细菌的分类与命名
细菌的分类与命名
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
亚种用subsp.表示 表示 亚种用
Pasteurella multocida subsp. septica
第三节 细菌的分类体系
目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 描述了各个属的性状及属内各种的简明比较 。 “国际系统与进化微生物学杂志”（International 国际系统与进化微生物学杂志” Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM）是细菌分类命名的世界公认 ） 的权威期刊。 的权威期刊。
第四节 细菌的鉴定
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。 一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的 分子水平的 鉴定主要限于专业实验室或作研究之用 。 1.形态学检查：标本涂片镜检 形态学检查： 形态学检查 2.病原菌分离鉴定 病原菌分离鉴定 分离培养：一般 ℃ 分离培养：一般37℃ 16-24h 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 血清学试验
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。 细菌命名与书写的基本原则。
Escherichia coli 属名 种名 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况： 几种不同的书写情况：
属名重复出现，可缩写 属名重复出现，
大肠杆菌）； 如：E.coli （大肠杆菌）；
S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌） 鸡白痢沙门氏菌）
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌得分类与命名细菌分类学细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。
它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（cｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。
细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。
细菌的分类及命名[知识研究]
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着研究的深入科属的划分会发生变动
专业知识
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1、属（genus）性状相近、关系密切的 若干菌种组成一个菌属，与其他属有明 显差异。
2、种（species）是细菌学分类的最基本 单元，生物学性状基本相同的细菌群体 归成一个菌种。
3 、 菌 株 （ strain ） 是 不 同 来 源 的 某 一 种 细菌的纯培养物。
细菌的分类及命名
一、 细菌的分类地位 二、 细菌的命名 三、 细菌分类鉴定的标准 四、 细菌的分类体系 五、 细菌的鉴定
专业知识
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一、细菌分类学——对细菌进行分类， 命名与鉴定的 一门学科。
任务：
•在全面了解细菌生物学特征的基础上， 研究它们的种类，探索其起源，演化以 及与其他类群之间的亲缘关系，进而提 出能反映自然发展的分类系统，并将细
专业知识
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例如 大肠埃希菌的学名全名是：
Escherichia coli(Migula) Castellani et
Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
专业知识
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金黄色葡萄球菌的学名为：
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
专业知识
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3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
专业知识
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5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌， 其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)； 如果同属未定种名的若干菌株，则用 spp． (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ， 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌的分类与命名-微生物命名规则细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学 (taxonomy)就是指对细菌进行分类、命名与判定的一门学科。
它的任务就是在全面认识细菌的生物学特色的基础上,研究它们的种类 ,探究其发源、演化以及与其她类群之间的亲缘关系,从而提出能反应自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包含三个方面:分类 (classification)、命名 (nomenclature)与鉴定 (identification) 。
