细菌的分类与命名
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细菌的分类与命名
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
亚种用subsp.表示 表示 亚种用
Pasteurella multocida subsp. septica
第三节 细菌的分类体系
目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 描述了各个属的性状及属内各种的简明比较 。 “国际系统与进化微生物学杂志”（International 国际系统与进化微生物学杂志” Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM）是细菌分类命名的世界公认 ） 的权威期刊。 的权威期刊。
第四节 细菌的鉴定
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。 一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的 分子水平的 鉴定主要限于专业实验室或作研究之用 。 1.形态学检查：标本涂片镜检 形态学检查： 形态学检查 2.病原菌分离鉴定 病原菌分离鉴定 分离培养：一般 ℃ 分离培养：一般37℃ 16-24h 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 血清学试验
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。 细菌命名与书写的基本原则。
Escherichia coli 属名 种名 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况： 几种不同的书写情况：
属名重复出现，可缩写 属名重复出现，
大肠杆菌）； 如：E.coli （大肠杆菌）；
S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌） 鸡白痢沙门氏菌）
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌得分类与命名细菌分类学细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。
它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（cｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。
细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。
细菌的分类及命名[知识研究]
![细菌的分类及命名[知识研究]](https://img.taocdn.com/s3/m/c4391392844769eae109ed8c.png)
着研究的深入科属的划分会发生变动
专业知识
8
1、属（genus）性状相近、关系密切的 若干菌种组成一个菌属，与其他属有明 显差异。
2、种（species）是细菌学分类的最基本 单元，生物学性状基本相同的细菌群体 归成一个菌种。
3 、 菌 株 （ strain ） 是 不 同 来 源 的 某 一 种 细菌的纯培养物。
细菌的分类及命名
一、 细菌的分类地位 二、 细菌的命名 三、 细菌分类鉴定的标准 四、 细菌的分类体系 五、 细菌的鉴定
专业知识
1
一、细菌分类学——对细菌进行分类， 命名与鉴定的 一门学科。
任务：
•在全面了解细菌生物学特征的基础上， 研究它们的种类，探索其起源，演化以 及与其他类群之间的亲缘关系，进而提 出能反映自然发展的分类系统，并将细
专业知识
11
例如 大肠埃希菌的学名全名是：
Escherichia coli(Migula) Castellani et
Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
专业知识
12
金黄色葡萄球菌的学名为：
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
专业知识
14
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
专业知识
15
5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌， 其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)； 如果同属未定种名的若干菌株，则用 spp． (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ， 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
细菌的分类与命名
细菌的分类方法
传统分类法是临床细菌学检验的基础和依据。这种分
类法的参考书是：
Bergey’s manual of systemic bacteriology
Manual of clinical microbiology
世界畅销书
Diagnostic microbiology
全国临床检验操作规程
中文教科书
标准菌株的用处
(1)标准菌株的典型特征是实验室菌株分 类和鉴定的依据，其种名也是实验室菌 株命名的依据。 (2)标准菌株是临床细菌学检验质量控制 的标准。 (3)在科研中，如涉及细菌，必须使用标 准菌株作为参考菌株或直接使用标准菌 株作为实验材料，否则论文不能公开发 表或不能参加科研成果评定。
2．细菌的命名
(2)数值分类法：分类标记不分主次，而是同等重要看
待（等重要原则）。一般要选用50项以上的生物学特
征作为分类的依据，此分类法是细菌鉴定仪器化、自
动化、电算化的基础和原则，此法称数值分类法。
2．遗传学分类法：CDC分类系统
