微生物群落结构研究2015-01
微生物学中的环境微生物群落结构研究
微生物学中的环境微生物群落结构研究近年来，随着高通量测序技术的普及和发展，环境微生物群落结构研究取得了飞跃性的进展。
环境微生物群落是指由微生物在特定环境中形成的群体，包括细菌、真菌、原生动物和病毒等多种微生物。
这些微生物通过相互作用和竞争在环境中形成稳定的群落结构，既影响着环境的稳定性和健康，也对人类的生存和发展产生深刻的影响。
环境微生物群落结构研究的重要意义在于，通过对微生物群落的组成及其多样性、丰度和相互关系的研究，可以揭示微生物在环境中的生态功能和进化历程，为环境保护、健康管理、生物技术和生态学研究提供科学依据。
下面，我们来探讨一下环境微生物群落结构研究的主要方法和应用。
1. 高通量测序技术的应用高通量测序技术是目前环境微生物群落结构研究的主要手段。
它利用高通量平台对微生物群落中的基因组DNA进行大规模的测序和分析，从而可以对微生物群落的组成和多样性进行深入研究。
高通量测序技术的优势在于可以同时检测数万个微生物物种，在数据处理和分析方面也具有高效性和精准性。
现代高通量测序技术主要分为两大类：基于PCR扩增的方法和非PCR扩增的方法。
PCR扩增方法包括传统的Sanger测序、454测序、Illumina测序等，非PCR扩增方法包括整个基因组测序和元转录组测序等。
这些技术能够获得微生物群落中各种重要基因的序列信息，如16S rRNA基因、ITS基因、功能基因等，从而揭示微生物群落的组成和功能。
2. 生态学模型的应用生态学模型是一种通过数学模拟的方式，分析和预测生态系统中各种生物种群之间的相互作用和竞争关系，并对其生态功能进行定量分析的方法。
生态学模型在环境微生物群落结构研究中的应用主要包括网络分析模型、生态位模型和稳态模型等。
这些模型可以运用高通量测序技术提供的数据，构建微生物群落的生态系统模型，从而对微生物群落中各个物种之间的相互作用和作用机制进行模拟和预测。
网络分析模型是一种基于网络结构的方法，将微生物群落中的物种和它们之间的相互关系构建成一个网络图，在网络的拓扑结构和连接方式上进行统计分析。
微生物群落结构与功能特征研究
微生物群落结构与功能特征研究微生物是生态系统中重要的组成部分，它们与环境、植物、动物密切相关。
在土壤、水体、肠道等环境中，微生物群落数量极其庞大，它们的总生物量甚至超过其他生物的总生物量，而且不同的物种组合形成不同的生态系统。
因此，微生物群落结构和功能的研究是微生物学的重要研究领域，也是生态学、环境科学、农业科学等领域的热门话题。
微生物群落结构通常是指微生物的物种组成及其数量分布。
一般地，微生物群落可以分为细菌、真菌、古菌和病毒等四大类。
其中，细菌在微生物群落中占主导地位，在不同环境中，细菌的种类、数量、分布都各不相同，因此细菌群落结构的研究是微生物学的重点之一。
细菌群落结构的研究主要通过高通量测序技术实现。
目前，通过对微生物DNA进行序列测定，可以快速获得微生物群落的组成信息。
而对微生物群落数量的测定，则可通过培养和PCR等技术手段获得。
微生物群落结构的研究不仅关注微生物的数量和分布，更重要的是探究不同群落结构之间的生态功能特征。
例如，土壤微生物群落的功能特征与土壤碳、氮循环密切相关，水体微生物群落的功能特征则与水体的净化及富营养化有关。
因此，通过微生物群落的研究可以深入了解生态系统的生物和非生物因素之间的相互作用。
近年来，随着高通量测序技术的广泛应用，微生物群落结构的研究也得到了空前的发展。
以土壤微生物群落为例，先前的研究主要关注细菌和真菌的数量和分布，对细菌和真菌在土壤中的生态功能特征了解不足。
近年来，随着元基因组学、转录组学、蛋白质组学等多组学技术的应用，细菌和真菌的代谢和功能组成研究逐渐增多，进一步深化了对土壤微生物群落的认识。
除了关注微生物群落结构和功能特征，微生物群落的稳定性是另一个研究焦点。
微生物群落与环境之间的相互作用是一种动态平衡的关系，它们之间的变化通常受到环境因素的影响，如土壤pH、湿度、温度等，而微生物群落的变化又反过来影响环境。
因此，微生物群落的稳定性也成为了研究关注的重点之一。
微生物群落结构与功能关联性研究
微生物群落结构与功能关联性研究一、引言微生物是地球上最早出现并广泛分布于各种环境中的生物。
