微生物群落结构研究2015-01
微生物学中的环境微生物群落结构研究
微生物学中的环境微生物群落结构研究近年来，随着高通量测序技术的普及和发展，环境微生物群落结构研究取得了飞跃性的进展。
环境微生物群落是指由微生物在特定环境中形成的群体，包括细菌、真菌、原生动物和病毒等多种微生物。
这些微生物通过相互作用和竞争在环境中形成稳定的群落结构，既影响着环境的稳定性和健康，也对人类的生存和发展产生深刻的影响。
环境微生物群落结构研究的重要意义在于，通过对微生物群落的组成及其多样性、丰度和相互关系的研究，可以揭示微生物在环境中的生态功能和进化历程，为环境保护、健康管理、生物技术和生态学研究提供科学依据。
下面，我们来探讨一下环境微生物群落结构研究的主要方法和应用。
1. 高通量测序技术的应用高通量测序技术是目前环境微生物群落结构研究的主要手段。
它利用高通量平台对微生物群落中的基因组DNA进行大规模的测序和分析，从而可以对微生物群落的组成和多样性进行深入研究。
高通量测序技术的优势在于可以同时检测数万个微生物物种，在数据处理和分析方面也具有高效性和精准性。
现代高通量测序技术主要分为两大类：基于PCR扩增的方法和非PCR扩增的方法。
PCR扩增方法包括传统的Sanger测序、454测序、Illumina测序等，非PCR扩增方法包括整个基因组测序和元转录组测序等。
这些技术能够获得微生物群落中各种重要基因的序列信息，如16S rRNA基因、ITS基因、功能基因等，从而揭示微生物群落的组成和功能。
2. 生态学模型的应用生态学模型是一种通过数学模拟的方式，分析和预测生态系统中各种生物种群之间的相互作用和竞争关系，并对其生态功能进行定量分析的方法。
生态学模型在环境微生物群落结构研究中的应用主要包括网络分析模型、生态位模型和稳态模型等。
这些模型可以运用高通量测序技术提供的数据，构建微生物群落的生态系统模型，从而对微生物群落中各个物种之间的相互作用和作用机制进行模拟和预测。
网络分析模型是一种基于网络结构的方法，将微生物群落中的物种和它们之间的相互关系构建成一个网络图，在网络的拓扑结构和连接方式上进行统计分析。
微生物群落结构与功能特征研究
微生物群落结构与功能特征研究微生物是生态系统中重要的组成部分，它们与环境、植物、动物密切相关。
在土壤、水体、肠道等环境中，微生物群落数量极其庞大，它们的总生物量甚至超过其他生物的总生物量，而且不同的物种组合形成不同的生态系统。
因此，微生物群落结构和功能的研究是微生物学的重要研究领域，也是生态学、环境科学、农业科学等领域的热门话题。
微生物群落结构通常是指微生物的物种组成及其数量分布。
一般地，微生物群落可以分为细菌、真菌、古菌和病毒等四大类。
其中，细菌在微生物群落中占主导地位，在不同环境中，细菌的种类、数量、分布都各不相同，因此细菌群落结构的研究是微生物学的重点之一。
细菌群落结构的研究主要通过高通量测序技术实现。
目前，通过对微生物DNA进行序列测定，可以快速获得微生物群落的组成信息。
而对微生物群落数量的测定，则可通过培养和PCR等技术手段获得。
微生物群落结构的研究不仅关注微生物的数量和分布，更重要的是探究不同群落结构之间的生态功能特征。
例如，土壤微生物群落的功能特征与土壤碳、氮循环密切相关，水体微生物群落的功能特征则与水体的净化及富营养化有关。
因此，通过微生物群落的研究可以深入了解生态系统的生物和非生物因素之间的相互作用。
近年来，随着高通量测序技术的广泛应用，微生物群落结构的研究也得到了空前的发展。
以土壤微生物群落为例，先前的研究主要关注细菌和真菌的数量和分布，对细菌和真菌在土壤中的生态功能特征了解不足。
近年来，随着元基因组学、转录组学、蛋白质组学等多组学技术的应用，细菌和真菌的代谢和功能组成研究逐渐增多，进一步深化了对土壤微生物群落的认识。
除了关注微生物群落结构和功能特征，微生物群落的稳定性是另一个研究焦点。
微生物群落与环境之间的相互作用是一种动态平衡的关系，它们之间的变化通常受到环境因素的影响，如土壤pH、湿度、温度等，而微生物群落的变化又反过来影响环境。
因此，微生物群落的稳定性也成为了研究关注的重点之一。
微生物群落结构与功能关联性研究
微生物群落结构与功能关联性研究一、引言微生物是地球上最早出现并广泛分布于各种环境中的生物。
微生物群落受环境因素影响，其结构和功能与生态系统的健康、稳定性密切相关。
近年来，微生物群落结构与功能关联性的研究引起了广泛关注。
本文将探讨微生物群落结构与功能关联性的研究进展和意义。
二、微生物群落结构微生物群落结构是指某一环境中微生物的组成和相对丰度。
微生物群落结构受到各种因素的影响，如环境温度、湿度、pH值等。
研究发现，不同环境中微生物群落结构存在差异，且在同一环境中也存在时空变化。
通过高通量测序技术，现已可以对微生物群落结构进行深入研究。
三、微生物群落功能微生物群落功能是指微生物参与的生态过程和生物地球化学循环等功能。
微生物群落功能对整个生态系统的运行发挥着重要作用。
微生物能够参与有机物的降解、氮循环、碳循环等关键生物过程。
不同微生物在功能上存在差异，这使得微生物群落功能的研究变得复杂而重要。
四、微生物群落结构与功能的关联性微生物群落结构与功能之间存在着密切的关联性。
相对稳定的微生物群落结构对维持生态系统的功能非常重要。
当环境因素发生变化时，微生物群落结构可能发生调整，并影响到微生物群落的功能。
例如，当外源污染物输入导致环境负荷变化时，微生物群落结构可能发生变化，且微生物群落功能也会受到影响。
五、微生物群落结构与功能关联性研究的意义微生物群落结构与功能关联性研究对于深入了解微生物的生态学特征、环境与微生物相互作用以及生态系统的稳定性具有重要意义。
通过研究微生物群落结构与功能的关联性，我们可以揭示微生物的生态功能和协同作用，进而为环境保护、生态修复、农业生产等领域提供理论支持。
六、微生物群落结构与功能关联性研究的挑战与前景微生物群落结构与功能关联性的研究面临一些挑战。
首先，微生物群落结构与功能之间的关联性涉及到多个因素的相互作用，分析和解释起来较为困难。
其次，微生物群落结构与功能的研究需要运用先进的生物信息学分析方法，技术的发展对研究提出了更高的要求。
