Vector NTI Suite使用简介
常用生物学软件简介
网址：/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：/Soft/2006/112.htmOligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo 6 Tour 主要功能介绍/2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
vector nti 使用教程 多重序列比对
第十章多重序列比对 Vector NTI的多重序列比对程序和其他的比对软件比较起来非常的方便实用，操作接口也很简单，比对的结果可以存取和输出。
NTI有两种序列比对程序，一种为AlignX，可以用在核酸序列和蛋白质序列比对；另一种为AlignX Blocks，只能用在蛋白质序列比对。
如何开始进行序列比对？用户可以从程序集开启档案(图10.1)：图10.1 由程序集开启AlignX 或者是从主程序中开启(图10.2)：图10.2 由主程序开启AlignX 用户也可以在主程序(图10.3)具有操作序列的情况下开启AlignX-Align Selected Molecules，使用者的序列会直接加载到AlignX中：图10.3 在操作序列的情况下开启AlignX的方法 开启AlignX之后，使用者会见到图10.4的画面：图10.4在操作序列的情况下开启AlignX首先用户要把序列加载Vector NTI程序中，可以点选或者从左上方的Project →Add Files把序列档案加载，请注意文件名不可以过长，檔名过长会造成程序进行比对时无法完全显示文件名(图10.5)：图10.5 输入的档名注意不可过长 选取档案后按下开启就可以加载程序中，若比对的序列很多时可以用鼠标圈选欲分析的序列后选择开启。
序列档案加载的时候程序会询问该序列为核酸序列或是蛋白质序列，点选好以后再点选Import就可以了(图10.6)：图10.6 载入时，会询问序列的性质，核酸序列或蛋白质序列接下来程序的左上方会出现使用者加载的序列(图10.7)，序列加载完成以后就可以开始进行比对的操作：图10.7 成功载入序列的画面进行比对前，先把欲比对的序列用鼠标进行圈选(图10.8)：图10.8 选取欲比对之序列只要按下或是从上方Align→Align Selected Sequence(图10.9)就会进行比对运算：图10.9按下Align→Align Selected Sequence进行比对运算好以后就会出现下面的画面(图10.10)；图10.10 比对完的结果 分析完成后画面(图10.11)会出现比对的相关结果，最下方是序列比对的图形，左边中间的区块所显示的图形为导引树(Guide tree)，用来表示序列之间的关连性。
Vector NTI Suite使用简介
Vector NTI Suite使用简介资料来源：丁香园 Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
Vector NTI的使用-文档资料
功能模块主要包括：序列编辑、引 物设计、模拟翻译、模拟电泳、序列比 对、Contig、第三方附加模块等。
4
一、本机数据模块：
5
✓ 数据库分类
✓ 核酸分子 ✓ 蛋白质分子 ✓ 内切酶 ✓ 寡核苷酸 ✓ 电泳marker ✓ 引文 ✓ BLAST搜索结果 ✓ (PCR)分析结果
Vector NTI的使用
1
软件： ✓Vector NTI 8.0 / 10.3
此课件仅是提纲，具体使用 库的维护 ✓ 限制性内切酶 ✓ DNA→Protein ✓ Contig ✓ 序列比对及多重比对 ✓ DNA/质粒图谱绘制
3
软件包含两大模块： 数据库模块和功能模块。数据库用
✓酶切片段
✓ 完全酶切 ✓ 部分酶切
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部分酶切
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部分酶切
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部分酶切
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✓序列比对
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按住“Ctrl”键后，用鼠标左键可以进行复杂的选择， 然后在选择的项目上点鼠标右键，关联菜单弹出……
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这里先做选取
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✓Contig
✓ *.abi或*.scf文件与序列文件 ✓ 构建一个Contig ✓Contig是“contiguous sequences group”的缩
✓ 每类数据库又分为基库(MAIN)和子库(subset)
✓ 真正的数据都在基库里，子库只是用户自己建立的数据条目(item)的子集，里面 是数据的联接不是数据本身，但是可以象操作数据一样进行直接操作；
