正确理解定量蛋白质组学
定量蛋白质组学研究技术
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四 针对性亲和标签技术
磷酸化蛋白质同位素标识亲和标签
➢ PHIAT技术是建立在ICAT技术基础上旳研 究和鉴定磷酸化蛋白质磷酸化位点旳新措施， 且对低丰度蛋白质旳鉴定有效。
➢ PHIAT试剂具有亲核旳巯基和同位素标签及 其共价结合旳生物素基团。
➢ 利用此措施已成功鉴定了酪蛋白和酵母提取 物旳磷酸化位点。
经 过 用 N-acetoxy-[2H3]-succinimide/ N-acetoxy-succinimide(NAS) 乙 酰 化 处 理酶解肽段，把同位素标签引入样本分 析体系中。NAS可标识必需氨基酸亲和 肽段旳N末端。因为肽段旳乙酰化位点 不一，被标识旳重链和轻链质量差也不 固定，给自动化分析带来了一定困难。
➢ 每一种试剂都涉及三部分：一种报告基 团（分子量分别为114u、115u、116u 和117u）、一种平衡基团（分子量分别 为31u、 30u、29u和28u）和一种与 肽段反应旳基团。
➢ 当我们需要同步比较四组不一样品时， 样品分别跟四种iTRAQ试剂结合，然后 混合在一起做质谱鉴定。
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♣ 可裂解同位素标识亲和标签
✓ 用13C/12C替代了2H/1H ✓ 使用了酸裂解连接子 ✓ 不同肽段质量相差9u或9u旳倍数 ✓ 亲和标签试剂由3部分构成
• 半胱氨酸特异性反应基团 • 含9个同位素13C或12C标签旳可裂解连接子 • 亲和纯化生物素
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学五种常用蛋白质组学定量分析方法对比。
百泰派克生物科技汇总介绍了五种常见定量蛋白质组学分析方法的优势和特点。
SWATH-MS数据可重复性研究。
SWATH在不同实验室间可重复性的研究。
这个研究统计了全世界11个不同的实验室中使用SWATH鉴定的数据重复度情况。
iTRAQ/TMT标签结构以及相对定量原理详解。
通过标记多组不同样品，iTRAQ和TMT能够同时比对正常组织样品和肿瘤组织样品的蛋白水平差异，以及精准检测肿瘤在发展的不同阶段的蛋白水平变化。
蛋白质定量技术及其在临床研究中的应用。
百泰派克采用高通量质谱平台提供蛋白质定量服务，包括定量蛋白质组学，蛋白质定量技术及其他蛋白质组学相关的服务。
百泰派克生物科技独立仪器分析平台，拥有多年蛋白质定量经验，竭诚为您服务。
蛋白组分析中dda和prm。
DDA和PRM是质谱不同的数据采集模式。
DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。
iTRAQ定量蛋白质组学。
iTRAQ蛋白质组学即iTRAQ定量蛋白质组学，是一种标记定量蛋白质组学，指利用iTRAQ标记技术和质谱技术对蛋白质组进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的iTRAQ定量蛋白质组学分析服务。
蛋白互作定量检测。
蛋白互作定量检测指对相互作用的蛋白质进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的SILAC与免疫共沉淀质谱联用的蛋白互作定量分析服务，可同时实现互作蛋白质组的定性和定量。
DIA蛋白质组学样品处理步骤。
DIA蛋白质组学指利用DIA技术（如SWATH）对样品中的蛋白质组进行检测分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DIA蛋白质组学分析服务和蛋白质样品制备服务。
功能蛋白质组学。
功能蛋白质组学是蛋白质组学的一部分，其主要目的是研究蛋白质的功能和生命活动的分子机制。
百泰派克生物科技提供基于质谱的功能蛋白质组学分析服务。
prm靶向定量蛋白质组学
prm靶向定量蛋白质组学
蛋白质组学是一种研究蛋白质的系统性方法，它不仅可以揭示蛋白质组中哪些蛋白质存在，还可以揭示蛋白质之间的相互作用和相互调节，以及蛋白质在细胞功能中的作用机制。
近年来，随着蛋白质组学技术的发展，prm靶向定量蛋白质组学
也逐渐成为一种普遍的蛋白质组学技术。
prm靶向定量蛋白质组学是一种高灵敏度的蛋白质组学技术，它采用了多种分析方法，有效地分离出大量的蛋白质，并对不同的蛋白质进行定量分析，从而获得蛋白质的组成和功能。
在这种技术的支持下，我们不仅可以发现哪些蛋白质存在，而且还可以发现不同蛋白质之间的相互作用和调节，从而深入了解蛋白质在细胞功能中的作用机制。
prm靶向定量蛋白质组学技术可以有效地解决蛋白质组学
困境，它可以有效地分离出大量蛋白质，并且比传统方法更加准确、高效。
它还可以通过定量分析获得蛋白质组成和功能，从而有助于我们更好地理解蛋白质在细胞功能中的作用机制。
另外，prm靶向定量蛋白质组学技术还可以用于研究药物的靶
向作用，从而可以有效提高药物研究的效率。
总之，prm靶向定量蛋白质组学是一种有效的蛋白质组学
技术，它可以有效地分离出大量的蛋白质，并且可以通过定量分析获得蛋白质的组成和功能，从而为我们更好地理解蛋白质在细胞功能中的作用机制奠定基础。
未来，随着科学技术的发
展，prm靶向定量蛋白质组学将为蛋白质组学研究提供更强的支持，揭示出更多的蛋白质组学信息。
蛋白组学蛋白定量值_概述说明以及解释
蛋白组学蛋白定量值概述说明以及解释引言部分的内容如下：1.1 概述：蛋白组学是研究生物体内所有蛋白质的组成、结构和功能的科学领域。
随着技术的发展，蛋白组学已成为生物医学研究中重要的一部分。
