。

为了使得集群系统有较好的兼容性，可以配置多种操作系统，如Linux （Redhat,Suse）,Windows HPC server等.

第2章系统方案设计

2.1 方案总体设计

2.1.1 系统配置表

序号名称技术规格单

位

数量

1 硬件部分1.1 计算子系统

刀片平台TC4600 标准19英寸5U机架式刀片机箱、可以支持14个计算

刀片；

1*管理模块，集成远程KVM和远程虚拟媒体；

2*千兆网络交换模块，提供6个RJ45千兆接口；

4*冗余热插拔散热模块；

4*2000W电源（3+1冗余热拔插）；

台 5

计算刀片

CB60-G15

带FDR计算

刀片

2*Intel Xeon E5-2660 八核处器(2.2GHz)；

8*8GB DDR3 1333MHz；

1*300G 2.5寸10000转SAS硬盘；

1*56Gb Infiniband 接口；

2*1000M以太网接口；

片63

集群管理系统

曙光

GridView

2.5

GridView HPC版，支持系统部署、系统监控、集群管

理、数据报表、统一告警、作业调度。

basic portal,包含serial 和 mpi，支持互动作业，

作业故障自动切换重启，文件传输，查看修改文件操作。

套65

Gridview ClusQuota 集群配额系统，可支持用户机时

配额管理，充值计费管理，用户信用管理等功能。（可

选）

套 1

应用门户系统

曙光

Gridview

Clusportal

系统

包含Fluent软件作业调度套 1

应用开发环境

编译器

GNU 编译器，支持C/C++ Fortran77/90

Intel 编译器，支持C/C++ Fortran

套 1 数学库MKL，BLAS、LAPACK、ScaLAPACK、FFTW 套 1 MPI并行环

境

OpenMPI（支持Infiniband和以太网的MPI环境）套 1

MPICH2（支持千兆以太网的MPI环境）套 1

2.1.2 系统拓扑图