多肽序列分析题答案
基于质谱的蛋白质鉴定，第4节：基于MALDI-MS-PSD的多肽序列分析
基于质谱的蛋白质鉴定，第4节：基于MALDI-MS-PSD的多肽序列分析尽管MALDI原则上是一种软电离技术，几乎只产生完整的生物分子离子，但MALDI在电离过程中会形成相当程度的亚稳态离子。
对于肽和蛋白质离子，这种亚稳定的离子行为不仅会引起中性小分子（如水和氨）的损失，还会引起多种肽键断裂。
MALDI-MS中有两种不同类型的碎片反应：（i）在激光撞击后几百ns内，质谱仪的离子源附件的离子的“迅速碎片” （prompt fragmentation）和（ii）PSD则需要较长一些的时间（μs），在将来源于MALDI的离子从离子源提取到RETOF质谱仪的第一个无电场区域的过程。
一般认为，分析物离子在萃取过程中的碰撞激活，以及在电离过程后能量过剩的离子的单分子衰变，都被认为是造成PSD现象的原因。
由于PSD发生在无电场区域，碎片离子的速度与其完整的母离子保持相同的速度，因此在线性MALDI-MS光谱中不能被观察到。
可以通过用一个静电离子镜或“场电子场”代替无场区末端的检测器，这会颠倒入射离子的飞行路径，碎片离子就可以从其完整的母离子中分离出来。
由于它们的动能较小，它们不像完整离子那样深入反射层，因此会更早地从该场中弹出，并且在MALDI-RETOF-MS光谱中的表观质量会低于其前体离子。
由于大多数反射电子场在给定的电压设置下仅具有有限的动态分离范围，因此需要将其逐步降低到较低的电压，以便分离和聚焦整个目标碎片质量范围（通常可以获得10-15个片段）。
一旦反射电子场通过人工合成的已知肽段进行了校准，即可将片段光谱胶合在一起以形成PSD光谱，这时所有片段离子的质量都可以确定。
也可以使用弯曲场反射器，将场几何（field geometry）同时应有于分离和聚焦产生的所有碎片离子，从而避免使用单级或双级反射器的耗时的电压渐进过程。
通过研究肽离子的MALDI-PSD片段，可以推测PSD是酰胺键断裂的主要结果，非常类似于低能碰撞活化解离（CAD）诱导的肽的片段化行为。
多肽合成思考-练习题
多肽合成思考/练习题1.目前多肽的常见定义？多肽的结构单元？α－氨基酸以肽链连接在一起而形成的化合物，其分子量不超过 10,000 ，并且不存在三级以上结构。
结构单元是氨基酸2.多肽的类别及其分类原则，多肽固相合成法、液相合成法的对应英文？Fmoc Chemistry 固相合成单循环包括几个步骤？对应名称？大小 9肽以下寡肽15肽以下小肽15-50肽中肽多于50肽大肽结构同聚肽: 线性肽, 环肽杂聚肽: 色素肽,糖肽,脂肽,缩酯肽来源抗菌肽,激素肽,毒肽液相合成法 Liquid phase peptide synthesis,LPPS固相合成法 Solid phase peptide synthesis,SPPSFmoc Chemistry 固相合成单循环：缩合，洗涤，去保护，中和及洗涤，下一轮缩合5.多肽合成中常见副产物有哪些？多肽偶联反应的最高追求？多肽裂解中常常加入俘获剂（Scavengers）。
Scavengers的主要作用是啥？常见俘获剂有哪些？各自特点？副产物：形成天冬酰亚胺，或发生差向异构化作用8.多肽合成中如何检查偶联反应的完成程度、树脂替代度和Fmoc脱除程度？9.解决困难肽序合成的常见方法？各自特点？10.请比较经Boc-、Fmoc-、Z-三种保护基保护的氨基酸的特点。
11.多肽固相合成中产生二酮哌嗪(diketopiperazine，DKP)是一常见副反应。
请给出产生二酮哌嗪的主要原因以及减少DKP形成的常见方法。
减少DKP形成的常见方法:使用与叔丁基等效的大基团来以位阻阻止DKP的形成。
12. 请给出多肽消旋的主要原因以及目前公认的2种机理P157。
多肽合成过程中，部分氨基酸在活化的过程中会导致不同程度的消旋，特别容易消旋的氨基酸有：Cys，His，Phe，当然这些消旋化还和溶剂，温度以及合成中的有机碱等因素有关。
对于这些氨基酸，可以通过采用高效缩合试剂，减少反应时间，可以减少消旋的比例13. 给出常见的巯基保护剂P131，请给出二硫键的常见形成方法。
高考生物《蛋白质的计算分析》真题练习含答案
高考生物《蛋白质的计算分析》真题练习含答案1．血红蛋白分子由2条α链和2条β链组成，其中α链由141个氨基酸组成，β链由146个氨基酸组成，血红蛋白分子中肽键的数目是()A．141个B．146个C．570个D．574个答案：C解析：血红蛋白含有4条肽链，共2×141＋2×146＝574个氨基酸，因此氨基酸脱水缩合反应形成的肽键数＝574－4＝570个。
2．经分析某条多肽链中有O原子p个，N原子q个，它彻底水解后，只得到下列四种氨基酸。
分析推算可知，1分子该多肽水解得到的赖氨酸个数为()A．p－q B．q－pC．p－q＋1 D．q－p＋1答案：D解析：根据图示分析可知：半胱氨酸、丙氨酸和苯丙氨酸中都只有一个氨基和一个羧基，而赖氨酸中含有两个氨基和一个羧基，所以它们在核糖体上合成蛋白质时，通过脱水缩合形成的一条多肽链中，含多个游离的氨基和一个游离的羧基，因此，按氧原子数目计算，氧原子数＝氨基酸数＋肽链条数＋R基上氧原子数，分析这四种氨基酸的R基可知，四种氨基酸的R基上均无氧原子，所以氨基酸数为p－1；多肽中N原子数＝氨基酸数＋R基上的N 原子总数，四种氨基酸中只有赖氨酸的R基上有一个N原子，所以赖氨酸数为q－(p－1)＝q－p＋1。
