RNA提取试剂灭菌
Trizol_法提取细菌RNA的实验步骤
Trizol 法提取RNA实验步骤需要的试剂:氯仿异丙醇75%乙醇(in DEPC-treated water)RNase free水或者0.5% SDS溶液[准备不含RNase的水,将其装入不含RNase的玻璃瓶中,加入diethylpyrocarbonate (DEPC是为了减少RNase 的降解) to 0.01% (v/v)。
静置过夜,然后高压灭菌。
0.5% SDS溶液必须用DEPC预处理、高压灭菌的水]1、组织匀浆(1) 取出高温高压消毒后研钵,切取50-100mg冰冻组织置于研钵内,倒入液氮,研碎。
(2) 每50-100mg均浆组织标本中加入1ml的TRIZOL,标本的量不能超过TRIZOL体积的10%,否则会出现DNA污染。
(3) 将以上匀浆标本转移到1.5ml的EP管中,在15- 30°C放置5分钟,以彻底分离核蛋白复合体。
2、相分离加入0.2 ml的氯仿,加盖好后用手剧烈摇晃15秒,在15- 30°C放置2-3分钟,然后离心12,000× g,15 minutes ,2 - 8°C。
离心后分成三层,下面的红色为酚-氯仿相,一个中间层,一面是无色的水相。
RNA 只存在于水相中。
水相占总TRIZOL的60%。
3、RNA沉淀将上层水相转移到另一干净的EP管中,加入0.5ml异丙醇,静置10 minutes ,15 -30°C,然后离心12,000 rpm ,10 minutes,2 - 8°C。
离心前可以在管的侧壁和底部看到絮状胶样沉淀,这就是RNA沉淀。
4、RNA洗涤去上清,加入1ml 75%乙醇洗涤RNA沉淀,振荡器混匀,离心7,500 × g ,5 minutes,2 -8°C。
5、RNA再溶解去上清,置真空或空气中5-10分钟,干燥RNA沉淀,(不能在真空中离心干燥)。
注意不能将RNA沉淀完全干燥,这样会极大地降低它的溶解度。
组织RNA提取
哺乳动物组织样品RNA的抽提哺乳动物组织样品RNA的抽提最基本的要素是防止RNA在抽提过程中降解,以及尽可能得到最高的RNA抽提效率。
以下介绍我们实验室认为最符合以上两个要素的抽提方法。
关键词:抽提样品哺乳动物组织样品RNA哺乳动物组织样品RNA的抽提最基本的要素是防止RNA在抽提过程中降解,以及尽可能得到最高的RNA抽提效率。
以下介绍我们实验室认为最符合以上两个要素的抽提方法。
一、实验材料:Trizol试剂(Invitrogen公司)研钵,匀浆器,镊子,铝箔都高温灭菌即可;二、具体过程:1、样品在离体后应迅速冷冻在液氮中,若是比较大块的组织,要尽量把组织剪切成黄豆大小的块,使液氮迅速渗透到组织内部而防止组织内部的RNA降解。
组织用铝箔包好或放入冻存管中,并做好记号,注意不要把记号写在纸上,以防纸被组织的血水渗透而导致记号模糊。
可以把铝箔放入纱布袋并储存在液氮中。
2、在抽提RNA前,先把研钵预冷,往研钵内反复加入液氮,至少4-5次,使研钵充分预冷。
从液氮罐中取出样本后,把组织块放入已预冷的研钵中进行研磨,边研磨边加液氮,整个过程都不要使液氮挥干。
一次研磨的组织块重量不要超过300mg。
3、研磨到组织样品成粉末状后(一般需要8-10min的研磨过程),在液氮基本挥发完时,在每个研钵中加2-3ml Trizol试剂。
由于此时研钵很冷,Trizol加入后会冻结成固体状。
可以继续研磨此固体成粉末,随着研钵温度回升到室温,固体状的 Trizol逐步回复到液体状态,此时,若发现液体很粘,研杵能牵起丝状物,说明Trizol 的量太少,需在此步继续补加Trizol。
若 Trizol的量过少,会导致抽提的RNA中有较多的基因组DNA污染。
由于Trizol试剂中含有强烈的RNA酶抑制剂,因此组织样品和Trizol充分研磨混匀后就不用担心RNA的降解了。
4、把此Trizol试剂转移到玻璃匀浆器中,再进一步匀浆3-5min。
试剂盒提取RNA
RNA提取(试剂盒法)1、取适量的植物组织(0.5g)多次加液氮研磨至粉末状,将粉末状样品(50-100mg)加入到含有450uL Buffer RL(使用前加入50×DTT Solution,1mL Buffer RL中加入20uL50×DTT,现用现配)的1.5mL灭菌管中,移液器反复吸打至无明显沉淀2、12,000rpm,5min,4℃3、上清转移到新的1.5mL管4、加入1∕2倍体积的无水乙醇(可能出现沉淀)吸打混匀5、立即将混合液(含沉淀)转入RNA Spin Column(含2mLCollection Tube)中。
