Linux环境下MPICH安装指南
openfoam mpi编译
OpenFOAM是一个由英国OpenCFD公司开发的开源计算流体力学软件。
它采用C++编程语言，可以在Linux操作系统上运行。
OpenFOAM具有模块化的结构，使得用户可以方便地定制和扩展其功能。
为了加快计算速度，OpenFOAM还支持MPI并行计算。
MPI（Message Passing Interface）是一种用于编写并行程序的标准。
使用MPI，用户可以在多个处理器上同时执行程序，从而加快计算速度。
在OpenFOAM中，MPI被用于加速求解大规模计算流体力学问题的速度。
在本文中，我们将介绍如何在OpenFOAM中使用MPI进行编译。
一、安装MPI库我们需要安装MPI库。
在Linux系统中，MPI一般通过包管理器进行安装。
以Ubuntu系统为例，可以使用以下命令安装MPI库：sudo apt-get install mpich二、配置MPI环境安装完MPI库后，需要配置MPI环境。
在OpenFOAM中，MPI的配置是通过修改OpenFOAM的环境变量来实现的。
我们需要找到OpenFOAM的安装路径，然后在用户目录下找到.bashrc文件，在其中添加如下行：export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPIexport WM_COMPILE_OPTION=mpi其中，WM_MPLIB指定了使用的MPI库，这里我们使用了OpenMPI；WM_COMPILE_OPTION指定了编译选项为MPI。
三、进行编译配置完成后，就可以进行编译了。
需要清理之前的编译结果，可以使用以下命令进行清理：wclean all进行新的编译：wmake这样就可以在OpenFOAM中使用MPI进行编译了。
四、检查编译结果需要检查编译结果是否正确。
可以通过运行一个包含MPI并行计算的例子来验证编译是否成功。
如果例子能够正确运行并且加速效果明显，说明MPI编译成功。
总结通过本文介绍，我们了解了如何在OpenFOAM中使用MPI进行编译。
基于Linux的MPI并行环境的配置
ＭＰＩ简介
ＭＰＩ（Ｍｅｓｓａｇｅ
Ｐ鹪ｓｉｎｇ
“ｐｉｃｈ一１．２．６．ｔⅡ．ｆ５ｚ／（／表示ｅｎｔｅｒ键操作）。
（３）解包ｔａｒ—ｘｖｆｍｐｉｃｈ—１．２．６／。 Ｉｎｔｅｄ如ｅ）的定义是多种 （４）进人解压缩解包后的目录。ｃｄ ２．６／。 （５）安装ｍｐｉｃｈ一１．２．６。在此我ｍｐｉｃｈ—１．２．６
ｍｐｉｃｈ—Ｉ．
多样的，但不外乎下面三个方面的内容，他们限定 了ＭＰＩ的内涵和外延： （１）ＭＰＩ是一个库，不是一种语言。按照并行 语言的分类，可以把在Ｆ０ｎｒａＩｌ或ｃ上实现的ＭＰＩ 看作是在串行程序的基础上扩展后得到的并行语 言。ＭＰＩ可以看作是Ｆｏｒｔｒａｎ或Ｃ语言的函数库的 调用，它遵守所有对库函数／过程的调用规则，与一 般的函数／过程调用没什么区别。 （２）ＭＰＩ足一种规范或标准的代表，而不特指 某一个对它的具体实现。 （３）ＭＰＩ足一种消息传递模型，并成为这种编 程模型的代表和事实上的标准。ＭＨ主要和最终 的目的都足服务于进程间通信。 ＭＰＩｃＨ是一种重要的ＭＰＩ实现，本文主要配置
行的并行程序的同一目录下）。
ｖｉ
ｃｏ曲ｇ／
进程名
０ １ ｌ
小结
本文比较详细地叙述了在ｂｎｕｘ环境下如何
其中文件的格式为： 主机名 比如：
ｈｐｃｌ ｈｐｃｌ ｈｐｃｌ ／ｕｓｒ／ｈｏｍｅ／ｐ’ｏｇ ／ｕｓｒ／ｈｏｍｅ／ｐ’０９
路径名
配置ＭＰＩ，以实现多机的并行运行，或者单机情况
下以多进程来模拟多机并行计算。需要明确的是， 本文只是搭建了一个并行环境编写与运行的软件
一１．２．６／ｂｉｎ。
（８）检查安装是否成功。可以运行ｍｐｉｍｎ／ （安装成功会显示商ｓｓ
实验1-1 虚拟机下redhat配置安装mpich过程
用putty工具连接上linux，配置安装mpich：首先要保证安装了gcc工具和gcc-c++工具，另外我的安装用的是root用户，不是mpi用户。
Root用户权限最高，在虚拟机里面我们可以只使用root用户1、导入镜像文件，在红色区域处：光标置于红色区域处如图所示：2、挂在光盘镜像文件：先创建挂载目的路径：挂载光盘镜像文件：3、切换到安装文件的Packages目录：4、安装gcc工具：报告错误，需要安装依赖包5、安装相应依赖包：6、安装gcc-c++工具：7、创建/usr/mpich2目录进入mpich2目录，生成配置文件：8、编译安装mpich2：（未安装make工具）9、安装make工具：10、重新编译安装mpich2：如果make不成功的话，执行下面操作进行重新配置：然后再执行make命令进行重新编译。
11、安装mpich2:12、配置环境变量，编辑.bashrc文件，在文件末尾添加如红色区域内容，命令为：vi ~/.bashrc12、使配置文件生效：13、创建mpich的配置文件，并修改其属性：14、编辑mpich配置文件，添加如下内容：15、为mpich的master节点创建一个包含集群机器名的文件，并添加入主机名：16、单机模式下启动守护进程，进行本地测试（加上&表示在后台启动）（数字为进程号）17、查看启动节点：18、运行测试本地示例：19、单机关闭守护进程（两种方法）：方法一：指定mpd的ID号（通过mpdtrace -l命令查看）方法二：直接执行mpdallexit命令20、参照上面步骤，在另一台linux机器里面配置安装mpich21、启动mpich集群，检测如下报407号错误：22、source一下.bashrc文件，再次启动报告415号错误：23、关闭防火墙：24、启动mpich集群，成功：25、查看启动节点：26、在集群上运行测试示例：（可以看出集群上计算所得的PI值误差<Error值大小>比单机计算所得的PI值误差小）三、若要编译fortran程序，还需安装fortran编译器（redhat linux 6自带的fortran编译器为gfortran编译器），安装步骤如下：1、进入挂载上的光盘目录，进入软件安装包目录，用下面的命令查看gfortran安装包：2、选择gfortran的两个安装包进行安装，如下：3、查看mpich目录，存在了fortran编译器：4、但gfortran编译器默认支持fortran90，因此修改fortran程序：（注意fortran90与fortran77不同的地方，如红色区域）5、编译fortran程序：6、运行fortran程序：。
如何在Linux上安装和配置PostgreSQL数据库
如何在Linux上安装和配置PostgreSQL数据库PostgreSQL是一个强大的开源关系型数据库管理系统，广泛应用于各种大型企业和Web应用程序。
本文将介绍如何在Linux操作系统上安装和配置PostgreSQL数据库。
1. 安装PostgreSQL数据库首先，需要使用适当的包管理工具在Linux系统上安装PostgreSQL。