3．绿色荧光蛋白简称GFP，最初是从维多利亚多管发光水母中分离出来的结构蛋白。
其相关数据如图所示，下列有关叙述错误的是()A.该蛋白质含有2条肽链B．该荧光蛋白含有的氮原子数是126C．该蛋白质共有肽键124个D．合成该蛋白质时，相对分子质量减少了2 232答案：B解析：游离的羧基数＝肽链数＋R基上的羧基数，17＝肽链数＋15，肽链数是2，该蛋白质含有2条肽链，A正确；氮原子数＝氨基酸数目＋游离的氨基总数－肽链数，氮原子数＝126＋17－2＝141个，B错误；肽键数＝氨基酸总数－肽链数＝126－2＝124，该蛋白质共有肽键124个，C正确；合成该蛋白质时，脱水数＝肽键数＝124，相对分子质量减少了18×124＝2 232，D正确。
《生物化学》课后习题答案
生物化学（第三版）课后习题详细解答第三章氨基酸提要α-氨基酸是蛋白质的构件分子，当用酸、碱或蛋白酶水解蛋白质时可获得它们。
蛋白质中的氨基酸都是L型的。
但碱水解得到的氨基酸是D型和L型的消旋混合物。
参与蛋白质组成的基本氨基酸只有20种。
此外还有若干种氨基酸在某些蛋白质中存在，但它们都是在蛋白质生物合成后由相应是基本氨基酸（残基）经化学修饰而成。
除参与蛋白质组成的氨基酸外，还有很多种其他氨基酸存在与各种组织和细胞中，有的是β-、γ-或δ-氨基酸，有些是D型氨基酸。
氨基酸是两性电解质。
当pH接近1时，氨基酸的可解离基团全部质子化，当pH在13左右时，则全部去质子化。
在这中间的某一pH（因不同氨基酸而异），氨基酸以等电的兼性离子（H3N+CHRCOO-）状态存在。
某一氨基酸处于净电荷为零的兼性离子状态时的介质pH称为该氨基酸的等电点，用pI 表示。
所有的α-氨基酸都能与茚三酮发生颜色反应。
α-NH2与2,4-二硝基氟苯（DNFB）作用产生相应的DNP-氨基酸（Sanger反应）；α-NH2与苯乙硫氰酸酯（PITC）作用形成相应氨基酸的苯胺基硫甲酰衍生物（ Edman反应）。
胱氨酸中的二硫键可用氧化剂（如过甲酸）或还原剂（如巯基乙醇）断裂。
半胱氨酸的SH基在空气中氧化则成二硫键。
这几个反应在氨基酸荷蛋白质化学中占有重要地位。
除甘氨酸外α-氨基酸的α-碳是一个手性碳原子，因此α-氨基酸具有光学活性。
比旋是α-氨基酸的物理常数之一，它是鉴别各种氨基酸的一种根据。
参与蛋白质组成的氨基酸中色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸在紫外区有光吸收，这是紫外吸收法定量蛋白质的依据。
核磁共振（NMR）波谱技术在氨基酸和蛋白质的化学表征方面起重要作用。
氨基酸分析分离方法主要是基于氨基酸的酸碱性质和极性大小。
常用方法有离子交换柱层析、高效液相层析（HPLC）等。
习题1.写出下列氨基酸的单字母和三字母的缩写符号：精氨酸、天冬氨酸、谷氨酰氨、谷氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。
多肽氨基酸序列分析
百泰派克生物科技
多肽氨基酸序列分析
多肽的氨基酸序列分析就是对组成多肽的氨基酸种类、数量以及排列次序进行鉴定，也称为多肽测序，属于多肽一级结构鉴定的内容。
目前较常用的多肽氨基酸序列分析方法包括经典的Edman降解法、C末端酶解法、C末端化学降解法以及新兴的质
谱法等。
Edman降解法主要是对多肽的N末端氨基酸序列进行分析，但是其对N末端封闭的
肽链无能为力。
此外，Edman降解法测序速度较慢、样品用量较大、样品纯度要求
很高，而且对发生修饰的氨基酸残基识别的准确性不高。
C末端测序法在寻找理想
的PITC化学探针方面仍面临着很大的困难。
在这种背景下，高分辨率（达fmol 级）、高准确性以及操作简便的质谱测序技术则备受青睐，质谱分析技术的灵敏度
及准确性与待测物的分子质量成负相关，分子量增大时检测结果的准确性明显降低，多肽的分子量相比蛋白质小得多，因此采用质谱进行多肽氨基酸序列分析比蛋白质简单，许多研究均是以多肽作为分析对象。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，结合Nano-LC
纳升色谱，提供高效精准的蛋白/多肽氨基酸序列分析服务技术包裹，可对各种蛋
白/多肽样品的一级结构进行解析，包括多肽链中氨基酸的种类、数目和排列顺序
以及多肽链内或链间二硫键的位置和数目等，欢迎免费咨询。
生物化学第三版课后习题答案
1.举例说明化学与生物化学之间的关系。
提示:生物化学是应用化学的理论和方法来研究生命现象，在分子水平上解释和阐明生命现象化学本质的一门学科.化学和生物化学关系密切，相互渗透、相互促进和相互融合。
一方面，生物化学的发展依赖于化学理论和技术的进步，另一方面，生物化学的发展又推动着化学学科的不断进步和创新。
举例:略。
2.试解释生物大分子和小分子化合物之间的相同和不同之处。
提示:生物大分子一般由结构比较简单的小分子，即结构单元分子组合而成，通常具有特定的空间结构。
常见的生物大分子包括蛋白质、核酸、脂类和糖类。
生物大分子与小分子化合物相同之处在丁:1)共价键是维系它们结构的最主要的键;2)有一定的立休形象和空间大小;3)化学和|物理性质主要决定于分子中存在的官能团。
