进化树分析HCV基因分型
生物进化树怎么分析？
生物进化树（Phylogenetic tree）用于描述不同物种之间的进化关系和亲缘关系。
分析生物进化树可以帮助我们理解物种的演化历史和形成过程。
以下是分析生物进化树的一般步骤：
1. 收集数据：首先，收集相关物种的形态特征、遗传信息或分子序列数据。
这些数据可以包括形态特征的测量值、DNA 或蛋白质序列等。
2. 构建数据矩阵：将收集到的数据转化为一个数据矩阵，每行代表一个物种，每列代表一个特征或基因。
3. 选择进化模型：选择合适的进化模型来描述物种之间的进化过程。
不同的模型适用于不同类型的数据，例如形态数据、DNA序列或蛋白质序列。
常用的模型包括最大似然法、贝叶斯推断等。
4. 构建进化树：使用进化模型和数据矩阵来构建进化树。
构建进化树的方法包括邻接法、最小演化法、最大似然法、贝叶斯推断等。
这些方法根据不同的原理和假设来计算物种之间的进化关系。
5. 评估进化树：通过计算进化树的可靠性指标来评估树的准
确性。
这可以包括计算节点的支持值（如Bootstrap值）或进行统计模拟。
6. 解读进化树：根据构建的进化树，可以对物种之间的进化关系进行解读。
进化树提供了关于物种的共同祖先、形态特征的演化和物种分类等信息。
值得注意的是，生物进化树的构建是一个复杂的过程，涉及到数据收集、模型选择和数据分析的多个环节。
因此，对于具体的研究目的，可能需要结合专业知识和相应的软件工具来进行生物进化树的分析。
一株CVA16病毒的基因型鉴定
第 7 卷 第 1 期2021 年 2 月生物化工Biological Chemical EngineeringVol.7 No.1Feb. 2021一株CV A16病毒的基因型鉴定朱淑敏1,2，屈三甫2，吕颂雅1*（1.武汉大学 病毒学国家重点实验室，湖北武汉 430072；2.武汉大学 中国典型培养物保藏中心，湖北武汉 430072）摘要：目的：通过构建进化树对一株CVA16病毒进行基因分型。
方法：将临床样本接种到Vero细胞上进行分离、扩增，提取基因组，对VP1基因进行测序及进化树分析。
结果：接种CVA16的Vero细胞发生病变，成功分离该病毒株，根据VP1序列构建进化树，进化树显示该毒株为CVA16 B1b型毒株。
结论：本鉴定结果为CVA16病毒的进一步研究和疫苗研制奠定了基础。
关键词：CVA16病毒；手足口病；进化分析中图分类号：R512.5 文献标识码：AGenotype Identification of a CVA16 Virus StrainZHU Shumin1,2, QU Sanfu2, LYU Songya1*(1.State key laboratory of virology, Wuhan university, Hubei Wuhan 430072;2.China Center for Type Culture Collection, Wuhan university, Wuhan 430072)Abstract: Objective: To genotype a CVA16 virus by constructing an evolutionary tree. Methods: The clinical sample was inoculated into Vero cells for isolation and amplification, the genome was extracted, and the VP1 gene was sequenced and analyzed by phylogenetic tree. Results: The Vero cells inoculated with CVA16 were diseased, and the virus strain was successfully isolated. The evolutionary tree was constructed according to the VP1 sequence, and the evolutionary tree showed that the strain was CVA16 B1b strain. Conclusion: The result of this identification lays a foundation for further research and vaccine development of this virusKeywords: CVA16 Virus; HFMD; evolutionary analysis手足口病是一种由肠道病毒引起的全球性传染病之一，流行无明显地区性，全年均可发生，一般夏秋季为发病高峰。
hcv基因序列
HCV基因序列概述HCV（Hepatitis C Virus）是一种引起肝炎的病毒，属于黄病毒科。
它具有高度变异性，可以分为七个不同的基因型和多个亚型。
HCV基因序列是指HCV病毒的基因组成部分，包括核苷酸序列和编码蛋白质的氨基酸序列。
研究HCV基因序列有助于了解病毒的遗传变异、传播途径以及抗病毒药物的研发。
HCV基因组结构HCV基因组由单股正链RNA组成，长度约为9.6 kb。
它包含了一个开放阅读框（ORF），编码了一个聚合酶蛋白（NS5B）和多个结构蛋白（核壳蛋白C、E1和E2）。
HCV基因组的两端分别是非翻译区（UTR），其中包含了重要的调控序列。
HCV基因型和亚型HCV病毒具有高度的遗传变异性，可以分为七个不同的基因型（Genotype 1-7）和多个亚型。
不同的基因型和亚型在全球范围内分布不均，对疾病的严重程度和治疗反应性有着重要影响。
其中，基因型1是最常见的，也是最难治疗的。
HCV基因序列的变异性HCV基因序列的变异性是HCV病毒的一个显著特点。
它主要由病毒复制过程中的高度错误率以及免疫选择压力所驱动。
HCV基因序列的变异性导致了病毒的逃逸变异和抗药性的产生，这对于治疗HCV感染带来了挑战。
HCV基因序列的重组HCV基因序列的重组是指不同基因型或亚型之间的基因片段交换。
这种重组事件通常发生在同时感染多个HCV变异体的宿主中。
HCV基因序列的重组导致了新的基因型和亚型的产生，进一步增加了HCV的遗传多样性。
HCV基因序列的功能研究通过研究HCV基因序列，科学家们可以揭示病毒的生物学特性和致病机制。
他们可以通过比较不同基因型和亚型的序列差异，了解它们在病毒复制、传播和致病性方面的差异。
此外，研究HCV基因序列还可以帮助确定新的抗病毒药物靶点和开发疫苗。
HCV基因序列的临床应用HCV基因序列的研究对于临床的应用有着重要意义。
通过对患者HCV基因序列的分析，可以确定感染者的基因型和亚型，为治疗方案的选择提供依据。
HCV基因分型检测
HCV基因分型检测项目简介：HCV是一种经血液传播引起慢性肝脏疾病的RNA病毒，由于HCV RNA复制所依赖的聚合酶缺乏校正功能，致使其基因组发生突变的频率较高，从而更容易逃避机体的免疫识别。
HCV的高度变异性，使其在不同地区、不同患者、甚至同一患者的不同病程中均呈现不同基因型。
目前国际通用的HCV命名系统是Simmonds系统，该命名利用核酸测序和进化树分析结果，将HCV分为6中主要基因型(以1~6表示)和一系列的亚型(以a,b,c等表示)。