(1)DNAG+Cmol%测定：用加热变性法测定 两株菌G+Cmol%鉴别 1)不同属:两株菌DNAG+Cmol%相差1015%及以上 2)同属:两株菌DNAG+Cmol%之差<10-15% 3)同种不同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 ≤4-5% 4)同种同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 <2%
因为细菌的分类常使用科、属、种、型等分类单位，
细菌的科、属、种、型的数量大，为满足细菌分类需
要，常要求对细菌的科、属、种等进行命名，如
沙门
福氏志贺菌
志贺菌属 鲍特志贺菌
第6章细菌的分类和命名
凡是16S rRNA序列同源性大于97％的两株细菌， 即可确定为同一种。
第6章细菌的分类和命名
亚种 是指同一菌种的各个细菌，虽然基本性 状基本相同，但是在某些方面仍有一定差异，差 异较明显的称为亚种，差异不明显的称为型。
新种 是指权威性的分类、鉴定手册种从未记 载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
第6章细菌的分类和命名
鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定 未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属 分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 (分类系统建立过程中的步骤之一)
第6章细菌的分类和命名
第一节 细菌的分类地位
细菌过去归属植物界，自1974年以来，划为原核生物。
细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌；
广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、 衣原体、支原体、立克次体和螺旋体；
狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、最 具代表性。
细菌的分类层次 与其他生物相同，也是界、门、纲、目、 科、属、种。在细菌中常用属和种。
第6章细菌的分类和命名
第6章细菌的分类和命名
第6章细菌的分类和命名
古细菌
I. 是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极 端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。
II. 这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期 产物，因此称之为古细菌。
III. 在兽医微生物学中，不占重要地位。
第6章细菌的分类和命名
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查 考和索取。
第6章细菌的分类和命名
第二节 细菌的命名
依据“国际细菌命名法规”的规定，采用拉丁双名法，
第6章细菌的分类和命名
亚种 是指同一菌种的各个细菌，虽然基本性 状基本相同，但是在某些方面仍有一定差异，差 异较明显的称为亚种，差异不明显的称为型。
新种 是指权威性的分类、鉴定手册种从未记 载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
第6章细菌的分类和命名
鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定 未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属 分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 (分类系统建立过程中的步骤之一)
第6章细菌的分类和命名
第一节 细菌的分类地位
细菌过去归属植物界，自1974年以来，划为原核生物。
细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌；
广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、 衣原体、支原体、立克次体和螺旋体；
狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、最 具代表性。
细菌的分类层次 与其他生物相同，也是界、门、纲、目、 科、属、种。在细菌中常用属和种。
第6章细菌的分类和命名
第6章细菌的分类和命名
第6章细菌的分类和命名
古细菌
I. 是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极 端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。
II. 这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期 产物，因此称之为古细菌。
III. 在兽医微生物学中，不占重要地位。
第6章细菌的分类和命名
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查 考和索取。
第6章细菌的分类和命名
第二节 细菌的命名
依据“国际细菌命名法规”的规定，采用拉丁双名法，
细菌的分类及命名
Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
金黄色葡萄球菌的学名为：
金黄色葡萄球菌的学名为 命名年份
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种：
①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。
②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其 性状的相似程度归类定位。
在进行数值分类时
需要选择分类单位（菌株、种或属）→将 性状编码→按公式计算出相似度（S矩阵） →进行系统聚类→画出相似矩阵图→最后 转绘树状普（dendrogam）
计算相似度的公式为：
属名葡萄球菌 种名金黄色 命名人的姓
恶臭消化链球菌的学名
改名者
Peptostreptococcus foetidus （ Veillon ）Smith
