图谱构建教程

请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!
遗传连锁图谱构建
1.打开软件: QTL IciMapping 软件可通
过两种方式打开
•双击QTL IciMapping 软件在桌
面上的快捷图标
•从”所有程序”菜单中选择QTL
IciMapping 软件
2.软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或”右箭头”, 可以看到:
•软件所能处理的遗传群体类型
•共显性标记是如何编码的
•显性标记是如何编码的
•隐性标记是如何编码的
3.建立一个”新工程”
•单击”File”菜单
•选择”New Project”
•输入”工程名称”(例如, 图示中的工程名称为Tutorial)
和选择路径 (例如, 图示中
的路径为D:\)
•单击”OK”完成”新工程”创建
新建工程显示在”工程窗
口”中
所有与此工程相关的各种
输入/输出, 按特定的组织
形式自动保存在路
径”D:\Tutorial\...”下的各
种文件夹中
4.向新建工程中导入遗传群体
•单击”File”菜单, 然后选择
File -> Open File -> *.map
•或者单击”Open”, 然后选择
*.map (Linkage map
construction) 文件类型
•在文件列表中选择要打开的
群体 (例如: “C:\CAAS\QTL
IciMapping\Examples\MAP\
ArabidopsisRIL.map”)
•单击”打开(O)”完成
由此选择打开EXCEL
2003/2007文件
5.MAP功能浏览: MAP功能把窗口分为4部分•工程窗口
•标记整理信息和结果展示窗口
•锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口•参数选择/设置窗口
标记整理信息和结果展示窗口
锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口
参数选择/设置窗口工程窗口
6.标记分群
•单击Grouping下的
箭头, 软件将利用默
认/设定参数对标记
进行分群, 例如图例
中, 按LOD临界值
3.00 的标准分群
7.标记排序
•单击Ordering下的箭头, 软件将利用默认
/设定参数对标记进
行排序, 例如图例中,
利用nnTwoOpt算法
排序
遗传连锁图谱构建8.标记排序调整(此选
项可跳过, 调整的目
的是获得更短的图
谱)
•单击Rippling 下的箭
头, 软件将利用默认
/设定参数对标记顺
序进行调整, 例如图
例中, 利用SARF做标
准, 窗口大小为5
9.结果输出
•单击Outputting下的箭头, 软件将输
出作图结果, 例如
图例中, 输出成对
标记间的LOD值, 重
组率, 图距, 以及
QTL分析中用到的
输入文件这个图标只有在执行“Outputting”后才可用
10.绘制连锁图谱
•单击”MAP”图标•或者从”Figures”菜单中选择”Linkage Map”•单击”C<<“或”C>>”切换染色体
•单击”C-=“绘制所有染色体的图谱
10.绘制连锁图谱 (续)
•单击”C-=“右边的下箭头, 选择特定染色体绘制图谱•在作图区域右击鼠标, 以复制/打印/保存连锁图谱•连锁图谱可以保存成多种文件格式
遗传连锁图谱构建
11.在”结果展示窗口”中浏览结果文件
•在”工程窗口”的文件列表中, 双击待浏览的结果文件, 这个结果文件将显示在”
结果浏览窗口”, 图例中, 打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”
•所有输出结果文件保存在”D:\Tutorial\MAP\Arabidopsis\Results\...”中•“Tutorial”是工程的名称
•“MAP”指示软件的功能. 目前有7大功能
•“ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀
•“Results”是保存结果文件夹的名称
遗传连锁图谱构建
12.高级用户–锚定信息的管理
•清空作图结果: 鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsis.map”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Clear Results”, 然后在弹出的对话框中选择”OK”
•建立新的锚定信息群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Anchor”. 锚定信息群“Anchor1[0]”
出现在这个窗口内.
•向锚定信息群中添加标记 (例如”SNP71”和”SNP251”):鼠标指向待添加标记”SNP71”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Anchor to -> Anchor1”
将”SNP71” 添加到Anchor1中; 对”SNP251”重复上述过程.
遗传连锁图谱构建
13.高级用户–分组标记信息的管理
•建立新的标记群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Group”. 一个新群”Group5[0]”出现在这个窗口内.
•向新建标记群中添加标记 (例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”):鼠标指向待移动标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Move to ->
Group5” 将”F6L9.78” 添加到”Group5[*]”中; 对”SNP53”重复上述过程.
•从标记群中删除标记 (例如”Group4”中的”FRI”和”SNP254”):鼠标指向待删除标记” FRI”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Delete” 将”FRI”
从”Group4[*]”中删除; 对”SNP254”重复上述过程.
遗传连锁图谱构建
14.高级用户–排序标记(即连锁群)信息的管理
•连锁群间移动标记 (例如, 把“Chromosome5”和”Deleted Markers”中的一些标记移动到”Chromosome4”):鼠标指向所要移动的标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Move to -> Chromosome4”将”F6L9.78”移动
到”Chromosome4”; 对”SNP53”, “FRI”和”CNP254”重复上述过程.
•对连锁群”Chromsome4”再排序: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Ordering”实现对”Chromosome4”的重排序
•对连锁群重命名: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Rename”实现对”Chromosome4”的重命名, 或者…
•将连锁群上移或下移
•删除连锁群内的所有标记
•改变连锁群首尾标记的循序
遗传连锁图谱构建
15.高级用户–在EXCEL中管理遗传群体的信息
•工作表”GeneralInfo”定义遗传群体的一些基本信息, 每项信息占1行.
•工作表”Genotype”定义遗传群体中每个个体的标记型, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 其他列为标记型.
•工作表”Anchor”定义标记的锚定信息, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 第2列为锚定信息, 用正整数表示, 0表示未知锚定信息.
•EXCEL中管理遗传群体的注意事项
•从软件附带的EXCEL群体实例开始, 用这些实例做模板
•不要改变EXCEL工作表的名称
•确认信息的完整性, 不同工作表间无冲突. 例如, 工作表”GeneralInfo”定义群体大小为120, 那么工作表”Genotype”要包含121列. 每行第1列为标
记名称, 其他120列为标记型.
•文件名称, 标记名称, 性状名称中不包含空格.
如何构建整合图谱?
•选择软件的IMP功能
•向工程中导入待整合的
图谱. 例如, 把软件中附
带的”Arab_1.imp”打开.
•依次执行”Grouping”,
“Ordering”, “Rippling (可
选项)”, 和”Outputtin g”建
立整合图谱.
如果想要计算F2群体中, 2个显性标记间的重组率, 怎么办? •选择”Tool ->
2pointREC”
•选择群体类型
•选择标记类型
•输入不同标记型
下的观测样本量
•单击”RUN”
•浏览重组率的估
计值, 检验遗传连
锁的LOD值, 以及
位点间的图距等。