不同HCV基因型感染患者的临床表现、肝病严重程度及慢性化病程进展均有差异，其抗病毒治疗的效果也不同。
因此通过检测HCV基因型有助于了解HCV感染的分布特征、变异及进化演变情况，同时，HCV基因型与病程发展和治疗应答有一定相关性，例行检测有助于判断治疗的难易程度，制定抗病毒治疗的个体化方案。
基因分型与治疗方案：我国常见的基因型为1b和2a，其中以1b为主。
HCV基因型与其致病性、肝细胞癌发生及干扰素疗效有一定关系。
不同基因型感染引起临床过程和干扰素治疗反应亦表现不同,如2a 型治疗效果好; 1b 型HCV 占到重型肝炎的80%，对干扰素治疗不敏感效果差，与重度慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌有密切关系。
1型丙肝患者使用干扰素较难获得应答，治疗时间要长，治疗剂量要大，合并用药剂量也要加大。
肝硬化及肝癌患者HCV‐1b型明显高于慢性肝炎。
HCV‐1a、2a合并HBV感染的发生率较高；大部分急性肝炎患者为1a型；4型易引起失代偿性肝脏并发症；3型与肝脏脂肪变的关系较为密切。
同样的治疗进程，2型、3型感染患者对干扰素的持续应答是1型的2‐3倍；与1型感染患者相比，低剂量的利巴韦林联合聚乙二醇干扰素‐α治疗对2型、3型慢性患者疗效较好。
临床常采用定量HCV RNA检测与HCV基因分型同时检测，进而对患者进行综合评估。
评估过程如下图所示。
HCV基因分型检测标本采集及出报告时间：病人采集静脉血2ml（用EDTA‐K2抗凝）送检验部分子诊断学实验室，7个工作日出报告。
哈尔滨市丙肝病毒基因分型分布及临床意义
哈尔滨市丙肝病毒基因分型分布及临床意义摘要】：目的观察分型哈尔滨市丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒（HCV）基因分型情况。
方法选择我院2012年9月-2017年8月收治的158例丙型肝炎患者的血清样本作为研究对象，使用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增，PCR产物纯化后进行测序分析，测序结果与参考序列共同构建系统进化树，得到病毒的基因型并进行分析。
结果本组158例丙肝患者血清标本中，成功扩增core片段139例，扩增成功率为87.97%。
在139例片段中，HCV 1a型8例，占5.76%；HCV lb型67例，占48.20%；HCV 2a型42例，占30.22%；HCV 3a型11例，占7.91%；HCV 3b型5例，占3.60%；HCV 6a型6例，占4.32%。
结论哈尔滨市HCV基因型主要以1b型为主，其次为2a型，与中国其他地区HCV基因型的分布比较一致。
【关键词】：RT-PCR；丙型肝炎病毒；测序；基因分型Distribution and Clinical Significance of Hepatitis C Virus Gene Classification in Harbin bstract: Objective To observe the genotyping of hepatitis C virus(HCV) in patients with hepatitis C in Harbin. Methods The serum samples of 158 patients with hepatitis C admitted to our hospital from September 2012 to August 2017 were selected as the subjects for study, and were amplified using the reverse-polymerase chain reaction(RT-PCR) andpurified for sequencing analysis. Sequencing results and reference sequences were used to construct the phylogenetic tree to obtain the genotype of the virus and analyze it. Results in 158 patients with hepatitis C, 139 cases of core fragment were successfully amplified, and the success rate was 87.97 %. Of the 139 cases, 8 were HCV 1A, accounting for 5.76 %; 67 cases of HCVlb type, accounting for 48.20 %; 42 cases of HCV2a, accounting for 30.22 %; 11 cases of HCV3a, accounting for 7.91 %; 5 cases of HCV3b, accounting for 3.60 %; 6 cases of HCV6a, accounting for 4.32% Conclusion The genotype of HCV in Harbin is mainly type 1B, followed by type 2A, which is consistent with the distribution of HCV genotype in other parts of China.[Keywords]: RT-PCR; Hepatitis C virus; Sequencing; Gene typing丙型肝炎是临床上常见的肝炎类型之一，丙型肝炎病毒(HCV)是导致丙型病毒性肝炎的主要病原菌。
系统进化树分析慢性丙型肝炎患者HCV基因分型
论
善 ・
Ｊ ｅＲ ， ｒ０ ， １１ ｏ ｄ ｅＡ １Ｖ ． ． 性 丙 型 肝 炎 患 者 ＨＣ 基 因分 型 Ｖ
王 美霞 徐 斌 段 瑾 金 铭
摘
要 目的 了解 浙 江 省慢 性丙 型 肝 炎 患 者 ＨＣ Ｖ基 因 型 分 布 情 况 。方 法 参 考 Ｏ ｎ ｈ ｏ的 分 型 方 法 ， 用 巢 式 Ｒ 采 Ｔ—Ｐ Ｒ Ｃ
２ａ ｇ ｎ ｔ ｐｅ ｅ ｏ ｙ ｓ— ｂａ ｅ ｓ ｄ， ｍｕ ｔｐ ｅ ｇ ｏ ｙ ｅ Ｏ— ｅ ｓ ｉ ｈａ ａ ｔ ｒｓ ｉ ｌｉ ｌ ｅｎ ｔ ｐ ｓ Ｃ ｘｉｔｎｇ ｃ ｒ ｃ ｅ ｉｔｃ． Ｋｅ ｙ ｗｏｒ Ｈｅ ｔｔｓ ｖ ｒ ｓ； ｙ ｄｓ ｐａ ｉｉ ｉｕ Ｃ ｔ ｐｅ； ｎ ｔ ｐｅ； ｌ ｇ ｎｅ ｉ ｒ ｅ Ｇｅ ｏ ｙ Ｐｏ ｙ ｅ ｔｃ ｔ ｅ
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进化树(精美自制)PPT
每个分支在不同此取样时出现的频率赋予该分 支一个百分比。 如果严格根据统计学概念，该百分比要大于95 ％才认为该分支可信。在实际应用中该值大于 75％就认为可信。
A.重新取样(100-1000 time).