属名消化链球菌 种名恶臭 原命名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
研究细菌的种系发生关系主要采用三种 方法： 1）测定DNA碱基(G+C)mol％ 2）核酸分子杂交 3）16SrRNA寡核苷酸编目
金黄色葡萄球菌的学名为：
金黄色葡萄球菌的学名为 命名年份
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种：
①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。
②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其 性状的相似程度归类定位。
在进行数值分类时
需要选择分类单位（菌株、种或属）→将 性状编码→按公式计算出相似度（S矩阵） →进行系统聚类→画出相似矩阵图→最后 转绘树状普（dendrogam）
计算相似度的公式为：
属名葡萄球菌 种名金黄色 命名人的姓
恶臭消化链球菌的学名
改名者
Peptostreptococcus foetidus （ Veillon ）Smith
属名消化链球菌 种名恶臭 原命名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
研究细菌的种系发生关系主要采用三种 方法： 1）测定DNA碱基(G+C)mol％ 2）核酸分子杂交 3）16SrRNA寡核苷酸编目
细菌的分类与命名
第四节 细菌的鉴定
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的 鉴定主要限于专业实验室或作研究之用 。 1.形态学检查：标本涂片镜检 2.病原菌分离鉴定
分离培养：一般37℃ 16-24h
细菌鉴定：菌落特、形态、染色特征、生化试验、 血清学试验
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。
几种不同的书写情况：
属名重复出现，可缩写
如：E.coli （大肠杆菌）；
S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
亚种用subsp.表示
Pasteurella multocida subsp. septica
纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种， 其次是属。科及科以上的划分在细菌学不太完善，细菌中 常用属和种。
属（genus）：具有共性的若干种的组合，应与其它属有
明显的差异。
种（species）：细菌分类的基本单位。生物学性状基本 相同的细菌群体构成一个菌种。
菌株（strain）
对不同来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同 一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同， 次要性状可稍有差异，通常用地名或动物名的缩写 加编号作菌株名。 如: Aeromonas hydrophila J-1 标准菌株：具有某种细菌典型特征的菌株。
第二节
细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，
学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”
就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部 分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 字。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。 如：
第6章细菌分类与命名
兽医微生物学
第六章
细菌的分类与命名
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
目的要求
掌握细菌学常用的分类单位； 掌握细菌的命名及鉴定； 了解细菌分类鉴定的标准及其分类方法。
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
主要内容
细菌的分类地位（重点） 细菌的命名（重点） 细菌分类鉴定的标准（了解） 细菌的分类方法（了解） 细菌的分类体系（了解） 细菌的鉴定（重大的是
《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌 进行分类鉴定的主要参考书。
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室。 目前常用的细菌鉴定方法为表型特征鉴定法。 鉴定工作分三个步骤： ①获得该微生物的纯培养物 ②测定一系列必要的鉴定指标 ③查找权威性的鉴定手册。
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
（一）形态学和生理生化特征
1．形态学特征 （1）细菌形态：形状、大小、排列 （2）培养特征：菌落特征 （3）特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子 （4）染色反应：革兰、抗酸 （5）内含物：异染颗粒、伴孢晶体 （6）运动性：
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
在出版物中排成斜体。
而中文译名与拉丁文名顺序正好相反，即种名在前，属名在后。
如金黄色葡萄球菌： Staphylococcus aureus
（属名）
葡萄球菌
（种名）
金黄色
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
只确定属名，未确定种名的某一株细菌，则在属名后加sp. （正体字）；如同属未定种名的若干菌株，则用spp. （species复数的简写）代替sp.。 如果是新种，则在学名后加上“sp. Nov.”，如 Lawsonia intracellularis gen. nov.,sp. nov.，译 为胞内劳森菌，新属，新种。 亚种用ssp.或subsp.（正体字），如Pasteurlla multocida ssp. septica，译为多杀性巴氏杆菌败血亚 种。