生物大分子与小分子化合物不同之处在于:(1)生物大分子的分子量要比小分子化合物大得多，分子的粒径大小差异很大;(2)生物大分子的空间结构婴复杂得多，维系空间结构的力主要是各种非共价作用力;(3)生物大分子特征的空间结构使其具有小分子化合物所不具有的专性识别和结合位点，这些位点通过与相应的配体特异性结合，能形成超分子，这种特性是许多重要生理现象的分子基础。
3.生物大分子的手性特征有何意义?提示:生物大分子都是手性分子，这种结构特点在生物大分子的分子识别及其特殊的生理功能方面意义重大。
主要表现在:(1)分子识别是产生生理现象的重要基础，特异性识别对于产生特定生物效应出关重要;(2)生物大分了通过特征的三维手性空间环境能特异性识别前手性的小分子配体，产生专一性的相互作用。
4.指出取代物的构型：6.举例说明分子识别的概念及其意义。
提示::分子识别是指分子间发生特异性结合的相互作用，如tRNA分子与氨酰tRNA合成醉的相互作用，抗体与抗原之间的相互作用等。
分子识别是生命体产生各种生理现象的化学本质，是保证生命活动有序地进行的分子基础。
7.什么是超分子?说明拆分超分子的方法和原理。
18 多肽蛋白质和核酸习题参考答案
18 多肽 蛋白质和核酸习题参考答案1. 写出下列化合物的构造式：(1) 丙氨酰甘氨酸 (2) 谷·半胱·甘肽答案（1） （2）2. 某三肽完全水解后，得到甘氨酸和丙氨酸。
若将此三肽与亚硝酸作用后再水解，则得乳酸、丙氨酸及甘氨酸。
写出此三肽的可能简写名称。
答案：丙-甘-丙 或 丙-丙-甘。
3. 有一个寡肽甲，经测定知其氨基酸组成为:Ala, 2Gly, Lys, 3Phe, Ser, Val 。
端基分析得知其C 端是苯丙氨酸，N 端是甘氨酸。
当用胰凝乳蛋白酶催化水解时得到了两个肽—甲1和甲2。
甲1完全水解得到2个Gly, 1个Phe 和1个Val ；甲2得Ala, Lys, 2个Phe, Ser 。
请写出寡肽甲可能的简写名称。
(此题删去)答案：可能的名称之一为 甘-苯丙-缬-甘-苯丙-丝-赖-丙-苯丙。
4. 什么是蛋白质的一级结构？蛋白质的一级结构与空间结构有何关系？答案：蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序。
蛋白质的一级结构决定其空间结构5. DNA 分子二级结构有哪些特点？答案： DNA 的结构特点有：两条反相平行的多核苷酸链围绕着同一中心轴互绕；碱基位于结构的内侧，而亲水的糖磷酸主链则位于螺旋的外侧，通过磷酸二酯键相连，形成核酸的骨架；碱基平面与轴垂直，糖环平面与轴平行。
两条链皆为右手螺旋；双螺旋的直径是2nm ，碱基堆积距离是0.34nm ，两核酸之间的夹角为36°，每对螺旋由10对碱基组成；碱基按A=T ，G≡C 配对互补，彼此以氢键相互连系。
维持DNA 结构稳定的力量主要是碱基堆积力；双螺旋结构表面有着两条螺形凹沟，一大一小。
6. 解释下列各种条件可使蛋白质变性的原因：(1) Pb 2+和Ag + (2) 尿素 (3) 紫外线(4) 强酸、强碱 (5) 加热答案：（1）重金属离子可以和蛋白质中游离的—COO - 形成不溶性盐。
（2）尿素是很好的氢键受体，使蛋白质原有的氢键被破坏。
二级质谱多肽测序
二级质谱多肽测序多肽（Peptides）是一类具有广泛生物功能的由两个或多个氨基酸通过肽键连接而成的生物大分子。
二级质谱（Tandem mass spectrometry，简称MS/MS）多肽测序即通过串联质谱技术对蛋白质或多肽的氨基酸组成和排列顺序进行鉴定的技术。
在一级质谱中多肽片段被离子化并根据质荷比进行分析，生成一级质谱——多肽片段的质荷比及相对丰度。
碎裂后产生的多肽片段再次经过质荷比分析，生成二级质谱——碎片离子的质荷比和相对丰度信息。
常用的二级质谱方法主要包括ESI-MS/MS （电喷雾电离串联质谱）、MALDI-MS/MS（基质辅助激光解吸电离串联质谱）、LC-MS/MS（液相色谱串联质谱）。
百泰派克生物科技BTP二级质谱多肽测序一般流程1.蛋白提取。
2.酶解：用特定蛋白酶将蛋白质切割成多肽片段。
3.分离与纯化：使用液相色谱对酶解产生的多肽进行分离纯化。
4.离子化：将多肽样品转变为气相离子。
5.一级质谱分析：分析气相离子质量，获得多肽质荷比m/z信息。
6.离子碎裂：碎裂特定多肽离子，产生碎片离子。
7.二级质谱分析：分析碎片离子质量，获得碎片离子质荷比m/z信息。
8.数据处理与分析：对比二级质谱数据与已知蛋白质数据库推断多肽片段的氨基酸序列。
二级质谱多肽测序技术优势1.高灵敏度。
二级多肽质谱测序能够检测到低至皮克摩尔（pmol）甚至飞摩尔（fmol）水平的多肽。
2.高精度与高分辨率。
二级质谱技术通过对多肽碎片的质荷比进行精确测量，可以精确识别多肽片段和质量相近的离子，提供关于多肽序列的准确信息。
3.高通量。
二级质谱技术可以在短时间内分析大量样品。
结合液相色谱等分离技术，二级质谱可以快速鉴定复杂生物样品中的成千上万种蛋白质。
4.高序列覆盖率。
较高的序列覆盖率可以提高蛋白质和多肽鉴定的准确性。
中/英文项目报告。
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生物化学真题及解答 考题分析
