杜仲HDR基因全长cDNA克隆与序列分析

合集下载

《杜仲全基因组精细图》绘制完成

龙源期刊网
《杜仲全基因组精细图》绘制完成
作者：
来源：《出版参考》2014年第23期
本刊讯 11月26日，由中国林业科学研究院经济林研究开发中心、中国社会科学院社会发展研究中心、国家林业局杜仲工程技术研究中心等共同举办的《杜仲全基因组精细图》绘制完成重大成果新闻发布暨2014年《中国杜仲图志》《第一层级复合产业哲学-以杜仲橡胶资源培育复合产业研究为例》等杜仲项目研究成果出版发行新闻发布会在中国社会科学院第一学术报告厅举行。

由中国林业科学研究院经济林研究开发中心（国家林业局杜仲工程技术研究中心）主持的《杜仲全基因组精细图绘制》是世界上第一个天然橡胶植物基因组精细图，也是第一个木本药用植物基因组精细图。

杜仲作为天然橡胶和木本药用植物的模式植物，将搭建分子遗传学和分子育种研究的关键技术平台。

为科学指导新型杜仲橡胶资源培育及产业发展奠定了坚实基础。

杜仲橡胶资源培育技术工程是我国新型生态资源经济体系建设的重要研究成果，具有十分重要的战略资源地位。

杜仲肉桂醇脱氢酶基因全长cDNA克隆及序列分析

ｌｎｅｈＲＣＣｏｔＡＥ试剂盒购自上海吉泰生ｃ
收稿日期：０２—０２１７—０；回日期：０２— ７—２１修２１０６
基金项目：国家自然科学基金资助（ｏ０６１６和Ｎ．３７１６２８。Ｎ．３６０４ｏ０１２０６）作者简介：赵丹（９３一）女，１８，贵州赤水人，硕士。研究方向：植物生物技术。通讯作者：赵德刚．Ｅ—ｍａ：ｅａｇｈｏａｏ．ｏｉｄｇｎｚａ＠ｙｈｏｃｒｌｎ
赵丹李晓毓陈建赵德刚。，，，，
５０２；５０５
（．１贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室，贵州贵阳
２贵州大学生命科学学院，．贵州贵阳５０２；５０５３黄山学院生物与环境科学系，．安徽黄山２２０；．４７０４江苏省泗洪县农水局，江苏泗洪２３０）２９０
ｃｕｏｌｅ中克隆出该基因的全长序ｏｍｌｉＯｉ）ｍ＆ｓｖ列，旨在为进一步研究该基因的表达调控机理以及木质素的生物合成调控机理奠定基础。
素的一类大分子有机物质，在增强植物细胞和组织的机械强度、水分运输和抵抗外界不良环境中起着重要的作用，同时由于木质素的不可溶性及多酚类
作用于木质素单体生物合成的最后一步Ｊ催化对，
香豆醛转变为对香豆醇，已在ＮＢ上注册的现ＣＩＣＤ完整ｍＮ序列共１７条。本文拟用ＡＲＡ８ＲＣＡＥ技术，贵州特有经济树种—— 杜仲（ｕ从Ｅ—

核酸技术问题解答

核酸技术问题解答问题1：我想克隆一个基因家族中的一个基因，这个基因家族的很多基因全长cdna已经被克隆，鸡中的该基因还未克隆，我本来打算根据该基因家族的保守区设计简并引物从鸡中扩增出一段，然后利用race得到全长cdna，可是作了很久的简并引物pcr都没得到什么结果，我想在genbank中查一下有没有该基因的est，不知道该怎么查啊？还请熟悉这方面工作的战友多加指教。

答：请你按照如下步骤：二，步入界面后你将看见存有一个“search”的大空地儿，在此黏上你的基因序列（随便就是全长还是片段，全长不好一些，所贴的基因序列和你必须克隆的物种亲缘关系越近越好），然后找出“choosedatabase”的附加栏，挑选里面的est栏或者estothers （因为你必须克隆鸡子的），页面\按钮；三，在出现的界面里点击“format!”,等待新弹出的窗口完全打开后，里面会出现n 多est序列，找到鸡子的对应的序列；四，页面对应的序列号可以发生代莱窗口，在这个窗口的最后面就是你必须的est序列，后面的就不必我再罗索啦。

问题2：现在手头上有两个老鼠的est克隆，都是1kb左右，但是已知人的cdna有6kb，老板要我拿到全长的老鼠的cdna，对这方面的工作一点经验都没有，不知哪位大侠可以给一点意见，由est去做或者是自己做rt？但是有6kb，rt不知道能行吗？答：几条途径：1，利用生物信息学资源展开电子克隆，进而赢得全长基因；2，利用race技术赢得全长基因；3，利用est得控针筛全长cdna库，进而获得全长基因；问题3:est就是由cdna文库的随机测序赢得，cdna文库源自细胞的mrna,那么这些mrna与否经过剪辑加工为明朗的mrna,还是pre-mrna？如果是由成熟的mrna经反转录为cdna的话，那么est就是没有内含子的，如果有些cdna来自pre-mrna,那么est就可能有内含子？我没搞过cdna文库，所以有些稀奇古怪。

