DNASTAR使用说明

DNAstar

中文使用说明书

目录

DNAStar的安装与升级 (6)

EditSeq的使用方法 (7)

打开已有序列

寻找开放读框

DNA序列翻译

遗传密码选择使用

遗传密码修改

序列的反向互补及反向转换

BLAST检索

序列信息查看

序列校读

序列的保存与输出

GeneQuest的使用方法 (12)

打开已有分析文件

GeneQuest的DNA分析方法

用分析方法操作

方法参数改变

结果展示优化

Feature注释

BLAST检索

Entrez Database检索

GeneQuest的其他特点

保存分析文件

MapDraw的使用方法 (18)

新酶切图制作

过泸器类型

应用频率过泸器

应用手动过泸器

使用过泸器一览表

使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具

酶信息显示

环形展示

ORF图

显示择选

保存，退出

MegAlign的使用方法 (23)

创建队列文件

序列设置

Pairwise Alignment

使用 Dot Plot Method

多序列比较

Phylogenetic Tree查看

查看队列报告

Decorations/Consensi MegAlign文件保存

PrimerSelect的使用方法 (28)

创建PrimerSelect文件

定义引物特点

查找引物对

浏览其他的引物信息

按特征对引物分类

引物长度改变

在引物中引入突变

设计新引物

使用寡核苷酸订购表格

保存PrimerSelect文件

Protean的使用方法 (34)

创建蛋白质分析文件

Protean’s蛋白质分析方法

应用分析方法

方法参数改变

优化结果显示

使用蛋白酶消化与SDS PAGE Feature注释

BLAST检索

二级结构模拟

展示滴定曲线

保存分析文件

SeqManII的使用方法 (39)

输入序列片段

Pre-Assembly Options操作

检查修整的数据

序列装配

查看范围和构建结果

去除矛盾碱基和缺口

手动修改序列末端

文件保存与序列输出

DNAStar的安装与升级

如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的Lasergene，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹中。

连接到DNAstar网站的主页()，从菜单中的Customers 中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。

找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下载您想要的模块了。

模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。

看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。

软件安装

本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。

必备条件

一张个人的Lasergene安装盘；

一张Lasergene软件光碟；

足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。

随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。

EditSeq的使用方法

EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的

一部分里是评论，底部是序列的注释。

EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。

序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外， EditSeq能以GenBank，FASTA 和GCG格式输出序列。

如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：*******************，或者经.

打开已有序列

我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。

假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和3’污染序列。

●从文件菜单（FILE MENU），选择Open。

●打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。

●单击位于对话框右下角的Set Ends按钮。Set Ends被打开（如右）。

●在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。

单击Open打开序列。

当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。

通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的

801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene

应用程序中都可以使用。

寻找开放读框

在这入门的一部分中，我们将确定序列

中最大的ORF，并翻译它。