微生物群落结构与生态功能的研究
微生物群落结构与生态功能的研究微生物是生态系统中重要的组成部分之一。
它们可以参与分解有机物、成为植物共生菌根、生产有机物质等。
微生物数量庞大，种类繁多，微生物群落（microbial community）因而成为研究焦点。
微生物群落指在某些时段内，在某个生态系统中共存的微生物群体，它受环境因素、相互作用、协同进化等因素的影响。
微生物群落结构研究可以提供深刻的生态功能洞察，有助于建立更加准确的生态系统模型。
一、微生物群落结构微生物群落结构指的是在某个时刻，生态系统内所有微生物种类与数量的总和。
微生物群落的构成是极其复杂的，微生物数量可能高达数十亿个/克土壤甚至更高。
科学家通过各种方法对微生物群落进行研究，常见的方法有PCR扩增、16S rRNA测序、微生物组测序等。
这些技术可以帮助研究者了解生态系统内微生物的种类、数量、分布等信息。
微生物的多样性随着环境因素的变化而变化。
例如，温度、水分等环境条件的变化会引起微生物群落的变化。
同时，微生物之间也会存在复杂的相互作用，如合作、竞争等。
微生物群落结构的变化导致了整个生态系统的变化。
二、微生物生态功能微生物群落中的每个微生物在生态系统中都有不可替代的作用。
微生物的生态功能多样，包括重要的环境调节、碳、氮、磷等元素循环。
例如，微生物可以降解有机物，将其分解成较小的分子，然后再由其他微生物或植物利用，实现有机物质的循环。
微生物在生态系统中的重要性已经受到广泛的认可。
研究微生物群落结构与生态功能的关系，能为生态系统的保护和治理提供重要的理论依据。
例如，研究微生物群落对环境因子的响应，可以预测生态系统的稳定性；研究微生物在循环草原生态系统中的作用，从而可以实现高效的碳循环和氮循环。
三、微生物群落结构与环境因素的关系微生物群落结构是复杂生态系统中的一种重要的生态指标。
微生物群落的多样性和数量随着环境因素的变化而变化，如温度、pH值、水分等。
这些因素会直接或间接地影响微生物群落的构成和功能。
微生物群落结构与功能调控的研究
微生物群落结构与功能调控的研究微生物是人类身体内所具有的一种重要的微独立体，它们广泛存在于我们的肠道、口腔、皮肤等部位，并共同构成了一个复杂的微生物群落。
微生物群落的结构和功能对于人类的健康至关重要，因为它们能影响人类的免疫反应、代谢、营养等等。
进一步认识微生物群落的结构与功能调控对于疾病预防和治疗将产生巨大的意义。
微生物群落结构与功能的研究通常包括两个方面：物种组成和基因功能。
群落的物种组成是指构成群落的不同种类的微生物数量和比例。
在相同环境下，不同物种组成的微生物群落会呈现出不同的结构、生长特性和共生互作。
因此，通过对微生物群落结构的研究，我们能够更好地理解人体内各部位的许多生理和病理过程，也能够发现并防治相应的疾病。
微生物群落结构的研究一般使用分子生物学技术，如PCR-DGGE、16S rRNA及ITS等分子标记等。
通过这些手段，我们可以快速、准确地分辨出不同种类的微生物，从而了解微生物群落内的物种组成。
最近，流行病学研究表明，某些可以引起肠胃道慢性疾病的状况，如溃疡性结肠炎、肠炎等，其微生物结构发生了变化。
所以，针对慢性疾病的治疗需要对群落结构有所了解，微生物结构的研究可以帮助我们发现疾病的发生机制，预防和治疗不同疾病时制定相应的策略。
另一方面，微生物群落的功能是指微生物群落中各菌种所拥有的代谢功能、信号通讯和相互作用等活动。
微生物产生的代谢产物、细胞质、酶等物质可以改变人体内许多生化和代谢过程，因此，微生物群落的功能特征是人体健康中不可忽视的重要因素。
微生物群落功能的调控通常需要对微生物基因组的分析来解决。
目前利用“大数据统计”的方法，结合群体遗传学和代谢组学来解决这一方面的问题。
例如，Microbiome通讯网络是一个整合了整个微生物群体的基因组测序和代谢组学数据的数据库，可以对自然群体进行比较，并为生物猜测新的创新性治疗方法。
以革兰氏阳性菌为例，其在人体内所分泌的多种物质可以诱导免疫细胞的活化，从而调节身体的免疫反应。
微生物群落的结构和功能研究
微生物群落的结构和功能研究微生物群落是指由数十亿微生物组成的复杂生态系统，包括细菌、真菌、病毒等微生物种类，分布在不同的生态环境中，如土壤、海洋、人体内等。
微生物群落的结构和功能研究是生态学、微生物学和生物信息学领域的重要研究方向，对于了解微生物的生态适应机制、疾病治疗和环境保护等具有重要意义。
一、微生物群落结构的研究微生物群落的结构是指微生物的物种构成、多样性和相互作用。
通过高通量测序技术，可以对微生物群落的结构进行研究。
例如，环境DNA测序可以用于分析不同土壤中微生物的物种组成和多样性；16S rRNA测序技术可以用于分离和鉴定不同种类的细菌。
这些技术的发展使得研究微生物群落结构变得更加准确和全面。
微生物群落结构的研究可以揭示微生物的适应性和生态功能。
以土壤微生物群落为例，土壤中微生物的多样性和功能对于土壤质量和植被生长具有关键作用。
研究表明，土壤微生物群落的结构受到环境因素的影响，如土壤pH值、氧气含量、温度等。
此外，微生物之间的相互作用也是微生物群落结构的重要因素。
通过分析微生物群落结构，可以深入了解微生物之间的生态相互作用，从而推进微生物学基础研究和应用研究。
二、微生物群落功能的研究微生物群落的功能是指微生物在群落内的生物化学代谢和功能活动，如氮循环、碳循环、有机物降解等。
微生物群落功能的研究可以从宏观和微观两个方面展开。
宏观层面上，可以通过对微生物群落的生态功能进行研究。
例如，微生物群落在土壤中的作用可以通过分析土壤有机质的分解和氮循环等指标来评估。
此外，微生物群落功能与植物生长也密切相关。
研究人员通过分析根际微生物群落对植物生长的影响，揭示微生物群落的生态功能对土壤质量和植被生长的重要性，提出了微生物肥料、微生物制剂等新型农业技术。
微观层面上，可以通过研究微生物的生物化学代谢和基因表达来揭示微生物群落的功能。
如微生物代谢途径中的酶活性研究可以发现细菌在环境中的生活方式，从而确定微生物的分类和生态角色。
微生物群落结构与功能研究