在大多数基于Debian的系统（如Ubuntu）中，可以使用以下命令安装：```sudo apt-get install postgresql```对于基于Red Hat的系统（如CentOS），可以使用以下命令安装：```sudo yum install postgresql-server```2. 初始化数据库集群安装完成后，需要初始化一个数据库集群。
在命令行中执行以下命令：```sudo postgresql-setup initdb```该命令将在系统中创建一个空的数据库集群。
3. 启动PostgreSQL服务启动数据库服务，可以使用以下命令：```sudo systemctl start postgresql```4. 配置访问权限为了保护数据库的安全性，需要配置适当的访问权限。
默认情况下，PostgreSQL只允许本地主机访问。
要允许远程访问，需要编辑主配置文件`postgresql.conf`。
```sudo nano /etc/postgresql/<version>/main/postgresql.conf```找到以下行：```#listen_addresses = 'localhost'```将其改为：```listen_addresses = '*'```保存更改并关闭文件。
然后，打开`pg_hba.conf`文件：```sudo nano /etc/postgresql/<version>/main/pg_hba.conf```在文件的底部添加以下行：```host all all 0.0.0.0/0 md5```保存更改并关闭文件。
MPICH NT 1.2.5安装使用简要说明
MPICH NT 1.2.5安装使用简要说明注：本文档仅供在单机单处理器上进行MPICH学习实验参考，使用开发编译环境为VC++ 6.0，有关多机环境下或是采用其它编译器的配置请自己查询或搜索相关文档。
需要注意：1．该版本MPICH NT在以命令行方式执行程序时工作目录所在分区文件系统格式不能是NTFS，否则会产生“无法建立xxx.tmp文件”的错误，请在执行mpirun之前检查一下当前分区格式。
2．由于MPICH NT在执行程序时会有网络访问的动作，所以如果机器上装有防火墙，请注意做好相关配置（或是暂时关闭防火墙），以免MPI不能访问网络造成程序执行出错的结果。
安装使用简要过程如下：(1)先安装VC++ 6.0，安装过程略。
(2)下载MPICH NT 1.2.5的安装包，双击执行安装程序，按提示一步步安装，过程非常简单。
(3)打开VC++，在[工具]—[选项]里将MPICH NT的相关目录加进Include和Lib搜索路径当中。
(4)新建或打开一个已存在的工程，编写一个简单的MPI程序。
在MPICH的安装路径的SDK\Example\nt子目录下就有几个简单的例子。
(5)在工程打开之后，打开[项目]—[设置]菜单，在“Link”页面中加入“ws2_32.lib”以及“mpich.lib”和“mpichd.lib”二者之一，后者主要是调试时使用。
(6) 对工程进行编译和链接，生成可执行文件。
(7) 接下来是执行mpi 程序的过程，MPICH NT 1.2.5提供了两种执行方式，其一是其于图形界面的guiMPIRun ，另一种是基于命令行的mpirun 。
a) 使用图形界面执行mpi 程序（如要在NTFS 分区上执行mpi 程序则只能采用这种方式）。
在[开始]—[程序]—[MPICH]—[mpd]中打开“mpirun ”，填入相应的可执行程序，选择需要启动的进程数，点击“Run ”按钮即可开始程序的执行，窗口下半部分是相应的输入输出信息。
MPICH2
MPICH2用户指南（MPICH2 User’s Guide）版本（Version ）1.0.8数学与计算机科学部（Mathematics and Computer Science Division）阿贡国家实验室（Argonne National Laboratory）William GroppEwing LuskDavid AshtonPavan BalajiDarius BuntinasRalph ButlerAnthony ChanDavid GoodellJayesh KrishnaGuillaume MercierRob RossRajeev ThakurBrian Toonen2008年10月24日这项工作得到美国能源部科学局高级科学计算研究局Sci-DAC合约编号DE-AC02-06CH11357的规划，数据、信息与计算机科学部的分规划的支持。
1 引言（INTRODUCTION）1.引言MPICH2.本手册假定MPICH2已经安装了。
关于如何安装MPICH2，参见MPICH2安装指南，或者MPICH2顶层目录的README。
本手册解释如何编译、链接及运行MPI应用程序，使用于MPICH2一起的某些工具。
这是个初步的版本，某些节还没完成。
但是，这些应该足以帮你MPICH2 起步的了。
2 从MPICH1升级到MPICH2（Migrating to MPICH2 from MPICH1）如果你一直在使用MPICH 1.2.x （1.2.7p1是最新版本），那么你会发现一些有关MPICH2不同的东西（希望能更好）。
当然了，虽然你的MPI程序不用改变，但是有些关于你运行它们的方式则不同。
MPICH2是MPI标准的一个全新实现，其设计实现了加到MPI-2附件的全部（动态进程管理，片面操作，并行I/O及其他扩充），应用从MPICH1 实现所获得的教训，使得MPICH2更加健壮、有效及便于使用。
MPICH的安装使用和MPI原理分析
MPICH的安装使用和MPI原理分析MPICH是一种开源的、可移植的并行计算库，它实现了MPI（Message Passing Interface）标准。
MPI是一种用于并行计算的通信协议，可以在分布式计算环境中实现不同计算节点之间的数据交换和通信。
MPICH提供了一套API，使得开发者可以方便地利用MPI进行并行计算。
下面将介绍MPICH的安装使用和MPI原理分析，以帮助读者更好地理解和使用MPICH。
一、MPICH的安装使用1. 安装准备：在安装MPICH之前，需要确保系统中已经安装了必要的编译器和依赖库。
通常情况下，需要安装C/C++编译器、Fortran编译器和相关的开发库。
4.配置编译选项：进入解压后的MPICH目录，执行以下命令配置编译选项：./configure --prefix=<install_path>其中，<install_path>是指定MPICH安装的路径。
5.编译安装：执行以下命令进行编译和安装：makemake install6. 配置环境变量：将MPICH的安装路径添加到系统的环境变量中，以便系统可以找到MPICH的可执行文件。
可以在.bashrc或者.bash_profile文件中添加以下内容：export PATH=<install_path>/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=<install_path>/lib:$LD_LIBRARY_PATH其中，<install_path>是MPICH的安装路径。