杜仲1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因cDNA全长克隆与序列分析

ｓｒｔｎｐｌｍｒｓｃａｅｃｉ（ＴＰＲ）ａｄｒｐｄａｐｉｃｔｎｏＤＡｅｄＲＣｃｉｉｏｅａｅｈｉｒａｔｎＲ —ＣｐｏｙｎｏｎａｉｍｌｉｉｆｃＮｎｓ（ＡＥ）ｔｃｎｑｅｎｆａｏｅｈｉｕ，ａｄ
ｎｍｅｆｒ．ＴｅｎｃｏｄｅｕｎｅｏＭｗｓ１８４ｂｎｏｔｉｓａｐｎｒａｉａａｄａｔＤＲｈｕｌｔｅｓｑｅｃｆＤｅＥｅｉＥａ１ｐａｄｃｎａｎｎｏｅｄｎｆｍｅ（Ｒ）ｅｇｌＯＦ
ｍｉｏａｉｓｓｑｅｃｆＥＤＸｎｃｄｅｕｎｅｏｕＲ．
坨ｒｓｌｆｈｌｇｎｔｎｌｓｕｇｓｄｔａｅｐｏｅｎｓｑｅｃｆＥＤｘｅｕｔｏｙｏｅｅｉａａｙｉｓｇｅｔｔｔｒｔｉｅｕｎｅｏｕＲｓｐｃｓｅｈｈ
刘攀峰，杜红岩，乌云塔娜，黄海燕，朱高浦
（．１中国林业科学研究院经济林研究开发中心，河南郑州２国家林业局经济林育种与栽培重点实验室，．湖南长沙４００５０３；仲叶片ｃＮＤＡ为模板，采用反转录ＲＲ及ＲＣＣＡＥ技术分离出ＤＲ基因ｃＮＸＤＡ全长。序列分析结果表明该基因序列全长１８４ｂ，１ｐ共编码４８个氨基酸，７推导的蛋白质分子量为５．１ｋ理论等电点５７，名为ＥＤ１７Ｄ，．９命ｕ—
ｏ７ｂｎｃｄｎ７８ａｎｃｄｔｌｃａｉｈｆａｏｔ５１７１Ｄ．ｎｈｅｔｅｒｔｃｌｉｏｌｃｒｃｆｌ４３ｐｅｏｉｇ４ｍｉｏａｉｓｗｉｈａｍｏｅｕｌｒｗｅ【ｔｏｂｕ．ｇｋａｄｔｈｏｅｉａｓｅｅｔｉｐｉｔｏｃｓ５．９．ｒｐｅｅｔｔｅｍｏｉｓｏｌｎｏｎｆｗｈｉｈｗａ７ｅｒｓｎａｉｔｆｐａｔ砌ｖｆａｄ２ｏｅｔａｕｃｉｎｌｓｔｓｗｅｅｄｅｕｅｎｔｅａｎ６ｐｔｎｉｌｆｎｔｏａｉｒｄｃｄｉｈ — ｅ

杜仲PAL基因cDNA全长序列特征分析

，
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｈｅｎｙｌａｌａｎｉｎｅａｍｍｏｎｉａｌｙａｓｅ（ＰＡＬ）ｉｓｔｈｅｉｆｒｓｔｋｅｙｅｎｚｙｍｅｄｕｒｉｎｇｓｙｎｔｈｅｓｉｓｏｆｐｈｅｎｙｌｐｒｏｐａｎｏｉｄｃｏｍｐｏｕｎｄｓ．
（１．中国林业科学研究院经济林研究开发中心，河南郑州４５０００３：２．国家林业局杜仲工程技术研究中心，河南郑州４５０００３；３．中南林业科技大学林学院，湖南长沙４１０００４）
摘要：苯丙素类化合物的合成过程中，苯丙氨酸解氨酶（ＰＡＬ）是植物苯丙烷类合成的第１个关键酶。为了解杜仲苯丙氨酸解氨酶基因序列信息，为杜仲苯丙素类高效合成的分子调控提供科学依据，对杜仲ＰＡＬ基因
ｕｌｍｏｉｄｅｓ
ＬＩＴｉｅ — ｚｈｕ．ＤＵＨｏｎｇ．ｙａｎ．ＬＩＵＨｕｉ．ｍｉｎ
（１．Ｎｏｎ — ｔｉｍｂｅｒＦｏｒｅｓｔｒｙＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔＣｅｎｔｅｒ，ＣＡＦ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００３，Ｈｅｎａｎ，Ｃｈｉｎａ；
第３２卷第１期２０１４年３月
经济林研究
ＮｏｎｗｏｏｄＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ

一个新的水稻C2H2型锌指蛋白cDNA的克隆与序列分析

⼀个新的⽔稻C2H2型锌指蛋⽩cDNA的克隆与序列分析⼀个新的⽔稻C2H 2型锌指蛋⽩cD NA 的克隆与序列分析黄骥1,张红⽣13,曹雅君1,王东1,王建飞1,杨⾦⽔2(1南京农业⼤学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京210095;2复旦⼤学遗传所,上海200433)中图分类号:S60314 ⽂献标识码:A ⽂章编号:1000Ο2030(2002)02Ο0110Ο03Cloning and sequence analysis of a ne w novel C2H 2zincfinger cD NA from rice (Oryza sativa L.)H UANGJi 1,ZH ANG H ong 2sheng 13,C AO Y a 2jun 1,W ANG Dong 1,W ANGJian 2fei 1,Y ANGJin 2shui 2(1.National K ey Lab of Crop G enetics and G erm plasm Enhancement ,Nanjing Agric Univ ,Nanjing 210095,China ; 2.Institute of G enetics ,Fudan Univ ,Shanghai 200433,China )锌指蛋⽩(zinc finger protein )是⼀类具有“⼿指状”结构域的转录因⼦,负责调控基因的表达。

锌指蛋⽩主要通过与核酸的相互作⽤,显⽰出不同的功能,如促进转录、抑制转录、单链DNA 结合、RNA 结合或RNA/DNA 双向结合[1]等。

Cys2/His2型锌指(也称TF ⅢA 型)是真核⽣物的转录因⼦中结构描述的最为清楚的转录因⼦,其锌指区为CX 2-4CX 3FX 5LX 2HX 3-5H 的结构[2]。

植物中⽬前已经克隆了⼀些C2H2型锌指蛋⽩基因,其中很多锌指区具有QA LGGH 的保守区,如与拟南芥花发育相关的S U2PERM AN [3],与⼩麦组蛋⽩H3与H4基因启动⼦区域专⼀性结合的WZF1[4],拟南芥和棉花中报道的耐盐锌指蛋⽩STZ [5]和CSTZ [6],⼤⾖中报道的冷诱导蛋⽩SC OF 21[7]等。

铁皮石斛HDR基因克隆及真菌诱导子对其表达和生物碱含量的影响

铁皮石斛HDR基因克隆及真菌诱导子对其表达和生物碱含量的影响林艳君;赖钟雄【摘要】以铁皮石斛原球茎为材料,采用同源克隆的方法,成功得到了铁皮石斛Do-HDR基因的全长,并通过qPCR对其相对表达量进行分析.结果表明:Do-HDR基因全长1 784 bp(GenBank登录号KJ946381),5'UTR为40 bp,3'UTR为361 bp,开放阅读框为1 382 bp,编码460个氨基酸.生物信息学分析结果表明,该基因编码的蛋白为稳定的亲水蛋白,不具有跨膜结构,不含信号肽,定位于内质网.采用灭活的尖孢镰刀菌菌液作为诱导子,分别以0、100、200、500、1 000 mg/L的浓度培养3d 后测定总生物碱含量,结果表明,总生物碱含量呈现先上升后下降的趋势;当诱导子浓度为200 mg/L时,总生物碱含量达到最大值.在此基础上通过qPCR分析Do-HDR 基因的相对表达量,结果发现Do-HDR基因相对表达量在诱导子浓度为200 mg/L 时也到达最大值.因此,推测Do-HDR基因与生物碱的合成与积累有关.【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2015(036)004【总页数】7页(P680-686)【关键词】铁皮石斛;Do-HDR基因;基因克隆;qPCR;生物碱【作者】林艳君;赖钟雄【作者单位】福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州350002;福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州350002【正文语种】中文【中图分类】S682.31doi10.3969/j.issn.1000-2561.2015.04.008铁皮石斛（Dendrobium officinale Kimura et Migo）是兰科石斛属多年生附生草本植物，是一味珍贵的药材，《神农本草经》中将其列为上品，味甘平，具有补五脏虚劳、羸瘦、强阴的功效，久服厚肠胃，轻身延年，有益胃生津、滋阴清热的功效[1]。

杜仲Fls基因的克隆及原核表达

杜仲Fls基因的克隆及原核表达常立;李周岐;李煜;魏军坤;王淑惠【摘要】[目的]克隆杜仲黄酮醇合成酶基因(Fls)全长,对其开放阅读框(ORF)进行原核表达分析.[方法]以杜仲叶片为材料提取总RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆杜仲Fls基因;Fls基因的ORF经限制性内切酶酶切,构建其原核表达载体pET-28a-Fls;最后利用IPTG诱导Fls基因在大肠杆菌BL21 (DE3)中表达.[结果]获得了黄酮醇合成酶基因全长序列,长度为1 220 bp,ORF为1011 bp,编码336个氨基酸;成功构建了原核表达载体pET-28a-Fls;利用IPTG诱导Fls在BL21 (DE3)中表达,SDS-PAGE电泳结果显示,在约44 ku处有特异性的蛋白条带出现.[结论]获得了杜仲Fls基因的全长和ORF,并成功对其进行了原核表达.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2014(042)004【总页数】8页(P102-108,116)【关键词】杜仲;基因克隆;Fls基因;原核表达【作者】常立;李周岐;李煜;魏军坤;王淑惠【作者单位】西北农林科技大学林学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学林学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学林学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学林学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学林学院,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】Q943.2黄酮类化合物(flavonoids)是一类存在于植物中的天然次级代谢产物。

