基因沉默的工具-RNA+干扰技术的研究进展
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通讯作者: 余祖江, E- mail: jiБайду номын сангаасnyuem@zzu. cn 。
河南医学研究 2015 年 1 月第 24 卷第 1 期 HENAN MEDICAL RESEARCH Jan. 2015 ,Vol. 24 ,No. 1
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短实验时间, 随着 RNAi 技术的不断完善, 它必将成为基因研究 的强力工具。 3. 2 疾病治疗的新方法 RNAi 技术还被广泛应用于肿瘤、 病 16 ] 毒感染、 遗传病等方面。 Brummelkamp 等 [ 将 siRNA 导入人 的胰腺癌细胞, 特异性地抑制 K - RASV12 的表达, 使肿瘤的生 长速度及恶性程度降低。对于基因突变引起的难治性遗传病 如舞蹈病、 肌萎缩性侧索硬化症, 通过 RNA 干扰技术, 也可达 17 ] 到降低突变基因表达, 改善病情的效果。 Novina 等 [ 通过针 对 HIV 受体 CD14 和 CCR5 设计 siRNA , 减少受体的表达, 从而 也应用 减少 HIV 病毒感染。RNAi 作为新的抗病毒治疗武器, 于脊髓灰 质 炎 病 毒、 呼 吸 道 合 胞 病 毒、 流 感 病 毒 等 研 究 中。 RNAi 的大力发展, 为疾病的治疗提供了新的策略。 3. 3 药物开发及应用 近期研究表明, RNAi 还被应用于筛选 [ 18 ] 药物及鉴定药物作用靶点。 Duff 等 通过 RNAi 技术减少蛋 白转移酶 9 ( PCSK9 ) 的表达, 发现能有效降低小鼠血清胆固醇 水平, 说明沉默 PCSK9 可成为治疗高胆固醇的药物靶点。在药 物筛选方 面, 有 研 究 通 过 shRNA 发 现 维 甲 酸 类 药 物 能 增 强 19 ] 20 ] pk1 1 激酶抑制剂的抑制作用, 加速癌细胞凋亡 [ 。 Zhou 等 [ 的研究表明, Akt 是一种丝 / 苏氨酸蛋白激酶, 与胃癌化疗敏感 性有关, 通过 RNA 干扰技术将 Akt1 沉默慢病毒转入胃癌细胞 株 SGC - 7901 和 BGC - 823 , 发现可显著提高对顺铂的敏感性。 RNAi 的应用能明显缩短药物从开发到筛选出最有效药物的时 间, 在药学领域具有不可磨灭的功劳。
1 RNA 干扰的发现
RNAi 现象首次发现于植物中。1990 年, Jorgensen 的实验室 为使矮牵牛花的紫色花色加深而在植物中大量引入了同源编码 紫色的基因, 但却开出了白色或斑片状的花朵。这种引入同源 2] 基因而致基因表达受抑制的现象在当时被称为共抑制[ 。1995 [ 3] 年 Younis 等 发现在秀丽新小杆线虫中注射双链 RNA 后导致 的基因沉默现象比注射单链正义或反义 RNA 更为有效。随后 更多的研究表明, 从线虫到几乎所有真核生物, 包括原生动物, 4- 6] 无脊椎动物, 脊椎动物, 真菌和藻类均存在这种现象[ 。这种 引入双链 RNA 导致特异性基因沉默的现象被称为“ RNA 干扰” 。 后逐渐证实植物中的转录后基因沉默( posttranscriptional gene si lencing, PTGS) 、 共抑制( cosuppression) 及病毒诱发的基因沉默、 真 菌的抑制( quelling) 现象均属于 RNAi 在不同物种的表现形式。
2 RNA 干扰的机制
2. 1 RNA 干扰过程 RNA 干扰过程包括起始阶段和效应阶 7] 段[ 。在起始阶段, dsRNA 在核酸酶( Dicer 酶) 作用下切割成 21 ~ 23 bp 双链小分子干扰 RNA ( small interference RNA , siR NA ) , 在 效 应 阶 段 与 siRNA Agohaute 2 蛋 白 酶 等 结 合, 形成 RNA 诱 导 的 沉 默 复 合 物 ( RNA -induced silencing complex, RISC ) , 随后在 ATP 提供能量及解旋酶的作用下双链 siRNA 解 旋成单 链, 形 成 含 单 链 siRNA 的 RISC , 又被称为有活性的 RISC 。活化的 RISC 与目标 mRNA 分子结合, 抑制基因表达。 同时研究表明 siRNA 除了通过上述方式与 mRNA 结合介导转 录后基因沉默外, 还可以通过碱基配对原理, 指导 DNA 甲基化 酶结合到 DNA 特定部位, 引发该部位 DNA 中胞嘧啶的甲基 8] 化, 介导转录水平基因沉默 [ 。RNAi 作为体内的监视系统, 通 过上述两种方式, 积极参与了基因选择性表达过程。 2. 2 引发 RNA 干扰的小分子来源 引发 RNA 干扰的小分子 RNA 有多种来源, 主要分为内源性和外源性。内源性干扰小分 子的代表 micro RNA , 为一种内源性非编码的 21 ~ 25 bp 的单 链 RNA , 是首先由细胞核内非编码 RNA 在核酸酶的作用下形