在蛋白组学研究中，蛋白定量值是一个关键概念，它可以用来描述不同样本中特定蛋白质的相对或绝对表达水平。
1.2 文章结构：本文将从以下几个方面来探讨蛋白组学蛋白定量值的概述以及解释。
首先，在第二部分将介绍什么是蛋白组学，并探讨蛋白定量值在其中的意义。
然后，我们将详细介绍与蛋白定量值相关的技术和方法。
接下来，在第四部分将进一步探讨蛋白定量值在生物医学研究和临床应用中的重要性，并通过实例分析展示其角色和相关发现。
最后，在结论与展望部分总结文章内容，并提供未来蛋白组学蛋白定量值研究的发展方向和挑战，同时给出对读者的启示和建议。
1.3 目的：本文的目的是概述和解释蛋白组学中的蛋白定量值，并介绍相关的技术和方法。
同时，我们将探讨蛋白定量值在生物医学研究和临床应用中的重要性，以及未来该领域可能面临的挑战。
通过本文，读者将能够了解到蛋白组学蛋白定量值在科学研究和医学实践中的关键作用，并为进一步开展相关研究提供参考和启示。
2. 蛋白组学蛋白定量值概述说明2.1 什么是蛋白组学蛋白组学是指研究生物体内全部蛋白质及其表达、结构、功能和调控的科学领域。
在过去几十年里，蛋白组学得到了长足的发展，并成为生命科学研究中一个重要的分支领域。
通过大规模研究与分析生物体内的蛋白质，我们可以深入理解细胞功能、信号通路、代谢途径以及疾病发展机制等关键过程。
2.2 蛋白组学中的蛋白定量值意义蛋白定量值是指对特定样本中不同蛋白质的含量进行测定和比较分析的结果。
通过准确测量和比较不同条件下样本中特定蛋白质的丰度水平，我们可以揭示细胞或生物体在生理或病理状态下基因表达与调控发生的变化，从而进一步了解相关信号通路以及与疾病相关的分子机制。
同时，对于药物发现和临床应用来说，准确测定蛋白质的定量值也对理解药物的作用机制和疗效评估具有重要意义。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学是一门研究蛋白质组含量及其变化的学科。
百泰派克生物科技提供基于质谱的定量蛋白组分析服务。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学，就是对一个基因组表达的全部蛋白质或者一个复杂混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量与鉴定。
定量蛋白组学是蛋白质组学研究的一个重要分支。
蛋白质的表达水平与生命活动息息相关，因此对蛋白质进行定量分析对阐明蛋白质的生物学功能和细胞的各种生物进程十分重要。
定量蛋白质组学研究技术
现在常用的蛋白质组定量的方法根据定量手段的不同可以分为荧光定量技术、蛋白质芯片技术和基于质谱的定量技术。
荧光定量技术是二维凝胶电泳技术与荧光染色技术相结合的一种技术，运用荧光染料标记蛋白质，在2D胶上进行分离和鉴定，按照荧光强度差异来比较蛋白量的变化。
蛋白质芯片技术是通过蛋白质芯片从待测样品中捕获配体后，利用激光共聚焦显微镜或质谱等检测技术进行蛋白质组定量分析的。
基于质谱的蛋白组定量技术通过比较具有相同离子化能力的蛋白或多肽的质谱峰强弱，可以对它们进行相对定量。
相对于其他技术，该技术不仅可以测定肽序列，而且可以准确定量蛋白质。
目前基于质谱的定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）两大类，其中标记的又可分为体内标记（如SILAC标记）以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。
定量蛋白质组学。
5蛋白组学定量蛋白质组学
d0/d4标记蛋白质N末端原理
HH H
H
HH
H
2
H
2
H4-Nic-NHS[1-(H4-烟酰氧基)琥珀酰亚胺] 四氘代 H4-Nic-NHS[1-(H4-烟酰氧基)琥珀酰亚胺]
23
MALDI-TOF mass spectrum of a peptide labeled with
succinic anhydride and deuterated succinic anhydride
36
–COOH羧基标记
通过对羧基酯化进行 标记
用H和D标记的甲醇酯 化标记，来定量研究 蛋白质表达量的差异
37
羧基酯化标记进行蛋白定量研究
比例＝2 : 1
38
缺点：
特异性不是很好，在C末端和Asp和 Glu残基上都有标记，且效率不均
采用的标记条件容易引起天冬酰胺 (Asn)和谷氨酰胺(Gln)的去酰胺
通过离子交换层析图 谱上峰的面积，可以 计算两种肽段的相对 量 0.88 : 1
35
MCAT优点
O-甲基异脲(O-methylisourea)对Lys残基εNH2的胍基化程度可以进行量上的控制
增加的质量（每个胍基42 Da）可以很容 易在MS上检测到
ε-NH2的胍基化修饰并不影响肽段的离子 化和带电荷程度
31
MCAT策略流程：定性
Lys只在Trypsin酶切后的末端，所以产生的b离子都没有被修饰；所有的y 离子带Lys，因此被修饰。
在MS/MS图谱上，所有的b离子是单一条带出现，所有的y离子是成对出现， 丰度比例一样，且相差同样的m/z。
容易区分b离子和y离子，容易读出氨基酸序列。
32
MCAT策略流程：定量
蛋白质质谱数据 绝对定量
基于MRM 的蛋白质组学实验流程
复旦大学
MRM 实验的设计、优化
1.目标蛋白质组的选择: 依据先前的实验或者是文献,以及 网络资源寻找赶兴趣的蛋白
2.目的肽段的选择：
（a）选择目标蛋白特有的多肽来监测 （b）离子化和碎裂好的肽段更易被检测，灵敏度高，优先选择 （c）确保所选的肽段的 m/z值与所用仪器质量范围相匹配 (6-20个氨基酸） （d）如果可能，尽量不要选用含有易被化学修饰或发生重排的氨基酸 (例如：M,C等）