微生物群落受环境因素影响，其结构和功能与生态系统的健康、稳定性密切相关。
近年来，微生物群落结构与功能关联性的研究引起了广泛关注。
本文将探讨微生物群落结构与功能关联性的研究进展和意义。
二、微生物群落结构微生物群落结构是指某一环境中微生物的组成和相对丰度。
微生物群落结构受到各种因素的影响，如环境温度、湿度、pH值等。
研究发现，不同环境中微生物群落结构存在差异，且在同一环境中也存在时空变化。
通过高通量测序技术，现已可以对微生物群落结构进行深入研究。
三、微生物群落功能微生物群落功能是指微生物参与的生态过程和生物地球化学循环等功能。
微生物群落功能对整个生态系统的运行发挥着重要作用。
微生物能够参与有机物的降解、氮循环、碳循环等关键生物过程。
不同微生物在功能上存在差异，这使得微生物群落功能的研究变得复杂而重要。
四、微生物群落结构与功能的关联性微生物群落结构与功能之间存在着密切的关联性。
相对稳定的微生物群落结构对维持生态系统的功能非常重要。
当环境因素发生变化时，微生物群落结构可能发生调整，并影响到微生物群落的功能。
例如，当外源污染物输入导致环境负荷变化时，微生物群落结构可能发生变化，且微生物群落功能也会受到影响。
五、微生物群落结构与功能关联性研究的意义微生物群落结构与功能关联性研究对于深入了解微生物的生态学特征、环境与微生物相互作用以及生态系统的稳定性具有重要意义。
通过研究微生物群落结构与功能的关联性，我们可以揭示微生物的生态功能和协同作用，进而为环境保护、生态修复、农业生产等领域提供理论支持。
六、微生物群落结构与功能关联性研究的挑战与前景微生物群落结构与功能关联性的研究面临一些挑战。
首先，微生物群落结构与功能之间的关联性涉及到多个因素的相互作用，分析和解释起来较为困难。
其次，微生物群落结构与功能的研究需要运用先进的生物信息学分析方法，技术的发展对研究提出了更高的要求。
微生物群落结构与生态功能的研究
微生物群落结构与生态功能的研究微生物是生态系统中重要的组成部分之一。
它们可以参与分解有机物、成为植物共生菌根、生产有机物质等。
微生物数量庞大，种类繁多，微生物群落（microbial community）因而成为研究焦点。
微生物群落指在某些时段内，在某个生态系统中共存的微生物群体，它受环境因素、相互作用、协同进化等因素的影响。
微生物群落结构研究可以提供深刻的生态功能洞察，有助于建立更加准确的生态系统模型。
一、微生物群落结构微生物群落结构指的是在某个时刻，生态系统内所有微生物种类与数量的总和。
微生物群落的构成是极其复杂的，微生物数量可能高达数十亿个/克土壤甚至更高。
科学家通过各种方法对微生物群落进行研究，常见的方法有PCR扩增、16S rRNA测序、微生物组测序等。
这些技术可以帮助研究者了解生态系统内微生物的种类、数量、分布等信息。
微生物的多样性随着环境因素的变化而变化。
例如，温度、水分等环境条件的变化会引起微生物群落的变化。
同时，微生物之间也会存在复杂的相互作用，如合作、竞争等。
微生物群落结构的变化导致了整个生态系统的变化。
二、微生物生态功能微生物群落中的每个微生物在生态系统中都有不可替代的作用。
微生物的生态功能多样，包括重要的环境调节、碳、氮、磷等元素循环。
例如，微生物可以降解有机物，将其分解成较小的分子，然后再由其他微生物或植物利用，实现有机物质的循环。
微生物在生态系统中的重要性已经受到广泛的认可。
研究微生物群落结构与生态功能的关系，能为生态系统的保护和治理提供重要的理论依据。
例如，研究微生物群落对环境因子的响应，可以预测生态系统的稳定性；研究微生物在循环草原生态系统中的作用，从而可以实现高效的碳循环和氮循环。
三、微生物群落结构与环境因素的关系微生物群落结构是复杂生态系统中的一种重要的生态指标。
微生物群落的多样性和数量随着环境因素的变化而变化，如温度、pH值、水分等。
这些因素会直接或间接地影响微生物群落的构成和功能。
微生物群落结构与功能调控的研究
微生物群落结构与功能调控的研究微生物是人类身体内所具有的一种重要的微独立体，它们广泛存在于我们的肠道、口腔、皮肤等部位，并共同构成了一个复杂的微生物群落。
微生物群落的结构和功能对于人类的健康至关重要，因为它们能影响人类的免疫反应、代谢、营养等等。
进一步认识微生物群落的结构与功能调控对于疾病预防和治疗将产生巨大的意义。
