基因与蛋白质预测分析案列2
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基因与蛋白质预测分析案列
第二部分基因调控区预测
• 请到教学材料上机实验中调取P序列
– 试分析： • 1.该序列中可能包含的开放阅读框,将预测的 开放阅读框序列在DDBJ中比对，推测该开放阅 读框编码什么基因；
• 2.试预测该基因的上游调控（启动子）序 列,CpG岛与polyA的结合位点的位置；
• 3.试分析该序列中基因编码的蛋白质的基本理 化性质（分子量、等电点和不稳定系数）； • 4.试预测该序列中基因编码的蛋白质的跨膜区； • 5.试预测该序列中基因编码的蛋白质的二级结 构； • 6.试预测该序列中基因编码的蛋白质的三维结 构。
PolyA位点预测
启动子预测1
预测的第二个启动子区，有 TATA区有转录起始区TSS，且 与Genscan软件预测的结果类 似，故这个区域为正确结果。 第一个启动子区，无TATA位点转 录起始区TSS，舍去
Байду номын сангаас
启动子预测2
启动子预测3
CpG序列预测1
本软件认为该序列无符合参数的CpG位点
CpG序列预测2
与预测1结果一致，预测软件2也未发现符合要求的C盘G位点
第二部分基因调控区预测
• 请到教学材料上机实验中调取P序列
– 试分析： • 1.该序列中可能包含的开放阅读框,将预测的 开放阅读框序列在DDBJ中比对，推测该开放阅 读框编码什么基因；
• 2.试预测该基因的上游调控（启动子）序 列,CpG岛与polyA的结合位点的位置；
• 3.试分析该序列中基因编码的蛋白质的基本理 化性质（分子量、等电点和不稳定系数）； • 4.试预测该序列中基因编码的蛋白质的跨膜区； • 5.试预测该序列中基因编码的蛋白质的二级结 构； • 6.试预测该序列中基因编码的蛋白质的三维结 构。
PolyA位点预测
启动子预测1
预测的第二个启动子区，有 TATA区有转录起始区TSS，且 与Genscan软件预测的结果类 似，故这个区域为正确结果。 第一个启动子区，无TATA位点转 录起始区TSS，舍去
Байду номын сангаас
启动子预测2
启动子预测3
CpG序列预测1
本软件认为该序列无符合参数的CpG位点
CpG序列预测2
与预测1结果一致，预测软件2也未发现符合要求的C盘G位点