其中，黄酮醇(flavonols)是黄酮类化合物的重要组成，在已报道的黄酮类化合物中黄酮醇约占1/3。

黄酮醇不仅能影响花色的形成[1-2]，而且在植物抗紫外辐射、抵御微生物病虫害[3]、影响花粉生育率[4-5]等方面具有重要作用。

黄酮醇是二氢黄酮醇在黄酮醇合成酶(Flavonol synthase,FLS)的催化下合成的，该酶是黄酮醇与儿茶素合成所必需的[6]。

杜仲法尼烯基焦磷酸合酶基因cDNA全长的克隆与序列分析

杜仲法尼烯基焦磷酸合酶基因cDNA全长的克隆与序列分析摘要：采用RT-PCR法，从杜仲幼嫩叶片中分离法尼烯基焦磷酸基因cDNA 全长序列，克隆并对该基因全长序列进行生物信息学分析。

从杜仲嫩叶中共获得两个基因分别命名为EuFPPs1和EuFPPs2，测序结果表明两基因开放阅读框分别为1047bp和1029bp，推测分别可以编码348个和342个氨基酸残基，在线预测表明两个蛋白序列均存在两个聚丙烯合酶位点。

系统进化分析结果表明，EuFPPs1和EuFPPs2分别聚集于不同的分支，它们之间的进化距离为0.352，但是在亲缘关系上均与楤木和人参最近，进化距离分别为0.281、0.287，0.175，0.184。

关键词：杜仲；FPPs；基因克隆；序列分析：生物信息学文献标识码：A试剂：总RNA提取试剂RNAiso Plus、反转录酶、Taq聚合酶、DNA marker、载体pMD○R 19-T均购自宝生物工程（大连）有限公司（TaKaRa）；克隆宿主菌体大肠杆菌JM109由上海生工提供，引物均由上海生工合成。

实验材料：采自本实验室周同的杜仲嫩叶。

1.2总RNA提取及cDNA合成剪取杜仲幼嫩枝条，置于装有干冰的泡沫盒中，立即运回实验室提取叶片总RNA。

快速称取约100mg 杜仲幼嫩叶片，置于液氮预冷的研钵中，倒入少量液氮，迅速研磨成粉，并边研磨边添加液氮。

采用TaKaRa公司提供的Trizol试剂，并按试剂所提供的策略经过改良提取总RNA[7]。

采用1%的琼脂糖凝胶电泳检测RNA的质量，并用分光光度汁检测RNA浓度。

利用TaKaRa公司的PrimeScript反转录酶试剂盒，试剂盒所提供的方法将所提取的总RNA反转录为第一链互补链DNA（cDNA）。

1.3杜仲FPPs基因PCR扩增纯化及克隆从NCBI上搜索FPPs基因序列，根据对高度相似序列的分析设计特异引物，见表1。

以cDNA为模板，并以无菌水为模板做阴性对照，按照以下体系对杜仲FPPs基因进行扩增：10×Ex buffer5.0μL，dNTP（2.5mmol/L each）4.0μL，Primer （F）1.0μL，primer（R）1.0μL，Ex Taq 0.25μL，cDNA4.0μL，补加ddH2O至终体积50.0μL；PCR扩增程序如下：94℃预变性5min；30个循环：94℃变性30s。