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c)指出哪一步对酶的纯化最无效。 d)表中结果能否说明该酶已被纯化?若估计酶的纯化程度还需要做些什么? e)若该单纯酶由 682 个氨基酸残基组成，该酶的分子量约为多少?(1997，北医) 考点：酶活力测定及酶的分离纯化。 解析：a)酶含量须用酶活力来表示，即在 1 分钟内转化 1 微摩尔的底物所需的酶量为一个 单位，而每毫克酶蛋白所具有的酶活力，称比活力，用单位 /毫克蛋白表示。 故每一步纯化程序后酶的比活性为 1.4000000〖〗20000＝200(U/mg) 2.3000000〖〗5000＝600(U/mg) 3.1000000〖〗4000＝250(U/mg) 4.800000〖〗200＝4000(U/mg) 5.750000〖〗50＝15000(U/mg) 6.675000〖〗45＝15000(U/mg) b)对同一种酶来说，比活力愈高，表明酶愈纯，从第 4 步到第 5 步酶的比活力明显提高， 故亲和层析一步对酶的纯化最有效。 c)从第 5 步到第 6 步，酶的比活力无变化，所以第 6 步对酶的纯化最无效。 d)因为第 5 步和第 6 步的比活力一样，也就是说经过排阻层析后酶的纯度无变化，所以该 酶基本上已被纯化。 e) 一 般每个氨基酸残基含一 个氮原子，原子量为 14，而 每种蛋白质分子的含氮量都约 为 16%故，设蛋白质分子量为 x，则 14×682〖〗x＝16%，x=59675。 八、已知某多肽组成是 Ala5、Lys1，Phe1 与 2，4-二硝基氟苯(DNFB)反应后再酸解产 生一个游离的 DNFB-Ala，胰蛋白酶解得一个三肽：Lys1,Ala2 和一个四肽 Ala3、Phe1， 整个多肽经 糜蛋白 酶解产生一个六肽和 一个游离氨基酸，写出这个多肽的一级结构(1992 北医) 考点：氨基酸序列分析 解析：1.多肽与 DNFB 反应再酸解产生一个游离的 DNFB-Ala，说明此肽的 N 末端氨基酸 残基是 Ala。 2.胰蛋白酸水解 Lys、Arg 羧基侧的肽键，题中多肽无 Arg。且被此酸水解成一个三肽和一 个四肽，说明第 3 位氨基酸残基是 Lys。 3.糜蛋白酶水解 Phe、Tyr、Trp 羧基侧的肽键，此多肽中只存在 Phe，且被此酶水解成一 个六肽和一个游离氨基酸，说明其第 6 位氨基酸残基是 Phe。 4.此多肽一共有 7 个氨基酸残基组成 5 个 Ala，1 个 Lys，1 个 Phe，所以剩余的 2、4、5、 7 位全是 Ala。故此多肽一级结构为(从 N 端到 C 端)：Ala-Ala-Lys-Ala-Ala-Phe-Ala 九、磷酸酶、磷酸化酶、激酶、蛋白激酶有何区别?各举一例(1994 北医) 考点：对酶定义的理解 解析： 磷酸酶是将酶或蛋白质上磷酸基水解下来的酶， 如磷蛋白磷酸酶可将磷酸化的糖原合 酶上的磷酸基水解掉使其恢复活性。 磷酸化酶是将某一物质水解并将其磷酸化的酶， 如糖原磷酸化酶是在糖原分解过程中从糖链 上水解掉葡萄糖生成 1-磷酸葡萄糖的酶。 激酶包括多种，能将 ATP 磷酸基转移给接受体的反应都由激酶催化，如己糖激酶即可催化 葡萄糖生成 6-磷酸葡萄糖。 蛋白激酶也是激酶的一种，它多是在酶活性调节中发挥作用，将酶的丝氨酸、苏氨酸等残基 磷酸化，发挥共价修饰作用，使其活性升高或降低，如蛋白激酶 A 可将糖原合成酶磷酸化 使其失去活性。 十、从以下几方面对蛋白质及 DNA 进行比较(1999 北医)
多肽药物质谱法全序列分析
多肽药物质谱法全序列分析
多肽药物是一种生物大分子药物，由数个到几十个氨基酸通过肽键连接而成，具有广泛的生物活性，可以通过精确地和机体中的特定受体结合来发挥药效。
这种特异性的结合方式使得多肽药物在治疗各种疾病（如癌症、糖尿病和自身免疫病）时，具有良好的疗效和较低的副作用。
然而，多肽药物的质量控制是一大挑战。
由于它们的结构复杂、容易降解，并且常常含有一种或多种的修饰形式，因此，对多肽药物进行全序列分析以确保药物的质量和安全性是非常必要的。
质谱法全序列分析可以用于分析多肽药物的整个氨基酸序列以及任何可能的修饰。
这种方法通过将多肽分解为更小的片段，然后分析这些片段的质量，以确定多肽的氨基酸序列。
质谱法的敏感性高，分辨率好，可以检测到微量的样品，并能在复杂样品中精确地识别目标物质。
此外，质谱法可以定性和定量分析，对于研究药物的构效关系、药物代谢和药物的稳定性等方面都有非常重要的应用。
特别是在多肽药物的开发和生产过程中，质谱法全序列分析被广泛用于药物的质量控制，以确保药物的安全性和疗效。
生物制品表征质谱法全序列分析示意图。
百泰派克生物科技（BTP），采用ISO9001认证质量控制体系管理实验室，获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务。
我们利用现有的高分辨率质谱技术平台，开发出以质谱为基础的多肽药物质谱法全序列分析技术，实现对所测定靶蛋白多肽序列100%的覆盖。
此分析可以用于确认多肽是否得到完整表达，检测多肽表达过程是否发生断裂。
百泰派克生物科技多肽药物表征内容。
生物化学：第三章 蛋白质参考答案
第三章 蛋白质1. 在生物缓冲体系中，何种氨基酸具有缓冲作用？答：组氨酸具有缓冲作用。