第六章
细菌的分类与命名
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兽医微生物学
目的要求
掌握细菌学常用的分类单位； 掌握细菌的命名及鉴定； 了解细菌分类鉴定的标准及其分类方法。
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兽医微生物学
主要内容
细菌的分类地位（重点） 细菌的命名（重点） 细菌分类鉴定的标准（了解） 细菌的分类方法（了解） 细菌的分类体系（了解） 细菌的鉴定（重大的是
《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌 进行分类鉴定的主要参考书。
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兽医微生物学
DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室。 目前常用的细菌鉴定方法为表型特征鉴定法。 鉴定工作分三个步骤： ①获得该微生物的纯培养物 ②测定一系列必要的鉴定指标 ③查找权威性的鉴定手册。
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兽医微生物学
（一）形态学和生理生化特征
1．形态学特征 （1）细菌形态：形状、大小、排列 （2）培养特征：菌落特征 （3）特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子 （4）染色反应：革兰、抗酸 （5）内含物：异染颗粒、伴孢晶体 （6）运动性：
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在出版物中排成斜体。
而中文译名与拉丁文名顺序正好相反，即种名在前，属名在后。
如金黄色葡萄球菌： Staphylococcus aureus
（属名）
葡萄球菌
（种名）
金黄色
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兽医微生物学
只确定属名，未确定种名的某一株细菌，则在属名后加sp. （正体字）；如同属未定种名的若干菌株，则用spp. （species复数的简写）代替sp.。 如果是新种，则在学名后加上“sp. Nov.”，如 Lawsonia intracellularis gen. nov.,sp. nov.，译 为胞内劳森菌，新属，新种。 亚种用ssp.或subsp.（正体字），如Pasteurlla multocida ssp. septica，译为多杀性巴氏杆菌败血亚 种。
微生物检验知识之细菌的分类与命名
微生物检验知识之细菌的分类与命名微生物检验知识之细菌的分类与命名细菌如何分类你知道吗?你对细菌的分类了解吗?下面是yjbys店铺为大家带来的关于细菌的分类的知识，欢迎阅读。
一、微生物在生物化学分类中的地位(一)细菌与原核生物界细菌、衣原体、立克次体、螺旋体、放线菌、支原体归属于原核生物界其分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种(二)真菌与真菌界真菌是真核细胞型微生物，归属真菌界(三)病毒与病毒界病毒没有典型的细胞结构，归属于病毒界病毒的`分类等级依次为科、属、种二、细菌的分类单位、系统和命名(一)细菌的分类单位细菌的分类等级为界、门、纲、目、科、属、种。
临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。
种是细菌分类的基本单位。
形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成属;相近的属归为科，依次类推。
标准菌株：具有该种细菌典型特征的菌株在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据标准菌株也可作为质量控制的标准(二)细菌的命名采用拉丁文双命名法：属名 (名词大写) + 种名 (形容词小写)(印刷用斜体)例: Mycobacterium tuberculosis中文名: 种名 + 属名例: 结核分枝杆菌(三)细菌的分类系统目前国际上普遍采用伯杰分类系统。
也有采用CDC(美国疾病预防和控制中心)分类系统。
三、细菌的分类方法(一)生理学与生物化学分类法1.传统分类法原则：生物的基本性质主次原则。
按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。
科、属、种的分类主要依靠生化特性和抗原结构。
2.数值分类法原则：细菌的基本性质同等重要原则采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条，检测细菌的数十个生理生化特性。
阴阳性结果—数字—电子计算机进行计算—比较、测定相似度—区分细菌的种群—确定细菌亲缘关系(二)遗传学分类法以细菌的核酸、蛋白质等在组成上的同源程度分类。
目前较为稳定的遗传学的分类方法有下列几种：1.DNA G+C mol测定，简称G-C比。
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
一．细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以 不同等级编排系统。分类有两种：
1. 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。
细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名
01
称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名
○ 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 ○ 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌
（Clostridium perfringens） ○ 属名在前，字首字母要大写，其余小写 ○ 整个属名及种名在出版物中应排成斜体 ○ 中文译名，种名在前，属名在后
二．分类学文献中的细菌拉丁文学名， 属名和种名之后，往往还要加上首次 定名人（加括号）、现名定名人和现 名定名年份，这些均用正体排字。
○ 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， ○ Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
如果是新种，在新种的 拉丁文学名之后还要加 上“sp.nov。”，nov 是novel的缩写。
例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.， 译为：胞内劳森菌，新 属新种。
○ 一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和 种名之后的部分均予省略。
○ 如：Escherichia coli
例如
大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli， Castellani及Chalmers于1919年改为现名。
医学类-临床细菌学-细菌的分类与命名
一、生理学与生化学分类法
细菌的形态、染色以及特殊结构是 最早的分类依据,方法有传统分类 和数值分类法两种。
1．传统分类法 19世纪以来,以形态 生理特征为依据选择稳定的生物学 性状,如形态结构、染色性、培养 特性、生化反应、抗原性作为分类 依据,然后按主次顺序逐级区分。 使用方便,分类亦明确,但有主观 性。
基因型分类法有如下几种:
1．DNAG+C mol ％测定 DNA 分子两条链上 4种碱基的总分子量为
100, 测定其中G+C或A／T摩尔百分比 ,能反映 出细菌间 DNA分子同源程度 ,习惯上以 G+C作为 细菌分类标记。不同菌属间的 G+C mol ％范围 很大,在25％─75％之间,但同一种细菌 G+C mol％相当稳定 ,不受菌龄、培养条件和其他 外界因素影响 ,亲缘关系越近的细菌 ,它们 G+C mol ％越相近。
现代科学技术，不是单单研究一
括：① 救护、 求食的 本能行 为。如 动物受 伤会舐 其伤口 、遇热 会避入 水中， 人与动 物一样 有着本 能救护 。人类 的求食 本能在 寻找食 物时， 逐渐发 现了葱 、姜、 蒜、粳 米、薏 米等虽 为食物 或调味 品，却 具有治 病作用 ；②生 活经验 创造了 医学。 先古人 类通过 劳动制 造出利 器，从 而产生 了砭石 、骨针 等医疗 器具， 逐渐掌 握了运 用工具 治疗疾 病的经 验。与 此同时 ，人们 发现活 动肢体 可以舒 筋活络 ，强身 健体， “导引 术”、 “五禽 戏”的 形成， 也是古 代人们 积累生 活经验 后产生 的保健 养生观 ；③医 、巫的 合与分 。由于 原始人 受制于 智力尚 未开化 ，对自 然界的 变化以 及宇宙 间的一 切反常 现象， 心存恐 惧，难 以做科 学、合 理的解 释，因 而误以 为有超 自然的 力量主 宰其中 。故巫 、医合 流曾是 中、西 医学共 有的一 段历史 。
细菌的形态、染色以及特殊结构是 最早的分类依据,方法有传统分类 和数值分类法两种。
1．传统分类法 19世纪以来,以形态 生理特征为依据选择稳定的生物学 性状,如形态结构、染色性、培养 特性、生化反应、抗原性作为分类 依据,然后按主次顺序逐级区分。 使用方便,分类亦明确,但有主观 性。
基因型分类法有如下几种:
1．DNAG+C mol ％测定 DNA 分子两条链上 4种碱基的总分子量为
100, 测定其中G+C或A／T摩尔百分比 ,能反映 出细菌间 DNA分子同源程度 ,习惯上以 G+C作为 细菌分类标记。不同菌属间的 G+C mol ％范围 很大,在25％─75％之间,但同一种细菌 G+C mol％相当稳定 ,不受菌龄、培养条件和其他 外界因素影响 ,亲缘关系越近的细菌 ,它们 G+C mol ％越相近。
现代科学技术，不是单单研究一
括：① 救护、 求食的 本能行 为。如 动物受 伤会舐 其伤口 、遇热 会避入 水中， 人与动 物一样 有着本 能救护 。人类 的求食 本能在 寻找食 物时， 逐渐发 现了葱 、姜、 蒜、粳 米、薏 米等虽 为食物 或调味 品，却 具有治 病作用 ；②生 活经验 创造了 医学。 先古人 类通过 劳动制 造出利 器，从 而产生 了砭石 、骨针 等医疗 器具， 逐渐掌 握了运 用工具 治疗疾 病的经 验。与 此同时 ，人们 发现活 动肢体 可以舒 筋活络 ，强身 健体， “导引 术”、 “五禽 戏”的 形成， 也是古 代人们 积累生 活经验 后产生 的保健 养生观 ；③医 、巫的 合与分 。由于 原始人 受制于 智力尚 未开化 ，对自 然界的 变化以 及宇宙 间的一 切反常 现象， 心存恐 惧，难 以做科 学、合 理的解 释，因 而误以 为有超 自然的 力量主 宰其中 。故巫 、医合 流曾是 中、西 医学共 有的一 段历史 。
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第七章 细菌的分类与命名
第六节 三、鉴定程序
细菌的鉴定
革兰氏阳性 细菌
革兰氏阴性 细菌
球 菌
杆 菌
产生芽孢 革兰 氏阳 性大杆菌
丝状及树 枝状
无芽 孢
抗酸染色 阳性
抗酸染色 阴性
球菌/球
杆
杆菌
菌
MZN染色 MZN染色
阳性
阴性
弧状杆
丝状
菌
菌
中等大小 杆菌
螺旋状 菌
第六章 细菌的分类与命名
1、 细菌的分类地位
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。
第七章 细菌的分类与命名
第六节 细菌的鉴定
二、鉴定方法
除按表型特征、DNA同源性或rRNA序列比较等方 法鉴定细菌外，还有用其他方法，如测定细菌的脂 肪酸组成，用气相－液相－质谱分析细菌的脂肪酸 谱，每一种细菌的脂肪酸谱是恒定的，可重复性好， 因此此法可用于细菌的鉴定或分类，往往结合常规 方法参照应用。在有条件 的单位可用PCR技术检测 鉴定细菌。
生物的界级分类学说
生物的界级分类学说： 在认识发展过程的不 同阶段存在对生物分 类的不同观点。
如：二界系统、三界 系统、四界系统、五 界系统、六界系统和 三原界系统直至三域 学说.