(若混合液体积大于600uL,分批加入,每次加入体积不大于600uL)6、12,000rpm,1min,弃滤液,将RNA Spin Column放回2mLCollection Tube7、将500uL Buffer RW A加入RNA Spin Column,12,000rpm,30s,弃滤液8、将600uL Buffer RWB加入RNA Spin Column,12,000rpm,30s,弃滤液(RWB使用前加70mL100%乙醇)(沿RNA Spin Column管壁四周加入Buffer RWB有助于完全冲洗粘附于管壁上的盐分)9、DNase I消化⑴DNase I反应液:5uL 10 × DNase I Buffer,4uL Recombinant DNase I(RNase free,5U∕uL),41uL RNase free dH2O到新的1.5ml RNase free Tube 混匀⑵向RNA Spin Column膜中央加入50uLDNase I 室温静置15min⑶向RNA Spin Column膜中央加入350uL Buffer RWB,12,000rpm,30s,弃滤液10、重复步骤811、将RNA Spin Column重新置于2mLCollection Tube,12,000rpm,2min12、将RNA Spin Column置于1.5mL RNase free Collection Tube上,在RNA Spin Column 膜中央加入50-200uL RNase free dH2O或0.1%DEPC水,室温静置5min13、12,000rpm,2min 洗脱RNA14、若想提高RNA收量可再向膜中央加入50-200uL RNase free dH2O或0.1%DEPC水;若想提高RNA浓度可将第一次的洗脱液重新加回至RNA Spin Column室温静置5min,12,000rpm,2min 洗脱RNA。
提取植物组织RNA的准备工作和操作规范
提取RNA前的准备工作1、提取RNA操作全程及配制RNA提取试剂必须穿实验服,戴口罩和一次性手套,触摸皮肤(例如面部)、门把手及实验室其他未处理过RNase的普通物体表面后立即更换手套。
2、器具干烤:需要干烤的器具包括金属和玻璃制品,如研钵、钥匙、镊子、剪刀、试剂瓶(200mL、500mL、1L)、量筒(50mL、100mL)、烧杯,即所有在配制RNA提取试剂过程中需要用到的玻璃器皿均需要干烤处理。
所有干烤的器具均用锡箔纸包住,如研钵、钥匙、镊子、剪刀和匀浆器,容器用锡箔纸封口,如试剂瓶、量筒和烧杯。
180℃干烤6h后放入RNA专用柜中备用。
3、DEPC水的处理:用于处理枪头、试剂瓶盖和离心管等塑料制品的0.1%的DEPC水可以在烧杯中配制,磁力搅拌器上搅拌过夜,搅拌过程中用锡箔纸封口。
用于配制RNA提取试剂的DEPC水需要在干烤过的试剂瓶中配制,盖上瓶盖搅拌过夜后121℃灭菌20min。
4、枪头、离心管和试剂瓶盖用0.1%DEPC水过夜处理后用报纸包好高温灭菌,移液器必须是专用的,用之前用DEPC处理的水配制的75%酒精擦拭整个移液器,特别是枪杆。
超净台的处理:用DEPC处理的水配制的75%酒精擦拭干净后,用氯仿快速擦拭,再用75%酒精擦拭,将提取所需的物品放入超净台,并用75%酒精擦拭,另放置一个废物缸,表面喷酒精,上述完成后,超净工作台紫外灯照射15-20min。
试剂配制过程中所用的枪头也必须是DEPC水处理过并高温灭菌的。
5、提取过程中用新开封的氯仿和异丙醇,用DEPC水处理过的15mL离心管分装,每管分装10mL并于4℃保存,最后溶解RNA沉淀的DEPC处理过的水用处理过的1.5mL离心管分装并于-20℃保存。
6、用专用的电泳槽电泳RNA,用DEPC处理的水配制50×TAE缓冲液,每次电泳前用DEPC处理的水配制1×TAE缓冲液进行电泳,电泳前用去污剂将电泳槽、制胶板和梳子清洗干净,DEPC水配制的75%乙醇擦拭,最后用DEPC处理的水冲洗干净。
RNA提取相关试剂——DEPC和TRIS
DEPC焦碳酸二乙酯(DEPC):DEPC即diethypyrocarbonate,DEPC结构式中文名为。
分子式为C6H10O5,分子量为162.14。
是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂。
它通过和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性,从而抑制酶的活性。
DEPC 可以抑制植物细胞上的NSCC,即nonselective cation channel (非选择性阳离子通道)。
是常用的NSCC抑制剂.DEPC毒性1.DEPC(diethypyrocarbonate,焦碳酸二乙酯) 是一种高效烷化剂。
配置:加0.1% DEPC 到去离子水中,混匀过夜,然后高温高压121℃,20min,DEPC即降解成二氧化碳和水无毒。
2.DEPC有刺激性,对眼睛气道粘膜有强刺激,在操作中应尽量在通风的条件下进行,DEPC毒性并不是很强,但吸入的毒性是最强的,使用时戴口罩,不小心占到手上注意立即冲洗。