因为组氨酸含有咪唑基团。
而咪唑基解离常数为6.0，即解离的质子浓度与水的相近，因此组氨酸既可作为质子供体，又可作为质子受体。
在pH=7附近有明显的缓冲作用。
2. 什么是氨基酸的p K和 pI ？它们的关系如何？答：p K指解离常数的负对数，表示一半的氨基酸解离时的pH值；pI指氨基酸所带的正负电荷相等时的溶液的pH值，即等电点。
中性氨基酸：pI= (p K1 + p K2) / 2酸性氨基酸：pI= (p K1 + p K R) / 2碱性氨基酸： pI= (p K2+ p K R) / 23. 计算 0.1 mol／L 的谷氨酸溶液在等电点时主要的离子浓度。
答：因此，0.1 mol／L 的谷氨酸溶液在等电点时主要离子（即两性离子）的浓度为0.083mol／L。
4. 大多数的氨基酸，其α-羧基的p K a都在 2.0 左右，其α-氨基的p K a都在 9.0 左右。
然而，肽中的α-羧基p K a值为 3.8，α-氨基p K a值在7.8。
请解释这种差异。
答：α-氨基酸分子中带正电荷的α-氨基阻止了α-羧基负离子的质子化，即能稳定羧基负离子，因而提高了羧基的酸性。
同理，羧基负离子对质子化的氨基（NH3+）同样有稳定作用，从而降低了其酸性，提高了其碱性。
在肽分子中，由于两个端基（COO-和NH3+）相距较远，这种电荷间的相互作用要弱得多，因此其p K a值与α-氨基酸中氨基和羧基的p K a值存在明显差异。
5、写出五肽 Ser－Lys－Ala－Leu－His 的化学结构，计算该肽的 pI，并指出该肽在pH = 6.0 时带何种电荷。
答：6、人的促肾上腺皮质激素是一种多肽激素。
它的氨基酸序列为Ser-Tyr-Ser- Met-Glu-His-Phe-Arg-Trp-Gly-Lys-Pro-Val-Gly-Lys-Lys-Arg-Arg-Pro-Val-Lys-Val-Tyr-Pro-Asp-Ala-Gly-Glu-Asp-Gln-Ser-Ala-Glu-Ala-Phe-Pro-Leu-Glu-Phe；（1）在pH=7条件下，此多肽带有何种电荷？（2）用CNBr处理此多肽，可以得到多少肽段？答：（1）经分析，当pH=7时，多肽中的Ser的游离氨基，Phe的游离羧基以及4个Glu、3个Arg、4个Lys、2个Asp的侧链基团带有电荷。
多肽蛋白质N-端序列分析
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多肽蛋白质 N-端序列分析
报告编号：«报告编号» b) 实验方法
1) 液体样品处理： 加 40μl 甲醇到 Prosorb 装置的 PVDF 膜上，待滤过后；加入 40μl 0.1%TFA 溶液， 待滤过后；再加入供试品，供试品的量需大于 50pmol，滤过后；再分别加入 两次 600μl 0.1%TFA 进行滤过。将 Prosorb 放入已预热至 50℃的加热器中烘干， 用 PorSorb Punch(图 1)切下 PVDF 膜，上样。
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多肽蛋白质 N-端序列分析
报告编号：«报告编号»
8. 结论
综上所述，供试品«供试品名称»(批号：«供试品批号»)的 N 端序列为：xxxx
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多肽蛋白质 N-端序列分析
报告编号实验原理edman降解法是异硫氰酸苯酯pitc在弱碱tma条件下与蛋白质n端氨基偶联生成苯氨基硫甲酰肽ptc蛋白质然后在无水强酸tfa条件下n端的第一个残基从完整的多肽蛋白链上以2苯氨基噻唑啉酮atzaa的形式裂解下来之后在稀酸25tfa条件下atzaa转化为更加稳定的苯基乙内酰硫脲衍生物即pth氨基酸如图1生成的pthaa输送至高效液相色谱中进行在线分析剩下的多肽蛋白供试品可反复进行上述处理依次生成各种pthaa经液相系统色谱柱分离可以确定被测多肽蛋白质供试品n端的氨基酸排列顺序
报告编号：«报告编号»
多肽蛋白质 N-端序列分析
供试品：«供试品名称»
上海中科新生命生物科技有限公司 2015 年 4 月 19 日
报告编号：«报告编号»
«供试品名称»的多肽蛋白质 N-端序列分析
供试品名称：«供试品名称» 供试品批号：«供试品批号» 委托单位：«委托单位» 检测人员： 核验人员： 技术服务部负责人：
生化分析题及计算题
生化分析题及计算题（一）多肽序列分析1.测定一种细菌七肽的氨基酸顺序。
经分析，它的氨基酸组成是：Lys1、Pro1、Arg1、Phe1、Ala1、Tyr1和Ser1。
在胰凝乳蛋白酶作用前，此肽不与FDNB反应。
经胰凝乳蛋白酶作用后，此肽水解为2个肽A和B，A肽的氨基酸组成分别为Ala、Tyr、Ser，B肽为Phe、Lys、Arg、Pro。
A肽和B肽分别与FDNB反应产生DNP-Ser和DNP-Lys。
此七肽与胰蛋白酶反应，同样能生成2个肽。
它们的氨基酸组成分别为Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala。
写出该七肽的氨基酸顺序。
解答：①由于在胰凝乳蛋白酶作用前，此肽不与FDNB反应，即此肽不含有游离的N末端，那么可断定这是一个环肽。