杜氏盐藻鞭毛相关蛋白cDNA片段的克隆及在鞭毛重吸收过程中的表达

杜氏盐藻鞭毛相关蛋白cDNA片段的克隆及在鞭毛重吸收过程中的表达李靓;石科;李俊平;柴丹丹;薛乐勋【摘要】Aim:To clone flagella associated protein(FAP) cDNA fragment from Dunaliella salina and investigate its function. Methods :RT-PCR was carried out with degenerated primers designed according to the conserved amino acid sequences of Chlamydomonas reinhardtii, Volvox carteri f. Nagariensis and other organisms. 3 ' RACE was performed with specific primer designed based on the sequence obtained by RT-PCR. The transcription level of FAP gene of Dunaliella salina cells treated with colchicine was detected by RT-PCR using GAPDH as control. Results: A cDNA sequence of 1 535 bp and a 3' end sequence of 782 bp were obtained respectively, and an assembled sequence of the two sequences encoded a polypeptide predicted to be composed of 541 amino acids. The deduced amino acid sequence shared high homology with Chlamydomonas reinhardtii( 88% ) and Volvox carteri f. Nagariensis(89% ). Additionally,the expression of FAP mRNA in Dunaliella salina treated with colchicine was significantly higher than the untreated group ( F =43. 192, P < 0. 001; Ftime =2.659,P=0.043;Finteraction = 594.419,P <0.001). Conclusion:The cDNA fragment of FAP from Dunaliella salina has been obtained successfully, and its expression increases during the flagellar reabsorption induced by colchicine.%目的:克隆杜氏盐藻鞭毛相关蛋白(FAP)的cDNA片段并探讨其功能.方法:分析莱茵衣藻等生物的FAP同源蛋白的氨基酸序列保守区域,设计简并引物.提取盐藻总RNA进行RT-PCR.根据得到的序列设计3'RACE引物,巢式PCR扩增该cDNA的3'端序列.秋水仙碱处理对数生长期的盐藻细胞,使细胞停留在分裂中期,并诱导鞭毛缩短,半定量PCR检测FAP基因的表达情况.结果:RT-PCR和3'RACE分别得到长1 535 bp和782bp的cDNA片段,拼接后总长2 141 bp,编码541个氨基酸.序列比对发现与莱茵衣藻的FAP(88％)、团藻CDC48(89％)氨基酸序列均有较高的同源性.秋水仙碱处理后盐藻细胞FAP mRNA表达量高于未处理对照组(F组间=43.192,P＜0.001；F时间=2.659,P=0.043；F交互=594.419,P＜0.001).结论:成功获得杜氏盐藻FAP的cDNA片段,该基因在秋水仙碱诱导的鞭毛重吸收过程中表达量增高.【期刊名称】《郑州大学学报（医学版）》【年(卷),期】2011(046)006【总页数】4页(P821-824)【关键词】杜氏盐藻;鞭毛相关蛋白;秋水仙碱【作者】李靓;石科;李俊平;柴丹丹;薛乐勋【作者单位】郑州大学生物工程系细胞生物学研究室郑州450001;郑州大学生物工程系细胞生物学研究室郑州450001;郑州大学生物工程系细胞生物学研究室郑州450001;郑州大学生物工程系细胞生物学研究室郑州450001;郑州大学生物工程系细胞生物学研究室郑州450001【正文语种】中文【中图分类】Q781薛乐勋教授课题组2000年以来主持承担多项与杜氏盐藻(Dunaliella salina，以下简称盐藻)分子生物学相关的国家及省部级项目，主要包括:国家重点科技攻关项目、国家国际科技合作项目、国家自然科学基金项目(7项)、国家高技术研究发展计划(863)项目、教育部科学技术研究重点项目、教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目、河南省重大科技攻关项目、河南省杰出人才创新基金项目、“十·五”及“211工程”重点学科建设项目等。

Dmrt1基因cDNA序列的克隆及分析

Dmrt1基因cDNA序列的克隆及分析Dmrt1基因是参与生物发育基因家族——Dmrt(Double-sex and Mab-3related transcription factor)家族的重要成员，是第一个在人类中克隆得到的包含DM结构域的基因。

由于该基因参与脊椎动物性腺发育而引起人们的广泛关注(Raymond et al.,1998)，该基因的缺失可能引起雄性不育或性逆转(Raymond etal.,1999a;Raymond et al.,1999b;Calvari et al.,2000;Ottolenghi et al.,2000)。

家鼠，红耳龟，密西西比鳄，红鳟鱼，粗皮蛙等物种的Dmrt1基因表达研究显示，在生殖嵴分化时期，正在分化的精巢中表达量远高于卵巢中的表达量(Raymond et al.,1999a;Raymond et al.,1999b;Kettlewell et al.,2000;Torres etal.,2002;Smith et al.,1999;Marchand et al.,2000;Shibata et al.,2002)。

有趣的是，青锵鱼Dmrt1在成熟个体的精巢、卵巢和脾中都有表达(Ohmuro-Matsuyamaet al.,2003)。

两栖类在进化中是从水生到陆生的过渡类型，具有特化的形态特征和功能，以适应不同的生活环境(费梁,1999)。

两栖类的染色体组型呈现多样性，有的是XX/XY型，有的是ZZ/ZW型，有的是OW雌性/OO雄性，还有的是XX/XY和ZZ/ZW同种共存(Schmid et al.,2001)。

其性别决定和分化的机制很复杂，既不同于哺乳类和鸟类典型的基因型性别决定(GSD, genetic sex determination)，也不同于爬行类环境型性别决定(ESD, environmental sex determination)。

杜仲胶合成相关基因EuFPS的克隆及序列分析(1)

研究报告RESEARCH REPOR T杜仲胶合成相关基因EuFPS的克隆及序列分析周明兵1　肖月华2　朱冬雪1　裴炎2　赵德刚131贵州大学农业生物工程重点实验室,贵阳,5500252西南农业大学生物工程中心,重庆,400716)3通讯作者,degangzhao@摘要本文采用逆转录—聚合酶链式反应(R T2PCR)方法,以杜仲树叶总RNA为模板扩增出杜仲法呢基焦磷酸合酶基因EuFPS,克隆至质粒pUCm2T中。

序列分析表明,所克隆的cDNA序列全长1271bp,开放阅读框共编码320个氨基酸残基,其核酸序列与拟南芥菜、银胶菊和巴西橡胶树FPP合酶的序列同源性分别为81%,87%,82%。

