第二节 分子对接与虚拟筛选

二、计算机虚拟筛选技术
• 小分子三维数据库 1、剑桥结构数据库 是由剑桥大学的剑桥晶体数据中心提供的有关有机 分子晶体结构信息的三维结构数据库系统 2、国家癌症研究所数据库 3、ACD-3D数据库 是MDL数据库的一种，是用户检索化学品供应商和 价格信息的一种有效途径 4、DDR数据库 是MDL数据库库产品中的一种
第二节 分子对接与虚拟筛选
一、分子对接
• 分子对接是通过研究小分子配体与受体生物大分 子相互作用，预测其结合模式和亲和力，进而实 现基于结构的药物设计的一种重要方法。 根据配体与受体作用的“锁钥原理”，分子对接 可 以有效地确定与靶受体活性部位空间和电性 特征互补匹配的小分子化合物。
刚性对接 是指研究体系的构象的对接过程中不发生变化 半柔性对接 是指对接过程中研究体系中的配体构象允许在一定 范围内变化 柔性对接 是指研究体系在对接过程中构象可以自由变化
二维分子数据库
蛋白质结构
二、虚拟筛选的策略
三维结构转化结构 优化 质子化/电荷归属 结构优化
构想产生数据 归属
Fra Baidu bibliotek
确定结合位点
分子对接 打分 评价并选择分子 基于分子对接的虚拟筛选流程图 候选分子
三、虚拟筛选的意义及有关应用
意义：是针对每一个特定的靶标结构，可以在很短 时间内获得活性化合物的线索，将研究目标从几百 万个化合物集中到几百个化合物，大大提高了筛选 化合物的速度和效率，缩短新药研究的周期。 应用：制药公司使用了虚拟筛选，改变了传统高通 量筛选的生产模式，从原先的“体外筛选→体内筛 选”花费时间长，价格昂贵，转化为现在利用虚拟 筛选的生产模式，“虚拟筛选→体外筛选→体内筛 选→体化筛选”高效、快速、经济，应用与功能基 因组和化学生物学研究。