②根据第二句话，由于胰凝乳蛋白酶作用位点是含芳香环的氨基酸，那么这次反应位点是Phe的C端。
③据第三句话，可以分析，A肽顺序为Ser-X-Y（X、Y为Ala或Tyr），B肽顺序为Lys-Z-W-Phe （Z、W为Arg或Pro）④据第四句话，由于胰蛋白酶水解碱性氨基酸（Arg或Lys），由于获得的二肽是Arg和Pro，那么断裂位点在Arg的C末端。
根据以上四点分析，可知这是一个环肽，顺序为—Phe—Ser—Ala—Tyr—Lys—Pro—Arg—2.用下列实验数据推导某寡肽的一级结构并简述判断的理由。
（10分）1) 完全酸水解后产生的氨基酸组成为：Ala、Arg、2Ser、Lys、Phe、Met、Pro；2) 用DNFB处理并水解得到DNP-Ala；3) 羧肽酶A和B对此肽不起作用;4) 用CNBr处理获得2个片段, 1个片段含有Pro、Trp、Ser；5) 用糜蛋白酶作用产生3个片段，1个含有Pro、Ser；另一个含有Met、Trp；最后1个含有Phe、Lys、Ser 、Ala 、Arg；6) 用胰蛋白酶处理产生3个片段，1个含有Ala、Arg；另一个含有Lys 、Ser；最后1个含有Phe、Trp 、Met 、Ser 、Pro。
蛋白质和多肽的氨基酸序列分析
虽然多肽的氨基酸组成分析已向更灵 更精确、 敏、更精确、更快速以及自动化方向发展 和改进，但还没有一种单独适用于所有残 和改进，但还没有一种单独适用于所有残 基的，并且能在水解液中定量回收的水解 方法出现，很多因素如温度、时间、水解 方法出现，很多因素如温度、时间、 试剂、添加剂、 试剂、添加剂、水解方法等对水解的完全 程度均有影响。 程度均有影响。 • 下面主要对一些常用的水解方法作简要介 绍。
引言
测定蛋白质的一级结构前的准备工作
样品纯度必须>97%以上； 纯度必须>97%以上 1. 样品纯度必须>97%以上； 聚丙烯酰胺凝胶电泳要求一条带 测定蛋白质的相对分子质量 相对分子质量； 2. 测定蛋白质的相对分子质量； SDS-PAGE，凝胶过滤法， SDS-PAGE，凝胶过滤法，沉降系数法 测定蛋白质多肽链种类和数目 多肽链种类和数目； 3. 测定蛋白质多肽链种类和数目； 种类： SDS种类： SDS-PAGE 数目： 末端氨基酸残基摩尔数/ 数目：N末端氨基酸残基摩尔数/蛋白质摩尔数 测定蛋白质的氨基酸组成 氨基酸组成； 4. 测定蛋白质的氨基酸组成；并根据分子量计算每 种氨基酸的个数； 种氨基酸的个数；
• 1、酸性水解
• 酸性水解是采用较多的一种水解方法，其中HCl是最 酸性水解是采用较多的一种水解方法，其中 是最 通用的水解剂。 通用的水解剂。 • 条件：6 mol/L HCI、真空、110℃，水解时间为 ～ 条件： 、真空、 ℃ 水解时间为20～ 24h。即可用于液相水解模式也可用于气相水解模式。 。即可用于液相水解模式也可用于气相水解模式。 • 损失：在该条件下，得到的氨基酸不消旋，但天冬酰 损失：在该条件下，得到的氨基酸不消旋， 胺和谷氨酰胺分别被完全水解为天冬氨酸和谷氨酸， 胺和谷氨酰胺分别被完全水解为天冬氨酸和谷氨酸， 色氨酸则被完全破坏， 色氨酸则被完全破坏，半胱氨酸不能从样品中直中痕量杂质所破坏，丝氨酸 和苏氨酸被部分水解，损失分别为10%和5%。 和苏氨酸被部分水解，损失分别为 和 。
富含半胱氨酸多肽序列和结构分析
富含半胱氨酸多肽序列和结构分析姓名________ 学号______________ 组号_____ 日期________年___月___日1)研究背景1)搜索网络资源和文献数据库，了解植物抗菌肽的种类和特点，其中富含半胱氨酸的抗菌肽的序列、结构和功能特点。
2)搜索网络资源和文献数据库，了解蜘蛛毒素的种类和特点，其中富含半胱氨酸的蜘蛛毒素的序列、结构和功能特点。
3)搜索网络资源和文献数据库，了解金属硫蛋白的种类和特点，说明半胱氨酸在金属硫蛋白中的作用。
2)序列比对1)从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛毒素-I（Huwentoxin –I）1QK6和美洲商陆抗菌蛋白1DKC氨基酸序列，用needle程序进行序列比对，将结果填入下表：2)从PDB数据库下载以下几种已知结构的多肽毒素的氨基酸序列，进行多序列比对；根据其结构特征，调整比对结果。
3)检索UniProt/Swiss-Prot数据库中以I型人金属硫蛋白（human metallothionein），进行多序列比对，并创建序列图标（Sequence Logo），说明其保守序列位点特征。
3.结构分析1)用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer分析1QK6和1DKC结构：a)1QK6含_______个半胱氨酸，按方式______________________________________配对形成三队二硫键；二硫键平均键长约为___________埃；三对二硫键连接的-碳（）间距离，最长为____埃，最短为____埃；b)选取两个分子中三对二硫键进行结构叠合（Fit molecules from selection），均方根误差（RMSD）为____埃；c)画图表示上述两个蛋白质分子β-折叠和二硫键形成的“三桥三叠”折叠方式。
