拓扑教程
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拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
此处命名 要为：1
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击这个笔 状（Run IsoCryst ） 的图形，弹 出这个窗口
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击这个两 个圈（Run AutoCn） 的图形，弹 出这个窗口
可以查看配 位环境
一般都不用重新设置，【重新设置：点 Default键，Matrix(选 Sectors、Solid Ang.、Dist. +Rsds、 Atom) 】
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次点击点击这个笔状（Run IsoCryst ）的图形，仔细查看 配位环境，发现MOF-5为 Zn4O构型，只需断开对苯二 甲酸的C-O键，即可把Zn4O 作为节点断开
Zn4O结构
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例） 再找到C-O键，将 其设置为氢键，点 save即可
如图所示的点击，随 便起个名存成CIF的 文件，在Diamond中 方便继续画图
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击这个
打开简化拓扑 的CIF
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点 击 红 圈
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击完成
发现原子不是连接 着的
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
新窗口， 再点击笔
发现拓扑已经简化，但是 还有很多游离的分子，有 时候还有错误的单连接
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击OK即可，ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ再次点击笔查 看构型，如图 所示
按图点击， 可以除去游 离的东西
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次运行ADS，点 击其中Options
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击连接 性的按钮
参照第13页PPT可以知道TiTi键长为12.916Å，我们将 红圈的键长改为13吧（大于 12.916即可，也别太大）； 再点Connect Now。
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
最后得到这样的拓 扑图
双击这个，弹 出这个窗口
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次查看 配位环境
发现结构 已经分为 Zn4O和配 体两部分 了
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Run ADS
点击Options， 具体设置如下图 所示
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Run
命名为1
点击Whole Molecule,弹出 新的窗口，见 下页PPT
把Save Centroid的勾取 消，点击OK即可
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Element, 再点击Ti，点 击OK,发现Ti 变黑了，再 点击OK，弹 出了下页的 窗口
点击Run
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
简化拓扑后 的键长
拓扑的连 接方式以 及拓扑的 符号
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
此处命名 要为：1
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击这个笔 状（Run IsoCryst ） 的图形，弹 出这个窗口
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击这个两 个圈（Run AutoCn） 的图形，弹 出这个窗口
可以查看配 位环境
一般都不用重新设置，【重新设置：点 Default键，Matrix(选 Sectors、Solid Ang.、Dist. +Rsds、 Atom) 】
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次点击点击这个笔状（Run IsoCryst ）的图形，仔细查看 配位环境，发现MOF-5为 Zn4O构型，只需断开对苯二 甲酸的C-O键，即可把Zn4O 作为节点断开
Zn4O结构
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例） 再找到C-O键，将 其设置为氢键，点 save即可
如图所示的点击，随 便起个名存成CIF的 文件，在Diamond中 方便继续画图
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击这个
打开简化拓扑 的CIF
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点 击 红 圈
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击完成
发现原子不是连接 着的
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
新窗口， 再点击笔
发现拓扑已经简化，但是 还有很多游离的分子，有 时候还有错误的单连接
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击OK即可，ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ再次点击笔查 看构型，如图 所示
按图点击， 可以除去游 离的东西
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次运行ADS，点 击其中Options
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
点击连接 性的按钮
参照第13页PPT可以知道TiTi键长为12.916Å，我们将 红圈的键长改为13吧（大于 12.916即可，也别太大）； 再点Connect Now。
Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程
最后得到这样的拓 扑图
双击这个，弹 出这个窗口
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
再次查看 配位环境
发现结构 已经分为 Zn4O和配 体两部分 了
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Run ADS
点击Options， 具体设置如下图 所示
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Run
命名为1
点击Whole Molecule,弹出 新的窗口，见 下页PPT
把Save Centroid的勾取 消，点击OK即可
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
点击Element, 再点击Ti，点 击OK,发现Ti 变黑了，再 点击OK，弹 出了下页的 窗口
点击Run
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）
简化拓扑后 的键长
拓扑的连 接方式以 及拓扑的 符号
拓扑软件的使用流程 （MOF-5为例）