✓ 对数据条目进行“拷贝”、“粘贴”操作，只会产生一个新的联接，不会产生新 的数据；要产生数据复制，需要用“Duplicate”(数据条目上点右键)；
vectornti使用教程第十六章_GenomicAnalysisI
vectornti使用教程第十六章_GenomicAnalysisI第十六章：基因组分析I本章将介绍如何进行基因组分析。
基因组分析是对一个或多个生物体的基因组进行研究和解读的过程。
该过程涉及到收集、整理和解析大量的基因组数据，以了解生物体的遗传信息、基因功能和基因组结构。
以下是一个基因组分析的一般流程：1.数据收集：基因组分析的第一步是收集所需的基因组数据。
这些数据可以是DNA序列、RNA序列、基因组注释信息等。
2.数据整理：收集到的数据需要经过一系列的处理来整理和准备，以便于后续的分析。
这个过程中可能包括数据清洗、去除冗余数据、对数据进行标准化等。
3. 基因组注释：注释是对基因组数据进行功能和结构解读的过程。
通过注释可以了解基因的功能、基因之间的关系以及可能的遗传变异等。
常用的注释工具包括Ensembl、NCBI等。
4.基因功能分析：基因功能分析是对基因组数据进行功能注释的过程。
通过比对已知的基因数据库，可以确定基因的功能以及与其他基因的关联程度。
这个过程中常用的工具有BLAST、HMMER等。
5. 基因组结构分析：基因组结构分析是对基因组序列进行结构解读的过程。
通过分析基因的启动子、外显子以及剪接位点等，可以了解基因组的结构变异以及可能的突变情况。
常用的工具包括Geneious、Cufflinks等。
6. 基因组比较：基因组比较是将不同生物体的基因组数据进行比较的过程。
通过比较不同生物体的基因组，可以了解它们之间的遗传关系、共享的功能基因以及可能的进化路径。
常用的工具包括Mauve、UCSC等。
7. 数据可视化：最后一步是将分析结果进行可视化展示。
通过可视化可以更直观地理解基因组数据，并使得结果更易于解读。
常用的可视化工具包括Cytoscape、UCSC Genome Browser等。
以上是基因组分析的大致流程，实际的分析过程可能因具体的研究目的和数据类型而有所调整。
基因组分析是生物信息学领域的重要研究方向，它对于理解生物体的遗传信息和生命过程有着重要的意义。
Vector NTI Suite在分子生物学领域的应用
V
NTI S
在 分 子 生 物 学 领 域 的 应 用
道不断拓展， 国内科研人员对各种软件的使用不断增 计、 序列的查找下载与比对、 序列拼装、 蛋白结构 预测 加， 但总体上国内科研人员对 � � � � � V NTI的使用与国 分析等一系列的应用上， 与V NTI相似的一些同类 外还有很大差距 � � � � � （ 表 1） 。通过 � � � � � 检索 � C NKI和 NC BI中 软件如 L B S 公司的 DNA M A N 、 B T 公司 涉及使用了 V 差距。
［ 1］ 大量的分析和操 作， 以 及建立和 管理生 物数据 库 。
1
V
NTI： 的功能十分全面， 综合 性强， 所以 许多
生物工作者都喜欢选用此软件， 尤其对于那些 不喜欢 装备各种专业性强的软件的用 户更是首选。因此， 在 许多文献中， 特别是近几年发表的论文中我们常能 看 到V 以发现 V NTI 的使用。从 CNK I 检索 （ 2001 年以后） 可 NTI 不同功能的应用分 布状况， 其 中涉
中图分类号： TP 31 9 、 Q7
随着计算机和生物学的发展， 一系列的生物学数 2 应用现状 � � � � � � 由于早期版本不支持 P C 单机及 W 操作系 据库如核酸序列数据库、 蛋白质序列数据库、 蛋白质三 维结构数据库等， 被建立起来。如何对数据进行分析 统等原因， 早期其应用不是十分广泛， 随着其功能的增 处理是摆在我们面前的一个问题， � � � � � � 目前的数据处理软 加和对 PC 单机及 W 操作系统的支持， 其使用频 件包 括： 对资料 收集整理阶段 的有 R M 率和范围逐渐增大。在近几年所发表的论文中应用到 9.0 ， E 8 .01 ； 序 列 分析、 实 验 设计 模 拟 阶段 的 � � V NTI S 的文章明显增多 （图 1 ） 。使用范围上 D NA STA R 4 .03 ， V NTI S 9.0 ， 0 2.0 、 D NA 涉及多个研 究方向， 例如癌症 的研究、 肝炎 病毒的 研 SIS 2.5 ， DNA T B V S 4 .50 ， S NTI S 5.1 ； 实验 操作和数据分析阶段的 P 20 00 等等。在众多软件中， 以其高度集成、 功能齐全、 操作简便且 NTI S 软 件的概 究、 菌种的筛选、 水稻蛋白分析、 猪瘟病的研究、 幽门螺 杆菌 C A 基因及蛋白序列多态性分析、 人金属硫蛋白 基因合成及其表达、 SA RS 冠状病毒 N 蛋白的表达及二 级结构预测分析等等。
最新Vector NTI使用介绍(PPT)
☼ Splicing exons of a gene ☼ Translated from DNA molecules
Molecule Construction vs. Molecule Design
❖ Recipient and donor fragments are defined by users.