2)从PDB数据库分别下载人金属硫蛋白α-和β-结构域核磁共振结构1MHU和2MHU：a)人金属硫蛋白beta结构域含_____个半胱氨酸，_____个金属原子，每个金属原子和______个半胱氨酸螯合；b)人金属硫蛋白alpha结构域含____个半胱氨酸，____个金属原子，每个金属原子和_____个半胱氨酸螯合；c)绘图表示人金属硫蛋白beta和alpha结构域金属原子排列方式和原子间距离。
多肽序列分析题答案
2.根据以下实验结果推断一多肽链的氨基酸序列：
（1）酸水解测出的氨基酸组成为：2Ala,Arg,2Lys,Met,Phe,2Ser。
（2）用羧肽酶水解最先得到氨基酸为Ala；
（3）胰蛋白酶水解得四个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg；②Lys,Phe,Ser；③Lys；④Ala,Met,Ser。
（4）溴化氰水解得到两个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg, 2Lys,2 Met,Phe,Ser；②Ala,Ser。
（5）嗜热菌蛋白酶水解得两个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg, Ser；②Ala, 2Lys,Met,Phe,Ser。
由(1)得知该多肽为九肽。
由(2)得知，羧基端为Ala。
由（3）得出有如下肽段：
①Ala-Arg；②（Phe-Ser）-Lys；③Lys；④（Met-Ser）-Ala
由（4）中的②和（2）知：Ser紧邻Ala。
结合(3)中的④可知C端：……Met-Ser-Ala————⑤
由（5）中的②和噬热菌蛋白酶的专一性可知：
……Phe（Ala，Lys，Met, Ser）————⑥
由⑤、⑥和（5）中②可知……Phe-Lys-Lys- Met-Ser-Ala————⑦
结合⑦，由（3）中①和②可知：⑦片段的N端：Ala-Arg-Ser 因此，本题答案：Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys- Met-Ser-Ala
噬热菌蛋白酶的专一性：水解N端连接Phe、Leu、Ile、Trp、Tyr、Val、Met的肽键，形成带有游离氨基的肽段。
蛋白质和多肽的氨基酸序列分析
• 1、茚三酮反应
• α-氨基酸与水合茚三酮一起在水溶液中加热，除脯氨 酸和羟脯氨酸产生黄色物质，其它氨基酸都产生蓝紫
色物质。
• 此反应十分灵敏，根据反应所生成的蓝紫色的深浅， 在570nm波长下进行比色就可测定样品中氨基酸的含 量。
• 2、柱后荧光胺法
荧光胺能在室温下迅速和一级胺发生反应，其 荧光产物的激发波长390 nm，发射波长475 nm。 荧光胺与氨反应的灵敏度比茚三酮与氨反应 的灵敏度大约提高了3个数量级。
四、氨基酸定性和定量分析
氨基酸的定性和定量分析一般采用纸层 析、薄层层析、离子交换柱层析等方法。采 用HPLC仪和氨基酸自动分析仪更好。随着 仪器的不断改进，一个样品的测定仅需 20min即可完成。
• 5、膜上蛋白质印迹样品的水解（原位分析）
如果蛋白质样品采用电泳法(如SDS-PAGE)分离， 很难从凝胶中洗脱下来，可采用电印迹法把样品转移 到PVDF (聚偏氟乙烯)膜上，然后在PVDF膜上直接进 行盐酸水解和氨基酸分析，称之为原位(in situ)分析。 可将水解指管放入水解反应器中，在反应器底部 加入200ul含7％巯基乙酸的6mol/L盐酸，110 ℃真空水 解24 h，水解结束后用200 ul 含30％甲醇的0.1 mol/L 盐酸反复三次将氨基酸从PVDF膜中抽提出来，以便 进行下一步的分析。
第十章
蛋白质和多肽的氨 基酸序列分析
引言
• 氨基酸是一种小分子的两性化合物，分子量在 75～200Da之间，其化学通式为：
• 在生物体内出现的氨基酸都是L型，仅在少数微生 物来源的多肽中出现D型氨基酸。
引言
• 蛋白质和多肽是由20种氨基酸按照一定的顺序通过肽 键连接成一长链，然后通过链内、链间的离子键、疏 水作用等多种作用力进行折叠卷曲形成一定的构象并 发挥其独特作用。氨基酸的排列顺序即蛋白质的一级 结构决定了蛋白质的高级结构及功能。 • 因此，分析蛋白质的氨基酸序列是进行蛋白质结构功 能研究中不可缺少的部分。
富含半胱氨酸多肽序列和结构分析
Funnel-web spider toxin Chinese bird spider toxin Funnel-web spider toxin Funnel-web spider toxin Funnel-web spider toxin Magus cone Magus cone Gymnema sylvestre
Insecticidal toxin Neuromuscular transmission blocker P-type calcium channel antaБайду номын сангаасonist Diverse ion channel specificity Sodium channel blocker P-type calcium channel antagonist P-type calcium channel antagonist Sweet taste repressor
