本地Blast

本地Blast使用说明

一、软件的下载安装

1.1安装流程

建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc 是文档目录，这样就安装完毕了。

1.2 设置环境变量

右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。

二、查看程序版本信息

点击 Windows 的“开始”菜单下的“运行”，输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本，若能显示说明本地blast 已经安装成功。

三、使用

3.1本地数据库的构建

下载所需的数据（Fasta格式），将X 放到E：\blast\db 文件夹下，然后调出MS-DOS 命令行，转到E：\blast\db 文件夹下运行以下命令：格式化

数据库，命令为：

makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型（核酸：nul;蛋白：prot）-title database_title-parse_seqids -out database_name-logfile File_Name

格式化数据库后，创建三个主要的文件——库索引(indices)，序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列）或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd（或.nsi 和.nsd）中。

3.2核酸序列相似性搜索

blastn -db database_name -query input_file -out output_file

-outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos"

备注：qacc：查询序列Acession号；sacc：目标序列Acession号；

qstart qend：分别表示查询序列比对上的起始、终止位置；

sstart send：分别表示目标序列比对上的起始、终止位置；

length：长度； bitscore：得分； evalue：E-Value值；

pident：一致性； ppos：相似性

3.3 查看并获取目标序列：

blastdbcmd -db refseq_rna -entry 224071016 -out test.fa

可以从数据库中提取gi号为224071016的序列,并且以fasta格式存入文

件

3.4蛋白质序列相似性搜索

Blastp -db database_name-query input_file -out output_file

-outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos"

3.5 查看并获取目标序列：重复3.3