翻译

11 主要组织相容性复合体

作者Adrienne Kitts, Michael Feolo, and Wolfgang Helmberg

总结

其中一个最深入的研究区域的人类基因组是主要组织相容性复合体(MHC)，是一组在染色体6短臂上约占4—6个碱基的一组基因。已知的MHC基因在人类身上,作为人类白细胞抗原(HLA)基因,是这样的高度多态病毒和编码分子参与免疫反应。MHC数据库

dbMHC],[/mhc被设计为一种HLA社区可以提交、编辑、观点,交流MHC的数据中立的平台,目前,它由一个相关基因的互动对准的视角，MHC微相关基因数据库(dbMHCms)，一个针对序序列为基础的解释网站(蓝鳍金枪鱼)，一个原始探针数据库。

dbMHC员工正在创造了一种全新的数据库,该数据库能容纳一个宽

多种HLA的数据,包括

1 单核苷酸多态性HLA区域的详细绘图数据。

2吉珥基因分析数据

3 HLA多样性/人类学数据

4多基因染色体重组数据

5HLA /疾病协会的数据

6 肽绑定预测数据

MHC的数据库与NCBI资源,以及与国际组织相容性工作组(IHWG)的网站充分整合,同时提供与IMmunoGeneTics高层体系结构(HLA)IMGT数据库/ HLA)HLA /疾病协会的数据的链接。

本章提供了一个详细的说明和评论dbMHC电流dbMHC资源内容和数据计算协议。

具体介绍

HLA基因最重要的功能是处理T细胞，虽然有许多在HLA区域基因有待进行表征，和

工作将继续对新基因进行定位和分析MHC(1 - 4)及周边地区。阐明MHC需要大量

的工作,所以引发了一系列的国际组织相容性工作坊/会议(IHWCs)。这些会议是对IHWG成因的研究，一群研究人员积极参与项目,导致HLA的社区的数据资源的共享，dbMHC是一个被IHWG构想为永久性的公共档案,由NCBI主持和实施。该数据库的目的是扩展。如果你有相关方面的构想，请发邮件到NcBI helmberg@。MHC数据库的工作人员正在接受在线提交的引物/ dbMHC探测器/混合组成部分。提交的数据可以包括打字下列之行为:具体Oligonucleotides序列(SSOs),序列(ssp)的具体底漆,登录和/或SSP混合,HLA打字工具和测序为基础(蓝鳍金枪鱼)。dbMHC允许编辑者在任何时间网上提交他们的意见。

dbMHC资源

包1含信息框设置和dbMHC的使用。

MHC微卫星数据库

dbMHCms[/mhc/html/STRsearch2.html]包含许多已知的在HLA地区和微卫星的设计是为了寻找描述信息，当关于这些高度heterozygotic有效,短串联重复(STRs)。用户可以使用dbMHCms提取的信息包括：

1 物理位置

2 已知的等位基因的数量和长度

3 等位基因的图案

4 信息量

5 杂合度

6 引物序列

用户将会发现标记网页上显示的dbMHCms有用,因为他们提供基因的遗传连锁和/或协会与疾病的易感性基因组区域的证据。这种资源是由NCBI在协作与a、m Salhi Foissac安妮Cambon - Thomsen,由谁来提供原始数据的微卫星在MHC在一系列的更新(17 -19)。dbMHCms将扩展到包括乙方标记在13 IHWG车间使用。

基于接口的排序

SBT的界面[/mhc/sbt.cgi?cmd=main]是被用户设计来分析基因

序列信息和提供了一种解释的顺序，包括潜在的等位基因序列的作业和划分成外显子和途径。序列可以提交给蓝鳍金枪鱼接口通过复制和粘贴或上传从

文件,或作为单倍体股或heterozygote序列。限制输入电流格式文本

或者FASTA-formatted序列。

序列对齐,参考轨迹序列座落在dbMHC等位基因

中,基于用户自定义的程度的核苷酸不匹配。在简短的分析中,蓝鳍金枪鱼接口将显示外显子,插入子区域,并能每序列。等位基因作业根据匹配顺序列出。核苷酸位置之间分开罗列(在较低帧蓝鳍金枪鱼界面)选择后对齐。值得注意的是蓝鳍金枪鱼一个或多个序列介面分析,为一个单一的位置。如果序列thathave group-specific从多个位点被提交amplifications相同,一定要使用蓝鳍金枪鱼界面只从一analyzesequences位点的一段时间。

引物/探针数据库

这个数据库[/mhc/probe.cgi?cmd=probe]被设计来提供一个综合和标准的特征探针和引物，同时也是引物和探针的录像，包含下列技。

1 具体寡核苷酸探针杂交

2 采用序列DNA扩增特定的引物

3以SBT为基础的协议。引物/探针器数据库可以用来作为一种参考资源,为探针设计,旨在提供必要的工具数据交换DNA打字,基于上述技术。该数据库组成引物/探测器的界面和一个打字组件接口。每个接口有一个系列交互式的帧,允许用户访问不同的数据库功能。

引物/探针界面

该界面提供对个人使用试剂的量或MHC-related MHC基因位点的信息。用户通过多个功能框架内的接口可以访问这些信息。单词“引物”和“探针”代表SSOs、SSPs,SSP混合,碎混合,和他们的组合,其中包括巢式PCR或登录杂交amplifications group-specific。巢式PCR扩group-specifi都是基于一种初级放大与一个SSP混合。

引物/探针的选择

选择一个引物的过程开始进入信息/探测器在上层的基本框架引物/探针界面页面。用户输入搜索选项为引物,探针,和混合,哪个通过类型编组,碎碎,SSP(SSP)的搭配,而混合、场所、和源(提交机构)。引物/探针也可以被选定由进入或全球或当地政府的名称,到搜索域。当这些内容都进入了,较低的框架内填与底漆/探针上市。引物/探针,再由用户选择在底漆/探针列表会显示在大型滚动盒(在上层架)和可以下载以XML格式。

引物/探针上市