富含半胱氨酸的抗菌肽的典型代表是defensin，最初发现的α-defensin来源于哺乳动物的 组织中，一般含有29 - 34个氨基酸残基，其中6个保守的半胱氨酸形成3个分子内二硫键， 此外，其第6位和第15位的精氨酸，第24位的甘氨酸也是保守的。α-defensin可形成3层 的β片层结构，通过3个二硫键和Arg6与Glu24之间的盐桥而被稳定。β-defensin比 α-defensin大一些，一般含有38 - 42个氨基酸残基。都含有3个二硫键和4 - 8个精氨酸。 defensin对革兰阳性菌的活性比革兰阴性菌强。defensin的活性比cecropin弱，并且通常 在低离子强度下起作用。昆虫defensin在C末端与α-defensin相似，但是只有两个β片层结 构，中间有一段α螺旋起稳定作用，主要对革兰阳性菌起作用，而对真菌没有作用。植 物defensin一般有45 - 54个氨基酸残基，可形成4个二硫键，3个β片层结构和一个α螺旋 结构。植物defensin一般只对真菌起作用而对细菌没有作用。不同植物defensin对真菌的 抗菌谱不同。thionin也是一类来源于植物的多肽抗生素，含有45 - 47个氨基酸残基，有 6个或8个半胱氨酸形成的3个或4个二硫键。其二级结构可形成2个反平行的α螺旋结构和 2个反平行的β片层结构。thionin抑制多种植物致病细菌和真菌，但是对假单胞菌属 从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛毒素-I（Huwentoxin –I）1QK6和美洲商陆抗菌蛋白1DKC 氨基酸序列，用needle程序进行序列比对，将结果填入下表：
例说多肽的推断方法
C55 H70 N10 O19 + ( x + y + z + w - 1) H2 O ,根据左右两边 C、
H、O、N 数分别相等 ,可得
2x + 3y + 9z + 5w = 55……………………………①
5x + 7y + 11z + 9w = 70 + 2 ( x + y + z + w - 1) ……②
中共有lo个n所以它是由lo个氨基酸之间缩掉9个h0而生成故该多肽是nh所以该多肽分子中侧链上拥有的一cooh数即相当于单体谷氨酸的分个未参与缩合反应的一cooh而分子中的conh一键相当于其单体缩聚时用掉了9个一cooh根据含0数可推得其侧链所含一cooh数为19肽水解后能生成4个谷氨酸
2005年第 3期 化 学 教 育
这 2个实例 ,完全跳出了以往对于技能型教学
这一点在课堂小组合作学习中非常重要 ,因为课堂 内容的“操练型 ”教学模式 。从教学实践来看 ,效果
上可供学生支配的时间是有限的 。 ④问题结论的明 比较好 。从中给我们的启示是 :对于技能型教学内
确性 。这是对以概念教学 、技能教学等有明确认知 容 ,教师完全可以把通常由教师直接给出的操作原
⑷案例
⑵问题内容的选择 合作学习的主角是学生 ,
[案例 1 ] 电子式的书写
合作方式主要是学生之间的共同交流讨论和汇总 。
教师事先准备一份阅读材料 ,包含了足够多的
从现实情况来看 ,课堂合作学习的问题主要还是由 各种类型的“电子式 ”的书写实例 ,并按“正确 ”和
教师提供的 。教师在确定某学习内容后 ,面临的问 “错误 ”分成两组 。教师布置给学生的问题为“分析
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2.根据以下实验结果推断一多肽链的氨基酸序列：
（1）酸水解测出的氨基酸组成为：2Ala,Arg,2Lys,Met,Phe,2Ser。
（2）用羧肽酶水解最先得到氨基酸为Ala；
（3）胰蛋白酶水解得四个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg；②Lys,Phe,Ser；③Lys；④Ala,Met,Ser。
（4）溴化氰水解得到两个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg, 2Lys,2 Met,Phe,Ser；②Ala,Ser。
（5）嗜热菌蛋白酶水解得两个肽段，其氨基酸组成如下：①Ala,Arg, Ser；②Ala, 2Lys,Met,Phe,Ser。
由(1)得知该多肽为九肽。
由(2)得知，羧基端为Ala。
由（3）得出有如下肽段：
①Ala-Arg；②（Phe-Ser）-Lys；③Lys；④（Met-Ser）-Ala 由（4）中的②和（2）知：Ser紧邻Ala。
结合(3)中的④可知C端：……Met-Ser-Ala————⑤
由（5）中的②和噬热菌蛋白酶的专一性可知：
……Phe（Ala，Lys，Met, Ser）————⑥
由⑤、⑥和（5）中②可知……Phe-Lys-Lys- Met-Ser-Ala————⑦
结合⑦，由（3）中①和②可知：⑦片段的N端：Ala-Arg-Ser 因此，本题答案：Ala-Arg-Ser-Phe-Lys-Lys- Met-Ser-Ala
噬热菌蛋白酶的专一性：水解N端连接Phe、Leu、Ile、Trp、Tyr、Val、Met的肽键，形成带有游离氨基的肽段。