PCR技术克隆目的基因全过程

实验：目的基因克隆（PCR技术）

【课前预习】

PCR (polymerase chain reaction) 反应的基本原理。

【目的要求】

1．学习和掌握PCR 反应的基本原理与实验技术方法。

2．认真完成每一步实验操作，详细记录实验现象和结果并加以分析和总结。

【基本原理】

类似于DNA 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR 由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA 经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR 扩增形成的双链DNA 解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板DNA 与引物的退火(复性)：模板DNA 经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA 单链的互补序列配对结合；③引物的延伸：DNA 模板--引物结合物在TaqDNA 聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2～4 分钟，2～3 小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。到达平台期(Plateau)所需循环次数取决于样品中模板的拷贝。【实验用品】

1．材料：重组质粒DNA作为模板

2．器材和仪器：移液器及吸头，硅烷化的PCR 小管，DNA扩增仪(PE 公司)，琼脂糖凝胶电泳所需设备(电泳槽及电泳仪)，台式高速离心机

3．试剂：

①10×PCR 反应缓冲液：500mmol/L KCl, 100mmol/L Tris·Cl, 在25℃下, pH9.0, 1.0％Triton X-100。

②MgCl2 ：25mmol/L。

③ 4 种dNTP 混合物:每种 2.5mmol/L。

④Taq DNA聚合酶5U/μl。

⑤T4 DNA连接酶及连接缓冲液：

【方法步骤】

（一）PCR反应

1. 依次混匀下列试剂35μl H2 O 5μl 10×PCR反应缓冲液4μl 25mmol/L MgCl2 4μl 4种dNTP 0.5μl 上游引物（引物１）0.5μl 下游引物（引物２）0.5μl 模板DNA(约1ng) 混匀后离心5秒。

2. 将混合物在94℃下加热5分钟后冰冷,迅速离心数秒, 使管壁上液滴沉至管底,加入Taq DNA聚合酶（0.5μl约2.5U），混匀后稍离心,加入一滴矿物油覆盖于反应混合物上。

3. 用94℃变性1分钟，45℃退火1分钟, 72℃延伸2分钟, 循环35轮,进行PCR。最后一轮循环结束后, 于72℃下保温10分钟，使反应产物扩增充分。

4 电泳按前所述,取10μl扩增产物用1％琼脂糖凝胶进行电泳分析,检查反应产物及长度。[注意]

1. PCR非常灵敏, 操作应尽可能在无菌操作台中进行。

2. 吸头、离心管应高压灭菌, 每次吸头用毕应更换, 不要互相污染试剂。

3. 加试剂前, 应短促离心10秒钟, 然后再打开管盖, 以防手套污染试剂及管壁上的试剂污染吸头侧面。

4. 应设含除模板DNA所有其它成分的负对照。

【实验结果】

【注意事项】

微量操作、PCR 反应体系的设计、引物设计、扩增条件的优化

【思考题】

1. 降低退火温度对反应有何影响？

2. 延长变性时间对反应有何影响？

3. 循环次数是否越多越好？为何？

4. PCR有哪些用途？举例说明。

附：PCR知识(供参考)

（一）PCR 反应体系与反应条件

标准的PCR 反应体系：

10×扩增缓冲液10ul

4 种dNTP 混合物各200umol/L

引物各10～100pmol

模板DNA 0.1～2ug

Taq DNA聚合酶2.5u

Mg2+ 1.5mmol/L

加双或三蒸水至100ul

PCR 反应五要素：参加PCR 反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+引物：引物是PCR 特异性反应的关键，PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物，利用PCR 就可将模板DNA在体外大量扩增。

设计引物应遵循以下原则：

①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。

②引物扩增跨度：以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb 的片段。

③引物碱基：G+C 含量以40-60%为宜，G+C 太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特

异条带。ATGC最好随机分布，避免5 个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。

④避免引物部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3’端的互补，否则会形成引

物二聚体，产生非特异的扩增条带。

⑤引物3’端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱

基不配对而导致PCR 失败。

⑥引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶切

分析或分子克隆很有好处。

⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。

引物量：每条引物的浓度0.1～1umol 或10～100pmol，以最低引物量产生所需要的结果为好，引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。酶及其浓度：目前有两种Taq DNA聚合酶供应，一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶，另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR 反应约需酶量2.5U(指总反应体积为100ul 时)，浓度过高可引起非特异性扩增，浓度过低则合成产物量减少。

dNTP 的质量与浓度：dNTP 的质量与浓度和PCR 扩增效率有密切关系，dNTP 粉呈颗粒状，如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP 溶液呈酸性，使用时应配成高浓度后，以1M NaOH 或1M Tris。HCl的缓冲液将其PH调节到7.0～7.5，小量分装，-20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP 降解。在PCR 反应中，dNTP 应为50～200umol/L，尤其是注意 4 种