一、基本观点1、细菌分类就是依据每种细菌各自的特色,并依照它们的亲缘关系分门别类 ,以不一样样级编排成系统。
分类有两种 :①以细菌的形态与生理生化特征为依照的表型特色分类法 ,包含有传统分类法 (classical classification)与数值分类法(numerical classification);②用化学剖析与核酸剖析,以细菌大分子物质 (核酸、蛋白质 )构造的同源程度进行分类称种系分类 (phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2、细菌命名在分类基础上 ,赐予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中互相沟通成为可能。
依照细菌命名的法例,能保证全部的科研工作者以相同方式赐予细菌命名。
3、细菌判定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适合地点与已知细菌比较其相像性 ,用对照剖析方法确立细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采纳已知菌的名称 ,不一样者则按命名原则确立一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级与其她生物相同,挨次为界 (kingdom)、门(division) 、纲 (class)、目(order)、科 (family) 、属 (genus)、种 (species)。
细菌属于原核生物界 (procaryotae),包含有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体。
微生物检验知识之细菌的分类与命名
微生物检验知识之细菌的分类与命名微生物检验知识之细菌的分类与命名细菌如何分类你知道吗?你对细菌的分类了解吗?下面是yjbys店铺为大家带来的关于细菌的分类的知识，欢迎阅读。
一、微生物在生物化学分类中的地位(一)细菌与原核生物界细菌、衣原体、立克次体、螺旋体、放线菌、支原体归属于原核生物界其分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种(二)真菌与真菌界真菌是真核细胞型微生物，归属真菌界(三)病毒与病毒界病毒没有典型的细胞结构，归属于病毒界病毒的`分类等级依次为科、属、种二、细菌的分类单位、系统和命名(一)细菌的分类单位细菌的分类等级为界、门、纲、目、科、属、种。
临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。
种是细菌分类的基本单位。
形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成属;相近的属归为科，依次类推。
标准菌株：具有该种细菌典型特征的菌株在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据标准菌株也可作为质量控制的标准(二)细菌的命名采用拉丁文双命名法：属名 (名词大写) + 种名 (形容词小写)(印刷用斜体)例: Mycobacterium tuberculosis中文名: 种名 + 属名例: 结核分枝杆菌(三)细菌的分类系统目前国际上普遍采用伯杰分类系统。
也有采用CDC(美国疾病预防和控制中心)分类系统。
三、细菌的分类方法(一)生理学与生物化学分类法1.传统分类法原则：生物的基本性质主次原则。
按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。
科、属、种的分类主要依靠生化特性和抗原结构。
2.数值分类法原则：细菌的基本性质同等重要原则采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条，检测细菌的数十个生理生化特性。
阴阳性结果—数字—电子计算机进行计算—比较、测定相似度—区分细菌的种群—确定细菌亲缘关系(二)遗传学分类法以细菌的核酸、蛋白质等在组成上的同源程度分类。
目前较为稳定的遗传学的分类方法有下列几种：1.DNA G+C mol测定，简称G-C比。
细菌的分类与命名
志”（IJSEM）原名“国际系统细菌学杂志” （IJSB）发表，如在其他杂志发表，必须提
交论文副本给该杂志公布，两年后无异议，
所提出的新细菌名称才能生效。
第二节 细菌的命名
• 细菌的命名依据国际细菌命名法规采用 “双名法”命名。即用“属名”加“种名” 来表示一个生物的学名。
• 书写时“属名”在前，用拉丁文或拉丁化 的名词表示，且第一个字母大写；“种名” 在后，用拉丁文或拉丁化的形容词或名词 所有格，小写。译成中文时，种名在前， 属名在后。
最重要和最基本的分类单元
• 在微生物分类中种是最重要和最基本 的分类单元，相似的种划归到一起构 成属，相似属构成科，依此类推，最 高的分类单元为界。
• 目前科和科以上的划分在细菌学中还 不太完善，而且随着研究的深入，科、 属的划分还会发生变动。
三、种和种以下分类单位及含义
1、种（species）
第1卷 一般医学和工业方面重要的G-细菌（1984年） 第2卷 放线菌以外的G＋细菌（1986年） 第3卷 古细菌、蓝细菌及其他G－细菌（1989年） 第4卷 放线菌（1989 年）
• 从2001年开始发行第2版，共分5卷，计划在数 年内出齐，内容将反映分子水平的细菌分类。
• 该书的姐妹篇是“伯吉氏细菌鉴定手册”
目前分类主要的依据 • 主要是根据种系发生关系，即分析其 基因的同源性，从而确定分类地位。 方法主要采用三种： 测定DNA分子中碱基(G+C)mol% 核酸分子杂交 16SrRNA寡核苷酸编目
五、细菌的分类体系
• 《伯吉氏系统细菌学手册》（Bergey’s Manual of Systematic Bacterology），由美国细菌学家Holt 主编，共四卷：
第七章 微生物的分类命名及鉴定.
