生物信息学序列比对方法
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转录因子的特异性调节？ 问题十：是否受到某些小RNA的调节？
问题一：这是什么基因？
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
提交序列
Blast结果
Edem2
Gene info: 2号染色体
相关文献
功能注释：Gene Ontology
结论一：核酸序列
http://web.expasy.org/blast/
71
Chordata Mammalia - mammals (15 transcripts, 13 species) Actinopterygii - bony fishes (10 transcripts, 10 species) Amphibia - amphibians (3 transcripts, 2 species) Amniota - vertebrates (2 transcripts, 1 species) Ascidiacea - tunicates (2 transcripts, 2 species) Aves - birds (2 transcripts, 2 species) Hyperoartia - vertebrates (1 transcript, 1 species)
UniProt: 蛋白质数据库
在哺乳类数据库中做BLAST搜索
Q8BJT9
蛋白质信息
功能注释
结论四：功能分析
1.功能分析：钙离子结合分子功能。 2.亚细胞定位：无。 3.配体结合：无。
问题五：它在真核生物中保守吗？
http://web.expasy.org/blast/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/ http://cegg.unige.ch/orthodb6
问题三： 有没有保守的功能结构域 ？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexin gton.cgi?cmd=rps
查询保守结构域
生物信息学 Bioinformatics
问题一：这是什么基因？ 问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？ 问题三：有没有保守的功能结构域 ？ 问题四：它的功能是怎样的？ 问题五：它在真核生物中保守吗？ 问题六：有没有三级结构信息？ 问题七：和哪些蛋白有相互作用？ 问题八：不同组织中基因表达特异性是怎样的？ 问题九：该基因启动子序列是什么？是否受到某些
Arthropoda Insecta - insects (12 transcripts, 11 species) Arachnida - arachnids (2 transcripts, 2 species) Branchiopoda - crustaceans (1 transcript, 1 species) Malacostraca - crustaceans (1 transcript, 1 species) Maxillopoda - crustaceans (1 transcript, 1 species)
>gi|254540029|ref|NP_663512.2| ER degradation enhancer, mannosidase alpha-like 2 precursor [Mus musculus] MPFRLLIPLGLVCVLLPLHHGAPGPDGTAPDPAHYRERVKAMFYHAYDSYLENAFPYDELRPLTCDGHDT WGSFSLTLIDALDTLLILGNTSEFQRVVEVLQDNVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLSKKAGVEV EAGWPCSGPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGVNPGETPVTCTAGIGTFIVEFATLSSLTG DPVFEDVARVALMRLWESRSDIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYFEYLVKGAILLQDKKLMAMF LEYNKAIRNYTHFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQSLEAYWPGLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGL P EFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYLYRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHK LDNRMESFFLAETVKYLYLLFHPNNFIHNNGSTFDSVMTPHGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCRR LKEEQWEVEDLIKEFYSLKQSRPKRAQRKTVRSGPWEPQSGPATLSSPANQPREKQPAQQRTPLLSCPS Q PFTSKLALLGQVFLDSS
NP_663512:577aa
获取FASTA序列
结论二：氨基酸序列
小鼠的Edem2基因编码蛋白名字为ER
degradation enhancer,mannosidase alpha-like 2 precursor这个蛋白质包含577 个氨基酸，序列号NP_663512。 FASTA格式序列如下：
1.该基因为鼠的Edem2基因，也被称为 AI327354; 9530090G24Rik。
2.染色体定位：2号染色体，位置 155701673..155729475；含有个11 外显子。mRNA序列号NM_145537。
3.初步的功能分析：分子功能 生物过程
问题二： 编码的蛋白质序列是怎样的？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
查询保守结构域
保守结构域结构检索工具（ CDART ）
结论三 保守结构域
1.这个蛋白质具有保守结构域Glyco结构 域。
2.很多生物有该结构域。
问题四：它的功能是怎样的？