微生物群落结构与功能的研究通常包括两个方面：物种组成和基因功能。
群落的物种组成是指构成群落的不同种类的微生物数量和比例。
在相同环境下，不同物种组成的微生物群落会呈现出不同的结构、生长特性和共生互作。
因此，通过对微生物群落结构的研究，我们能够更好地理解人体内各部位的许多生理和病理过程，也能够发现并防治相应的疾病。
微生物群落结构的研究一般使用分子生物学技术，如PCR-DGGE、16S rRNA及ITS等分子标记等。
通过这些手段，我们可以快速、准确地分辨出不同种类的微生物，从而了解微生物群落内的物种组成。
最近，流行病学研究表明，某些可以引起肠胃道慢性疾病的状况，如溃疡性结肠炎、肠炎等，其微生物结构发生了变化。
所以，针对慢性疾病的治疗需要对群落结构有所了解，微生物结构的研究可以帮助我们发现疾病的发生机制，预防和治疗不同疾病时制定相应的策略。
另一方面，微生物群落的功能是指微生物群落中各菌种所拥有的代谢功能、信号通讯和相互作用等活动。
微生物产生的代谢产物、细胞质、酶等物质可以改变人体内许多生化和代谢过程，因此，微生物群落的功能特征是人体健康中不可忽视的重要因素。
微生物群落功能的调控通常需要对微生物基因组的分析来解决。
目前利用“大数据统计”的方法，结合群体遗传学和代谢组学来解决这一方面的问题。
例如，Microbiome通讯网络是一个整合了整个微生物群体的基因组测序和代谢组学数据的数据库，可以对自然群体进行比较，并为生物猜测新的创新性治疗方法。
以革兰氏阳性菌为例，其在人体内所分泌的多种物质可以诱导免疫细胞的活化，从而调节身体的免疫反应。
微生物群落的结构和功能研究
微生物群落的结构和功能研究微生物群落是指由数十亿微生物组成的复杂生态系统，包括细菌、真菌、病毒等微生物种类，分布在不同的生态环境中，如土壤、海洋、人体内等。
微生物群落的结构和功能研究是生态学、微生物学和生物信息学领域的重要研究方向，对于了解微生物的生态适应机制、疾病治疗和环境保护等具有重要意义。
一、微生物群落结构的研究微生物群落的结构是指微生物的物种构成、多样性和相互作用。
通过高通量测序技术，可以对微生物群落的结构进行研究。
例如，环境DNA测序可以用于分析不同土壤中微生物的物种组成和多样性；16S rRNA测序技术可以用于分离和鉴定不同种类的细菌。
这些技术的发展使得研究微生物群落结构变得更加准确和全面。
微生物群落结构的研究可以揭示微生物的适应性和生态功能。
以土壤微生物群落为例，土壤中微生物的多样性和功能对于土壤质量和植被生长具有关键作用。
研究表明，土壤微生物群落的结构受到环境因素的影响，如土壤pH值、氧气含量、温度等。
此外，微生物之间的相互作用也是微生物群落结构的重要因素。
通过分析微生物群落结构，可以深入了解微生物之间的生态相互作用，从而推进微生物学基础研究和应用研究。
二、微生物群落功能的研究微生物群落的功能是指微生物在群落内的生物化学代谢和功能活动，如氮循环、碳循环、有机物降解等。
微生物群落功能的研究可以从宏观和微观两个方面展开。
宏观层面上，可以通过对微生物群落的生态功能进行研究。
例如，微生物群落在土壤中的作用可以通过分析土壤有机质的分解和氮循环等指标来评估。
此外，微生物群落功能与植物生长也密切相关。
研究人员通过分析根际微生物群落对植物生长的影响，揭示微生物群落的生态功能对土壤质量和植被生长的重要性，提出了微生物肥料、微生物制剂等新型农业技术。
微观层面上，可以通过研究微生物的生物化学代谢和基因表达来揭示微生物群落的功能。
如微生物代谢途径中的酶活性研究可以发现细菌在环境中的生活方式，从而确定微生物的分类和生态角色。
微生物群落结构与功能研究
微生物群落结构与功能研究微生物是指生活在我们周围，不可见，只能用显微镜观察到的微小生物。
它们主要分为细菌、真菌、病毒和原生生物等四类。
微生物在大地上分布较为广泛，从深海到高山，从南极到北极，均有微生物的存在。
微生物对于生态环境和人类社会都具有非常重要的意义。
其中，微生物群落结构及其功能研究已成为目前微生物学研究热点之一。
一、微生物群落结构微生物群落是指系统中所包括的全部微生物的集合体。
群落是由多种单细胞生物体或多个不同种类的组织构成的，是微生物学研究中重要的一个概念。
这有利于了解生态系统在一个小空间时间内的小尺度变异及其作用。
