常用分子生物学数据库检索方法及数据格式
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
GenBank）都在最后一行以 // 结尾。
实验过程
• 5. PDB 文件的获得
• 进入PDB数据库 • 查询某蛋白质的结构（eg：1d3y） • 下载结构到本地电脑 • 用写字板（记事本）打开
源自PDB结构记录的内容
• PDB记录包括两个序列信息备份：隐性序列和显性 序列。
• 显性序列在PDB文件中以关键词SEQRES打头逐行存 储。
GenBank数据库平面文件Flat file。 • 5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的
pdb文件。
实验材料
• 计算机，网络。
实验过程
• 1. Entrez检索方法
• NCBI • All database • Entrez • All database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验二
常用分子生物学数据 库检索方法及数据格
式
实验目的
• 1. 了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。 • 2.了解EBI所提供的SRS检索方法。 • 3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查
询。 • 4.详细了解三大核酸序列数据库之一的
•
我们极度鄙视一切乱丢乱吐等不文明 行为。 2020年 11月1 2日星 期四1时 12分31 秒13:1 2:3112 November 2020
•
清洁——拥有清爽明亮的工作环境。 下午1时 12分31 秒下午 1时12 分13:1 2:3120. 11.12
•
贯彻ISO系列标准,树立企业新形象。 20.11.1 220.1 1.1213:1213:1 2:3113 :12:31 Nov-20
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）
实验过程
• 3. Swiss-prot查询方法。
• Swiss-prot • SRS@EBI • choice database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。） • 依次点击各个数据库查看
实验过程
• GenPept文件下载
• 平面文件获得
• 查询某一条核酸序列 • 获得平面文件 • 保存或者下载 • 用写字板（记事本）打开
实验过程
• 2. SRS检索方法。
• EBI • SRS@EBI • choice database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
•
树立自我信心，把握各工段流程；消 灭疵点 起因， 管理操 作是关 键。20 20年11 月12 日星期 四下午1 时12分 31秒13 :12:31 20.11.1 2
•
安全是增产的细胞，隐患是事故的胚 胎。20 20年11 月下午 1时12 分20.1 1.1213:12Nov ember 12, 2020
• 4.GenBank flatfile（GBFF）内容。 • 是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广
泛地用以表示生物序列的格式之一。
• GenPept文件 • GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记
录的信息（描述符）。
• 第二部分包含了注释这一记录的特性， • 第三部分是核苷酸序列自身。 • 所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/ EMBL/
•
老兄！品管不是空想，而是起而行的 工作。 2020年 11月1 2日星 期四1时 12分31 秒Thu rsday, November 12, 2020
•
幸福是棵树，安全是沃土。20.11.122 020年 11月12 日星期 四1时1 2分31 秒20.1 1.12
谢谢大家！
•
厕所卫生要注意,干净清洁常保持。13 :12:31 13:12:3 113:12 Thurs day, November 12, 2020
•
人人讲安全，安全为人人。20.11.122 0.11.1 213:12:3113:1 2:31Novemb er 12, 2020
•
今日的质量，明日的市场。2020年11 月12 日下午1 时12分 20.11.1 220.1 1.12
•
严禁隐瞒、虚报生产安全事故。20.11 .1220. 11.12Thursd ay, November 12, 2020
•
推行ISO9000不走样，企业生存发展 有希望 。13:1 2:3113 :12:31 13:121 1/12/2 020 1:12:31 PM
•
质量出效益，点滴成江河。20.11.121 3:12:3 113:12 Nov-2012-Nov-20
• 隐性序列蕴涵在由PDB文件中的ATOM记录及相应 （X，Y，Z）位置坐标构成的化学立体结构中。
• 实践中，许多PDB文件浏览器，如Rasmol，仅用隐 性序列重构PDB记录蛋白质的化学图象，而忽略由 SEQRES引导的显性序列信息。
文件头部
显性序列
隐性ຫໍສະໝຸດ Baidu列
作业：格式同实验一