关键词杜仲,法呢基焦磷酸合酶,基因Molecular Cloning and Sequence Analysis of EuFPS Involved into Rubber Biosynthesis in Eucom mia ul moi des OliveZhou Mingbing1　Xiao Yuehua2　Zhu Dongxue1　Pei Yan2　Zhao Degang131Guizhou Key Laboratory of Agricultural Biotechnology,Guizhou University,Guiyang,5500252Biotechnological Center of Southwest Agricultural University,Chongqing,4007163Corresponding author,degangzhao@ABSRACTThe cDNA,EuFPS,encoding farnesyl pyrophosphate synthase in Eucom m ia ul moi des Olive was using amplified by reverse transcription polymerase chain reaction(R T2PCR)strategy with the total RNA of leaves as the template.The1271bp fragment of EuFPS was ligated and cloned into the pUCm2T vector and se2 quenced.The analysis results revealed that an ORF of the EuFPS has960nucleotides(nt),which encodes a 320amino acid of protein.The EuFPS sequence had81%,87%,82%DNA homology to the FPP synthase gene sequence of A rabi dopsis thaliana,Partheni um argentat um and Hevea brasiliensis respectively.KEYWORDSEucom m ia ul moi des Olive,Farnesyl pyrophasphate synthase,G ene分子植物育种,2003年,第1卷,第1期,第66—71页Molecular Plant Breeding,2003,Vol11,No11,66—71　1前言法呢基焦磷酸合酶(Farnesyl Pyrophasphate Synthase,FPS,EC21511/EC21511110)是一种异戊烯基转移酶,是类异戊二烯途径的一个关键酶,催化五碳原子的异戊烯基焦磷酸(IPP)和二甲丙烯基焦磷酸(DMAPP)以1π-4头尾连续缩合反应,形成15碳的法呢基焦磷酸(FPP)(Cor2 nish,1993),FPP是植物体内甾体、皂甙、倍半萜、橡胶等许多萜类衍生物质的合成前体,这些物质在植物的生长发育或抗病过程中具有重要作用(Delorme et al.,1994)。

皱纹盘鲍Hdh－MMP－1基因cDNA的克隆及原核表达

皱纹盘鲍Hdh－MMP－1基因cDNA的克隆及原核表达段雪昆;杜翠红;胡健健;蔡秋凤;刘光明;曹敏杰【期刊名称】《集美大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2016(021)005【摘要】利用同源克隆方法和cDNA末端快速扩增（RACE）技术，从皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）肌肉组织中克隆得到基质金属蛋白酶－1基因（Hdh－MMP－1） cDNA全长序列（GenBank登录号： KR537291）。

结果表明，Hdh－MMP－1 cDNA全长2136 bp，其中ORF长度为1551 bp，编码区含有516个氨基酸残基，预测其分子质量为58�94 ku，理论等电点为5�99。

Hdh－MMP－1具有MMPs家族典型的N－端前肽区、催化区、铰链区和C－端类血红素结合区。

利用SOPMA和SWISS－MODEL软件对该基因编码蛋白质高级结构进行了预测分析。

氨基酸序列相似性结果显示， Hdh－MMP－1不仅与多种生物MMP－1基因具有序列相似性，且与某些软体动物和虫类的MMP－14及MMP－19也具有序列相似性。

多序列比对结果显示，Hdh－MMP－1与红螺鲍、杂色鲍、美洲牡蛎的MMP－1相似性分别为95�29％、82�35％、38�85％。

随后，构建了表达载体pET28a－catMMP－1，利用大肠杆菌原核表达系统，在大肠杆菌BL21（DE3）中成功对该蛋白质催化区进行异源表达。

%Matrix metalloproteinase-1 gene (Hdh-MMP-1) from the muscle of abalone (Haliotis discus hannai) was cloned by RT-PCR and RACE technology( GenBank accession number KR537291 ) . The full⁃length of cDNA Hdh-MMP-1 was 2136 bp, including an open reading frame ( ORF) of 1551 bp coding 516 amino acid residues with an estimated molecular weight of58�94 ku and a theoretical pI of 5�99. The Hdh-MMP-1 contains N-terminal prodomain, catalytic domain, hinge region and C⁃terminal hemopexin domain, which was typical in matrix metalloproteinases.Higher⁃order structure of Hdh-MMP-1 was predicted using SOPMA and SWISS-MODEL. The results of multiple sequence alignment analysis showed that there was a⁃bout 38�9% ~95�3% identities in amino acid sequence with some other organisms. Prokaryotic expression plasmidpET28a-catMMP-1 containing the catalytic domain of MMP-1 was constructed. The recombinant MMP-1 was successfully expressed in Escherichia coli BL21cells.【总页数】9页(P321-329)【作者】段雪昆;杜翠红;胡健健;蔡秋凤;刘光明;曹敏杰【作者单位】集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021;集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021; 水产品深加工技术国家地方聚合工程研究中心，福建厦门361021;集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021;集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021; 水产品深加工技术国家地方聚合工程研究中心，福建厦门361021;集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021; 水产品深加工技术国家地方聚合工程研究中心，福建厦门361021;集美大学食品与生物工程学院，福建厦门361021; 水产品深加工技术国家地方聚合工程研究中心，福建厦门361021【正文语种】中文【中图分类】Q785;S917.4【相关文献】1.新型皱纹盘鲍防御素hd-def的cDNA序列分析、基因组克隆及表达研究 [J], 洪旭光;孙修勤;郑明刚;昝金东;曲凌云;张进兴2.皱纹盘鲍肝和肾cDNA文库的构建及免疫相关基因的初步分析 [J], 郑明刚;孙修勤;张进兴3.皱纹盘鲍亮氨酸氨肽酶基因cDNA克隆及表达分析 [J], 胡健健;陈玉磊;段雪昆;李越;张凌晶;刘光明;曹敏杰4.皱纹盘鲍肌动蛋白基因启动子的克隆和序列分析 [J], 张志峰;茅云翔;潘洁;汪小龙;包振民5.皱纹盘鲍基质金属蛋白酶基因的克隆与表达分析 [J], 陈玉磊; 李婉玉; 吴裕玲; 杨汝晴; 章骞; 张凌晶; 刘光明; 曹敏杰因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

