海南几种大型绿藻18S rRNA基因的克隆与序列分析

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多基因序列比较分析海南橡胶树炭疽病菌遗传种群

多基因序列比较分析海南橡胶树炭疽病菌遗传种群林春花;董瑛;刘文波;缪卫国;郑服丛【摘要】橡胶树炭疽病是橡胶树上一种重要叶部病害,已知病原菌有胶孢炭疽菌和尖孢炭疽菌,它们是复合种群,群下种类多,遗传多样性丰富.利用ITS、GAPDH、CHS-1和ACT基因的部分序列,对来自海南省橡胶树不同植胶地点的16株炭疽菌,进行基因谱系比较分析.结果显示,采用单基因部分序列和4基因拼接序列都能将供试菌株分为两大类群:胶孢炭疽菌复合群和尖孢炭疽菌复合群.其中,来自于儋州HN06、乐东志仲HN02和保亭大本HN16的3个菌株聚类于尖孢炭疽菌复合群,其余13个菌株聚类于胶孢炭疽菌复合群.4基因拼接序列分析还可以看出,胶孢炭疽菌复合群下参试的9个菌株都属于分支Musae Clade.但是采用单基因或4基因拼接序列均不能将海南橡胶炭疽菌鉴定到复合群下的具体种.【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2016(037)005【总页数】9页(P943-951)【关键词】橡胶树;炭疽病菌;多基因序列分析法;遗传多态性【作者】林春花;董瑛;刘文波;缪卫国;郑服丛【作者单位】海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228;海南大学环境与植物保护学院海南大学热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海南海口570228【正文语种】中文【中图分类】S763.7doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2016.05.015炭疽菌（Colletotrichum spp.）真菌引起的炭疽病是世界范围内农业生产中发生最为普遍、危害较重的植物病害［1］。

真核生物染色体基因组的结构和功能

真核生物染‎色体基因组的结构和功‎能真核生物的‎基因组一般比较庞‎大，例如人的单‎倍体基因组由3×106bp‎硷基组成，但人细胞中‎所含基因总‎数大概会超‎过3万个。

这就说明在‎人细胞基因组中有许多D‎N A序列并‎不转录成m‎R NA用于‎指导蛋白质‎的合成。

研究发现这‎些非编码区‎往往都是一‎些大量的重‎复序列，这些重复序‎列或集中成‎簇，或分散在基‎因之间。

在基因内部‎也有许多能‎转录但不翻‎译的间隔序‎列（内含子）。

因此，在人细胞的‎整个基因组当中只有很‎少一部份（约占2-3％）的DNA序‎列用以编码‎蛋白质。

真核生物基因组有以下特点‎。

1.真核生物基因组DNA与蛋‎白质结合形‎成染色体，储存于细胞‎核内，除配子细胞‎外，体细胞内的‎基因的基因组是双份的（即双倍体,diplo‎i d），即有两份同‎源的基因组。

2.真核细胞基‎因转录产物‎为单顺反子‎。

一个结构基‎因经过转录‎和翻译生成‎一个mRN‎A分子和一‎条多肽链。

3.存在重复序‎列，重复次数可‎达百万次以‎上。

4.基因组中不编码的‎区域多于编‎码区域。

5.大部分基因‎含有内含子‎，因此，基因是不连‎续的。

6.基因组远远大于原‎核生物的基因组，具有许多复‎制起点，而每个复制‎子的长度较‎小。

高度重复序‎列：高度重复序‎列在基因组中重复频率‎高，可达百万(106)以上。

在基因组中所占比例‎随种属而异‎，约占10-60％，在人基因组中约占20‎％。

高度重复顺‎序又按其结‎构特点分为‎三种（1）反向重复序‎列这种重复顺‎序约占人基因组的5％。

反向重复序‎列由两个相‎同顺序的互‎补拷贝在同‎一DNA链‎上反向排列‎而成。

变性后再复‎性时，同一条链内‎的互补的拷‎贝可以形成‎链内碱基配‎对，形成发夹式‎或“+”字形结构。

反向重复间‎可有一到几‎个核苷酸的‎间隔，也可以没有‎间隔。

没有间隔的‎又称回文结‎构，这种结构约‎占所有反向‎重复的三分‎之一。

基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析

基于高通量测序的真核微藻多样性质控分析宋伦; 吴景; 李楠; 孙明; 杜静; 王鹏【期刊名称】《《水产科学》》【年(卷),期】2019(038)006【总页数】9页(P804-812)【关键词】真核微藻; 高通量测序; 褐潮; 多样性; 质控分析; 辽东湾【作者】宋伦; 吴景; 李楠; 孙明; 杜静; 王鹏【作者单位】哈尔滨工业大学环境学院城市水资源与水环境国家重点实验室黑龙江哈尔滨150090; 辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋生物资源与生态学重点实验室辽宁大连116023【正文语种】中文【中图分类】S917海洋微藻是海洋生态系统中物质循环和能量流动的基础，是生命和非生命系统联系的关键环节，同时也是赤潮、褐潮暴发的致灾种[1-2]。

