常用的β-actin 引物序列

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不同引物对和退火温度对盐生植物盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响

不同引物对和退火温度对盐生植物盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响

不同引物对和退火温度对盐生植物盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响白雪芹;杨瑞瑞;曾幼玲【摘要】[目的]以盐生植物盐穗木为材料,研究不同引物对和不同退火温度对盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响.[方法]设计扩增β-actin基因的两对引物,标记为β-actin1和β-actin2,分别建立这两对引物扩增盐穗木β-actin基因和特异性引物扩增该物种的过氧化物酶基因POD(盐响应的代表性基因),在不同退火温度下的标准曲线和扩增曲线.[结果]不论55还是58℃退火温度,引物对β-actin1比引物对β-actin2有更好的扩增效率;在55℃退火温度下,引物对β-actin1有更高的扩增效率.在这两个退火温度下,分别以β-actin1和β-actin2引物对扩增β-actin基因作为内参,盐穗木POD基因的相对表达水平具有一定的差异性.[结论]引物和退火温度会影响荧光定量PCR的扩增效率,进而会影响靶基因的相对表达水平.%[Objective] To study the effects of different primers and annealing temperatures on real quantitative PCR amplification efficiency of referenc e gene β-actin with the halophyte Halostachys caspica as researchmaterial.[Method]Standard curves of β-actin and peroxidasegene,POD(representative gene responding to salt stress)from this species were built with well-designed two pairs of primers named β-actin1 and β-actin2 for β-actin as internal reference gene,and a pair of primers for POD gene and amplification curves were obtained under different conditions for these genes.[Result]Results showed that the amplification efficiency of the primers β-actin1 was higher than that of the primers β-actin2 in the Halostachys caspica branches under the 55℃ or 58℃ annealingtemperature,and amplification efficiency at 55℃ annealing temperature was higher than that at 58℃.On the other hand,it was found there were some differences in the relative expression levels of Halostachys caspica POD gene using the internal reference gene β-actin with two pairs of primers β-actin1 and β-actin2 under the 55℃ annealing temperature.[Conclusion]The research indicates that primers and annealing temperatures can influence the fluorescence quantitative PCR amplification efficiency and then affect relative expression level of candidate genes at a certain extend.【期刊名称】《新疆农业科学》【年(卷),期】2017(054)002【总页数】9页(P352-360)【关键词】盐穗木;不同引物对;退火温度;β-actin;扩增效率【作者】白雪芹;杨瑞瑞;曾幼玲【作者单位】新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046;新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046;新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046【正文语种】中文【中图分类】Q786【研究意义】盐穗木 (Halostachys caspica) 为藜科(Chenopodiaceae )多年生盐生植物。

牛HSL基因的克隆和生物信息学分析

牛HSL基因的克隆和生物信息学分析

牛HSL基因的克隆和生物信息学分析刘燕;李赞;田万年【摘要】旨在克隆牛HSL基因的CDS序列,并对该基因进行生物信息学、组织表达谱分析.根据GenBank登录的牛HSL基因序列(NM_001080220)设计1对引物,对牛组织样品中的HSL基因CDS序列进行RT-PCR扩增及序列测定;利用半定量RT-PCR方法检测HSL基因在牛各组织中的表达情况;利用生物信息学软件对其所编码的牛HSL蛋白进行分析.结果显示,获得的牛HSL基因CDS全长为2271 bp,编码756个氨基酸,与GenBank登录的牛HSL基因同源性最高,为99.9%.HSL蛋白含有一个HSL-N superfamily保守结构域,无信号肽结构,具有疏水性.半定量RT-PCR显示,HSL基因在检测的心脏、脾脏、肺脏、肾脏、肝脏、大网膜、皮下脂肪、肌肉8种组织中均有表达,其中在大网膜和皮下脂肪中表达量较高,在肾脏、脾脏、肝脏、肺脏、肌肉和心脏中度表达.该试验可为研究牛HSL蛋白的结构和功能提供参考.【期刊名称】《畜牧与饲料科学》【年(卷),期】2019(040)006【总页数】4页(P9-12)【关键词】克隆;分析;HSL基因;生物信息学;表达谱;牛【作者】刘燕;李赞;田万年【作者单位】辽宁禾丰牧业股份有限公司,辽宁沈阳 110164;吉林农业科技学院动物科技学院,吉林吉林 132101;吉林农业科技学院动物科技学院,吉林吉林 132101【正文语种】中文【中图分类】Q785;S823.2激素敏感脂酶(hormone sensitive lipase,HSL)是动物脂肪分解的重要酶之一,动物将体内的脂肪酸以甘油三酯的形式储存在脂肪细胞内,HSL能够把动物体内储存的脂肪进行分解,转变为游离脂肪酸和甘油来满足动物机体的需要,是影响机体脂肪代谢的关键酶和限速酶[1-2]。