Analytical Chemistry, 2004
复旦大学
2.基于电感耦合等离子体质谱测定元素的蛋白质绝对定量
磷酸化肽 段混合物 BNPP (内标） BNPP: bis(4-nitrophenyl) phosphate 与磷酸化肽段性质类似
混合物
HPLC–ICPMS
HPLC–ESIMS
I31P
tret/min MS/MS
不足： 用含磷的化合物BNPP作为内标， 在质谱上的响应与肽段的响应 还是会出现细微的差别，从而 给该方法的定量带来误差。
Angew. Chem. Int. Ed. 2007
复旦大学
3.非同位素标记的肽段用于蛋白质组的绝对定量
通过向样本中加入不同 浓度的标准人肌红蛋白 绘制标准曲线，曲线的 反向延长线与横坐标交 点的相应横坐标值即为 此方法测定的实际样本 中人肌红蛋白的绝对浓度
1053.6
1072.5764
1074.8
1089.5776
1096.0
100
1223.9
90
脱氨峰
80
70
% Intensity
60
50
40
30
silac定量蛋白质组学
SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）是一种定量蛋白质组学方法，利用稳定同位素标记氨基酸在细胞培养中进行蛋白质定量研究。
以下是SILAC定量蛋白质组学的基本原理和步骤：
1. 原理：
-SILAC利用稳定同位素标记前体氨基酸替代细胞培养基中的天然氨基酸。
-在不同条件下，分别使用含有正常氨基酸和稳定同位素标记的氨基酸的培养基培养细胞。
-标记的氨基酸会在细胞内代谢成稳定同位素标记的蛋白质。
2. 实验步骤：
-细胞培养：将细胞分成两组，一组在正常氨基酸培养基中培养，另一组在稳定同位素标记的氨基酸培养基中培养。
-细胞提取：收集培养的细胞，并提取蛋白质。
-混合和消化：将两组样品的蛋白质混合，并进行消化，一般使用胰蛋白酶将蛋白质消化成肽段。
-肽段分离：使用液相色谱等技术分离肽段。
-质谱分析：使用质谱仪进行肽段的定性和定量分析。
3. 数据分析：
-利用质谱数据分析软件对得到的质谱数据进行解析和比较。
-通过计算同位素标记和未标记肽段的峰面积比例或峰高比例，实现不同样品中蛋白质的定量比较。
-根据定量结果，进一步分析差异表达蛋白质在功能和通路上的富集和变化。
SILAC定量蛋白质组学方法具有高准确性和灵敏度，适用于研究细胞生物学、疾病研究和药物筛选等领域。
它可以提供关于差异表达蛋白质的定量信息，促进对蛋白质功能和分子机制的深入理解。
silac定量蛋白质组学
silac定量蛋白质组学【原创版】目录1.SILAC 定量蛋白质组学技术简介2.SILAC 技术的标记方法3.SILAC 技术的应用优势4.SILAC 技术的局限性5.SILAC 技术的未来发展方向正文一、SILAC 定量蛋白质组学技术简介SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture）定量蛋白质组学技术是一种用于蛋白质组学研究的稳定同位素标记技术。
该技术通过在细胞培养过程中使用标记氨基酸，实现对蛋白质的定量分析。
这种方法可以有效地区分不同蛋白质之间的差异，为研究蛋白质功能和调控机制提供有力手段。
二、SILAC 技术的标记方法最初，SILAC 技术使用的标记氨基酸是氚代甲硫氨酸和氘代甘氨酸。
随着技术的发展，现在常用的标记氨基酸有稳定性更好的同位素标记氨基酸，如 13C-赖氨酸、15N-赖氨酸等。
这些标记氨基酸在细胞培养过程中被蛋白质吸收，使得蛋白质中含有稳定同位素，从而实现蛋白质的定量分析。
三、SILAC 技术的应用优势1.高精度：SILAC 技术通过使用稳定同位素标记氨基酸，可以实现对蛋白质的精确定量，误差控制在 10% 以内。
2.高灵敏度：SILAC 技术具有较高的灵敏度，可以检测到低丰度蛋白质，为研究蛋白质功能提供更多信息。
3.可重复性：SILAC 技术在不同实验条件下具有较好的可重复性，可以为蛋白质组学研究提供可靠的数据支持。
4.广泛适用性：SILAC 技术可应用于不同类型的细胞和生物体系，为研究不同生物体系中蛋白质功能和调控机制提供有力手段。
四、SILAC 技术的局限性1.标记氨基酸的选择有限：目前常用的标记氨基酸有限，可能会影响某些特定蛋白质的定量分析。
2.实验操作较为复杂：SILAC 技术需要对细胞进行培养，并在培养过程中添加标记氨基酸，操作较为繁琐。
3.数据处理较为复杂：SILAC 技术需要对质谱数据进行同位素标记氨基酸的扣除，数据处理较为复杂。
Label-free、iTRAQ定量蛋白质组学技术
定量蛋白质组学分析定量蛋白质组学技术（Quantitative Proteomics）是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。
可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白，结合生物信息学揭示细胞生理病理等功能，同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。
目前定量蛋白质组学技术常见标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略。
定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括：Label Free定量蛋白组分析、SILAC与免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。