微生物群落结构与功能研究微生物是指生活在我们周围，不可见，只能用显微镜观察到的微小生物。
它们主要分为细菌、真菌、病毒和原生生物等四类。
微生物在大地上分布较为广泛，从深海到高山，从南极到北极，均有微生物的存在。
微生物对于生态环境和人类社会都具有非常重要的意义。
其中，微生物群落结构及其功能研究已成为目前微生物学研究热点之一。
一、微生物群落结构微生物群落是指系统中所包括的全部微生物的集合体。
群落是由多种单细胞生物体或多个不同种类的组织构成的，是微生物学研究中重要的一个概念。
这有利于了解生态系统在一个小空间时间内的小尺度变异及其作用。
数百年来，科学家已经发现了许多不同的微生物群落，每一种群落都有其特定的结构和功能。
微生物群落的结构包括各种微生物存在的类型及其数量。
微生物群落的大部分群落通常由主导种和次要种构成，其中主导种的存在数量极高，而次要种往往只有极少量。
例如，肠道微生物群落主导种为Bacteroides和Prevotella，占总群落的50-70%，次要种为 Firmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria 等。
而土壤微生物群落则具有不同的结构，这与来源和使用土地有很大关系。
二、微生物群落的功能微生物群落的功能与群落结构之间存在着密切的联系。
每一种微生物都有其特定功能，不同的微生物协同工作形成的微生物群落具有许多重要的生态功能。
这些功能包括有机物的还原、厌氧呼吸、氨氧化、解氨化，碳和氮的循环、能量流动等。
微生物群落在碳循环中扮演着重要的角色。
土壤中的微生物可以通过把有机质转化为二氧化碳，将其释放到准确的环境中。
此外，微生物还可以合成植物生长需要的有机物。
例如，根瘤菌可以与豆科植物共生，提供氮素营养。
在农业生产中，我们经常会使用微生物来处理农作物生长中的一些问题，例如亏氧、土壤颗粒团聚、有机物分解等。
此外，微生物群落对环境中的污染物质也具有很强的降解能力。
微生物群落中的一些菌株可以将污染物质分解成无毒、无害的物质，这对人类和整个生态环境都具有非常重要的作用。
微生物群落的构成和功能研究
微生物群落的构成和功能研究微生物是指肉眼看不见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、古菌和原生生物等。
而微生物群落则指微生物在某个生态系统或物种体内和外部环境中的整体。
微生物群落的构成和功能研究已经成为生命科学领域中的一个热门课题。
一、微生物群落的构成微生物群落是由多种微生物组成的，它们之间相互作用，构成了复杂的生态系统。
微生物群落的组成因素包括微生物的多样性、数量及其功能。
在人和动物的体内，微生物群落主要由肠道微生物、口腔微生物、皮肤微生物、泌尿道微生物等组成。
1.肠道微生物肠道微生物是指在人类肠道内生存的微生物，包括细菌、真菌和病毒等，总数超过1000种。
这些微生物包括有益微生物和有害微生物。
益生菌包括双歧杆菌、乳酸菌、嗜酸乳杆菌等，它们能够帮助人体消化、产生抗生素、增强免疫力等。
而有害微生物包括肠炎沙门菌、弯曲杆菌、大肠杆菌等，这些菌会引起肠炎、腹泻等疾病。
2.口腔微生物口腔微生物包括广泛的细菌、霉菌、酵母和病毒。
其中，常见的口腔微生物包括链球菌、厌氧菌、牙龈病原菌等。
这些微生物在口腔中扮演着重要的生理和免疫学角色。
有害口腔微生物会引起多种口腔疾病，如龋齿、牙周炎等。
3.皮肤微生物皮肤微生物是指生活在人和动物身上皮肤表面的微生物，包括细菌、真菌和病毒等。
皮肤微生物对于人体的免疫系统起到重要的保护作用，通过占据皮肤表面，它们防止外来病原体入侵，保护皮肤免受损伤。
4.泌尿道微生物泌尿道微生物是指发生在人体泌尿系统中的微生物，包括细菌、真菌和病毒等。
泌尿道不同部位微生物的种类和数量差异很大，它们与尿路感染和泌尿系统疾病密切相关。
二、微生物群落的功能微生物群落在生态系统中扮演着重要的角色，其功能包括营养循环、防御和生物合成。
目前科学家已经发现了很多微生物群落的功能。
1.营养循环微生物群落在生态系统中主要负责营养循环的功能。
在肠道微生物中，有很多细菌、真菌和其他微生物通过分解食物中难以被消化的物质，释放出营养物质，促进人体对营养物质的吸收。
微生物群落结构与功能的分析与研究
微生物群落结构与功能的分析与研究微生物是一种生活在我们周围，甚至是我们身体内的微小生物体。
与我们几乎不可见的这些小生物相比，它们的数量是惊人的。
科学家发现，在我们的肠道和皮肤上有着数百种微生物的群落。
这些微生物群落的结构和功能的分析和研究，对于理解疾病的发生和治疗具有重要的意义。
微生物群落结构的分析微生物群落结构的分析是指对于一个样品中的所有微生物物种的数量和多样性进行评估。
通常情况下，这可以通过高通量测序技术来实现。
这种技术可以同时定量测定数千个微生物物种，并对它们的数量、丰度和进化关系进行分析。
分析微生物群落结构的方法通常分为两类：文化依赖性和文化非依赖性。
文化依赖性的方法是基于传统的培养方法。
这种方法需要将样品划分到不同的培养基上，这些培养基可以诱导特定的微生物生长和繁殖。
文化非依赖性的方法则是针对无法在常规培养条件下生长的微生物群体进一步进行分析。
这些方法通常是基于高通量测序技术和生物信息学分析的。
通过分析微生物群落结构，我们可以获得有关样品中微生物数量和多样性的信息。
这种信息可以帮助我们更好地理解不同物种的数量和进化关系，以及它们如何影响宿主的健康和疾病发生。
微生物群落功能的研究微生物群落功能的研究是指在微生物群落中进行生物化学和代谢通路分析。
这种分析通常基于元转录组学和代谢组学的方法，可以定量测定每个微生物种在样品中所占的比例，以及它们的生物化学和代谢通路。
微生物群落功能的研究可以帮助我们更好地理解微生物在宿主健康和疾病发生中的作用。
例如，在肠道微生物群落中，菌群代谢活性和代谢产物，如胆酸和天然气，可能对肠道生理状态和能量代谢产生显著影响。
微生物产生的代谢产物可能在人体内调节胰岛素敏感性，并对代谢综合症和糖尿病有一定的影响。
微生物群落结构和功能的相互作用微生物群落结构和功能之间存在相互作用关系。