数百年来，科学家已经发现了许多不同的微生物群落，每一种群落都有其特定的结构和功能。
微生物群落的结构包括各种微生物存在的类型及其数量。
微生物群落的大部分群落通常由主导种和次要种构成，其中主导种的存在数量极高，而次要种往往只有极少量。
例如，肠道微生物群落主导种为Bacteroides和Prevotella，占总群落的50-70%，次要种为 Firmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria 等。
而土壤微生物群落则具有不同的结构，这与来源和使用土地有很大关系。
二、微生物群落的功能微生物群落的功能与群落结构之间存在着密切的联系。
每一种微生物都有其特定功能，不同的微生物协同工作形成的微生物群落具有许多重要的生态功能。
这些功能包括有机物的还原、厌氧呼吸、氨氧化、解氨化，碳和氮的循环、能量流动等。
微生物群落在碳循环中扮演着重要的角色。
土壤中的微生物可以通过把有机质转化为二氧化碳，将其释放到准确的环境中。
此外，微生物还可以合成植物生长需要的有机物。
例如，根瘤菌可以与豆科植物共生，提供氮素营养。
在农业生产中，我们经常会使用微生物来处理农作物生长中的一些问题，例如亏氧、土壤颗粒团聚、有机物分解等。
此外，微生物群落对环境中的污染物质也具有很强的降解能力。
微生物群落中的一些菌株可以将污染物质分解成无毒、无害的物质，这对人类和整个生态环境都具有非常重要的作用。
微生物群落的构成和功能研究
微生物群落的构成和功能研究微生物是指肉眼看不见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、古菌和原生生物等。
而微生物群落则指微生物在某个生态系统或物种体内和外部环境中的整体。
微生物群落的构成和功能研究已经成为生命科学领域中的一个热门课题。
一、微生物群落的构成微生物群落是由多种微生物组成的，它们之间相互作用，构成了复杂的生态系统。
微生物群落的组成因素包括微生物的多样性、数量及其功能。
在人和动物的体内，微生物群落主要由肠道微生物、口腔微生物、皮肤微生物、泌尿道微生物等组成。
1.肠道微生物肠道微生物是指在人类肠道内生存的微生物，包括细菌、真菌和病毒等，总数超过1000种。
这些微生物包括有益微生物和有害微生物。
益生菌包括双歧杆菌、乳酸菌、嗜酸乳杆菌等，它们能够帮助人体消化、产生抗生素、增强免疫力等。
而有害微生物包括肠炎沙门菌、弯曲杆菌、大肠杆菌等，这些菌会引起肠炎、腹泻等疾病。
2.口腔微生物口腔微生物包括广泛的细菌、霉菌、酵母和病毒。
其中，常见的口腔微生物包括链球菌、厌氧菌、牙龈病原菌等。
这些微生物在口腔中扮演着重要的生理和免疫学角色。
有害口腔微生物会引起多种口腔疾病，如龋齿、牙周炎等。
3.皮肤微生物皮肤微生物是指生活在人和动物身上皮肤表面的微生物，包括细菌、真菌和病毒等。
皮肤微生物对于人体的免疫系统起到重要的保护作用，通过占据皮肤表面，它们防止外来病原体入侵，保护皮肤免受损伤。
4.泌尿道微生物泌尿道微生物是指发生在人体泌尿系统中的微生物，包括细菌、真菌和病毒等。
泌尿道不同部位微生物的种类和数量差异很大，它们与尿路感染和泌尿系统疾病密切相关。
二、微生物群落的功能微生物群落在生态系统中扮演着重要的角色，其功能包括营养循环、防御和生物合成。
目前科学家已经发现了很多微生物群落的功能。
1.营养循环微生物群落在生态系统中主要负责营养循环的功能。
在肠道微生物中，有很多细菌、真菌和其他微生物通过分解食物中难以被消化的物质，释放出营养物质，促进人体对营养物质的吸收。
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Meta
宏
基
因
组
研
究
思
路
基于单独分离培养的 方方法研究微生生物，只 能获取不超过5%的微 生生物种类，而而超过 95%的微生生物是不可 培养的！
采用用Meta研究方方法， 直接对整个群落提取 DNA，进行行建库测 序，获取全部序列信 息，不需要经过培养， 获取信息更完整。
1. 添加ASP250喂养后，拟杆菌 ⻔门、 梭菌等显著减少，奇异球 菌-栖热菌⻔门和变形菌⻔门显著上 升，其中变形菌⻔门从1%上升到 11%； 2. 不添加ASP250喂养，猪肠道中 也有很多耐药因子子，但添加后 使抗生生素失活的酶组分降低、 外排泵系统和保护抗生生素的活 力力显著增加。