由于微藻采样和显微镜精度限制，传统的形态学鉴定对微藻多样性的挖掘存在较大局限性。

褐潮的暴发引起了诸多学者对微微型藻类多样性的关注，早期的分子鉴定技术虽可增加目标种类的鉴定准确度，但对物种多样性的种类挖掘尚显逊色。

高通量测序技术具有简单快速、测序通量高、错误率低和成本低等特点，为微藻的多样性检测提供了新手段。

18S rDNA是真核生物中具有信息和功能两种作用的核糖体编码基因[3]，由保守区和9个可变区交替排列组成[4]，可作为物种鉴定的分子标记。

国内外以18S rDNA 作为分子标记使用高通量测序技术分析藻类多样性的研究已有报道。

2000年，国内学者针对微型和微微型浮游藻类建立了18S rDNA克隆文库，分析了浮游藻类的多样性[5-6]。

2011年，于杰等[7]建立了微型浮游生物的18S rDNA可变区V9的克隆文库并进行测序，发现褐潮是由抑食金球藻(Aureococcus anophage f ferens)和多形微眼藻(Minutocellus polymorphus)共同形成。

2015年，也有学者对渤海海域[6]及我国东海靠近济州岛海域[8]真核浮游植物群落组成和多样性进行了研究。

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉【期刊名称】《中国生物化学与分子生物学报》【年(卷),期】2004(20)4【摘要】依据珊瑚藻 (CorallinaofficinalisL .)藻红蛋白rpeA和rpeB的DNA序列 (AF5 1 0 986 )设计引物 ,通过PCR RACE方法扩增得到rpeA和rpeB的cDNA序列 .序列分析表明 ,该序列采用多顺反子转录策略 ,全长 2 2 5 7bp(AF5 42 5 5 4) ,排布顺序为5′UTR rpeB 间隔区rpeA 3′UTR .5′非编码区 493bp ,rpeB基因 5 34bp ,基因间隔区 1 0 1bp ,rpeA基因4 95bp ,3′非编码区 6 34bp .在rpeA和rpeB的基因起始密码子上游均存在类似原核核糖体结合的Shine Dalgarno (SD)序列 .在rpeA基因终止密码子下游 1 1 0bp处还存在着一个可能的开放阅读框架 .经检索GenBank发现。

【总页数】6页(P428-433)【关键词】珊瑚藻;藻红蛋白;快速分离cDNA末端(RACE)【作者】王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉【作者单位】福建农林大学植物病毒研究所【正文语种】中文【中图分类】Q943.2【相关文献】1.珊瑚藻藻红蛋白β亚基脱辅基蛋白基因克隆与序列分析 [J], 王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉2.稀杯盔形珊瑚铜锌超氧化物歧化酶基因全长 cDNA序列的克隆与分析 [J], 范程辉;刘丽;沈城;郭昱嵩3.珊瑚藻藻红蛋白α亚基脱辅基蛋白基因克隆与序列分析 [J], 王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉4.珊瑚藻R-藻红蛋白γ亚基基因的克隆 [J], 王盛; 钟伏弟; 吴祖建; 林奇英; 谢联辉5.草莓果实膜联蛋白基因(annfaf)全长cDNA克隆及序列分析(英文) [J], 王关林;杨怀义;夏然;方宏筠;景士西因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

海南大学生物工程学院2021年《细胞生物学》考试试卷(705)

海南大学生物工程学院2021年《细胞生物学》课程试卷（含答案）__________学年第___学期考试类型：（闭卷）考试考试时间：90 分钟年级专业_____________学号_____________ 姓名_____________1、判断题（40分，每题5分）1. 真核生物的18S、28S和5S的rRNA属于同一个转录单位，先转录成一个45S的前体，然后边加工边装配核糖体的大、小两个亚基。

（）答案：错误解析：真核生物的18S、28S和5.8S的rRNA属于某个转录单位。

2. 间隙连接属于通讯连接，信号分子可以通过间隙连接的通道，而其他代谢分子不能通过。

（）答案：错误解析：间隙连接的通道允许小分子代谢物质和信号分子通过，是细胞间代谢亚胺的基础。

代谢偶联现象在体外培养细胞中被证实。

3. 体外细胞培养很容易被微生物所污染，因此细胞工程所有的实验都必须在无菌条件下进行，所有的实验器械和试剂都是以相同的方式消毒灭菌。

（）答案：错误解析：细胞工程实验用到的灭菌方式有高压蒸汽灭菌，高温灭菌，以及过滤等方法。

不同的试验器械和各异试剂所需要的灭菌方式不尽相同，例如：玻璃品类的器皿可以通过高压蒸汽灯具灭菌，金属类则可以通过灼烧的方法进行高温灭菌。

4. 溶酶体中成熟的水解酶分子带有独特的标记——甘露糖6磷酸（M6P），它是溶酶体水解酶分选的重要识别信号。

（）答案：错误解析：前半句错误，溶酶体中成熟的溶酶体已经被去磷酸化，不具有M6P标志。

在高尔基体M6P是溶酶体水解酶分选的主要识别信号。

5. 由于线粒体和叶绿体的绝大多数蛋白质是由自身编码，少数蛋白质由核基因组编码，故称线粒体和叶绿体为半自主性细胞器。

（）答案：错误解析：线粒体和叶绿体的绝大多数蛋白质是由氨基酸核基因组编码，少数是由自身编码，所以称为半自主线粒体6. 过氧化物酶体是一种异质性的细胞器。

它来自高尔基体，参与膜的流动。

（）答案：错误解析：不是来自高尔基体，也不参与膜流动。

2种微藻总RNA提取方法的比较

2 Department of Biochemistry, Hainan Medical College, Haikou 571101, China）
Abstract To select the optimum extraction method for total RNA from microalgae, Trizol method and SDS-LiCl method were used with Chlamydomonas reinhardtii and Micractinium pusillum as materials. The results showed that, high-quality RNA from M. pusillum was obtained by using SDS-LiCl method. In contrast, both Trizol method and SDS-LiCl method were suitable for total RNA extraction from C. reinhardtii. However, the former is more simple and efficient than the latter. The RT-PCR results showed that total RNA isolated from M. pusillum by using SDS-LiCl method and from C. reinhardtii by using Trizol method could be directly used for molecular biology experiments， such as molecular cloning and gene expression analysis. Keywords Chlamydomonas reinhardtii ; Micractinium pusillum ; RNA extraction; SDS-LiCl method ; Trizol method

大型海洋绿藻5.8SrRNA基因序列及系统发育分析

近。在构建的系统发生树中，缘管浒苔与孔石莼聚为一类，表现出与石莼属物种更近的亲缘关系。
关键词石莼属，浒苔属，礁膜属，．ＳｒＮ５８Ａ，序列变异，系统发育ＲＱ８７９中图分类号
分子系统学是指通过分析生物大分子如核酸和蛋白质或一些小分子来研究生物不同分类阶元内和阶元间相互关系的科学（苏乔，０１” ２０）。与许多其他学科一样，分子系统学的发展与分子生物学技术的改进是密不可分的。随着ＰＲ技术和ＤＡ测序技术的ＣＮ发明及日臻成熟，核酸分析技术成为系统学研究的
而在种群中维持稳定，因此可以作为种群标记。红藻中的石花菜科（ｅｉｉｅ）较难进行种属研究的类Ｇｌａｓ是ｄｌ群，因为它们一般不具有较普遍且具可比性的形态学指标。Ｐｔｒａｙ等（９３采用５８Ｒｗａ１９）．ＳｒＮＡ序列确定
对这个问题做了充分的阐述。Ｚｃｍａｅｈｎ等（９４￣用１９）Ｊ５８ＲＡ序列研究了硅藻门（ａｉａｉｐｙａ冠盘藻．ｒＮＳＢｃｌｒｈｔ）ｌ０
属（ｔｈｎｄｃｓｈｅｂｒ）系统进化。Ｓｅａｏｉｒｎｅｇ的ｐｕＥ
主要方法。
了该科３个属的分化现象。可产琼胶的重要经济海藻
江蓠属Ｇｒｃｌｒａｉｉａａ和龙须菜属Ｇｒｃｌｒｏｓｓａｉｉｐｉａａ，由于