中药杜仲原植物的分子鉴定

中药杜仲原植物的分子鉴定章群【期刊名称】《生态科学》【年(卷),期】2004(23)2【摘要】杜仲是我国特有贵重中药材,市场供不应求,各地出现许多伪品,为克服目前仅依据形态、显微特征及理化性状进行鉴别的不足,本研究旨在运用分子标记技术鉴定中药杜仲Eucommia ulmoides Oliv的真伪.采用PCR产物直接测序法测定杜仲原植物matK基因序列,通过Clustal软件将其与GenBank中同源序列进行排序比较,分析杜仲序列特征.结果:测定的杜仲matK序列长度为1140bp,同源序列比较分析表明,杜仲matK序列中存在32个特异性位点,其中特异性A、T、C、G 位点分别为8,2,11,11,序列中有-个GAC插入为杜仲所独有.matK基因是良好的分子标记,能够为杜仲原植物鉴定提供足够的特异性变异位点,matK基因序列的测序分析可成为杜仲正品鉴定的有效手段.【总页数】3页(P141-143)【作者】章群【作者单位】暨南大学生命科学学院,广州,510632【正文语种】中文【中图分类】R282.5【相关文献】1.中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定 [J], 张得钧;高庆波;李福安;李永平2.中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定 [J], 张得钧;高庆波;李福安;李永平3.基于ITS2序列广陈皮基原植物及药材的DNA分子鉴定 [J], 成树森;王武静;陈超志;段元静;任玲;王秋红;李书渊;;;;;;;;4.关注中药与原植物“同名异物”现象--倡议将原植物中文名与中药名分离 [J], 蔡少青;陈虎彪;冯毓秀;陈道峰;赵中振;李萍;黄璐琦;王天志;秦路平;刘塔斯5.杜仲原植物25S rDNA5'端序列分析及其分子识别 [J], 陈月琴;屈良鹄;周惠;张宏达因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

杜长大猪CIDEa基因克隆及其组织表达分析

杜长大猪CIDEa基因克隆及其组织表达分析罗云彦;谢红月;潘鹏;胡旭旭;甄锐;蒋钦杨;黄艳娜【期刊名称】《中国畜牧杂志》【年(卷),期】2022(58)1【摘要】本实验旨在克隆杜长大猪(三元杂交猪)诱导细胞凋亡DNA片段化因子45样效应子A(CIDEa)基因序列,通过生物学软件分析CIDEa基因序列,利用实时荧光定量(qPCR)方法检测杜长大猪不同组织中CIDEa基因mRNA的表达量。

实验成功获得杜长大猪CIDEa基因CDS区,长度为660 bp,共编码218个氨基酸。

杜长大猪CIDEa基因与NCBI已公布野猪、牛、马、犬、人和家鼠的CIDEa基因同源性分别为99.2%、84.8%、81.5%、80.6%、80%、76.1%。

与野猪CIDEa基因相比,发生5处碱基突变,分别为第99 C-T、第355 T-C、第609 G-A、第627 C-T,为同义突变,第173 T-C脯氨酸突变为亮氨酸。

CIDEa蛋白二级结构预测结果显示,α-螺旋占45.41%,无规则卷曲占33.49%,延伸链占15.14%,β-转角占5.96%;CIDEa蛋白三级结构与二级结构相一致。

qPCR结果显示,CIDEa基因在腹脂和皮下脂肪中表达量最高,在肝脏、肾脏、肺脏和心脏中均有表达,在背最长肌中表达量最低。

结论表明:CIDEa基因在脂肪沉积中可能起着重要作用。

【总页数】5页(P108-112)【作者】罗云彦;谢红月;潘鹏;胡旭旭;甄锐;蒋钦杨;黄艳娜【作者单位】广西大学动物科学技术学院【正文语种】中文【中图分类】S828.2【相关文献】1.猪Gli1基因的克隆、表达谱分析及脂肪组织特异性表达载体的构建2.猪LTβR 基因克隆、结构功能预测、组织表达谱分析及真核表达载体构建3.豫西脂尾羊CIDEa基因的克隆、序列分析与组织表达4.广西巴马小型猪BMP2基因克隆、生物信息学及组织表达分析5.巴马香猪CIDEa基因克隆及组织表达分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

生物信息学在新基因全长cDNA电子克隆中的应用

生物技术通报ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹＢＵＬＬＥＴＩＮ・技术与方法・２００７年第４期收稿日期：２００７－０１－３１作者简介：胡皝（１９８４－），男，在读硕士，研究方向：生物信息学随着人类基因组测序工作的基本完成，人类进入到了后基因组时代，基因组学的研究从结构基因组学过渡到了功能基因组学［１］，即从“是什么”过渡到“为什么”的研究。