7.测试安装：执行以下命令测试MPICH是否安装成功：mpiexec -n <num_processes> <executable>其中，<num_processes>是指定并行计算的进程数，<executable>是指定要运行的可执行文件。
Linux环境下的MPICH
1.1.1Linux操作系统下的环境搭建1.1.1.1 l am-mpiMPI是一种消息传递编程模型，并成为这种模型编程的代表和事实上的标准。
MPI是一个库而不是一门语言，因此对MPI的使用必须和特定的语言结合起来进行，如科学与工程计算领域的FORTRAN语言、目前广泛使用的开发语言C等。
LAM（Local Area Multicomputer）是免费的MPI实现，由Ohio State University开发。
配置并行环境之前几点说明：1.安装Linux系统（RedHat 9.2）2.安装网卡驱动（因为实验室的机群系统dellPE2850服务器无法自动识别网卡，需要手动驱动网卡。
普通机器RH可自动识别其网卡的机器.网卡驱动在自带的Server Assistant 光盘中：）步骤：#cd /mnt/cdrom/pexxxx/network/r82795该文件夹下，有网卡驱动的压缩包，将其拷贝到 /root下，解压#tar -xzvf *进入解压后的文件夹：#cd /root/Intel_LAN_72_RHLinux_src_A00/e1000/e1000-5.2.17.10/src , #make install安装后，重起机器。
3.在重新启动过程中，系统会自动识别新硬件，此时需要对网卡的相关信息进行配置修改网络配置文件如下：1)修改文件 /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 ,修改IP、网关等信息：DEVICE=eth0 设备名称BOOTPROTO=staticONBOOT=yesIPADDR=192.168.0.109 IP地址NETMASK=255.255.255.0 子网掩码NETWORK=192.168.0.0 可选写BROADCAST=192.168.0.255 可选写GATEWAY=192.168.0.1 网关2)配置DNS，需要修改 /etc/resolv.conf 文件nameserver 210.47.208.8 DNS服务器地址3)修改 /etc/sysconfig/network文件，指定主机名NETWORKING = yesHOSTNAME = node064)修改 /etc/hosts 文件，对主机名加以解释，加入：192.168.0.106 node06完成上面几步后，网络基本配置完成，此时需要重启机器，或重新开启网络服务:可以使用命令：#reboot 重启机器#service network restart 重新开启网络服务注：每台机器都配备两块网卡：eth0、eth1，如果网卡驱动、网络配置后网络仍然不通，需要关闭eth1，而只启用eth0。
MPICHPBS使用指南使用指南使用说明mp使用指南使用说明mp
MPICH&PBS使用指南一、MPI编程 (1)二、MPICH下编译和运行 (3)三、PBS环境下运行 (4)一、MPI编程1、MPI编程函数介绍MPI实际上是一个提供并行程序消息传递机制的函数库，有40多个函数，常用的有6个基本函数。
下面以C语言为例简单介绍这些函数。
（1）MPI_Init函数定义：int MPI_Init(int *argc, char ***argv)功能：用命令行参数初始化MPI环境输入：argc、argv—表示命令行参数，同C语言的main()函数参数格式，argv中包含欲并行运行的进程数输出：返回值—非零/零表示初始化是否成功说明：该函数必须为程序中第一个调用的MPI函数示例：MPI_Init(&argc, &argv); // argc、argv引用的是mian()函数的参数（2）MPI_Finalize函数定义：int MPI_Finalize (void)功能：结束MPI程序的运行，指结束MPI环境的使用输入：无输出：返回值—非零/零表示结束MPI环境是否成功说明：该函数必须为程序中最后一个调用的MPI函数示例：MPI_ Finalize ();（3）MPI_Comm_size函数定义：int MPI_Comm_size(MPI_Comm comm, int *size)功能：得到总进程数输入：comm 通信域句柄（系统默认的为MPI_COMM_WORLD，也可自己定义）输出：size，即通信域comm内包括的进程数整数（4）MPI_Comm_rank函数定义：int MPI_Comm_rank(MPI_Comm comm, int *rank)功能：得到本进程的进程号输入：comm，该进程所在的通信域句柄输出：rank，调用进程在comm中的标识号（5）MPI_Send函数定义：int MPI_Send(void* buf, int count, MPI_Datatype datatype, int dest, int tag, MPI_Comm comm) 功能：发送消息给特定的进程输入：buf 发送缓冲区的起始地址(可选类型)count 将发送的数据的个数(非负整数)datatype 发送数据的数据类型(句柄)dest 目的进程标识号(整型)tag 消息标志(整型)comm 通信域(句柄)输出：无（6）MPI_Recv函数定义：int MPI_Recv(void* buf, int count, MPI_Datatype datatype, int source, int tag,MPI_Comm comm,MPI_Status *status)功能：接受别的进程发过来的消息输入：count 最多可接收的数据的个数(整型)datatype 接收数据的数据类型(句柄)source 接收数据的来源即发送数据的进程的进程标识号(整型)tag 消息标识与相应的发送操作的表示相匹配相同(整型)comm 本进程和发送进程所在的通信域(句柄)输出：buf 接收缓冲区的起始地址(可选数据类型)status 返回状态(状态类型MPI_Status)2、MPI程序示例MPI程序中必须包含MPI库的头文件，C语言头文件名为mpi.h，FORTRAN语言头文件名为mpif.h。
MPICH2的下载及安装
1、从网址/mpi/mpich/处下载MPICH 最新版本的源程序, 文件名为mpich2-1.x.x.tar.gz, 其中1.x.x 为MPICH 的版本号(目前的最新版本为mpich2-1.1.1p1.tar.gz)。
在下面描述的过程中需用MPICH 的实际版本号替换1.x.x2、展开MPICH 源程序:tar zxvf mpich2-1.1.1p1.tar.gz3、配置、编译MPICH:cd mpich2-1.1.1p1./configure -prefix=/usr/local/mpi --disable-weak-symbolsmake上述命令生成的MPICH 库应该使用ch_p4 进行底层通信。