中国南瓜内参基因18S rRNA的克隆及其引物开发

中国南瓜内参基因18S rRNA的克隆及其引物开发朱海生;王彬;陈敏氡;李永平;张前荣;刘建汀;李大忠;吴卫东;温庆放【摘要】[Objective] The study cloned 18S rRNA gene of Cucurbita moschata and designed suitable qRT-PCR primers for analyzing expression patterns and regulation mechanisms of important critical genes.[Method] Sequence of 18S rRNA gene was cloned by PCR using the genomic DNA of Cucurbita moschata cultivar ‘Miben’ as template.A pair of qRT-PCR primers were then designed by Primer Premier software.Furthermore,the stability of 18S rRNA gene was determined in Cucurbita moschata in different tissues,growth stages and abiotic stress conditions.[Result] The 18S rRNA gene of Cucurbita moschata was cloned firstly (GenBank accession number:KM979454).It was 1 857 bp long and shared more than 90％ homology with 18S rRNA genes from melons vegetables such as watermelon and squash.According to the deduced 18S rRNA gene sequence,a pair of qRT-PCR primers were then designed.The fragment of 132 bp was successfully amplified by the primers using the first-strand cDNA as template,which was reverse-transcribed from the total RNA of Cucurbita moschata.The primers had high specificity and amplification efficiency.RT-PCR indicated that the 18S rRNA gene was stably expressed under different growth stages and abiotic stresses.[Conclusion] The 18S rRNA gene was suitable as a reference gene for analyzing gene expression patterns in Cucurbita moschata.%[目的]克隆获得中国南瓜18S rRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础.[方法]以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18S rRNA基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR 引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测.[结果]首次克隆得到中国南瓜18S rRNA基因序列,其长度为1 857 bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫芦等瓜类蔬菜18S rRNA 基因同源性大都在90％以上;以中国南瓜内参基因18S rRNA核苷酸全长序列为基础设计1对荧光定量PCR引物,以中国南瓜果肉总RNA逆转录的cDNA第一链为模板进行PCR扩增,该引物扩增的片段大小为132 bp,扩增效率高,特异性强;18S rRNA基因在中国南瓜不同组织、生长发育阶段及非生物胁迫条件下均能稳定表达.[结论]克隆获得中国南瓜18S rRNA基因,该基因适合在中国南瓜基因表达研究中作为内参基因.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2017(045)003【总页数】8页(P118-125)【关键词】中国南瓜;18S rRNA;内参基因;实时荧光定量PCR【作者】朱海生;王彬;陈敏氡;李永平;张前荣;刘建汀;李大忠;吴卫东;温庆放【作者单位】福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013;福建省种植业技术推广总站,福建福州350003;福建省农业科学院作物研究所,福建福州350013;福建省农业科学院蔬菜研究中心,福建福州350013;福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013【正文语种】中文【中图分类】S642.1中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)为葫芦科(Cucurbitaceae)南瓜属(Cucurbita spp.)一年生蔓生草本植物，起源于美洲大陆，16世纪初由欧洲人传入亚洲后，于16世纪中叶经东南亚传入中国东南沿海，然后传遍中国内地并成为我国人民喜爱的传统蔬菜，具有适应性强、分布地域广、种类繁多和营养丰富等优点[1-4]。

耳鲍(Haliotis asinina)核糖体小亚基(18S rRNA)编码基因的克隆与序列分析

体１ＳＲ６ＮＡ编码基因更具有遗传稳定性和可靠性，ｒ更适合于生物的遗传差异与遗传关系的研究。本文
中作者研究了耳鲍核糖体１ＳｒＮＡ编码基因序列８Ｒ
变异以及与其他鲍之间的遗传关系。
１材料与方法
１１实验材料．
体基因和核糖体１ＳｒＮ８ＲＡ编码基因以其特殊的
２０）００；线粒体１ＳｒＮＡ编码基因和核糖体１Ｓ６Ｒ８ｒＮＡ编码基因也已经在鲍科动物的遗传关系研究Ｒ中得到了广泛应用（ａａｕ，１９；杨建敏等，Ｎｇｎｍａ９８２０；ｌｂｎａｅａ，０３。但是由于线粒体１Ｓ０３Ｋｉｕｇｔｌ２０）ｎ６ｒＮＡ编码基因的来源仍存在争论，１ＳｒＮＡ编Ｒ而８Ｒ码基因存在于核基因组中，因此在遗传上它比线粒
的云状斑，贝壳顶部还常具有淡红色、紫红色、
杏黄色及绿色的斑纹，形似耳状，故得其名，是暖水性种类，生活于低潮线以下的岩石或珊瑚礁
及藻类丛生的海底，有时也生活于潮间带下区，分布于澳大利亚、新西兰的南岛、马来西亚、菲
和核编码蛋白基因等先后已被用于动物的遗传关系分析（红光等，１９，２０；潘宝平等，０６邵９９００２０；
Ｃａａｅｌｅｌ２０；ｒｅｔｌ２０；ｈｌｔｌｒｐｌｔ，００Ｇｉｂｔ，００Ｓｕｔｅ，ｉａｉｅａｚａ

