第八章用户需求书

第八章 用户需求书

1.

2.

项目背景

本项目以创新性农业生物技术的发展为目标，重点开展了植物分子生物技术在现代农业中的应用研究，集中研究农业生产中的关键问题：作物抗旱，抗病，及在其他生物与非生物逆境下的抗性反应，作物高产优质及高附加值产品。项目采用了包括基因重组技术、转基因技术、蛋白组及代谢组研究、植物细胞学、植物生理生化、以及生物分子活性分析等先进研究手段开展作物对干旱的整体适应性生理机制、调控网络、抗旱育种及节水农业、作物抗逆/抗病、高产及营养成分改良、作物氮肥利用、植物人工染色体技术及多基因聚合育种、植物种子生物反应器及蛋白质药物的生产研究等。

3. 技术要求 3.1. 测序鉴定要求

3.1.1. 水稻全长转录组测序：构建0.5-1K ，1-2K ，2-3K ，3-6K ，5-10K 5种RNA 文库，采用PacbioRSII 或者Pacbio Sequel 测序平台测序，并进行生物信息分析。

3.1.2. 水稻长链非编码RNA 的测序：构建LncRNA 文库，采用Hiseq4000 PE100测序平台测序（PE150测序会有接头污染，影响测序质量），并进行生物信息分析。 3.1.3. 水稻Small RNA 测序：构建small RNA 文库，采用Hiseq4000 SE50测序平台测序，并进行生物信息分析。

3.1.

4.

水稻蛋白全谱鉴定：蛋白质样品提取—SDS-PAGE 分离—Trypsin 酶解

—HPLC 分离—LC-MS/MS （Q Exactive™）—信息分析 建库和测序技术参数如下表:

3.2.生物信息分析内容要求

3.2.1.Pacbio生物信息分析内容：

3.2.1.1.高质量全长转录本获得；

3.2.1.2.全长转录本比对数据库注释（NR、NT、Swissprot、KEGG、GO、COG、Interpro

等）；

3.2.1.3.基因融合分析；

3.2.1.

4.新转录本预测；

3.2.1.5.LncRNA预测；

3.2.1.6.编码蛋白框预测（CDS）、SSR标记开发；

3.2.2.

3.2.3.

3.2.

4.

3.3.数据质量要求

3.3.1.PacbioSMRT文库测序：Pacbio RSII测序SMRT文库，碱基准确度>99.999%（QV50）；

3.3.2.HiSeq 4000 shotgun文库测序：HiSeq 4000 100PE测序shotgun文库，要求大于85%

碱基的Phred score值>=Q20；

3.3.3.HiSeq 4000 shotgun文库测序：HiSeq 4000 50SE测序shotgun文库，要求大于90%

碱基的Phred score值>=Q20

3.3.

4.蛋白试验样品按照搜索标准uniprot水稻蛋白库，每个样品鉴定7000个以上的蛋

白

4.服务期限

合同签订后12个月内完成所有测序分析服务

5.提交成果

以电子版形式。

6.付款方式

以合同签订为准。