材料背景 研究思路
Metagenome
➢采用用高高通量测序进行行的宏基因组研究
Metagenome
In humans, microbes • provide protection against foreign invaders, • educate and stimulate the immune response, • produce antimicrobials, • aid in digestion, • produce vitamins, • among a host of other functions.
结果讨论 Looft, T., T. A. Johnson, et al. "In-feed antibiotic effects on the swine intestinal microbiome." Proc Natl Acad Sci U S A 109(5): 1691-6.
图A：不同样品0和14天耐药因子子的差别
NTS rDNA-repeat NTS rDNA-repeat
ETS1
18S rDNA
ITS1
5.8S rDNA
ITS2
28S rDNA
ETS2
ITS
➢测序区域： 454：ITS1，ITS2，ITS，18S Miseq：ITS，18S
北京雾霾颗粒中微生生物群落的研究 16S+18S
空气气中收集PM2.5和PM10 颗粒样本（主要污染源之 外的地点），分别从 PM2.5和PM10颗粒样本中 提取DNA进行行全基因组 测序分析 使用用测序数据中 的16S和18S数据 分别进行行细菌、 真菌和病毒的物 种注释，进行行物 种丰度比比较分 析. 1. PM样本中细菌所占的微生生物比比例非非 常大大，而而且大大部分的细菌都与土土壤的 微生生物组成相似； 2. 发现PM样本中存在部分已知的病原 菌，包括：肺炎双球菌 (Streptococcus pneumoniae)，烟曲 霉菌(Aspergillus fumigatus)和腺病 毒(human adenovirus C) 等; 并且随 着雾霾的持续，这些病原菌成分会逐 步上升。
群落结构分析介绍 宏基因组分析介绍
数据分析操作（基于16S数据）
答疑讨论
Metagenome
物种分类
基于reads比比对的物种分类和丰度统计
基因组组分
组装，基因预测，特殊元件（CRISPR等）
宏基因组
基因功能
通用用数据库功能注释，KEGG, GO， ARDB等
差异比比较
物种组成差异，功能基因差异
ITS
➢ITS：（Internal Transcribed Spacer，内部转录间隔区）：属于中度保守区域，种内 相对一一致，种间差异相对明显，长度在450-750之间。 由于18S不像16S，具有较少的高高变区，进化速率慢，没有ITS快（是18S的10倍）， 多用用于系统发育。 ➢ITS结构：
微生生物群落
微生生物总DNA
微生生物总RNA
PCR扩增特定区域
特定区域区测序
宏基因组调查
宏转录组调查
微生生物多样性分析 •物种分类 •OTU分析 •物种丰度分析 •多样品间差异比比较
微生生物群落物种分类 功能组成以及代谢网网络研究 •基因预测 •功能注释 •物种分类 •物种及基因功能差异
检测差异表达基因 筛选高高活性微生生物 •基因预测 •物种及功能注释 •基因表达差异统计
Metagenome
396个人人样本的测 序数据 通过组装得到基因集 3,871,657个基因
Reads比比对到核心心 基因集完成单独到组 装
选取seed基 因，根据丰度信息 构建核心心基因集
最终组装出 238 个独特的基因组草图，构建 7381 个 CAGs(co-abundance gene groups)
Hiseq 2000, 100PE
16S rDNA
可变区 V1-V2 V3 V4 V5-V6 V6 V6-V7 V7 V7-V8
引物位点 27-355 338-548 530-826 805-1065 967-1065 967-1238 1046-1238 1046-1406
与16S全长比比较 高高估(1.2) 低估(0.88) 接近(0.97) 接近(1) 高高估(1.67) 接近(0.98) 低估(0.6) 低估(0.65)
群 落! 整! 体! 研! 究! 思! 路!