3.DEPC是一种潜在的致癌物质,主要是能生成乙酯基衍生物和乙酯类衍生物,其中尿烷是一种已知的致癌物质。
DEPC水泡过一次枪头后还能再用吗?是否每次都要重配?答:不能再用。
每次处理耗材时都要用新配的。
DEPC水用于配制电泳缓冲液和溶解RNA.DEPC在水中的半衰期25℃、磷酸缓冲液中其半衰期为4 min(pH 6)、9 min(pH 7)。
Tris缓冲液中DEPC的降解会加快,25℃时,半衰期为1.25 min(pH 7.5)、0.37 min(pH 8.2)。
DEPC加入到水中之后并不会立即溶解,而是形成小的球状液滴(类似于油滴),需要彻底搅拌直至液滴消失才算混合均匀。
此时的溶液才可以拿去高温除菌除DEPC。
一般灭菌15min即可将DEPC彻底除去。
(试验所用试剂也可用DEPC处理,加入DEPC至0.1%浓度,然后剧烈振荡10分钟,再煮沸15分钟或高压灭菌以消除残存的DEPC,否则DEPC也能和腺嘌呤作用而破坏mRNA活性)配制泡实验器具的DEPC水的配制:1000ml双蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。
提取RNA步骤
实验目的:提取动物组织RNA,备后续实验使用。
实验试剂:研钵、镊子、刮勺、冰盒、试管架、微量移液器、RNA无酶管、低温离心机、酒精、液氮、Takara RNA提取试剂盒、去除DNA试剂盒冰袋实验步骤:1、实验准备:研钵中加入少量酒精,点燃,灭菌后,超净台灭菌30min(包括研钵、镊子、刮勺、试管架、微量移液器、RNA无酶管)。
2、取液氮、冰袋备、冰盒备用3、将研钵预冷,其中大研钵的可以放在冰袋上,然后再倒入液氮,小研钵直接倒入少量液氮预冷。
4、将超低温冻结的RNA 提取样品,剪取绿豆到黄豆大小组织(不能太大,不要大于黄豆大小),迅速转移至用液氮预冷的研钵中,用研杵研磨组织,其间不断加入液氮,直至研磨成粉末状(无明显的可见颗粒,如果没有研磨彻底会影响RNA 的收率和质量)。
可用刮勺将其刮到一团。
5、可以向4的研钵中加入适量的含有裂解液的Buffer RL,(大约700ul),确保研磨成粉末状的样品完全覆盖,然后室温静置(研钵倾斜放置),直至样品完全融化后用枪头吹打混匀,只至液体中无明显沉淀。
这期间可以研磨下一组织.6、将步骤5中的匀浆液转移至1。
5mlRNA无酶管中,12,000 rpm,4℃离心5 分钟。
期间配置70%乙醇(7份无水乙醇+3份水(为试剂盒中的RNA无酶水))7、小心吸取6步骤上清液(吸取400ul即可),移入1。
5ml的RNase Free collection(切勿吸取沉淀,否则会阻塞后面的膜)。
然后向其中加入等体积的70%乙醇,此时可见沉淀,立即摇匀。
8、将7中的混合液,取600ul(要小于600ul)到RNA spin column (含2ml collection Tube)中,12,000 rpm,4℃离心 1 分钟,弃滤液。
将RNA spin column 放到2ml collection Tube 管中。
9、将500ul buffer RWA加入至RNA spin column 12,000 rpm,4℃离心30s,弃滤液。
RNA提取中的原理
氯仿是分子量比较大的有机溶剂,在提取RNA时,氯仿可以有效的使有机相和无机相迅速分离。
DNA提取过程有机相中主要是酚和蛋白结合,从而使得蛋白和DNA脱离,DNA 进入水相。
但是在RNA的提取过程就要避免蛋白和DNA脱离,否则DNA会释放到水相。
不管有酚也好,没有酚也好,氯仿本身也对蛋白有变性作用,剧烈的震荡,很容易使得DNA 的亲水基团,与水相接触。
所以不要剧烈震荡。
异丙醇的作用是通过-OH的疏水作用使得RNA 或者DNA链中的亲水基团受到保护,等同于沉淀,但是这是个反应时发生在水相中,与前面的氯仿不矛盾。
氯仿的作用有多个方面,一是作为有机溶剂变性蛋白,使其沉淀并通过离心除去,同时也通过变性作用抑制RNase活性;二是RNA提取试剂中通常含有苯酚(Trizol主要成分就是苯酚,很多自己配试剂提的方法也用苯酚,抽提蛋白时也会用到苯酚),苯酚微溶于水,抽提烷之后水相里有痕量的酚,如果不除去会损伤核酸,需要通过氯仿把水相里参与的苯酚抽提掉;三是作为溶剂抽提样品中的一些脂溶性杂质(比如油脂、脂溶性色素等),起到一定除杂作用。
通常氯仿里面会加少量异戊醇(1/25),减少蛋白质在变性过程中由于震荡产生的泡沫,影响后续操作,不过个人经验感觉加不加没什么太大区别,也许是我的样品里蛋白不多吧。
异丙醇是沉淀核酸用的,作用和乙醇一样。
只不过用量少一点,0.6V~1V就够了,不像乙醇沉淀需要至少2V,一般需要2.5倍体积。
在水相很多,离心管容积有限,加不下太多乙醇的时候一般会用异丙醇沉淀。
不过感觉效果不如乙醇,偶尔会有沉淀不出来东西的时候。
