酶切位点识别序列

酶切位点（Restriction Enzyme cutting site）：DNA上一段碱基的特定序列，能够识别出这个序列并在此将序列切成两段。

可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，

有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WW

PCR引物设计时酶切位点的保护碱基表

不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）

保护碱基：当酶切位点在双链DNA的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断(简单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计时，在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上2、3个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是5‘ GCTAGCNNNNN……3’ 可以改成5‘ CAGGCTAGCNNNNN……3’ 呃……CAG是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量

注释

1.如果要加在序列的5’端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的

碱基（黑色），如果要在序列的3’端加上保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。

2.切割率：正确识别并切割的效率。

3.加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。