选项--disable-weak-symbols 的使用是为避免MPICH 1.2.5 的一个bug, 否则产生的库中将没有MPI_File_xxxx 等函数(只有PMPI_File_xxx 等函数)4、安装MPICH:make install这一步必须以root 身份执行, 它将MPICH 的文件安装到目录/usr/local/mpi 中。
安装完毕后可以删除MPICH 源文件目录。
5、添加环境变量分别将“/usr/local/mpi/bin” 和“/usr/local/mpi/man” 加入到环境变量PATH 和MANPATH 中。
只需在目录/etc/profile.d 中创建两个文件mpich.sh 和mpich.csh, 它们分别对Bourne shell和C shell 起作用, 这两个文件的内容如下:– /etc/profile.d/mpich.sh :#!/bin/bashexport MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/manexport PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin– /etc/profile.d/mpich.csh :#!/bin/cshif ( $?MANPATH == 0 ) thensetenv MANPATH :/usr/local/mpi/manelsesetenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/manendifsetenv PATH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin6、测试MPICH:C 程序cp /usr/local/mpi/examples/cpi.c .mpicc -o cpi cpi.c .mpirun -np 1 cpimpirun -np 2 cpiFortran 程序cp /usr/local/mpi/examples/pi3.f .mpif77 -o pi3 pi3.f .mpirun -np 1 pi3mpirun -np 2 pi3(程序运行过程中依次输入10000 和0)。
安装和设置mpi并行环境
安装和设置mpi并行环境3月31日，系统(主节点)因为安装mpich崩溃，开始重新安装系统和部署globus，此次安装决定先安装mpich，成功之后再按照globus。
经过反复试验，(花了不少心思去找版本问题，其实理论上mpich不应该有这么多版本问题的，猜想也有可能是之前与globus冲突所以系统崩溃了)，觉得以下的版本是比较适合的，并且已经安装成功。
所以赶紧把这部分内容写下来备份，免得下次到处找。
安装之前请确认以下几件事：linux版本：redhat9.0，内核信息与之前相同所用mpich版本：mpich2-1.0.8安装之前，设置hostname和ip地址，与之前一样系统已经安装了gcc安装过程中使用root用户安装mpich步骤：1，创建SSH信任连接(在root目录下)(1)更改hosts文件，加入需要进行计算的机器#vi/etc/hosts打开hosts文件，更改如下：127.0.0.1 localhost.localdomain localhost 192.168.1.100 192.168.1.101 .(2)在生成SSH秘钥对//一路回车即可产生.ssh文件[root@chunli root]#ssh-keygen-t rsa Generating public/private rsa key pair.Enter file in which to save the key(/root/.ssh/id_rsa)：Enter passphrase(empty for no passphrase)：Enter same passphrase again：Your identification has been saved in/root/.ssh/id_rsa.Your public key has been saved in/root/.ssh/id_rsa.pub.The key fingerprint is：6c：61：a8：3f：a2：e0：9c：e7：8a：1b：49：76：a1：ce：e0：e9***************//查看是否有.ssh文件夹[root@chunli root]#ls-a..fonts.cache-1.gtkrc.recently-used..gconf.gtkrc-1.2-gnome2.rhn-applet.conf anaconda-ks.cfg.gconfd.ICEauthority.ssh.bash_history.gnomeinstall.log.tcshrc.bash_logout.gnome2install.log.syslog.viminfo.bash_profile.gnome2_private.metacity.Xauth ority.bashrc.gnome-desktop.nautilus.Xresources.cshrc.gstreamer.pyinput.xsession-errors(3)进入.ssh目录[root@chunli root]#cd.ssh(4)生成authorized_keys文件[***************]#cpid_rsa.pubauthorized_keys(6)建立本身的信任连接//按提示输入yes(三个字母要打全)[***************]#cd.[root@chunliroot]#The authenticity of host'(127.0.0.1)'can't be established.RSA key fingerprint is ec：c9：1c：5a：d6：98：5d：48：fd：7b：58：b3：b3：05：05：78.Are you sure you want to continue connecting(yes/no)?yes Warning：Permanently added''(RSA)to the list of known st login：Wed Mar 31 18：55：59 2010(7)设置第二个节点(grid1的root目录下)#ssh-keygen-t rsa生成.ssh文件夹//注意不要多键入空格从拷贝。
linux并行环境及mpich2安装全过程