Trizol法提RNA,加氯仿就是要剧烈手摇才行,这样才能彻底地两相混匀。
而且DNA 在水饱和酚的酸性条件下是会被留在有机相的,不会跑水相里头去。
醇沉淀是很经常用的方法,因为RNA和某些杂质不溶于异丙醇,所以可以用来沉淀。
l楼主问的问题,我的个人理解是:前面提取的RNA经异丙醇沉淀后,总会含有一些未除去的蛋白和其它杂质分子,这些蛋白和杂质分子如果不除尽的话,就会直接影响所提取的RNA的纯度和稳定性。
RNA方法-异硫氰酸胍法
用异硫氰酸胍法提取RNA一、试剂配制1.变性液buffer(灭菌100ml DEPC水)1.1 柠檬酸钠:0.75Mbuffer 22.06g将柠檬酸钠加入超纯水中,待完全溶解,用HCI调节pH值至7.0。
加ddH2O定容到100 mL1.2 十二烷基肌氨酸钠buffer:10% 10g0.1%DEPC水配制以后,高温高压灭菌。
2.变性液(500ml 现配)0.75mol/L柠檬酸钠buffer 17.6ml10 %十二烷基肌氨酸钠26.4ml异硫氰酸胍250gPVP(2%m/v)10gBeta-巯基乙醇1ml3. 0.1%的DEPC水(v/v)搅拌(4h以上)混匀,高温灭菌4. DEPC水处理的(配制)的75%乙醇(瓶子需要处理,灭菌)500ml 0.1%DEPC灭菌水:无水乙醇 = 100ml:300ml5 氯仿:异戊醇(24:1)(瓶子需要处理,灭菌)500ml 氯仿:异戊醇 = 480ml:20ml将氯仿和异戊醇混匀,入瓶封装。
-20℃保存6 2M醋酸钠(pH4.5)70ml醋酸钠·3H20: 19g DEPC H2O: 40ml 冰醋酸将醋酸钠完全溶解于ddH2O中,用冰醋酸调pH值至4.5,加ddH2O至70ml,搅拌过夜,高温高压灭菌所用的氯仿、乙醇、异丙醇都应该是未开封的。
准备枪头:1ml 100ul离心管:2ml 1.5ml 0.5ml瓶子:二、植物RNA提取操作规程1.取1-2g左右新鲜植物样品置于研钵中,加入液氮,迅速研磨成均匀的粉末。
2. 将粉末(0.15-0.10g)移入预冷的离心管中,加入裂解液1 ml 混匀,涡旋5min(1)3. 加入100 ul2M 醋酸钠(PH4.5),混匀,4℃条件下,12000r,离心15 min,取上清液900 ul。
(2)4.加入900μL氯仿:异戊醇,涡旋10-15min,冰浴15-30 min,4℃条件下,12000 r,离心10 min。
RNA提取步骤_cell
RNA的提取1.试验所用试剂的配制(1)含0.1%DEPC(二乙基焦磷酸酰胺)的灭菌水<实验过程中用>0.1mlDEPC+99.9mlddH2O<瓶子事先用0.01%DEPC水浸泡2-3d灭菌后可用>。
配好后灭菌,高压灭菌的目的是使DEPC分解,未分解的DEPC会影响后面的实验。
所以需要放在通风厨中挥发至少3小时,一般都要放置过夜。
用1.5ml的进口去RNA酶的doff管分装该DEPC水,置-20度储存,需要实验的人可以领取一支,使用后放置自己的-20度中下次可以继续使用,只需要注意使用的时候都用去RNA酶的枪头及相关的注意操作即可。
(2)0.01%DEPC的灭菌水。
<用于浸泡瓶子器材等除去Rnase用>(3)琼脂糖凝胶电泳所用试剂配制与准备①0.5mol/L PH=8.0的EDTA溶液将37.2g EDTA-Na加入160ml的蒸馏水中,于搅拌器上剧烈搅拌。
再用NaOH调其PH值至8.0(约需4g NaOH)。
之后用蒸馏水定容至200ml,后送至高压灭菌,室温保存。
②50×TAE溶液在400ml蒸馏水中溶解121g Tris,加入28.55ml冰乙酸和50ml 0.5mol/L PH=8.0的EDTA 溶液,加水定容至500ml,室温保存。
③溴化乙锭(EB) (10mg/ml)在20ml水中加入0.2g EB,磁力搅拌,然后用铝箔包裹容器或将溶液移至棕色瓶中,室温保存。
④RNA电泳 loading buf. (一般为6×)2.实验过程(1)细胞种板:按相应细胞密度种板及处理,可以参考WB中的相关方法。
(2)mRNA提取:(所有试剂和耗材都需要RNA-free,一般认为氯仿等试剂新开瓶的都是RNA-free的,所以可以作为专属RNA用做好标记)①去细胞培养液用预冷的PBS洗1次,一般常用六孔板,每孔加入Trizol 300ul-500 ul,用RNA-free的枪头,吹打细胞数次,并转移到1.5mlEP管中室温孵育5min(此时的EP 管不一定需要RNA-free,可以是普通的EP管,但用于吸取液体的枪头一定要是RNA-free 的)。
Trizol法提取RNA
Trizol 法提取RNA实验步骤一、需要的试剂:1.氯仿2.异丙醇3.75%乙醇(in DEPC-treated water)4.RNase free水或者0.5% SDS溶液[准备不含RNase的水,将其装入不含RNase的玻璃瓶中,加入diethylpyrocarbonate (DEPC) to 0.01% (v/v)。