其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号， 并将全部数据输入计算机，进行运算和比较，从数字角度来计算细 菌间的相似值，从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主 要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类，即主要依据形态特征，
其次是生理生化特征，然后在细菌的各种性状中，选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种，种是最基本的分 类单元，其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
（二）细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分，如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
第6章细菌分类与命名
第六章
细菌的分类与命名
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
目的要求
掌握细菌学常用的分类单位； 掌握细菌的命名及鉴定； 了解细菌分类鉴定的标准及其分类方法。
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兽医微生物学
主要内容
细菌的分类地位（重点） 细菌的命名（重点） 细菌分类鉴定的标准（了解） 细菌的分类方法（了解） 细菌的分类体系（了解） 细菌的鉴定（重大的是
《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌 进行分类鉴定的主要参考书。
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DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室。 目前常用的细菌鉴定方法为表型特征鉴定法。 鉴定工作分三个步骤： ①获得该微生物的纯培养物 ②测定一系列必要的鉴定指标 ③查找权威性的鉴定手册。
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（一）形态学和生理生化特征
1．形态学特征 （1）细菌形态：形状、大小、排列 （2）培养特征：菌落特征 （3）特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子 （4）染色反应：革兰、抗酸 （5）内含物：异染颗粒、伴孢晶体 （6）运动性：
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在出版物中排成斜体。
而中文译名与拉丁文名顺序正好相反，即种名在前，属名在后。
如金黄色葡萄球菌： Staphylococcus aureus
（属名）
葡萄球菌
（种名）
金黄色
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只确定属名，未确定种名的某一株细菌，则在属名后加sp. （正体字）；如同属未定种名的若干菌株，则用spp. （species复数的简写）代替sp.。 如果是新种，则在学名后加上“sp. Nov.”，如 Lawsonia intracellularis gen. nov.,sp. nov.，译 为胞内劳森菌，新属，新种。 亚种用ssp.或subsp.（正体字），如Pasteurlla multocida ssp. septica，译为多杀性巴氏杆菌败血亚 种。
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种：
①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。
②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
产芽胞
梭菌 芽胞杆菌 炭疽杆菌
抗酸染色阳性
分支杆菌 牛分支杆菌和禽分支杆菌 鼠麻风杆菌 副结核分支菌
无芽胞
棒状杆菌 化脓放线菌
抗酸染色阴性 马红球菌
产单核李氏杆菌
猪丹毒杆菌
丝状或树枝状
MZN染色阴性
牛放线菌 粘性放线菌
MZN染色阳性
星形奴卡菌 刚果嗜皮菌
革兰氏阴性细菌
球菌/球杆菌
耐瑟菌 生摩拉菌 不动杆菌
292230革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌球菌杆菌丝状或树枝状葡萄球菌链球菌粪肠球菌微球菌mzn染色阴性mzn染色阳性牛放线菌粘性放线菌星形奴卡菌刚果嗜皮菌抗酸染色阳性抗酸染色阴性芽胞杆菌炭疽杆菌分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌鼠麻风杆菌副结核分支菌棒状杆菌化脓放线菌马红球菌产单核李氏杆菌猪丹毒杆菌31革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌球菌球杆菌杆菌mzn染色阴性mzn染色阴性弧状杆菌中等大小杆菌螺旋状菌丝状菌弯曲菌弧菌不动杆菌肠杆菌科假单胞菌波氏杆菌放线杆菌嗜血杆菌巴氏杆菌拟杆菌钩端螺旋体蛇形螺旋体密螺旋体疏螺旋体坏死杆菌布氏杆菌属鹦鹉热衣原体
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
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细菌的分类方法
传统分类法是临床细菌学检验的基础和依据。这种分
类法的参考书是：
Bergey’s manual of systemic bacteriology
Manual of clinical microbiology
世界畅销书
Diagnostic microbiology
全国临床检验操作规程
中文教科书
标准菌株的用处
(1)标准菌株的典型特征是实验室菌株分 类和鉴定的依据，其种名也是实验室菌 株命名的依据。 (2)标准菌株是临床细菌学检验质量控制 的标准。 (3)在科研中，如涉及细菌，必须使用标 准菌株作为参考菌株或直接使用标准菌 株作为实验材料，否则论文不能公开发 表或不能参加科研成果评定。
2．细菌的命名
(2)数值分类法：分类标记不分主次，而是同等重要看
待（等重要原则）。一般要选用50项以上的生物学特
征作为分类的依据，此分类法是细菌鉴定仪器化、自
动化、电算化的基础和原则，此法称数值分类法。
2．遗传学分类法：CDC分类系统
(1)DNAG+Cmol%测定：用加热变性法测定 两株菌G+Cmol%鉴别 1)不同属:两株菌DNAG+Cmol%相差1015%及以上 2)同属:两株菌DNAG+Cmol%之差<10-15% 3)同种不同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 ≤4-5% 4)同种同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 <2%
因为细菌的分类常使用科、属、种、型等分类单位，
细菌的科、属、种、型的数量大，为满足细菌分类需
要，常要求对细菌的科、属、种等进行命名，如
沙门
福氏志贺菌
志贺菌属 鲍特志贺菌
微球菌科
微球菌属 藤黄微球菌 玫瑰微球菌 金黄色葡萄球菌
葡萄球菌属 表皮葡萄球菌
细菌种的命名
（二）细菌的分类方法
1.形态学、生理生化学和免疫血清学分类方法 此方法是按照细菌形态学、生理生化学和免疫 血清学的生物学性状（分类标记）进行分类或 分类鉴定。 (1)传统分类法：传统分类的原则是将一些分 类标记分为主要的和次要的，分类的各级都有 一定的主要和次要的分类标记，分类或鉴定时 以主要和次要标记(主次原则)，从高一级到低 一级逐级分类或鉴定，直到种。临床细菌科、 属、种的分类(鉴定)主要依靠生化特征和抗原 结构。
遗传学分类法
(2)核酸同源值测定：用核酸杂交技术测定两株的
DNA相似度和亲缘关系，即测定同源性。
两株菌DNA同源值鉴别
DNA杂交率(结合率,同源值) 同源性 菌种鉴别
100%
高度同源性 相同菌
80-90%
高度同源性 同种同亚种
60-70%
大部同源 同种不同亚种
20-60%
部分同源 同属不同种
<20%
三、细菌的分类方法
细菌的特征很多，细菌的哪些特征可以作为分类的依 据（分类标记）？细菌的分类方法是什么？这是临床 检验人员必须弄清楚的问题。 （一）细菌的分类标记 1．形态学分类标记：形态、大小、革兰染色性、抗酸 染色性、特殊结构（芽胞、荚膜、鞭毛） 2．生理学分类标记：营养条件、生长因子、生长条件 （气体、温度、pH）、生长情况（固体培养基—菌落 特点，液体和半固体培养基的生长情况）等。
细菌的分类与命名
细菌的分类单位
（菌）株也是常使用的名词，但不是分类单位。 （菌）株：指同一菌种不同来源的细菌或者仅 指不同来源的细菌（不论其科别、属别、种别） 实验室菌株：指某一实验室从标本中分离出的 细菌，实验室需要鉴定到种或型。 标准菌株：具有种典型特征的并公认的该种细 菌，称为该种菌的标准菌株。
细菌种的命名
细菌种的学名一般只有一个，如学名发 生改变必须注明原有学名。 细菌学名的应用： ①细菌检验必须使用细菌学名。 ②科研论文必须使用细菌学名。 ③生产菌种要尽量应学名。
细菌种的命名
(2)俗名：习惯名，一般用一个名词或一个形 容词命名。在名词或形容词后面加菌即成。名 词可以是地名、动物名、病名、人名等。如李 斯特菌、肠炎杆菌、鼠伤寒沙门菌。 型的命名：属名+种名+型名 型名可以是数字、地名、人名、动物名等。如 霍乱弧菌ElTor型，福氏志贺菌2a型。
细菌的种的名称一般有学名和俗名两种。 (1)学名：按林奈氏双名法命名（拉丁语的双 命名法），即属名+种名。属名在前，用名词， 首字母大写；种名在后，用形容词，首字母小 写，用斜体字；属名可用第一个字母大写代表。 学名中文译名是种名在前，属名在后。 细菌种的学名命名是十分慎重，一般经细菌分 类学家提出名称（提案），经国际系统细菌学 杂志发表得到世界公认后，由国际细菌命名委 员会裁定、编组、分类和公布，再由菌名批准 目录刊行才能应用。
（二）细菌的分类系统
细菌的分类系统是关于细菌“目”、科、属、种、 型的分类以及各目、各科、各属、各种、各型的 特征（分类依据）的描述，因此细菌的分类系统 是细菌分类和临床细菌分离培养和鉴定的依据， 对于临床细菌检验十分重要，目前国际上普遍采 用的细菌分类系统是伯杰（Bergey）分类系统， 叙述这一系统的权威书籍是伯杰系统细菌学手山 （Bergey’s Maunal of Systemic Bacgeriology）。此外，也采用CDC分类系统。 CDC即美国疾病控制和预防中心的缩写（Center for disease control and prevention, CDC）
细菌分类标记
3．生物化学分类标记：对糖类、有机酸、蛋 白质、氨基酸等的利用种类及其分解代谢产物， 合成代谢产物（酸、毒素、特殊有机物）的种 类 4．免疫血清学分类标记：抗原和抗原结构 5．遗传学分类标记：DNA G+Cmol%、 DNA碱基序列、核蛋白体RNA碱基序列、 DNA基因组、核酸杂交率等。
非同源性 不同属
遗传学分类法
(3)核酸碱基序列测定：用仪器测定核酸 碱基序列比较两菌DNA或rRNA的相似 性。 (4)基因芯片技术：一种新型的核酸杂交 技术，可以大规模地测定核酸基因级差 异和碱基序列。
谢谢