光对海带雌、雄配子体

852
中国水产科学
第16卷
Premier 5.0 软件设计特异性引物。lhcf5 基因的正向引物为 5′-TTTTGCCGACATCCCACTCA-3′，反向引物为 5′-CCACGACCATACATTTATTCTACGC-3′；lhcf6 基因的正向引物为 5′-CCACCTCACCCAGCAGAACA-3′，反向引物为 5′-ATGGCATCCCACGACGAAG-3′。引物合成由上海生工生物工程技术服务有限公司完成。 1.3.3 Q-RT-PCR 反应在 iCycler iQ5（Bio-Rad）上完成 Q-RT-PCR 反应。20 μL 反应体系包括 10 μL SYBR Ex ScriptTM（TaKaRa）、0.4 μL（10 μmol/L）正向引物、0.4 μL（10 μmol/L）反向引物及 1 μL 上述合成的 cDNA 第一链。反应条件为 95 ℃预变性 15 s，然后 45 个循环包括 95 ℃变性 5 s、58.9 ℃退火 20 s 及 72 ℃延伸 15 s。所有样品进行 3 次重复处理。 1.4 数据处理
光照强度、光质对海带配子体的生长与发育有着显著的影响。Hsiao 和 Druehl[5] 发现糖海带（L. saccharina）配子体发育主要依赖光照条件，而非营养状况。另外，有研究表明，蓝光、红光也能刺激海带配子体的生长 [6] 及糖海带 [7-8] 配子体的发育，在糖海带中蓝光对配子体发育的促进作用比红光更
1 材料与方法
1.1 海带配子体培养按文献 [13] 的方法在 PES 培养基中分别培养海
带雌、雄配子体。正常培养条件：水温度为（17±1） ℃、光照强度 40 μmol·m-2·s-1、光周期 L ：D=16 ：8 。利用 Philips 直型荧光灯管提供白色冷光源。 1.1.1 不同光照强度条件下的培养将海带雌、雄配子体用粉碎机（Philips）制成悬浮液，离心收集配子体细胞并分装于试管中，于正常条件下先培养 3 d 再后在黑暗中放置 12 h，接着置于上述白色光源下，以同样温度和光周期但不同光照强度（0 μmol·m-2·s-1、 40 μmol·m-2·s-1、80 μmol·m-2·s-1、120 μmol·m-2·s-1 和 160 μmol·m-2·s-1）条件下充气培养，培养 6 h 时收集配子体，以提取总 RNA。 1.1.2 不同光质条件下的培养按 1.1.1 方法粉碎并分装海带配子体，正常培养条件下先培养 3 d 并在黑暗中放置 12 h 后，分别置于 1.1 所述同样温度但不同光质（白光、蓝光、红光）条件下充气培养，光照强度均为 40 μmol·m-2·s-1。分别利用 Philips 的 TL0-D 36 W/03 型和 Osram 的 L 36 W/60 型荧光灯管提供蓝光（400 ～ 480 nm）和红光（600 ～ 700 nm）。于第 3 天和第 7 天中午 12 ：00 收集配子体，以提取总 RNA。

18s物种注释

18s物种注释
18S物种注释是指利用18S rRNA基因序列进行物种鉴定和分类的过程。

18S rRNA基因是细胞核内rRNA的一种，存在于真核生物中，具有高度的保守性和特异性。

通过比对和分析18S rRNA基因序列，可以确定生物的种属关系，对物种进行分类。

在进行18S物种注释时，通常采用以下步骤：
1. 提取生物样本中的基因组DNA或总RNA，并进行PCR扩增，获得18S rRNA基因序列。

2. 将扩增获得的18S rRNA基因序列进行测序，获得基因序列数据。

3. 将测序得到的基因序列与已知的18S rRNA基因序列进行比对和分析，利用生物信息学的方法进行物种鉴定和分类。

通过18S物种注释，可以了解生物的进化关系、物种多样性、生态学特征等方面的信息，有助于深入探究生物多样性和生态系统的功能。

江苏地区火鸡组织滴虫18S rRNA基因的克隆及系统发育分析

ｆｒｏｍＪｉａｎｇｓｕＰｒｏｖｉｎｃｅ
ＬＩＵＣｏｎｇ，ＱｕＣｈａｎｇ — ｂａｏ一，ＧＵ０Ｐｉｎｇ，ＬＩＣｏｎｇ，ＺＨＡＮＧＺｕ — ｈａｎｇ一，ＴＡＯＪｉａｎ — ｐｉｎｇ ’ 。，ＸＵＪｉｎ－ｊｕｎ。
ＹａｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＶｅｔｅｉｒｎａｙｒｃｏｌｌｅｇｅ，Ｙａｎｇｚｈｏｕ２２５００９，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｏｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｅｔａｘｏｎｏｍｉｃｓｔａｔｕｓｏｆＨｉｓｔｏｍｏｎａｓｍｅｌｅａｇｒｉｄｉｓｉｎＪｉａｎｇｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅ，ｅｌｅｖｅｎｌｉｖｅｒｓａｍｐｌｅｓｏｆｃｈｉｃｋｅｎ
中罔兽医杂志２０１３年（第４９卷）第１１期
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江苏地区火鸡组织滴虫１８ＳｒＲＮＡ基因的克隆及系统发育分析
刘聪，曲昌宝，郭平，李聪，张祖航，陶建平一，许金俊
（１．江苏动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心江苏扬州２２５００９；２．扬州大学兽医学院禽类预防医学教育部重点实验室，江苏扬州２２５００９）
摘要：为从分子水平了解江苏地区火鸡组织滴虫的分类地位和特征，本研究以江苏地区感染火鸡组织滴虫的发病鸡群