由于HCV基因1型用干扰素治疗的效果不佳。
病毒基因型分型对预防策略的影响（HEV）
净化环境，保 持水源清洁
给易感者接种 HEV疫苗
免食生肉
给猪接种HEV 疫苗，切断传 染源头。
净化环境，保 持水源清洁
给易感者接种 HEV疫苗
传染的来源
利用构建系统发生树的方法，可揭示时间 和地点相距较远的病毒分离株之间的同源 性，从而发现某一流行事件是过去流行株 复发还是从外界传入，对控制病毒的流行 具有重要意义。
基于特征的建树方法
不计算序列间的距离，而是将序列中有差异的位 点作为单独的特征，并根据这些特征来建树。
ML－最大似然法
选取一个特定的替代模型来分析给定的一 组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构 的似然率都为最大值，然后再挑出其中似 然率最大的拓扑结构作为最优树。
最大似然法的建树过程是个很费时的过程 ，因为在分析过程中有很大的计算量，每 个步骤都要考虑内部节点的所有可能性。
指导疾病的预防（HEV genotype Ⅰ Ⅳ）
有助研究病毒的分子流行病学意义
揭示传染的来源
监控和预测
为疫苗的选定提供依据
基因分型对HCV临床治疗的指导意义
HCV（丙型肝炎病毒）基因分型及血清HCV RNA定量测定对于预治疗疗效及决定治疗方案有重 要意义。 非基因1型（2、3型）感染者用干扰素加小剂量 利巴韦林800mg/d治疗24周即可获得较好的疗效。 而基因1型者疗效较差（特别是病毒负荷较高者 ），应给予更长的疗程（48周），并需更大剂量的 利巴韦林（1000~1200mg/d）。
进化树分析
V 氨基酸
 例：血红蛋白分子的外区的功能要次于内区的功能，外区的进化速率 是内区进化速率的10倍。
V 核苷酸
 例：DNA密码子的同义替代频率高于非同义替代频率；内含子上的核 苷酸替代频率较高。
分子钟: 进化时间的估计
1. 遗传距离d的计算：
V A. 氨基酸序列：p-距离，d-距离，Γ-距离； V B. DNA序列： Jukes-Cantor距离，Kimura距离；
2. 物种分歧点：使用考古数据确定共有祖先；确 定分化时间T; 3. 计算分子的分化/进化的速率：r=d/2T; 4. 对新的序列，计算分化时间： Tnew=dnew/2r
系统发育分析术语
直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的 祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复 制产生的.
以上定义源自Fitch, W.M. (1970) Distinguishing homologous from analogous proteins. Syst. Zool. 19, 99–113
系统发育树：三种类型
分支图
Taxon B Taxon C Taxon A Taxon D
1 1
进化树
6
时间度量树
Taxon B Taxon B Taxon C Taxon A Taxon D
Taxon C
Taxon A Taxon D
只用分支 信息，无 支长信息
遗传变化
时间
HCV基因分型的临床意义
HCV基因分型的临床意义
陈菊梅;季伟
【期刊名称】《传染病信息》
【年(卷),期】1998(000)004
【摘要】自1989年克隆了HCV以后,比较日本株(JH)与美国株(US)在核苷酸序列(nts)上的差异,提出将HCV分为四个亚型。
其代表株有HCV-US(Ⅰ型)、HCV-
J(Ⅱ型)、HCV-J6(Ⅲ型)及 HCV-J8(Ⅳ型)。
根据亲缘关系远近,属于不同基因型的HCV在nts上可有20％～35％的差异,常用阿拉伯数字
【总页数】3页(P154-156)
【作者】陈菊梅;季伟
【作者单位】解放军传染病研究所;解放军传染病研究所北京 100039;北京100039
【正文语种】中文
【中图分类】R512.6
【相关文献】
1.丙型肝炎患者基因分型与抗HCV、HCV-RNA的相关性研究 [J], 冀敏
2.HCV基因分型进展及临床意义 [J], 高丽;杨绍敏
3.四川省丙型肝炎患者HCV基因分型及基线HCV NS5A耐药突变位点分析 [J], 纪林秀; 吴亚; 王蜀强; 杨兴祥
4.HCV基因分型、AFP-L3与P53抗体联合检测在HCV相关肝细胞癌中的诊断价值 [J], 杨自力;张任飞;何欣;张洁;万祎
5.贵州省383例HIV/HCV共感染者HCV基因分型及临床特征 [J], 王梅;熊华刚;杨智刚;龙海;王艺;谭丽
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丙型肝炎病毒基因分型的研究进展
丙型肝炎病毒基因分型的研究进展解莹;谢晨【摘要】丙型肝炎病毒是一个高度异质性的RNA病毒,目前可分为6个基因型与不同的亚型.本文就 HCV基因型构成、HCV基因分型的检测方法与命名、HCV基因型的流行病学的意义、HCV基因型与疾病严重性、急性HCV感染的转归、IFN-α疗效、HCV基因分型与疫苗的研制等有关的研究作一综述.【期刊名称】《大连医科大学学报》【年(卷),期】2010(032)004【总页数】5页(P470-474)【关键词】丙型肝炎病毒;基因分型;研究进展【作者】解莹;谢晨【作者单位】大连医科大学附属第二医院,传染科,辽宁,大连,116023;大连医科大学附属第二医院,传染科,辽宁,大连,116023【正文语种】中文【中图分类】R512.6+3丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus，HCV)感染呈全球分布，全世界人群HCV感染率为3.0 %(0.1%～10%)。
在中国HCV的感染率为3.2%，约3800万。
近年来，中国丙型肝炎的诊断率在不断的提高，丙型肝炎新报告病例也不断增加[1]。
HCV 感染后病情隐匿，50%～80%会转变成慢性肝炎，如未经合理治疗，其中10%～30%经10～20年后会发展成肝硬化，1%～3%会发展成原发性肝癌[2,3]，严重危害患者的健康和生命。
HCV具有高度异质性，不同地区、不同患者，甚至同一患者在不同病程中HCV分离株，无论是核苷酸序列，还是氨基酸序列均有显著差异[4-6]。
本文就丙型肝炎病毒基因分型及其临床意义作一综述。