下面介绍两种比较常见的定量蛋白质组学技术。
iTRAQ定量蛋白质组学分析iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术是由美国应用生物系统公司ABI 研发的一种多肽体外标记技术。
该技术采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，而后进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。
iTRAQ技术特点：（1）不同样本标记之后混样，统一处理上机，减少了分别上机造成的实验误差，并利用同位素标签的丰度来检测，定量更准确，重复性更好；（2）由于需要标记试剂标记，因此成本相对较高；（3）通量高，在一次实验中最多可同时比较8个样品；（4）利用基于同一个参考样品的办法，可以进行多于8个样品的定量比较；（5）iTRAQ的覆盖度高、灵敏度高。
Label-Free定量蛋白质组学分析Label-Free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
蛋白质组学定量分析
蛋白质组学定量分析蛋白质组学定量分析蛋白质是生命的物质基础，是人类的第一营养素。
正常情况下，我们身体中约有20％-30％的蛋白质处于亚健康状态，即“营养不良”或“蛋白质缺乏症”，如缺铁性贫血、巨幼红细胞性贫血等，需要及时补充蛋白质以纠正贫血，预防疾病。
蛋白质在细胞中具有多种生物活性，参与细胞内各种生化反应。
比如肌肉收缩、神经传导、细胞间信息传递、激素的分泌和免疫应答等，以及调节机体代谢和提高免疫力等方面，均离不开蛋白质的功能。
人体中蛋白质总量约占人体重量的40％，是人体的支架和基石。
每天都有新的蛋白质加入到体内，它们是推动人体活动和保持健康必不可少的物质。
我们在食用蛋白质食品后，通过胃肠道消化吸收后进入血液循环系统，为组织细胞供给氨基酸、维生素和矿物质。
人体吸收的蛋白质不但数量变化很大，而且还包括了很多种氨基酸，所以可以说，蛋白质是一种全价的营养素。
多糖也是蛋白质复合体，主要成分为粘多糖，是一类重要的膳食纤维来源。
多糖是具有水溶性或者部分水溶性的单糖、双糖、寡糖等低聚糖类，以淀粉、果胶、树胶等最为常见。
有些多糖能直接作为食品添加剂，但多糖的添加一般不宜超过1%。
一些细菌与病毒的分子构造很特别，难以被人体消化吸收，因此容易残留于肠道、尿道、阴道等部位，而引发泌尿系统炎症、妇科炎症和男性前列腺疾病等。
细菌性疾病的发生是和我们日常的饮食习惯密切相关的，食用了被大肠杆菌、幽门螺旋杆菌等污染的食物，会增加患病几率。
另外，口腔清洁不彻底、牙龈肿痛、龋齿等问题都是导致慢性牙周炎、蛀牙的诱因。
每个蛋白质复合体都是由若干个氨基酸聚合而成的，氨基酸的含量决定了蛋白质的生理活性。
例如，赖氨酸能够通过调节蛋白质的摄入、输送、利用等达到抗脂质过氧化的目的。
赖氨酸也被称为人体必需氨基酸，是所有活细胞中含量最丰富的氨基酸。
因此，如果缺乏这种氨基酸，则会影响其他氨基酸在体内的吸收和代谢。
当然，我们日常食物中的蛋白质大都是混合氨基酸，所以一般不用担心营养不良的问题。
DIA定量蛋白质组学
DIA定量蛋白质组学DIA（data-independent acquisition）指数据非依赖型扫描模式，是基于静电场轨道阱Orbitrap一种全息式的质谱数据采集模式。
DIA在一级质谱检测后，会对特定质荷比范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速依次扫描相邻的母离子宽口内的所有碎片离子，从而进行蛋白的定性和定量。
相对于DDA（数据依赖性的扫描模式），DIA具有更好的准确性和可重复性。
SWATH技术就是一种DIA技术，综合了shotgun蛋白组学高通量检测的特点与PRM精准定量分析的优势，能够对复杂样品中几乎所有可检测的分子进行定量测定。
百泰派克生物科技DIA定量蛋白质组学服务采用AB SCIEX Triple-TOF 5600 plus高分辨质谱系统，具有快速扫描速度和串联四极杆质谱系统的定量灵敏度能力，集质谱系统的高分辨、准确质量数稳定性、高灵敏度和高速度扫描特点于一身，您只需要将您的样品寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。
DIA定量蛋白质组学分析流程应用领域可应用于农林、环境、食品和医药等各种生物科学研究中构建生物样本信息库、发现生物标志物等。
中/英文项目报告在最终的技术报告中，百泰派克会为您提供详细的中英文双语版技术报告，报告包括：1. 实验步骤（中英文）2. 相关的质谱参数（中英文）3. 质谱图片4. 原始数据5. 蛋白差异水平分析6. 生物信息学分析DIA定量蛋白组学一站式服务您只需下单-寄送样品百泰派克一站式服务完成：样品处理-上机分析-数据分析-项目报告How to order?关于百泰派克北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）成立于2015年，是国家级高新技术企业，业务范围主要围绕蛋白和小分子代谢物检测两大板块，从事蛋白质和小分子代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务，为客户提供高性价比、高效率的技术服务。
蛋白质组学定量分析的方法
蛋白质组学定量分析的方法
蛋白质组学定量分析的方法主要有两种：定性分析和定量分析。
1. 定性分析：常用的定性分析方法有蛋白质质谱技术，如蛋白质液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）。
