【培训课件-临床基因组学】_第五章 染色体微阵列分析-MYX-广州医学大学

第五章 染色体微阵列分析Chromosomal Microarray Analysis, CMA
CMA的技术原理
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Contents
目录
CMA相关的基本概念和术语CMA的实验流程
临床案例
l孕18周，产前超声显示胎儿羊水量
多，侧脑室增宽（16mm，正常值小于等于10mm），宫内发育迟缓，心脏强回声
l应该采用什么样的产前诊断方法？
羊水染色体核型分析结果：
46，XX 未检测到异常
羊水CMA 结果：
chr4p16.3区域 del CNV 大小：3.9Mb
Wolf-Hirschhorn 综合征(WHS)。

发生率为1/50 000，男女患者比例为1:2。

临床表现：特殊面容，严重的生长发育迟缓，智力低下，癫痫。

可伴有心脏缺损，脊柱弯曲及骨骼系统发育不良等症状。

拷贝数变异Copy number variation(CNV)基因组上的结构变异，包括缺失和重复。

总长度
占基因组的13%，大小从1kb到几Mb不等。

举例：
正常基因组顺序 A-B-C-D
a duplication of "C" A-B-C-C-D
a deletion of "C" A-B-D
拷贝数变异CNVs
l不同的CNV对于人类表型有不同的影响，这主要取决于CNV的大小和位置。

l一般来说，大片段CNV可影响多个基因，其致病性则较强；而小片段CNV累及基因数少，其致病性则较弱。

l在人类基因组中，1-10Kb大小的CNV发生频率最高，500Kb以内的CNV占65-80%，大于1Mb的CNV约占1%。

累及外显子区的CNV致病性较强，累及内含子区的CNV致病性较弱。

l CNV的致病性分析非常复杂，往往不能简单根据其大小和位置判断，需要进一步生物信息学分析和功能验证。

DECIPHER: Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources. Firth, H.V. et al (2009). Am.J.Hum.Genet 84, 524-533 (DOI: /10/1016/j.ajhg.2009.03.010)
Database Statistics 19,014
open-access patient records
52,879
phenotype observations in these patients 27,638
open-access copy-number variants。