目前有关猪的HSL 基因序列分析及表达研究研究报道较多[3-5]。

黄艳娜等[6]对陆川猪激素敏感性脂肪酶基因进行了克隆和序列分析。

小鼠心肌纤维化模型的制备及其胶原沉积的机制

小鼠心肌纤维化模型的制备及其胶原沉积的机制

小鼠心肌纤维化模型的制备及其胶原沉积的机制邓玮,陈庆伟,李兴升,李桂琼,柯大智,莫显刚【摘要】【摘要】目的建立缺血性心肌纤维化小鼠模型并探讨其胶原沉积机制。

方法将BALB/c小鼠随机分为实验组和对照组,每组10只。

实验组予以腹部皮下注射异丙肾上腺素50 mg/kg,每天2次,连续10 d。

对照组同法注射生理盐水。

对比体表心电图,45 d后处死小鼠,天狼猩红染色观察心脏I、III型胶原纤维含量,荧光定量PCR检测心脏基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、基质金属蛋白酶组织抑制剂-1(TIMP-1)基因表达,免疫组化染色分析心、肝、肾组织层粘连蛋白(LN)的表达。

结果实验组小鼠室性心律失常增多,心率加快(P<0.05);心脏胶原沉积较多,MMP-9、TIMP-1、LN表达上调(P<0.05),肝、肾组织 LN无明显改变(P>0.05)。

结论异丙肾上腺素能制备缺血性心肌纤维化小鼠模型,其机制与MMP-TIMP失衡有关。

【期刊名称】中国实验动物学报【年(卷),期】2011(019)002【总页数】5【关键词】【关键词】异丙肾上腺素;心肌纤维化;小鼠;动物模型动物模型的稳定性、高仿性和易操作性是心血管疾病研究的首要考虑因素。

建立一种简便易行的心肌纤维化动物模型,对于研究心肌纤维化病理生理进程及干预治疗有着重要的意义。

异丙肾上腺素造模方法接近疾病进程,且相对无创、动物死亡率低,但目前文献报道的注射剂量不一,尚无心脏胶原沉积及其病理机制报道。

本实验采用异丙肾上腺素腹部皮下注射法制备缺血性心肌纤维化小鼠模型,观察心脏胶原纤维沉积,并探讨其可能机制。

1 材料与方法1.1 动物BALB/c雌性SPF级小鼠20只,体重18~20 g,约6周龄,由重庆医科大学实验动物中心【SCXK(渝)2007-0001】提供。

按照实验动物使用的3R原则,实验处置符合动物伦理学标准。

1.2 药物异丙肾上腺素注射液:造模药物,上海禾丰制药有限公司生产。

引物设计常用序列

引物设计常用序列

RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小(kb)β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kbGAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kbDynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kbTuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb*引物不会扩增假基因PCR引物序列基因来源引物序列产物大小(kb)HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAATSK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kbβ-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kbβ-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb序列来源nvitrogen 公司。

小鼠常用内参基因

小鼠常用内参基因

小鼠常用内参基因
小鼠常用内参基因是进行实验研究时非常重要的工具,内参基因是一种用于标准化实验结果的参照基因,用于减少实验中因样本差异和反应效率的影响。

在小鼠实验中,常用的内参基因包括GAPDH、β-actin和18S rRNA等。

GAPDH(糖酵解酶)是一种广泛存在于细胞中的酶,参与细胞内的糖酵解代谢过程,同时也是常用的内参基因。

在小鼠实验中,GAPDH 的mRNA水平是相对稳定的,因此可以作为实验中的内参基因使用。

另一个常用的内参基因是β-actin(β-肌动蛋白),β-actin
是构成细胞骨架的主要成分之一,也是一种常用的内参基因。

在小鼠实验中,β-actin的mRNA水平也是相对稳定的,因此可以用来进行实验结果的标准化。

18S rRNA是小鼠细胞中的核糖体RNA,也是常用的内参基因之一。

18S rRNA的mRNA水平在细胞中是相对稳定的,因此可以用来进行实验结果的标准化。

除了上述几种常用的内参基因外,还有许多其他的内参基因可以用于小鼠实验中。

但无论选择哪种内参基因,都需要进行验证,确保其在实验条件下的稳定性和可靠性。

只有选择合适的内参基因,才能保证实验结果的准确性和可靠性。

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植物actin引物序列

植物actin引物序列

植物actin引物序列
植物actin引物序列是用于PCR扩增植物中actin基因的引物序列。

actin是一种重要的细胞骨架蛋白,在植物细胞中起着维持细胞形态和细胞运动的作用。

因此,研究植物actin基因的表达及其调控对于理解植物细胞生长、发育和响应环境变化的机制具有重要意义。

常用的植物actin引物序列包括:ACTIN-F
(5'-ATGTCGACAACGGCTCCGGCATGT-3')和ACTIN-R
(5'-GCTCGGGCACGACAGCACAGCTT-3')。