这些方法能够对样品中的蛋白质进行分离、鉴定和定性分析，可以确定蛋白质的氨基酸序列和特定的修饰情况。
2. 定量分析：常用的定量分析方法有标记蛋白质定量和非标记蛋白质定量。
标记蛋白质定量方法包括同位素标记法和化学标记法。
同位素标记法主要包括稳定同位素标记法（如氘代谱标法）和放射性同位素标记法（如放射性同位素测量法）。
化学标记法主要包括功能分子标记法（如荧光标记法和生物素标记法）和反应性标记法（如对硝基苯甲酸标记法和丙煮醛标记法）。
非标记蛋白质定量方法常用的有相对定量法和绝对定量法。
相对定量法主要通过蛋白质相关的性质，在样品中不同蛋白质的含量所具有的差别来进行定量。
常用的相对定量方法有比较蛋白质的荧光标记法、差减荧光凝胶法和差异凝胶电泳法等。
绝对定量法主要使用内标法，通过加入已知浓度的内标蛋白质来计算目标蛋白质的浓度。
常用的绝对定量方法有多重反应监测法（MRM）和定量蛋白质标准曲线法等。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学定量蛋白质组学hplc2-液色迷人蛋白质组学研究的核心内容是蛋白质的动态变化和动态行为，即蛋白质的动态表达、动态定位、动态修饰和动态相互作用等，最终的研究目的是以大规模的尺度研究细胞内蛋白质的功能，这种研究要走向成熟必然要脱离对蛋白质的简单鉴定，实现对蛋白质的表达水平及其存在形式变化的检测。
因此，定量技术应该说是整个蛋白质组学的精华部分。
而这种定量通常不必是检测蛋白质在细胞内的绝对含量，而只需对其相对含量进行定量即可。
目前，蛋白质组研究中应用的比较成熟和可信的定量策略和方法主要有两种。
一种是基于传统双向凝胶电泳及染色基础上的定量，另外一种是基于质谱检测技术的定量。
1、基于双向凝胶电泳及其染色的蛋白质组学定量技术建立在传统的双向凝胶电泳和染色基础上的定量方法，通过比较不同胶上蛋白质点的染色强度来进行相对定量。
现有的染色方法包括银染、考马斯亮蓝染色，还有最新的荧光燃料。
染色在显示蛋白质的存在的同时，还提供了其表达水平的信息。
传统的双向凝胶电泳（Two-dimensional electrophoresis，2-DE）技术由O’Farrell和Klose等人于1975年建立。
第一向为等电聚焦（Isoelectrofocusing，IEF），使蛋白质根据等电点不同进行分离，第二向为SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-polyacrylamide gel electrophoresis，SDS-PAGE），即将等电聚焦后的胶条放在SDS-PAGE上再根据蛋白质分子量不同进行电泳分离。
由于具有高分辨率的特点，双向凝胶电泳在蛋白质组学的研究当中始终占据着重要的地位。
现在的双向凝胶电泳技术第一向利用固相pH梯度（Immobilized pH Gradient，IPG）等电聚焦技术，具有上样量大、分辨率高、重复性好等优点，并且可以提供蛋白质的等电点（pI）和分子量（MW）数值信息，有助于蛋白质的鉴定，而且双向凝胶电泳胶上常见的isoform多是蛋白质翻译后修饰的结果，对于这些蛋白质点的分析有助于了解对蛋白质功能影响重大的翻译后修饰。
定量蛋白质组学研究技术
定量蛋白质组学研究技术质谱法是一种使用质谱仪来分析蛋白质的方法。
它可以通过测量蛋白质分子的质量和电荷比例，来确定蛋白质的存在和数量。
质谱法有多种不同的变体，包括质谱法，液相色谱质谱法（LC-MS），以及多反应监测质谱法（MRM）。
这些方法结合了高效液相色谱（HPLC）和质谱仪，可以实现高通量的蛋白质分析，同时还可以检测蛋白质的修饰和亚细胞定位。
标记法是一种通过引入标记分子来量化蛋白质的方法。
常用的标记分子包括放射性同位素、生物素、荧光染料和金纳米颗粒等。
这些标记分子可以与蛋白质特定的官能基结合，并通过测量其信号强度来定量蛋白质的存在和数量。
标记法适用于大规模的蛋白质组学研究，可以同时测量大量的样品。
免疫法是一种使用抗体来定量蛋白质的方法。
这种方法通过引入与特定蛋白质结合的抗体，然后使用荧光或酶作为信号分子，来测量蛋白质的数量。
免疫法可以用于分析特定蛋白质或蛋白质家族的表达和定量。
同时，由于抗体具有高度的特异性，免疫法还可以用于检测蛋白质的修饰和亚细胞定位。
除了上述常用的方法，还有一些新兴的定量蛋白质组学研究技术。
例如，双重标记代谢组学（DIA）是一种结合了质谱法和标记法的新方法，可以同时测量整个蛋白质组的表达和修饰。
单细胞蛋白质组学是一种用于分析单个细胞蛋白质组的技术，可以揭示细胞间的异质性和复杂性。
总之，定量蛋白质组学研究技术是一种重要的工具，可以帮助我们更深入地了解生物体内蛋白质的存在和功能。
这种技术可以通过多种方法实现，包括质谱法、标记法和免疫法等。
随着技术的发展，新的定量蛋白质组学研究技术也在不断涌现，将为蛋白质组学研究带来更多的机会和挑战。
iTRAQ定量蛋白质组学分析
百泰派克生物科技
iTRAQ定量蛋白质组学分析
iTRAQ定量蛋白质组学是一种基于体外等质量同位素标签研究蛋白质组相对和绝对
定量的技术，可分析不同样本中的蛋白质组成差异。
iTRAQ技术利用4-8种不同的
同位素试剂标记酶解后的肽段氨基（即氨基酸N-末端和赖氨酸侧链基团），经过液
相色谱串联质谱技术检测得到一级质谱图和二级质谱图，解析质谱数据可实现4-8
种不同样品间蛋白质的定量检测，是蛋白质组学常用的高通量定量技术。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，Orbitrap Fusion质谱平台，Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供
TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白组学分析服务，您只需要将实验目的告诉我们并
将样品寄出，我们会负责项目后续所有事宜，包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。
正确理解定量蛋白质组学
正确理解定量蛋白质组学上期分享的蛋白组学内容，是不是有些小伙伴还绕在云里雾里呀？这次，小编用实例说话，帮您梳理清楚。
Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Count，简称SC）和基于肽段母离子强度（或色谱离子流的峰面积即XIC）两种方法，后者更准确，使用更广泛。
技术特点无需标记，操作简单；不受比较样品数限制；对实验操作稳定性、重复性要求高；准确性较标记定量差；要求至少做三次技术重复或生物重复。
适用范围适合大样本量的定量比较；对无法用标记定量实现的实验设计，易用label-free技术；经典案例题目：Label-free global serumproteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins infamilial adenomatous polyposis patients（利用Label-free定量技术进行家族性腺瘤息肉病患者血清的全蛋白质组分析，寻找Celecoxib调控蛋白）期刊：Cancer genomics proteomics主要技术：Label-free定量文章摘要：Celecoxib是一种环氧合酶选择性抑制剂，能够对患有预防家族性腺瘤性息肉病（FAP)和散发性大肠癌的病人进行防治。
为了识别其具体的作用机制，本文采用多维色谱分离方法结合电喷雾串联质谱，使用Label-free定量技术，比较经Celecoxib 处理前、后血清样品的蛋白质组表达量差异。
发现了83个可能为Celecoxib响应的表达量显著差异蛋白。
通过Western blotting方法，在FAP病人和结肠直肠癌细胞系中进一步确认了一些Celecoxib调控蛋白，为进一步进行Celecoxib作用机制的大规模临床试验奠定了基础。
定量蛋白质组学分析方法及应用
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简述定量蛋白质组学技术
定量蛋白质组（quantitative proteomics）是把一个基因组所表达的全部蛋白或者是一个复杂体系所有的全部蛋白进行鉴定和定量的方法。
蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程都有重要影响。
例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。
发展至今，传统的基于双向电泳的2D和2D-DIGE技术正在逐渐被基于NanoLC-MS/MS的液质联用技术取代；后者需要的样品量更少（25ug蛋白），灵敏度更高（ng级），通量也更高（一次分析可以鉴定和定量超过5000种蛋白）。
定量蛋白质组学常见技术如iTRAQ/TMT、Label Free、三类定量方法，百泰派克均可为您提供服务。
在这里我们给大家简要介绍一下这三种定量蛋白质组学方法：iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术分别由美国AB Sciex公司和Thermo Fisher公司研发的多肽体外标记定量技术。
该技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。
分析原理iTRAQ/TMT标签包括三部分，如下图：1. 报告基团（reporter group）：指示蛋白样品丰度水平。
2. 平衡基团（balance group）：平衡报告基团的质量差，使等重标签重量一致，保证标记的同一肽段m/z相同。
3. 肽反应基团（amine-specific reactive group)：能与肽段N端及赖氨酸侧链氨基发生共价连接，从而标记上肽段。
来自不同样品的同一肽段经试剂标记后具有相同的质量数，并在一级质谱检测（MS1）中表现为同一个质谱峰。
当此质谱峰被选定进行碎裂后，在二级质谱检测（MS2）中，不同的报告基团被释放，它们各自的质谱峰的信号强弱，代表着来源于不同样品的该肽段及其所对应的蛋白的表达量的高低。
无标记定量蛋白质组学
3.4绿色植物是生物圈中有机物的制造者导学案【学习目标】1.说出绿色植物通过光合作用制造有机物2.通过实验探究，证明绿叶在光下制造淀粉3.说出植物通过光合作用制造的有机物对于自身和生物圈的重要意义【课堂导学】学习目标一、绿叶在光下制造有机物一、实验目的1 ：检验绿叶在光下制造的有机物是不是淀粉。
1.如何检验是否有淀粉？2.能直接滴加碘液吗？为什么？3.如何去除叶片的绿色？4.酒精是否会对碘液鉴定淀粉造成影响呢？该怎么操作？二、实验目的2 ：探究光是不是绿叶制造有机物必不可少的条件。
1.提出问题：？2.作出假设：。
3.制定计划并实施计划：在本探究实验中，实验变量是，因此要设置和两种环境。
4.实验结果与结论实验结果：滴加碘液后，叶片见光部分，遮光部分。
实验结论：光合作用的产物是；是光合作用制造有机物必要条件。
三、实验目的3：银边天竺葵的银边，进行上述实验后，会不会变蓝？总结归纳：叶绿体，既是产生的“车间”；也是将转变为的“能量转换器”。
