高通量测序植物案例分析-3篇
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了显著水平
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– 对GOD治疗反应的主要菌群；
146种菌
研究方法和研究结果
• 研究结论：
– 肠道菌群结构会被GOD调节，与GOD对T2D的治疗有关；
– GOD可以在肠道中富集有益菌。
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– GOD显著提高了T2D病人血糖的控制； – 治疗组的肠道微生物结构表现出了剂量依赖性的变化；
案例一：c3和c4植物叶片的比较转录组研究
研究目的和研究方法
• 研究目的 – To define the divergence in gene expression modules between C3 (Tarenaya hassleriana: 醉蝶花)and C4 (Gynandropsis gynandra: 白花菜) photosynthesis during leaf ontogeny • 研究方法 1. 叶片生长的6个时期 2. 每个时期有5个生物学重复
• 结论
– 该研究表明微生物之间，宿主和微生物之间的相互作用共同决定了根 周微生物的差异。
研究方法和研究结果
大麦根周和根的微生物 是一个封闭群。
研究方法和研究结果
PCA土壤和大麦
根周微生物。
大麦根表ห้องสมุดไป่ตู้微生
物OTU富集。
研究方法和研究结果
大麦和拟南芥根周菌群 聚类。
研究方法和研究结果
16S扩增子和宏基 因组丰度对比。
3.
4. •
补充其他组织的比较
每个重复有40样本混合
测序策略： – 单端测序和双端测序相结合
– HiSeq2000平台测序
研究结果
有4686和5308个基因分别在白花菜和醉蝶花中显著高表达。 最大的差异出现在种子和茎组织中。
研究结果
相对来说，这两 个种的表达模式 非常接近。
研究结果
遗传因子的影响更大。
研究方法和研究结果
信息学鉴定玉米 lncRNA
研究方法和研究结果
玉米lncRNA描述。
研究方法和研究结果
玉米lncRNA组织 表达谱。
研究方法和研究结果
玉米lncRNA和基因遗 传模式。
研究方法和研究结果
lncRNA 表达的eQTLmaping。
案例三：宏基因组测序揭示大麦根菌 的结构和功能
– 白家族控制的这些性状表现出正选择的证据。
• 结论
– 该研究表明微生物之间，宿主和微生物之间的相互作用共同决定了根周 微生物的差异。
• The end • Thank you for your attention！
研究结果
比较了一些与细胞周期 相关的基因的表达变化。
研究结果
COP9信号小体在C4植物 中维持高表达水平时间 更长。
案例二：玉米LncRNA研究
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 首先整合公开的（表达序列标签）ESTs，玉米的全基因组注释草图， 和来自30个不同的实验和发育阶段的RNA-Seq的数据。 – RT-qPCR验证预测的24个LncRNA。 – 生物信息学分析LncRNA的表达、遗传和表观遗传谱。
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 3个生物学重复，2种土壤基质重复。 – 16S测序和宏基因组测序相结合。
• 研究结果：
– 丛毛单胞菌、黄杆菌和根瘤菌是根周微生物中的优势菌群； – 宿主基因型对根周相关菌群的多样性有微弱但显著的影响，可能代表 了植物驯化的印迹； – 疾病产生、分泌、噬菌体互作和养分转运等性状与大麦根周微生物有 关联。蛋白家族控制的这些性状表现出正选择的证据。
案例四：葛根芩连汤治疗Ⅱ型糖尿病 时肠道微生物的变化
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 共分为4个组。 – 每4周采集一次粪便，进行 16S测序。
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– GOD显著提高了T2D病人血糖的控制； – 治疗组的肠道微生物结构表现出了剂量依赖性的变化；
动态变化： 0-12周对 4周的时候，HD 比 组就已经达到
the genes with decreasing expression split into two primary clusters, of which the smaller cluster maintained higher expression longer in the C4 than the C3 species 。
• 研究结果：
– 预测了18,459个lncRNAs前体，其中1,704个是具有高可信度的（HC-
lncRNA）；
– HC-lncRNA平均转录长度为463bp，比注释基因包含的外显子少； – 组织表达差异分析发现多数的HC-lncRNA的表达具有组织特异性。
– 在105个重组近交系中出现了超亲分离现象，并且玉米lncRNA受反式
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– 对GOD治疗反应的主要菌群；
146种菌
研究方法和研究结果
• 研究结论：
– 肠道菌群结构会被GOD调节，与GOD对T2D的治疗有关；
– GOD可以在肠道中富集有益菌。
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– GOD显著提高了T2D病人血糖的控制； – 治疗组的肠道微生物结构表现出了剂量依赖性的变化；
案例一：c3和c4植物叶片的比较转录组研究
研究目的和研究方法
• 研究目的 – To define the divergence in gene expression modules between C3 (Tarenaya hassleriana: 醉蝶花)and C4 (Gynandropsis gynandra: 白花菜) photosynthesis during leaf ontogeny • 研究方法 1. 叶片生长的6个时期 2. 每个时期有5个生物学重复
• 结论
– 该研究表明微生物之间，宿主和微生物之间的相互作用共同决定了根 周微生物的差异。
研究方法和研究结果
大麦根周和根的微生物 是一个封闭群。
研究方法和研究结果
PCA土壤和大麦
根周微生物。
大麦根表ห้องสมุดไป่ตู้微生
物OTU富集。
研究方法和研究结果
大麦和拟南芥根周菌群 聚类。
研究方法和研究结果
16S扩增子和宏基 因组丰度对比。
3.