linux并行环境及mpich2安装全过程准备工作：1、设置IP（在这里我们设置c1、c2、c3、c4的ip地址分别为192.168.0.1、192.168.0.2、192.168.03、192.168.0.4）#vi /etc/sysconfig/network-script/ifcfg-eth[0、1、2、3]其中数字与所修改的机器网卡实际编号一致#service network restart每个节点都要进行上面的操作2、更改主机名为c1、c2、c3、c4#vi /etc/sysconfig/networkHOSTNAME=c1c2、c3、c4操作和c1相同例如：[root@c2 ~]# cat /etc/sysconfig/networkNETWORKING=yesHOSTNAME=c2一、创建SSH信任连接（在root目录下）1、更改/etc/hosts文件#vi /etc/hosts 打开hosts文件，更改如下：127.0.0.1 localhost.localdomain localhost192.168.0.1 c1192.168.0.2 c2192.168.0.3 c3192.168.0.4 c4例如：[root@c2 ~]# cat /etc/hosts# Do not remove the following line, or various programs# that require network functionality will fail.127.0.0.1 localhost.localdomain localhost192.168.0.1 c1192.168.0.2 c2192.168.0.3 c3192.168.0.4 c42、在c1生成SSH秘钥对.#ssh-keygen -t rsa 回车即可,产生.ssh文件,口令选为空，生成密钥对，公钥写入/root/.ssh/id_rsa.pub,密钥写入/root/.ssh/id_rsa#ls -a 查看是否有.ssh文件夹3、生成authorized_keys文件建立对c2的信任连接#scp /root/.ssh/id_rsa.pub 192.168.0.2:/root/.ssh/#ssh 192.168.0.2 cat /.ssh/id_rsa.pub>>/root/.ssh/authorized_keys查看c2 是否有authorized_keys文件，有则将id_rsa.pub内容复制进c2该文件#scp /root/.ssh/id_rsa.pub 192.168.0.2 /.ssh/authorized_keys无则将id_rsa.pub复制为远程该文件4、退出到root目录#cd ..5、建立本身的信任连接#ssh c2 按提示输入yes（三个字母要打全）设置c1对c3和c4的方法与c1相同6、对c2、c3和c4进行类似上面的操作7、确认3台机器的信任连接已建立对每个节点执行：#ssh c1#ssh c2#ssh c3#ssh c4在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆（"Last login:时间日期"提示信息除外）二、安装MPICH2(在节点root目录下)1、解压缩#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz或者 #gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar2、创建安装目录#mkdir /usr/MPICH-install3、进入mpich2解压目录#cd mpich2-1.0.14、设置安装目录#./configure --prefix=/usr/MPICH-install5、编译#make6、安装#make install7、退出到root目录#cd ..8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下：# .bashrc# User specific aliases and functionsPATH=$PATH:/usr/MPICH-install/bin 新增加的#Source .bashrc9、测试环境变量设置#which mpd#which mpicc#which mpiexec#which mpirun10、修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword#vi /etc/mpd.conf设置文件读取权限和修改时间#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf11、创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts#vi mpd.hosts文件内容如下：C1C2C3c4三、测试1、本地测试#mpd & 启动#mpdtrace 观看启动机器#mpdallexit 退出2、通过mpd.hosts运行集群系统#mpdboot -n number -f mpd.hosts number为要起动的机器个数#mpdtrace#mpdallexit3、测试运行MPICH的例子程序#mpdboot -n 4 -f mpd.hosts 启动4台机器#mpiexec -n number /usr/MPICH-install/examples/cpi number为使用的进程数#mpdallexit4、如果测试不能通过，请进行第四步四、问题解决1、通过mpdcheck获得一写帮助信息#mpdcheck -pc2、查错#mpdcheck -l3、通过mpd.hosts文件查错#mpdcheck -f mpd.hosts 如果无错误#mpdcheck -f mpd.hosts -ssh4、如果上述无错误，可略过此步对任意两台机器进行查错m1: #mpdcheck -s 输出主机名host和端口portm2: #mpdcheck -c host port注意：以上四步都是在没有运行mpd的情况下进行的5、mpd查错m1: #mpd -e & 返回使用的端口m2: #mpd -h m1 -p echoed_port_m1 &完成安装。
MPICH2安装及MPI简介
MPICH2安装及MPI简介2009-02-16 19:02:38| 分类：HPC | 标签：mpich2的安装 mpi |字号大中小订阅ZHI 2008-12-14MPICH2的安装●下载MPICH2包mpich2.tar.gz●解压缩# tar xfz mpich2.tar.gz●#mkdir /tmp/root/mpich2-1.0.8●#cd /tmp/root/mpich2-1.0.8●#/root/Desktop/mpich2-1.0.8/configure --prefix=/usr/local 2>&1 | tee configure.log//其中root/Desktop/mpich2-1.0.8/为解压后MPICH2路径●#make 2>&1 | tee make.log●#make install PACKAGE=mpich-1.0.8 2>&1 | tee install.log●#make installcheck PACKAGE=mpich-1.0.8 2>&1 | tee installcheck.log测试安装是否成功#which mpiexec#which mpd //默认程序管理命令default process manager#which mpicc#which mpirun注：如果不是安装在/usr/local目录下，则还需设置环境变量。