http://www.uniprot.org/ http://www.ncbi.wenku.baidu.comlm.nih.gov/gene/
问题一：这是什么基因？
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
提交序列
Blast结果
Edem2
Gene info: 2号染色体
相关文献
功能注释：Gene Ontology
结论一：核酸序列
http://web.expasy.org/blast/
71
Chordata Mammalia - mammals (15 transcripts, 13 species) Actinopterygii - bony fishes (10 transcripts, 10 species) Amphibia - amphibians (3 transcripts, 2 species) Amniota - vertebrates (2 transcripts, 1 species) Ascidiacea - tunicates (2 transcripts, 2 species) Aves - birds (2 transcripts, 2 species) Hyperoartia - vertebrates (1 transcript, 1 species)
UniProt: 蛋白质数据库
在哺乳类数据库中做BLAST搜索
Q8BJT9
蛋白质信息
功能注释
结论四：功能分析
1.功能分析：钙离子结合分子功能。 2.亚细胞定位：无。 3.配体结合：无。
问题五：它在真核生物中保守吗？
http://web.expasy.org/blast/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/ http://cegg.unige.ch/orthodb6
问题三： 有没有保守的功能结构域 ？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexin gton.cgi?cmd=rps
查询保守结构域
生物信息学 Bioinformatics
问题一：这是什么基因？ 问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？ 问题三：有没有保守的功能结构域 ？ 问题四：它的功能是怎样的？ 问题五：它在真核生物中保守吗？ 问题六：有没有三级结构信息？ 问题七：和哪些蛋白有相互作用？ 问题八：不同组织中基因表达特异性是怎样的？ 问题九：该基因启动子序列是什么？是否受到某些
Arthropoda Insecta - insects (12 transcripts, 11 species) Arachnida - arachnids (2 transcripts, 2 species) Branchiopoda - crustaceans (1 transcript, 1 species) Malacostraca - crustaceans (1 transcript, 1 species) Maxillopoda - crustaceans (1 transcript, 1 species)
>gi|254540029|ref|NP_663512.2| ER degradation enhancer, mannosidase alpha-like 2 precursor [Mus musculus] MPFRLLIPLGLVCVLLPLHHGAPGPDGTAPDPAHYRERVKAMFYHAYDSYLENAFPYDELRPLTCDGHDT WGSFSLTLIDALDTLLILGNTSEFQRVVEVLQDNVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLSKKAGVEV EAGWPCSGPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGVNPGETPVTCTAGIGTFIVEFATLSSLTG DPVFEDVARVALMRLWESRSDIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYFEYLVKGAILLQDKKLMAMF LEYNKAIRNYTHFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQSLEAYWPGLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGL P EFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYLYRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHK LDNRMESFFLAETVKYLYLLFHPNNFIHNNGSTFDSVMTPHGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCRR LKEEQWEVEDLIKEFYSLKQSRPKRAQRKTVRSGPWEPQSGPATLSSPANQPREKQPAQQRTPLLSCPS Q PFTSKLALLGQVFLDSS
NP_663512:577aa
获取FASTA序列
结论二：氨基酸序列
小鼠的Edem2基因编码蛋白名字为ER
degradation enhancer,mannosidase alpha-like 2 precursor这个蛋白质包含577 个氨基酸，序列号NP_663512。 FASTA格式序列如下：
1.该基因为鼠的Edem2基因，也被称为 AI327354; 9530090G24Rik。
2.染色体定位：2号染色体，位置 155701673..155729475；含有个11 外显子。mRNA序列号NM_145537。
3.初步的功能分析：分子功能 生物过程
问题二： 编码的蛋白质序列是怎样的？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
查询保守结构域
保守结构域结构检索工具（ CDART ）
结论三 保守结构域
1.这个蛋白质具有保守结构域Glyco结构 域。
2.很多生物有该结构域。
问题四：它的功能是怎样的？
http://www.uniprot.org/ http://www.ncbi.wenku.baidu.comlm.nih.gov/gene/