4. •
补充其他组织的比较
每个重复有40样本混合
测序策略： – 单端测序和双端测序相结合
– HiSeq2000平台测序
研究结果
有4686和5308个基因分别在白花菜和醉蝶花中显著高表达。 最大的差异出现在种子和茎组织中。
研究结果
相对来说，这两 个种的表达模式 非常接近。
研究结果
遗传因子的影响更大。
研究方法和研究结果
信息学鉴定玉米 lncRNA
研究方法和研究结果
玉米lncRNA描述。
研究方法和研究结果
玉米lncRNA组织 表达谱。
研究方法和研究结果
玉米lncRNA和基因遗 传模式。
研究方法和研究结果
lncRNA 表达的eQTLmaping。
案例三：宏基因组测序揭示大麦根菌 的结构和功能
– 白家族控制的这些性状表现出正选择的证据。
• 结论
– 该研究表明微生物之间，宿主和微生物之间的相互作用共同决定了根周 微生物的差异。
• The end • Thank you for your attention！
研究结果
比较了一些与细胞周期 相关的基因的表达变化。
研究结果
COP9信号小体在C4植物 中维持高表达水平时间 更长。
案例二：玉米LncRNA研究
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 首先整合公开的（表达序列标签）ESTs，玉米的全基因组注释草图， 和来自30个不同的实验和发育阶段的RNA-Seq的数据。 – RT-qPCR验证预测的24个LncRNA。 – 生物信息学分析LncRNA的表达、遗传和表观遗传谱。
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 3个生物学重复，2种土壤基质重复。 – 16S测序和宏基因组测序相结合。
• 研究结果：
– 丛毛单胞菌、黄杆菌和根瘤菌是根周微生物中的优势菌群； – 宿主基因型对根周相关菌群的多样性有微弱但显著的影响，可能代表 了植物驯化的印迹； – 疾病产生、分泌、噬菌体互作和养分转运等性状与大麦根周微生物有 关联。蛋白家族控制的这些性状表现出正选择的证据。
案例四：葛根芩连汤治疗Ⅱ型糖尿病 时肠道微生物的变化
研究方法和研究结果
• 研究方法
– 共分为4个组。 – 每4周采集一次粪便，进行 16S测序。
研究方法和研究结果
• 研究结果：
– GOD显著提高了T2D病人血糖的控制； – 治疗组的肠道微生物结构表现出了剂量依赖性的变化；
动态变化： 0-12周对 4周的时候，HD 比 组就已经达到
the genes with decreasing expression split into two primary clusters, of which the smaller cluster maintained higher expression longer in the C4 than the C3 species 。
• 研究结果：
– 预测了18,459个lncRNAs前体，其中1,704个是具有高可信度的（HC-
lncRNA）；
– HC-lncRNA平均转录长度为463bp，比注释基因包含的外显子少； – 组织表达差异分析发现多数的HC-lncRNA的表达具有组织特异性。
– 在105个重组近交系中出现了超亲分离现象，并且玉米lncRNA受反式