然而，全基因组序列的解读，并不能使人类对编码基因这一层次有更明确的认识。

因此，ｃＤＮＡ的测序成为人们了解编码基因结构与功能的关键所在。

要理解新基因的结构和功能，仅有不完整的ｃＤＮＡ片段是不够的。

全长ｃＤＮＡ的获得是基因克隆的重要内容，也是目前基因组研究中的一个重要方面。

目前获取基因全长ｃＤＮＡ序列较常见的方法有：ｃＤＮＡ文库筛选法［２］、快速ｃＤＮＡ末端扩增法［３］和电子克隆法［４］等。

电子克隆法是近年来基于表达序列标签（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ，ＥＳＴ）和基因组数据库发展起来的基因克隆新型技术，其利用生物信息学知识和计算机技术对ＥＳＴ或基因组数据库中进行同源性比较分析、整理拼接出新基因的编码序列，确认完整后根据序列设计引物进行ＲＴ－ＰＣＲ验证获得全长基因。

具有效率高、成本低、对实验条件要求低等特点［５］。

现以新基因全长ｃＤＮＡ电子克隆与分析的步骤为顺序，就生物信息学在其间的应用作一简单介绍。

１新基因全长ｃＤＮＡ电子克隆的方法及生物信息学在其中的应用１．１基于ＥＳＴ数据库的电子克隆ＥＳＴ是从ｃＤＮＡ克隆中随机挑选出来进行一次性测序的结果，一般长约２００ｂｐ￣５００ｂｐ，通常作为基因的标志。

近年来ＥＳＴ数据库容量扩增迅速，基于ＥＳＴ数据库由一个已知的基因利用生物信息学的方法进行功能基因的电子克隆已经成为目前最常用的基因克隆手段，许多新基因就是通过ＥＳＴ序列的拼接发现的［６，７］。

基于ＥＳＴ数据库的电子克隆大致步骤如下：第一步，选择其他物种尤其是亲缘关系较近的物种某生物信息学在新基因全长ｃＤＮＡ电子克隆中的应用胡皝萧浪涛（湖南农业大学生物科学技术学院，长沙４１０１２８）摘要：新基因全长ｃＤＮＡ序列的获得常常是生物学工作者面临的难题，电子克隆是利用生物信息学手段得到新基因全长ｃＤＮＡ序列的新方法。

杜仲雌雄株转录组测序数据组装及基因功能注释

杜仲雌雄株转录组测序数据组装及基因功能注释赵德刚;李岩;赵懿琛;赵丹;吕立堂;刘世会;宋莉;董璇;冯怡【期刊名称】《山地农业生物学报》【年(卷),期】2015(34)1【摘要】The Illumina HiSeqTM2000 high-throughput sequencing technology was used to establish two transcriptome libraries by used the RNA pools which were isolated from female plants ( young leaves, young bark and young fruits) and male plants ( young buds, young leaves, young bark) in Eucommia ulmoides respectively. An average length of 90nt and the total of 51. 6 million clean reads for female plant and 52. 4 million clean reads for male plant were generated, which respectively produced 159 ,434 Unigene with a mean length 288 nt for female plant and 257 ,288 Unigene with a mean length of 231 nt for male plant. These Unigene were annotated using BLAST ( E-value ≦1. 0E-5 ) against the NR, NT, SwissProt, Kyoto encyclopedia of genes and genomes ( KEGG) and Clusters of ortholo-gous groups ( COG) . All-Unigene blast against NR, the top 3 most similarity were 33. 77% within Vitis vinifera, 11. 38% within Ricinus communis and 11. 18% within Populus trichocarpa. It was 2. 79% low similarity within Arabidopsis lyrata subsp. Lyrata. To compare the Unigene and the COG datbase, the 7,571 Unigene in transcriotome of Eucommia ulmoides female and male plants were divid-ed into 24 classes acconding to the function. The 23,314 Unigene GO function were annotated biologi-cal processes, cellular components and molecular function categories of 55 branches. The KEGG data-base as a reference, 17,468 Ungenes in the transcriptome could be divided into 128 classes metabolic pathway. Of these, 2,399 Unigene were found to be related to biosynthesis of secondary metabolites, and 314 were involved in terpenoid biosynthesis.%以10年以上树龄的杜仲雌株当年新发枝条上的幼果、嫩芽、叶片和树皮和雄株新发枝条上嫩芽、叶片和树皮为材料,采用 Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术进行转录组测序,获得雌株51,574,000条、雄株52,430,502条Clean Reads数据,分别包含总长度为4,641,660,000nt和4,718,745,180nt核苷酸序列数据信息；经拼接组装,获得雌株基因信息长达69,461,730nt 的423,339个 Contig 片段,获得雄株基因信息长达94,814,201nt的542,383个Contig片段；经进一步拼接,分别获得平均长度为288nt的雌株159,434个Unigene片段和平均长度为231nt 的雄株257,288个 Unigene 片段,共有48,761个表达序列标签( EST)。