这两个引物的长度分别为23 bp和24 bp,与植物中actin基因的保守区域相匹配。

在PCR反应中,这两个引物可以选择性地扩增植物中actin基因的编码序列,得到大小约为600 bp的DNA片段。

植物actin引物序列的设计需要考虑到引物的特异性和敏感性。

特异性是指引物只扩增目标基因序列,不产生非特异性扩增产物,避免干扰PCR反应的结果。

敏感性是指引物能够在较低的DNA模板浓度下扩增目标基因序列,以提高PCR反应的灵敏度。

因此,在设计植物actin引物序列时,需要根据不同植物物种的actin基因序列信息,合理选择引物的长度、GC含量和位置,以达到最佳的PCR扩增效果。

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β-actin基因名称

β-actin基因名称

β-actin基因名称β-actin基因是一种编码肌动蛋白的基因,也称为ACTB基因。

肌动蛋白是细胞骨架的组成部分之一,参与细胞的形态维持、细胞运动以及肌肉收缩等重要生理过程。

β-actin基因在多种生物体中都存在,包括人类、大鼠等。

β-actin基因位于人类基因组中第7号染色体上的q22.1区域。

它的序列长度约为2.3千碱基对,编码一个由375个氨基酸组成的蛋白质。

β-actin蛋白具有高度保守性,不仅在不同物种中高度保持一致,而且在同一物种的不同组织和发育阶段中也保持高度相似。

β-actin基因的启动子区域含有多个转录因子结合位点,这些转录因子能够调控基因的表达。

例如,转录因子如SRF (serum response factor)和MEF2 (myocyte enhancer factor 2)可以结合在β-actin基因启动子区域上,促进基因的转录和表达。

此外,其他转录因子如NF-κB (nuclear factor-kappa B)、Sp1 (specificity protein 1)和AP-1 (activator protein 1)等也可能与β-actin基因的转录调控相关。

β-actin基因表达在细胞中具有广泛的分布,是许多实验中常用的内参基因或控制基因。

在细胞培养和研究中,人们通常使用β-actin基因来校正目标基因的表达水平,以减小实验误差。

与此同时,β-actin基因也作为一个控制基因,用于验证实验中的蛋白质定位和拷贝数等情况。

然而,近年来有研究表明,在某些条件下,β-actin 基因的表达水平也可能发生变化,因此在实验中使用β-actin基因作为内参应谨慎处理。

β-actin基因的功能不仅仅局限于细胞的形态维持和运动调节。

研究显示,β-actin基因的异常表达与多种疾病的发生发展相关。

例如,在肿瘤细胞中,β-actin基因的过表达或丢失可能与肿瘤的侵袭和转移有关。

此外,β-actin基因也与神经系统疾病的发生相关,如阿尔茨海默病和帕金森氏症。

RT-PCR常用引物序列

RT-PCR常用引物序列

RT-PCR常用引物序列RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小(kb)β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人有意义链 GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kbGAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kbDynein 小鼠有意义链 GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kbPolymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kbPolymerase ε人有意义链 AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kbTuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb*引物不会扩增假基因PCR引物序列基因来源引物序列产物大小(kb)HIV gag region 病毒 SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAATSK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kbβ-globin 人 (29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kbβ-globin 人 (31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb序列来源:nvitrogen 公司大家用什么稀释引物?引物应该用TE稀释。

β-actin mouse primer 序列

β-actin mouse primer 序列

β-actin mouse primer 序列β-actin(β-肌动蛋白)是一种高度保守的紧张蛋白,在多种细胞类型中广泛表达,具有重要的细胞骨架结构和功能。

由于其表达水平稳定且在多种实验研究中被广泛应用,β-actin的引物序列和扩增方法成为了常用的内参控制方法之一。

以下是β-actin鼠引物的序列:前向引物:5'-AGCCATGTACGTAGCCATCC-3'逆向引物:5'-GACTCCATCACAATGCCAGT-3'β-actin的引物序列具有较高的特异性和敏感性,可以在小样本量和低表达水平中成功扩增目标DNA片段。

这些引物通常用于构建基因克隆、全长基因测序以及实时定量PCR等实验技术中。

β-actin引物序列的设计遵循以下原则:首先,引物的长度通常在18-30个核苷酸之间,以确保DNA片段的特异性扩增;其次,前向引物和逆向引物的碱基组成应具有互补性,以促进引物与靶标DNA的结合;最后,引物的序列应尽量避免重复序列和二聚体形成,以减少非特异性扩增的可能性。

