产前诊断中的基因检测

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产前诊断中的基因检测

四川省妇幼保健院生殖中心;四川省计划生育科研所遗传室李运星

以简炼的方式介绍产前诊断基因水平诊断的技术方法,并加以常见的病例给予说明,值得基层的产前诊断与优生优育工作者一阅。

基因检测在产前诊断中是十分重要,且正在不断发展与完善,其实质是在DNA水平或RNA水平对某一基因进行分析,从而对特定的疾病进行诊断。基因诊断始于1978年,美国科学家首先将限制性片段长度多态性(RFLP)用于基因诊断,从而揭开了基因诊断的序幕,基因诊断不仅可以明确指定个体是否患病,存在基因缺陷并揭示基因状态,而且可以对表型正常的携带者、对某种疾病的易感者作出诊断和预测。分子遗传检测技术大致可分为酶谱分析法、聚合酶链反应(PCR)、探针杂交分析法、DNA测序等方法。实际上,临床上多将这几种技术联合应用于基因检测。

一、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)

人群中不同个体基因的核苷酸序列存在差异,称为DNA多态性。DNA顺序上发生变化而出现或丢失某一限制性内切酶位点,使酶为RFLP。任何一个基因内切大片段的缺失、插入以及基因重排,即使不影响到限制性内切酶位点的丢失或获得,也很可能引起限制酶片段的大小和数量发生变化,因而这类基因突变可以通过限制性内切酶DNA或结合基因探针的杂交方法将突变找出。

例如

1.镰形红细胞贫血症的基因诊断:

已知镰形红细胞贫血症的突变基因是编码β珠蛋白链的第6位密码子由GAG变为GTG,可用限制性内切酶MstⅡ进行检测。因为这一突变使正常存在的MstⅡ切点消失,这就使正常情况下存在的1.1kb及0.2kb条带变成患者(纯合子)的1.3kb条带。

2.血友病A的诊断

血友病A是一种X连锁隐性遗传病。用VⅢ因子基因的cDNA片段作为探针对待检者DNA酶切片段进行杂交,就可检出VⅢ因子基因部分缺失的男性患者和女性携带者。下图

家系Ⅲ-1患有严重的血友病A,经VⅢ因子治疗后产生VⅢ因子抑制物。用两种不同的内切酶和探针组合对家

系成员作RFLP分析。应用Bcl I/探针B(VⅢ因子基因)VⅢ因子基因部分缺失所致血友病A的基因诊断探针A是VⅢ因子基因1.7kb Kpn I cDNA 片段,包括1~12外显子。

探针B是VⅢ因子基因4.7kb EcoR I cDNA 片段,包括14~25和部分26外显子。A、B、C、D代表X染色体。

患者无Bcl/探针1.2和4.4bk,但有Sst I/探针A14.5kb、4.7kb EcoR IcDNA片段,包括14~25和部分26外

显子,患者不见1.2kb和4.4kb。应用Sst I/探针A(因子基因1.7kb Kpn IcDNA片段,包括1~12外显子),患

者和他的母亲(必然杂合子)出现异常的14.5kb。这一实验结果表明,VⅢ因子基因3’端部分缺失后,其5’端残

留部分可由Sst I/探针A检出。杂合子兼有Bcl I/探针B检出的1.2kb和4.4kb与Sst I/探针检出的14.5kb。

二、PCR技术在遗传病基因诊断中的应用特点

1983年Kary Mullis 发明了PCR技术。这项生命科学发展史上具划时代意义的技术一出现,首先就被分子遗传学携带者检查和产前诊断,例如镰形红细胞贫血病(Sicle Cell Anemia)、地中海贫血(Thalassemia)、DMD/BMD(我国1987年启动的国家高技术发展计划(863),对遗传病的基因诊断及相关新技术的研究结予了支持,及时拥有国大批科研成果。当时已完成了十多种遗传病的三十多例高危胎儿的产前基因诊断。

视频:PCR原理 (让我们用动画了解)

PCR技术被称为试管里的基因克隆术,靶基因片段以2n的指数形式迅速增加(n代表循环数)。30个热循环后,靶DNA拷贝数就扩增上百万倍之多!而这仅仅需要约2~3个小时。PCR反应结束后,运用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯胶电泳(PAGE, polyacrylamide gelelectrophoresis)进行PCR产物的分离分析,经溴乙啶(EB)染色或银染,即能观察到特定长度的DNA区带图谱。根据图谱即可作出基因诊断,也可对PCR产物进一步酶切,克隆或直接测序。值得指出的是,PCR并不仅仅是一个简单的DNA扩增反应,而是一项可以作出千变万化的改造,从而衍生出许许多多反应,运用于各种不同的研究和基因检测之中。

导致我国α地中海贫血的则是由于位于第16号染色体上的α珠蛋白基因族的三种大片段的缺失所致(分别缺失20Kb, 3.7Kb, 4.2kb),另有2种点突变只占很少一部分。在缺失断点两侧设计三个引物,可直接检出缺失并区分杂合子与纯合子。对于另外两种非缺失型α珠蛋白基因点突变,就得采用PCR技术结合检测点突变的技术,如SSCP(单链构象多态性),DGGE(变性梯度凝胶电泳),dHPLC (变性高效液相层析),3,- 碱基特异的PCR,ASO或DNA测序等技术。由于a- 地贫基因诊断试剂盒不久即将问世。该试剂盒是含有7个引物的多重PCR体系,每份DNA标本只须做单管PCR,产物用琼脂糖凝胶电泳分离。根据电泳图谱即可作出分子遗传学诊断,详见下表。

甲型血友病(HA)是常见的一种X-连锁隐性遗传病,由于X染色体上的凝血Ⅷ因子基因(FⅧ)缺陷所致。但FⅧ长达186Kb,由26个外显子,25个内含子组成,已报道的突变类型有二百多种点突变,五十余种小缺失,十几种插入,八十多种大的缺失,及很长的基因倒位(Inversion)等等。利用一种长距离PCR技术,可直接为40%以上的重型HA患者作出诊断,也可直接作携带者检查及产前诊断。对于不是倒位的HA家系,则采用间接基因诊断方法,包括PCR/Bell酶切片段长度多态性(RFLP),PCR/VNTR(重处长串联数目可变多态性)及PCR/(CA)n二核苷序列重复数目多态性技术进行家系成员基因连锁分析,检出携带者,并进行产前诊断,不需花费巨大工作量去查清其具体突变是什么。但此类间接诊断技术有局限性,例如必须得有先证者的DNA样品,携带者必须是某多态性的杂合子才能进行产前诊断,每一种间接诊断技术的可诊断率约在70%~75%左右。联合运用二种甚至三种间接诊断技术,以保证对所有家系都能进行携带者检出和产前诊断。

唐氏综合征,是染色体数目异常(21-三体)引起的智力低下的先天性疾病,在我国新生儿中发病率高达1/750。运用PCR扩增21号染色体上6个STR(短串联重复序列)位点,以及PAGE技术可产前诊断该病。

从以上例子可以看出,运用PCR技术进行基因诊断有几个特点:

(1)它要检测的是人类基因组中特定的靶基因片段,其PCR的模板是人的基因组DNA,能得出明确诊断结果;

(2)涉及到的技术方法种类多,不但要查出靶基因,而且要求查出具体突变基因。能像检测病毒、细菌的

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