5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析

畜牧兽医学报　２０１０，４１（１２）：１５１５－１５２２Ａｃｔａ　Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｉａ　ｅｔ　Ｚｏｏｔｅｃｈｎｉｃａ　Ｓｉｎｉｃａ５个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析白小青１，范首君２，王金勇１＊，刘　文１，郭宗义１，何道领２，陈四清１，王可甜１，付文贵１，陈　磊１，赵久刚１，蓝　静１，张　亮１（１．重庆市畜牧科学院，荣昌４０２４６０；２．重庆市畜牧技术推广总站，渝北４０１１２１）摘　要：为了分析５个重庆地方猪种的遗传多样性和系统发生关系，采用ＦＡＯ－ＩＳＡＧ联合推荐的２７个微卫星标记，以有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数为指标，评估了品种内遗传变异。

计算了Ｆ统计量、Ｎｅｉ氏遗传距离（ＤＡ）和Ｎｅｉ氏标准遗传距离（ＤＳ）并进行ＵＰＧＭＡ和ＮＪ聚类分析及主成分分析，进而探讨了品种间的遗传分化和亲缘关系。

结果，２７个微卫星座位共检测到５４２个等位基因，其中４３个等位基因为单一品种所特有。

５个猪种的遗传多样性丰富：有效等位基因数（Ｎｅ）在９．４９３　３～１１．０２８　０之间，期望杂合度（Ｈｅ）在０．８８９　７～０．９０９　１之间，多态信息含量（ＰＩＣ）在０．８６８　９～０．８９２　６之间。