construction parameters, including necessary terminus modifications. 4. Name, select data and describe the new molecule. 5. Verify and edit the component fragments in the Goal Molecule Definition List. 6. Initiate molecule construction.
❖ Fragment Wizard
☼ Construct fragments (define positions and termini) ☼ Design recipient/donor fragments (define termini) ☼ Add defined fragments to the Goal Molecule Definition List
❖ Restriction sites are defined by users.
❖ When required, the methods of terminus modification are defined by users.
❖ Recipient and donor fragments are selected by users.
vector-NTI_中文教程_GenomicAnalysisⅢ
第十八章 Genomic Analysis III第十八章 Genomic Analysis ⅢPromoter binding factors analysisÆ分析基因的轉錄因子結合位置：在GenomBench的功能中，使用者可以找出基因的promoter序列，promoter 位於基因的上游，使用者可以先把欲分析的範圍圈選出來：圖18.1 將欲分析的範圍圈選圈選出來的序列可以複製輸出，這一段部分即為該基因的上游區域，一般而言選取的範圍為基因上游3000-5000nt區域。
遺憾的是NTI沒有分析promoter 序列transcription factor binding site的功能，使用者只能把找到的promoter序列放到相關的分析網站進行transcription factor binding site的分析。
Exon/intron structure analysisÆ由NTI主程式分析基因體結構：使用者欲分析的序列必須存放在主程式中的Local Database(圖18.2)，建議使用者將欲比對的序列存放於特定的資料夾中，詳細的操作方法請參考序列資料建立的章節。
圖18.2 將欲比對的序列放在Local Database，左方為Local Database內的檔案該資料夾可存放多條序列，程式會把該資料夾中的所有序列進行分析。
Vector NTI 教育訓練手冊接下來在主程式中開啟序列時請先將”限制酶分析”的功能關閉(圖18.3)：圖18.3 關閉”限制酶分析”的功能接著選擇Analysis→GenomBench Tools(圖18.4)：圖18.4 比對序列可以選擇兩種方式：SIM4或Spidey比對基因序列和基因體序列有兩種方式：SIM4和Spidey，這兩種方法的計算方式有些許的不同，使用SIM4的視窗(圖18.5)如下圖所示：第十八章 Genomic Analysis III 圖18.5使用SIM4，左上方為此序列名稱，中間為比對的基因序列左上方Sequence to analyze的欄位為目前使用者所分析的基因體序列(圖18.6)；中間上方Alignment sequences為提供比對的基因序列，請把資料項目選至上述設定的資料夾：圖18.6 選擇Alignment sequence提供的比對資料右上方的Strand欄位可以選擇只針對正股、互補股或者雙股進行分析。
vector nti
vector ntiVector NTI 是一种强大的分子生物学工具，广泛用于分析、设计和操作DNA、RNA和蛋白质序列。
本文将介绍Vector NTI 的主要功能、特点以及在生物科学研究中的应用。
一、介绍Vector NTI 是由Invitrogen公司开发的一款分子生物学软件，旨在为科学家们提供一套完整的工具，用于分析、设计和操作生物分子。
该软件集成了多种功能，包括序列分析、比对、克隆、构建基因工程实验方案等等。
二、主要功能1. 序列分析Vector NTI 提供了各种序列分析的功能，例如序列比对、绘制序列图谱、查找开放阅读框、预测转录起始点和终止点等等。
这些功能可以帮助科学家们更好地理解DNA、RNA和蛋白质序列的结构和功能。
2. 克隆工具Vector NTI 提供了丰富的克隆工具，可以帮助科学家们进行DNA 重组、构建基因工程实验方案等。
通过这些工具，科学家们可以轻松地进行基因克隆，并设计出符合实验需要的DNA序列。
3. DNA构建与设计Vector NTI 提供了功能强大的DNA构建和设计工具，可以帮助科学家们设计合适的引物、多聚酶链反应（PCR）方案以及合成DNA 序列等。
科学家们可以根据实验需求，通过这些工具快速设计出理想的DNA序列。
4. 蛋白质序列分析除了DNA和RNA序列分析外，Vector NTI 也可以进行蛋白质序列分析。
科学家们可以利用软件提供的功能，预测蛋白质二级结构、寻找蛋白质结构域、进行蛋白质序列比对等。
5. 实验方案管理Vector NTI 提供了实验方案管理功能，科学家们可以记录和管理自己设计的实验方案。
这方面的功能还包括实验标签、实验进度跟踪等，方便用户进行实验管理工作。
三、特点1. 用户友好的界面Vector NTI 提供了直观、易于使用的用户界面，使得科学家们能够快速上手并进行工作。
软件的菜单和工具栏都设计得非常直观，用户可以轻松找到自己需要的功能。
2. 数据库支持Vector NTI 可以与各种常见的生物信息数据库进行集成，例如GenBank、EMBL和SwissProt等。
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：/2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。
NTI使用手册中文版
