图谱构建教程

请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!

遗传连锁图谱构建

1.打开软件: QTL IciMapping 软件可通

过两种方式打开

•双击QTL IciMapping 软件在桌

面上的快捷图标

•从”所有程序”菜单中选择QTL

IciMapping 软件

2.软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或”右箭头”, 可以看到:

•软件所能处理的遗传群体类型

•共显性标记是如何编码的

•显性标记是如何编码的

•隐性标记是如何编码的

3.建立一个”新工程”

•单击”File”菜单

•选择”New Project”

•输入”工程名称”(例如, 图示中的工程名称为Tutorial)

和选择路径 (例如, 图示中

的路径为D:\)

•单击”OK”完成”新工程”创建

新建工程显示在”工程窗

口”中

所有与此工程相关的各种

输入/输出, 按特定的组织

形式自动保存在路

径”D:\Tutorial\...”下的各

种文件夹中

4.向新建工程中导入遗传群体

•单击”File”菜单, 然后选择

File -> Open File -> *.map

•或者单击”Open”, 然后选择

*.map (Linkage map

construction) 文件类型

•在文件列表中选择要打开的

群体 (例如: “C:\CAAS\QTL

IciMapping\Examples\MAP\

ArabidopsisRIL.map”)

•单击”打开(O)”完成

由此选择打开EXCEL

2003/2007文件

5.MAP功能浏览: MAP功能把窗口分为4部分•工程窗口

•标记整理信息和结果展示窗口

•锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口•参数选择/设置窗口

标记整理信息和结果展示窗口

锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口

参数选择/设置窗口工程窗口

6.标记分群

•单击Grouping下的

箭头, 软件将利用默

认/设定参数对标记

进行分群, 例如图例

中, 按LOD临界值

3.00 的标准分群

7.标记排序

•单击Ordering下的箭头, 软件将利用默认

/设定参数对标记进

行排序, 例如图例中,

利用nnTwoOpt算法

排序

遗传连锁图谱构建8.标记排序调整(此选

项可跳过, 调整的目

的是获得更短的图

谱)

•单击Rippling 下的箭

头, 软件将利用默认

/设定参数对标记顺

序进行调整, 例如图

例中, 利用SARF做标

准, 窗口大小为5

9.结果输出

•单击Outputting下的箭头, 软件将输

出作图结果, 例如

图例中, 输出成对

标记间的LOD值, 重

组率, 图距, 以及

QTL分析中用到的

输入文件这个图标只有在执行“Outputting”后才可用

10.绘制连锁图谱

•单击”MAP”图标•或者从”Figures”菜单中选择”Linkage Map”•单击”C<<“或”C>>”切换染色体

•单击”C-=“绘制所有染色体的图谱

10.绘制连锁图谱 (续)

•单击”C-=“右边的下箭头, 选择特定染色体绘制图谱•在作图区域右击鼠标, 以复制/打印/保存连锁图谱•连锁图谱可以保存成多种文件格式

遗传连锁图谱构建

11.在”结果展示窗口”中浏览结果文件

•在”工程窗口”的文件列表中, 双击待浏览的结果文件, 这个结果文件将显示在”

结果浏览窗口”, 图例中, 打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”

•所有输出结果文件保存在”D:\Tutorial\MAP\Arabidopsis\Results\...”中•“Tutorial”是工程的名称

•“MAP”指示软件的功能. 目前有7大功能

•“ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀

•“Results”是保存结果文件夹的名称

遗传连锁图谱构建

12.高级用户–锚定信息的管理

•清空作图结果: 鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsis.map”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Clear Results”, 然后在弹出的对话框中选择”OK”

•建立新的锚定信息群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Anchor”. 锚定信息群“Anchor1[0]”

出现在这个窗口内.

•向锚定信息群中添加标记 (例如”SNP71”和”SNP251”):鼠标指向待添加标记”SNP71”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Anchor to -> Anchor1”

将”SNP71” 添加到Anchor1中; 对”SNP251”重复上述过程.

遗传连锁图谱构建

13.高级用户–分组标记信息的管理

•建立新的标记群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Group”. 一个新群”Group5[0]”出现在这个窗口内.

•向新建标记群中添加标记 (例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”):鼠标指向待移动标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Move to ->

Group5” 将”F6L9.78” 添加到”Group5[*]”中; 对”SNP53”重复上述过程.

•从标记群中删除标记 (例如”Group4”中的”FRI”和”SNP254”):鼠标指向待删除标记” FRI”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Delete” 将”FRI”

从”Group4[*]”中删除; 对”SNP254”重复上述过程.