Ｆ统计量分析表明，重庆地方猪种遗传分化明显（Ｐ＜０．００１），各群体内存在一定程度的近交。

２种聚类方法以ＮＪ法更为可靠。

５个猪种聚为两类，荣昌猪、渠溪猪和合川猪为一类，罗盘山猪和盆周山地猪为一类。

相关性分析表明，遗传距离与地理距离间无显著的相关（Ｐ＞０．０５）。

该研究结果为重庆地方猪种的保护和利用提供了重要的理论依据。

关键词：地方猪种；遗传多样性；微卫星标记；遗传距离；聚类分析中图分类号：Ｓ８２８；Ｑ３４５．６ 文献标识码：Ａ 文章编号：０３６６－６９６４（２０１０）１２－１５１５－０８Ｇｅｎｅｔｉｃ　Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｆｉｖｅ　Ｎａｔｉｖｅ　Ｐｉｇ　Ｂｒｅｅｄｓ　ｏｆ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　Ｂａｓｅｄｏｎ　Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ　ＤＮＡ　ＭａｒｋｅｒｓＢＡＩ　Ｘｉａｏ－ｑｉｎｇ１，ＦＡＮ　Ｓｈｏｕ－ｊｕｎ２，ＷＡＮＧ　Ｊｉｎ－ｙｏｎｇ１＊，ＬＩＵ　Ｗｅｎ１，ＧＵＯ　Ｚｏｎｇ－ｙｉ　１，ＨＥ　Ｄａｏ－ｌｉｎｇ２，ＣＨＥＮ　Ｓｉ－ｑｉｎｇ１，ＷＡＮＧ　Ｋｅ－ｔｉａｎ１，ＦＵ　Ｗｅｎ－ｇｕｉ　１，ＣＨＥＮ　Ｌｅｉ　１，ＺＨＡＯ　Ｊｉｕ－ｇａｎｇ１，ＬＡＮ　Ｊｉｎｇ１，ＺＨＡＮＧ　Ｌｉａｎｇ１（１．Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ａｎｉｍａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｒｏｎｇｃｈａｎｇ４０２４６０，Ｃｈｉｎａ；２．Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　Ｇｅｎｅｒａｌ　Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ　Ｓｔａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ａｎｉｍａｌ　Ｈｕｓｂａｎｄｒｙ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｙｕｂｅｉ　４０１１２１，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ　ｓｔｕｄｙ　ｗａｓ　ｃｏｎｄｕｃｔｅｄ　ｔｏ　ａｎａｌｙｚｅ　ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ａｎｄ　ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ　ｏｆ　ｆｉｖｅＣｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｉｎ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ．Ｕｓｉｎｇ　２７ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｒｅｃｏｍｍｅｎｄｅｄ　ｂｙｔｈｅ　Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ　Ｓｏｃｉｅｔｙ　ｆｏｒ　Ａｎｉｍａｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（ＩＳＡＧ）ａｎｄ　Ｆｏｏｄ　ａｎｄ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ　Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＦＡＯ），ｂｙ　ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ａｌｌｅｌｅｓ，ｅｘｐｅｃｔｅｄ　ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ，ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｃｏｎ－ｔｅｎｔ　ａｎｄ　ｏｔｈｅｒ　ｉｎｄｅｘｓ，ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ　ｗｉｔｈｉｎ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｗｅｒｅ　ｅｓｔｉｍａｔｅｄ．Ｂｙ　Ｆ－ｓｔａｔｉｓｔｉｃ，Ｎｅｉ’ｓ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ，Ｎｅｉ’ｓ　ｓｔａｎｄａｒｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ，ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｏｆＵＰＧＭＡ（ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ　ｐａｉｒ　ｇｒｏｕｐ　ｍｅｔｈｏｄ　ｗｉｔｈ　ａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　ａｖｅｒａｇｉｎｇ）ａｎｄ　ＮＪ（ｎｅｉｇｈｂｏｒ　ｊｉｏｎｉｎｇ）ａｎｄ　ｐｒｉｎｃｉｐａｌ　ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ　ａｎａｌｙｓｉｓ，ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ　ａｍｏｎｇ　ｆｉｖｅＣｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｗｅｒｅ　ｅｓｔｉｍａｔｅｄ．５４２ａｌｌｅｌｅｓ　ｗｅｒｅ　ｏｂｓｅｒｖｅｄ　ａｔ　２７ｌｏｃｉ，ａｎｄ　４３ａｌ－ｌｅｌｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅｍ　ｂｅｌｏｎｇｅｄ　ｔｏ　ｃｅｒｔａｉｎ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄ．Ａｂｕｎｄａｎｔ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｌｉｅｄ　ｉｎ　ｆｉｖｅ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎ－ｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ：ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ａｌｌｅｌｅｓ　ｏｆ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｖａｒｉｅｄ　ｆｒｏｍ　９．４９３　３ｔｏ　１１．０２８　０，收稿日期：２０１０－０２－０７基金项目：重庆市自然科学重点基金项目（ＣＳＴＣ２００５ＢＡ１００９）；重庆市重大科技攻关项目（ＣＳＴＣ２００６ＡＡ１００８）；国家十一五科技支撑计划项目（２００７ＢＡ５１Ｂ０１；２００７ＢＡ５１Ｂ０２）作者简介：白小青（１９７６－），男，陕西泾阳人，助理研究员，硕士，主要从事猪的遗传育种研究，Ｅ－ｍａｉｌ：ｊｅｆｆ４９９＠ｓｏｈｕ．ｃｏｍ＊通讯作者：王金勇，Ｅ－ｍａｉｌ：ｋｉｎｇｙｏｕ＠ｖｉｐ．ｓｉｎａ．ｃｏｍ畜　牧　兽　医　学　报４１卷　ｅｘｐｅｃｔｅｄ　ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ　ｆｒｏｍ　０．８８９　７ｔｏ　０．９０９　１，ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｃｏｎｔｅｎｔ　ｆｒｏｍ０．８６８　９ｔｏ　０．８９２　６．Ｆ－ｓｔａｔｉｓｔｉｃ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｉｍｐｌｉｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎ－ｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｗａｓ　ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ（Ｐ＜０．００１）ａｎｄ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｄｅｇｒｅｅ　ｉｎｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｅｘｉｓｔｅｄ　ｉｎ　ｅｖｅｒｙ　ｐｉｇｂｒｅｅｄ．Ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｓｈｏｗｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅ　ＮＪ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｗａｓ　ｍｏｒｅ　ｒｅｌｉａｂｌｅ　ｔｈａｎ　ＵＰＧＭＡ，ａｎｄｆｉｖｅ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ｐｉｇｓ　ｗｅｒｅ　ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ　ｉｎｔｏ　ｔｗｏ　ｇｒｏｕｐｓ．Ｒｏｎｇｃｈａｎｇ，Ｑｕｘｉ　ａｎｄＨｅｃｈｕａｎ　ｐｉｇｓ　ｗｅｒｅ　ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ　ｉｎｔｏ　ｏｎｅ　ｇｒｏｕｐ，Ｌｕｏｐａｎｓｈａｎ　ａｎｄ　Ｐｅｎｚｈｏｕｓｈａｎｄｉ　ｐｉｇｓ　ｗｅｒｅ　ｃｌｕｓｔｅｒｅｄｉｎｔｏ　ｔｈｅ　ｏｔｈｅｒ　ｏｎｅ．Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｓｈｏｗｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅｒｅ　ｗｅｒｅ　ｎｏ　ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ　ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ　ｂｅｔｗｅｅｎｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅｓ　ａｎｄ　ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅｓ（Ｐ＞０．０５）．Ｔｈｅ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｃｏｕｌｄ　ｐｒｏｖｉｄｅ　ｂａｓｉｃ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄａｔａ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ　ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ．Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ　ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ；ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ；ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒ；ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ；ｄｅｎ－ｄｒｏｇｒａｍ　ａｎａｌｙｓｉｓ 地方猪种是培育优质、高效、抗逆猪新品种（品系、配套系）不可或缺的育种素材。