静置过夜,然后高压灭菌。
0.5% SDS溶液必须用DEPC预处理、高压灭菌的水]1、组织匀浆(1) 取出高温高压消毒后研钵,切取50-100mg冰冻组织置于研钵内,倒入液氮,研碎。
(2) 每50-100mg均浆组织标本中加入1ml的TRIZOL,标本的量不能超过TRIZOL体积的10%,否则会出现DNA污染。
(3) 将以上匀浆标本转移到1.5ml的EP管中,在15- 30°C放置5分钟,以彻底分离核蛋白复合体。
2、相分离加入0.2 ml的氯仿,加盖好后用手剧烈摇晃15秒,在15- 30°C放置2-3分钟,然后离心12,000×g,15 minutes ,2 - 8°C。
离心后分成三层,下面的红色为酚-氯仿相,一个中间层,一面是无色的水相。
RNA只存在于水相中。
水相占总TRIZOL的60%。
3、RNA沉淀将上层水相转移到另一干净的EP管中,加入0.5ml异丙醇,静置10 minutes ,15 -30°C,然后离心12,000 ×g ,10 minutes,2 - 8°C。
离心前可以在管的侧壁和底部看到絮状胶样沉淀,这就是RNA沉淀。
4、RNA洗涤去上清,加入1ml 75%乙醇洗涤RNA沉淀,振荡器混匀,离心7,500 ×g ,5 minutes,2 -8°C。
5、RNA再溶解去上清,置真空或空气中5-10分钟,干燥RNA沉淀,(不能在真空中离心干燥)。
注意不能将RNA沉淀完全干燥,这样会极大地降低它的溶解度。
RNA提取方法
RNA 提取方法(TRIzol法)一、试剂和耗材准备1、Trizol试剂、异丙醇、氯仿、75%乙醇(0.1% DEPC配制)、0.1%DEPC水、消毒用酒精。
2、1.5mlEP管、各种大小的枪头、剪刀、镊子、研钵、锡箔纸、保温瓶(装液氮)等(塑料器皿用0.1% DEPC水浸泡或高压灭菌法);手套、口罩3、0.1%DEPC水:100ml dd水中加入DEPC0.1ml,充分振荡,37℃孵育12h以上,121℃高压灭菌20min,于4℃保存。
二、操作步骤1.样品处理(1)组织:50-100mg组织中加入1ml Trizol试剂。
(2)单层细胞:加入Tizol试剂1ml/cm2平板。
(3)悬浮细胞:处理前洗涤细胞,以防止RNA降解。
每5-10×105动物、植物或酵母细胞,或1×107细菌加入1 ml Tizol试剂。
2.将上述样品于15-30℃静置5min,使核蛋白充分解离。
3.加入0.2ml氯仿,盖紧盖子,充分剧烈振荡15s并于15-30℃静置2-3min。
4.于2-8℃,不超过12000g离心15min。
离心后样品分层,上层水相中含RNA,下层有机相中含蛋白和DNA。
5.取上清,加入0.5ml异丙醇,轻轻混匀,于15-30℃静置10min后,在管底会出现胶状沉淀,即为RNA。
6.于2-8℃,不超过12000g离心10min后弃去上清。
7.向沉淀中加入1ml 75%乙醇,轻轻混匀。
8.于2-8℃,不超过7500g离心5min后弃上清9.晾干RNA样品,加入适量DEPC水溶解。
10.测量浓度和比值。
三、RNA电泳1、将制胶用具用70%乙醇冲冼一遍,晾干备用。
2、配制琼脂糖凝胶(1)称取0.6g琼脂糖,置干净的100ml 锥形瓶中,加入0.5X TAE缓冲液40ml,微波炉内加热至沸腾使琼脂糖彻底溶化均匀。
(2)加入核酸染料4微升,待冷却至60℃左右,倒入制胶用具。
3、样品准备四、注意问题1、在加入氯仿之前(第1步),样品能于-60- -70℃保存至少一个月。
RNA提取实验操作步骤、注意事项及问题指南
RNA提取实验操作步骤、注意事项及问题指南RNA提取实验操作步骤、注意事项及问题指南准备试剂:氯仿,异丙醇,75℅乙醇,无RNase的水或0.5℅SDS (溶液均需用DEPC处理过的水配制)。
操作步骤:1. 匀浆处理a. 植物组织:以叶片RNA提取为例.取新鲜叶片在液氮中充分研磨或将叶片剪碎后直接在Trizol中研磨,研磨要迅速,最好不要超过1min.,大约100mg 叶片使用1 ml Trizol.b. 动物组织:以鼠肝脏RNA提取为例.取新鲜或-70℃冻存组织,每50-100mg 组织加1ml Trizol,用匀浆仪进行匀浆处理.样品体积一般不要超过Trizol体积的10%.c. 单层培养细胞.直接在培养板中加入Trizol裂解细胞,每10cm2面积加1ml Trizol.用取样器吹打几次.注意:Trizol加量根据培养板面积决定,不是由细胞数决定.如果Trizol加量不足,可能导致提取的RNA中有DNA污染.d.细胞悬液:离心取细胞,每5-10×106动物、植物和酵母细胞或每107细菌细胞加1ml Trizol。