在实验中,提取的小鼠组织或细胞总RNA可以用于合成cDNA,作为β-actin的模板。

通常情况下,β-actin的扩增条件为:95℃预变性3分钟,接着是30个循环,每个循环包括94℃变性30秒、55℃退火30秒和72℃延伸60秒。

最后,在72℃下延伸10分钟,保存于4℃。

对于β-actin鼠引物的扩增产物,可以通过琼脂糖凝胶电泳分离和可视化,也可以通过实时定量PCR技术进行定量分析。

实时定量PCR 是一种精确测定标靶分子水平的技术,可以根据扩增曲线的剩余荧光信号量测出样品中目标分子的初始浓度。

综上所述,β-actin鼠引物在基因克隆、全长基因测序以及实时定量PCR等实验中具有重要的应用价值。

它可以作为内参控制方法,用于校正样品差异,提高实验结果的准确性和可比性。

同时,这些引物序列的广泛应用也为相关研究提供了便利和参考。

表4 主要使用的引物及序列

表4 主要使用的引物及序列

表4 主要使用的引物及序列序列技术在现代生物学研究中发挥着越来越重要的作用。

在进行序列分析之前,需要先选择合适的引物,以确保检测到所需的目标序列,并避免检测到不必要的杂交或引物间的相互杂交。

本文将介绍主要使用的引物及其序列。

1. 基因测序引物基因测序引物是用于测序DNA或RNA的引物。

这些引物通常包括一个DNA或RNA序列和一个与之匹配的引物序列。

常用的基因测序引物包括以下几种:- M13引物M13引物是一种通用的测序引物,用于测序单链DNA。

其序列为:5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3'。

- T7和SP6引物T7和SP6引物用于测序DNA文库中的克隆DNA。

其中T7引物的序列为:5'-TAATACGACTCACTATAGGG-3',SP6引物的序列为:5'-ATTTAGGTGACACTATAG-3'。

- M13F和M13R引物M13F和M13R引物也用于测序单链DNA。

M13F引物的序列为:5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3',M13R引物的序列为:5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'。

- T3和T7引物T3和T7引物与RNA兼容,并用于测序RNA和RNA-DNA杂交分子。

T3引物的序列为:5'-AATTAACCCTCACTAAAGGGA-3',T7引物的序列为:5'-TAATACGACTCACTATAG-3'。

2. PCR引物PCR引物是用于荧光定量PCR、数字PCR、标准PCR等技术的引物。

以下是几种常用的PCR引物:- GAPDH引物GAPDH引物用于检测人体组织中的GAPDH基因表达水平。

其序列为:5'-GAAGGTGAAGGTCGGAGT-3'(前引物)、5'-GAAGATGGTGATGGGATTTC-3'(后引物)。

β-actin mouse primer 序列 -回复

β-actin mouse primer 序列 -回复

β-actin mouse primer 序列-回复什么是β-actin小鼠引物序列?该序列的重要性是什么?如何设计并评估这些引物?这些问题将在下面的文章中依次回答。