通过DHA藻粉的18S rDNA序列验证藻油脂肪酸组成推断DHA微藻属名

通过DHA藻粉的18S rDNA序列验证藻油脂肪酸组成推断DHA微藻属名常桂芳;柴丹;戴小军;田桂尾;王兴国【摘要】我国卫生部批准为新资源食品的DHA藻油包括产自裂壶藻(Schizochytrium sp.)、吾肯氏壶藻(Ulkenia ameoboida)和寇氏隐甲藻(Crypthecodinium cohnii).通过对几种商品DHA藻粉的18S rDNA进行扩增、测序和比对,结合藻油的脂肪酸组成,对藻油的生产藻种进行了鉴定.结果表明,基于18S rDNA序列分析数据建立的系统进化树可进一步确定DHA微藻属名.%DHA algal oil approved as novel food by Chinese Ministry of Health should be derived from Schizochytrium sp. , Ulkenia ameoboida and Crypthecodinium cohnii. The microalgae species were identified through 18S rDNA amplification, sequence analysis and comparison from commercial algal powder combined with the fatty acid composition of algal oil. The results showed that phylogenetic tree based on 18S rDNA sequence could further confirm the DHA producing microalgae species.【期刊名称】《中国油脂》【年(卷),期】2012(037)009【总页数】5页(P80-84)【关键词】DHA;裂壶藻;吾肯氏壶藻;寇氏隐甲藻;脂肪酸组成;18S rDNA【作者】常桂芳;柴丹;戴小军;田桂尾;王兴国【作者单位】丰益(上海)生物技术研发中心有限公司,上海200137;江南大学食品学院,江苏无锡214122;丰益(上海)生物技术研发中心有限公司,上海200137;丰益(上海)生物技术研发中心有限公司,上海200137;丰益(上海)生物技术研发中心有限公司,上海200137;江南大学食品学院,江苏无锡214122【正文语种】中文【中图分类】TS222;Q949.2Abstract:DHA algal oil approved as novel food by Chinese Ministry of Health should be derived from Schizochytrium sp.，Ulkenia ameoboida and Crypthecodinium cohnii.The microalgae species were identified through 18S rDNA amplification，sequence analysis and comparison from commercial algal powder combined with the fatty acid composition of algal oil.The results showed that phylogenetic tree based on 18S rDNA sequence could further confirm the DHA producing microalgae species. Key words:DHA;Schizochytrium sp.;Ulkenia ameoboida;Crypthecodinium cohnii;fatty acid composition;18S rDNADHA是人类大脑和视网膜组织中细胞膜的组成成分，对婴幼儿视觉和神经系统的发育有至关重要的作用，同时它在预防高血压、动脉硬化、关节炎以及癌症等疾病方面具有显著功效［1］。

棕囊藻属( Phaeocystis )的种类多样性及地理分布特征研究进展

第52卷第1期海洋与湖沼Vol.52, No.1 2021年1月OCEANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINICAJan., 2021* 国家自然科学基金, 41976114号; 广东省自然科学基金, 2017A030313216号; 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室开放基金, LMEES201803号。

沈萍萍, 教授,E-mail:**************.cn收稿日期: 2020-03-23, 收修改稿日期: 2020-05-06棕囊藻属(Phaeocystis )的种类多样性及地理分布特征研究进展*沈萍萍1 齐雨藻2, 3(1. 烟台大学海洋学院烟台 264005; 2. 暨南大学赤潮与海洋生物学研究中心广州 510632; 3. 水体富营养化与赤潮防治广东普通高校重点实验室广州 510632)摘要棕囊藻(Phaeocystis )是全球海洋广泛分布的有害藻华原因种, 也是海洋初级生产力的重要贡献者, 在极地和近海地区的碳、硫元素的生物地球化学循环、食物网结构及全球气候变化中都具有极其重要的作用。

由于个体微小, 形态特征观察困难, 在常规观察中很容易被忽略。

同时多数棕囊藻具有复杂的异型生活史, 具有多种不同细胞形态, 因此其传统分类与鉴定一直存在较多分歧。

截至目前已描述的棕囊藻有10种, 而确定具有电子显微镜和/或DNA 分子数据支持的只有7个种, 而且随着新的观测技术与研究方法的应用, 更多的棕囊藻种类被发现。

近年来中国沿海棕囊藻藻华肆虐, 但有关棕囊藻形态及分类的研究却较少, 目前一直报道的仅“球形棕囊藻” 1种。

因此本文对全球范围内棕囊藻属的种类多样性及地理分布特征等研究进展进行梳理与总结, 以期为后续厘清中国沿海棕囊藻的种类及遗传多样性现状提供一些基础资料。

关键词棕囊藻; 种类多样性; 地理分布中图分类号 Q178.1 doi: 10.11693/hyhz20200300085 棕囊藻(Phaeocystis )是全球海洋广泛分布的有害藻华原因种, 也是海洋初级生产力的重要贡献者, 在极地和近海地区的碳、硫元素的生物地球化学循环、食物网结构及全球气候变化中都具有极其重要的作用(Verity et al , 2007)。