群落结构影响群落功能的形成和表现。
群落功能可以进一步改变群落结构和物种组成。
例如，在肠道微生物群落中，某些微生物物种如乳酸杆菌和双歧杆菌会产生益生素，导致肠道微生物群落结构的改变，从而更有利于人体健康的维护。
微生物群落结构和功能的研究
微生物群落结构和功能的研究微生物是自然世界中最广泛分布、数量最多的生物，它们在全部生物中占据了绝对主导地位。
微生物群落是指多种微生物在一起生活的社区，是复杂生态系统中不可或缺的一部分。
微生物群落结构和功能的研究不仅有助于人类更好地理解生物多样性和生态系统功能，还有望为人类提供一些治疗药物、保健品和新型制剂。
本文将着重阐述微生物群落结构和功能的研究现状以及未来发展趋势。
一. 微生物群落结构的特点生物界中有着大量的微生物，它们根据其外部形态及生存习性等特征可分为不同的类群，如细菌、真菌、原生生物等。
而微生物群落则是由多种类群在同一生态环境下共同生存组成的。
微生物群落其实就是由各种微生物之间的相互作用所形成的一个整体。
微生物群落的形成，需要考虑到许多因素，如温度、水分、营养物质的丰富度、PH值等。
微生物群落结构表现为群落内不同菌群数量的相对含量和组成。
而微生物群落中物种数量的多样性和结构的复杂性使其成为独立的研究对象。
微生物群落中不同物种之间形成的相互作用，以及对微生物群落的生态功能的影响，因此成为微生物群落研究的热点之一。
微生物群落结构的研究主要依赖于高通量测序技术，如16S rRNA基因测序、整个基因组测序等。
其中以16S rRNA基因测序技术应用最为广泛，它能够对群落中细菌的种类和数量进行简单、直观、准确的研究。
但是，微生物群落结构的研究仍面临着一些挑战。
首先，由于传统的细菌分离和纯化方法在微生物群落研究中的局限性，群落成分仍存在某种程度上的盲区和遗漏。
其次，由于许多细菌仅存在于某些环境条件下而在其他条件下无法生存，因此在不同环境中选择合适的微生物样品，进行各自特定的微生物群落研究是相当必要的。
二. 微生物群落功能的研究微生物群落功能多样，它们在环境中扮演着至关重要的角色。
微生物群落功能研究是对微生物群落在生态系统中的作用和转化过程的深入探究。
微生物群落的功能能直接影响到环境质量，以及食品工业和生物制药等重要产业的发展。
微生物群落在肠道中的结构与功能研究
微生物群落在肠道中的结构与功能研究肠道微生物群落是一个复杂的生态系统，包含多种微生物种群。
许多微生物种群与人类的健康密切相关，因此对微生物群落的结构和功能的研究十分重要。
一、微生物群落的结构微生物群落的结构包括微生物的数量、物种丰度、物种多样性等。
微生物数量通常由肠道容积和肠道食物消化程度等决定。
微生物物种丰度受许多因素影响，包括生活方式、饮食、使用抗生素等。
微生物物种多样性还与肠道生理特征、年龄、性别等因素相关。
研究表明，在健康的人体内，微生物群落的主要成分包括厌氧菌门、持久菌门、变形菌门和放线菌门等。
其中最重要的是双歧杆菌和拟杆菌等。
二、微生物群落的功能微生物群落的功能包括合成营养物质、参与人体免疫反应、抵抗外来病原体等方面。
1. 合成营养物质在人体内，微生物群落可以合成多种对人体有益的物质，如维生素B、K和脯氨酸等。
这些物质在人体内发挥着拮抗剂、补充剂、调节肠道生理状态等作用。
2. 参与人体免疫反应微生物群落在肠道内发挥着不可或缺的免疫调节作用。
微生物群落可以帮助调节肠道黏膜屏障，控制病原微生物的入侵和生长。
此外，微生物群落还可以调节宿主免疫系统，控制免疫复合物的形成和增殖。
3. 抵抗外来病原体微生物群落可以阻止外来微生物定植，通过产生抗菌物质、调节肠道环境、促进排泄等方式有效保护机体。
三、影响微生物群落的因素微生物群落的结构和功能还受许多因素的影响。
这些因素包括饮食、药物使用、生活环境和遗传因素等。
1. 饮食饮食可能是微生物群落结构和功能最重要的影响因素之一。
高纤维、低脂肪的饮食有助于维持微生物群落的健康状态，而高脂肪、高糖的饮食会扰乱微生物群落的平衡，并导致肥胖和代谢疾病的发生。
2. 药物使用许多药物，尤其是抗生素，可以对微生物群落产生极大的影响。
抗生素的使用会杀死多种微生物，导致微生物群落不平衡，容易滋生病原菌和致病微生物。
3. 生活环境生活环境也会影响微生物群落的结构和功能。
例如，婴儿的微生物群落组成受生产方式、哺乳方式等因素影响。
微生物群落结构和功能的研究方法及应用
微生物群落结构和功能的研究方法及应用微生物是指不肉眼可见的生物，在自然界中广泛存在，包括细菌、真菌、原生生物等。
它们和我们的身体密切相关，维持身体的健康，参与物质代谢、免疫系统的调节等。
微生物群落是指一个特定环境中所有微生物的总体，包括所有微生物种类的细菌、真菌、古菌和病毒等微生物。
微生物群落的研究一直是微生物学和生态学领域的热门研究方向。
微生物群落结构和功能的研究方法主要包括传统培养方法、分子生物学方法和计算机模拟方法等。
其中，分子生物学方法更为常用，被广泛运用于微生物群落的研究中。
下面就具体介绍一下这些方法的原理和应用。
一、传统培养方法传统培养方法是指将微生物样本按照一定条件（如无菌培养、特定营养条件等）进行培养，通过观察和分离单个微生物菌落，来了解微生物群落的结构和功能。
这种方法具有操作简单、易于观察和分离纯种菌等优点，但是由于大多数微生物不能在传统富营养条件下生长，所以很难获得全部的微生物种类。
二、分子生物学方法1. 基于PCR技术的分子生物学方法PCR是一种快速检测和扩增DNA的技术。
在微生物群落研究中，PCR主要应用于检测微生物样本中的特定基因，如16S rRNA基因。
这是因为16S rRNA是微生物细胞中广泛存在的一种RNA，具有高度保守性和可变性，因此可用作微生物系统分类和分支结构的指示器。
通过PCR扩增出目标基因，然后对PCR产物进行序列分析，可以通过计算群落结构和多样性等参数来了解群落的结构和特征。
2. 基于高通量测序技术的分子生物学方法高通量测序技术是一种通过大规模测序技术对微生物群落中的DNA或RNA进行测序的方法。
此技术可以快速且全面地识别微生物群落中的各种微生物物种以及它们所在的种群结构，使研究人员能够从整体上了解微生物群落的结构和功能。
