第三章生物信息数据库检索及其应用文稿演示

简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索
序列长度的检索限定词：[SLEN]
1510[SLEN]
简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索
（二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索
范围检索：中间用冒号连接
限制数据来源
限制数据来源
简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索
ras
ras[GENE]
检索限定词：
1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR]
简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索
特殊标志符的格式（核酸序列） ：
1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：19440733
特殊标志符的格式（核酸序列） ：
1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：19440733
2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456
限制检索
预检索/索引检索 检索史管理
详细匹配过程 剪贴板管理
限制检索
包含其余四种检索
简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
限制检索范围
限制检索范围
限制分子类型
排除某种类型 的序列
限制分子类型
限制基因位点
限制基因位点
限制序列片段的显示
限制序列片段的显示
序列数据库检索
➢ EMBL：(Sequence RetriLeabharlann Baiduval System, SRS)
➢ NCBI：（Entrez）是 NCBI为用户提供整合的 访问序列、定位、分类、 和结构数据的搜索和检索 系统。
NCBI
GenBank
NCBI网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov
EST :表达序列标记数据库
GSS :基因组测序序列数据 库
CoreNucleotide :包含所有 未被以上两个子数据库收 录的核苷酸序列
简介
检索界面
1、基本检索界面 2、跨库检索界面
简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索
数据库检索
它和互联网上通过搜索引擎(Search engine)查找需要的信 息是一个概念。 是数据库查询的一种
数据库搜索
定义：在分子生物信息学中有特定含义，它是指通过特定 的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中 与检测序列具有一定程度相似性的序列。 通过数据库搜索，可以在序列数据库中找出与该检测序列 (query sequence)具有一定相似性的序列。
1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN]
2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN]
3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT]
简介 检索界面
基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits） 索引检索（Preview/Index） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）
（4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019
（5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483
特殊标志符的格式（核酸序列）：
4 、 PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母 e.g.：１TUP
序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION]
➢ EMBL核酸序列数据库 查询检索通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。 数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 SRS的网址是：http://srs.ebi.ac.uk/。
➢ DDBJ数据库 使用主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析，DDBJ 的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。
特殊标志符的格式（核酸序列）：
3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号:
（1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492
（2）基因组的DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347
（3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907
第三章生物信息数据库检索及其应用文稿演示
分子生物学数据库的应用
可以分为两个主要方面
• 数据库查询(database query) • 数据库搜索(database search)。
数据库查询
定义：是指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信 息进行关键词匹配查找。 如：在蛋白质序列数据库SwissProt中输入关键词insulin( 胰岛素)，即可找出该数据库所有胰岛素或与胰岛素有关 的序列条目(Entry)
简介
GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（ NCBI）维护的一级核酸序列数据库。
GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。
简介 检索界面
1、基本检索界面
Nucleotide 数据库分为三个子数据库：
数据库查询、检索和搜索
在生物信息学中，数据库搜索是专门针对核酸和蛋白质序 列数据库而言，搜索的对象，不是数据库的注释信息，而 是序列信息
数据库查询和数据库搜索在生物信息学中是两个完全不同 的概念，所要解决的问题、所采用的方法和得到的结果均 不相同
核酸数据库序列查询系统
➢ GenBank 查询检索通过因特网上的序列查询系统(Entrez)服务完成。 NCBI的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov