中国野生蘑菇属90个菌株遗传多样性的DNA指纹分析

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中药现代化技术-中药指纹图谱技术

紫外光谱指纹图谱紫外光谱是由分子中价电子的跃迁而产生的一种光谱，它依靠图谱上吸收峰的位置和吸收光谱的吸收强度来分析鉴别样品，具有实用性强、可靠灵敏、无污染、重现性好等特点。
彭文进等研究了紫外指纹图谱技术在长生露口服液鉴别及质量控制中的应用，建立了长生露口服液的质量控制紫外光谱指纹图谱。
刘向华等分别从药材蛇胆的胆衣和胆汁、原动物棕黑锦蛇的肌肉和胆汁中提取DNA，经PCR扩增得到400bp的12srRNA基因片段，并对该基因片段进行测序研究，结果表明同一动物的胆衣和胆汁、肌肉和胆汁的碱基序列完全一致，所以可依次用于鉴别中药材蛇胆和胆汁。
展望
中药指纹图谱技术在中药质量控制领域以及药效学研究方面有着不可或缺的作用，中药指纹图谱技术是中药现代化发展必不可少的手段。
核磁共振指纹图谱核磁共振指纹图谱主要用于纯化合物的结构鉴定，可以反映出有机分子中氢或碳的类型。中药材及其制剂的核磁共振谱是多种化合物核磁共振的叠加。
江洪波采用1 H － NMＲ建立了不同产地麦冬甲醇提取物的指纹图谱，并对不同品种、产地的样品进行分析，结果表明不同麦冬品种、不同产
地 1 H － NMＲ指纹图谱有较大的差异，可以此区分，故1 H － NMＲ指纹图谱不但可以鉴定不同麦冬品种，还可以区分不同产地的麦冬。
图谱
中
核磁共振波谱法气相色谱法
药
电化学法
毛细管电泳法
指
纹
图
谱
中药生物指纹图谱
基因组学指纹图谱蛋白质组学指纹图谱
DNA 指纹图谱
测定方法及运用
红外光谱指纹图谱主要是利用红外光谱仪分析、测定中药材及其制剂而得到的光谱图。通过比较光谱中各吸收峰的位置及强度来鉴定中药材及其制剂的真伪。

【国家自然科学基金】_dna指纹分析_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140731

2008年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
科研热词 rapd 遗传多样性聚类分析 issr 浮游生物水稻 ssr srap dna指纹图谱鳙鲢香根草随机扩增多态性dna 链孢囊菌属野生蘑菇遗传变异转基因鱼试验湖表观遗传融合前培养时间菌种鉴定菌种资源苜蓿脾虚证肠道菌群肠道细菌肠疾病肠含物联合固氮菌羊栖菜(hizikia fusiformis (harv) okamura 绵羊结核病细菌群系统进化树系统进化分析种群遗传分析矮孟牛白灵菇甲基化敏感扩增多态性(msap) 甘薯(ipomoea batatas(l.)lam.) 理化因子环境dna 猴头菇物种组成牛山湖热泉环境激活前培养时间浮游生物群落水稻白叶枯病菌武汉东湖栽培双孢蘑菇核移植枸杞属
2009年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
推荐指数 7 6 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2010年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52

常见野生蘑菇的红外光谱及其二维相关红外光谱的鉴别

蘑菇的传统分类方法是根据子实体的外观形貌-孢子的显微形貌 -生长特性等进行鉴别*?2E+'有些不同种类间形态相似!同种蘑菇在不同生长环境及不同生长阶段存在表形差异 !颜色变化较大 !不易准确鉴别*?2E+'另外鲜蘑菇不易保存!多以子实体干燥保存或切片干燥保存!干燥后子实体更难区分 '分子生物学技术*G2R+-色谱*S+已用于野生蘑菇区分研究!这些技术专一性好且灵敏!但需要对样品分离提纯! 分析成本高 -周期长 '
用傅里叶红外光谱结合相关性分析-二阶导数谱和二维
相关红外光谱对云南产的八种蘑菇以及黑龙江产的五种蘑菇进行了研究'其中云南的八种蘑菇为)属于牛肝菌科 #BE.CI :='C=C$的虎皮乳牛肝菌 #J2+E5E.C:FDDA@=<FC2$-琥珀乳牛肝菌#J2+E5E.C:FDA.='2?FD$-绿色粉孢牛肝菌 #K).EA2.FD82I @C+D$和类铅紫粉孢牛肝菌 #K).EA2.FDA.F(5CE82E.='CE2?CD$% 鹅膏菌科 #L(=+2:='C=C$的鸡枞菌 #KC@(2:E()'CDCF@@G2MFD$% 属于白蘑科 #K@2'GE.E(=:='C=C$的黄绿口蘑 #K@2'GE.E(=DCI /F+':F($和皂味口蘑 #K@2'GE.E(=D=AE+='CF( $%毛头鬼伞 #NEA@2+FD'E(=:FD$'黑龙江的五种野生蘑菇为)红菇科 #N/../1(+"("$的大白菇 #!FDDF.=?C.2'=$%侧耳科 #Y1"/#%*(2

《中国大型菌物资源图鉴》札记

《中国大型菌物资源图鉴》阅读记录目录一、内容概括 (2)1.1 菌物的重要性 (2)1.2 中国菌物资源的分布与特点 (3)1.3 本书的目的与内容概述 (4)二、中国大型菌物的分类 (6)三、中国大型菌物的形态特征 (6)3.1 根据菌盖、菌褶等特征的分类 (7)3.2 根据菌肉、孢子等特征的分类 (8)3.3 根据菌丝、子实体等特征的分类 (9)四、中国大型菌物的生态分布 (11)4.1 气候条件对菌物分布的影响 (11)4.2 地形地貌对菌物分布的影响 (12)4.3 植被类型对菌物分布的影响 (14)4.4 社会经济因素对菌物分布的影响 (15)五、中国大型菌物的利用价值 (16)5.1 食用价值 (17)5.2 药用价值 (18)5.3 工业用途 (19)5.4 科学研究价值 (21)六、中国大型菌物的保护与可持续发展 (22)6.1 野生菌物资源的保护 (23)6.2 人工栽培技术的推广 (24)6.3 菌物资源的可持续利用策略 (25)七、结语 (27)7.1 中国大型菌物资源的丰富性与独特性 (28)7.2 中国大型菌物资源的研究与应用前景 (29)7.3 对未来研究的展望 (30)一、内容概括在内容方面，这本书以图文并茂的方式，清晰地展示了各类大型菌物的形态特征，使得读者能够直观地识别和了解这些生物。

结合作者的实地考察经历和科研成果，书中还提供了关于大型菌物地理分布、生态环境以及资源利用等方面的深入分析，为科研人员和爱好者提供了宝贵的参考。

值得一提的是，本书在编纂过程中得到了众多专家学者的支持与帮助，确保了内容的准确性和权威性。

通过阅读这部图鉴，我不仅增加了对菌物世界的认识和兴趣，也对中国的大型菌物资源有了更深入的了解。

这本书无疑是一部推动我国菌物学研究和资源可持续利用的重要著作。

1.1 菌物的重要性菌物在生态系统中具有举足轻重的地位，它们是地球上最古老、最丰富的生物类群之一。

江西省南昌外国语学校2024届高三第二次诊断性检测生物试卷含解析

江西省南昌外国语学校2024届高三第二次诊断性检测生物试卷注意事项:1．答题前，考生先将自己的姓名、准考证号码填写清楚，将条形码准确粘贴在条形码区域内。

2．答题时请按要求用笔。

3．请按照题号顺序在答题卡各题目的答题区域内作答，超出答题区域书写的答案无效；在草稿纸、试卷上答题无效。

4．作图可先使用铅笔画出，确定后必须用黑色字迹的签字笔描黑。

5．保持卡面清洁，不要折暴、不要弄破、弄皱，不准使用涂改液、修正带、刮纸刀。

一、选择题(本大题共7小题,每小题6分,共42分。

)1．下列利用菜花进行“DN A的粗提取与鉴定”实验的叙述，正确的是（）A．粗提取DNA时观察到丝状物偏少，可能是向2mol·L-1NaCl溶液中加入蒸馏水过多B．在切碎的菜花中加入一定量的洗涤剂和食盐，充分研磨，过滤后弃去滤液C．用蒸馏水将NaCl溶液浓度调至1．14 mol·L-1，用单层滤纸过滤获取析出物D．将白色丝状物溶解在NaCl溶液中，加入二苯胺试剂后振荡，观察颜色变化2．如图为人体某反射弧的模式图，下列有关反射和反射弧的叙述正确的是A．图中有3个神经元，不可能是膝跳反射的反射弧B．刺激a处，a处的细胞膜对+Na外流Na的通透性增加，+C．刺激c处，兴奋可经过b传向dD．反射弧中c受损后，给予e刺激，e不能发生反应3．已知抗维生素D佝偻病为伴X染色体显性遗传病，血友病为伴X染色体隐性遗传病。

下列有关人类遗传病的说法正确的是A．—对患有抗维生素D佝偻病的夫妇，所生的女儿不一定患病B．镰刀形细胞贫血症的根本病因是血红蛋白中一个氨基酸被替换C．某家庭中母亲患血友病，父亲正常，生了一个凝血正常且性染色体组成为XXY的孩子，则其形成原因最可能是卵细胞异常D．人群中某常染色体显性遗传病的发的发病率为19%，一对夫妇中妻子患病，丈夫正常，则所生子女不患该病的概率是9/194．如图表示人体通过体液免疫清除破伤风杆菌外毒素（抗原）的过程，下列叙述正确的是（）A．细胞1中的溶酶体能合成和分泌多种酸性水解酶B．图中①②③过程都与细胞膜上的蛋白质有关C．细胞2和细胞3中所含的遗传物质不同D．进行二次免疫时细胞5可快速产生大量的物质a5．常绿直立灌木夹竹桃可产生名为夹竹苷的剧毒物质，孕妇及幼儿接触会使人昏睡、智力低下，但其花、叶可吸引夹竹桃天蛾前来产卵，天蛾幼虫以夹竹桃叶为食。

几种野生牛肝菌的红外光谱及其二维相关红外光谱分析

几种野生牛肝菌的红外光谱及其二维相关红外光谱分析野生牛肝菌是一种珍贵的野生食用菌，含有丰富的营养成分和独特的风味。

为了了解牛肝菌的化学组成及其品质特征，科学家使用红外光谱技术进行分析。

本文将介绍几种野生牛肝菌的红外光谱及其二维相关红外光谱分析。

首先，野生牛肝菌的红外光谱是基于它们分子中的化学键振动而得到的。

红外光谱通常分为红外区（4000-400 cm-1）和指纹区（1800-800 cm-1）。

红外光谱是通过测量吸收或散射的红外光的能量来获取的，不同的化学成分在特定波长的红外光下会显示出不同的吸收峰。

野生牛肝菌的红外光谱分析可以提供有关其化学组成的信息。

比如，蛋白质在红外光谱中通常会显示出一个特征峰，称为胱氨酸峰，位于1550-1640 cm-1之间。

此外，多糖类物质通常在1000-1200 cm-1和800-900 cm-1之间显示出吸收峰，这可以用来确定牛肝菌中多糖类的含量。

另外，二维相关红外光谱分析是一种将多个红外光谱样本进行相关分析的方法。

通过比较不同样本之间的相关性，可以查找样本之间的共同特征或差异。

二维相关红外光谱分析可以用于比较不同菌株、不同发育阶段或不同处理方式下的野生牛肝菌样品。

通过将各个样本的红外光谱进行相关，可以得到二维图谱，显示出不同峰的变化情况。

这可以帮助科学家发现不同牛肝菌样本之间的化学成分差异，并进一步研究其产生的原因。

总结起来，野生牛肝菌的红外光谱及其二维相关红外光谱分析可以提供有关其化学组成的重要信息。

通过分析不同波长下的吸收峰，可以了解牛肝菌样品中的蛋白质和多糖成分。

而使用二维相关红外光谱分析可以比较不同样本之间的差异，并帮助科学家深入了解牛肝菌的品质特征。

这些分析方法对于研究野生牛肝菌的营养成分、品质特征以及培育优质品种等方面具有重要意义。

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建【摘要】本研究基于SSR标记对68份红毛丹种质资源进行了DNA指纹图谱构建。

通过DNA提取和PCR扩增，获取了大量的遗传信息。

数据分析和图谱构建结果显示了这些红毛丹种质资源之间的遗传关系和多样性程度。

图谱分析与比较进一步揭示了它们之间的遗传差异。

这项研究对于红毛丹的种质资源保护、遗传改良和品种选育具有重要意义。

未来的研究可以进一步挖掘这些遗传信息，为红毛丹的遗传改良和品种选育提供更多的参考和支持。

通过这项研究，我们可以更好地了解红毛丹的遗传多样性，为其研究和利用提供更多的科学依据。

【关键词】红毛丹、SSR标记、DNA指纹图谱、种质资源、构建方法、PCR 扩增、数据分析、图谱结果、图谱分析、未来展望。

1. 引言1.1 研究背景红毛丹（Mangifera indica L.）是热带水果树中的重要物种，具有丰富的生物资源和巨大的经济价值。

由于其复杂的遗传背景和缺乏良好的遗传标记，红毛丹品种资源的遗传鉴定和保育工作一直面临挑战。

DNA指纹图谱是一种有效的遗传标记技术，可以精确地鉴别不同植物品种间的遗传关系和遗传多样性。

构建红毛丹种质资源的DNA指纹图谱对于深入了解其遗传特性、优异品种的筛选和引种工作具有重要意义。

过去的研究主要使用单一或少量的基因标记进行红毛丹品种的遗传分析，缺乏系统性和全面性。

基于SSR标记的DNA指纹图谱构建技术，可以同时检测大量的遗传标记位点，具有高度可重复性和信息量丰富的特点，适合于红毛丹种质资源的遗传多样性评估和品种鉴定。

本研究旨在利用SSR标记技术，对68份红毛丹种质资源进行DNA指纹图谱构建，从而为红毛丹遗传资源的保护、育种和品种改良提供科学依据和技术支持。

1.2 研究目的本研究的主要目的是通过利用SSR标记技术，对68份红毛丹种质资源进行DNA指纹图谱构建。

通过这一研究，我们希望能够全面了解红毛丹品种的遗传多样性和遗传关系，为红毛丹的遗传改良和品种保护提供科学依据。

第四章：香菇种质资源的ISSR分析

第四章：香菇种质资源的ISSR分析1材料与方法1.1 供试菌株为本实验室保存菌种,香菇品种名录见第二章表2.1。

1.2 培养基1.2.1试管斜面培养基PDA培养基200g马铃薯、20g葡萄糖、20g琼脂、1000mL水。

1.2.2液体PDA培养基PDA培养基200g马铃薯、20g葡萄糖、1000mL水。

1.3 试剂仪器ISSR引物,如下图表4.2;MgCl2和脱氧核苷三磷酸(dNTP，2.5mM each)、Taq DNA聚合酶(5U/μl)为TaKaRa产品。

紫外可见分光光度计：Pharmacia Biotech ultrospec®2000电泳仪：D-YY-12型电脑三恒多用电泳仪（北京六一仪器厂）凝胶成像系统：TANON-2008冷冻离心机:Sigma 3K30PCR扩增仪:Eppendorf AG22331 Hamburg冷冻离心机:Sigma 3K30掌型离心机：江苏海门市麒麟医用仪器厂Lx-100手掌型离心机1.4 菌丝培养将40个香菇冰箱保种菌种接于试管斜面培养基，转管活化7－10天，用接种耙耙碎后，接入250ml三角瓶液体培养基中，每个菌株各接3瓶，于25℃摇床上120 rpm培养10天，用400目铜网过滤，蒸馏水冲洗，滤纸吸干，保存于－20℃备用。

1.5 DNA提取方法同第二章1.5.2 CTAB法1.6 香菇基因组DNA电泳检测取5μlDNA加1μl6×溴酚蓝，在0.8％琼脂糖凝胶（含0.5 μg/mlEB）上电泳，4V/cm 电压电泳约1.5h，在凝胶成像仪上照相。

1.7 ISSR扩增反应条件优化为探索出适于香菇ISSR扩增反应的最优体系，对扩增反应25μL体系的各因子设置了如下梯度(表4.1)，再进行PCR扩增分析，各反应物变化量见表4.1。

表4.1 ISSR反应体系优化设计Tab.1 Design of optimal ISSR reaction system项目反应参数退火温度Anneal temperature（℃）模板DNATemplateDNA(ng)引物Primer(μmol/L)4种脱氧核糖核酸4×dNTPs(μmol/L) Mg2+(mmol/L)TaqDNA聚合酶TaqDNApolymerase(U) 41.3 43.1 45.4 48.0 50.7 53.5 56.010 20 30 40 50 60 700.24 0.48 0.72 0.96 1.20 1.44 1.68 1.92 50 100 150 200 250 300 350 4001.52.0 2.53.0 3.54.00.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0扩增反应的基本体系包括1μL模板,2.5μL10Хbuffer缓冲液，1μL Mg2+(25mmol/L)，2.5μLdNTP(each2.5mmol/L)，1μLPrimer(30μmol/L)，0.3μLTaqDNA Polymerase(5U／μL)最后用无菌ddH2o将总体积补至25μL。

食用菌DNA分子标记研究的十年历程回顾

出了他们之间的多态性，从分子水平上证明了突变体的获得。林范学、林芳灿旧用ＲＡＰＤ技术对香菇双核菌株的孢子单核体与原生质单核体及杂交体后代进行分析．确认ＲＡＰＤ可作为亲本的选择和杂交种鉴定的依据。随后，谭琦、潘迎捷等【７ｌ利用非对称杂交育种技术成功选育出香菇新菌株申香１０号。谭琦、杨建明等嗣用ＲＡＰＤ技术对香菇非对称杂交的亲本与后代之间的遗传相关性分析，结果表明非对称杂交的后代遗传距离与单核受体较近，与双核供体遗传距离较远。叶明等ｐ－呗于香菇双单杂交菌株的ＲＡＰＤ分析表明杂交后代其基因组存在不同程度变异，将ＲＡＰＤ进行聚类分析可以显示菌株间的遗传差异和亲缘关系。吴康云、边银丙ｆ１１１对黑木耳单核化菌株的杂交子Ｈ２Ｊ３进行ＲＡＰＤ鉴定。发现两个引物能扩增出两个亲本单核体Ｈ２和Ｊ３的互补带，杂交子Ｈ２Ｊ３双核体亲本Ｈｅ一１和Ｊｕ一１的菌落之间有拈抗线，子实体形态有明显差异。ＲＡＰＤ技术还被应用于对野蘑菇ｆｔ珥遗传育种研究中，为食用菌杂交育种中亲本选择及杂交种的准确鉴定提供分子依据。
了遗传多样性研究。为香菇的亲缘关系分析和菌株鉴定提供了依据。徐学锋、林芳灿嗍测定了中国的５９个
野生香菇菌株ｒＤＮＡ的ＩＴＳ区域序列，发现自然群体不同菌株的ＩＴＳ序列存在相当程度的变异，可以根据
ｌ佟序列差异将不同菌株划分为不同的谱系。认为ＩｆＩＳ序列分析是研究香菇的系统发育和生物地理学的有
效手段。詹才新等ｆ，对来源于不同地区双孢蘑菇菌株的ＲＡＰＤ分析发现它们的遗传变异不丰富，认为可能
ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）和基因组总ＤＮＡ的进行了研究，供试菌株分为四大类。为草菇的育种提
供了科学依据。
２４卷
边银丙等：中国食用菌ＤＮＡ分子标记研究的十年历程回顾
１７
５分子标记在食用菌线粒体遗传研究中的应用

常见野生食用菌重金属含量分析及安全评价

质量控制Quality Control中国果菜China Fruit &Vegetable第43卷,第12期2023年12月收稿日期:2023-06-17第一作者简介:梅婷（1987—），女，工程师，硕士，主要从事食品质量与安全工作*通信作者简介:周海泳（1983—），男，高级工程师，硕士，主要从事食品质量与安全工作常见野生食用菌重金属含量分析及安全评价梅婷1，周海泳2*（1.深圳市芯农科技有限公司，广东深圳518000；2.筠海食品（深圳）有限公司，广东深圳518000）摘要:为调查常见食用菌的重金属（铅、镉、汞和砷）含量水平，为食用菌中重金属污染状况的分析和评价提供基础数据，本研究共收集7种食用菌42个样品，按照GB 5009系列食品安全国家标准开展相应的重金属检测，根据GB 2762—2022进行评价。

结果表明，42个食用菌样品中重金属检出率为100.00%，重金属总体超标率为26.2%，超标的样品全部为野生食用菌；野生食用菌的重金属含量明显高于人工栽培食用菌，同一种重金属在不同品种的食用菌样品中含量也存在显著差异。

食用菌中羊肚菌、獐头菌、榆黄菇质量评价为三级，松茸质量等级为一级。

因此，野生食用菌中的铅、镉含量存在一定程度的超标现象，野生羊肚菌中的铅，獐头菌、榆黄菇中的镉污染程度和食品安全风险等级较高，应给予高度关注并进行风险管理。

关键词:食用菌；重金属；污染；安全指数中图分类号：S646文献标志码：A文章编号：1008-1038(2023)12-0034-05DOI：10.19590/ki.1008-1038.2023.12.006Analysis of Contamination and Safety Assessment on Heavy Metalsof Common Edible FungiMEI Ting 1,ZHOU Haiyong 2*(1.Shenzhen Core-Agricultural Co.,Ltd,Shenzhen 518000,China;2.Junhai Food (Shenzhen)Co.,Ltd,Shenzhen 518000,China)Abstract:In order to investigate the content of heavy metals and assess heavy metals contamination and healthrelated risks of common edible fungi,the content of total lead (Pb),cadmium(Cd),mercury (Hg),and arsenic (As)in edible fungi were determined ,and assessment of heavy metals contamination was made by GB 2762—2022.The detection rate of heavy metals was 100.00%in 42edible fungi samples,the exceeding standard rate of heavy metals was 26.2%,exceeding samples were all wild edible fungi samples,the content of the same heavy metal in wild edible fungi was higher than artificial planting edible fungi.There were significant differences in the content of the same heavy metal in edible fungi in different species and different areas.The quality of edible fungi samples such as morel,andcould be evaluated as grade three,while the quality of食用菌自古以来被称作山珍，是世界范围内公认的健康食品[1-2]。

食用菌分子生物学研究进展

食用菌分子生物学研究进展李永江;张盼;张晓辉;张莹莹;宋俊乔;卢道文【摘要】分子生物技术是食用菌研究的一个重要手段,在食用菌中的应用已经相当广泛.根据近年来国内外文献报道,综述了分子生物学在食用菌品种选育、菌种鉴定、食用菌遗传多样性、功能基因定位、基因编辑等方向的应用,为进一步促进食用菌产业发展提供了参考.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2019(047)014【总页数】3页(P4-6)【关键词】分子生物技术;品种选育;菌种鉴定;遗传多样性;功能基因定位;基因编辑【作者】李永江;张盼;张晓辉;张莹莹;宋俊乔;卢道文【作者单位】安阳市农业科学院,河南安阳455000;安阳市农业科学院,河南安阳455000;安阳市农业科学院,河南安阳455000;安阳市农业科学院,河南安阳455000;安阳市农业科学院,河南安阳455000;安阳市农业科学院,河南安阳455000【正文语种】中文【中图分类】S646食用菌是一类具有巨大经济效益的大型真菌，我国是食用菌栽培种类和产量最多的国家[1]，自Devries 1972年第一次分离出裂褶菌(Schizophyllum communeFranch)的原生质体以来，分子生物技术在食用菌研究中的应用已经相当广泛[2]。

分子生物技术作为遗传领域的一种强有力工具，克服了传统育种易受环境影响的缺陷，为食用菌产业发展开拓了更广阔的前景。

笔者综合近年来分子生物学在食用菌研究中的相关报道，分析其在食用菌品种选育、菌种分类鉴定、食用菌遗传多样性、食用菌基因定位、基因编辑等方向的应用，以期促进食用菌产业发展。

1 食用菌品种选育品种是食用菌产业发展的关键，我国食用菌菌种大规模自主选育是从20世纪70年代末80年代初发展起来的，育种方法主要有自然选育、人工驯化、杂交育种、诱变育种和原生质体技术育种等[3]，其中杂交育种在食用菌育种中应用最广、效果最显著，分子标记辅助育种是食用菌杂交育种的重要手段，应用较广泛的标记有随机扩增多态性(random amplified polymorphic DNA，RAPD)、相关序列扩增多态性(sequence-ralated amplified polymorphism，SRAP)、内部简单重复序列(inter simple sequence repeats，ISSR)、特征序列扩增区域标记(sequence characterized amplified region，SCAR)。

秀珍菇全基因组SSR_位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

湖南农业大学学报(自然科学版)2023，49(2)：176–182．DOI：10.13331/ki.jhau.2023.02.008Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences)引用格式：周思琦，龚文兵，夏志兰，吴秋云，王亚东．秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用[J]．湖南农业大学学报(自然科学版)，2023，49(2)：176–182．ZHOU S Q，GONG W B，XIA Z L，WU Q Y，WANG Y D．Genome-wide SSR characterization and its applicationin evaluating the genetic diversity of Pleurotus pulmonarius[J]．Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences)，2023，49(2)：176–182．投稿网址：秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用周思琦1，龚文兵2，夏志兰1*，吴秋云3,4，王亚东1(1.湖南农业大学园艺学院，湖南长沙410128；2.中国农业科学院麻类研究所，湖南长沙410221；3.园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心，湖南长沙410128；4.蔬菜生物学湖南省重点实验室，湖南长沙410128)摘要：利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。

在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR 位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG；SSR长度变化范围为10~156 bp，其中，10~15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。

我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究

我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究生命的起源与演化问题在自然科学领域一直备受关注,古生物学家、进化生物学家依据发现的动植物化石或亚化石遗体或遗迹,来探寻它们的演化与灭绝的原因。

但是,由于化石记录的不完整,建立在比较解剖学和形态分类学基础上的传统化石分析方法在研究中越来越难以解决生物演化方面的问题。

通过现代分子生物学技术对古生物遗体或遗迹中古DNA的研究,为揭示古生物演化提供了有力的分子生物学证据,同时在研究对象和研究方法方面也拓宽了传统古生物学研究的领域。

大熊猫是我国特有的珍稀濒危物种,地质历史时期中大熊猫在我国分布广泛,更新世中晚期大熊猫的分布达到全盛期,广泛分布于我国长江流域、珠江流域以及华北部分地区,最北界达40°N(周口店第一化石点),向南则延伸至越南、老挝、缅甸部分地区,向东抵达东南沿海地区,第四纪末次冰期大熊猫的分布范围也开始缩小。

目前由于气候的变化和人类活动的影响,大熊猫分布目前仅限于陕西西南的秦岭南麓,四川盆地西北缘的岷山和邛莱山、西缘的大、小相岭及凉山。

大熊猫的分类问题一直以来都是人们争论的热点,80年代以前其争论形成三派学说——熊科、浣熊科、大熊猫科(独立一科)。

Mivart通过研究大熊猫的颅骨结构、四肢骨、牙齿、足型、肾、毛的触感、内脏以及一些化石,还有对进化有重要意义的第四上前臼齿,凭借大熊猫与浣熊类动物在颅骨结构、牙齿、内脏等方面具有的相似性,尤其是裂齿(P4)的齿冠冠型,他认为大熊猫应该属于浣熊科。

1964年Davis发表了《大熊猫形态学与进化机理研究》的专著,他根据大熊猫50个器官系统比较研究的结果,断言“大熊猫每一个形态特征都表明它们仅仅是一种高度特化的熊,故可把它放在熊科,或对它的差异给予足够的承认,也可独立一科”。

从这开始对大熊猫的分类地位逐渐形成两派——熊科、大熊猫科。

林峰等采用PCR和Southern杂交等方法对大熊猫、小熊猫、马来熊、浣熊等共有的1条113kb的RAPD产物片段进行初步分析,发现马来熊产物则无相应的杂交带,认为这种结果暗示了大熊猫与熊科马来熊的亲缘关系要近于小熊猫和浣熊,主张将大熊猫划为熊科。

连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２４ꎬ４０(２):２２３￣２３２ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ纪㊀伟ꎬ苏文英ꎬ刘晓梅ꎬ等.连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２４ꎬ４０(２):２２３￣２３２.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２４.０２.００４连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析纪㊀伟１ꎬ２ꎬ㊀苏文英１ꎬ㊀刘晓梅１ꎬ㊀任立凯１ꎬ㊀胡曙鋆３ꎬ㊀孙潇潇３ꎬ㊀陈克龙２(１.连云港市农业科学院ꎬ江苏连云港２２２０００ꎻ２.青海师范大学ꎬ青海西宁８１００００ꎻ３.连云港市园艺蔬菜指导站ꎬ江苏连云港２２２０００)收稿日期:２０２３￣０２￣１３基金项目:江苏现代农业(蔬菜)产业技术体系[ＪＡＴＳ(２０２２)１７７]ꎻ连云港市财政专项(ＱＮＪＪ２２０９)ꎻ连云港市食用菌全产业链建设项目[连农复(２０２３)１４号]作者简介:纪㊀伟(１９８９－)ꎬ男ꎬ江苏睢宁人ꎬ博士研究生ꎬ高级工程师ꎬ主要从事菌物资源研究与利用工作ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｊｉ￣ｗｅｉ１００５００＠１６３.ｃｏｍ通讯作者:任立凯ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)２９４９８２３＠ｑｑ.ｃｏｍꎻ陈克龙ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｃｋｌ７８１３＠１６３.ｃｏｍ㊀㊀摘要:㊀野生灵芝资源在连云港境内有着广泛的分布ꎬ本研究使用全基因组重测序技术对具有不同形态特征和生境特点的灵芝基因组进行测序及分析ꎬ以期解析连云港地区野生灵芝的生物学特性及基因组特征ꎮ结果表明ꎬ从不同区域采集的野生灵芝种质资源菌丝具有锁状联合ꎬ具备形成子实体的条件ꎬ生物学特性存在较大差异ꎻ通过主成分分析将１２株野生灵芝菌株种质资源聚为３类ꎬ其中第Ⅲ类具有更丰富的遗传多样性ꎻ比较单核苷酸多态性(ＳＮＰ)㊁插入或者缺失(ＩｎＤｅｌ)在１２株灵芝菌株基因组中的分布情况发现ꎬ第１条染色体中的ＳＮＰ最多ꎬ占比为４６０７％ꎬＳＮＰ中转换颠换比(Ｔｓ/Ｔｖ)为２０３ꎬ说明变异以转换为主ꎬ插入或缺失导致的基因差异在第１条染色体上最多ꎬ占总ＩｎＤｅｌ数的４４３１％ꎮ研究结果说明ꎬ连云港地区灵芝具有丰富的遗传多样性ꎬ可以用于进一步挖掘更多的功能基因和进行品种选育ꎮ关键词:㊀灵芝ꎻ生物学特性ꎻ全基因组重测序ꎻ主成分分析中图分类号:㊀Ｓ５６７.３＋１㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２４)０２￣０２２３￣１０ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓａｎｄｇｅｎｏｍｉｃｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｉｎＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇＪＩＷｅｉ１ꎬ２ꎬ㊀ＳＵＷｅｎ￣ｙｉｎｇ１ꎬ㊀ＬＩＵＸｉａｏ￣ｍｅｉ１ꎬ㊀ＲＥＮＬｉ￣ｋａｉ１ꎬ㊀ＨＵＳｈｕ￣ｙｕｎ３ꎬ㊀ＳＵＮＸｉａｏ￣ｘｉａｏ３ꎬ㊀ＣＨＥＮＫｅ￣ｌｏｎｇ２(１.ＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓꎬＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇ２２２０００ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＱｉｎｇｈａｉＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＸｉｎｉｎｇ８１００００ꎬＣｈｉｎａꎻ３.ＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇＧａｒｄｅｎｉｎｇＶｅｇｅｔａｂｌｅＧｕｉｄａｎｃｅＳｔａｔｉｏｎꎬＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇ２２２０００ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀ＷｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓａｒｅｅｘｔｅｎｓｉｖｅｌｙｆｏｕｎｄｉｎＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇ.Ｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙꎬｗｅｕｔｉｌｉｚｅｄｗｈｏｌｅ￣ｇｅｎｏｍｅｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｔｏｅｘａｍｉｎｅａｎｄａｎａｌｙｚｅｔｈｅｇｅｎｏｍｅｓｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｏｒｐｈｏｌｏｇ￣ｉｃａｌａｎｄｈａｂｉｔａｔｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ.ＴｈｅｐｕｒｐｏｓｅｏｆｔｈｉｓｓｔｕｄｙｗａｓｔｏｕｎｖｅｉｌｔｈｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌａｎｄｇｅｎｏｍｉｃｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｉｎＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇ.ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｍｙｃｅｌｉｕｍｏｆｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓｃｏｌｌｅｃｔｅｄｆｒｏｍｄｉｆｆｅｒｅｎｔｒｅｇｉｏｎｓｈａｄｃｌａｍｐｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎꎬａｎｄｈａｄｔｈｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓｔｏｆｏｒｍｆｒｕｉｔｉｎｇｂｏｄｉｅｓꎬａｎｄｔｈｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｗｅｒｅｑｕｉｔｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔ.Ｔｈｒｏｕｇｈｐｒｉｎｃｉｐａｌｃｏｍｐｏｎｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓꎬ１２ｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓｗｅｒｅｇｒｏｕｐｅｄｉｎｔｏｔｈｒｅｅｃａｔｅｇｏｒｉｅｓꎬａｎｄｔｈｅｔｈｉｒｄｃａｔｅｇｏｒｙｈａｄｍｏｒｅａｂｕｎｄａｎｔｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ.Ａｎａｌｙｚｉｎｇｔｈｅｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＳＮＰ)ａｎｄｉｎｓｅｒｔｉｏｎｏｒｄｅｌｅｔｉｏｎ(ＩｎＤｅｌ)ｉｎｔｈｅｇｅｎｏｍｅｏｆ１２ｓｔｒａｉｎｓｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍꎬｉｔｗａｓｆｏｕｎｄｔｈａｔｔｈｅｎｕｍｂｅｒｏｆＳＮＰｏｎｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ１ｗａｓｔｈｅｌａｒｇｅｓｔꎬａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４６.０７％ꎬａｎｄｔｈｅｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎａｎｄｉｎｖｅｒｓｉｏｎｒａｔｉｏ(Ｔｓ/Ｔｖ)ｉｎｔｈｅＳＮＰｗａｓ２.０３ꎬｉｎｄｉｃａｔｉｎｇｔｈａｔｔｈｅｖａｒｉａｔｉｏｎｗａｓｍａｉｎｌｙｃｏｎｖｅｒ￣ｓｉｏｎ.Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｃａｕｓｅｄｂｙｉｎｓｅｒｔｉｏｎｏｒｄｅｌｅｔｉｏｎｗａｓｔｈｅｈｉｇｈｅｓｔｏｎｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ１ꎬａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４４３１％３２２ｏｆｔｈｅｔｏｔａｌＩｎＤｅｌｎｕｍｂｅｒ.ＴｈｅｓｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｉｎＬｉａｎｙｕｎｇａｎｇｈａｄｒｉｃｈｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬｗｈｉｃｈｃｏｕｌｄｂｅｕｓｅｄｔｏｆｕｒｔｈｅｒｅｘｐｌｏｒｅｍｏｒｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｅｎｅｓａｎｄｂｒｅｅｄｖａｒｉｅｔｉｅｓ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀Ｇａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍꎻｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓꎻｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇꎻｐｒｉｎｃｉｐａｌｃｏｍｐｏｎｅｎｔａｎａｌ￣ｙｓｉｓ㊀㊀灵芝是一种大型药食两用真菌[１]ꎬ是驰名中外的珍稀中药材之一[２]ꎬ其药理成分丰富ꎬ且无毒副作用ꎬ有效成分包括灵芝多糖[３]㊁多肽[４]㊁三萜类[５]及１６种氨基酸[６]等ꎮ灵芝能降低中枢神经系统的兴奋性ꎬ有一定镇痛作用[７]ꎬ此外还有解毒[８]㊁降血糖[９]㊁抗辐射[１０]㊁提高免疫力[１１]㊁治疗哮喘[１２]和抗肿瘤[１３]等作用ꎮ灵芝还具有极高的文化观赏价值[１４]ꎬ可将之培育成外形美观的观赏盆景[１５]ꎮ连云港位于江苏北部ꎬ境内山海齐观ꎬ河湖㊁丘陵㊁滩涂㊁湿地㊁海岛俱备[１６]ꎬ具有丰富的生物多样性ꎬ在菌物资源方面ꎬ连云港境内已报道的大型真菌资源有５０余种[１７]ꎬ其中野生灵芝资源丰富㊁类型多样ꎬ当地村民多采集野生灵芝作为普通农产品或中药材在市场上销售ꎬ但相关研究甚少ꎮ本研究团队近几年对连云港地区野生灵芝资源开展了一系列育种研究ꎬ在采集㊁鉴定㊁驯化栽培㊁栽培条件优化及抗逆等方面做了一部分工作ꎬ探索并实践了代料栽培㊁椴木栽培和近地保护方式的仿野生栽培ꎬ但没有科学有效地从遗传学角度选择性地对这部分资源进行研究㊁开发和保护ꎬ对连云港地区不同区域采集的灵芝资源的生物学特性㊁基因组特征和遗传多样性尚不清楚ꎮ因此ꎬ本研究拟选取具有代表性的野生灵芝菌株进行分离㊁鉴定ꎬ对不同菌株间菌落生长速度㊁液体发酵生物量㊁液体发酵ｐＨ值和人工栽培吃料速度等生物学特性进行研究ꎬ首次采用全基因组重测序方法对不同灵芝菌株之间基因组特征及遗传多样性进行分析ꎬ以期明确其在分子水平上的遗传多态性与亲缘关系ꎬ为后期通过分子标注技术与灵芝生物学特性㊁表型性状评价相结合创造优质种质资源及挖掘关键功能基因提供理论基础ꎮ１㊀材料与方法１.１㊀试验材料本项目组于２０２２年６－９月在江苏省连云港市范围内采集获得野生灵芝标本ꎬ根据形态特征㊁生境特点选取具有代表性的标本１２个ꎬ野生灵芝标本信息如表１所示ꎮ将采集的野生灵芝进行组织分离得到菌株ꎬ保存于连云港市农业科学院的食用菌菌种库中ꎮ表１㊀野生灵芝的标本信息Ｔａｂｌｅ１㊀ＳｐｅｃｉｍｅｎｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍ菌株编号形态特征生境特点ｌｙｎｋ００１子实体无柄ꎬ呈红褐色ꎻ菌盖近半圆形ꎬ边缘肥厚ꎬ呈淡黄色ꎬ有轮纹生于阔叶林中的立木干基部朽木上ｌｙｎｋ００２子实体无柄ꎬ呈白色ꎻ菌盖边缘不规则ꎬ薄ꎬ呈淡黄褐色ꎬ有轮纹生于阔叶林中地下枯树桩上ｌｙｎｋ００３子实体无柄ꎬ呈红褐色ꎻ菌盖近圆形ꎬ边缘不规则ꎬ呈淡黄色ꎬ有轮纹生于阔叶树腐木桩上ｌｙｎｋ００４子实体有柄ꎬ呈红褐色ꎬ有漆样光泽ꎻ菌盖不规则ꎬ边缘薄ꎬ呈淡黄色生于阔叶树倒木上ｌｙｎｋ００５子实体有柄ꎬ呈红褐色ꎻ菌盖近似椭圆形ꎬ边缘不规则生于阔叶林中地下腐木上ｌｙｎｋ００６子实体为幼嫩阶段ꎬ近球形ꎬ黄色生于阔叶林中的立木干基部枯树根上ｌｙｎｋ００７子实体为幼嫩阶段ꎬ有２个分支ꎬ有漆样光泽ꎬ近球形ꎬ顶端呈淡黄色生于阔叶树腐木桩上ｌｙｎｋ００８子实体近扇形ꎬ白色ꎬ有轮纹生于阔叶林中地下腐木上ｌｙｎｋ００９子实体有柄ꎬ近扇形ꎬ红褐色ꎬ有轮纹生于阔叶树朽板根上ｌｙｎｋ０１０子实体有柄ꎬ半圆形ꎬ暗红褐色ꎬ有轮纹生于阔叶林中地下腐木上ｌｙｎｋ０１１子实体有柄ꎬ子实体为幼嫩阶段ꎬ扇形ꎬ呈黄色ꎬ边缘肥厚规则生于阔叶林中地下腐木桩周围地上ｌｙｎｋ０１２子实体有短柄ꎬ子实体为幼嫩阶段ꎬ近半圆形ꎬ呈黄色ꎬ边缘肥厚生于阔叶林中地下腐木木桩上㊀㊀试验试剂:马铃薯葡萄糖水培养基ꎬ购自青岛海博生物公司ꎻ马铃薯葡萄糖琼脂(ＰＤＡ)培养基ꎬ购自北京陆桥技术股份有限公司ꎻ蛋白胨ꎬ购自生工生物工程(上海)股份有限公司ꎻ酵母浸粉㊁琼脂粉ꎬ购自北京奥博星生物技术有限责任公司ꎮ试验仪器:ＣＸ４３显微镜ꎬ购自日本Ｏｌｙｍｐｕｓ公４２２江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期司ꎻ超净工作台ꎬ购自德国Ａｉｒｔｅｃｈ公司ꎻＰＣＲ仪㊁ＭＤ￣５５０离心机ꎬ购自德国Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ公司ꎮ１.２㊀试验方法１.２.１㊀灵芝菌株基因组的提取及分子鉴定㊀采用真菌基因组ＤＮＡ快速提取试剂盒提取基因组ＤＮＡꎬ采用真菌通用引物ＩＴＳ１(５ᶄ￣ＴＣＣＧＴＡＧＧＴＧＡＡＣＣＴＧＣＧＧ￣３ᶄ)和ＩＴＳ４(５ᶄ￣ＴＣＣＴＣＣＧＣＴＴＡＴＴＧＡＴＡＴＧＣ￣３ᶄ)进行ＰＣＲ扩增ꎮ扩增条件如下:９４ħ预变性５ｍｉｎꎻ９４ħ变性３０ｓꎬ６０ħ退火３０ｓꎬ７２ħ延伸１ｍｉｎꎬ３５个循环ꎻ７２ħ延伸１０ｍｉｎꎮ对ＰＣＲ产物进行测序ꎬ用ＭＥＧＡ７.０对所测内转录间隔区(ＩＴＳ)序列进行比对ꎬ用邻接(Ｎｅｉｇｈｂｏｒｊｏｉｎｉｎｇ)法构建系统发育树[１８]ꎮ１.２.２㊀灵芝菌株生物学特性比较分析１.２.２.１㊀菌丝体干质量的测定㊀量取５０ｍｌ灵芝发酵液倒入离心管中ꎬ１００００ｒ/ｍｉｎ离心５ｍｉｎꎬ将离心后获得的菌丝体转移到已干燥且确保恒质量的称量瓶中ꎬ８０ħ烘干ꎬ称量ꎬ计算菌丝体干质量ꎮ每个试验设２个重复ꎮ１.２.２.２㊀ｐＨ值的测定㊀在超净台中ꎬ无菌操作取１５ｍｌ发酵液于５０ｍｌ烧杯中ꎬ用ｐＨ计进行测定ꎬ测定前ｐＨ计需要校准ꎬ每个试验设２个重复ꎮ１.２.２.３㊀菌落直径及菌落生长速率的测定㊀用打孔器定量ꎬ将各菌株接种于直径９０ｍｍ的培养皿中ꎬ用马铃薯葡萄糖琼脂(ＰＤＡ)培养基在２５ħ避光培养５ｄꎬ测量菌落直径ꎮ菌落生长速率＝菌落直径/培养天数ꎮ每个试验设２个重复ꎮ１.２.２.４㊀菌丝吃料长度及吃料速率的测定㊀将各菌株接种于直径为１２ｃｍ的菌棒中ꎬ于２５ħ避光培养１３ｄꎬ测量吃料长度ꎮ吃料速率＝吃料长度/培养天数ꎮ每个试验设３个重复ꎮ１.２.３㊀灵芝全基因组重测序分析㊀全基因组重测序试验流程包括ＤＮＡ样品检测㊁文库构建㊁文库质控和上机测序等ꎮ１.２.３.１㊀样品检测㊀为保证文库构建质量ꎬ对基因组ＤＮＡ进行检测ꎬ待样品合格后进行文库构建ꎮ检测标准如下:琼脂糖凝胶电泳检测结果显示基因组ＤＮＡ主带完整清晰ꎬ且无降解或ＲＮＡ污染ꎻＮａｎｏ￣ｄｒｏｐ检测所得ＯＤ２６０/ＯＤ２８０值为１.８~２２ꎬ无蛋白质或肉眼可见的杂质污染ꎻＱｕｂｉｔ３.０检测ＤＮＡ样品质量浓度大于４０ｎｇ/μｌꎬＤＮＡ总量大于２μｇꎮ１.２.３.２㊀文库的构建㊀样品基因组ＤＮＡ检测合格后ꎬ严格按照ＮＥＢＮｅｘｔＵｌｔｒａＴＭⅡＤＮＡＬｉｂｒａｒｙＰｒｅｐＫｉｔｆｏｒＩｌｌｕｍｉｎａ中提供的标准流程进行文库构建ꎬ主要试验步骤如下:将基因组ＤＮＡ用ｂｉｏｒｕｐｔｏｒＵＣＤ￣２００处理成２００~５００ｂｐ的片段ꎻ对片段化的ＤＮＡ进行末端修复并加Ａ尾巴ꎬ然后连接测序接头ꎻ根据预期的文库选择特定比例的ＡＭＰｕｒｅＸＰＢｅａｄｓ进行目标片段选择ꎬ纯化去除接头污染ꎻ通过ＰＣＲ富集目标ＤＮＡ片段并用ＡＭＰｕｒｅＸＰＢｅａｄｓ进行纯化ꎬ即完成测序文库的构建ꎮ１.２.３.３㊀文库质控㊀文库构建完成后ꎬ对其进行质量检测ꎬ检测结果达到要求后方可进行上机测序ꎬ检测方法如下:用Ｑｕｂｉｔ３.０进行初步定量ꎻ用Ａｇｉｌｅｎｔ２１００对文库的插入片段大小(Ｉｎｓｅｒｔｓｉｚｅ)进行检测ꎬＩｎｓｅｒｔｓｉｚｅ符合预期且无接头污染才可进行下一步试验ꎻ用德国ＡＮＡＬＹＴＩＫＪＥＮＡ(耶拿)ＱＴＯＷＥＲ实时荧光定量ＰＣＲ仪对文库的有效浓度进行准确定量ꎬ即有效浓度>２ｎｍｏｌ/Ｌ为合格文库ꎮ１.２.３.４㊀上机测序㊀按照目标下机数据量对文库进行Ｐｏｏｌｉｎｇ(集中)ꎬ用ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉＳｅｑ平台对ＤＮＡ分子两端分别测序１５０ｂｐꎮ１.２.４㊀统计方法㊀用ＳＰＳＳ㊁Ｅｘｃｅｌ软件对数据进行处理分析ꎬ用Ｄｕｎｃａｎｓ新复极差法对组间差异显著性进行分析ꎬＰ<００５表示差异具有统计学意义ꎬ用Ｐｈｏ￣ｔｏｓｈｏｐ软件处理图片ꎬ用Ｏｒｉｇｉｎ９.１软件对所得数据作图ꎬ用ＭＥＧＡ７.０对内转录间隔区序列构建系统发育树ꎬ用ＳＩＭＣＡ１４.１软件进行主成分分析ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀野生灵芝菌株的分离及保存本研究采集的野生灵芝详见图１ꎬ生境植被为麻栎㊁板栗等阔叶树种ꎬ幼嫩灵芝子实体呈近球形或近半圆形ꎬ已形成菌盖的灵芝厚度不一ꎬ菌盖上轮纹明显ꎬ大部分幼嫩子实体为淡黄色ꎬ菌盖边缘为淡黄色ꎬ本研究分离到１株白肉灵芝和１株树舌灵芝ꎬ详见图１Ｂ㊁图１Ｈꎮ㊀㊀经分离获得灵芝菌株１２株(图２Ａ至图２Ｌ)ꎬ在马铃薯葡萄糖琼脂(ＰＤＡ)培养基中ꎬ菌落近圆形ꎬ菌落周边菌丝表面平整ꎬ菌丝色泽为淡黄色或白色ꎬ菌丝均匀㊁浓密ꎬ无气生菌丝ꎮ通过奥林帕斯显微镜观察发现菌丝分支密度不高(图２Ｍ)ꎬ且菌丝粗壮(图２Ｏ)ꎬ有隔膜ꎬ可见锁状联合(图２Ｎ)ꎬ无杂菌ꎮ孢子呈球形(图２Ｐ)ꎬ直径为４.５１~１３５２μｍꎮ将分离获得的菌株用试管斜面保存于４ħ冰箱ꎮ５２２纪㊀伟等:连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析２.２㊀灵芝菌株基因组ＤＮＡ的提取及分子鉴定使用真菌基因组ＤＮＡ快速提取试剂盒分别提取分离获得的１２株灵芝菌株基因组ＤＮＡꎬ基因组ＤＮＡ的电泳结果见图３Ａꎮ将提取的基因组ＤＮＡ低温保存ꎬ用于ＩＴＳ分子鉴定和全基因组重测序ꎻ通过ＩＴＳ测序ꎬ使用邻接法构建系统发育树(图３Ｂ)ꎮ从进化树可以看出ꎬ１２株野生灵芝被聚成３大类ꎬ其中第Ⅰ类有４株ꎬ占总株数的３３３％ꎬ第Ⅱ类有３株ꎬ占总株数的２５０％ꎬ第Ⅲ类有５株ꎬ占总株数的４１７％ꎮ由分支情况可知ꎬ每个分类的近交程度较低ꎬ其中第Ⅲ类表征遗传多样性的参数都高于其他２类(Ⅰ㊁Ⅱ)ꎬ表明其遗传性更丰富ꎮＡ至Ｌ对应编号为ｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２(见表１)的野生灵芝子实体ꎮ图１㊀野生灵芝子实体Ｆｉｇ.１㊀ＦｒｕｉｔｉｎｇｂｏｄｙｏｆｗｉｌｄＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍＡ~Ｌ:编号为ｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２(见表１)的灵芝菌落形态ꎻＭ~Ｐ:灵芝菌丝和孢子的显微形态ꎮ图２㊀灵芝菌落形态和显微结构Ｆｉｇ.２㊀ＣｏｌｏｎｙｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙａｎｄｍｉｃｒｏｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍＡ图中ꎬＭ:ｍａｒｋｅｒꎻ１~１２:编号为ｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２(见表１)的灵芝基因ꎮ图３㊀灵芝基因组电泳结果(Ａ)和内转录间隔区(ＩＴＳ)序列的系统发育树(Ｂ)Ｆｉｇ.３㊀Ｇｅｎｏｍｅｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ(Ａ)ａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆｉｎｔｅｒｎａｌｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄｓｐａｃｅｒ(ＩＴＳ)ｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍ(Ｂ)６２２江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期２.３㊀灵芝菌株生物学特性的比较分析对１２株灵芝菌株进行生物学特性测试ꎬ由图４可知ꎬ不同菌株之间的菌落直径㊁菌落生长速率呈现较明显的分化ꎬ其中菌株ｌｙｎｋ００２的菌落直径㊁菌落生长速率最高ꎬ分别为８３９ｃｍ㊁１６８ｃｍ/ｄꎬ其次是菌株ｌｙｎｋ０１０ꎬ其菌落直径㊁菌落生长速率均显著高于菌株ｌｙｎｋ００５㊁ｌｙｎｋ００６㊁ｌｙｎｋ００７和ｌｙｎｋ００８(Ｐ<００５)ꎬ菌株ｌｙｎｋ００７的菌落直径㊁菌落生长速率最低ꎮ对不同菌株液体发酵生物量进行统计发现ꎬ菌株ｌｙｎｋ０１０的菌丝体干质量最高ꎬ为１３１２ｇ/Ｌꎬ其次为菌株ｌｙｎｋ００２ꎬ菌株ｌｙｎｋ００３的菌丝体干质量最低ꎬ菌株ｌｙｎｋ０１０的菌丝体干质量显著高于菌株ｌｙｎｋ００１㊁ｌｙｎｋ００３㊁ｌｙｎｋ００４㊁ｌｙｎｋ００５㊁ｌｙｎｋ００６㊁ｌｙｎｋ００７㊁ｌｙｎｋ００８㊁ｌｙｎｋ０１１和ｌｙｎｋ０１２(Ｐ<００５)ꎮ对不同菌株液体发酵的ｐＨ值进行统计发现ꎬ菌株ｌｙｎｋ００５的ｐＨ值最高ꎬ为５２９ꎬ其次为菌株ｌｙｎｋ００７ꎬｐＨ值为５２７ꎬ菌株ｌｙｎｋ００２的ｐＨ值最低ꎬ为４.４５ꎬ菌株ｌｙｎｋ００５的ｐＨ值显著高于菌株ｌｙｎｋ００２㊁ｌｙｎｋ００８㊁ｌｙｎｋ００９㊁ｌｙｎｋ０１０和ｌｙｎｋ０１２(Ｐ<００５)ꎮ对不同菌株菌丝的吃料长度㊁吃料速率进行统计发现ꎬ菌株ｌｙｎｋ０１０菌丝的吃料长度㊁吃料速率分别为７２７ｃｍ㊁０５６ｃｍ/ｄꎬ其次是菌株ｌｙｎｋ００２ꎬ菌株ｌｙｎｋ０１０菌丝的吃料长度㊁吃料速率显著高于菌株ｌｙｎｋ００５㊁ｌｙｎｋ００６㊁ｌｙｎｋ００７和ｌｙｎｋ００８菌丝(Ｐ<００５)ꎮＡ:菌落直径ꎻＢ:菌落生长速率ꎻＣ:菌丝体干质量ꎻＤ:ｐＨ值ꎻＥ:菌丝吃料长度ꎻＦ:菌丝吃料速率ꎮａ:ｌｙｎｋ００１ꎻｂ:ｌｙｎｋ００２ꎻｃ:ｌｙｎｋ００３ꎻｄ:ｌｙｎｋ００４ꎻｅ:ｌｙｎｋ００５ꎻｆ:ｌｙｎｋ００６ꎻｇ:ｌｙｎｋ００７ꎻｈ:ｌｙｎｋ００８ꎻｉ:ｌｙｎｋ００９ꎻｊ:ｌｙｎｋ０１０ꎻｋ:ｌｙｎｋ０１１ꎻｌ:ｌｙｎｋ０１２ꎮｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２见表１ꎮ不同处理间标有不同小写字母表示差异显著(Ｐ<００５)ꎮ图４㊀灵芝菌株的生物学特性比较Ｆｉｇ.４㊀ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｓｔｒａｉｎｓ２.４㊀测序数据统计分析用ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉＳｅｑ平台对有效数据进行测序ꎬ结果显示ꎬ高质量的有效读取数总计为２６３４４８３５８条ꎬ总碱基数为７９０３４５０７４００ｂｐꎬ平均每条测序有效读取长度为３００ｂｐꎬ有效读取数㊁总碱基数最多的是菌株ｌｙｎｋ００９ꎬ最少的是菌株ｌｙｎｋ００８ꎬ测序Ｇ＋Ｃ含量为４８.０４％~５８４５％ꎬ质量数大于２０的碱基所占比例(Ｑ２０)㊁质量数大于３０的碱基所占比例(Ｑ３０)的平均值分别为９４５５％㊁８８９５％ꎬ说明测序出错率低ꎬ质量符合要求ꎬ建库成功ꎬ可用于后续ＳＮＰ标记挖掘ꎬ详细数据统计结果见表２ꎮ２.５㊀比对率统计分析以Ｌｉｕ等[１９]报道的灵芝单核菌株ＤＨ￣８的全基因组为参考基因组进行比对ꎬ由表３可以看出ꎬ在唯一位点比对率方面ꎬ菌株ｌｙｎｋ００２㊁ｌｙｎｋ００３和ｌｙｎｋ００８对应的测序数据唯一位点比对率较低ꎬ其他菌株的唯一位点比对率为２０.６７％~３３４０％ꎬ平均唯一位点比对率为２２６３％ꎻ多位点比对率为０.８１％~５６８％ꎬ平均比对率为３６８％ꎮ本研究采集的灵芝菌株与已报道的灵芝菌株ＤＨ￣８基因组的比对率较７２２纪㊀伟等:连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析低ꎬ说明本研究中的菌株与已报道的菌株之间的遗传距离较远ꎮ２.６㊀覆盖度、覆盖深度的统计分析由图５可以看出ꎬ在覆盖率方面ꎬ菌株ｌｙｎｋ００２㊁ｌｙｎｋ００８较低ꎬ其他菌株的覆盖率较接近ꎬ覆盖率为３４.２３％~３６７８％ꎬ平均覆盖率为３０４０％ꎮ在覆盖深度方面ꎬ菌株ｌｙｎｋ００２㊁ｌｙｎｋ００３的覆盖深度相对较低ꎬ分别为１８８０㊁１９０４ꎬ菌株ｌｙｎｋ００９的覆盖深度最高ꎬ为８４４９ꎬ平均覆盖深度为５０６８ꎮ２.７㊀变异类型分析单核苷酸多态性(ＳＮＰ)的类型及插入缺失标记(ＩｎＤｅｌ)长度统计结果详见图６ꎮ在本研究中ꎬ共获得了７０５７４２个变异位点ꎬ其中５９８８６４个为ＳＮＰꎬ１０６８７８个为ＩｎＤｅｌꎮＳＮＰ数量统计结果显示ꎬ４０１００１个ＳＮＰ是转换类型(Ａ/Ｇ和Ｃ/Ｔꎬ为嘌呤之间或嘧啶之间的交换)ꎬ１９７８６３个ＳＮＰ是颠换类型(Ａ/Ｃ㊁Ａ/Ｔ㊁Ｃ/Ｇ和Ｇ/Ｔꎬ为嘌呤和嘧啶之间的交换)ꎬ转换颠换比(Ｔｓ/Ｔｖ)为２０３ꎮＩｎＤｅｌ数量统计结果显示ꎬ长度小于或等于１０ｂｐ的ＩｎＤｅｌ占比达到９７９７％ꎬ长度大于１０ｂｐ的ＩｎＤｅｌ占比为２０３％ꎬ长度为２ｂｐ的ＩｎＤｅｌ数量最多ꎬ为３５１０４个ꎮ表２㊀测序数据统计结果Ｔａｂｌｅ２㊀Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓｏｆｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｄａｔａ菌株编号有效读取数(条)总碱基数(ｂｐ)Ｇ＋Ｃ含量(％)Ｑ２０(％)Ｑ３０(％)ｌｙｎｋ００１２７１６８３３５８１５０５００５００５２.７６９５.５０９０.０７ｌｙｎｋ００２１５８３２３９７４７４９７１９１００４８.０４９５.８９９０.５８ｌｙｎｋ００３２７５３４８９０８２６０４６７０００５０.４７９５.２１８９.８１ｌｙｎｋ００４２３１８０１８８６９５４０５６４００５４.６５９５.３８９０.３５ｌｙｎｋ００５２７３８４５３１８２１５３５９３００５４.６８９３.６８８８.０８ｌｙｎｋ００６２７９９９１２２８３９９７３６６００５４.７８９５.４４９０.１８ｌｙｎｋ００７１４２３１１８０４２６９３５４０００５２.６２９３.９８８７.６７ｌｙｎｋ００８１３００８６９８３９０２６０９４００５８.４５９０.４０８３.９１ｌｙｎｋ００９２９２５３７８２８７７６１３４６００５３.８１９５.７２９０.５０ｌｙｎｋ０１０１３８８１８９０４１６４５６７０００５５.０７９４.１７８８.５３ｌｙｎｋ０１１２３４５９６０６７０３７８８１８００５４.５４９５.９５９０.８４ｌｙｎｋ０１２２０５１３７３９６１５４１２１７００４９.１７９３.２５８６.９０平均５３.２５９４.５５８８.９５Ｑ３０:质量数大于３０的碱基所占比例ꎻＱ２０:质量数大于２０的碱基所占比例ꎮｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２见表１ꎮ表３㊀测序数据比对率统计结果Ｔａｂｌｅ３㊀Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｒａｔｅｓｔａｔｉｓｔｉｃｓｏｆｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｄａｔａ菌株编号唯一位点比对数(个)唯一位点比对率(％)多位点比对数(个)多位点比对率(％)未比对数(个)未比对率(％)ｌｙｎｋ００１７９９５５９１２９.４３１３７１３９９５.０５１７８０１３４６６５.５２ｌｙｎｋ００２３９８７３３２.５２１７８９７７１.１３１５２５４６８８９６.３５ｌｙｎｋ００３２４１２４４８８.７６６８３６０３２.４８２４４３８８３９８８.７６ｌｙｎｋ００４７７４１７０４３３.４０１３１７２８７５.６８１４１２１１９７６０.９２ｌｙｎｋ００５７５１５８５９２７.４５１１０９６４８４.０５１８７５９０２４６８.５０ｌｙｎｋ００６９０９４３４６３２.４８１２４３１６８４.４４１７６６１６０８６３.０８ｌｙｎｋ００７３３０１９６６２３.２０４８６４９３３.４２１０４４２７２２７３.３８ｌｙｎｋ００８４６７３１８２.２８１６５２４９０.８１１９８８１１７２９６.９２ｌｙｎｋ００９９４０８９９７３２.１６１５５６６８８５.３２１８２８８０９８６２.５２ｌｙｎｋ０１０３７８７２８３２７.２８６３４９６５４.５７９４５９６４２６８.１４ｌｙｎｋ０１１７４８４０２８３１.９０１１５７４９５４.９３１４８１８０８３６３.１６ｌｙｎｋ０１２２６８９２６２２０.６７２９８６８６２.３０１００２０７５０７７.０３平均５１９１４６１２２.６３８５０３０５３.６８１５９１２２６４７３.６９ｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２见表１ꎮ２.８㊀变异在基因组上的分布如表４所示ꎬ５条染色体中ＳＮＰ总数量为５９８８６４个ꎬ在染色体Ｃｈｒ０１中ꎬＳＮＰ最多ꎬ数量为２７５９００个ꎬ占比为４６０７％ꎬ同时染色体Ｃｈｒ０１对应的ＳＮＰ密度也最高ꎻ插入或缺失导致的基因差异在染色体Ｃｈｒ０１上表现得较明显ꎬＩｎＤｅｌ数量为４７３５５个ꎬ占总ＩｎＤｅｌ数量的４４３１％ꎬ同时对应的ＩｎＤｅｌ密度也最高ꎮ８２２江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期以２０ｋｂ窗口为单位进行统计ꎮｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２见表１ꎮａ:染色体１ꎻｂ:染色体２ꎻｃ:染色体３ꎻｄ:染色体４ꎻｅ:染色体５ꎮ图５㊀测序数据对基因组的覆盖度、覆盖深度分布Ｆｉｇ.５㊀Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｃｏｖｅｒａｇｅａｎｄｄｅｐｔｈｏｆｇｅｎｏｍｅｂｙｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｄａｔａ９２２纪㊀伟等:连云港地区野生灵芝生物学特性及基因组特征分析Ａ:ＳＮＰ类型ꎻＢ:ＩｎＤｅｌ长度ꎮ图６㊀插入缺失标记(ＩｎＤｅｌ)长度和单核苷酸多态性(ＳＮＰ)类型统计结果Ｆｉｇ.６㊀Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｒｅｓｕｌｔｓｏｆｉｎｓｅｒｔｉｏｎｏｒｄｅｌｅｔｉｏｎ(ＩｎＤｅｌ)ｌｅｎｇｔｈａｎｄｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＳＮＰ)ｔｙｐｅ表４㊀变异数量及密度统计结果Ｔａｂｌｅ４㊀Ｎｕｍｂｅｒｏｆｍｕｔａｔｉｏｎｓａｎｄｄｅｎｓｉｔｙ染色体长度(Ｍｂ)ＳＮＰ数量(个)ＳＮＰ密度(个ꎬ１Ｍｂ)ＩｎＤｅｌ数量(个)ＩｎＤｅｌ密度(个ꎬ１Ｍｂ)１１３３５２１４８２７５９００２０６６３.３４４７３５５３５４６.６２２１０３３０６９４１２３９６８１１９９９.９７２２３０８２１５９.３９３１０４６８３０４８８８４５８４８７.０５１６７９８１６０４.６５４１０１３２８８７７０６４１６９７１.４６１２８９９１２７２.９８５５２４５００９３９５１０７５３２.８８７５１８１４３３.３６合计４９５２９０４２５９８８６４１２０９１.１７１０６８７８２１５７.８９２.９㊀主成分分析为总体分析灵芝菌株之间的遗传关系ꎬ对测序数据进行主成分分析ꎮ如图７所示ꎬ贡献度排前２位的主成分１㊁主成分２的特征值分别为５８４％㊁２８２％ꎬ合计贡献率为８６６％ꎮ根据菌株分布情况ꎬ大致可以分为３簇(或３类)ꎬ第Ⅰ簇位于第１象限ꎬ共３个菌株ꎬ为ｌｙｎｋ００２㊁ｌｙｎｋ００３和ｌｙｎｋ００８ꎬ其中ｌｙｎｋ００２和ｌｙｎｋ００８分布得更集中ꎻ第Ⅱ簇位于第３象限ꎬ共３个菌株ꎬ为ｌｙｎｋ００７㊁ｌｙｎｋ０１０和ｌｙｎｋ０１２ꎬ其中ｌｙｎｋ００７和ｌｙｎｋ０１０分布得相对较近ꎻ第Ⅲ簇位于第２象限和第４象限交汇处ꎬ共６个菌株ꎬ为ｌｙｎｋ００１㊁ｌｙｎｋ００４㊁ｌｙｎｋ００５㊁ｌｙｎｋ００６㊁ｌｙｎｋ００９和ｌｙｎｋ０１１ꎮ３㊀讨论有研究发现ꎬ除金针菇㊁黑木耳等少数单核菌丝可以形成子实体外ꎬ多数食用菌只有双核菌丝才能形成子实体ꎬ双核菌丝体与单核菌丝体相比ꎬ具有分支快㊁菌丝健壮和稳定性好等优势ꎬ因此在食用菌生产中ꎬ菌株大多选择双核菌丝[２０]ꎮ本研究分离的灵ＰＣ１:主成分１ꎻＰＣ２:主成分２ꎮｌｙｎｋ００１~ｌｙｎｋ０１２见表１ꎮ图７㊀灵芝菌株的主成分分析Ｆｉｇ.７㊀ＰｒｉｎｃｉｐａｌｃｏｍｐｏｎｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｌｕｃｉｄｕｍｓｔｒａｉｎ芝菌株具有锁状联合ꎬ而锁状联合是双核菌丝的鉴定标准ꎬ因此本研究采集的菌株具备形成子实体的条件ꎮ菌落生长速率㊁液体发酵菌丝体干质量和菌丝吃料速率等参数反映了菌丝的活力ꎬ而且呈正相关ꎬ菌株活力也关系着菌株优劣㊁后续出菇好坏㊁栽培时间和子实体产量等[２１]ꎮ韩鹏等[２２]以羊肚菌菌丝生长速度㊁长势作为菌株优劣的评价标准ꎬ董玉兰等[２３￣２４]分别结合菌丝萌发活力㊁生物量对白灵菇㊁桑黄菌株的活力进行评价ꎮ本研究结果显示ꎬ在连云港不同区域采集的野生灵芝种质资源ꎬ菌株之间的生物学特性存在较大差异ꎬ菌落生长速率㊁液体发酵菌丝体干质量和菌丝吃料速率最高值分别是最低值的１４９倍㊁１７７倍和１４０倍ꎬ差异程度达到显著水平(Ｐ<００５)ꎬ三者之间呈正相关趋势ꎬ而与发酵液的ｐＨ值呈负相关趋势ꎮ㊀㊀Ｂｒｏｗｎ等[２５]对３２个花生品种进行了全基因组重测序ꎬ对品种间基于系谱和基于ＳＮＰ的遗传相似性进行对比ꎬ发现基于全基因组重测序数据获得的结果更加准确ꎬ具有高度相关性的品种紧密地聚在０３２江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期一起ꎬ可见重测序在探索品种的遗传多样性㊁鉴定未知来源材料方面具有不可比拟的优越性ꎮ郭敏杰等[２６]发现ꎬ基因型数据更能准确地反映品种内在遗传基础ꎮ本研究通过ＩＴＳ聚类分析ꎬ将１２株野生灵芝种质资源聚成３大类ꎬ通过主成分分析ꎬ根据菌株在坐标上的分布情况ꎬ同样将这１２个菌株分为３类ꎬ其中聚类分析的第２类与主成分分析的第Ⅱ簇完全吻合ꎬ而聚类分析的第Ⅰ㊁Ⅲ类与主成分分析的第Ⅰ㊁Ⅲ簇存在一定出入ꎬ聚类分析中第Ⅰ类中的ｌｙｎｋ００６㊁ｌｙｎｋ００９在主成分分析中聚为第Ⅲ簇ꎬ聚类分析中第Ⅲ类中的ｌｙｎｋ００２在主成分分析中聚为第Ⅰ簇ꎬ由于主成分分析数据基于全基因组重测序数据ꎬ该方法更可靠ꎬ上述２种分析方法的第Ⅲ类表征遗传多样性的参数都高于其他２类(Ⅰ㊁Ⅱ)ꎬ说明第Ⅲ类具有更丰富的遗传多样性ꎮ目前基于二代测序的全基因组重测序技术已作为主流方法应用于很多物种ＳＮＰ标记的开发[２７]ꎮＳｈｅｎ等[２８]揭示了四倍体棉花的ＳＮＰ和ＩｎＤｅｌ多样性ꎬＺｈａｎｇ等[２９]确定了辣椒第１花节的候选基因ꎬ但灵芝这方面的研究还未见相关报道ꎮ本研究所测序列的Ｑ２０㊁Ｑ３０占比较高ꎬ说明测序出错率很低ꎬＧＣ分布正常ꎬ数据量达到预期目标ꎬ本研究采集的灵芝菌株与已报道的灵芝菌株ＤＨ￣８的基因组比对率较低ꎬ说明本研究中的菌株与已报道的菌株之间遗传距离较远ꎮ１２株灵芝中的ＳＮＰ数量为５９８８６４个ꎬＩｎＤｅｌ数量为１０６８７８个ꎬ在第１条染色体中ＳＮＰ最多ꎬ占比４６０７％ꎬＳＮＰ中转换颠换比(Ｔｓ/Ｔｖ)为２０３ꎬ说明变异以转换为主ꎬ插入或缺失导致的基因差异在第１条染色体上表现得较为明显ꎬ占总ＩｎＤｅｌ数的４４３１％ꎬ表明可能有更多的功能基因在第１条染色体上ꎬ第１条染色体可以用于进一步挖掘更多功能基因ꎮ４㊀结论本研究对连云港范围内野生灵芝生物学特性进行分析ꎬ使用全基因组重测序技术对灵芝基因组进行测序ꎬ并进行序列特征分析和主成分分析ꎮ结果表明ꎬ从不同区域采集的野生灵芝种质资源在菌落生长速率㊁液体发酵液生物量和菌丝吃料速率等生物特性方面展现出较大差异ꎻ通过主成分分析将１２株野生灵芝种质资源聚为３类ꎬ其中第Ⅲ类具有更丰富的遗传多样性ꎮ在１２株灵芝基因组中ꎬ第１条染色体的ＳＮＰ最多ꎬ变异以转换为主ꎬ插入或缺失导致的基因差异在第１条染色体上表现得明显ꎬ说明可能有更多功能基因在第１条染色体上ꎬ第１条染色体可以用于进一步挖掘更多的功能基因ꎮ本研究结果可为后期分子标注技术与灵芝生物学特性㊁表型性状评价相结合ꎬ创造优质种质资源和挖掘优质基因提供科学的理论基础ꎮ参考文献:[１]㊀胡惠萍ꎬ刘远超ꎬ莫伟鹏ꎬ等.两株西藏白肉灵芝菌株特性初探[Ｊ].食用菌学报ꎬ２０１７ꎬ２４(１):５０￣５４.[２]㊀戴玉成ꎬ曹㊀云ꎬ周丽伟ꎬ等.中国灵芝学名之管见[Ｊ].菌物学报ꎬ２０１３ꎬ３２(６):９４７￣９５２.[３]㊀ＳＯＨＲＥＴＯＧＬＵＤꎬＨＵＡＮＧＳ.Ｇａｎｏｄｅｒｍａｌｉｎｇｚｈｉｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓａｓａｎａｎｔｉ￣ｃａｎｃｅｒａｇｅｎｔ[Ｊ].Ａｎｔｉ￣ＣａｎｃｅｒＡｇｅｎｔｓｉｎＭｅｄｉｃｉｎａｌＣｈｅｍｉｓｔｒｙꎬ２０１８ꎬ１８(５):６６７￣６７４.[４]㊀王朝川.灵芝成分及功能的研究现状[Ｊ].中国果菜ꎬ２０１８ꎬ３８(８):４５￣４７ꎬ５３.[５]㊀ＭＥＮＧＪꎬＷＡＮＧＳＺꎬＨＥＪＺꎬｅｔａｌ.ＧａｎｏｄｅｒｉｃａｃｉｄＡｉｓｔｈｅｅｆ￣ｆｅｃｔｉｖｅｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔｏｆＧａｎｏｄｅｒｍａｔｒｉｔｅｒｐｅｎｅｓｉｎｒｅｔａｒｄｉｎｇｒｅｎａｌｃｙｓｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｉｎｐｏｌｙｃｙｓｔｉｃｋｉｄｎｅｙｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＪｏｕｒｎａｌｏｆＳｐｏｒｔｓＭｅｄｉｃｉｎｅꎬ２０２０ꎬ４１(６):７８２￣７９０.[６]㊀李丹妮ꎬ朱长俊ꎬ郑雨晴ꎬ等.灵芝种植及初加工研究进展[Ｊ].南方农业ꎬ２０２１ꎬ１５(８):２３３￣２３５.[７]㊀崔黎明ꎬ刘㊀利ꎬ潘丽艳ꎬ等.灵芝孢子误诊为寄生虫虫卵３例分析[Ｊ].中国实验诊断学ꎬ２０１６ꎬ２０(７):１１９１￣１１９２. 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走！去看青藏高原上的奇妙蘑菇

202466FEB.图文 / 王庚申（中国科学院昆明植物研究所）蘑菇，也叫大型真菌，是一类肉眼可见、手可触摸的真菌。

它们有着多种多样的形态和功能，有些可食用，有些可药用，有些有剧毒，有些能使人致幻。

蘑菇分布范围广泛，从热带雨林到寒带冰原，几乎无处不在。

而在青藏高原这样一个平均海拔超过3000米、气候干燥且辐射强烈的地区，蘑菇也展现出了惊人的适应能力和生存策略。

本文将介绍3种青藏高原上常见的蘑菇——灰盖蜡伞、黄褐鹅膏和喜马拉雅假齿菌，它们都有自己的特征和故事，让我们一起来了解一下吧！KP， LET'S GO行知天下灰盖蜡伞：高原上的“黏蚊板”提到捕食，大多数人会认为这是动物的专属能力，少数人也会想到猪笼草、狸藻等食虫植物。

但你知道吗？蘑菇也有捕食功能，而且方式多种多样。

例如，我们日常食用的平菇等蘑菇，可以利用菌丝上的套索捕食线虫。

研究人员已经发现，真菌的▶ 平菇菌丝捕捉线虫（绘图/飞飞）走！去看青藏高原上的奇妙蘑菇▶ 蘑菇结构示意图（绘图/飞飞）孢子菌褶菌盖菌丝菌柄子实体盖蜡伞（Hygrophorus griseodiscus），遗憾的是，文献中并没有关于此物种菌盖黏附蚊蝇的记录。

灰盖蜡伞为什么会黏附捕捉昆虫？它是为了获取额外的氮元素，还是为了防止昆虫的取食，或者有其他原因？这个问题的答案还有待进一步研究和探索。

不过，肯定的是，这种独特的捕捉蚊蝇的方式，一定有助于灰盖蜡伞在原始森林中生存。

黄褐鹅膏：大树下的“鹅蛋”提到有毒的蘑菇，许多人的固有印象是“越鲜艳的蘑菇越有毒”；对蘑菇有一定了解的人会以为穿“三件套”的蘑菇大多有剧毒，即头上戴帽子、腰间套裙子、脚上穿袜子，因为“三件套”是剧毒蘑菇家族——鹅膏属的典型特征，此属盛产毒蘑菇，因误食毒蘑菇死亡的案例，近90%都是由此属成员造成的。

然而，任何事情都不是绝对的，在中国西南地区就生长着既鲜艳又身着“三件套”的鹅膏属的家族成员——黄褐鹅膏（Amanita ochracea）。

基于_iPBS_标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA_指纹图谱构建

热带作物学报2021, 42(2): 317 324Chinese Journal of Tropical Crops基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建崔学强，唐璇，黄昌艳，邓杰玲，李秀玲，卢家仕*，张自斌*广西壮族自治区农业科学院花卉研究所，广西南宁 530007摘要：以48份石斛兰种质资源为对象，采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。

结果表明：从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物；利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增，共获得279条谱带，其中多态性条带279条，多态性比例为100%；采用GenAlEx 6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（N a）为2.000，平均有效等位基因数（N e）为1.202，平均Nei’s遗传多样性指数（H e）为0.153，平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274，48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性；采用NTSYS-pc 2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667~0.9211，基于遗传相似系数进行UPGMA聚类，在相似系数0.75处，可将48份石斛兰划分为7个类群。

利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源，该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。

关键词：石斛兰；iPBS分子标记；遗传多样性；DNA指纹图谱中图分类号：S813.3 文献标识码：AGenetic Diversity Analysis and Fingerprinting Construction of Dendrobium Germplasm Resources by iPBS MarkerCUI Xueqiang, TANG Xuan, HUANG Changyan, DENG Jieling, LI Xiuling, LU Jiashi*, ZHANG Zibin* Flower Research Institute, Guangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanning, Guangxi 530007, ChinaAbstract: The genetic diversity of 48 Dendrobium germplasm resources was analyzed and DNA fingerprint was con-structed by the iPBS molecular marker technique. The results showed that seven primers with clear amplification bands, high polymorphism and good repeatability were selected from 83 iPBS primers. The selected primers were used to am-plify the genomic DNA of 48 Dendrobium germplasm resources by PCR, and a total of 279 bands were generated, of which 279 were polymorphic bands, and the polymorphic ratio was 100%. By GenAlEx 6.5 software, average value of observed allele number, effective number of alleles, Nei's gene diversity and Shannon's information index was 2.000, 1.202, 0.153 and 0.274, respectively, indicating that a high level of genetic diversity among the 48 Dendrobium germ-plasm resources. The genetic similarity coefficient among the 48 Dendrobium germplasm resources ranged from 0.6667 to 0.9211 by NTSYS-pc 2.1 software. UPGMA clustering based on genetic similarity coefficient revealed the 48 Den-drobium germplasm resources could be divided into seven groups when genetic similarity was 0.75. The DNA finger-print map constructed with two pairs of primers could separately identify the 48 Dendrobium germplasm resources, which could provide a scientific basis for the classification and identification of Dendrobium.Keywords: Dendrobium; iPBS molecular marker; genetic diversity; DNA fingerprintingDOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2021.02.004收稿日期 2020-03-03；修回日期 2020-05-31基金项目广西创新驱动发展专项项目（桂科AA17204045-6，桂科AA17204026）；广西农业科学院基本科研业务专项项目（桂农科2020YM32）。

基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究

基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究香菇（Lentinula edodes）是世界主要栽培食用菌之一，香菇菌种的准确鉴定是香菇大规模生产和菌种知识产权保护的重要前提。

本研究基于香菇全基因组序列开发200对SSR标记用于25份常用香菇栽培菌种的遗传多样性分析和菌种鉴定。

结果表明：供试材料的遗传相似性较高，遗传相似系数平均值为0.776，最小值为0.567，最大值为1。

基于遗传多样性分析结果，筛选出7对带型清晰且重复性好的SSR标记，并成功构建了11份香菇商业菌种的多位点SSR指纹图谱。

这11份菌种分别为：Cr02、闵丰1号、香菇2414、森源1号、森源8404、香九、广香51号、华香5号、L952、L9319、L808。

香菇；简单重复序列；商业菌种；遗传多样性；指纹图谱香菇（Lentinula edodes）是我国十分重要的栽培食用菌。

自上世纪70年代以来，随着品种改良以及代料栽培技术的推广，我国香菇总产量有了极大的提高，逐渐占到世界总产量的70%以上[1]。

据中国食用菌协会统计，2012年我国香菇总产量达到400万吨，仅次于糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus），是我国第二大栽培食用菌。

随着香菇栽培规模的逐步扩大，香菇栽培菌种的使用数量也越来越多，目前已有25份香菇菌种通过了国家品种审定委员会的认定，用于大规模的商业生产。

对于香菇产业来说，优质的菌种对香菇产量和质量的贡献至关重要。

目前，我国的香菇栽培正逐步从分散的小农小户生产向着专业化、分工化、规模化的方向发展，对香菇栽培菌种的质量和真实性要求越来越严格。

由于缺乏简洁高效的菌种检测手段，生产上假菌种、退化菌种时常冒充优良商业菌种流通于市场，导致菌种供应者和香菇生产者遭受巨大经济损失，迫切需要研制简便、快速、准确的菌种鉴定技术，以保证生产用种的准确无误。

菌种的真实性常通过基于表型分析的DUS（Distinctness，Uniformity and Stability）测试来鉴定。

DNA 指纹图谱分析方法

第10章 DNA指纹图谱分析方法10.1 DNA指纹图谱产生的原理10.1.1 高变异DNA序列的发现1980年，Wyman 和 White在进行人体DNA 基因文库的研究中，筛选到一个随机DNA片段，以其为探针进行RFLPs分析，检测到8个等位基因，平均杂合率超过75％，因此推测该位点的多态性来源于DNA重排而非碱基突变，这是人类基因组中发现的第一个高变区（hyper variable regions，简称HVRs）。

此后，人们在人类基因组中又陆续发现了其他一些高变区，如α-珠蛋白基因（Higgs等 1981，1986）、胰岛素基因（Bell等 1982）、脂蛋白基因（Knott 等 1986）、D-Ha-ras癌基因（Capon等 1983）、Zata-珠蛋白基因（Goodbourm等 1983）等基因的侧翼及肌红蛋白基因（Weller等1984）的第一个内含子区域，都含有这种HVRs。

这些高变区的共同特点为：都是由一短序列（即重复单位）首尾相连、多次重复而成，其多态性来源于重复单位的重复次数不同。

同一高变区的这些重复单位还具有高度的保守性，但因重复单位的重复数目不同，形成了众多的等位基因。

这些高变区后来被叫做小卫星（minisatellite）（Jeffreys等 1985a），有的人又称其为可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeat，简称VNTR）（Nakmura等1987）。

在小卫星DNA内，重复单位数目的高度变异是由于不等交换所造成的，换言之，即在有丝分裂时的姊妹染色单体（sister chromatids）或减数分裂时的同源染色体间互换所致。

有时候，发现DNA链架突变的发生频率高于点突变，其频率为每世代每千个核苷酸对在10－5～10－2。

虽然不等互换导致重复单位数目增加或减少，但不同重复的形成却是由于点突变造成的。

此外，基因转换（gene conversion）与重组似乎在同源性的维持上扮演着重要的角色。

等位酶技术在植物遗传多样性研究中的应用

等位酶技术在植物遗传多样性研究中的应用任晓月;陈彦云【摘要】概述等位酶的概念、等位酶分析的遗传学基础以及发展历史,简要介绍近年来等位酶技术在植物遗传多样性研究中的应用进展.等位酶分析技术作为一种稳定的基因组标记,可以对种群的遗传学结构作出估计,测量种群的遗传多样性以及各种群间的遗传距离,为植物遗传多样性及遗传育种等研究提供理论依据.因此,等位酶分析技术是研究天然居群遗传结构及种质资源遗传多样性的重要手段.【期刊名称】《农业科学研究》【年(卷),期】2010(031)002【总页数】4页(P48-51)【关键词】等位酶;植物;遗传多样性;应用【作者】任晓月;陈彦云【作者单位】宁夏大学西北退化生态系统恢复与重建教育部重点实验室,宁夏银川,750021;宁夏大学西北退化生态系统恢复与重建教育部重点实验室,宁夏银川,750021;宁夏大学生命科学学院,宁夏银川,750021【正文语种】中文【中图分类】Q346生物多样性是现代生态学研究的核心问题和热点之一,而遗传多样性是生物多样性研究的中心.遗传多样性广义上是指地球上所有生物携带的遗传信息的总和,而通常所说的遗传多样性是指种内不同种群间或一个种群内部不同个体的遗传变异[1].对植物遗传多样性的研究一般是从形态学、细胞学、生物化学和分子学这4个水平上进行研究的.从形态学水平研究遗传多样性主要是研究遗传上较为稳定的、不易受环境影响的性状,是通过有效的采样方案,运用数学统计方法,对质量性状和数量性状进行研究,揭示这些性状的遗传规律、变异大小以及种群的遗传结构[2].细胞遗传学主要研究染色体的变异,是生物多样性研究的重要方面.但是由于染色体是众多基因的“大包装”,其内部基因变化细节难以发现,特别是对染色体数目一致和形态相似的种或种群的个体,单纯用形态学和细胞学手段研究遗传多样性就会失去分辨力[3].而用生物化学和分子学手段正好弥补了这一缺陷,使遗传多样性的研究深入到种群内个体间的分子水平上来.一般都是通过氨基酸序列或同工酶或等位酶电泳的途径进行分析,前者一般是一些分子标记技术,如RFLP(限制片断长度多态性),DNA指纹(DNA fingerp rinting), RAPD(随机扩增多态性DNA),PCR(聚合酶链式反应)等,这些技术工作量大且耗时,可操作性差.而后者方便快捷,且可操作性强,已成为检测遗传多样性最普遍的方法.等位酶分析技术是了解天然种群的遗传结构、基因丰富程度以及栽培作物种质资源遗传多样性的最重要手段,它作为稳定的遗传标志,对生物种内和种间的遗传多样性、系统进化和亲缘关系等进行研究,从分子水平方面揭示遗传变异和多样性的机理,为细胞学和形态学分类提供有说服力的证据[4].1 等位酶分析技术1.1 等位酶分析的遗传学基础1969年,Prakash等[5]提出把同一基因位点的不同等位基因所编码的一种酶的不同形式叫做等位酶(allozyme).根据构成酶的多肽上的基因位点的编码不同,将同工酶遗传标记分为2种类型:同工酶与等位酶.构成酶的多肽是由2个以上基因位点所编码的酶称同工酶;构成酶的多肽是由一个基因位点上不同的等位基因所编码的酶称等位酶.其实,等位酶是同工酶中的一种特殊形式.等位酶分析的遗传学基础在于:根据中心法则,组成酶蛋白质多肽链的氨基酸种类和顺序是由DNA核苷酸链的碱基编码所决定的.当DNA链上酶结构基因发生点突变时,一个或多个核苷酸发生了置换,就会导致由它编码的氨基酸的改变,从而可以直接影响蛋白质的构型和静电荷的变化[4].等位酶技术的基本原理就是根据电荷性质的差异,通过蛋白质电泳或色谱技术和组织化学染色显示出等位酶的不同形式,从而推断假定酶基因位点的所有等位基因的存在[6].因为蛋白质是DNA编码的产物,所以使用等位酶技术的一个最基本的根据是,酶在电场里移动性的改变反映了编码DNA 顺序上的改变,因为酶谱类型是遗传的;第二个根据是,大多数酶的不同形式都是等显性的,即1个基因位点上的2个或多个等位基因都是能表达的,由它们所编码的多肽链形成的酶蛋白质在凝胶上作为酶基因的表现型都能显示出色带来,从而能被人们看见[7].1.2 等位酶分析技术的发展1959年,Market等首次提出同工酶的概念.1966年,Hubby等将同工酶电泳分析首次用于估计人类的遗传变异和果蝇天然居群的遗传变异群[8],之后同工酶电泳分析在动物研究中被广泛使用.随着资料的积累和方法上的需要,Riohardson等[9]出版了《等位酶电泳-动物系统学和居群研究手册》.在植物研究中利用同工酶技术则起步稍晚一点.Gottileb[10-11]首次用于种子植物,Soltis等[12]开始用于蕨类植物,Cummins等[13]在苔鲜植物的遗传多样性、系统学和进化研究中也开始使用同工酶资料.自此以后,同工酶的资料开始被广泛地应用于植物的遗传多样性、系统学和进化研究中.1969年,等位酶概念从广义的同工酶概念中分离出来,使等位酶分析技术成为一种更为有效的遗传多样性检测技术.目前,此技术已得到广泛应用,国际上已有了一套非常成熟的电泳、染色、遗传分析和数据处理的方法[14-16],并能对大批基因位点进行定量研究[17].然而,等位酶分析技术仍存在一些弱点,比如实验结果随植物不同发育时期、器官及环境而变化;可利用的遗传位点数量比较少,常规电泳方法只能检测出DNA序列中1/4左右的碱基替换;对电泳分析的样品要求较高[18].2 等位酶分析技术在植物遗传多样性中的应用等位酶分析技术具有较宽的应用范围,对研究种以下类群的居群遗传学结构、遗传多样性、繁育系统、探查无性系、地理变异、种间界线、近期系统发育重建、标本鉴定、推断杂种或多倍体的亲本、类群间的亲缘性等都有巨大的潜力[19].Wolff[20]以车前属的P.major,P.coronopus,nceolata为材料,利用等位酶淀粉凝胶电泳技术,分析比较3个种的繁殖系统及形态变异能力,结果表明:P.coronopus 和nceolata为自交繁育系统,具有相似的形态变异但变异较低,而P.major则有较高的形态变异.崔继哲等[21]应用等位酶分析方法,测定了松嫩平原南部微生境下羊草灰绿色和黄绿色2种生态型9个种群的遗传多样性及遗传分化程度,表明羊草种、种群和生态型水平都维持较高的遗传多样性,2种生态型之间有明显的遗传多样性差异及遗传分化.Li等[22]利用等位酶技术、RAPD和 SSR(微卫星DNA)分子标记法对以色列Amm iad区的野生二粒小麦(Triticum d icoccoides)进行遗传多样性分析,结果表明:RAPD和SSR区的野生二粒小麦的亚种群内部遗传多样性高于等位酶区;而等位酶区亚种群间的遗传变异大于RAPD和SSR区,可能是由于干旱气候选择的结果.张颖娟等[23]应用等位酶分析方法对鄂尔多斯特有种四合木种群进行研究,发现四合木在种群水平上维持较高的遗传多样性,大部分遗传多样性存在于种群内,而种群间遗传分化很低.李洪梅等[24]采用等位酶分析法对中国沙棘与俄罗斯沙棘的8个品系的遗传多样性进行分析,结果表明:沙棘具有丰富的遗传多样性.Grubbs等[25]采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对美国北部人参32个天然居群和12个栽培品种的遗传多样性和居群结构进行检测,结果发现:天然居群内遗传多样性较低,但居群间具有较高水平的遗传变异.杨敏生等[26]从欧洲中部及美国收集了18个刺槐种源种子,以2年生苗木为材料,采用水平切片淀粉凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳对11个酶系统进行检测,共发现20个酶位点,其中14个为多态位点,多态位点百分数为70%.Persson等[27]采用等位酶分析技术对欧洲榛(Cory lus avellana L.)的40个天然群体进行遗传多样性分析,结果表明:欧洲榛种群间分化显著,边缘种群内部遗传多样性低于中心区,其遗传多样性指标基因分化系数(Gst)为19.7%,丰富度为24%,原因可能为冰河期过后物种大暴发形成的瓶颈效应所致.Chang等[28]采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对韩国濒危植物Megaleranthis saniculifolia的27个酶位点进行检测,发现M.saniculifolia具有较高的遗传多样性和一定程度的遗传分化,每个位点平均等位基因数为1.47,多态位点百分率为40%,平均预期杂合度为0.088,居群间存在27.1%的遗传变异.袁庆华等[29]利用等位酶分析技术将采自北京及其周边地区的14个野生胡枝子属植物进行了遗传分析,发现胡枝子属植物各居群间存在较高的遗传分化程度.罗建勋等[30]也应用等位酶分析法对中国西部亚高山特有树种云杉(Picea asperata)10个天然群体的300个个体的遗传多样性和遗传分化进行研究,结果表明:云杉群体间等位基因的频率分化显著,其他云杉属树种基因的渐渗、群体微生境差异和不同强度的选择压力可能是造成群体间分化显著的主要原因.Segarra-Moragues等[31]利用水平淀粉凝胶电泳技术对车前草科柳穿鱼属的蛋黄草(Toad f laxes(Linaria M iller))进行遗传多样性分析,结果发现:蛋黄草遗传多样性很高,平均等位基因有效数目(Ae)为2.28,总的遗传多样性(HT)为0.24,种群内多样性(HS)为93.99%.杨艳等[32]采用不连续系统的聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳对新疆新麦草的5个天然居群和1个栽培种遗传多样性和居群结构进行等位酶分析,结果表明:新麦草具有丰富的遗传多样性,其多样性可能与生境、人工驯化、风媒异交等因素有关.Potenko[33]对俄罗斯远东地区的12个冷杉种群的20个酶位点进行水平淀粉凝胶电泳分析,分析表明:冷杉遗传多样性水平较高,平均每个位点等位基因数为2.63,多态位点百分数为88.1%,实际杂合度为0.181,期望杂合度为0.189.Chung等[34]采用水平淀粉凝胶电泳技术对韩国南部濒危物种圆叶石豆兰和槐叶萍进行等位酶变异分析,结果发现:种群内部遗传多样性极低,圆叶石豆兰的平均期望杂合度(He)为0.011,槐叶萍的He为0.002;而居群间遗传分化水平较高,圆叶石豆兰居群间遗传分化系数(Fst)为0.253,槐叶萍的Fst为0.899,表明外源基因的流入对韩国南部石生和附生植物种群基因的形成具有重要作用.胡红菊等[35]利用超薄平板微型聚丙烯酰胺凝胶等电聚焦电泳技术,对286份梨材料进行等位酶遗传变异分析,发现梨属植物具有丰富的遗传多样性,可用等位酶基因型指纹区分与鉴定梨品种.曹喆等[36]利用等位酶分析技术对24份扁蓿豆种质材料进行分析,发现扁蓿豆具有较高的遗传多样性.廖卉荣等[37]对紫丁香的4个天然群体进行等位酶聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,从28个酶系统中筛选出6个具有多态性的酶系统,标记了8个多态性基因位点、22个等位基因,发现多个等位基因位点与群体环境因子之间存在显著相关,表明这些多态性酶位点具有明显的生态适应性.总之,就目前来看,等位酶分析技术仍然是了解天然居群遗传结构、基因丰富度以及栽培作物种质资源遗传多样性最重要的手段.3 结语等位酶分析技术在植物遗传多样性研究中的应用已积累了丰富的资料,在采样原则、实验方法、数据处理和结果分析方面形成了一套统一的标准,并建立起检测种群遗传分化、遗传多样性和基因流水平上的定量指标,使不同物种的研究结果可以在共同的基础上进行比较[38].等位酶分析技术的应用扩大了人们对生物遗传变异和进化的认识,使人们对自然界物种的遗传结构有更进一步的了解.对植物遗传多样性的进一步深入研究,不仅可以反映现存物种的相对遗传关系,而且可以解释物种形成与灭绝的机制,有利于揭示保持生态系统功能稳定性和弹性的规律,确保制定各种政策和对策的科学性,使经济、社会同自然资源、生态系统协调发展,对最终实现可持续发展的战略目标具有重大意义.参考文献:【相关文献】[1]马克平.试论生物多样性的概念[J].生物多样性, 1993,1(1):20-22.[2]毕玉芬,卢欣石.植物遗传多样性及种群生态学研究进展[J].甘肃农业大学学报,1999,34(1):1-5.[3]王中仁.植物遗传多样性和系统学研究中的等位酶分析[J].应用生态学报,1994,2(2):38-43.[4]王中仁.植物等位酶分析[M].北京:科学出版社,1996.[5]PRAKASH S,LEWONTIN RC,HUBBY J L.A molecular approach to the study of genetic heterozygosity in natural popu lations,Ⅳ,patterns of genetic variation in cetrol,marginal and Isolated popu lations of d rosophila pseudoobscura[J].Genetics,1969,61:841-858. 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恩施地区常见乳菇类野生菌分子鉴定及系统发育分析

恩施地区常见乳菇类野生菌分子鉴定及系统发育分析韩玉;吴尧;揭春玉;王林;吴双清【期刊名称】《湖北农业科学》【年(卷),期】2022(61)23【摘要】以收集的24份恩施地区不同地点常见乳菇类野生菌为试材,提取子实体DNA,将测序结果与GenBank数据库进行比对,并将比对结果绘制成系统进化树进行分析。

结果表明,所测菌株与最近同源物相似性均达99%~100%;将目的菌株与最近同源物进行遗传距离分析,发现S1、S2、S3、S4、S5、S7、S8、S9、S10、S11、S12、S13、S14、S16和S22与3个最近的Lactarius vividus遗传距离为0,而S15为0.001,S23为0.003;S6、S17和S21均与Lactarius salmonicolor(JX852629.1)遗传距离为0;S19、S20与3个不同种的Lactarius hatsudake遗传距离为0,而S18与Lactarius hatsudake存在一定的遗传距离;S24与聚为一支的Lactifluus pilosus(MZ157882.1)遗传距离为0。

恩施地区常见乳菇类野生菌有鲜艳乳菇(Lactarius vividus)、鲑色乳菇(Lactarius salmonicolor)和红汁乳菇(Lactarius hatsudake),以鲜艳乳菇为主,均为可食用野生菌;还有一种易混淆的有毒菌——长绒多汁乳菇(Lactifluus pilosus)。

【总页数】5页(P206-209)【作者】韩玉;吴尧;揭春玉;王林;吴双清【作者单位】恩施土家族苗族自治州农业科学院【正文语种】中文【中图分类】S646【相关文献】1.粗柄羊肚菌分子鉴定及羊肚菌属真菌系统发育分析2.我国人工栽培和野生黑色羊肚菌的菌种鉴定及系统发育分析3.藤县药用野生稻内生固氮菌分离鉴定及系统发育分析4.大菱鲆迟钝爱德华氏菌病病原菌的分子生物学鉴定及系统发育学分析5.一株野生古巴栓孔菌的鉴定及系统发育分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。