肿瘤研究分子生物学数据库资源

CGAP主页
Genes
每个基因————一个Gene info页面
– UniGene、LocusLink、OMIM、DTP search、cDNA Libraries、Cluster Assemblies、和SNPs等数据库的链接
–细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息
Βιβλιοθήκη Baidu–蛋白相似性
–人类和小鼠的同源组 – IMAGE（Integrated Molecular Analysis of Genomes and
Gastroenterology. 2007; 133(1):219-31.
主要内容
NCBI的相关数据库资源 肿瘤学和血液学的细胞遗传学 ExPASy的数据库资源和工具
NCBI的相关资源
National Center for Biotechnology Information
– 多色标记的探针与染色体杂交
M-FISH—Multiplex Fluorescence In Situ Hybridization
CGH—Comparative Genomic Hybridization
– 肿瘤和对照细胞的基因组DNA标记不同颜色荧光 探针等量混合后分别与肿瘤和对照细胞的染色体 杂交。
– SNP Gene Viewer：将人类SNPs定位于参考序列和MGC序 列，预测蛋白编码的变化
Gene info
Chromosomes
Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer （肿瘤染色体畸变数据库）
– Recurrent Chromosome Aberrations Searcher用来查 找重复出现的染色体畸变
肿瘤研究的分子生物学数据库 资源
一篇论文的题目
Zhu F, Zykova TA, Kang BS, Wang Z, Ebeling MC, Abe Y, Ma WY, Bode AM, Dong Z.
Bidirectional signals transduced by TOPKERK interaction increase tumorigenesis of HCT116 colorectal cancer cells.
输入序列 先查询序列中的Tag 根据Tag来查询在SAGE文库中出现的频
率
输入GenBank号或序列进行查询
查询结果
查询结果
Cancer Genome Anatomy Project (http://cgap.nci.nih.gov/)
由National Cancer Institute（NCI）管理 目的是研究肿瘤细胞的分子改变
– Nucleotide BLAST：通过CGAP界面，查找给定核苷酸序 列的代表基因
– Lists of Candidate, Validated, and Confirmed SNPs：包含单 核苷酸多态性的基因信息
– CGAP SNP Index：通过基因名称、符号和GenBank序列 号查找代表SNPs
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Genes and disease
单基因遗传病的站点
– 介绍多个系统的遗传病，可下载PDF文件。 – 图示遗传病相关基因在染色体的定位 – 与相关数据库相互链接
Genes and disease 页面
染色体的图谱
SKY—Spectral Karyotyping
SKY的 原理
CGH的 原理
CGH比较工具
– 输入染色体片段和得失，如：7[gain]或 3p[loss].
比较工具
比较结果
CGH图示
大规模分析基因表达的方法
–对某一组mRNA中基因表达定量检测 –一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp
的一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表 95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数 则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达 活性的高低。
SNP500 Cancer Database
– 用于查找SNP的工具 – 可以通过基因名称、SNP号、染色体和基因功能
查询
查找肿瘤重复出现的染色体畸变
Tissues
来源于组织的基因表达信息
– Library Finder工具可以帮助查找组织特异性的文库。
–Gene Library Summarizer（GLS）：在特定的cDNA文 库中查找所有基因。
– 酶切位点3'端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活 性的高低
选择细胞
流程图
磁珠分离RNA并合成cDNA 锚定内切酶（NlaIII）酶切 NlaIII3’端序列为标签，再用BsmF1酶切后释放标签 将标签相互连接并连入质粒载体 测序并计算标签的拷贝数
计算机分析
查询方式
– ...by tag – ...by sequence – ...by library – ...by gene name
–cDNA xProfiler：用于在两个cDNA文库之间比较基因 表达。
–Differential Gene Expression Displayer（DGED）： 用于在两个cDNA文库之间比较基因表达的统计学差异。
– SAGEmap xProfiler：xProfiler程序比较一个cDNA在 不同cDNA文库中的表达情况。
their Expression）协议来源的序列链接 –全长MGC（Mammalian Gene Collection）克隆链接 – Gene Ontology功能分类
Genes工具列表
– Gene finder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具
– Gene Ontology Browser：通过分子功能、生物学过程和细 胞组分对人和小鼠的基因分类
方法
– RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端 – 随后用一种限制性内切酶（NlaIII (CATG)）切割
cDNA分离酶切位点3‘端的序列 – 另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端 – 用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片
段连成一个单一的DNA分子 – 最后克隆并测序这些分子