加Trizol 前不要洗涤细胞,以免降解mRNA。
一些酵母和细菌细胞可能需要匀浆仪处理。
e.血液处理:直接取新鲜的血液,加入3倍体积红细胞裂解液,混匀后室温放置10min,10 000rpm 离心1min。
弃上清,收集白细胞沉淀。
每1ml 血液收集的白细胞沉淀中加入1ml Trizol。
2. 将匀浆样品在15-30℃放置5mim,使得核酸蛋白复合物完全分离。
3. 可选步骤:4 ℃10 000rpm离心10min,取上清。
如果样品中含有较多蛋白、脂肪、多糖或肌肉、植物结节部分等,可离心去除。
离心得到的沉淀中包括细胞外膜、多糖、高分子量DNA,上清中含有RNA。
处理脂肪组织样品时,上层是大量油脂,应除去。
取澄清的匀浆溶液进行下一步操作。
4. 每使用1ml Trizol加0.2ml氯仿,盖好管盖,剧烈震荡15s,室温放置3min。
Trizol_法提取细菌RNA的实验步骤
Trizol_法提取细菌RNA的实验步骤Trizol 法提取RNA实验步骤需要的试剂:氯仿异丙醇75%⼄醇(in DEPC-treated water)RNase free⽔或者0.5% SDS溶液[准备不含RNase的⽔,将其装⼊不含RNase的玻璃瓶中,加⼊diethylpyrocarbonate (DEPC 是为了减少RNase 的降解) to 0.01% (v/v)。
静置过夜,然后⾼压灭菌。
0.5% SDS溶液必须⽤DEPC预处理、⾼压灭菌的⽔]1、组织匀浆(1) 取出⾼温⾼压消毒后研钵,切取50-100mg冰冻组织置于研钵内,倒⼊液氮,研碎。
(2) 每50-100mg均浆组织标本中加⼊1ml的TRIZOL,标本的量不能超过TRIZOL体积的10%,否则会出现DNA污染。
(3) 将以上匀浆标本转移到1.5ml的EP管中,在15- 30°C放置5分钟,以彻底分离核蛋⽩复合体。
2、相分离加⼊0.2 ml的氯仿,加盖好后⽤⼿剧烈摇晃15秒,在15- 30°C放置2-3分钟,然后离⼼12,000× g,15 minutes ,2 - 8°C。
离⼼后分成三层,下⾯的红⾊为酚-氯仿相,⼀个中间层,⼀⾯是⽆⾊的⽔相。
RNA 只存在于⽔相中。
⽔相占总TRIZOL的60%。
3、RNA沉淀将上层⽔相转移到另⼀⼲净的EP管中,加⼊0.5ml异丙醇,静置10 minutes ,15 -30°C,然后离⼼12,000 rpm ,10 minutes,2 - 8°C。
离⼼前可以在管的侧壁和底部看到絮状胶样沉淀,这就是RNA沉淀。
4、RNA洗涤去上清,加⼊1ml 75%⼄醇洗涤RNA沉淀,振荡器混匀,离⼼7,500 × g ,5 minutes,2 -8°C。
5、RNA再溶解去上清,置真空或空⽓中5-10分钟,⼲燥RNA沉淀,(不能在真空中离⼼⼲燥)。
RNA提取步骤
RNA提取:用TaKaRa RNAiso Reagent试剂提取RNA步骤(1).试剂盒之外所需准备试剂:◆氯仿◆异丙醇◆ 75%乙醇(DEPC 处理水配制)◆ RNase-free 水(制备方法:使用 RNase-free 的玻璃瓶,向超纯水中加入DEPC 至终浓度 0.01%(v/v),过夜搅拌后,高温高压灭菌。
(2).尽量使用一次性塑料器皿,若用玻璃器皿,应在使用前按下列方法进行处理。
a)用 0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下处理 12 小时。
b)然后在120℃下高压灭菌 30 分钟以除去残留的 DEPC。
RNA 实验用的器具建议专门使用,不要用于其它实验。
(3) 用于 RNA 实验的试剂,须使用干热灭菌(180℃,60 分钟)或使用上述方法进行 DEPC 水处理灭菌后的玻璃容器盛装(也可以使用 RNA 实验用的一次性塑料容器),使用的无菌水须用 0.1%的 DEPC 处理后再进行高温高压灭菌。
RNA 实验用的试剂和无菌水都应专用,避免混用后交叉污染。
实验操作1. RNAiso Reagent 的使用量情况如下。
2. 实验样品的研磨和匀浆。
A. 贴壁培养细胞①倒出培养液,用1×PBS 清洗一次。
②每10 cm2生长的培养细胞中加入 2 ml的RNAiso Reagent,水平放置片刻,使裂解液均匀分布于细胞表面并裂解细胞,然后使用移液枪吹打细胞使其脱落(对于贴壁牢固的培养细胞可用细胞刮勺剥离细胞)。
③将内含细胞的裂解液转移至离心管中,用移液枪反复吹吸直至裂解液中无明显沉淀。
④室温静置 5 分钟。
B. 悬浮培养细胞①将悬浮培养细胞连同培养液一起倒入离心管中,8,000 g 4℃离心 2 分钟,弃上清。
②向每5×106个细胞中加入l ml的RNAiso Reagent。
③用移液枪反复吹吸直至裂解液中无明显沉淀。
④室温静置 5 分钟。