在世界猪遗传变异日益枯竭的今天，地方猪种更是作为一种重要的战略贮备资源，以应对不断变化着的人类需求、多元化的市场以及可能出现的各种逆境。

重庆拥有荣昌猪、渠溪猪、合川猪、罗盘山猪和盆周山地猪５个地方猪种。

《中国猪品种志》将盆周山地猪与鄂西黑猪、湖南西部接壤地区的猪种统一命名湖川山地猪［１］。

荣昌猪是重庆５个地方猪种中开发利用最广的猪种，于２０００年和２００６年先后两次被列入国家畜禽遗传资源保护名录。

而渠溪猪、合川猪和罗盘山猪是重庆市畜禽品种委员会于２００６年审定的３个新的地方猪种。

切实保护这些地方猪种资源，对于重庆养猪业的持续健康发展具有重要的战略意义。

积极开展地方猪种遗传多样性评估工作是对其进行科学、有效保护的前提和基础。

目前，国内学者采用微卫星标记对中国地方猪种的遗传多样性现状做了大量的研究和探讨［２－５］。

但是，以往的研究只涉及到荣昌猪和盆周山地猪，并没有包含重庆其他３个猪种。

本研究采用国际动物遗传学会（ＩＳＡＧ）和联合国粮农组织（ＦＡＯ）共同推荐的２７个微卫星标记分析重庆５个地方猪种品种内的遗传变异和品种间的亲缘关系，旨在为重庆地方猪种的科学保护提供理论依据。

１　材料与方法１．１　样品采集随机选择品种特征明显，６月龄以上的种猪采集耳组织２７４头份。

采样信息如表１所示。

表１　５个猪品种的采样信息Ｔａｂｌｅ　１　Ｔｈｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｏｆ　５ｐｉｇ　ｂｒｅｅｄｓ　ａｂｏｕｔ　ｓａｍｐｌｅｓ　ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ品　种Ｂｒｅｅｄ简称Ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎ数量／头Ｑｕａｎｔｉｔｙ采样地点Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ　ｌｏｃａｔｉｏｎ荣昌猪ＲｏｎｇｃｈａｎｇＲＣ　６０重庆市种猪场渠溪猪Ｑｕｘｉ　ＱＸ　４９丰都县社坛乡等地农户合川猪Ｈｅｃｈｕａｎ　ＨＣ　５６合川市钱塘乡等地农户罗盘山猪Ｌｕｏｐａｎｓｈａｎ　ＬＰＳ　５４潼南县新胜等地农户盆周山地猪Ｐｅｎｚｈｏｕｓｈａｎｄｉ　ＰＺＳＤ　５５酉阳土家苗族自治县农户１．２　试剂与引物Ｔａｑ酶、ｄＮＴＰｓ、ＤＬ２０００Ｍａｒｋｅｒ购自ＴａＫａＲａ公司，ＰＢＲ３２２／ＭｓｐⅠＤＮＡ相对分子质量标准购自北京天根生物工程有限公司。

引物由北京赛百盛生物工程公司合成。

引物信息见表２。

１．３　微卫星ＤＮＡ多态性分析采用常规的酚／氯仿法抽提耳基因组ＤＮＡ。

ＰＣＲ反应体系：ＤＮＡ模板１μＬ，１０×ＰＣＲＢｕｆｆｅｒ　１．５μＬ，２５ｍｍｏｌ·Ｌ－１　ＭｇＣｌ２１．５～２．５μＬ，２．５ｍｍｏｌ·Ｌ－１　ｄＮＴＰｓ　２μＬ，正反向引物各１μＬ６１５１　１２期白小青等：５个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析（１０μｍｏｌ·Ｌ－１），Ｔａｑ　ＤＮＡ聚合酶（５Ｕ·μＬ－１）０．２５μＬ，加灭菌水至２０μＬ。