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《药物分子筛选与设计》

实

验

报

告

学号：

姓名：

专业：

一、实验题目：

实验一MOE软件的应用

二、实验目的：

MOE软件涵盖了“计算机辅助药物设计”的所有核心算法的运用，包括：1、同源模建（特别是抗体模建）；2、虚拟分子库设计（包括分子片段枚举、反合成分析法和杂交分析法）；3、定量构效关系研究（包括线性模型、非线性模型和图形化模型）；4、药效团模型（包括基于配体和基于受体两种方法）；5、分子对接（提供多种构象搜索和打分机制）；6、全新药物设计（包括片段对接和分子注释方法）和7、分子动力学模拟。并且由于以下三个突出特点，使得MOE近年来跻身成为目前国际上公认的四大商业“计算机辅助药物设计”套装软件（MOE, Discovery Studio, SYBYL-X和Schrödinger suite）之首。

此外，相对低廉的价格和免费提供教学用License的两个特点，对集科学研究与教学为一体的高校更加具有诱惑力。综合考虑以上因素，作者所在的同济大学早在2008年就将MOE成功用于了本科教学，近年来，国内多个院校也都选择了MOE用于相关的教学和科学研究。

（1）学会使用MOE软件来构建化合物分子，并掌握多种渲染方式对化合物的结构进行渲染。

（2）学会将MOE与其他第三方软件进行联用。

（3）了解MOE的数据库特点，并尝试在MOE中建立一个数据库。

三、实验内容：

学习MOE的相关教程，初步了解MOE，学会运用MOE实现基本的操作。

四、实验作业：

1. 构建阿司匹林分子结构，并用不同的形式渲染；

2. 从第三方软件导入复杂分子结构到MOE中；

3. 建立一个数据库，至少包括两行两列。

五、实验结果

作业1：

阿司匹林为白色结晶状粉末，主要用于发热、疼痛及类风湿关节炎等。其分子化学式为C9H8O4，分子相对质量为180.16，图1-1为阿司匹林的分子结构式。

图1-1 阿司匹林的结构式

现在MOE软件中创建阿司匹林的3D结构。图1-2为MOE窗口下的阿司匹林的棍式模型。

图1-2 阿司匹林的棍式模型

为更直观地观察阿司匹林的3D结构，将棍式模型转为球棍式模型。图1-3 为MOE窗口下的阿司匹林的球棍式模型

图1-3 阿司匹林的球棍式模型

作业2：

MOE有很强的兼容性，可以从一些第三方软件导入复杂分子结构到MOE中，ChemBioOffice是其中最典型的第三方软件。图2-1为某复杂分子在ChemBioOffice 中的结构。

图2-1 某复杂分子在ChemBioOffice中的结构

现将该结构从ChemBioOffice导入到MOE中，形成3D结构。图2-2为该分子导入到MOE中的3D结构。

图2-2 该分子导入MOE中的球棍模型

作业3：

MOE通过内嵌和光盘提供了大量的小分子和蛋白质相关数据库，用户可以通过MOE来创建个人的数据库。本次建立了ATPZ的数据库，详见database.mdb。