液体活检专家共识课件
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• DNA
•Sequencing, RT-PCR •qPCR, aCGH •FISH, CISH
• RNA
•qRT-PCR •Microarray techniques •TaqMan® gene expression array
• Protein
•IHC, ELISA, mass spectrometry
临床诊断与研究的区 别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
2%
Mutation in >1 gone 3% EGFR (other) 4%
未检测到突变 36%
KRAS 25%
ALK 8%
ERFR (敏感) 17%
➢ 关注de novo Unkown！！！
➢ 关注耐药后的变
西方： 2013 ASCO
异 ！！ !
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《二代测序（NGS）技术应用于 临床肿瘤精准医学诊断的共识》
（第一版2016.04.23）
中国临床肿瘤学会 （CSCO）
中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
国内共识推荐NGS用于临床检测
“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现
• Epigenetic
•MS-PCR, bisulphate-PCR-sequencing •Methylation micorarray
目前NGS检测变异类型：SNV, Indels, Rearrangement/fusion, CNV及少数表观变异
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Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual Meeting
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肺癌中已发现的驱动基因及频率
同一瘤灶内基因 突变异质性
原发灶和转移灶的基因突变 异质性（空间分布差异性） 治疗前后基因突变异质性——时间分布差异性
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质性
Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY). 2013;339(6127):1546-1558.
• Deletion
• RNA:
• Single gene expression • Gene expression profile
• Protein
• Single protein • Protein profiling
• Epigenetic:
• Methylation pattern …
ຫໍສະໝຸດ Baidu
• Technology
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基因变异类别
原癌基因 (proto-oncogene)
抑癌基因 (tumor suppressor gene,
TSG) 其他基因 Modifying gene
活化
➢基因突变 ➢扩增或缺失 ➢易位融合 ➢表观遗传修饰 ➢…
肺癌中已发现的驱动基因及频率
未知 29%
BRAF M+ 2% PI3K M+ 4% C-MET Amp 5$ PTENM+ 6%
EGFR M+ 40%
KRAS 7%
EML4-ALK 7%
东方： 370例中国肺腺癌
MEK1 NRAS METPIK3CA BRAF <1% 1% 1% 1% 2% HER2 3%
失活
表达异常
癌基因活化 (oncogene)
功能缺失 调节功能异常
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分子标志物种类及其对应的检测方法
NGS
• Bio-specimen & variation
• DNA：
• mutation, translocation, CNV, MSI
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Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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共识中包括的9个内容、36项声明
NGS在肿瘤临床诊断 中的质量要求
NGS在应用中的样本 要求
NGS在肿瘤临床应用 中的检测内容
NGS测序技术及流程
NGS数据的产生、管 理及分析
NGS在肿瘤临床应用 中的知情同意书
共识
NGS结果分析报告及 查询
在市场上CFDA已经批准的药物的检测，这些可以应用到临床”。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法 共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建 议使用NGS方法。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛
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Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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耐药机制的精准分析
A Single Dominant Mechanism of Acquired Resistance to Rociletinib is not Readily Identifiable
•Sequencing, RT-PCR •qPCR, aCGH •FISH, CISH
• RNA
•qRT-PCR •Microarray techniques •TaqMan® gene expression array
• Protein
•IHC, ELISA, mass spectrometry
临床诊断与研究的区 别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
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基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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2%
Mutation in >1 gone 3% EGFR (other) 4%
未检测到突变 36%
KRAS 25%
ALK 8%
ERFR (敏感) 17%
➢ 关注de novo Unkown！！！
➢ 关注耐药后的变
西方： 2013 ASCO
异 ！！ !
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《二代测序（NGS）技术应用于 临床肿瘤精准医学诊断的共识》
（第一版2016.04.23）
中国临床肿瘤学会 （CSCO）
中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
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国内共识推荐NGS用于临床检测
“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现
• Epigenetic
•MS-PCR, bisulphate-PCR-sequencing •Methylation micorarray
目前NGS检测变异类型：SNV, Indels, Rearrangement/fusion, CNV及少数表观变异
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Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual Meeting
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肺癌中已发现的驱动基因及频率
同一瘤灶内基因 突变异质性
原发灶和转移灶的基因突变 异质性（空间分布差异性） 治疗前后基因突变异质性——时间分布差异性
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肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质性
Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY). 2013;339(6127):1546-1558.
• Deletion
• RNA:
• Single gene expression • Gene expression profile
• Protein
• Single protein • Protein profiling
• Epigenetic:
• Methylation pattern …
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• Technology
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基因变异类别
原癌基因 (proto-oncogene)
抑癌基因 (tumor suppressor gene,
TSG) 其他基因 Modifying gene
活化
➢基因突变 ➢扩增或缺失 ➢易位融合 ➢表观遗传修饰 ➢…
肺癌中已发现的驱动基因及频率
未知 29%
BRAF M+ 2% PI3K M+ 4% C-MET Amp 5$ PTENM+ 6%
EGFR M+ 40%
KRAS 7%
EML4-ALK 7%
东方： 370例中国肺腺癌
MEK1 NRAS METPIK3CA BRAF <1% 1% 1% 1% 2% HER2 3%
失活
表达异常
癌基因活化 (oncogene)
功能缺失 调节功能异常
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分子标志物种类及其对应的检测方法
NGS
• Bio-specimen & variation
• DNA：
• mutation, translocation, CNV, MSI
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
共识中包括的9个内容、36项声明
NGS在肿瘤临床诊断 中的质量要求
NGS在应用中的样本 要求
NGS在肿瘤临床应用 中的检测内容
NGS测序技术及流程
NGS数据的产生、管 理及分析
NGS在肿瘤临床应用 中的知情同意书
共识
NGS结果分析报告及 查询
在市场上CFDA已经批准的药物的检测，这些可以应用到临床”。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法 共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建 议使用NGS方法。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
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基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
耐药机制的精准分析
A Single Dominant Mechanism of Acquired Resistance to Rociletinib is not Readily Identifiable