1 HCV基因型1.1 HCV基因型构成20世纪70年代初就提出了非甲非乙型肝炎(NANB肝炎)的概念，1975年，英国Lancet杂志首次使用这个名词。
1989年，美国Chiron公司Choo[7]等先采用分子生物学技术成功地将HCV cDNA克隆成功，并在日本东京召开的“国际非甲非乙型肝炎和经血传播的传染病学术会议”上正式命名HCV。
丙型肝炎的病毒学变异与毒株分析
丙型肝炎的病毒学变异与毒株分析丙型肝炎是一种由丙型肝炎病毒（HCV）引起的肝炎疾病。
丙型肝炎病毒属于一种RNA病毒，其基因组具有高度的变异性，这是丙型肝炎的一个重要特点。
在丙型肝炎的病毒学变异与毒株分析方面，我们可以从以下几个方面进行探讨。
一、病毒学变异的原因丙型肝炎病毒的变异主要是由于其基因组的高度变异性和病毒复制过程中的错误复制所导致。
丙型肝炎病毒的基因组由单链RNA组成，其RNA聚合酶缺乏校正机制，容易产生错误复制，从而导致病毒基因组的变异。
此外，丙型肝炎病毒还存在着高度的基因重组能力，不同毒株之间的基因交换也是导致变异的重要原因之一。
二、病毒学变异的分类丙型肝炎病毒的变异可以分为两种类型：突变和重组。
突变是指病毒基因组中的某个核苷酸发生了改变，而重组则是指不同毒株之间的基因交换。
突变主要包括点突变、插入突变、缺失突变等，这些突变会导致病毒基因组的序列发生改变，进而影响到病毒的生物学特性和致病性。
三、病毒学变异与毒株分析的意义病毒学变异与毒株分析可以帮助我们了解丙型肝炎病毒的流行病学特征、传播途径以及疾病的发展过程。
通过对不同地区、不同时间点采集的丙型肝炎病毒样本进行序列分析，可以揭示病毒的遗传变异规律和演化动态，为疫情监测和疫苗研发提供重要依据。
此外，病毒学变异与毒株分析还可以帮助我们评估丙型肝炎病毒的耐药性，指导临床治疗和制定预防控制策略。
四、病毒学变异与毒株分析的方法病毒学变异与毒株分析的主要方法包括序列分析、基因型分型和系统进化分析等。
序列分析是目前最常用的方法，通过测定丙型肝炎病毒基因组的序列，可以确定其基因型和亚型，并进行进一步的比较和分析。
基因型分型是根据不同地区、不同种群中丙型肝炎病毒的基因组序列相似性，将其分为若干个基因型。
系统进化分析则是通过构建病毒基因组序列的进化树，揭示不同毒株之间的进化关系和遗传距离。
总结起来，丙型肝炎的病毒学变异与毒株分析是研究丙型肝炎病毒流行病学特征、疫苗研发和临床治疗的重要内容。
中国HCV 2a的分子流行病学研究
ｄｅｔｅｃｔ ｔｈｅ Ｅ１ ｇｅｎｅ ａｒｅａ ｂｙ ＲＴ —ＰＣＲ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｈｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ａｌｉｇｎｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｔｏ ｇｅｔ ＨＣＶ ｇｅｎ—
【关键词】 ＨＣＶ基因分型 ；ＨＣＶ ２ａ；进化分析
Ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ＨＣＶ ２ａ ｉｎ Ｃｈｉｎａ． ＷＡＮＧ Ｍｉｎ ，ＸＵ Ｒｕ，ＲＯｔｉｎｇ，ＳＯＮＧ Ｄａｎ—ｄａｎ，ＳＨＡＮ Ｚｈｅｎ—ｇ０ ，ＦＡＮ Ｘｉａｏ—ｍｉａｏ，ＹＯＵ Ｑ 一ｚｈｕ，ＨＵＡＮＧ Ｋｅ，Ｆ ｙ０ 一ｓｈｕｉ．
ｏｔｙｐｉｎｇ．Ｔｈｅ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ＨＣＶ ２ａ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｒｏｍ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ
ｆ ｏ ｒ ａｎａｌｙｚｉｎｇ ａｌｏｎｇ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ＨＣＶ ２ａ ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ． Ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｔｒｅｅ ｗａｓ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ａｎｄ ｔｈｅ ＢＳＰ ｃｕｒｖｅ ｗａｓ ｄｒａｗｎ ｕｎｄｅｒ Ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ ｍｏｄｅ１．Ｒｅｓｕｌｔｓ Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ６６４ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙ ｆ ｏｒ Ｅ１ ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｒｅ ｗｅｒｅ ８ ｋｎｏｗｎ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ａｎｄ ａ ｎｅｗ ＨＣＶ ６ ｓｕｂｔｙｐｅｓ．Ｔｈ ｅ ｃａｓｅ ｎｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｌａ，１ｂ，１ｃ，２ａ，３ａ，３ｂ，６ａ，６ｎ ａｎｄ ６ｎｅｗ ｗｅｒｅ １０， ３９２，１２７，２８，４８，４４，６ ａｎｄ ６，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ａｎａ ｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ａｌｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆ ｏｒ ＨＣＶ ２ａ ｗｅｒｅ ｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｃｌｕｓｔｅｒｓ ｉｎ ｔｈｅ ｅａｒｌｙ １９６０ｓ，ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｃｌｕｓｔｅｒ １ ｗｅｒｅ ａｌｌ ｆｒｏｍ Ｃｈｉｎａ，ｍａｉｎｌｙ ｆｒｏｍ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ｃｈｉｎａ．