!
!
群落结构分析介绍 宏基因组分析介绍
数据分析操作（基于16S数据）
答疑讨论
Tools
✓EstimateS: /estimates ✓R: ✓Mothur: / ✓Qiime: ✓ USEARCH: /usearch/ ✓Others: DOTUR, Chimera_Check.
!
图B：Beta内酰胺酶、四环素外排泵、磺 胺类药抗性因子子、氨基糖苷类磷酸转移酶等 在使用用ASP250 14天后显著增加 图C：不同样品0和14天物种组成分差别比比 较大大的几几个物种
Meta-transcriptome
基因预测
组装，基因预测
宏转录组
基因功能
通用用数据库功能注释，KEGG, GO等
手手术所需的粪便；并进一一步开发“粪便胶囊”，替换传统的抗生生素治疗。
Classical methods
• Categorize: ∼17 morphologies • 个体大大小小: • 形状与排列: 杆菌，球菌，弧菌…… • 细胞结构: 鞭毛毛，芽孢，荚膜，纤毛毛…… • 菌落形态：菌落颜色色，大大小小，光泽…… • 生生理生生化指标：营养类型，碳源谱，氮源谱…… • 致病性……
材料背景
研究思路
结果讨论
Kembel, S. W., E. Jones, et al. "Architectural design influences the diversity and structure of the built environment microbiome." ISME J 6(8): 1469-79.
Database
Name Greengene RDP Silva UNITE ITS2 Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL) ITSoneDB FunGene Focus Bacteria,Achaea Bacteria,Achaea Bateria,Achaea,eu karyon Root-associated fungi ITS2 Fungal phylogeny Fungi ITS1 Sequecne data on-line 16S 16S 16S,18S,23S,18S ITS ITS2 SSU, LSU, ITS, RPB1, RPB2, mitSSU, mitATP6,TEF1 ITS1 FunctionGene URT /cgi-bin/ nph-index.cgi / http://www.arb-silva.de/ http://unite.ut.ee/ http://its2.bioapps.biozentrum.uniwuerzburg.de/ r.it:8080/ITS 1/ /
抗生生素添加剂对猪肠道菌群环境的影响：! 16S rDNA+宏基因组
1. 0和14天分别取样；
用用添加促生生⻓长的 ASP250（含⻘青霉素、 磺胺甲嘧啶、氯四环 素等多种抗生生素）和 正常饲料喂养的猪（给 三头）。 2. 提取DNA，进行行16S rDNA的 V3区扩增测序，分析 ASP250对肠道物种组成的影 响； 3. 通过宏基因组，分析添加 ASP250对功能和耐药因子子的 影响。
!
Meta-transcriptome
基因芯片片结合宏基因组和宏 12天连续发酵过程中不 同时间的韩国泡菜发酵 液样品，发酵液ph值下 降过程中选取4个代表 时间点进行行宏基因组和 宏转录组分析。 材料背景 研究思路 转录组分析：构建了针对 39种乳酸菌的特异性基因 组探针芯片片(genome probing microarrays， GPM)，用用来研究韩国泡菜 发酵过程中微生生物的多样性 及其基因表达的情况。
NAM Y D, CHANG H W, KIM K H, et al. Metatranscriptome analysis of lactic acid bacteria during kimchi fermentation with genome-probing microarrays[J]. International Journal of Food Microbiology 2009, 130(2): 140-146.
表达差异
基因表达量，差异表达聚类及功能显著性富集等
韩国泡菜的宏基因组+宏转录组研究
1. 基于宏基因组结果：明串珠菌 （Leuconostoc）、乳杆菌属 （Lactobacillus）和魏丝氏氏菌 属（Weissella）为发酵过程中 优势菌属，4种主要的乳酸菌比比 例都超过了5%； 2. 宏转录组分析发现有23种乳酸 菌与泡菜的发酵有关，宏转录 组的分析结果表明除两种微生生 物外所有的乳酸菌都对泡菜发 酵有影响，即使丰度较低的微 生生物在泡菜发酵过程中也有着 积极的作用用。 结果讨论