目前应用最为广泛的高通量测序技术有Illumina测序技术和454 pyrosequencing测序技术等。
三、计算机模拟方法计算机模拟方法是一种利用模型和计算机仿真的方式来预测微生物群落的结构和功能。
微生物群落的结构和功能研究进展
微生物群落的结构和功能研究进展微生物被公认为是地球上最古老、数量最为庞大的生命形式之一，它们的存在为地球上的所有生态系统提供了基础支持。
微生物群落是指在一定空间范围内，一种或多种微生物的组合。
这些微生物可以相互作用，以一种特定方式发挥其生态功能。
微生物群落的结构和功能研究一直是生态学和微生物学领域的研究热点。
随着分子生物学和生物信息学的迅猛发展，人们对于微生物群落的研究越来越深入，研究成果也越来越丰富。
一、微生物群落的研究方法传统的细菌分类学主要依靠形态、生理特征和生态特征，但这种方法有很大缺陷。
在细菌分类学的基础上，分子生物学和生物信息学等技术的广泛应用，促进了研究微生物群落的转变，也推动了微生物群落的研究领域迈入新的阶段。
目前，研究者常用的方法包括：16S rRNA 高通量测序技术、转录组测序技术、基因芯片技术、质谱分析技术、蛋白质分析技术等。
其中，16S rRNA 高通量测序技术是最常用，简单易行、操作方便，因此广泛应用于微生物群落的研究。
16S rRNA是细菌的保守基因，它的序列差异较小，可以作为分类鉴定的分子标记，而测序得到的16S rRNA序列可以通过数据库检索，实现对微生物种类及数量的评估。
转录组测序技术可以更深入地了解微生物群落的功能，基因芯片技术可以同时检测上千个基因的表达情况，质谱分析技术则可以对代谢产物、蛋白质等进行分析。
二、微生物群落的结构研究进展微生物群落的结构是指微生物种类的组合及相对数量占比，其研究进展可以从以下两个方向展开。
1、功能团簇生态学（Functional guild ecology）功能团簇生态学是一个比较新的概念，目的是将特定的生态功能与群落中的某个物种或特定的功能物种联系起来，从而揭示微生物群落的组成与生态功能之间的关系。
例如，某些微生物或微生物群落对于钻井液污染环境的还原具有特异性，这些微生物为铁还原菌和硫还原菌等降解细菌，对还原有机化合物成为CO2和H2O 的微生物反应具有显著的生态功能。
微生物群落结构及其生态功能研究
微生物群落结构及其生态功能研究微生物是一种广泛存在于自然界中的微小生物，包括细菌、真菌、原生生物和细胞间体等，它们对人类生产和生态环境均有重要的影响。
近年来，随着高通量测序技术的快速发展，研究者们得以深入探究微生物群落结构及其生态功能，解开自然界中微生物互动的奥秘。
一、微生物群落结构微生物群落是指在一个生态系统中由不同种类微生物组成的整体，常被称为微生物的“社区”。
微生物群落具有多样性、复杂性和动态变化的特点，它们的组成和结构受多种因素影响，如环境因素、物种间相互作用等。
1. 环境因素环境是微生物群落结构的主要驱动力之一。
不同环境条件下，微生物的生长和繁殖都会出现不同的适应性变化，最终影响微生物群落结构的组成和数量。
例如，酸性土壤中微生物的种类和数量都与中性和碱性土壤有很大的不同。
2. 物种间相互作用微生物之间的相互作用也是群落结构的重要因素。
微生物之间存在着竞争、合作、共生和捕食等关系，它们之间的相互作用将影响微生物群落的构成和演变。
例如，一些细菌会通过分泌抗生素来抑制其他细菌的生长和繁殖，从而在微生物群落中占据更多的生物学资源。
二、微生物群落的生态功能微生物群落不仅是自然界生态系统中的一个重要组成部分，还能够发挥多种重要的生态功能。
下面我们来看一下微生物群落的主要生态功能。
1. 生物能量流转微生物群落是生态系统中的原始能量转换者，它们能够将光能或化学能转化为生物质，为更高级别的生物提供养料。
例如，光合细菌利用太阳能将二氧化碳转化为有机物和氧气，为生态系统中的其他生物提供了养料和氧气。
2. 物质循环微生物群落在生态系统中负责物质循环，在有机物分解、养分循环和废弃物大量分解等方面具有重要的功能。
例如，土壤中的微生物能够分解残留的有机物质，将其转化为养分，为作物生长提供必要的养分。
3. 生态平衡调节微生物群落能够通过竞争、共生和捕食等相互作用来维持生态系统的平衡。
一些微生物通过抑制其他生物物种的生长和繁殖，维护生态系统内的物种多样性。
微生物群落的结构与功能研究
微生物群落的结构与功能研究生物学研究一直是人类关注的重要领域。
生物科学范围广泛，其中一个前沿的研究领域是微生物。
微生物生存在各种各样的环境中，例如我们的身体内和外部环境中，包括水、土壤和空气中等。
随着科学技术的进步和发展，微生物学变得越来越重要。
本文将介绍微生物群落的结构与功能研究以及它们在我们生命中的作用。
微生物群落是一群由不同类型的微生物组成的集合体，存在于各种生态系统中。
这些生态系统可以通过进化、遗传和环境因素的影响而发生变化。
通过对微生物群落的研究，我们可以了解微生物的生态分布和多样性，以及它们与生物地球化学循环、土壤肥力和人体健康等方面的关系。
微生物群落的结构微生物群落的结构由多种微生物和它们之间的关系组成。
这些微生物包括细菌、真菌、病毒和寄生虫等。
它们的分布和相互作用可以受生态因素的影响而发生变化。
微生物群落的结构可以用多种方法来研究。
第一种方法是DNA测序。
该方法通过分离和提取微生物的DNA，使用高通量序列技术来研究微生物群落的遗传信息。
这样可以更全面地了解微生物群落的多样性和组成。
第二种方法是基于RNA测序的转录组分析。
这种方法可以研究微生物群落中各种微生物的活动状态和生理功能。
第三种方法是通过显微镜等技术来观察和描述微生物群落的结构。
微生物群落的功能微生物群落的功能包括生命过程和各种生态作用。
微生物通过吸收和转化营养物质来生存和繁殖。
微生物群落在生态系统中具有以下生态功能。
第一种生态功能是循环营养元素。
微生物群落可以通过分解和代谢有机质来释放营养物质，例如氮、磷和硫等。
这些过程对于土壤生态系统的健康和可持续性很重要。
第二种生态功能是生物防治。
一些微生物可以帮助保护植物健康，并且能够对抗病原体和其他微生物。
这种防治方法被称为微生物防治。
