体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本流程概要

地区分型特点
分子生物学特征
临床病理学
B 基因型的治疗反应、耐药发生率均优于C 型,HBV YMDD 突变株( YIDD/ YVDD) 多发生于基因型C和D（谢南, 朱小诚. 90 例 HBV 基因型与拉米夫定疗效的研究[J]. 实用临床医学, 2003, 4(4): 5-8. ）
地区分型特点 文献资料的检索
体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本 流程
体外核酸诊断试剂盒研发引物和探针的设计 检测病原体流行病学调查 检测靶序列的确定 基于靶序列设计引物和探针 病原体代表株系的全基因组序列比较
引物探针整体评分
靶序列数据库内特异性验证（NCBI&clustal）
Primer Premier 5评分 （发夹，二聚体）
分子生物学特征文献资料的检索
临床病理学文献检索
病原体代表株系的全基因组序列比较
HBV（A,B,C,D）分型代表株系的全基因组序列比较
F
P
R
Primer Premier 5评分（发夹，二聚体）
Oligo6评价
上游引物 vs 下游引物
探针VS 下游引物
HBV基因组错配评价
空间结构
4 PCR产物长度可能不适合（86 bp）
DNA folding form | mfold.rit.albany.edu http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfol d/dna-folding-form
HBV引物在种内中间（针对中国地区以及其他地区ABCD代表分型）特异性评价
F F
P P
R R
NCBI Pick primer 程序对引物2 在种内交叉反应评价
Oligo6评价(基因组错配， 二聚体验证)
靶序列空间结构预测 （DNA fold）
ห้องสมุดไป่ตู้
引物探针是否合格
引物探针是否特异
Pick Primer评价 种间交叉反应评价 种内保守性评价
检测范围的确定
引物探针序列的确定
HBV流行病学调查：确定需要检测的分型以及靶序列
在我国内地主要流行A、B、C、D 4 种HBV 基因型, 所占比 例分别为1. 2 %、39. 3 %、50. 2 %、8. 1 % ,并且各地区流行 的基因型也存在较大差异,北方地区以C 型为主,约占81. 6 %; 南方地区则以B 型为主,C 型也占相当比例（冯琴,杨桂英,朱善 军等.乙型肝炎病毒基因分型的研究进展[J].医学检验与临 床,2011,22(2):77,56. Genes S, C, and P,region X, the precore region, and the preS2/pre-Sl regions were ranked in order of increasing variability.（Lauder I J, Lin H J, Lau J Y, et al. The variability of the hepatitis B virus genome: statistical analysis and biological implications[J]. Molecular biology and evolution, 1993, 10(2): 457-470. .
Hepatitis B virus
…………..
NCBI Pick primer 程序对引物以及探针在种间特异性的评价
HBV-E,F,G,H基因组检测特异性评价
F
P
R
引物整体评价
优点： 1 序列上特异较高 2 探针引物总体评分较高 3 在自身基因组中不存在错配，在临床类似病原体中不存在 显著的交叉反应 缺点： 1 探针自身二聚体较严重 2 对于C型耐药突变株，重组型HBV样本的检测能力差 3 不具有检测HBV ABCD外基因型（F,G,H）的潜力