18sRNA应用原理

18sRNA应用原理18srdna是相对于基因组而言，18srdna转录后即为18srrna。

18srdna在生物中是最为保守的基因之一，所以也常用来进行生物分类的依据。

由于18srrna在生物中的表达比较保守，所以目前也用来作为内参。

二、18srrna内参问题使用18srna作为RT-PCR的内部参考应该与β-肌动蛋白一致，这是事实。

半定量的目的是观察靶基因mRNA在总RNA中的表达，内部参考的目的是消除一些系统误差。

2有文献做过比较，之所以18srna比β-actin好是因为它含量丰富，且任何情况下稳定存在，所以受外界调控影响小，半定量时背景更加稳定然而，不同之处在于18S是没有尾部的rRNA，因此当选择它作为内部参考时，理论上，寡核苷酸不能用作总RNA转录的反转录引物，但可以使用随机引物或6-聚体引物转录所有mRNA！如果选择β-肌动蛋白没有问题。

4实际上,用18srrna做内参，反转录rna用oligodt,能够扩增出来时,对结果也不要表示怀疑.因为普通条件下的反转不会很纯粹，mrna的含量在总rna中只占5%，反转时不是仅有它被反转录，即使是rrna也是可以部分反转成cdna的，要不分离纯mrna怎么要用试剂盒进行进行磁珠吸附呢。

另外，没有反转的rrna和trna如果没用rna酶处理也是可以存在很长时间才会完全降解的。

这样的18srrna做内参是不合适的，它的表达会隋时间推移降低的。

由于您使用18S rRNA作为内部参考，因此必须使其稳定表达。

这样，当反向转录RNA 时，除了oligodt，还应该使用18S反向引物。

反转录的cDNA应该用核糖核酸酶处理，然后在高温下灭活。

利用16S rDNA克隆文库研究猪场污水微藻净化后菌群的变化

利用16S rDNA克隆文库研究猪场污水微藻净化后菌群的变化盛清凯;刘艳艳;孙中亮;孙利芹;刘雪;朱昌雄【摘要】In order to promote wastewater treatment,the effects of purification with microalgae on microflora of swine wastewater were studied.The Chlorella vulgaris was inoculated in swine wastewater with 60％of biogas slurry and 40％ of water,and then the chlorella solution was centrifuged after cycling culturing for three times with batch mode.The water quality indices were measured in swine wastewater,chlorella solution and supernatant solution after centrifugation,and the microflora changes were detected with 16S rDNA clone library technology.The results showed that compared with swine wastewater,the chemical oxygen demand (COD),total nitrogen (TN),ammonia nitrogen (NH3-N),total phosphor (TP),copper and zinc concentrations significantly decreased in chlorella solution and supematant solution (P ＜0.01).Besides uncultured microflora,the principal microflora in swine wastewater were Firmicutes bacterium (12.25％) and Bellilinea sp.(11.22％),those in chlorella solution were Chlorella (42.42％) and Cytophaga sp.(12.12％),and those in supematant solution were Dyadobacter sp.(25.00％),Cytophagasp.(14.00％),Algoriphagus sp.(11.00％) and Pedobacter sp.(10.00％).There was no coexisting microflora in swine wastewater and chlorellasolution,while Cytophaga sp.,Dyadobacter sp.,Pseudomonassp.,Flavobacterium sp.,Algoriphagus sp.and Flexibacter sp.existed in bothchlorella solution and supematant solution.In summary,inoculating Chlorella could decrease the NH3-N,TP and heavy metal contents in swine wastewater and change the microflora in wastewater.The purification of swine wastewater might be the result of Chlorella and its coexisting microflora.%为促进猪场污水治理,研究微藻净化对猪场污水菌群的影响,将小球藻接种于含60％沼液与40％水的猪场污水进行批式模式培养,循环三次后将小球藻液离心,检测猪场污水、小球藻液以及离心后上清液中的水质指标及菌群变化情况.菌群采用16S rDNA克隆文库方法检测.结果显示,和猪场污水相比,小球藻液及上清液中的化学耗氧量(COD)、总氮、氨氮、总磷、铜、锌等含量极显著降低(P＜0.01).除未知菌群外,猪场污水中的主要菌群为Firmicutes群和Bellilinea群,含量分别为12.25％和11.22％;小球藻液中主要菌群为小球藻和Cytophaga群,含量分别为42.42％和12.12％;上清液中的主要菌群为Dyadobacter、Cytophaga、Algoriphagus群和Pedobacter群,含量分别为25.00％、14.00％、11.00％和10.00％.猪场污水和小球藻液中未发现共存的微生物,小球藻液与上清液中皆含有Cytophaga群和Dyadobacter、Pseudomonas、Havobacterium、Algoriphagus、Flexibacter群.表明接种小球藻可以净化猪场污水中的氨氮、总磷以及重金属,改变污水中的菌群,污水净化可能是小球藻和其共存菌共同作用的结果.【期刊名称】《山东农业科学》【年(卷),期】2017(049)002【总页数】6页(P93-98)【关键词】小球藻;猪场污水;16S rDNA克隆文库;净化;菌群【作者】盛清凯;刘艳艳;孙中亮;孙利芹;刘雪;朱昌雄【作者单位】山东省农业科学院畜牧兽医研究所/山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室,山东济南250100;山东省农业科学院生物技术研究中心,山东济南250100;烟台大学生命科学学院,山东烟台264005;烟台大学生命科学学院,山东烟台264005;中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所,北京100081;中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所,北京100081【正文语种】中文【中图分类】S828.4随着集约化养殖业的发展，粪污污染问题日益引起人们的重视。