Ｈｏｗｅｖｅｒ， ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｃｌｕｓｔｅｒ １ ｗｅｒｅ ａｌ１ ｏｖｅｒ ｔｈｅ ｗｏｒｌｄ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｃｌｕｓｔｅｒ Ｖ ．ＶＩ ａｎｄ ＶＨ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ＨＣＶ ２ａ ｆｏｒｍ ｔｈｅｉｒ ｏｗｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｊａｐａｎ ａｎｄ Ｃｈｉｎａ．Ｈｏｗｅｖｅｒ．ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｂｏｔｈ ｉｎ ＣｌｕｓｔｅｒⅧ ａｎｄ ＩＸ ｗａｓ ｓｅｅｎ ｔｈａｔ ＨＣＶ ２ａ ｔｒａｎｓ— ｆｏｒｍｅｄ ｆｒｏｍ Ｊａｐａｎ ｔｏ Ｃｈｉｎａ．Ｔｈｅ ＢＳＰ ｃｕｒｖｅ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｇｒｏｗｔｈ ｒａｔｅ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ ｆｒｏｍ １９９２ ｔｏ １９９６． Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ ＨＣＶ ｌ ｂ ｉｓ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｇｅｎｅ ｓｕｂｔｙｐｅ，ｆｏｌｌｏｗｅｄ ｂｙ ＨＣＶ ２ａ ｉｎ ｎａｔｉｏｎｗｉｄｅ． ＨＣＶ ２ａ ｓｕｂｔｙｐｅ ｉｓ ｉｎ ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ ｈｉｇｈ ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｉｎ Ｃｈｉｎａ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙ ｉｎ ｔｈｅ ｎｏｒｔｈ，ｓｕｃｈ ａｓ ｐｒｏｖｉｎｃｅｓ／ｍｕｎｉｃｉｐａ ｌｉｔｉｅｓ ｉｎ ｎｏ￣ｈｅａｓｔ ａｎｄ ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ．Ｔ ｈ ｕｓ ｔｈｉｓ ｓｕｂｔｙｐｅ ｓｈｏｕｌｄ ｂｅ ｓｔｉｌｌ ｒｅｃｅｉｖｅｄ ｅｎｏｕｇｈ ａｔｔｅｎｔｉｏｎ．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ＨＣＶ ２ａ ｓｐｒｅａｄｓ ｆｒｏｍ Ｊａｐａｎ ｔｏ Ｃｈｉｎａ．
深度测序法在检测HCV不同基因型_亚型混合感染中的应用_许茹
全球目前有近 1. 85 亿丙型肝炎病毒（ hepatitis C Virus， HCV） 感染者，每年有将近 35 万人死于 HCV 相关的肝脏疾 病［1］。HCV 基因具有高度变异性，根据病毒株核苷酸的序列 同源性差异，其被分为 7 个基因型和 67 个亚型［2］。我国人 群及 HCV 感染者所带的 HCV 基因型主要是 1b、2a、3a、3b 和 6a，其中 1b 和 2a 是最主要的 2 种基因型，尤其在我国的北 部和西部较常见［3 － 4］，3a、3b 则较常见于云南以及部分南方
（ 人） ］份由甘肃省天水市第一人民医院和宁夏医科大学附 基因各 3 条引物，扩增产物长度为 385 和 625 bp，引物的位
属医院分别于 2009 年 10 月 30 日和 2010 年 3 月 4 日采集。 置为在 HCV-1 中的核苷酸位置（ 表 2） 。
血液采集后立即以 3000 － 3500 rpm 离心 10 min，收集上层淡
·1214·
中国输血杂志 2015 年 10 月第 28 卷第 10 期 Chin J Blood Transfusion Oct，2015，Vol． 28，No． 10
·论著·
·基础医学与实验研究·
深度测序法在检测 HCV 不同基因型 / 亚型混合感染中的应用*
许茹 黄杰庭 王敏 梁明月 廖峭 黄珂 熊华平 戎霞 付涌水△ （ 广州血液中心 输血研究所，广东 广州 510095）
摘要： 目的 将深度测序法用于 HCV 感染者中不同基因型 / 亚型混合感染的检测。方法 2 例 HCV ＲNA 阳性 血浆标本（ 标记为 1 和 2 号标本） ，以 NS5B 和 E1 编码区为目的基因，经 ＲT-PCＲ 扩增后做 sanger 核苷酸序列测定， 对其做基因分型发现 2 个编码区的分型结果后，重复 3 次 NS5B 基因 PCＲ 扩增； 合并 3 次 PCＲ 产物用 Ion TorrentTM 半 导体测序仪做深度测序。获得的序列用 Geneious 软件的“The map to reference algorithm”和“De novo assembly”2 种方 法做序列分析和比对，并用 Mega 5 构建进化树。结果 sanger 测序： 1、2 号标本 NS5B 基因分型均为 1b，E1 基因分 型均为 2a； 深度测序： 2 个标本均为 HCV 1b 与 2a 混合感染，其中 The map to reference algorithm（ Geneious） 方法显示，1 号标本中 1b 占 92. 7% 、2a 占 3. 8% 、没有比对到的序列（ unused seq） 占 3. 5% ，2 号标本相应为 84. 3% 、5. 4% ，没有比 对到的序列占 10. 3% ； De novo assembly（ Geneious） 方法显示，1 号标本中 1b 占 96. 3% 、2a 占 3. 7% ，2 号标本相应为 94. 1% 、5. 9% 。结论 深度测序技术可以精确地获得 HCV 混合感染的不同基因型 / 亚型信息，De novo assembly（ Geneious） 分析 HCV 的深度测序数据更为精确和直观。