第三种生态功能是修复和污染控制。
微生物群落可以通过分解有毒化学物质来净化环境中的污染物质。
微生物也可以协助修复由人类活动引起的生态环境的破坏。
微生物群落的作用微生物群落在我们的生命中也有很大的作用。
微生物群落结构和功能的分析与研究
微生物群落结构和功能的分析与研究微生物是地球上最为丰富多样的生命形式之一。
它们生存在各个生态系统中，大大小小、数量庞大，常常在环境中发挥着重要的生态功能。
然而，微生物群落的结构和功能一直是微生物研究的热门话题之一。
本文将探讨微生物群落结构和功能的分析与研究。
一、微生物群落的结构和功能分析微生物群落的结构和功能研究通常使用高通量测序技术，如16S rDNA测序、全基因组测序和转录组测序等。
这些方法可以用于研究微生物群落的物种组成和功能特征。
1. 物种组成分析16S rDNA测序可以用于确定微生物群落的物种组成和多样性。
这种技术可以快速、准确地鉴定微生物的16S rDNA序列，并从中推断出微生物物种的特异性信息。
与此相类似的全基因组测序技术也可用于分析微生物群落的物种组成，但其使用的仪器和测序方法要比16S rDNA测序更为复杂和昂贵。
2. 功能分析转录组测序可以用于揭示微生物群落的基因表达情况和生物学功能。
通过研究不同环境下微生物群落的转录组数据，可以了解环境变化对微生物群落功能的影响。
此外，基因组分析可以帮助研究者了解微生物群落的基因功能特征，这也是揭示微生物群落生态功能的重要手段之一。
二、微生物群落结构和功能的研究意义微生物群落的结构和功能研究有着广泛的生态和应用意义。
以下是本文列举的一些研究意义。
1. 生态意义微生物群落的结构和功能对于环境中的许多生态过程和环境调节起着重要的作用。
例如，微生物群落在土壤生物学过程中发挥重要作用，包括土壤碳、氮循环、微生物活动和物质降解等。
此外，微生物群落还可以调节水体营养和生物群落结构、参与大气中化学反应等。
2. 应用意义微生物群落的结构和功能不仅对环境具有重要作用，还可以用于许多应用方面。
例如，微生物群落的分析可以用于辅助环境监测、生物处理和辅助培育高产优质微生物株等。
此外，通过研究微生物群落的结构和功能，还可以发现纯化和筛选有技术价值的微生物株，从而为发掘新的生物资源提供了方法。
微生物群落结构和生态作用机制的分子生物学研究
微生物群落结构和生态作用机制的分子生物学研究随着生物学技术的不断发展，我们对生命体系中微生物的结构和作用有了更深入的认识。
在最近的研究中，分子生物学技术成为研究微生物群落结构和生态作用机制的关键方法。
微生物群落结构的分子生物学研究微生物群落是由各种微生物组成的一个生态系统，在自然界中扮演着重要的生态作用。
在过去的研究中，对于微生物群落的研究主要集中在分离和鉴定微生物的菌株上，但是这种方法研究范围有限，难以揭示微生物群落的真实结构。
随着分子生物学技术的发展，人们开始运用特定的基因作为指示标志，从而实现对微生物群落结构的分析。
其中一个最常用的工具就是16S rRNA基因序列技术。
16S rRNA是细菌和古菌的核糖体RNA基因，在微生物群落中高度保守，同时也存在一些突变位点，从而能够区分不同的菌属和菌种。
因此，通过对微生物样本的16S rRNA基因序列分析，可以鉴定出微生物群落中的不同成员，进而揭示微生物群落的结构。
比如，一项研究通过对海洋表层水的微生物群落进行16S rRNA基因测序，发现了一种新的微生物类群— SAR 11。
SAR 11属于细菌，占海洋表层微生物群落中的1/4，且有着广泛的存在，成为研究者关注的热点。
研究表明，SAR 11的存在在控制海洋生态系统中一些重要的化学反应中发挥了重要作用。
生态作用机制的分子生物学研究微生物群落在生态系统中，不仅随着环境的变化而变化，同时也对环境有着重要的作用。
在生态系统中，微生物群落的作用范围非常广泛，包括分解有机物、元素循环、生物防治等。
因此，研究微生物群落的生态作用机制，可以对生态系统的平衡和稳定性有所帮助。
通过分子生物学技术的手段，我们对微生物群落生态作用的研究不断深入。
研究表明，微生物之间的相互作用、微生物与环境的相互作用、生物地球化学循环等都需要基于基因水平的分子生物学研究来探索。
例如，一项研究表明，植物根际微生物和植物之间存在着相互作用，微生物通过分解有机物质，向植物提供所需的养分。
微生物群落的结构和功能研究
微生物群落的结构和功能研究一、介绍微生物群落微生物群落是由多种微生物组成的一种复杂群体系统，包括细菌、真菌、病毒和寄生虫等生物体。
这些微生物存在于不同的环境中，如土壤、水体、人体肠道和海底等。
微生物群落不是单个微生物或细胞的简单聚集，而是由大量的物种、高度复杂的物种相互作用和共生形成的。
微生物群落的结构和功能研究不仅可以深入了解微生物在生态环境中的分布，还能从分子水平上解析微生物群落的功能。
因此，微生物群落的研究具有非常重要的生态和应用价值，例如，改进农业生产，发现新的抗生素，解决环境污染，增强人体免疫力等等。
二、微生物群落的结构微生物群落的结构主要分为物种多样性、丰度和组成。
越多的物种，微生物群落的多样性越高。
丰度就是指在微生物群落中存在的某一种微生物的数量。
微生物群落的组分则是由不同物种的微生物组成的。
微生物群落的组成有多种方法，例如，DNA测序，蛋白质芯片和序列标记技术等。
DNA测序是最常用的方法，利用16S rRNA嵌段对细菌进行鉴定。
蛋白质芯片用于鉴定微生物中蛋白质的存在。
序列标记技术主要是指分子标记技术，通过遗传测定鉴定微生物的存在。
三、微生物群落的功能微生物群落的功能是指微生物在生态环境中的作用。
微生物群落的功能分为两部分：复杂物质的分解和生态系统的稳定性。
1. 复杂物质的分解微生物群落的一个主要功能是分解复杂有机物质。
在自然环境中，许多有机物质具有非常高的复杂性，包括污染物和有毒化合物等。
然而，微生物群落在生态环境中能够分解这些有机物质，促进生命周期的循环。
2. 生态系统的稳定性微生物群落的另一个重要功能是维护生态系统的稳定性。
这是因为微生物群落在生态环境中能够进行有机物质分解，对土壤和水质有很大的影响。
通过减少环境污染，微生物群落可以增加生态系统的稳定性，并改善人类生存环境。