• 1.写出Genbank flatfile的详细结构组成。 • 2.写出PDB文件的详细组成。
实验过程
• 5. PDB 文件的获得
• 进入PDB数据库 • 查询某蛋白质的结构（eg：1d3y） • 下载结构到本地电脑 • 用写字板（记事本）打开
源自PDB结构记录的内容
• PDB记录包括两个序列信息备份：隐性序列和显性 序列。
• 显性序列在PDB文件中以关键词SEQRES打头逐行存 储。
GenBank数据库平面文件Flat file。 • 5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的
pdb文件。
实验材料
• 计算机，网络。
实验过程
• 1. Entrez检索方法
• NCBI • All database • Entrez • All database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验二
常用分子生物学数据 库检索方法及数据格
式
实验目的
• 1. 了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。 • 2.了解EBI所提供的SRS检索方法。 • 3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查
询。 • 4.详细了解三大核酸序列数据库之一的
•
我们极度鄙视一切乱丢乱吐等不文明 行为。 2020年 11月1 2日星 期四1时 12分31 秒13:1 2:3112 November 2020
•
清洁——拥有清爽明亮的工作环境。 下午1时 12分31 秒下午 1时12 分13:1 2:3120. 11.12
•
贯彻ISO系列标准,树立企业新形象。 20.11.1 220.1 1.1213:1213:1 2:3113 :12:31 Nov-20
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）
实验过程
• 3. Swiss-prot查询方法。
• Swiss-prot • SRS@EBI • choice database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）
topoisomerase，gyrase，hemoglobin。） • 依次点击各个数据库查看
实验过程
• GenPept文件下载
• 平面文件获得
• 查询某一条核酸序列 • 获得平面文件 • 保存或者下载 • 用写字板（记事本）打开
实验过程
• 2. SRS检索方法。
• EBI • SRS@EBI • choice database • 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，
•
树立自我信心，把握各工段流程；消 灭疵点 起因， 管理操 作是关 键。20 20年11 月12 日星期 四下午1 时12分 31秒13 :12:31 20.11.1 2
•
安全是增产的细胞，隐患是事故的胚 胎。20 20年11 月下午 1时12 分20.1 1.1213:12Nov ember 12, 2020
• 4.GenBank flatfile（GBFF）内容。 • 是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广
泛地用以表示生物序列的格式之一。
• GenPept文件 • GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记
录的信息（描述符）。
• 第二部分包含了注释这一记录的特性， • 第三部分是核苷酸序列自身。 • 所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/ EMBL/
•
老兄！品管不是空想，而是起而行的 工作。 2020年 11月1 2日星 期四1时 12分31 秒Thu rsday, November 12, 2020
•
幸福是棵树，安全是沃土。20.11.122 020年 11月12 日星期 四1时1 2分31 秒20.1 1.12
谢谢大家！
•
厕所卫生要注意,干净清洁常保持。13 :12:31 13:12:3 113:12 Thurs day, November 12, 2020
•
人人讲安全，安全为人人。20.11.122 0.11.1 213:12:3113:1 2:31Novemb er 12, 2020
•
今日的质量，明日的市场。2020年11 月12 日下午1 时12分 20.11.1 220.1 1.12
•
严禁隐瞒、虚报生产安全事故。20.11 .1220. 11.12Thursd ay, November 12, 2020
•
推行ISO9000不走样，企业生存发展 有希望 。13:1 2:3113 :12:31 13:121 1/12/2 020 1:12:31 PM
•
质量出效益，点滴成江河。20.11.121 3:12:3 113:12 Nov-2012-Nov-20
• 隐性序列蕴涵在由PDB文件中的ATOM记录及相应 （X，Y，Z）位置坐标构成的化学立体结构中。
• 实践中，许多PDB文件浏览器，如Rasmol，仅用隐 性序列重构PDB记录蛋白质的化学图象，而忽略由 SEQRES引导的显性序列信息。
文件头部
显性序列
隐性ຫໍສະໝຸດ Baidu列
作业：格式同实验一
• 1.写出Genbank flatfile的详细结构组成。 • 2.写出PDB文件的详细组成。