进化树在细菌亲缘关系分析中的应用研究
进化树在细菌亲缘关系分析中的应用研究迟文静， 刘宜昕， 王 粟， 刘 涛， 赵 虎， 张艳梅（复旦大学附属华东医院检验科，上海 200040）摘要：随着生物技术的发展与应用，许多未知的细菌陆续被发现。
同时，随着环境的变化，一些已知的细菌不断产生新的致病或耐药表型。
面对细菌日益复杂的威胁，开展细菌进化及其与经典致病菌的亲缘关系的研究，探究细菌新种属或新表型的产生机制，将为防控以及治疗细菌感染提供重要的参考依据。
由于基因组携带着物种所有的遗传信息，基于细菌基因组数据开展进化研究可更真实地还原物种的进化过程。
目前，测序等分子生物学技术的发展，为深入了解细菌的进化过程及遗传和功能特性等提供了更有力的技术支持。
关键词：细菌；进化树；基因组；亲缘关系Evolutionary tree and its application in the analysis of bacterial kinship CHI Wenjing ，LIU Yixin ，WANG Su ，LIU Tao ，ZHAO Hu ，ZHANG Yanmei.（Department of Clinical Laboratory ，Huadong Hospital ，Fudan University ，Shanghai 20004，China ）Abstract ：As the development and application of biological technology ，many unknown bacteria have been identified gradually. Meanwhile ，with environment changing ，some known pathogenic bacteria have evolved new phenotypes involved in pathopoiesia or resistance. In the face of growing threats ，carrying out research in bacteria evolution and its relationship with classical pathogens and exploring the emerging mechanisms of new pathogen or new phenotypes would provide a reference for the prevention and controlling of pathogens. Because the genome carries all the genetic information of a species ，the research based on the bacterial genome analysis would present a more realistic evolutionary process. Especially ，the development of the molecular biotechnology ，such as sequencing ，will provide powerful tools for understanding the evolutionary process and mechanisms and their genetic traits and functional characteristics of bacteria.Key words ：Bacterium ；Evolutionary tree ；Genome ；Phylogeny基金项目：上海市科委引导类科技支撑项目（184****0600）；上海申康医院发展中心新型前沿技术联合攻关项目（SHDC12015107）； 上海市科委科技创新行动计划（184****0800）作者简介：迟文静，女，1995年生，硕士，主要从事临床微生物学研究。
广西地区丙型肝炎病毒的基因分型及其临床意义
・ ９１ Ｏ ・
西
医
科
大
学
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ｃ ＲＳＩ Ｊ ＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＧＵＡＮＧＸＩ Ｍ ＥＤＩ ＡＬ Ｃ ＵＮＩ ＶＥＲＳ Ｉ ＴＹ
２ ０ １ ３ Ｄｅ ｃ ； ３ ０（ ６ ）
广 西 地 区 丙 型 肝 炎 病 毒 的 基 因 分 型 及 其 临 床 意 义
中， 男 ７ ５例 ， 女 ６ ２ 例， 年龄 １ ７ ～７ ５岁 ， 平均 （ ４ １ ． ９ 士１ ２ ． ３ ） 岁
因之一 ， 严重威胁 着人类 的健康 。据报 道 ， 全球现 约 １ ． ７亿
人 感 染 了 ＨＣ Ｖ。我 国 的 ＨＣ Ｖ 总感 染 人 数 超 过 ５ ０ ０万 ， 感 染
唐 维 苏 明华 △ 江建 宁 刘 志红 晏双龙 韦 智 覃锦 耀
（ 广 西 医 科 大 学 第 一 附属 医 院感 染 性 疾 病 科 南 宁 ５ ３ ０ ０ ２ １ ）
滕 春玲
摘 要 目的 ： 探 索广 西 地 区丙 型 肝 炎 病 毒 （ ＨＣ Ｖ） 基因型的分布特征。方法 ： 收集广西地 区 １ ３ ７例 ＨＣ Ｖ — ＲＮ Ａ 阳 性 患 者 的血 清 样本 ， 采 用 逆转 录巢 式 Ｐ Ｃ Ｒ法 扩 增 Ｈ Ｃ Ｖ ＮＳ ５ Ｂ区 段 ， 对Ｐ Ｃ Ｒ 终 产 物 纯 化测 序 ， 测序结果与 Ｇ ｅ ｎ ｂ ａ ｎ ｋ中 的 标 准 株 全 基 因序 列 比对 ， 并 构 建 ＨＣ Ｖ ＮＳ ５ Ｂ 区 段 系 统 进 化 树 。结 果 ： 广西地区 １ ３ ７例 样 本 中 ， 主要 基 因型为 １ ｂ型 （ ５ ８ ． ４ ） ， 其次是 ６ ａ型 （ １ ２ ． ４ ） ， ３ ｂ型 （ １ ０ ． ２ ） ， ｌ ａ型 （ ７ ． ３ ） ， ２ ａ型 （ ７ ． ３ ） ， ３ ａ型 （ ４ ． ４ ） 。进 一 步 分 析 表 明 ， ＨＣ Ｖ 基 因型分布 与性别无 关 （ Ｐ ＞ ０ ． ０ ５ ） ， 而 与 年 龄 有 关 （Ｐ＜ Ｏ ． ０ ５ ） ， ３型 及 ６ ａ型 主 要 见 于 年 轻 患 者 。结 论 ： 构 建 ＨＣ Ｖ ＮＳ Ｓ Ｂ 区 段 系 统 进 化 树 能 得 到 准 确 的
