液体活检专家共识 ppt课件
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液体活检的专家共识
军事医学科学院附属医院 秦海峰
ppt课件
1
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
ppt课件
2
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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3
基因变异类别
耐药机制的精准分析
• Acquired resistance to Rociletinib 12 Pts with 13 T790M+ samples: • 7 samples retained T790M (3 EGFR amp); • 6 samples loss of T790M ( 2 conversion to SCLC) 2015 ASCO, 20 cases:
• FGFR3 mut;
• MET amp
Leabharlann Baidu
•…
• Acquired resistance to AZD 9291
15 plasma DNA samples from 15 pts
• 6/15 C797S + E19 del + T790M
• 5/15
E19 del + T790M
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法
共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建
议使用NGS方法。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛
ppt课件
7
共识中包括的9个内容、36项声明
NGS在肿瘤临床诊断 中的质量要求
NGS在应用中的样本 要求
NGS在肿瘤临床应用 中的检测内容
NGS测序技术及流程
NGS数据的产生、管 理及分析
NGS在肿瘤临床应用 中的知情同意书
共识
NGS结果分析报告及 查询
临床诊断与研究的区 别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
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8
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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9
肺癌中已发现的驱动基因及频率
未知 29%
BRAF M+ 2% PI3K M+ 4% C-MET Amp 5$ PTENM+ 6%
EGFR M+ 40%
KRAS 7%
EML4-ALK 7%
东方： 370例中国肺腺癌
• Protein
• IHC, ELISA, mass spectrometry
• Epigenetic
• MS-PCR, bisulphate-PCR-sequencing • Methylation micorarray
目前NGS检测变异类型：SNV, Indels, Repapt课rr件angement/fusion, CNV及少数表观变异 5
原癌基因 (proto-oncogene)
抑癌基因 (tumor suppressor gene, TSG)
活化
基因突变 扩增或缺失 易位融合 表观遗传修饰 …
失活
癌基因活化 (oncogene)
功能缺失
其他基因 Modifying gene
表达异常
ppt课件
调节功能异常
4
分子标志物种类及其对应的检测方法
• Epigenetic:
• Methylation pattern …
• Technology
• DNA
• Sequencing, RT-PCR • qPCR, aCGH • FISH, CISH
• RNA
• qRT-PCR • Microarray techniques • TaqMan® gene expression array
NGS
• Bio-specimen & variation
• DNA：
• mutation, translocation, CNV, MSI
• Deletion
• RNA:
• Single gene expression • Gene expression profile
• Protein
• Single protein • Protein profiling
ppt课件
Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual1M4eeting
耐药机制的精准分析
• 15 AZD9291 treated pts
• 6 cases of C797S mutations (40%)
ppt课件
15
Oxnard, et al. Nat med, 2015
MEK1 NRAS MET PIK3CA BRAF <1% 1% 1% 1% 2% HER2 3%
2%
Mutation in >1 gone 3% EGFR (other) 4%
未检测到突变 36%
KRAS 25%
ALK 8%
ERFR (敏感) 17%
关注de novo Unkown！！！
关注耐药后的变
西方： 2013 ASCO
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异 ！！ !
10
肺癌中已发现的驱动基因及频率
同一瘤灶内基因 突变异质性
原发灶和转移灶的基因突变 异质性（空间分布差异性）
治疗前后基因突变异质性——时间分布差异性
ppt课件
11
肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质p性pt课件
12
Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY). 2013;339(6127):1546-1558.