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河南医学研究 2015 年 1 月第 24 卷第 1 期 HENAN MEDICAL RESEARCH Jan. 2015 ,Vol. 24 ,No. 1
·综 述·
基因沉默的工具 - RNA 干扰技术的研究进展
赵雪萌 余祖江
( 郑州大学第一附属医院 感染科 河南 郑州 450052 ) 【 关键词】 基因沉默; RNA 干扰; 转录 中图分类号】 R 394 doi:10. 3969 / j. issn. 1004 - 437X2015 . 01 . 033 【 RNA 干扰( RNA interference , RNAi ) 是指与靶基因序列同 源的双链 RNA ( dsRNA ) 所诱导的转录后基因沉默现象, 是真核 生物抵御病毒入侵、 抑制转座子活动、 调控基因表达的监控机 制, 也可替代基因敲除、 核酶、 反义核酸等进行基因沉默相关研 究。众所周知, 基因的表达具有选择性, 我们发现生物体内存 在一套 RNA 监视系统, 能通过多种途径产生异常 dsRNA , 诱发 RNAi , 激活抑制基因, 控制活跃基因, 从而参与基因选择性表 达。目前 RNAi 技术因其操作简单、 特异性强、 高效性等特点, 被广泛应用于植物的抗病毒研究、 药物靶基因的筛选、 肿瘤治 1] 疗等领域 [ 。现对 RNAi 的进展做一综述。 pri -miRNA ) , 后在 Drosha 酶的作用下形成含 成前体 miRNA ( 有发夹结构的 pri -miRNA , 再在 Dicer 酶作用下形成约 22 nt 的 micro RNA 。根据其与靶序列配对的程度, 其作用方式包括 两种, 如配对程度高则可以与 mRNA 结合后使目的基因降解, 如配对程度低则可结合 mRNA 的 3 ’ UTP 部位抑制 mRNA 的翻 9] 译[ 。众所周 知, 在生物体代谢过程中会产生大量无功能 RNA ( aberrant nonfunctional RNAs ) , 通过 micro RNA 的清除或 抑制作用, 在基因水平上发挥了免疫监视功能。 外源性干扰小分子即为 siRNA , 大致有 3 种来源: ①可以人 工合成, 包 括 体 外 人 工 合 成 一 对 序 列 互 补 的 单 链 RNA ( ssR NA ) , 导入体内后退火形成 dsRNA , 也可通过构建表达 dsRNA 的质粒, 转入细胞表达 dsRNA ; ② 可通过 RNA 依赖的 RNA 聚 合酶( RdRp ) , 识别异 常 的 单 链 RNA ( 包 括 外 来 DNA 产 生 的 RNA 、 病毒 RNA 等) 并以其为模板合成 dsRNA 分子; ③ 可以以 干扰过程中 RISC 剪切产生的 siRNA 单链为引物, 以 mRNA 为 模板合成 dsRNA , 这种过程被称为随机降解性多聚酶链反应 [ 10 - 11] ( random degradative PCR) , 是产生 siRNA 干扰放大效应 的机制。siRNA 干扰本质上就是由 RNA 介导的获得性免疫反 应, 是生物体抵抗外来基因的一种保护机制。 2. 3 RNA 干扰的作用特点 RNAi 途径主要存在于细胞浆 中, 与反义核酸、 核酶相比, RNAi 具有以下特点。 ① 特异性。 siRNA 是严格按照碱基配对法则与靶 mRNA 结合的, 故只引起 同源 mRNA 的降解。研究表明, 在 siRNA 21 ~ 23 个碱基中, 错 配1 ~ 2 个碱基就会大大降低干扰效应。 ② 遗传性。 dsRNA 分 子可扩散至生物体各个细胞, 干扰效应可遗传给后代。研究表 明, 通过注射或浸泡 siRNA , 在二代线虫中仍可观察到对靶基 12 ] 因的抑制作用 [ 。但这种遗传效应可持续几代以及高等细胞 中是否也存在上诉现象尚不明确。 ③ 位置效应。研究表明只 有针对编 码 区 的 dsRNA 才 产 生 干 扰 效 应, 对内含子区域的 13 ] 14 ] dsRNA 不产生干扰效应 [ 。Kesharwani 等 [ 根据人组织因子 ( human tissue factor, hTF ) 的不同位置合成了四组双链 RNA 分 别观察其干 扰 效 应, 结 果 显 示 hTF167I 和 hTF372I 有 85 % ~ 90%的基因沉默效率, hTF562I 只能抑制部分基因, hTF478I 几 乎无干扰效应。④放大效应。通过实验研究发现, 少量 dsRNA 就能够使大量目的基因沉默, 即使细胞增殖 50 ~100 倍, 这种 沉默现象仍然存在, 表明 RNAi 存在扩增机制。
3 RNA 干扰的应用
3. 1 基因研究新工具 通过 RNAi 特异性抑制目的基因表达, 从而了解该基因的功能, 扩展基因文库, 是 RNA 干扰技术开展 15 ] 后最开始的应用方向。 Yu 等 [ 通过构建 cyclin D1 的 siRNA 表达质粒, 抑制 cyclin D1 基因的表达, 研究该基因对瘢痕疙瘩 成纤维细胞的细胞增殖和细胞周期变化。同时 RNA 干扰在信 号传导通路的研究进展中功不可没。通过利用 RNA 干扰技术 进行基因组功能的分析可迅速建立基因与表型的关系, 大大缩