Beta-actin(β-actin)是一种细胞骨架蛋白质,在细胞的结构和功能中起着重要作用。

β-actin在多个细胞类型中广泛表达,并且其表达水平相对稳定。

因此,β-actin常用作实时定量PCR(qPCR)或RT-qPCR的内参基因,来校正不同样本之间的变异。

要使用β-actin小鼠引物序列进行PCR实验,首先需要设计适当的引物。

设计引物时,需要考虑引物的特异性和扩增效率。

特异性是指引物只与β-actin基因的特定区域互补配对,而不与其他基因或序列结合。

为了确保特异性,可以使用生物信息学工具来搜索引物序列,以保证没有与其他基因相关的目标序列。

此外,需要确保引物对β-actin的亲和性较高,以确保扩增效率。

设计合适的β-actin小鼠引物还需要考虑引物的长度、GC含量和熔解温度(Tm)。

引物长度通常在18-25个碱基对之间,过短的引物可能导致扩增效率低下,而过长的引物可能导致扩增特异性下降。

引物的GC含量通常应在40-60之间,以确保引物的稳定性和特异性。

此外,引物的Tm也是设计引物时需要考虑的因素之一。

引物的Tm应在50-65C之间,以确保引物与目标序列的特异性结合。

一旦设计好了β-actin小鼠引物序列,就需要对其进行评估。

首先,可以使用生物信息学软件来预测引物的二级结构和互补性,以确保引物没有形成不稳定的结构或与其他互补序列结合。

其次,可以进行体外PCR验证,通过扩增出特定长度的DNA片段来确认引物的特异性和扩增效率。

此外,还可以进行序列比对和BLAST分析,将扩增产物的序列与已知的β-actin小鼠引物序列进行比较,以确保扩增产物与目标序列一致。

在实验中使用β-actin小鼠引物序列进行PCR可以提供一种准确测量基因表达水平的方法。

西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究

西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究

西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究施志仪;程千千;宋佳坤【摘要】采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin 基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基凶cDNA全长1322 bp,其包括的137 bp的5'端非翻译区,57 bp的3'端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128 bp开放阅读框.与其他物种比对,该基因具极高的保守性.同时也利用同源克隆技术获得了两伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768 bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上.以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利哑鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达.其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍.同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性.在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点.本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2010(017)006【总页数】10页(P1173-1182)【关键词】西伯利亚鲟;β-actin;cDNA全长克隆;Sox2;内参基因【作者】施志仪;程千千;宋佳坤【作者单位】上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】Q786%S917西伯利亚鲟(Acipenser baerii)隶属鲟形目(Acipenseriformes)、鲟科(Acipenseridae)、鲟属(Acipense),为软骨硬鳞鱼,分布于西伯利亚河流和湖泊。

β–actin内参蛋白

β–actin内参蛋白

β–actin内参蛋白β-actin是一种内参蛋白,是细胞骨架中的一个组成部分。

它是一种高度保守的蛋白质,在许多物种中都能找到。

在生命体系中,β–actin参与有许多重要的生物学过程,例如肌肉收缩、细胞运动、细胞架构调节等等。

因此,作为一种常用的内参蛋白,β–actin被广泛应用于基因表达研究中。

1. β–actin的基本结构β–actin是一种小分子蛋白,其分子量大约在42kDa 左右。

该蛋白主要由375个氨基酸组成。

这些氨基酸的顺序和组合方式在不同物种中大多数是相同的,但仍有一些不同点。

β–actin的分子结构分为两个主要部分:头部和尾部。

头部有两个重要胺基酸,即1号和4号位,其中1号位有一个ADP分子结合,而4号位则与一个钙离子结合。

β–actin的尾部则由四个区段组成。

这四个区段包括一段可变区域、一段中等长度的高度保守区域、一段短的变化不大的区域以及一个二聚化区域。

2. β–actin的作用β–actin在细胞中的作用主要涉及两个方面:细胞骨架构建和细胞信号传导。

在细胞骨架构建过程中,β–actin通过其结构上的高度可变区和可二聚化区域与其他蛋白质(如肌动蛋白和丝素蛋白)相互作用,形成多种不同类型的细胞骨架。

这些骨架为细胞提供了支持并促进了细胞的运动和形态改变。

在细胞信号传导方面,β–actin与一些信号转导因子(如PI3K、PDK1和PTEN等)结合,参与了许多细胞分化、增殖和凋亡等生物学过程的调节。

3. β–actin的应用由于其高度保守的特性,β–actin被广泛应用于基因表达研究中。

它可以作为内参蛋白在推测和修正反转录PCR、免疫印迹以及其他光谱和质谱研究中进行定量。

β–actin的稳定性和表达量均匀性都被公认为比较好,因此它广泛地被用作一个可靠的内参蛋白。

但是,需要注意的是,β–actin的表达会受到某些因素的影响而发生变化。

例如,温度、氧气水平、细胞密度等都可能对它的表达产生影响,因此在使用β–actin 作为内参蛋白时需要注意这些因素。

内参基因βActin简介

内参基因βActin简介

内参基因PActin简介The pony was revised in January 2021内参基因6 -Actin简介曰期:2012-05-03来源:未知作者:周慕云点击:次相关专题PCR内参:选还是不选B -Actin内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。

常用的PCR内参有GAPDH、B- actin、18sRNA、28sRNA、B2M> ACTB> SDHA、HPRT1> ARBP 内参基因等。

B -Actin 简介Actin即“肌动蛋白”,是细胞的一种重要骨架蛋白。

同时Actin在细胞分泌、呑噬、移动、胞质流动和胞质分离等过程中起重要作用。

Actin在不同物种之间高度保守,以至于很难获得较好的针对actin的抗血清。

Actin大致可分为六种,其中四种是不同肌肉组织特异性的,包括a -skeletal muscle actin, a -cardiac muscle actin, <i -smooth muscle actin,和 y-smooth muscle actin;其余两种广泛分布于各种组织中,包括 P -actin( P -non-muscle)和丫 -non-muscle actino 不同的actin之间同源性大190%,但在\-terminal同源性仅50%~60%,因此terminal常被用作actin的抗原。