《二代测序（NGS）技术应用于 临床肿瘤精准医学诊断的共识》
（第一版2016.04.23）
中国临床肿瘤学会 （CSCO）
中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
ppt课件
6
国内共识推荐NGS用于临床检测
“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现
在市场上CFDA已经批准的药物的检测，这些可以应用到临床”。
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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13
耐药机制的精准分析
A Single Dominant Mechanism of Acquired Resistance to Rociletinib is not Readily Identifiable
军事医学科学院附属医院 秦海峰
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基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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基因变异类别
耐药机制的精准分析
• Acquired resistance to Rociletinib 12 Pts with 13 T790M+ samples: • 7 samples retained T790M (3 EGFR amp); • 6 samples loss of T790M ( 2 conversion to SCLC) 2015 ASCO, 20 cases:
• FGFR3 mut;
• MET amp
Leabharlann Baidu
•…
• Acquired resistance to AZD 9291
15 plasma DNA samples from 15 pts
• 6/15 C797S + E19 del + T790M
• 5/15
E19 del + T790M
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法
共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建
议使用NGS方法。
——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛
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共识中包括的9个内容、36项声明
NGS在肿瘤临床诊断 中的质量要求
NGS在应用中的样本 要求
NGS在肿瘤临床应用 中的检测内容
NGS测序技术及流程
NGS数据的产生、管 理及分析
NGS在肿瘤临床应用 中的知情同意书
共识
NGS结果分析报告及 查询
临床诊断与研究的区 别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
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基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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肺癌中已发现的驱动基因及频率
未知 29%
BRAF M+ 2% PI3K M+ 4% C-MET Amp 5$ PTENM+ 6%
EGFR M+ 40%
KRAS 7%
EML4-ALK 7%
东方： 370例中国肺腺癌
• Protein
• IHC, ELISA, mass spectrometry
• Epigenetic
• MS-PCR, bisulphate-PCR-sequencing • Methylation micorarray
目前NGS检测变异类型：SNV, Indels, Repapt课rr件angement/fusion, CNV及少数表观变异 5
原癌基因 (proto-oncogene)
抑癌基因 (tumor suppressor gene, TSG)
活化
基因突变 扩增或缺失 易位融合 表观遗传修饰 …
失活
癌基因活化 (oncogene)
功能缺失
其他基因 Modifying gene
表达异常
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调节功能异常
4
分子标志物种类及其对应的检测方法
• Epigenetic:
• Methylation pattern …
• Technology
• DNA
• Sequencing, RT-PCR • qPCR, aCGH • FISH, CISH
• RNA
• qRT-PCR • Microarray techniques • TaqMan® gene expression array
NGS
• Bio-specimen & variation
• DNA：
• mutation, translocation, CNV, MSI
• Deletion
• RNA:
• Single gene expression • Gene expression profile
• Protein
• Single protein • Protein profiling
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Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual1M4eeting
耐药机制的精准分析
• 15 AZD9291 treated pts
• 6 cases of C797S mutations (40%)
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15
Oxnard, et al. Nat med, 2015
MEK1 NRAS MET PIK3CA BRAF <1% 1% 1% 1% 2% HER2 3%
2%
Mutation in >1 gone 3% EGFR (other) 4%
未检测到突变 36%
KRAS 25%
ALK 8%
ERFR (敏感) 17%
关注de novo Unkown！！！
关注耐药后的变
西方： 2013 ASCO
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异 ！！ !
10
肺癌中已发现的驱动基因及频率
同一瘤灶内基因 突变异质性
原发灶和转移灶的基因突变 异质性（空间分布差异性）
治疗前后基因突变异质性——时间分布差异性
ppt课件
11
肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质p性pt课件
12
Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY). 2013;339(6127):1546-1558.
《二代测序（NGS）技术应用于 临床肿瘤精准医学诊断的共识》
（第一版2016.04.23）
中国临床肿瘤学会 （CSCO）
中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
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国内共识推荐NGS用于临床检测
“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现
在市场上CFDA已经批准的药物的检测，这些可以应用到临床”。
Content
基因变异类别及分析技术需求 精准诊断----分子分型 耐药机制的精准分析 液态活检的应用
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耐药机制的精准分析
A Single Dominant Mechanism of Acquired Resistance to Rociletinib is not Readily Identifiable