四、微生物群落与人类健康微生物群落在人类身体内具有重要的作用。
人体内存在大量的微生物，特别是肠道中的微生物群落有着非常重要的作用，包括维持肠道健康、生产营养素、参与免疫反应等等。
微生物群落结构和功能研究
微生物群落结构和功能研究微生物是指不能直接看到的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、古菌等。
它们分布在自然界的各个角落，其中最为广泛的是微生物群落。
微生物群落是指在某一生态环境中，共同生长、相互作用的微生物群体。
微生物群落结构和功能研究是当前微生物学中的热点之一。
一、微生物群落结构研究1.1 微生物群落分布规律微生物群落的分布规律是指不同环境条件（如温度、湿度、光照等）下，微生物群落结构的变化。
研究表明，微生物群落受到环境因素的影响较大，例如土壤中微生物群落受到土壤PH值、土壤质地、植物类型等的影响。
1.2 微生物群落多样性研究微生物群落多样性是指微生物群落中各种微生物之间的种类丰富程度和数量。
研究表明，土壤中的微生物多样性远远高于水体和空气中的微生物多样性。
微生物群落多样性研究有助于理解微生物群落结构如何受到环境因素的影响，以及为什么种群的丰富性对生态系统的维持至关重要。
1.3 微生物群落成分研究微生物群落成分是指微生物群落中各个微生物组成的类型、数量和相对比例。
研究表明，微生物群落成分受到不同环境因素的影响，例如土壤中氧气含量、湿度等。
二、微生物群落功能研究2.1 微生物群落代谢功能研究微生物群落代谢功能是指微生物群落中微生物代谢活动所起到的作用。
此项研究对于理解微生物如何在特定环境中生存和适应至关重要。
例如，某些微生物群体可以通过代谢方式增加土地肥力，有利于农业生产和环境保护。
2.2 微生物群落生态功能研究微生物群落生态功能是指微生物群落在整个生态系统中所起到的作用。
此项研究与微生物生态学密切相关，有助于理解微生物在生态系统中的位置和作用。
例如，某些微生物群体可以通过为大型生物提供营养物质的作用维持生态系统稳定性。
2.3 微生物群落信号传递功能研究微生物群落信号传递功能是指微生物群落中微生物之间的信息交流。
此项研究对于理解微生物如何通过信息交流来协调生活和适应环境至关重要。
最新研究表明微生物之间的信息交流可以影响和改变人体健康状况。
微生物群落结构与生态学功能研究
微生物群落结构与生态学功能研究微生物群落是一个复杂的生态系统，由很多不同种类的微生物组成，这些微生物相互作用，相互影响，共同维持着一个生态平衡。
微生物群落的结构和生态功能是微生物生态学研究的重要方向之一。
一、微生物群落结构微生物群落结构是指微生物种类的组成和相对丰度的分布情况。
微生物群落结构的研究可以采用多种方法，包括传统的培养方法、分子技术和基因组学方法等。
1、传统的培养方法传统的培养方法是一种直接从样品中分离微生物的方法。
这种方法需要将微生物分离出来后再通过形态学和生理学特征进行分类鉴定，然后才能确定微生物的种类和数量。
这种方法的优点是可以得到可培养微生物的信息，可以对微生物进行进一步的生理学和遗传学研究。
但同时也存在一些缺点，如只能得到可培养微生物的信息，不能得到全部的微生物信息，而且很多微生物不能通过传统的培养方法分离出来。
2、分子技术分子技术是一种通过 DNA 或 RNA 片段来鉴定微生物的方法。
这种方法不需要对微生物进行培养，只需要直接从样品中提取 DNA 或 RNA 片段，然后通过PCR 扩增、测序等技术进行鉴定。
分子技术的优点是可以快速、准确地鉴定微生物的种类和数量，而且能够检测到可培养和不可培养微生物。
但同时也存在一些缺点，如需要对样品进行预处理以去除干扰物质，而且对样品的纯度要求比较高。
3、基因组学方法基因组学方法是一种最新的微生物鉴定方法，通过对微生物的基因组进行测序和分析来鉴定微生物的种类和数量。
这种方法可以同时检测出全部的微生物，包括可培养和不可培养微生物。
但目前这种方法的成本还比较高，而且需要对样品进行大量的预处理。
二、微生物群落生态学功能微生物群落的生态学功能包括多方面的内容，如生态系统的养分循环、有害物质的降解、碳循环和能量流等。
1、养分循环微生物群落在生态系统中起着重要的养分循环作用。
微生物可以利用有机物和无机物中的养分进行代谢活动，将养分转化为可利用的形式，供其他微生物和植物使用。
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Meta
宏
基
因
组
研
究
思
路
基于单独分离培养的 方方法研究微生生物，只 能获取不超过5%的微 生生物种类，而而超过 95%的微生生物是不可 培养的！
采用用Meta研究方方法， 直接对整个群落提取 DNA，进行行建库测 序，获取全部序列信 息，不需要经过培养， 获取信息更完整。
1. 添加ASP250喂养后，拟杆菌 ⻔门、 梭菌等显著减少，奇异球 菌-栖热菌⻔门和变形菌⻔门显著上 升，其中变形菌⻔门从1%上升到 11%； 2. 不添加ASP250喂养，猪肠道中 也有很多耐药因子子，但添加后 使抗生生素失活的酶组分降低、 外排泵系统和保护抗生生素的活 力力显著增加。
材料背景 研究思路
Metagenome
➢采用用高高通量测序进行行的宏基因组研究
Metagenome
In humans, microbes • provide protection against foreign invaders, • educate and stimulate the immune response, • produce antimicrobials, • aid in digestion, • produce vitamins, • among a host of other functions.
结果讨论 Looft, T., T. A. Johnson, et al. "In-feed antibiotic effects on the swine intestinal microbiome." Proc Natl Acad Sci U S A 109(5): 1691-6.