P -Actin是横纹肌肌纤维中的一种主要蛋白质成分,也是肌肉细丝及细胞骨架微丝的主要成分。

具有收缩功能,分布广泛。

B -Actin 用途B -Actin是PCR常用的内参,P -Actin抗体是Western Blot很好的内参指数。

内参即是内部参照(Internal Control),对于哺乳动物细胞表达来说一般是指山管家基因编码表达的蛋口。

它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋口的表达水平变化时常用它来做参照物。

β-actin mouse primer 序列 -回复

β-actin mouse primer 序列 -回复

β-actin mouse primer 序列-回复在分子生物学和基因表达研究中,基因的测定和定量是非常重要的。

为了确定一个基因的表达水平,研究人员通常使用RT-PCR(逆转录聚合酶链反应)技术来扩增目标基因的片段,并对扩增的产物进行测定和定量分析。

在RT-PCR中,引物是扩增过程中的关键因素之一。

β丝氨酸(β-actin)是一种常用的参考基因,用于在实验中测量和标准化其他基因的表达水平。

首先,我们需要知道β-actin 基因的序列和相应的引物序列。

β-actin 是一种高度保守的测序,其序列在不同物种之间的变化很小。

在小鼠中,β-actin 基因的序列如下:5'-ATGGATGATGATATCGCCGCGCTG-3'(前向引物)5'-ATGAAACGCTCGGTCAGGATCTTCA-3'(反向引物)这些引物序列可以直接用于RT-PCR 扩增β-actin 基因片段。

下面将详细介绍一步一步的实验过程。

第一步是RNA的提取。

假设我们想要从小鼠组织中提取总RNA。

我们可以使用商业化的RNA提取试剂盒,按照说明书的指导进行操作。

一般情况下,将组织样本置于离心管中,加入适量的试剂并破碎组织,然后提取总RNA。

提取的总RNA可以通过紫外光比色法或琼脂糖凝胶电泳进行质量和纯度的检测。

第二步是反转录过程,将总RNA转录成cDNA。

反转录实验要求使用逆转录酶和适用的引物。

在这里,我们将使用以下反转录试剂:- M-MLV逆转录酶- 随机引物- dNTPs- 反转录缓冲液- RNase抑制剂- DEPC水首先,在冰上配置逆转录的反应混合液。

将以下试剂加入1.5mL离心管中:- 2μg总RNA- 1μL随机引物- 1μL dNTPs- 1μL M-MLV逆转录酶- 1μL RNase抑制剂- 2μL反转录缓冲液- 13μL DEPC水混合并离心管轻轻旋转。

然后,将反应混合液加热至65C离解RNA二级结构,然后冷却至42C。

PCR内参:选还是不选?,PCR内参,RT

PCR内参:选还是不选?,PCR内参,RT

PCR内参:选还是不选?,PCR内参,RT生物帮> 专题> 实验技术> 分子> PCR内参:选还是不选?导读:内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。

常用的PCR内参有GAPDH 、β- actin 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。

本专题就PCR实验中遇见的有关于内参的一些问题作出总结,以供读者参考。

PCR内参基因介绍GAPDH简介内参基因β-Actin简介实时荧光定量PCR 中内参基因的选择内参基因的概念和作用PCR内参基因介绍基因表达转录分析中内参基因的选择目前基因表达的转录分析多采用单一看家基因作为内参来校正目标基因的表达量.实验中以人肝癌BEL-7402细胞为研究对象,应用[详细]海带配子体18S rRNA 基因作为内参基因的应用通过基因克隆和序列测定,获得了海带( Laminaria japonica) 配子体的18S rRNA 基因序列,其长度为1 716bp ,GenBank 登录号为EU293553。

以蓝[详细]白纹伊蚊β2肌动蛋白基因片段作为基因表达内参目的获取白纹伊蚊β2肌动蛋白基因序列并探讨其作为基因表达内参照的作用。

方法根据昆虫β2肌动蛋白核苷酸序列[详细]常用的内参基因及其使用范围包括GAPDH 、β- actin(BETA-actin) 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。

[详细]常用的β-actin 引物序列常用的β-actin 引物序列[详细]RT-PCR常用引物序列引物应该用TE稀释。

oligo在酸性条件下是不稳定的,容易降解,如果用水溶解引物,无法保证pH值,如果合成引物纯化不好,造[详细]PCR内参常见问题汇总内参能跑出来但为何我的cDNA总是不稳定?我要做荧光定量试验,师姐做的定性,我能共用RT-PCR电泳照片有问题qPCR 目的基因与内参是不是要在同样体系里扩增斑马鱼的内参基因组怎么选择啊绝对定量需要用到内参基因吗选择内参基因的原则PCR内参常见问题汇总RT-PCR内参基因选择:除了β-actin还能用什么?实时定量PCR试验中,内参对于实验具有重要意义。