第一章安装和执行程序第一章安装和执行程序Vector NTI目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。
厂商并没有针对授权时间进行限制，因此只要设定好License Server 的相关设定即可使用，不需要额外进行申请。
但用户IP 位置必须位于海洋大学校内，方可与授权服务器联机。
请下载下面这个档案进行安装.tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式： 1.选取开始→程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance10→License Manager(图1.1)。
图1.1 授权设定2.在Applications 页面中(图1.2)，点选下面的Dynamic 按钮，上面四个字段请填上使用者的姓名，系所单位，电话和电子邮件位置，最下面一栏URL of DLS 请入以下字符串：.tw:8080/vntidls.cgi。
DLS Server requires authentication 目前不需要勾选。
.tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI教育训练手册图1.2 授权设定窗体3.在Internet Settings(图 1.3)里面建议选取Direct Connection，这样当IE 设定Proxy 之后，才不会导致Vector NTI因为IP 不在校内而不能联机。
图1.3 Vector NTI授权网络设定 4.设定之后可以点选Test Connection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结果显示Connection OK(图1.4)，就表示设定成功；如果显示Connection error，则表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。
图 1.4 Vector NTI授权网络设定，成功右下角会显示Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章安装和执行程序5.设定成功后，在Dynamic license 的页面记得按下Apply，最后在Applications (图1.5)把所有项目的Demo mode 改成Dynamic license。
04VectorNTI的使用
04VectorNTI的使用Vector NTI（简称NTI）是一款常用于分子生物学研究的软件，主要用于序列分析、蛋白质结构模拟和分子克隆实验的设计等方面。
本文将介绍NTI的安装和使用方法，并详细讲解其主要功能和特点。
一、安装NTI1. 打开浏览器，“Vector NTI”。
二、使用NTI1.启动NTI安装完成后，可以在开始菜单或桌面上找到NTI的快捷方式，点击打开软件。
2.序列分析NTI可以对DNA、RNA和蛋白质序列进行多方面的分析。
（1）打开序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要分析的序列文件，可以是FASTA、GenBank或其他格式的文件。
（3）序列比对点击菜单栏的“分析”>“序列比对”选项，选择要比对的序列文件，进行多序列比对分析。
（4）ORF预测点击菜单栏的“分析”>“ORF预测”选项，输入要预测的序列及参数设置，进行开放阅读框（ORF）的查找和分析。
（5）启动子预测点击菜单栏的“工具”>“启动子预测”选项，输入要预测的序列及参数设置，进行启动子的查找和分析。
3.蛋白质结构分析NTI可以对蛋白质的结构进行建模和分析。
（1）打开蛋白质结构文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要分析的蛋白质结构文件，可以是PDB、MOL或其他格式的文件。
（2）蛋白质结构模拟选中要模拟的蛋白质结构，点击右键选择“模拟结构”进行分子动力学模拟或力场优化。
（3）蛋白质结构可视化点击菜单栏的“显示”>“蛋白质结构”选项，可以调整蛋白质的显示方式，包括线框图、空间填充等。
4.分子克隆实验设计NTI可以辅助设计分子克隆实验。
（1）打开DNA序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要设计的DNA序列文件。
（2）引物设计点击菜单栏的“功能”>“引物设计”选项，输入目的序列及参数设置，进行引物的设计和注释。
（3）酶切位点分析点击菜单栏的“功能”>“酶切位点分析”选项，输入目的序列及参数设置，进行酶切位点的查找和分析。
常用生物软件(软件及引物设计总结)
质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。
引物二级结构
引物3’端
3’端的连续3个G 或C ，如GGG或CCC，会导致引物在G+C富集序列区错误引发
单击此处添加小标题
引物3’端的碱基一般不用A（3’端碱基序列最好是G、C、CG、GC）。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
单击此处添加小标题
引物的延伸从3’端开始，因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，不能进行任何修饰，否则不能进行有效的延伸，甚至导致PCR扩增完全失败。
03
DNASIS
04
DNATools
05
DNAclub
06
Jellyfish
07
Omiga
08
Vector NTI Suite
09
（Bioxm）
10
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用
→
←
Sense primer
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
9、电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
Vector NTI使用介绍(PPT)-PPT课件
molecules or sequences ☼ Manually creating new molecules
Constructed DNA/RNA Molecules