C. 动物组织、植物材料样品①将超低温冻结的 RNA 提取样品称量后迅速转移至用液氮预冷的研钵中,用研杵研磨组织,其间不断加入液氮,直至研磨成粉末状(无明显的可见颗粒,如果没有研磨彻底会影响 RNA 的收率和质量)。
使用天根试剂盒提取样品RNA
使⽤天根试剂盒提取样品RNA需提取14个样品RNA,全部⼯作流程如下:前期准备⼯作:1.分别清洗14个研钵、研磨棒、⾦属勺⼦,清洗完成后⽤卫⽣纸擦⼲,随后⽤锡纸将研钵、研磨棒、勺⼦包住并,并灭菌备⽤;2.装⼀盒蓝枪头(1000µ),⼀盒黄枪头(200µ),⼀盒⽩枪头(10µ),并⽤报纸包裹住,灭菌备⽤;3.带上锡纸,装液氮,在⽥间取样后⽴刻⽤锡纸包裹住样品,并置于液氮中备⽤;RNA的提取:1.将样品置于研钵中,倒⼊液氮(可⽤纸杯分装液氮),⽤研磨棒将样品研磨成粉末状,取研磨后的粉末加⼊600µ裂解液SG和10µProteinase K,⽴即涡旋剧烈震荡混匀,混匀后室温放置5min;2.12000 rpm离⼼2min,取约500µ上清进⾏以下操作注意:枪头尽量不要触碰到沉淀底部,以免吸到杂质3.将得到的上清加⼊基因组DNA去除柱中,12000rpm离⼼30s,保留滤液;4.向上述滤液中缓慢加⼊0.5倍上清体积的⽆⽔⼄醇(约250µ),混匀,得到的溶液和沉淀⼀起转⼊RNase—Free吸附柱CR4中(吸附柱放在收集管中),12000 rpm离⼼30S,弃掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中;5.不进⾏DNase Ⅰ消化,直接向RNase—Free吸附柱CR4中加⼊700µ去蛋⽩液RW3,12000 rpm 离⼼30S,弃废液,将吸附柱放回收集管中;6.向RNase—Free吸附柱CR4中加⼊500µ漂洗液RW,漂洗液RW在使⽤前需要加⼊⽆⽔⼄醇,室温静置2min,12000 rpm 离⼼30-60S,弃废液,将吸附柱放回收集管中;7.重复步骤6;8.12000 rpm 离⼼2min,倒掉废液。
将RNase—Free吸附柱CR4置于室温放置2min,以彻底晾⼲吸附材料中残余的漂洗液(注意:此步骤⽬的是将RNase —Free吸附柱CR4中残余的漂洗液去除,漂洗液的残留,可能会影响后续的RT等实验。
TRIzol-法提取血液总RNA
TRIzol 法提取血液总RNA
一、所需试剂、耗材
1. 0.1% DEPC-DDW;
2. 5ml, 2ml, 1.5ml灭菌离心管;
3. TRIzol;
4. 氯仿;
5. 异丙醇;
6. RNase-free water;
7. 70% DEPC-EtOH;
8. 检测用胶盒等
二、操作步骤
1. 取经过DEPC-DDW泡过,且灭菌烘干的7 ml 离心管;
2. 在0.5 ml小鼠全血(4C)中加入3 ml的TRIzol,震荡摇匀,室温静置5 min;
3. 将上述混合液体转移到灭菌的2 ml离心管中,12000 rpm 4℃离心5 min;
4. 将上清液移至新的1.5 mL离心管中;
5. 加入0.2 ml的氯仿,震荡摇均匀,室温静置5 min;
6. 12000 rpm 4℃离心15 min;
7. 将上清液移至新的1.5 ml离心管中,加入等体积-20C预冷的异丙醇,
-20C静置10 min;
8. 12000 rpm 4℃离心10 min;
9. 向沉淀中加入1 ml 70% DEPC-EtOH清洗沉淀;
10. 12000 rpm 4℃离心15 min;
11. 弃上清液保留沉淀,室温干燥10 min;
12. 加入30 μl RNase-free DDW 溶解RNA沉淀;
13. OD值检测(OD260/OD280=1.8-2.0)以及1% agrose gel检测(5ul);
14. -80℃保存。
28S
18S
5.8S。
RNA提取操作
RNA的提取:准备:1. 预定台式低温离心机。
2. 检查是否有足够的冰。
3. 处理实验中用到的枪头、离心管(灭菌)4. 检查所有试剂的质量。
5. 剪子、镊子、酒精灯、注射器。
第二天:1.预冷离心机,取一盒冰。
2.在匀浆器中加入1ml的Trizol置于冰上预冷。
3.剪取100mg组织或采集血细胞(5500s 离心3-4分钟,弃上清。
)用枪头打匀至无块状组织为止。
4.将1.0ml的匀浆液转移至1.5ml的离心管中,室温放置5分钟。
5.加入0.2ml 的氯仿,用力震荡30秒,室温放置5分钟。
6.与4℃、12000g离心15分钟。
7.取上清500μl,加入等体积的异丙醇,混匀,冰上放置10分钟。
8.12000g离心10分钟。
9.用1.0ml的75%的乙醇洗涤RNA沉淀2次。
每次于4℃,7500g离心5分钟。
10.干燥RNA沉淀,加入50ulRNA水溶解。
注意:1.干燥RNA:RNA沉淀离心后,用抢头吸去残留的酒精,然后于超净工作台10min即可,然后加水。
加水中如有不溶透明胶状物可适当补加水即可。