通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下：# .bashrc# User specific aliases and functionsPATH="$PATH:/usr/MPICH-install/bin" //新增加的#Source .bashrcmpd配置文件中设置密码#cd $HOME#touch .mpd.conf#chmod 600 .mpd.conf //权限设置为只有自己有读写权限在超级用户下：#cd /etc#vi mpd.conf写入secretword=jsi 并保存#chmod 600 /etc/mpd.conf单机测试#mpd &#mpdtrace//显示本机名为成功#mpiexec –n 1 /bin/hostname#mpdallexitSSH配置●修改所有机器上的/etc/hosts文件为如下内容127.0.0.1 localhost.localdomain localhost10.10.1.190 node0110.10.2.190 node02……●创建SSH密钥（root目录）#ssh-keygen –t rsa //其中-t rsa指密钥类型。
linux下安装intel编译器及mpich2的总结
linux下安装intel编译器及mpich2的总结linux下安装intel编译器及mpich2的总结 2008年1.fortran编译器从intel网站可以下载免费的fortran,c++等编译器，注意是非商业免费版;AccountID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=NCOM&lang= 用可用的邮箱注册，会分配一个序列号，保存此序列号，安装产品时将需要使用它: 我的序列号: NF83-7G8J9JLM联网状态下只需输入序列号就可安装，否则需要使用发送到注册邮箱附件的.lic文件选择要下载的文件我下载了C++和fortran的编译器l_cc_p_10.1.018.tar.gzl_fc_p_10.1.018.tar.gz存放在/usr/src目录下打开终端，进入当前文件夹[root@localhost ~]# cd /usr/src解压[root@localhost src]# tar zxvf l_cc_p_10.1.018.tar.gz[root@localhost src]# tar zxvf l_fc_p_10.1.018.tar.gzIntel 10.x 编译器为了保证和基于 GCC 3.2 的系统兼容, 需要使用标准 C++ 库 /usr/lib/libstdc++.so.5, 但是很多比较新的 Linux 发行版本中开始使用GCC 3.4, 并且提供了全新的标准 C++ 库 /usr/lib/libstdc++.so.6. 所以安装前需先装 compat-libstdc++ rpm包，它包含了 /usr/lib/libstdc++.so.5 库. 否则会提示缺少libstdc++.so.5最简单的方法[root@localhost src]# yum install libstdc++.so.5 按照提示安装即可，也可以自己在网上下载。
WRF_V3.4环境搭建及安装
WRF_V3.4环境搭建及安装.bashrc (单独用户) 单用户全局变量gedit .bashrc(linux系统的桌面命令框) 或者vi .bashrc（纯命令框）gedit /etc/sysconfig/selinux设置为：SELINUX=disable或命令setenforce 0注意：安装的编译器主要为intel编译器，所有的库文件基本都是最新、基于intel编译器的。
（基于pgi编译器的安装原理和intel编译器的基本一样）黑体字为主要的命令或者环境变量步骤一：Intel编译器用新版本：Intel® C++ Composer 和Intel® Fortran Composer/en-us/articles/non-commercial-software-download/./install.sh环境变量设置（下同）：gedit .bashrc 或者vi .bashrcexport INTEL_LICENSE_FILE=/opt/intel/licensesexport INTEL_COMPILER_TOPDIR="/opt/intel/composerxe-2011.3.174". $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/ifortvars.sh intel64. $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/iccvars.sh intel64export LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/lib/intel64:${LD_LIBRARY_PAT H}"export MANPATH=$MANPATH:/opt/intel/man/en_US/man1:/opt/intel/man/en_ US/man3注意，上面的语句中点号之后有空格。
然后重新登录或执行下面的命令source .bashrc或source /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64验证安装：ifort –version步骤二：pgi安装（可不安装）安装：./installDo you accept these terms?[accept,decline] accept1,single system install 2,Network install 1Install the ACML?[y/n] nInstallation directory?[/opt/pgi] /opt/pgiDo you wish to install MPICH1?[y/n] nDo you want the files in the install to be read-only?