PCR技术的原理,β-actin基因的

PCR技术的原理,β-actin基因的

β-actin在PCR中起着什么作用
在进行半定量PCR时 ,选择管家基因可以通 过计算目的基因和内参 的比值,得到基因表达 的相对浓度。
Thank you~
PCR的原理
类似于天然DNA的复制,主 要利用DNA聚合酶,依赖DNA 模板的特性,模仿体内的复 制过程,在附加的一对引物 (人工合成的寡核苷酸片段, 它与待扩增片段两条链的两 端DNA序列分别互补)之间引 发聚合酶链反应。
PCR全过程基于一套“三部曲”
①DNA模板的变性:
②与附加引物退火: ③引物延伸ctin家族的一员,在维 持细胞结构,细胞内运动, 细胞分裂等细胞生理活 动方面发挥着重要的作 用,它是管家基因中的 一种。
管家基因(house-keeping genes)
是指所有细胞中均要 表达的一类基因,其产 物是对维持细胞基本生 命活动所必需的。例如 β-actin、GAPDH等
PCR技术 β-actin基因 的原理 的作用
PCR的定义
PCR(Polymerase Chain Reaction)即聚合酶链式反 应,是指在DNA聚合酶催化下, 以母链DNA为模板,以特定引 物为延伸起点,通过变性、 退火、延伸等步骤,体外复 制出与母链模板DNA互补的子 链DNA的过程。
PCR的历史及应用
PCR是1985年美国Cetus公司人类遗 传部、加利福尼亚大学Los Angeles 和Hoghes医学院等联合创建的一项生 物技术。这项技术被广泛应用于检测 核苷酸变异和染色体重排、高效克隆 某一基因片段、线粒体和基因组DNA 的直接测序以及细菌、病毒、寄生虫 所致疾病的诊断,在分子生物学、医 学、生物工程、法医学、考古学等许 多领域都有重要的实际应用价值。

小鼠快、慢肌卫星细胞的分离培养及β肌动蛋白的表达

小鼠快、慢肌卫星细胞的分离培养及β肌动蛋白的表达

小鼠快、慢肌卫星细胞的分离培养及β肌动蛋白的表达朱道立;陈佩林;王康乐;葛娟;别林【摘要】目的体外分离培养和纯化小鼠快、慢肌卫星细胞,观察细胞内β肌动蛋白(β-actin)的表达情况.方法采用胶原酶与胰蛋白酶联合消化法及差速贴壁法纯化ICR小鼠后肢骨骼肌腓肠肌(快肌)和比目鱼肌(慢肌)卫星细胞,免疫荧光抗体细胞化学染色法鉴定.取第2代快、慢肌卫星细胞提取总RNA,以GAPDH作为内参行RT-PCR,半定量分析快、慢肌卫星细胞内β-actin基因的相对表达量.结果体外分离及传代培养快、慢肌卫星细胞的快、慢肌肌浆蛋白表达阳性,细胞生长和增殖情况良好.快、慢肌卫星细胞内β-actin基因的相对表达量分别为3.710 72和2.106 028,两者比较差异有统计学意义(P<0.01).结论小鼠快肌卫星细胞内β-actin表达高于慢肌,提示骨骼肌卫星细胞内β-actin表达可能与肌纤维类型有关.%Objective To culture and purify the mouse satellite cells of gastrocnemius and soleus mus cles in vitro, and detect the expression of β-actin in cells.Methods Skeletal muscle satellite cells of gastrocnemius and soleus muscles of ICR mice were purified by collagenase and trypsin digestion and differential adhesion method, and were identified by immunofluorescent antibody cytochemical staining.Total RNA was extracted from the second generation of gastrocnemius and soleus muscles, and semiquantitative RT-PCR was performed to detect the relative expression of β-actin gene with GAPDH as an internal standard.Results The expression of fast- and slow-myosin was positive in satellite cells of gastrocnemius and soleus cultured in vitro, with favorable cell growth and proliferation.The relative expression of β-actin gene in gastrocnemius and soleus muscles was 3.710 72 and 2.106 028,respectively ( P <0.01).Conclusion The expression of β-actin in gastrocnemius is higher than that in soleus muscle, which suggests the expression of β-actin may be related to the types of muscle fibers.【期刊名称】《上海交通大学学报(医学版)》【年(卷),期】2011(031)001【总页数】5页(P26-30)【关键词】β肌动蛋白;卫星细胞;体外;骨骼肌;快肌;慢肌;小鼠【作者】朱道立;陈佩林;王康乐;葛娟;别林【作者单位】南通大学,生命科学学院,南通,226007;南通大学,生命科学学院,南通,226007;南通大学,生命科学学院,南通,226007;南通大学,生命科学学院,南通,226007;南通大学,生命科学学院,南通,226007【正文语种】中文【中图分类】Q786;Q2;R-332骨骼肌卫星细胞是一种位于肌纤维肌膜与基膜之间的多潜能干细胞,在负重和创伤等应激条件下可被激活进入有丝分裂期和增殖期,进一步分化融合形成肌管而参与骨骼肌的修复。

