比较转录组与泛转录组测序

6 Gb、8 Gb、10 Gb、12 Gb clean data
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案例解析
［案例一］ 单细胞转录组测序绘制人类胚胎细胞基因表达 图谱
本研究对一个栽培番茄和五个野生番茄进行转录组测序，解析 了栽培番茄和野生番茄在基因序列和表达水平方面的变异。同 时，该研究在转录组水平上分析了栽培番茄和野生番茄的序列 差异，找到51个受正向选择的基因，这些差异基因多与环境响 应和压力忍耐相关，在选择压力下，这些基因的表达水平发生 很大变化，从而证实了栽培番茄和它的近缘野生番茄转录组水 平受到了人工选择和自然选择的普遍影响。
［案例二］ 比较转录组揭示野生种苎麻向栽培种苎麻进 化机制
诺禾致源携手中国农业科学院麻类研究所，利用比较转录组解 析栽培种苎麻和野生种苎麻在基因序列水平上的自然变异，找 到13个受到正向选择的基因，这些差异可能与植物的抗病或者 抗逆境有关，推测生物和非生物胁迫在苎麻的驯化过程中可能 起着非常重要的作用；另外，两个受正向选择的基因与苎麻的 纤维产量相关，主要是人工选择导致的。通过这些结果，证实 了野生种苎麻向栽培种进化是在自然环境和人工选择的双重选 择压力下进行的。
图1 栽培番茄和野生番茄构建系统进化树 图2 栽培苎麻和野生苎麻直系同源基因的Ka/Ks分析
参考文献
[1] Koenig D, Jiménez-Gómez J M, Kimura S, et al. Comparative transcriptomics reveals patterns of selection in domesticated and wild tomato [J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2013, 110(28): E2655-E2662.
技术参数
样品要求 文库类型 测序策略 数据量类型 项目周期
比较转录组测序（样本个数10~25个）
泛转录组测序（样本个数>25个）
RNA样品总量: ≥1.5 μg； RNA样品浓度: ≥50 ng/μL
普通转录组文库； 链特异性转录组文库
HiSeq PE150
HiSeq PE150
6 Gb、8 Gb、10 Gb、12 Gb clean data
比较转录组测序 是基于 Illumina HiSeq测序平台，通过RNA-seq技术手段研究少数近缘物种间的亲缘关系以及不同物种或亚种间的mRNA序列差异，挖掘明显
受到正向选择或负向选择的基因。泛转录组（Pan-transcriptome）测序是不仅能够分析比较转录组的内容，同时还可以构建共表达网络，挖掘关键的基因模块，为 物种的进化研究提供依据。
[2] Liu T, Tang S, Zhu S, et al. Transcriptome comparison reveals the patterns of selection in domesticated and wild ramie (Boehmeria nivea L. Gaud) [J]. Plant Molecular Biology, 2014: 1-8.