☼ Splicing
exons of an intron-exon join feature of another
323-442-3309
Workshop Outline
A. Overview of molecule types and creation methods
B. Major steps and tools for molecule construction and design
Constructed DNA/RNA Molecules
☼ Built
from one or more fragments (parent molecules, linkers, adapters, etc.) ☼ Automatically receive the Feature map and sequences from the parent molecules.
Constructed Protein Molecules
☼ Translated
from a coding sequence of a DNA molecule ☼ Does not receive the Feature map from its parent DNA molecule
Methods of Creating New Molecule in Vector NTI Basic Molecules (DNA/RNA/Protein)
Recipient and donor fragments are selected by users. Restriction sites are analyzed and generated by Vector NTI. Methods of terminus modification are determined by Vector NTI.
VectorNTI中文使用说明指导书解说
VectorNTI中文使用说明指导书解说Vector NTI User's Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学）前言（Introduction）1.程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。
此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。
B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作•NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
• 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。
vectorNTI使用教程
Vector NTI Suite使用简介Vector NTI Suite 是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA 和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite 的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA 序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA 序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA 序列为猪生长激素的cDNA 序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI 的Create New 命令将此序列导入到Vector NTI 的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule 才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General 填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule 活页中，选中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中选Chromosome；4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps 中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA 序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank 上下载的序列文件，则：点击“Molecule” 菜单-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
vector NTI 11 使用教程 第3章 介面基本操作
第三章 接口基本操作本章介绍序列窗口和文字窗口的基本操作指令。
现在我们已经将斑马鱼的基因序列加载主程序中，接下来要如何处理文字和序列的编辑呢？汇入序列后将出现如图3.1画面：图3.1 一般接口操作指令 注意在红色框线的那一排是窗口的一般操作指令，随着光标所在位置的不同，窗口所出现的指令也会不同。
先看这三个指令，分别代表着三个不同的窗口，依序是文字、图谱和序列窗口。
若要在不同的窗口下进行检视或编辑，可以按这三个按钮或是直接将鼠标点击该窗口。
在这三个指令后面的按钮则是该窗口可执行的功能，此图则是位于检视图谱窗口。
文字窗口会把我们所执行的分析指令作一个简单的描述整理，以文件夹的型态显示，可以打开文件夹看个别的描述；其他叙述和说明则是在我们上一章所提到，剪贴序列时操作窗口中可以设定的部分。
我们在加载序列的时候会看到图谱被程序标上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按去除。
序列窗口的编辑点：点选或者是将鼠标点击序列窗口，所出现的指令有，其中是和office系统一样的文字编辑指令，我们只要将欲编辑的序列用鼠标反白后，点选这些指令就可以修改字型、大小和颜色等文字编辑的功能，以下是将序列背景颜色和文字颜色进行编辑过后的样子(图3.2)，我们可以依个人喜好来掌握文字的编辑。
