单倍型
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草履虫属(原生生物,纤毛亚门)线粒体细胞色素 c氧化酶I亚基基因的遗传分化
Genetic Differentiation of the Mitochondrial Cytochrome Oxidase c Subunit I Gene in Genus Paramecium(Protista, Ciliophora)
PLoS ONE （2013） IF:3.234
作者：
Yan Zhao1,2, Eleni Gentekaki3*, Zhenzhen Yi2*, Xiaofeng Lin2
汇报人： 卢雪芬
目录
CONTENTS
1 立题依据 2 材料方法
3 结果分析
4 结论
01
立题 依据
纤毛虫的多样性研究只关注形态学特征，现在 基于遗传学的方法被用来补充或代替形态学方 法 由于进化速度更快，线粒体蛋白编码基因越来 越受欢迎，最常用的是COb和COI，大多数研究 使用这些标记重点评估分子变异的程度在种间 和种内水平,识别同形种和抽样地区的遗传变 异性 然而,很少有研究关注评估个体COI基因的遗传 分化以及它的存在可能会影响物种识别和种群 结构分析
of each individual infered from amino acid analysis.
图1， 绿草履虫和尾草履虫的可变位点
结果分析——单倍型网络和地理分布
4个Pb1C1的克隆 5个 Pb1C4的克隆 3个 Pb2C1的克隆
俄罗斯
4个Pb1C2的克隆 7个 Pb1C3的克隆
欧洲、澳大利亚
结果分析——遗传结构分析
AMOVA分析表明,在个体和种群内的遗传分化很高且是有意义的(P<0.00001)。 大多数种群内部个体之间的遗传变异存在(sum of squares = 38.414)。
结果分析——基于COI基因序列的系统发育分析
所有情况下，同一物种的所有克隆序列聚集在一 起，没有在树上看到样性
Table 1 The datasets analyzed in the present investigation.
P. bursaria:11个国家29个物种 P. Caudatum：15个国家38个 物种 Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 所有新测序的序列 所有种的新测序的序列
02
03
材料与方法
DNA提取 PCR扩增和测 序 单倍型搜索 遗传结构分析 序列分析
试剂盒：DNeasy & Tissue Kit 引物： F388dT、R1184dT Geneious software program, version 5.1、ClustalW、Geneious v5.1 Network 4.6.1.0、 software program ARLEQUIN 3.11（AMOVA） Modeltest v.3.7、MrBayes v3.1.2
147
序列相似性分析 种内遗传分歧范围从23.0%—30.2%，种内变异0.1%—10.9%，所有五个草履 虫的成对序列分歧度在个体内的水平还不到 2%。
结果分析——序列分析和遗传多样性
47 Table 2 Details of the synonymous and non- synonymous mutation information 27
图四，草履虫属和舟形虫属、四膜虫的263个COI基因序列的条形码区域的系统进化树
结论
所有物种的特异性序列聚集 在一起，没有了物种之间的 单倍型共享。在任何情况下， 没有证据表明轻微的个体差 异影响系统发育关系。 五个Paramecium spp. 存在多个COI的单倍型。
COI基因是一个合 适的标记为解决 草履虫种内和种 间关系
来自于各个群体的单倍型没有地理分 区，基因流动在p. bursaria和 p. caudatum广泛分布的演化支中一 直保持着。
THANKS
欢迎批评指正
2016.3.25
图2，绿草履虫单倍型网络结构图
结果分析——单倍型网络和地理分布
12个克隆6 个单倍型 22个克隆18 个单倍型
22个克隆18 个单倍型
40个克隆 20个单倍型
图3 P. caudatum, Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 的单倍型网络
Genetic Differentiation of the Mitochondrial Cytochrome Oxidase c Subunit I Gene in Genus Paramecium(Protista, Ciliophora)
PLoS ONE （2013） IF:3.234
作者：
Yan Zhao1,2, Eleni Gentekaki3*, Zhenzhen Yi2*, Xiaofeng Lin2
汇报人： 卢雪芬
目录
CONTENTS
1 立题依据 2 材料方法
3 结果分析
4 结论
01
立题 依据
纤毛虫的多样性研究只关注形态学特征，现在 基于遗传学的方法被用来补充或代替形态学方 法 由于进化速度更快，线粒体蛋白编码基因越来 越受欢迎，最常用的是COb和COI，大多数研究 使用这些标记重点评估分子变异的程度在种间 和种内水平,识别同形种和抽样地区的遗传变 异性 然而,很少有研究关注评估个体COI基因的遗传 分化以及它的存在可能会影响物种识别和种群 结构分析
of each individual infered from amino acid analysis.
图1， 绿草履虫和尾草履虫的可变位点
结果分析——单倍型网络和地理分布
4个Pb1C1的克隆 5个 Pb1C4的克隆 3个 Pb2C1的克隆
俄罗斯
4个Pb1C2的克隆 7个 Pb1C3的克隆
欧洲、澳大利亚
结果分析——遗传结构分析
AMOVA分析表明,在个体和种群内的遗传分化很高且是有意义的(P<0.00001)。 大多数种群内部个体之间的遗传变异存在(sum of squares = 38.414)。
结果分析——基于COI基因序列的系统发育分析
所有情况下，同一物种的所有克隆序列聚集在一 起，没有在树上看到样性
Table 1 The datasets analyzed in the present investigation.
P. bursaria:11个国家29个物种 P. Caudatum：15个国家38个 物种 Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 所有新测序的序列 所有种的新测序的序列
02
03
材料与方法
DNA提取 PCR扩增和测 序 单倍型搜索 遗传结构分析 序列分析
试剂盒：DNeasy & Tissue Kit 引物： F388dT、R1184dT Geneious software program, version 5.1、ClustalW、Geneious v5.1 Network 4.6.1.0、 software program ARLEQUIN 3.11（AMOVA） Modeltest v.3.7、MrBayes v3.1.2
147
序列相似性分析 种内遗传分歧范围从23.0%—30.2%，种内变异0.1%—10.9%，所有五个草履 虫的成对序列分歧度在个体内的水平还不到 2%。
结果分析——序列分析和遗传多样性
47 Table 2 Details of the synonymous and non- synonymous mutation information 27
图四，草履虫属和舟形虫属、四膜虫的263个COI基因序列的条形码区域的系统进化树
结论
所有物种的特异性序列聚集 在一起，没有了物种之间的 单倍型共享。在任何情况下， 没有证据表明轻微的个体差 异影响系统发育关系。 五个Paramecium spp. 存在多个COI的单倍型。
COI基因是一个合 适的标记为解决 草履虫种内和种 间关系
来自于各个群体的单倍型没有地理分 区，基因流动在p. bursaria和 p. caudatum广泛分布的演化支中一 直保持着。
THANKS
欢迎批评指正
2016.3.25
图2，绿草履虫单倍型网络结构图
结果分析——单倍型网络和地理分布
12个克隆6 个单倍型 22个克隆18 个单倍型
22个克隆18 个单倍型
40个克隆 20个单倍型
图3 P. caudatum, Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 的单倍型网络