图A：不同样品0和14天耐药因子子的差别
NTS rDNA-repeat NTS rDNA-repeat
ETS1
18S rDNA
ITS1
5.8S rDNA
ITS2
28S rDNA
ETS2
ITS
➢测序区域： 454：ITS1，ITS2，ITS，18S Miseq：ITS，18S
北京雾霾颗粒中微生生物群落的研究 16S+18S
空气气中收集PM2.5和PM10 颗粒样本（主要污染源之 外的地点），分别从 PM2.5和PM10颗粒样本中 提取DNA进行行全基因组 测序分析 使用用测序数据中 的16S和18S数据 分别进行行细菌、 真菌和病毒的物 种注释，进行行物 种丰度比比较分 析. 1. PM样本中细菌所占的微生生物比比例非非 常大大，而而且大大部分的细菌都与土土壤的 微生生物组成相似； 2. 发现PM样本中存在部分已知的病原 菌，包括：肺炎双球菌 (Streptococcus pneumoniae)，烟曲 霉菌(Aspergillus fumigatus)和腺病 毒(human adenovirus C) 等; 并且随 着雾霾的持续，这些病原菌成分会逐 步上升。
群落结构分析介绍 宏基因组分析介绍
数据分析操作（基于16S数据）
答疑讨论
Metagenome
物种分类
基于reads比比对的物种分类和丰度统计
基因组组分
组装，基因预测，特殊元件（CRISPR等）
宏基因组
基因功能
通用用数据库功能注释，KEGG, GO， ARDB等
差异比比较
物种组成差异，功能基因差异
ITS
➢ITS：（Internal Transcribed Spacer，内部转录间隔区）：属于中度保守区域，种内 相对一一致，种间差异相对明显，长度在450-750之间。 由于18S不像16S，具有较少的高高变区，进化速率慢，没有ITS快（是18S的10倍）， 多用用于系统发育。 ➢ITS结构：
微生生物群落
微生生物总DNA
微生生物总RNA
PCR扩增特定区域
特定区域区测序
宏基因组调查
宏转录组调查
微生生物多样性分析 •物种分类 •OTU分析 •物种丰度分析 •多样品间差异比比较
微生生物群落物种分类 功能组成以及代谢网网络研究 •基因预测 •功能注释 •物种分类 •物种及基因功能差异
检测差异表达基因 筛选高高活性微生生物 •基因预测 •物种及功能注释 •基因表达差异统计
Metagenome
396个人人样本的测 序数据 通过组装得到基因集 3,871,657个基因
Reads比比对到核心心 基因集完成单独到组 装
选取seed基 因，根据丰度信息 构建核心心基因集
最终组装出 238 个独特的基因组草图，构建 7381 个 CAGs(co-abundance gene groups)
Hiseq 2000, 100PE
16S rDNA
可变区 V1-V2 V3 V4 V5-V6 V6 V6-V7 V7 V7-V8
引物位点 27-355 338-548 530-826 805-1065 967-1065 967-1238 1046-1238 1046-1406
与16S全长比比较 高高估(1.2) 低估(0.88) 接近(0.97) 接近(1) 高高估(1.67) 接近(0.98) 低估(0.6) 低估(0.65)
群 落! 整! 体! 研! 究! 思! 路!
!
!
群落结构分析介绍 宏基因组分析介绍
数据分析操作（基于16S数据）
答疑讨论
Tools
✓EstimateS: /estimates ✓R: ✓Mothur: / ✓Qiime: ✓ USEARCH: /usearch/ ✓Others: DOTUR, Chimera_Check.
!
图B：Beta内酰胺酶、四环素外排泵、磺 胺类药抗性因子子、氨基糖苷类磷酸转移酶等 在使用用ASP250 14天后显著增加 图C：不同样品0和14天物种组成分差别比比 较大大的几几个物种
Meta-transcriptome
基因预测
组装，基因预测
宏转录组
基因功能
通用用数据库功能注释，KEGG, GO等
手手术所需的粪便；并进一一步开发“粪便胶囊”，替换传统的抗生生素治疗。
Classical methods
• Categorize: ∼17 morphologies • 个体大大小小: • 形状与排列: 杆菌，球菌，弧菌…… • 细胞结构: 鞭毛毛，芽孢，荚膜，纤毛毛…… • 菌落形态：菌落颜色色，大大小小，光泽…… • 生生理生生化指标：营养类型，碳源谱，氮源谱…… • 致病性……
材料背景
研究思路
结果讨论
Kembel, S. W., E. Jones, et al. "Architectural design influences the diversity and structure of the built environment microbiome." ISME J 6(8): 1469-79.
Database
Name Greengene RDP Silva UNITE ITS2 Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL) ITSoneDB FunGene Focus Bacteria,Achaea Bacteria,Achaea Bateria,Achaea,eu karyon Root-associated fungi ITS2 Fungal phylogeny Fungi ITS1 Sequecne data on-line 16S 16S 16S,18S,23S,18S ITS ITS2 SSU, LSU, ITS, RPB1, RPB2, mitSSU, mitATP6,TEF1 ITS1 FunctionGene URT /cgi-bin/ nph-index.cgi / http://www.arb-silva.de/ http://unite.ut.ee/ http://its2.bioapps.biozentrum.uniwuerzburg.de/ r.it:8080/ITS 1/ /
抗生生素添加剂对猪肠道菌群环境的影响：! 16S rDNA+宏基因组
1. 0和14天分别取样；
用用添加促生生⻓长的 ASP250（含⻘青霉素、 磺胺甲嘧啶、氯四环 素等多种抗生生素）和 正常饲料喂养的猪（给 三头）。 2. 提取DNA，进行行16S rDNA的 V3区扩增测序，分析 ASP250对肠道物种组成的影 响； 3. 通过宏基因组，分析添加 ASP250对功能和耐药因子子的 影响。
!
Meta-transcriptome
基因芯片片结合宏基因组和宏 12天连续发酵过程中不 同时间的韩国泡菜发酵 液样品，发酵液ph值下 降过程中选取4个代表 时间点进行行宏基因组和 宏转录组分析。 材料背景 研究思路 转录组分析：构建了针对 39种乳酸菌的特异性基因 组探针芯片片(genome probing microarrays， GPM)，用用来研究韩国泡菜 发酵过程中微生生物的多样性 及其基因表达的情况。
NAM Y D, CHANG H W, KIM K H, et al. Metatranscriptome analysis of lactic acid bacteria during kimchi fermentation with genome-probing microarrays[J]. International Journal of Food Microbiology 2009, 130(2): 140-146.
表达差异
基因表达量，差异表达聚类及功能显著性富集等
韩国泡菜的宏基因组+宏转录组研究
1. 基于宏基因组结果：明串珠菌 （Leuconostoc）、乳杆菌属 （Lactobacillus）和魏丝氏氏菌 属（Weissella）为发酵过程中 优势菌属，4种主要的乳酸菌比比 例都超过了5%； 2. 宏转录组分析发现有23种乳酸 菌与泡菜的发酵有关，宏转录 组的分析结果表明除两种微生生 物外所有的乳酸菌都对泡菜发 酵有影响，即使丰度较低的微 生生物在泡菜发酵过程中也有着 积极的作用用。 结果讨论