牛场辣椒的全基因组SNP标记分析

牛场辣椒的全基因组SNP标记分析

黄冬福;何建文;江叶莎;付文婷;范高领;吴迪;詹永发;石燕金;王楠艺

【期刊名称】《种子》

【年(卷),期】2022(41)4

【摘要】本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征。结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36.35×;12条染色体上共获得9141358个SNP,10号染色体上的纯合SNP最多,9号染色体上的纯合SNP最少;不同染色体上SNP密度分布不同;SNP分布在基因组上5个位置且数量不同,基因间(94.68%)>基因内(3.64%)>基因上游(0.9%)>基因下游(0.74%)>基因上游/下游;基因内SNP数量依次为内含子(281002)>外显子(51242)>剪接位点(288);外显子上有4种类型的SNP变异且数量不同,非同义突变(31265)>同义突变(19079)>终止子获得(710)>终止子缺失(188);发生转换的SNP数量是颠换的1.99倍。牛场辣椒SNP的出现频率为1个/366 bp,其中外显子上的51242个SNP具有开发成功能标记的潜力,外显子上SNP产生的710处终止子获得对基因功能研究具有重要意义。

【总页数】6页(P100-105)

【关键词】辣椒;重测序;SNP;分子标记数量;分布特征

【作者】黄冬福;何建文;江叶莎;付文婷;范高领;吴迪;詹永发;石燕金;王楠艺

【作者单位】贵州省农业科学院辣椒研究所;遵义市农业农村局

【正文语种】中文

【中图分类】S641.3

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