HCV RNA水平与HCV基因型别的相关性研究
HCV RNA水平与HCV基因型别的相关性研究周萍;杨柳;李金洁;王晓琴【摘要】目的探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)载量水平与HCV基因型别的相关性.方法选取255例丙型肝炎患者,采用实时荧光定量逆转录PCR(reverse transcription quantitative real time PCR,RT-qPCR)检测HCV病毒载量水平,采用PCR-反向点杂交法(polymerase chain reaction-reverse dot blot,PCR-RDB)进行HCV基因分型检测.结果 255例样本中,PCR-RDB法成功分型的246例(96.47%),未明确分型的9例(3.53%);其中,1b型121例(47.45%),2a型107例(41.96%),3a型16例(6.27%),3b型6例(2.35%),6a型5例(1.96%);5种HCV基因亚型中3b型和6a型病毒载量较高,显著高于其他3个亚型(P<0.05).结论采用PCR-RDB法进行HCV基因分型时需参考样本定量结果,低病毒载量会影响基因分型成功率;HCV RNA水平与HCV基因型别可能具有相关性.【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》【年(卷),期】2017(009)006【总页数】5页(P391-395)【关键词】丙型肝炎病毒;PCR-反向点杂交法;基因型;病毒载量【作者】周萍;杨柳;李金洁;王晓琴【作者单位】西安交通大学第一附属医院检验科,陕西,西安710061;空军军医大学西京医院检验科,陕西,西安710032;空军军医大学西京医院检验科,陕西,西安710032;西安交通大学第一附属医院检验科,陕西,西安710061【正文语种】中文丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）感染严重危害人类的健康。
全世界约有1.7亿人受到HCV的感染［1］，我国更是一个HCV感染大国。
中国丙型肝炎病毒基因型的进化树分析
中国丙型肝炎病毒基因型的进化树分析邱国华;张瑞;杜绍财;刘峰;田园;魏来【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2005(23)3【摘要】目的了解丙型肝炎病毒的基因型在中国的分布,对各基因型做遗传进化树分析.方法分型方法按5'端非编码区(5'-NCR)ABC程序酶切分型技术进行.应用BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ、BstUⅠ、HaeⅢ等5种限制性内切酶,对HCV阳性血清进行分型研究.对1a、3b基因型进行HCV NS5b PCR,测序.对5'-NCR和NS5b 进行遗传进化树分析.结果测序结果证实中国存在HCV 3b和1a型;进化树分析结果表明第86、98、123株样品与3b D49374相关,获美国NCBI的GenBank认证;第61株与HC-J1 D10749 1a型相关;5'-NCR测序结果证实第16、62株与HC-J8 2b型相关.结果表明中国存在着HCV 1a、2b、3b型的感染.结论经过遗传进化树分析证实了ABC程序酶切分型技术可准确地检测1a～6a HCV基因型.【总页数】3页(P165-167)【作者】邱国华;张瑞;杜绍财;刘峰;田园;魏来【作者单位】北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044;北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044;北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044;北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044;北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044;北京大学人民医院肝病研究所,北京,100044【正文语种】中文【中图分类】R512【相关文献】1.云南省丙型肝炎病毒基因型及3b型遗传进化树分析 [J], 李峥;高玉红;毕胜;杨曦;张桂前;台虹2.武汉地区丙型肝炎病毒基因型分布及其少见基因亚型系统进化树分析 [J], 姜树朋;童永清;李艳3.中国丙型肝炎病毒基因型分布回顾及M eta分析 [J], 聂滨;张开炯;刘靳波;郭永灿;涂植光4.上海地区人群丙型肝炎病毒1b型进化树及其影响因素分析 [J], 夏幼辰;陆伦根5.系统进化树在行维持性血液透析患者丙型肝炎病毒感染的基因型及同源性分析中的应用 [J], 陈嘉;何永成;栾韶东;丁小强因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
丙肝病毒
丙型肝炎病毒HCV的核酸类型HCV是单股正链RNA病毒，归类于黄病毒科中的丙型肝炎病毒属;在发现初期被命名为非甲非乙型肝炎病毒，而后定名为丙型肝炎病毒。
HCV基因组中具有高度保守性的5’ 非编码区(5’ untranslated region, 5’ UTR)常被选为HCV RNA定性和定量检测的靶区域;编码区中的非结构蛋白(non-structural protein)区NS3和NS5均为HCV复制所必需，是抗病毒治疗的重要靶位[1]。
HCV慢性化率高，是引起肝硬化和肝癌的主要原因之一。
HCV感染患者占全球人数的3%，每年有300~400万HCV感染者开始接受治疗[2]。
急性感染期过后，约有15%~25%感染者的HCV被宿主免疫系统清除，余下的感染者多转为慢性持续性感染，并且可能进一步发展为肝硬化和肝细胞癌。
所以，早期诊断和有效治疗HCV感染对防止不良预后的发生至关重要。
本文对HCV基因分型的依据、检测方法的应用、地域性分布规律进行综述，并分别从临床、病毒和宿主基因多态性角度讨论抗病毒治疗的效果。
