使用代谢组学发现新的生物标志物的效果

2. Introduction：
• 2.1 Advantages of metabolomics： ① Analyses of last step, integration; ② Known function, lower number; ③ Detectable in body fluids;
2. Introduction：
Metabolomics ，是特指新的、灵敏的 LC-MS 和 GCM S 技 术 进 行 分 析 。
• PCA(主成分分析)：经典PCA线性降维的基本思想是
对原变量空间进行旋转变换(方差最大化)以形成新的
变量矩阵和误差矩阵;即:先计算原变量(n维)相关系 数的协方差矩阵再按矩阵特征根由大到小顺序确定 出原变量线性组合后的新变量主成分,目标是尽量用 较少(一般2或3维)的独立主成分综合体现原多维变量
4.1 Studies with untreated control animals
Fig. 1. PCA of 670 plasma profiles of male and female control animals from 11 experiments performed within 1 year (distribution of profiles in space of first two principle components).
4. Results and Disscussion
• 4.1 Studies with untreated control animals • 4.2 Study with PB(Dose) • 4.3 Studies with compounds with different toxicological modes of action(PB,PTU,FLU) • 4.4 Studies with HPPD inhibitors
GC-MS:非极性碎片在酸性条件下水解形成脂肪酸 甲酯,在分析之前所有碎片要进行甲硫烷基化； LC-MS:两类碎片要在合适的溶液中进行复原 (reconstituted)； HPLC:样品在反相分离柱(reversed phase separation columns)上进行梯度洗脱。
• MS检测技术:MRM(multiple reaction monitoring) profiling－－Full screen(285,80,135;400.)
使用代谢组学发现新的生物标志物的效果 The use of metabolomics for the discovery of new biomarkers of effect
Contents：
• 1. Basic concept(基本概念)：
• 2. Introduction(引言)：
• 3. Materials and methods(材料及方法)：
Fig. 3. PLS-DA of plasma profiles from male rats dosed with PB, PTU and FLU representing the three different ToxMoA (PB: liver enzyme inducer, PTU: thyroid hormone formation blocker, and FLU: anti-androgenic agent (plasma of each animal measured in triplicate).
• 3.1 Animals and maintenance conditions • 3.2 Treatment of animals with compounds
PB(Phenobarbital,本巴比妥):Diet
PTU(propylthiouracil,丙基硫尿嘧啶):gavage
FLUHale Waihona Puke Baiduflutamide,氟他胺或氟硝基酰胺):gavage
• 4. Results and Discussion (结果讨论)：
• 5. Summary(总结)：
1. Basic concept：
• M e t a b o n o m i c s 和 M e ta b o l o m i c s ： 在 本 文 中
Metabonomics ，是特指用 NMR技术进行分析，而
2.2 The aim of this study： ①论证小鼠的血液代谢图谱(metabolomic profiling) 能够可靠、一致地分辨循环代谢物水平; ②识别并且确定在用已知作用模式的药物处理后,循 环代谢物特征性变化的标志; ③试图从代谢途径方面解释这些变化;
3. Materials and methods：
HPPD Inhibitors:BAS 670 H ,BAS 660 H: Diet • 3.3 Metabolite profiling • 3.4 Statistics
3.3 Metabolite profiling ：
• MS-based 的代谢图谱分析的血浆样品首先经过喷 射产生极性或非极性碎片：
4.2 Study with PB：
Fig. 2. PLS-DA of plasma profiles of male and female rats dosed with PB at dose of levels of 10, 100 and 1000 ppm for 7 days.
4.3 Studies with compounds with different toxicological modes of action
中蕴含的绝大部分(习惯上>85%)整体信息;在代谢组
学分析中,常通过得分图(score plot)以获得对样品分
类的信息;通过载荷图(loading plot)以发现可作为生
物标记物的变量。
• PLS-DA(偏最小二乘判别分析 )：是一种稳健的判 别分析统计方法,特别适合于解释变量数多且存 在着多重共线性,样本观测数少,且干扰噪声大的 情况。该法可以进行变量筛选，有效地克服变量 间的多重相关性，具有较好的可解释性。
3.4 Statistics
• 各实验组实验数据都是通过与各自对照进组行对照分析的；
• Normalized treatment group的意义是用于进一步数据分析和处理；
• PCA 和 PLS-DA 是通过 Simca-P+ Version 11 (Umetrics AB, Umea,Sweden) 进行的.