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
三原界系统是1978年由R.H.Whittaker和 L.Margulis提出的。
所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进 化路线，就形成了三个原界：古细菌 （Archaebacteria）原界、真细菌(Eubacteria) 原界、真核生物(Eucaryotes)原界.
3. 国际系统与进行微生物学杂志（
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM ）： 是细菌分类命名的世界公认的权威期刊 ，由国际微生物学会联合会（
International Union of Microbiological Societies）于1901年创刊出版。
1、生物界的分类 地球上的物种估计大约有200万种，其中微生物超过 10万种，而且其数目还在不断增加。（因已知微生物 仅10%，已开发利用的是已知的1%。）
在生物进化历史过程中演化形成生 物种类和种群的多样性。
生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史，揭 示各类生物的多样性及其系统发生关系，编制分类系统， 还原生物的自然历史位置。
第四节 细菌分类的方法
二、数值分类法
原理是根据数值分析，借助电子计算 机，将拟分类的细菌按其性状相似程度归类定 位。
第七章 细菌的分类与命名
第五节 细菌的分类体系
一、伯吉氏系统学手册 二、原核生物 三、国际系统与进化微生物学杂志 四、国际著名的菌种保藏机构
第七章 细菌的分类与命名
第六节 细菌的鉴定 一、分类培养
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的哪个分类类群的过程。
☆命名是根据国际命名法规给每一微生物类群及种类以科学的名称。
模式种： 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型
菌株（type strain）当其具体代表，此即该种 的模式种（type species ）。
过去分类：植物界 1974年后：原核生物
原核生物：
古细菌（Archaea）：是一个独特的系统进化类别， 产甲烷、极端耐盐、高度嗜热、细胞壁组成 与细菌不同。
细菌（Bacteria）:衣原体、立克次氏体、霉形体、螺 旋体、放线菌、蓝细菌、光合细菌等
分类系统：纲、目、科、属、种
属（Genus, genera）：具有若干共性的种的组合，与其
三域:
细菌域(Bacteria)
古生菌域 (Archaea)
真核生物域 (Eukarya)
人类对微生物的认识 水平是生物界级
分类的核心
三域学说(three domains theory)及其 生物进化谱系树
微生物的进化地位：
通过放射性元素的计时技术，测得地球年龄约有45-46亿 年。从最古老的微生物化石叠层岩中发现，类似细菌的 生物在约35亿年前就已出现，此时地球开始由化学进化 转入到生物进化阶段（此时为单极生态系，最早出现的 生命形态主要是古生菌）；
第七章 细菌的分类与命名
第二节 细菌的命名
一、俗名法
约定俗成的名字
二、学名法
细菌的命名依据“国际细菌命名法规”的 规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓 “双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属名 和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写， 其余均应小写，即使科名是以人名或地名命名 的，种名头一个字母也用小写。整个属名及种名
化石资料、形态学、比较胚胎学
高等动植物分类
较正确反映其系统发育
3、 细菌的分类依据
过去的细菌分类鉴定依据：形态、染色、培养、细胞 壁结构、生理生化特点、抗原特性。
现在研究细菌种系发生关系主要采用三种方法： 测定DNA碱基(G+C) mol% 核酸分子杂交(DNA-DNA hybridization) 16S rRNA 寡核苷酸编目(16S rRNA oligonucleotide catalog)
原则：各种性状等重要，用多菌株比较。 优点：科学、规范 缺点：需要电子计算机