2.Trizol中的组织匀浆液可在-70℃保存1个月再进行后续操作。
3.RNA沉淀可于75%乙醇中保存一周(4℃)至一年以上(-20℃)再离心用。
用M-MLV反转录cDNA一链:step1:变性:1.在0.2ml的PCR管中加入:Total RNA 8OligodT 2.5 μl2. 70℃热变性5分钟,然后置于冰上2分钟。
3. 稍离心收集primer-RNA产物。
Step2:反转录:1.在0.2的PCR管中加入:M-MLV后转录Buffer (5×) 5 μlRNase-free的dNTP (2.5m/M each)5 μlRnase E 抑制剂 0.5M-MLV反转录 E 1μl (200U)RNase-free water 32.稍离心。
3.42℃反转录1小时。
4.65℃灭活反转录酶10分钟。
注:1. 反转录一定要在RNase-free 及RNase-free的PCR管中进行。
RNA提取操作要领
RNA提取实验材料实验耗材:1.5ml灭菌EP管、去RNA酶枪头、、高速低温离心机试剂:Trizol、氯仿(三氯甲烷)、异丙醇、DEPC水、无水乙醇实验步骤:1.对于培养细胞样品:贴壁细胞:1)去除培养液,加PBS清洗,按照6孔板每孔加入500μl Trizol细胞裂解液,移液枪反复吹打至细胞完全脱落后,将细胞裂解液转移至1.5ml 去RNA EP管中(可置-80℃保存);2)每管加入100μl氯仿(三氯甲烷),轻柔的上下颠倒混匀,冰上静置10分钟,置12000转4℃离心15分钟;小心取出EP管,可清楚看到管内3分层,从上到下依次为:上层无色透明液体(RNA层)、中层白色沉淀(脂质层)、下层粉红色油状液体(苯酚-氯仿层);3)尽可能多的取出上层无色透明液体(200~300μl)至一新的1.5ml EP管中,若取出沉淀,需重新离心再取;4)每管加入等体积异丙醇,振荡、混匀,4℃静置10分钟。
12000转4℃离心10分钟,取出EP管可见下层白色沉淀,弃上清液;5)加入500μl 75%无水乙醇(无水乙醇与DEPC水,现配现用),上下颠倒、摇晃EP管至白色沉淀漂浮,7500转4℃离心5分钟,弃上清,75%无水乙醇重复清洗一次。
弃上清,瞬时离心数秒,移液枪小心去除多余上清液,打开EP管盖置超净台风干;6)至管内白色沉淀消失完全,加20-50μl DEPC水,轻轻振荡溶解RNA。
置-80℃保存一段时间后,用NanoDrop2000测样品RNA浓度,加适量DEPC水稀释RNA至200或500ng/μl。
2.悬浮细胞:2000rpm离心3min收集细胞,去上清,加入PBS洗1次,离心去除PBS(尽量去除干净),加入相应量的Trizol试剂吹打混匀。
其他步骤同贴壁细胞RNA 提取操作。
3.组织样本:取50~100mg的组织加入1 ml Trizol试剂,用匀浆器打匀(Trizol 先放于冰上)。
其余步骤同贴壁细胞RNA提取操作。
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1. RNA提取所需的试剂枪头玻璃器皿EP管的灭菌方法:
试剂:无酶水、氯仿:异戊醇(25:24)、75%乙醇、
(1)无酶水(DEPG水)的灭菌方法:取DEPC 1mL,加入1L待处理水(蒸馏水等)中,经猛烈振摇后,于室温静置,然后高温高压灭菌(121℃,30min),以降解除去DEPC。
(2)氯仿、异戊醇:用新开的,现配现用。
(3)75%乙醇:用无酶水(DEPG水)进行配制:现用现配,就在1.5mL离心管里将高压好的DEPC水加到乙醇里;取95%乙醇0.75ml,加DEPG水0.2ml,所得的浓度即为(95%×0.75)/(0.75+0.2)=75%。
(4)离心管、枪头的灭菌:用0.1%DEPC水在37℃泡枪头、离心管24小时,倒出DEPC水,80℃干燥枪头和离心管,湿热高压灭菌(121℃、30min)。
不能高压灭菌的试剂,应当用DEPC处理过的无菌双蒸水配制,然后经0.22um滤膜过滤除菌。
所有的玻璃、陶瓷和铁器皿均应在使用前于180℃的高温下干烤6h或更长时间。
所有的塑料器皿用0.1%的DEPC水37℃过夜浸泡,然后湿热灭菌80℃烘干备用。
配制溶液所需的水也要用DEPC处理过的水,而配置Tris相关的缓冲液时Tris会与DEPC发生反应,应避免用DEPC处理。
另外操作过程中应戴手套。
2. 聚乙二醇(PEG)的灭菌:118度12min湿热灭菌
附:DEPC是焦碳酸二乙酯的简称,它是一种强烈但不彻底的RNA酶的化学修饰剂,它和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环反应而抑制酶活性。
DEPC与氨水溶液混合会产生致癌物,因而使用时需
小心。
DEPC能与胺和巯基反应,因而含Tris和DTT[二硫苏糖醇(强还原剂)]的试剂不能用DEPC处理。