学习任务二、有机物用来构建植物体光合作用制造的有机物经运输到植物体各处的细胞，一方面为细胞的生命活动提供，并参与，进而构成组织、器官，直至整个植物体。
学习任务三：绿色植物制造的有机物养育了生物圈中的其他生物绿色植物作为生物圈中的，他们制造的有机物，通过和，养育了生物圈中的其他生物。
课堂练习：根据图“绿叶在光下制造有机物”的实验步骤，回答问题。
（1）步骤③的目的是。
（2）步骤⑥的目的是，经过此步骤后，叶片呈现色。
（3）步骤①中对某一叶片进行了部分遮光处理，经过一系列操作之后，如步骤②中的叶片所示，该叶片中的1部分未变蓝，2部分变蓝，这说明遮光处理时，遮盖的部分是 (填序号)，由此可以得出结论：是光合作用不可缺少的条件。
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正确理解定量蛋白质组学上期分享的蛋白组学内容，是不是有些小伙伴还绕在云里雾里呀？这次，小编用实例说话，帮您梳理清楚。
Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Count，简称SC）和基于肽段母离子强度（或色谱离子流的峰面积即XIC）两种方法，后者更准确，使用更广泛。
技术特点无需标记，操作简单；不受比较样品数限制；对实验操作稳定性、重复性要求高；准确性较标记定量差；要求至少做三次技术重复或生物重复。
适用范围适合大样本量的定量比较；对无法用标记定量实现的实验设计，易用label-free技术；经典案例题目：Label-free global serumproteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins infamilial adenomatous polyposis patients（利用Label-free定量技术进行家族性腺瘤息肉病患者血清的全蛋白质组分析，寻找Celecoxib调控蛋白）期刊：Cancer genomics proteomics主要技术：Label-free定量文章摘要：Celecoxib是一种环氧合酶选择性抑制剂，能够对患有预防家族性腺瘤性息肉病（FAP)和散发性大肠癌的病人进行防治。
为了识别其具体的作用机制，本文采用多维色谱分离方法结合电喷雾串联质谱，使用Label-free定量技术，比较经Celecoxib 处理前、后血清样品的蛋白质组表达量差异。
发现了83个可能为Celecoxib响应的表达量显著差异蛋白。
通过Western blotting方法，在FAP病人和结肠直肠癌细胞系中进一步确认了一些Celecoxib调控蛋白，为进一步进行Celecoxib作用机制的大规模临床试验奠定了基础。
图：Apo A-II蛋白中特征肽的定量结果比较注：AB为处理前，CD为处理后Fatima N,Chelius D et al. Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients. Cancer genomics proteomics.文献来源：Fatima N, Chelius D, Luke BT, Yi M, Zhang T, Stauffer S, Stephens R,Lynch P, Miller K, Guszczynski T et al: Label-free global serumproteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins infamilial adenomatous polyposis patients. Cancer genomicsproteomics 2009, 6(1):41-49.iTRAQ定量iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation，同重同位素标签标记的相对和绝对定量)技术也是目前定量蛋白质组学中应用最广泛的技术。
iTRAQ试剂分为报告基团、平衡基团和肽反应基团。
报告基团共有8种（113、114、115、116、117、118、119、121 Da)。
肽反应基团能与肽链N端及赖氨酸侧链发生共价链接，从而将报告基团和平衡基团标记在肽段上；平衡部分质量分别为192~184，与报告部分相加正好为305。
在一级质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。
在二级质谱中，iTRAQ试剂中的平衡基团发生中性丢失，信号离子表现为不同质荷比(113~121) 的峰，根据波峰的高度及面积，可以得到同一蛋白在不同样本中的表达差异；同时，肽段的MS/MS结果结合数据库检索可以鉴定出相应的蛋白种类。
技术特点灵敏度高：可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等；分离能力强：可分离出酸/碱性蛋白，小于10K或大于200K的蛋白、难溶性蛋白；高通量：可同时对8个样本进行分析，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析；结果可靠准确：定性与定量同步进行，同时得出鉴定和定量结果。
自动化程度高：液质连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。
适用范围适用于任何类型的样本；一次最多能标记8个样本；经典案例题目：A tumour suppressor network relying on the polyamine-hypusine axis（一种基于多胺Hypusine轴（Polyamine-hypusine axis）的新型肿瘤抑制网络）期刊：Nature主要技术：iTRAQ定量文章摘要：为寻找淋巴瘤的抑癌基因，首先通过筛选短发夹RNA文库的方法，识别出一些抑制后会引起小鼠淋巴瘤模型肿瘤扩增的基因。