图3.2 修改序列背景、字号和颜色 图3.2是将其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字颜色改成红色。
学会了文字编辑后，接下来我们发现序列的排列似乎不是很美观，想要改变序列的排列方式可以在序列窗口状态下点鼠标右键进入Display setup，或是点按钮这时会出现下面指令(图3.3)：图3.3 检视工具 点选Sequence setup项目后会出现：图3.4 序列检视工具 我们可以在这个序列检视工具(图3.4)之下设定各种的排列方式，底下的序列窗口为一个预览窗口，会依我们的设定而变动，将设定调整好后按OK就可以了，如此一来就可以有一个整齐美观的序列呈现在我们面前。
vector nti 11 使用教程 第四章_图谱的编辑与输出
第四章 图谱的编辑与输出Vector NTI主程序中的图谱窗口有内建作图和图形编辑功能，我们可以依照自身的需求进行绘图，图形可以进行输出成为个人的美术作品。
将光标点击图谱窗口之后可以见到下列指令：这些指令中有一些和上一章序列窗口有类似的功能，在此便不加以重述。
可以检视图谱大小和形状：能够改变图形的形状，把序列变成圆形或是直线，圆形的图形适用于表现质体序列的形状；直线适用于表现单一股序列形状。
图谱大小用来放大缩小图片，可以依照个人喜好调整。
图谱被程序标上限制酶的切位必须要移除。
在上方Analysis→Restriction Analysis→Restriction sites中点选Remove ALL再按OK就可以了。
接着就可开始编辑图形了。
我们要在序列标示特定标记时，先将光标移至图谱窗口，接着按下指令会出现图4.1：图4.1 编辑图形设定 在窗口中左边是程序已经内建好的图形，每一个图形代表着序列种种不同的生物功能；右边我们可以编辑图形的范围和命名，设定好以后按OK就可以了。
图4.2 选择所要编辑的图形 接着编辑的图形就会出现在图谱窗口：图4.3 选择斑马鱼海大基因，所出现的图形画面 若要修改内建的图形显示方式，可以点选按钮(图4.4)，针对个人喜好进行设定：图4.4 Graphics Display Setup，为修改图形显示的工具 按下OK就可已更改为欲设定的图形(图4.5)：图4.5 修改后的结果 关于图形的大小和文字的更变，我们可以按住Ctrl后按下按钮，接着就可以调整图形和文字(图4.6)：图4.6 调整图形的大小及文字的变更 我们还可以更进一步进行完整的编辑，按下按钮可以点选图谱窗口中任何的图形或文字进行编辑(图4.7)：图4.7 更进一步的对图形进行编辑点选图形或文本块后可以进行上下拖移和改变形状的功能；按下鼠标右键可以更改格式，点选Properties后可选择许多不同表示方法(图4.8)：图4.8 点选Properties进行格式的编辑按下确定就可以完成编辑(图4.9)。
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Vector NTI Suite使用简介资料来源：丁香园 Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。
1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。
2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。
3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。
4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as5．当希望序列显示单链时，点击View – Show Both Strands（三）常规分析：1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes：选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。
需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所以此处不详述。
2．序列基本信息分析：选中序列区段后，选Analyze – Oligo Analysis, 在Oligo Analysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。
3．酶切图谱分析点击Analyze菜单中Restriction Sites命令，出现“Restriction Map Setup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。
为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。
点击OK后程序自动完成酶切分析。
4．Motif查找点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的Motifs Setup对话框中我们可以添加新的Oligo 或从Oligo Database和Oligo List中选取；选中后点击OK按钮，程序完成Motif的查找，同时给出相似性的百分比。
5．ORF查找点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORF Setup对话框中，填入ORF的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF的查找。
6．翻译翻译前选中一个ORF或一个区域，这里我们希望把pGH cDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选中最长的一个ORF（7－657bp）。
点击Analyze菜单中的Translate命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出现的“New Protein Molecule”对话框中给出新蛋白质的名称后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。