1 HCV基因型1.1 HCV基因型的分子基础HCV基因型的划分是根据其全基因组核苷酸序列的差异进行的，差异超过30%为不同基因型;同型HCV基因组之间差异超过20%，分为不同亚型;同一亚型中HCV的核酸序列的差异可达10% [3]。
目前，HCV被分为6种主要基因型和70多种亚型。
HCV命名系统较多，为方便HCV基因型及亚型研究，在第二届HCV与相关病毒国际讨论会议上制定了统一的命名系统——Simmonds基因分型系统。
按此命名系统[4]，1型包含a~m 13种亚型，2型包含a~r 18种亚型，3型有11种亚型，4型为18个亚型，5型目前只发现1个亚型——a 亚型，6型有a~u 21种亚型。
也有学者认为，HCV应分为11型，是将6型中的部分亚型定义为7至11型[5]。
表1 HCV基因型Simmonds命名HCV基因型1.2 HCV基因分型靶区的选择HCV基因型检测需选择适当的靶区进行PCR扩增，然后进行核酸测序及进化树分析。
乙型肝炎病毒基因分型方法及其分子流行病学研究进展
因型 的 ６ ８例 Ｈ Ｖ患 者 全 基 因 、０ Ｂ １６例 Ｈ Ｖ 患 者 Ｓ Ｂ
行 全 序 列 测 序 及 比较 ， 核 苷 酸 的 异 质 性 为 ３９ 其 ．％ ５６ ， 与 美 国 ２株 相 同 血 清 亚 型 Ｈ Ｖ 序 列 比 ．％ 而 Ｂ
（ ） 因 序 列 测 定 法 一 基 １ 全 基 因 序 列 测 定 Ｏ ａ ｍ ＿ 对 从 日本 及 印 ． ｋ ｔ ｏ】 ｏ 度 尼 西 亚 ａｗ ｄ ２慢 性 携 带 者 中 分 离 出 的 ３株 Ｈ Ｖ进 Ｂ
型 ， 于 另 １ 酶 切 图谱 不 典 型 者 再 使 用 Ｂｒ 对 ４例 ｓ 工酶
以及 ａ ｒ 一 随 着 分 子 生 物 学 技 术 的 出 现 ， 定 ｄｑ 。 确 Ｈ Ｖ基 因 约 为 ３ ２ ｂ 由 Ｓ Ｃ、 Ｂ ，ｋ ， 、 Ｐ及 Ｘ ４个 开 放 阅 读 框架组成 ， Ｓ基 因 区 包 括 前 Ｓ 、 Ｓ ｌ 前 ２及 Ｓ基 因 ， Ｂ Ｈ— ｓ ｇ由 Ｓ基 因编 码 。 已 有 较 多 研 究 表 明 ＨＢＡ Ａ ｓ ｇ血 清 分 型 并 不 能 真 正 反 映 病 毒 的异 质 性 以及 病 毒 真 正 的 种 系 发 生 关 系 。 自从 １８ ９ ８年 Ｏ ａ ｍ 建 立 全 基 因组 ｋｔ ａ ｏ 序列 分 型 以 来 ， 多学 者 对 其 进 行 了 研 究 。 现 将 近 较
基 因型 Ｅ和 Ｆ 使 Ｈ Ｖ基 因型 达 到 ６个 （ ， Ｂ Ａ～Ｆ 。 在 ） 其 后 对 ２ 例 ＨＢ ８ Ｖ全 基 因组 、 Ｐ基 因 、 Ｓ基 因 、 码 前 编 Ｈ ｓ ｇ的 Ｓ基 因 、 ＢＡ Ｃ基 因 及 ｘ 基 因 分 别 比 较 并 建 立 进 化树 ， 一 步 证 实 根 据 Ｓ基 因 序 列 分 型 最 接 近 全 进 基 因组 ， 而 证 明 了 单 独 使 用 Ｓ基 因 进 行 分 型 的 可 从
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如何进行丙肝基因分型
HCVRNA提取、逆转录、特异性片段Core、NS5b、E1等的扩增，测序在“HCV测序标准流程中”中已经阐述，本文主要从拿到测序结果到建树分型成功来阐述。
1、所用到的软件
BioEdit_700_070404或者sequences scanner：分析测序结果，峰图的质量；
DNAman.rar：对特异性片段比对，休整，主要用到他的拼接功能；
MEGA 4.rar：用于建立比对（alignment），建树分型。
2、用到的参考序列包括：
>D90208-1b
>M58335-1b
>M62321-1a
>M67463-1a
>D00944-2a
>AB047639-2a
>D10988-2b
>AB030907-2b
>D50409-2c
>AB031663-2k
>D17763-3a
>D28917-3a
>D49374-3b
>D63821-3k
>Y11604-4a
>Y13184-5a
>AF064490-5a
>Y12083-6a
>D84262-6b
>D84263-6d
>D63822-6g
>D84265-6h
>D84264-6k
3、首选打开测序结果(本文以核心片段core为例)，分析测序结果的峰图质量，去掉测序结果中质量不理想的片段，得到要分析的目的片段A1、A2…………
4、利用DNAman软件寻找参考片段：在DNAman软件中，通过“序列——序列拼接”打开序列拼接窗口，通过添加文件将目的片段与参考序列添加。
按“拼接”，显示结果。
在显示出来的窗口中，寻找与目的“片段A1、A2…………”对应的“参考片段B1、B2…………”。
5、将目的片段与参考片段放到txt文件中，每个序列名前加“>”.如下图。
保存为以“.fas”为后缀的格式。
例如core.fas
6、在mega上比对
在MEGA4.exe中，选择alignment——alignment editor，打开一个窗口，在窗口中选择“create a new alignment”，点“ok”后，出一对话框，选yet。
在弹出的窗口中点“Data-create new”。
在通过“open ——retrieve sequences from file”打开core.fas。
在弹出的窗口中通过“edit-select all”选择全部序列，并点“alignment-alignment by clustalw”对选定序列进行比对，按默认设定点“ok”进行比对进行。
等待一段时间。
“data-save session”保存，关闭窗口提示再保存，保存完后弹出窗口要求输入数据名，随便输入“a”后再保存。
此时再弹出窗口，“protein nucleotide sequence data”，点yes。
再弹出窗口是“open the data file in mega”，点yes。
7.打开数据后，可把新窗口最小化。
在mega4.0的主窗口中点“phylogeny-construct phylogeny-neighbor joining”，在弹出的窗口中，substitution model中选择“jukes cantor”模式。
点击compute。