然后采用iTRAQ定量技术对两个有意义的淋巴瘤抑癌基因——AMD1和Eif5A的表达调控进行研究，发现这两个基因都与Hypusine(Hypusine是一种独特的氨基酸，由一种高保守途径产生的多胺代谢产物)相关。
通过进一步的二次筛选，确定了多胺Hypusine轴的新型抑癌基因网络，这一网络能调控细胞凋亡。
图：iTRAQ定量流程和蛋白质比值分布图Scuoppo C, Miething C et al. A tumour suppressor network relying on the polyamine-hypusine axis. Nature.文献来源：Scuoppo C, Miething C, Lindqvist L, Reyes J, Ruse C, AppelmannI,Yoon S,Krasnitz A, Teruya-Feldstein J, Pappin D et al: A tumoursuppressor network relying on the polyamine-hypusine axis. Nature2012, 487(7406):244-248.SILAC定量SILAC（Stable Isotope Labeling Strategies,稳定同位素标记技术）为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。
SILAC的基本原理是分别用天然同位素(轻型)或稳定同位素(中性或重型)标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸，细胞经5-6个倍增周期后，稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中替代了原有氨基酸。
不同标记细胞的裂解蛋白按细胞数或蛋白量等比例混合，经分离、纯化后进行质谱鉴定，根据一级质谱图中两个同位素型肽段的面积比较进行相对定量，属于体内代谢标记法。
技术特点高效性：SILAC是体内标记技术，标记效率可高达100%；定量精确，线性范围广，降低由于样品制备、实验操作和仪器设备造成的实验误差，定量重复性好；体内代谢标记与SDS-PAGE或色谱分离技术相结合，兼容疏水性蛋白和偏碱性蛋白，不受蛋白性质限制；由于该技术属于体内标记，标记效果稳定，其标记效率不受裂解液的影响，不仅适合于进行全细胞蛋白的分析，还适合于膜蛋白的鉴定和定量；与化学标记相比，SILAC方法蛋白需要量明显减少，通常每个样品只需要几十微克的蛋白量；活体标记，更接近样品真实状态；相容性：可以对多种在DMEM或RPMI 1640培养基中能够培养的细胞或细菌中表达的蛋白进行标记。
适用范围只适用于活体培养的细胞，对于生物医学研究中常用的组织样品、体液样品等无法分析。
经典案例题目：Proteome-wide Mapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells（采用甾醇探针结合SILAC定量技术在哺乳动物细胞中分析胆固醇-蛋白质相互作用）期刊：Nat Methods主要技术：SILAC定量文章摘要：胆固醇是细胞膜的重要结构成分，也是前体的信号分子，在很大程度上通过与蛋白质的特异性相互作用调控参与发挥其作用。
本文采用可点击的光敏甾醇探针结合SILAC蛋白质组定量技术直接在活体细胞中全面解析了胆固醇-蛋白相互作用。
最终确定了超过250个胆固醇结合蛋白，包括受体、通道蛋白和涉及许多已建立和之前未报告相互作用的酶。
新发现的蛋白质相互作用中最突出的是调节糖、甘油脂和胆固醇本身以及参与囊泡运输和蛋白质糖基化和降解蛋白质的酶。
这些蛋白指向关键节点的生化途径，说明甾醇浓度和其他代谢物的控制可能和蛋白定位以及修饰高度相关。
图：实验基本流程图：胆固醇生物合成通路注：黑色字符蛋白表示没有鉴定Jonathan J et al. Proteome-wide Mapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells.Nature methods.文献来源：Jonathan J, Armand B, Micah J, Sarah E, Benjamin F: Proteome-wideMapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells.Nature methods, 2013 March;10(3):259-264.SW ATH定量SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical Mass Spectra）是瑞士苏黎世联邦理工学院的RuediAebersold博士及其团队与AB-SCIEX于2012年联合推出的一项全新的质谱采集模式技术，是MS/MSALL技术的一种扩展。
它将扫描范围划分为以25 Dalton为间隔的一系列区间，通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息。
技术特点灵敏度高：SWATH技术继承了MRM的数据采集模式，结合高分辨率的AB sciex Triple TOF-plus，具有与MRM相当的灵敏度；可重现性高：重复样品间的定量相关性可达0.99以上；线性动态范围广：定量范围可跨越4个数量级；通量大：一次实验可检测到2000种以上蛋白并定量。