双歧检索条目分类法：选择一项或多项 被认为是最主要的性状作为分类指征， 在最高一级的分类等阶上将细菌分成若 干类；然后选择数项次要性状为指征， 将细菌作次一等阶分类，依此类推，一 直划分到种。
优点：简明、实用
缺点：带有人为因素
本章内容提要
1 生物界的分类 2 微生物的分类学 3 分类单元和分类名词 4 微生物的命名 5 进化指针的选择 6 微生物分类鉴定的特征和技术 7 微生物的分类系统
教学提示：
*重点掌握各分类单元名称、微生物命名原则
*了解微生物的进化地位和分类系统。
*难点是分类学的名词术语和常见常用微生物的 拉丁文学名，但又是必须掌握的。要求掌握的 较重要的常见常用微生物共约30个学名，希望 同学们认真领会、记忆，这是回避不了的，是 《微生物学》学习的基本功。
第七章 细菌的分类与命名
第三节 细菌分类鉴定的标准
一、表型特征鉴定
长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型特征，即形 态、染色、培养、细胞壁结构、生理生化及抗原性的特征。
二、种系发生关系鉴定
测定DNA中G+Cmol% 核酸杂交法 16sRNA寡聚核苷酸序列
第七章 细菌的分类与命名
第四节 细菌分类的方法
例如：
两歧双歧杆菌的大量菌株中，只有“ATCC29521”菌 株才是模式种
型(form): 亚种以下的细分，仅作若干变异型的后缀使用. 当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新
的亚种时，可以细分为不同的型。 例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型；另有形态 变异型、致病变异型等
纯培养(物): 在微生物学中,在人为规定的条件下培养、繁殖得到的微
三域:
细菌域(Bacteria)
古生菌域 (Archaea)
真核生物域 (Eukarya)
人类对微生物的认识 水平是生物界级
分类的核心
三域学说(three domains theory)及其 生物进化谱系树
有人认为，如果把地球年龄比喻为一年的话， 则微生物诞生的时间是在3月20日左右，人 类出现的时间是12月31日下午7时左右，所 以可以毫不夸张地说，微生物是一切生物 （包括人类）的“老前辈”。
内共生学说——主要是L. Margulis的贡献.
L. Margulis 的真核细胞共生起源假说
三 原 界 系 统
三 域 学 说 的 建 立
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese 16S rRNA——分子计时器（molecular chronometers）或 分子尺、或进化钟（evolutionary clock）
生物群体称作培养物（culture）,只有一种微生物的培 养物称作纯培养物（pure culture）.在实际工作中，纯 培养常以试管斜面或试管液体形式存在.
双名法：
每一种细菌的拉丁名称由属名和种名二 部分组成，属名第一个字母必须大写，其余 均小写。如大肠杆菌的学名：Escherichia coli, E coli。
在现代细菌分类中，在属名和种名之后
，还加上首次定名人（加括号）、现定
名人和现名定名年份，用正体字。如大 肠杆菌的学名：Escherichia coli （ Migula）Castellani et Chalmers 1919, 指 Migula 于1895年命名此菌为Bacillus coli, Castellani 及 Chalmers 于1919年改为现 名。
他属有明显的差异。
种（Species）：微生物分类的基本单元，是一群性质相
似的菌株，与其他菌株群体有明显差异。
菌株（Strain）：是不同来源的某一种细菌的纯培养物。
同一种细菌有许多菌株，其主要性状应完全相同。
2、 细菌的命名
国际细菌命名法规（The International Code of Nomenclature of Bacteria）
2、微生物分类学
经典分类学：按微生物 表型特征分类
表型特征：形态学、生理生化学、生 态学等，推断微生物的系统发育。
微生物系统学： 按亲缘关系和进 化规律分类
表型特征结合分子水平上的基因型特 征（如16S rRNA)，探讨微生物进化 地位、系统发育关系并进行分类鉴定。
★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名
发现蓝细菌类原核生物是在21亿年前,此时已进化到双极 生态系统，并且地球大气开始由无氧变成有氧，并且开 始有了阻挡紫外线的臭氧层，之后出现真核微生物；