[y/n] n环境变量设置：gedit .bashrc 或者vi .bashrcexport PATH=/opt/pgi/linux86-64/10.1/bin:$PATHexport MANPATH=$MANPATH:/opt/pgi/linux86-64/10.1/manexport LM_LICENSE_FILE=/opt/pgi/license.datexport PGI=/opt/pgiexport LD_LIBRARY_PATH="$PGI/linux86-64/10.1/lib:${LD_LIBRARY_PAT H}"步骤三：安装mpich2./configure --with-device=ch_p4 --prefix=/opt/mpichmakemake install设置环境变量:export MPICH_ROOT=/opt/mpichexport PATH=$PATH:$MPICH_ROOT/binexport LD_LIBRARY_PATH="$MPICH_ROOT/lib:${LD_LIBRARY_PATH}" MANPATH=$MANPATH:$MPICH_ROOT/man测试MPICH:mpif77 -o test test.fmpif90 -o test test.f90mpirun -np 2 pi3步骤四：安装jasperhttp://www.ece.uvic.ca/~mdadams/jasper/./configure --prefix=/opt/jaspermakemake install环境变量设置：export JASPER=/opt/jasperexport JASPERLIB=/opt/jasper/libexport JASPERINC=/opt/jasper/include步骤五：安装grads解压放入：/opt/grads即可环境变量设置：GRADS=/opt/gradsexport GRADSexport PATH=$GRADS/bin:$PATHexport GADDIR=$GRADS/dataexport GASCRP=$GRADS/lib步骤六：jpeg 安装jpeg-8c安装：./configure --prefix=/opt/jpegCFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure #如果64位处理器需要CFLAGS="-O3 -fPIC"makemake install步骤七：libpng 安装./configure --prefix=/opt/libpngcp scripts/makefile.linux makefile修改makefile的安装路径makemake install步骤八：perl-5安装（系统自带，可不安装）./configure.gnu --prefix=/opt/perl --with -fPICmakemake install步骤九：安装zlib/ftp:///lib-external/zlib/./configure --prefix=/opt/zlibCFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure --prefix=/opt/zlib//使用64位元的方法进行编译makemake installlib/libz.a: could not read symbols: Bad value一般是64 位电脑才会出现步骤十：安装szip./configure --prefix=/opt/szipmake >make.log &make check >check.log &make install步骤十一：安装hdf5./configure --prefix=/opt/hdf5 --with-szlib=/opt/szipmake >make.log &make check >check.log &(20 分钟)make install >install.log &步骤十二：安装netcdf/en-us/articles/performance-tools-for-software-developers-bui lding-netcdf-with-the-intel-compilers/#2/software/netcdf/安装步骤：./configure --prefix=/opt/netcdf_intel --with-zlib=/opt/zlib --with-hdf5=/opt/hdf 5 --with-szlib=/opt/szip--disable-netcdf-4 --disable-dap-remote-testsmakemake checkmake install环境变量设置：export FC=ifortexport SFC=ifortexport CC=iccexport SCC=iccexport CXX=icpcexport CPP='icc -E'export CXXCPP='icpc -E'export NETCDF=/opt/netcdf_intelexport NETCDF_LIB=$NETCDF/libexport NETCDF_INC=$NETCDF/includeexport PATH=$PATH:$NETCDF/binexport MANPATH=$MANPATH:$NETCDF/share/man/man1:$NETCDF/shar e/man/man3export LD_LIBRARY_PATH="/opt/netcdf_intel/lib/:${LD_LIBRARY_PATH} "试验netcdf安装是否成功ncdump NetCDF安装成功！步骤十三：Ncview安装./configure --prefix=/opt/ncview --x-libraries=/usr/lib64 --with-netcdf_incdir=/o pt/netcdf_intel/include --with-netcdf_libdir=/opt/netcdf_intel/lib --enable-netcdf -4makemake install步骤十四：ncl_ncarg 安装在安装ncl之前，需要装四个外部库（yum安装）：先安装openssl，再安装libdap，然后是libnc-dap，最后是compat-libf2c环境变量设置：export NCARG_ROOT=/opt/ncl_ncarg_intelexport NCARG_LIB=$NCARG_ROOT/libexport NCARG_INC=$NCARG_ROOT/includeexport PATH=$PATH:$NCARG_ROOT/binexport NCL=/opt/ncl_ncarg_intelexport NCL_LIB=$NCL/libexport NCL_INC=$NCL/includeexport LIB_NCL=$NCL/libexport INC_NCL=$NCL/include安装步骤：cp ./config/LINUX.64.INTEL ./config/LINUXgedit ./config/LINUX 修改define ArchRecLibSearch -L/lib -L/usr/lib -L/usr/lib64 -L/opt/hdf5/lib -L/opt/ szip/lib -L/opt/zlib/lib -L/opt/X11R6/libdefine ArchRecIncSearch -I/usr/include -I/usr/include/X11 -I/opt/hdf5/include -I/opt/szip/include -I/opt/zlib/include -I/opt/X11R6/includegedit ./config/Project 修改\define HDFlib -lmfhdf -ldf -ljpeg -lz -lsz./Configure 安装路径：/opt/ncl_ncarg_intelmake Everything >& make-outputtail -f make-output测试：ncargex cpex08ctrans -d X11 cpex08.ncgmncl如进入程序就说明已经成功如果编译器为Pgi则需修改：$ cp ./config/LINUX.64.PGI ./config/LINUX步骤十五：安装WRFV3下载最新版：/wrf/users/download/get_sources.html检查环境变量是否有如下设置：ulimit -s unlimitedexport WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1export NETCDF=/opt/netcdf4.1export JASPERLIB=/opt/jasper/libexport JASPERINC=/opt/jasper/includeexport LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/lib/:${LD_LIBRARY_PATH}" export INCLUDE="/opt/intel/include/:${INCLUDE}"export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1export DM_FC=mpiifortexport DM_CC=mpiicc./compile em_real(安装时间大概15分钟左右)如果/WRFV3/test/em_real里有ndown.exe、real.exe、wrf.exe说明WRF安装成功步骤十六：安装WPS安装WPS前要先安装三个外部库，在以后识别GRIB2格式的数据时会用到：jasper-1.701.0.tar.gz libpng-1.2.12.tar.gz zlib-1.2.3.tar.gz常见问题：1 jasper、zlib和png的安装位置最好相同，可以在各自的configure时通过--prefix 制定，这样会方便指定COMPRESSION_LIBS和COMPRESSION_INC（不相同需要详细指定）。
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Linux环境下MPICH安装指南
说明：本系统测试环境为Redhat9.0完全安装，
下载mpich2-1.0.1.tar.gz软件包到/root/目录下。
以root用户登录。
假设：安装三台微机，名字分别为：node01,node02,node03.
一、Linux环境下设置SSH信任连接（在root目录下）
1）在/etc/hosts文件下添加
#vi /etc/hosts 打开hosts文件，在其后添加：
node01 IP node01
node02 IP node02
node03 IP node03
在需要用户下建立SSH信任连接：
2) 在各节点机上生成SSH秘钥.
#ssh-keygen -t rsa 一路回车即可产生.ssh文件夹, 包括文件id_rsa, id_rsa.pub
在各节点机.ssh目录下生成authorized_keys文件
各节点机拷贝其他节点机上的id_rsa.pub内容（密钥）到本机的authorized_keys 文件中，则节点机间建立了SSH信任连接。
***注意：其他用户下建立信任连接方法同上面
3）确认节点机器的信任连接已建立
在某节点（如node01）上执行：
#ssh node02
#ssh node03
在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆
对方机器则表示配置成功。
二、安装MPICH2(在root目录下)
1）解压缩
下载mpich2-1.0.1.tar到根目录下，然后解压缩
#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz
2）创建MPICH安装目录
#mkdir /usr/MPICH-instsll
进入mpich2-1.0.1目录
设置安装目录
#./configure --prefix=/usr/MPICH-install
3）编译、安装
#make
#make install
4）增加MPICH执行路径
可在.bashrc 或etc/bashrc 或etc/profile中添加安装路径
如在etc/profile 中添加路径：usr/MPICH-install/bin
然后可测试路径设置：
#which mpd
#which mpicc
#which mpiexec
#which mpirun
5）创建/etc/mpd.conf文件，输入内容为secretword=myword 设置文件读取权限和修改时间：
#touch /etc/mpd.conf
#chmod 600 /etc/mpd.conf
6）创建微机名称集合文件/root/mpd.hosts
文件内容如下：
node01
node02
node03
三、测试和运行
1）基本命令
#mpd & 启动
#mpdtrace 观看启动机器
#mpdallexit 退出
2）通过mpd.hosts启动运行集群系统
#mpdboot -n number -f mpd.hosts 其中number为要起动的机器个数
#mpdtrace
#mpdallexit
3）运行MPICH的例子程序
#mpdboot -n 4 -f mpd.hosts 启动3台机器
#mpiexec -n number /usr/MPICH-install/examples/cpi 其中number为使用的进程数
#mpdallexit
以上测试通过，MPICH集群系统就建成了！
四、问题调试
1）通过mpdcheck获得帮助信息
#mpdcheck -pc
2）查错
#mpdcheck -l
3）通过mpd.hosts文件查错
#mpdcheck -f mpd.hosts 如果无错误
#mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
4）如果上述无错误，可略过此步
对任意两台机器进行查错
m1: #mpdcheck -s 输出主机名host和端口port
m2: #mpdcheck -c host port
***注意：以上都是在没有运行mpd的情况下进行的
5）mpd查错
m1: #mpd -e & 返回使用的端口
m2: #mpd -h m1 -p echoed_port_m1 &。