番茄β-actin基因的PCR扩增

番茄β-actin基因的PCR扩增
灭菌ddH2O 17.375μl×13=225.875
总体积25μl
PCR反应条件:
94℃5min
94℃30sec
55℃30sec 30Cycle
72℃1min
72℃5min
4℃∞
反应结束后,PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测。
DNA琼脂糖凝胶电泳
5×TBE缓冲液稀释10倍,配制成0.5×TBE工作液待用

称1g琼脂糖粉,置于200ml锥形瓶,加100ml 0.5×TBE稀释缓冲液

用微波炉(或电炉)加热至琼脂糖全部熔化,稍凉后加入5μl EB或其替代物

透用明胶带将有机玻璃胶槽两端封闭(注意不能留有缝隙)

将封好的胶槽置于水平支持物上,插上样品梳子

将冷却至60℃左右的胶液缓缓倒入胶槽中(注意不要产生气泡),胶的厚度约4~6mm
实验二番茄β-actin基因的PCR扩增
引物设计:
从番茄β-actin基因(1291bp)(U60482)的序列中,设计一对特异性引物,产物长度为827bp,序列如下:
Tom52F: 5- ATGGGCCAGAAAGATGCCTATGT-3
Tom52R: 5-ATGCCAGGGAACATAGTTGAGCC-3

加完样后,合上电泳槽盖,立即接通电源(控制电压保持在5~10V/cm两电极之间的距离)
(上样到开始电泳的时间不宜过长,因为先上的样品中DNA会发生扩散,从而影响电泳效果)

当溴酚蓝条带移动到距凝胶前沿约2cm时(约需45分钟),关闭电源,停止电泳

取出电泳胶板(如果含有EB,需小心不使电泳缓冲液污染环境,因为EB在电泳的过程中向负极移动,大部分进入电泳液,少部分与DNA结合)
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内参基因名称引物引物最佳退火扩增
基因库序列号引物名称序列位置Tm 温度C 长度
Human actin beta F305 ctgggacgacatggagaaaa 305-324 52.3
BC002409 R868 aaggaaggctggaagagtgc 868-849 52.6 59.4 564 F1379 agcgagcatcccccaaagtt 1379-1398 57.3
R1663 gggcacgaaggctcatcatt 1663-1644 56.3 54 285
Rat actin beta F18 cacccgcgagtacaaccttc 18-37 54.5
NM_031144 R224 cccatacccaccatcacacc 224-205 54.4 60.4 207 F694 gagagggaaatcgtgcgtgac 694-714 54
R1146 catctgctggaaggtggaca 1146-1127 53.2 57.1 452
Mouse actin beta F91 atatcgctgcgctggtcgtc 91-110 57.5
NM_007393 R607 aggatggcgtgagggagagc 607-588 57.8 60.4 517 F1566 gtccctcaccctcccaaaag 1566-1585 54.5
F1831 gctgcctcaacacctcaaccc 1831-1811 54.4 55.7 266
human GAPDH F369 agaaggctggggctcatttg 369-388 55.6
BC004109 R626 aggggccatccacagtcttc 626-607 55.1 57.5 258
F66 aggtcggagtcaacggatttg 66-86 52.5
R597 gtgatggcatggactgtggt 597-578 52.6 57 532
Rat GAPDH F50 cagtgccagcctcgtctcat 50-69 55
BC059110 R644 aggggccatccacagtcttc 644-625 55.1 58.3 595
F1029 acagcaacagggtggtggac 1029-1048 54.4
R1280 tttgagggtgcagcgaactt 1280-1261 54.8 57.7 252
Mouse GAPDH F306 aggccggtgctgagtatgtc 306-325 54
M32599 R835 tgcctgcttcaccaccttct 835-816 54.6 58.7 530
F49 ggtgaaggtcggtgtgaacg 49-68 55.1
R281 ctcgctcctggaagatggtg 281-262 54.5 56.8 233
Rat 18S rRNA F1865 tgcggaaggatcattaacgga 1865-1886 58.6
M11188 R2164 agtaggagaggagcgagcgacc 2164-2143 59 59.3 300
human 18S rRNA F1565 cagccacccgagattgagca 1565-1584 58.3 M10098 R1816 tagtagcgacgggcggtgtg 1816-1797 58.3 59 253
mouse 18S rRNA F56 aggggagagcgggtaagaga 56-75 54.4
K013364 R296 ggacaggactaggcggaaca 296-277 54 62 241。

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