海洋生物共附生真菌的分离、鉴定及抗菌活性分析

海洋生物共附生真菌的分离、鉴定及抗菌活性分析张圣良;楚肖肖;赵友兴;孔凡栋;黄小龙【摘要】对海南文昌海域采集的海草、海绵和石珊瑚的共附生真菌进行分离、鉴定及抗菌活性分析.采用3种分离培养基分离海草、海绵和石珊瑚的共附生真菌,利用ITS序列分析对分离的真菌进行鉴定,采用滤纸片扩散法对分离真菌的发酵产物进行抗菌活性分析.结果从10种海草、9种海绵和11种石珊瑚中共获得113株真菌.ITS序列分析初步确定了32株独立菌株的分类地位,归属于3个门(子囊菌门、担子菌门和半知菌门),8个目和10个属,其中子囊菌门所占比例最高为58.82％,半知菌门次之为32.35％,担子菌门最少为8.83％;抗菌活性测试显示12株真菌的发酵产物对枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌具有较强的抗菌活性.初步揭示了海南文昌海域海草、海绵和石珊瑚的共附生真菌的多样性以及其发酵产物的抗菌活性.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2019(035)003【总页数】6页(P59-64)【关键词】海草;海绵;石珊瑚;分离;抗菌活性【作者】张圣良;楚肖肖;赵友兴;孔凡栋;黄小龙【作者单位】海南大学热带农林学院,海口570100;海南大学热带农林学院,海口570100;中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海口570100;中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海口570100;海南大学热带农林学院,海口570100【正文语种】中文海洋微生物是海洋天然产物的主要来源之一。

尤其是海洋真菌，遗传背景复杂、代谢产物种类丰富，已成为海洋微生物新天然产物挖掘的重要资源［1］。

据不完全统计，海洋真菌产生结构类型多样的新天然产物，包括萜类、聚酮类、肽类、甾体、酰胺、脂肪酸、生物碱等。

这些新天然产物呈现出包括抗菌、抗肿瘤、抗寄生虫、抗污损和抗病毒等多种生物活性［2］，引起了国内外众多天然产物研究者的广泛关注。

海洋真菌分布广泛，栖息于海洋的各种生态环境，包括海水、海底沉积物、海水漂浮木、海洋动植物表面及内部组织等［3］。

菲律宾蛤仔18S rRNA基因PCR扩增及序列分析

菲律宾蛤仔18S rRNA基因PCR扩增及序列分析本研究使用PCR技术扩增了菲律宾蛤仔的18S rRNA基因，并进行了序列分析。

该成果有助于更深入地理解该物种的遗传特征以及种群结构，并为其保护和可持续利用提供基础数据。

实验方法实验材料菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）（图片见下）样品采集自菲律宾海域，保存在100%乙醇中。

Genomic DNA Extraction Kit（Tiangen）和PrimeScript RT reagentKit（TaKaRa）供试品。

菲律宾蛤仔样品PCR扩增首先，使用Genomic DNA Extraction Kit从蛤仔样品中提取总DNA。

将DNA定量后，用PrimeScript RTreagent Kit反转录成cDNA，然后使用18S rRNA基因的通用引物（前向引物：5’- GCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGC-3’；反向引物：5’- CATTCTTGGCAAATGCTTTCG-3’）扩增目标基因。

反应条件为：94℃预变性（5min），94℃变性（30s），58℃退火（30s），72℃延伸（1min），总共35个循环；最后72℃延伸10min。

PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测，预期大小为约1800bp。

序列分析将PCR产物纯化并送至基因测序公司测序，使用Chromas Pro 2.0软件对序列进行编辑和剪切，然后使用BLASTn将序列比对到GenBank数据库，确定序列的亲缘关系。

结果分析PCR扩增和序列分析结果显示，菲律宾蛤仔的18S rRNA 基因序列长度为1724bp，与其他蛤科动物的18S rRNA序列相比较，具有较高的同源性（图1）。

BLASTn分析显示，该序列与GenBank中已有的蛤科动物18S rRNA序列具有很高的相似度（>95%）。

基于序列相似性，我们确定了菲律宾蛤仔的亲缘关系，进一步证明了该物种的遗传多样性。