实验七 核酸序列分析

实验七核酸序列分析

一、实验目的

1．掌握采用相关软件分析核酸序列分子质量、碱基组成及碱基分布等。

2．掌握核酸序列变换的分析方法。

3．掌握核酸序列限制性酶切分析方法。

4．了解引物设计的基本知识。

5．了解NCBI序列信息提交方法，学习运用Bankit进行序列提交。

6．了解构建系统发育树的基本方法。

二、实验内容及操作程序

（一）DNAMAN的安装和基本操作

1．下载、安装DNAMAN软件。

2．使用Entrez信息查询系统检索一条你感兴趣的序列，如cytochrome oxidase（细胞色素氧化酶）、catalse（过氧化氢酶）、H5N1（禽流感）、peroxidase（过氧化物酶）、SOD （Superoxide Dimutase）等部分或全长核酸序列，阅读序列注释，理解其含义；并将该序列以FASTA序列格式显示和保存。

3．打开DNAMAN软件，点击edit→enter sequence→粘贴序列→OK（即生成一个文件）→点击File→Save as保存该序列文件（以.seq为后缀）。

4．浏览该序列文件，在输出结果中Composition（碱基组成）和Percentage（碱基百分比）以及Molecular Weight（分子质量）栏目中清楚地给出了关于该条序列的有关结果，并记录之。

5．序列载入

6．选择工作区左侧软件提供的Channel工具条，点击数字即可激活相应的Channel，每个Channel可存放一条序列。

7．从碱基计数1开始，选中该序列的所有碱基，点击Sequence→Load Sequence→From selection，即将该序列载入激活的Channel内，此时可对本序列进行分析。

（二）DNAMAN软件使用

1．序列变换

使用DNAMAN软件可以很容易地实现序列变换，这些功能集中在Sequence→Display，从中选择不同的序列变换方式对当前Channel的序列进行转换（互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列等）。

2．限制性酶切分析

限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一，DNAMAN软件的Restriction 便具有该功能。点击Restriction/Restriction Analysis，选择其中一些参数，可分析当前Channel序列酶切位点。

3．引物设计

将待分析的序列载入某一Channel，并激活该Channel。点击主菜单栏的Primer/Design PCR Primers for DNA，选择合适参数设计引物，并选择其中一对引物，应用Primer下拉菜单中的选项，分析其退火温度、与DNA链的互补配对情况、单引物内部碱基配对情况、两条引物之间的配对情况。

（三）序列递交

熟悉Bankit，了解在线序列提交方法。

（四）构建系统发育树

在Sequence→Alignment→Multiple sequence alignment，对多序列进行比对，再选择合适的输出方式。

三、作业

1．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成及碱基分布。

2．列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA 双链序列和RNA序列。

3．列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）。

4．分析一对你所设计的引物，并对其进行综合评判。

5．绘出你所比较序列的系统发育树。