7．反翻译选中氨基酸序列片断，点击Analyze菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是“仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。
（三）模拟电泳：模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。
该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。
1．点击Gel菜单– Create New命令：出现Gel Setup对话框，首先选择电泳介质的类型－“Agarose Gel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer种类。
2．点击OK后即打开一个电泳界面，左侧是对电泳情况的描述，右侧则为胶板。
3．首先配置一个Marker：点Gel菜单– Create Gel Marker, 出现New Gel Marker对话框, 首先输入Marker的名称：pGH-Marker，在Gel Marker活页中输入自己设定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,点击确定。
4．样品制备：点Gel菜单– Create Gel Sample命令出现Create Gel Sample对话框，选择来源分子SSPGH，选中AvaI和SmaI两个酶，输入Sample的名称SSPGH- AS。
此时我们可以把酶切的片段直接加入到胶上，也可以加入到样品列表中或保存为Marker，我们点击Add to Gel，则在胶上出现1号样品。
5．点Marker到胶中：点击第二行工具栏中的Add Marker Lane图标，出现Choose Database Gel Marker对话框，选中pGH - Marker，点击OK，则Marker出现在2道6．电泳：用鼠标点击右侧窗口激活胶板，点击第二栏工具栏中的双箭头，开始电泳，同时在旁边显示电泳时间，再次点击双箭头，电泳停止。
7．计算两条带分开时间：选中没有分开的条带，点工具栏中的计算器Calculate Seperation Time，即可得到所需信息。
8．导出胶图：激活胶板，点击工具栏中的Camera工具,出现Camera对话框,选中需要导出的选项，结果可以到剪贴板，也可以保存成文件。
到剪贴板后就可以在Word等文档编辑器中粘贴。
（四）图形操作对于图形展示的序列信息，我们可以对图形进行各种修饰和改动，并最终导出需要的图形，如果序列是质粒，则可得到质粒图谱。
我们还是以SSPGH序列为例：1．激活图形栏，点击工具栏中的Edit Picture。
此时，点击任意一个需要改动的组件，则鼠标变为四方向箭头，按住左侧则可以任意拖动其位置。
2．点击左键，选中Properties命令，则在Properties对话框中可以改变文字，字体，连线的粗细和颜色。
3．对于特征序列，我们还可改变其填充方式，箭头方向等。
4．加入注释：点击工具栏中的回形针按钮，出现Annotation对话框，输入注释文字（支持中、英文），如：“这是一个测试Sequence”。
点击确定后，文字就出现在图示窗口中，同样可以改变其位置、字体、颜色等。
5．修改完成后，点工具栏中的命令，同样可以到剪贴板或文件。
二、组件AlignX运行AlignX后出现四个窗口，从上到下，从左到右分别为序列信息窗口，进化树窗口，同源比较图示窗口和序列比较窗口。
对于同源比较可以分为两类：一类是两个或几个序列（包括DNA/RNA和蛋白质序列）的比较，此时仅限于比较序列的相似性；另一类则是多个序列间的比较并得出系统进化树。
（一）导入外源序列的方法：点击Project菜单中Add Files命令，选择需要比较的序列文件，点击打开按钮，确认是DNA/RNA还是Protein Sequence后，点击Import按钮就可以完成序列的导入任务。
（二）我们以程序本身提供的演示Project来讲述AlignX的使用：1．选择Project菜单Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects文件夹，打开DNA.apr文件；2．在文本窗口中，使用鼠标左键双击任一文件名，就可以得到该文件的所有基本信息；3．建立一个新的比较策略并进行比较：①在文本窗口中，按住Ctrl键选中四个序列：AF××××②点击Alignment菜单中Alignment Setup命令，出现Alignment Setup对话框，在此对话框中有30个选项来确定最终比较结果展示方式，这里我们使用默认值即可。
③点击Alignment菜单中的Align Selected Sequence命令，片刻后程序完成比较并给出结果和进化树；④在View菜单中，我们可以通过Edit Alignment命令来编辑比较结果，使用Display Setup命令来改变结果的展示方式和颜色等。
4．结果的导出：①进化树的导出：激活进化树窗口，点击工具栏中的Export Tree按钮即可将进化树保存为.Ph 文件，并可被其他树编辑软件所识别。
或者点击Edit菜单中的Camera命令，将图像保存到剪贴板后在Word等文档编辑软件中粘贴；②序列比较结果的导出；点击Project菜单中的Export MSF Format命令，将结果保存为.msf 文件后，用GeneDoc打开进一步进行编辑和修饰。
三、Contig Express该组件让您能够直接从测序仪或其它文件格式（如GenBank和Fasta等）中导入序列，并将这些阿序列片段拼接成一个长片段。
在拼接的过程中可以显示测序图谱，可以自动去除载体序列及测序模糊序列。
同时能在拼接的完成序列碱基的改动。
1．点击Project菜单中的Open命令，找到Demo Project文件夹中的DNA.cep文件。
当然我们也可以导入自己的序列，方法是点Project菜单中的Add Fragments命令，在此可以导入各种格式的文件。
2．建立拼接策略：点击Assemble菜单中的Assembly Setup命令，出现Assembly Setup对话框，在此我们使用程序的默认值，不作改动。